####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS204_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS204_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 77 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 33 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 13 104 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 40 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 81 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 11 102 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 53 80 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 66 123 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 47 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 43 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 41 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 63 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 63 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 77 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 7 78 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 108 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 90 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 19 118 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 0 5 10 73 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 70 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 16 110 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 1 3 3 4 111 124 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 32 118 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 85.19 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.45 0.59 0.68 0.72 0.85 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 0.95 0.97 0.96 0.95 0.95 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.295 0 0.112 0.112 0.559 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.261 0 0.000 0.044 0.780 100.000 95.960 0.780 LGA W 167 W 167 0.437 0 0.301 0.296 1.080 91.364 97.532 0.418 LGA I 168 I 168 0.715 0 0.089 0.213 1.761 77.727 71.818 1.495 LGA S 169 S 169 1.545 0 0.565 0.576 3.051 46.364 45.758 2.102 LGA G 170 G 170 1.379 0 0.046 0.046 1.726 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.943 0 0.021 1.388 5.437 77.727 54.773 2.651 LGA A 172 A 172 0.544 0 0.019 0.025 0.771 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.264 0 0.076 0.109 0.693 95.455 97.403 0.057 LGA Y 174 Y 174 0.369 0 0.082 0.303 1.539 95.455 84.091 1.539 LGA G 175 G 175 0.368 0 0.036 0.036 0.385 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.322 0 0.060 0.141 0.372 100.000 100.000 0.125 LGA Q 177 Q 177 0.542 0 0.035 0.158 0.854 90.909 85.859 0.623 LGA L 178 L 178 0.299 0 0.144 0.158 1.614 82.273 78.182 1.614 LGA N 179 N 179 1.500 0 0.278 0.852 5.569 58.636 34.773 5.569 LGA K 180 K 180 4.080 0 0.185 1.039 13.912 16.364 7.273 13.912 LGA K 181 K 181 1.861 0 0.379 0.935 10.327 58.182 27.273 10.327 LGA T 182 T 182 1.177 0 0.000 1.102 3.629 69.545 62.857 3.629 LGA S 183 S 183 0.758 0 0.190 0.178 1.192 81.818 79.091 0.892 LGA K 184 K 184 0.928 0 0.045 0.947 3.409 77.727 67.475 3.409 LGA L 185 L 185 0.426 0 0.123 0.136 0.790 95.455 97.727 0.403 LGA D 186 D 186 0.175 0 0.059 0.145 0.518 95.455 97.727 0.312 LGA P 187 P 187 0.455 0 0.096 0.129 1.381 86.818 84.675 0.688 LGA V 188 V 188 0.661 0 0.051 0.051 0.787 81.818 81.818 0.705 LGA E 189 E 189 0.786 0 0.067 0.206 1.211 77.727 80.000 0.556 LGA D 190 D 190 0.882 0 0.062 0.183 2.335 81.818 66.591 2.335 LGA E 191 E 191 0.565 0 0.067 0.256 1.972 86.364 76.768 1.972 LGA A 192 A 192 0.353 0 0.041 0.041 0.388 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.365 0 0.094 0.248 0.735 95.455 95.960 0.735 LGA V 194 V 194 0.271 0 0.033 0.045 0.354 100.000 100.000 0.350 LGA V 195 V 195 0.189 0 0.042 0.061 0.248 100.000 100.000 0.115 LGA Q 196 Q 196 0.184 0 0.062 0.276 1.169 100.000 90.303 1.169 LGA L 197 L 197 0.223 0 0.000 0.025 0.325 100.000 100.000 0.312 LGA I 198 I 