####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS204_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS204_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 41 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 43 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 23 99 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 35 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 75 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 80 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 24 107 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 14 22 28 76 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 103 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 65 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 53 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 35 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 70 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 70 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 81 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 81 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 51 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 23 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 110 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 5 111 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 4 95 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 13 24 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 10 99 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 53 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 72 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 53 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 111 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 7 19 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 13 37 117 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 82.96 92.59 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.45 0.61 0.70 0.78 0.85 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.95 0.95 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.532 0 0.117 0.117 0.808 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.351 0 0.000 0.083 1.019 100.000 90.101 1.019 LGA W 167 W 167 0.358 0 0.352 0.350 1.260 91.364 97.532 0.463 LGA I 168 I 168 1.087 0 0.021 0.750 1.858 65.455 63.636 1.011 LGA S 169 S 169 1.551 0 0.548 0.552 2.686 52.273 49.697 2.187 LGA G 170 G 170 1.526 0 0.091 0.091 1.837 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.134 0 0.000 1.388 5.560 65.455 46.591 2.720 LGA A 172 A 172 0.603 0 0.039 0.049 0.871 81.818 85.455 - LGA P 173 P 173 0.362 0 0.072 0.235 0.868 90.909 94.805 0.307 LGA Y 174 Y 174 0.493 0 0.081 0.263 1.327 86.364 80.758 1.327 LGA G 175 G 175 0.461 0 0.030 0.030 0.461 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.402 0 0.056 0.146 0.470 100.000 100.000 0.185 LGA Q 177 Q 177 0.655 0 0.034 0.223 1.041 86.364 82.020 0.773 LGA L 178 L 178 0.407 0 0.144 0.143 1.555 86.818 78.409 1.555 LGA N 179 N 179 1.326 0 0.290 0.860 5.368 62.273 38.182 5.368 LGA K 180 K 180 4.186 0 0.175 1.037 14.081 16.364 7.273 14.081 LGA K 181 K 181 1.519 0 0.344 1.245 11.676 65.909 31.313 11.676 LGA T 182 T 182 0.817 0 0.000 1.094 3.314 77.727 68.052 3.314 LGA S 183 S 183 0.783 0 0.185 0.174 1.137 81.818 79.091 0.875 LGA K 184 K 184 0.915 0 0.048 0.959 3.265 77.727 67.475 3.265 LGA L 185 L 185 0.411 0 0.129 0.141 0.777 95.455 97.727 0.297 LGA D 186 D 186 0.215 0 0.064 0.142 0.611 95.455 97.727 0.290 LGA P 187 P 187 0.501 0 0.106 0.135 1.516 78.636 82.597 0.669 LGA V 188 V 188 0.711 0 0.063 0.071 0.844 81.818 81.818 0.747 LGA E 189 E 189 0.878 0 0.086 0.261 1.374 73.636 76.364 0.689 LGA D 190 D 190 0.969 0 0.071 0.203 2.448 81.818 66.591 2.448 LGA E 191 E 191 0.658 0 0.063 0.223 1.849 86.364 76.768 1.849 LGA A 192 A 192 0.377 0 0.038 0.034 0.434 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.384 0 0.107 0.269 0.818 95.455 93.939 0.818 LGA V 194 V 194 0.304 0 0.034 0.045 0.453 100.000 100.000 0.453 LGA V 195 V 195 0.209 0 0.051 0.071 0.283 100.000 100.000 0.162 LGA Q 196 Q 196 0.189 0 0.083 0.295 1.230 95.455 88.283 1.230 LGA L 197 L 197 0.198 0 0.000 0.025 0.373 100.000 100.000 0.354 LGA I 198 I 198 0.242 0 0.044 0.052 0.305 100.000 100.000 0.290 LGA F 199 F 199 0.239 0 0.000 0.084 0.287 100.000 100.000 0.097 LGA N 200 N 200 0.235 0 0.089 0.938 3.283 100.000 75.909 3.283 LGA I 201 I 201 0.163 0 0.033 0.062 0.225 100.000 100.000 0.102 LGA F 202 F 202 0.291 0 0.000 0.054 0.321 100.000 100.000 0.319 LGA L 203 L 203 0.358 0 0.007 0.065 0.714 100.000 93.182 0.658 LGA N 204 N 204 0.259 0 0.064 0.328 1.027 100.000 91.136 1.027 LGA G 205 G 205 0.361 0 0.043 0.043 0.361 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.410 0 0.031 0.061 0.839 90.909 95.455 0.366 LGA N 207 N 207 1.034 0 0.150 0.285 2.062 62.727 66.136 1.118 LGA G 208 G 208 1.146 0 0.158 0.158 2.315 59.091 59.091 - LGA K 209 K 209 1.355 0 0.109 0.144 1.546 61.818 63.838 1.444 LGA D 210 D 210 1.324 0 0.042 0.764 2.720 61.818 57.045 2.720 LGA Y 211 Y 211 1.809 0 0.119 0.623 2.126 54.545 51.061 1.790 LGA S 212 S 212 2.449 0 0.646 0.844 6.547 36.364 25.152 6.547 LGA Y 213 Y 213 2.945 0 0.112 1.084 14.364 41.818 14.091 14.364 LGA A 215 A 215 1.016 0 0.147 0.158 1.925 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.341 0 0.056 0.141 0.483 100.000 100.000 0.483 LGA A 217 A 217 0.194 0 0.020 0.022 0.298 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.540 0 0.000 0.071 1.260 90.909 85.152 1.260 LGA H 219 H 219 0.298 0 0.018 0.057 0.494 100.000 100.000 0.494 LGA L 220 L 220 0.291 0 0.059 0.126 0.503 95.455 97.727 0.412 LGA T 221 T 221 0.315 0 0.000 0.020 0.503 95.455 97.403 0.141 LGA N 222 N 222 0.457 0 0.036 0.412 1.497 90.909 88.864 1.497 LGA L 223 L 223 0.612 0 0.057 0.059 0.990 86.364 84.091 0.614 LGA Q 224 Q 224 0.524 0 0.000 0.181 1.000 81.818 81.818 1.000 LGA I 225 I 225 0.490 0 0.040 0.059 0.514 86.364 93.182 0.287 LGA P 226 P 226 0.443 0 0.059 0.069 0.689 90.909 89.610 0.568 LGA T 227 T 227 0.299 0 0.027 0.074 0.477 100.000 100.000 0.477 LGA P 228 P 228 0.481 0 0.075 0.088 0.810 90.909 92.208 0.445 LGA S 229 S 229 0.407 0 0.177 0.372 1.061 91.364 91.212 0.917 LGA G 230 G 230 0.570 0 0.015 0.015 0.902 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.378 0 0.051 0.476 1.732 100.000 90.505 1.732 LGA K 232 K 232 0.440 0 0.238 0.351 1.512 83.182 84.444 0.658 LGA R 233 R 233 0.239 0 0.076 1.140 5.887 100.000 58.182 3.407 LGA W 234 W 234 0.234 0 0.057 0.169 0.578 100.000 96.104 0.562 LGA N 235 N 235 0.513 0 0.093 0.711 3.265 95.455 74.773 3.265 LGA Q 236 Q 236 0.579 0 0.043 0.986 3.647 90.909 71.111 3.647 LGA Y 237 Y 237 0.337 0 0.028 0.137 0.882 100.000 89.394 0.809 LGA T 238 T 238 0.081 0 0.030 0.038 0.142 100.000 100.000 0.091 LGA I 239 I 239 0.226 0 0.051 0.079 0.335 100.000 100.000 0.282 LGA K 240 K 240 0.481 0 0.070 0.210 2.950 100.000 72.525 2.950 LGA A 241 A 241 0.336 0 0.043 0.045 0.385 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.175 0 0.053 0.065 0.443 100.000 100.000 0.122 LGA L 243 L 243 0.162 0 0.017 0.041 0.333 100.000 100.000 0.191 LGA Q 244 Q 244 0.054 0 0.000 0.268 1.212 100.000 92.121 0.609 LGA N 245 N 245 0.048 0 0.007 0.066 0.423 100.000 100.000 0.266 LGA E 246 E 246 0.152 0 0.042 0.584 2.068 100.000 85.455 1.375 LGA V 247 V 247 0.096 0 0.031 0.035 0.231 100.000 100.000 0.139 LGA Y 248 Y 248 0.245 0 0.043 0.122 1.086 100.000 91.061 1.086 LGA I 249 I 249 0.254 0 0.042 0.042 0.345 100.000 100.000 0.318 LGA G 250 G 250 0.251 0 0.030 0.030 0.254 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.094 0 0.042 0.055 0.178 100.000 100.000 0.125 LGA V 252 V 252 0.187 0 0.028 0.100 0.395 100.000 100.000 0.395 LGA K 253 K 253 0.315 0 0.027 0.063 1.232 100.000 88.283 1.232 LGA Y 254 Y 254 0.585 0 0.041 0.229 2.674 90.909 67.424 2.674 LGA K 255 K 255 0.856 0 0.103 0.292 1.209 81.818 80.000 1.209 LGA V 256 V 256 0.876 0 0.033 0.033 0.915 81.818 81.818 0.884 LGA R 257 R 257 0.910 0 0.000 1.104 5.243 81.818 52.893 2.873 LGA E 258 E 258 1.060 0 0.024 0.400 2.015 69.545 61.010 2.015 LGA K 259 K 259 1.518 0 0.030 0.271 1.907 61.818 58.990 1.459 LGA T 260 T 260 1.314 0 0.007 0.090 1.783 58.182 61.299 1.122 LGA K 261 K 261 2.206 0 0.031 0.396 3.764 38.636 32.929 3.764 LGA D 262 D 262 2.235 0 0.030 0.679 3.262 44.545 36.136 3.262 LGA G 263 G 263 1.957 0 0.159 0.159 2.221 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.140 0 0.048 0.494 2.455 65.455 64.444 2.455 LGA R 265 R 265 1.272 0 0.116 0.908 4.274 65.455 49.917 4.274 LGA T 266 T 266 1.080 0 0.073 0.147 1.214 69.545 70.130 1.048 LGA I 267 I 267 0.685 0 0.027 0.077 0.798 81.818 81.818 0.777 LGA R 268 R 268 0.499 0 0.023 0.965 3.045 95.455 79.504 3.045 LGA P 269 P 269 0.175 0 0.025 0.045 0.409 100.000 100.000 0.332 LGA E 270 E 270 0.220 0 0.000 0.184 1.010 100.000 92.121 1.010 LGA K 271 K 271 0.438 0 0.127 0.723 5.161 95.455 57.778 5.161 LGA E 272 E 272 0.465 0 0.053 0.128 1.982 100.000 77.778 1.982 LGA Q 273 Q 273 0.301 0 0.029 0.051 0.322 100.000 100.000 0.306 LGA I 274 I 274 0.157 0 0.033 0.100 0.755 100.000 97.727 0.755 LGA V 275 V 275 0.224 0 0.043 0.074 0.605 95.455 97.403 0.423 LGA V 276 V 276 0.191 0 0.041 0.029 0.202 100.000 100.000 0.190 LGA Q 277 Q 277 0.239 0 0.039 0.548 2.090 100.000 83.838 2.090 LGA D 278 D 278 0.082 0 0.022 0.160 0.653 100.000 95.455 0.653 LGA A 279 A 279 0.182 0 0.038 0.038 0.437 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.258 0 0.045 0.156 0.607 95.455 94.545 0.508 LGA A 281 A 281 0.313 0 0.020 0.019 0.398 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.278 0 0.000 0.018 0.457 100.000 100.000 0.403 LGA I 283 I 283 0.396 0 0.037 0.046 0.558 95.455 97.727 0.376 LGA I 284 I 284 0.381 0 0.005 0.054 0.414 100.000 100.000 0.273 LGA D 285 D 285 0.638 0 0.007 0.686 2.136 81.818 76.364 2.136 LGA K 286 K 286 0.660 0 0.000 0.234 0.784 81.818 81.818 0.784 LGA E 287 E 287 0.748 0 0.022 0.384 2.456 81.818 75.152 0.925 LGA Q 288 Q 288 0.556 0 0.011 0.684 2.053 90.909 72.323 1.552 LGA F 289 F 289 0.322 0 0.019 0.107 0.493 100.000 100.000 0.433 LGA Q 290 Q 290 0.506 0 0.028 1.089 3.311 95.455 67.879 3.311 LGA Q 291 Q 291 0.337 0 0.036 0.155 1.005 100.000 90.101 0.746 LGA S 292 S 292 0.213 0 0.054 0.050 0.304 100.000 100.000 0.258 LGA Q 293 Q 293 0.429 0 0.000 0.096 0.545 90.909 95.960 0.493 LGA V 294 V 294 0.557 0 0.079 0.090 0.961 90.909 87.013 0.709 LGA K 295 K 295 0.355 0 0.062 0.223 0.905 90.909 95.960 0.419 LGA I 296 I 296 0.623 0 0.113 0.120 1.024 82.273 86.591 0.242 LGA A 297 A 297 0.981 0 0.163 0.156 1.230 81.818 78.545 - LGA N 298 N 298 1.153 0 0.074 0.227 2.682 53.182 69.773 0.702 LGA K 299 K 299 3.023 0 0.541 0.948 14.437 46.818 20.808 14.437 LGA V 300 V 300 2.445 0 0.231 0.872 5.169 51.364 30.909 5.169 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.925 0.893 1.835 86.313 81.163 68.083 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 94.630 97.599 13.167 LGA_LOCAL RMSD: 0.925 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.925 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.925 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.176992 * X + -0.269425 * Y + -0.946617 * Z + 152.112106 Y_new = -0.978455 * X + -0.055708 * Y + 0.198800 * Z + 151.467468 Z_new = -0.106296 * X + 0.961409 * Y + -0.253760 * Z + 138.949814 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.749750 0.106497 1.828857 [DEG: -100.2533 6.1018 104.7858 ] ZXZ: -1.777799 1.827362 -0.110115 [DEG: -101.8604 104.7001 -6.3091 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS204_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS204_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.599 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS204_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.985 185.149 153.113 1.00 0.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.414 185.842 154.268 1.00 0.00 C ATOM 1347 C GLY 165 151.883 185.812 154.303 1.00 0.00 C ATOM 1348 O GLY 165 151.283 186.826 154.659 1.00 0.00 O ATOM 1349 N LYS 166 151.259 184.781 153.712 1.00 0.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.821 184.497 153.853 1.00 0.00 C ATOM 1351 C LYS 166 149.565 183.657 155.118 1.00 0.00 C ATOM 1352 O LYS 166 150.416 182.862 155.510 1.00 0.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.274 183.793 152.595 1.00 0.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.293 184.673 151.326 1.00 0.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.849 183.891 150.072 1.00 0.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.629 184.814 148.857 1.00 0.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.428 184.044 147.597 1.00 0.00 N ATOM 1358 N TRP 167 148.415 183.865 155.754 1.00 0.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.894 183.087 156.883 1.00 0.00 C ATOM 1360 C TRP 167 147.014 181.920 156.401 1.00 0.00 C ATOM 1361 O TRP 167 146.420 182.004 155.327 1.00 0.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.094 184.018 157.791 1.00 0.00 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.663 183.422 159.093 1.00 0.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.513 182.750 159.331 1.00 0.00 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.410 183.382 160.346 1.00 0.00 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.471 182.342 160.649 1.00 0.00 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.622 182.698 161.321 1.00 0.00 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.680 183.858 160.743 1.00 0.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.071 182.505 162.632 1.00 0.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 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4437 HIS A 545 END