198 0.206 0 0.035 0.046 0.231 100.000 100.000 0.223 LGA F 199 F 199 0.233 0 0.000 0.084 0.286 100.000 100.000 0.158 LGA N 200 N 200 0.262 0 0.061 0.820 1.968 100.000 89.545 1.446 LGA I 201 I 201 0.261 0 0.037 0.063 0.306 100.000 100.000 0.217 LGA F 202 F 202 0.287 0 0.013 0.042 0.337 100.000 100.000 0.319 LGA L 203 L 203 0.371 0 0.016 0.050 0.605 100.000 95.455 0.576 LGA N 204 N 204 0.353 0 0.058 0.233 1.164 100.000 89.091 1.164 LGA G 205 G 205 0.327 0 0.048 0.048 0.360 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.317 0 0.029 0.046 0.706 100.000 95.455 0.706 LGA N 207 N 207 0.423 0 0.153 0.238 1.302 86.818 91.136 0.619 LGA G 208 G 208 0.660 0 0.089 0.089 1.879 74.545 74.545 - LGA K 209 K 209 1.324 0 0.104 0.461 2.435 65.455 59.394 2.298 LGA D 210 D 210 1.271 0 0.029 0.721 2.120 65.455 60.227 2.120 LGA Y 211 Y 211 1.582 0 0.055 0.642 2.094 50.909 54.697 1.537 LGA S 212 S 212 1.896 0 0.620 0.776 5.498 45.000 31.818 5.498 LGA Y 213 Y 213 2.985 0 0.075 1.186 14.340 41.818 14.091 14.340 LGA A 215 A 215 0.662 0 0.145 0.162 1.775 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.314 0 0.019 0.094 0.540 100.000 97.727 0.540 LGA A 217 A 217 0.231 0 0.022 0.026 0.311 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.294 0 0.000 0.068 0.881 100.000 93.939 0.881 LGA H 219 H 219 0.172 0 0.000 0.063 0.493 100.000 100.000 0.440 LGA L 220 L 220 0.192 0 0.061 0.119 0.402 100.000 100.000 0.225 LGA T 221 T 221 0.199 0 0.000 0.040 0.347 100.000 100.000 0.180 LGA N 222 N 222 0.461 0 0.031 0.423 1.289 90.909 88.864 1.289 LGA L 223 L 223 0.583 0 0.044 0.056 0.858 86.364 84.091 0.578 LGA Q 224 Q 224 0.524 0 0.000 0.178 0.758 90.909 85.859 0.758 LGA I 225 I 225 0.453 0 0.043 0.061 0.476 100.000 100.000 0.258 LGA P 226 P 226 0.455 0 0.059 0.074 0.693 90.909 89.610 0.584 LGA T 227 T 227 0.387 0 0.027 0.067 0.568 95.455 94.805 0.568 LGA P 228 P 228 0.652 0 0.047 0.063 0.951 81.818 84.416 0.553 LGA S 229 S 229 0.776 0 0.117 0.147 0.776 81.818 81.818 0.689 LGA G 230 G 230 0.750 0 0.000 0.000 0.833 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.494 0 0.056 0.463 1.219 90.909 80.404 1.219 LGA K 232 K 232 0.551 0 0.220 0.364 1.445 82.273 82.020 0.532 LGA R 233 R 233 0.347 0 0.096 1.105 6.248 100.000 53.223 3.952 LGA W 234 W 234 0.457 0 0.086 0.173 0.580 95.455 93.506 0.552 LGA N 235 N 235 0.828 0 0.050 0.318 1.787 77.727 71.818 1.787 LGA Q 236 Q 236 0.847 0 0.056 1.109 4.666 81.818 56.162 4.666 LGA Y 237 Y 237 0.567 0 0.024 1.571 9.120 90.909 43.788 9.120 LGA T 238 T 238 0.376 0 0.038 0.060 0.524 100.000 97.403 0.524 LGA I 239 I 239 0.410 0 0.074 0.100 0.463 100.000 100.000 0.310 LGA K 240 K 240 0.676 0 0.090 0.171 2.859 90.909 68.485 2.859 LGA A 241 A 241 0.297 0 0.044 0.048 0.397 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.092 0 0.054 0.063 0.415 100.000 100.000 0.055 LGA L 243 L 243 0.271 0 0.018 0.053 0.489 100.000 100.000 0.307 LGA Q 244 Q 244 0.166 0 0.028 0.202 0.922 100.000 93.939 0.597 LGA N 245 N 245 0.145 0 0.014 0.069 0.446 100.000 100.000 0.324 LGA E 246 E 246 0.170 0 0.034 0.567 2.081 100.000 85.455 1.284 LGA V 247 V 247 0.159 0 0.037 0.040 0.223 100.000 100.000 0.130 LGA Y 248 Y 248 0.256 0 0.035 0.113 1.058 100.000 91.061 1.058 LGA I 249 I 249 0.203 0 0.044 0.045 0.299 100.000 100.000 0.228 LGA G 250 G 250 0.231 0 0.010 0.010 0.231 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.039 0 0.044 0.057 0.140 100.000 100.000 0.099 LGA V 252 V 252 0.211 0 0.029 0.096 0.474 100.000 100.000 0.474 LGA K 253 K 253 0.446 0 0.028 0.093 0.813 100.000 89.899 0.813 LGA Y 254 Y 254 0.467 0 0.036 0.260 3.050 100.000 68.636 3.050 LGA K 255 K 255 0.727 0 0.067 0.333 1.361 81.818 82.020 1.361 LGA V 256 V 256 0.859 0 0.033 0.031 0.931 81.818 81.818 0.866 LGA R 257 R 257 0.982 0 0.000 1.092 5.586 81.818 51.405 3.152 LGA E 258 E 258 0.972 0 0.026 0.467 2.388 73.636 62.828 2.388 LGA K 259 K 259 1.390 0 0.033 0.297 1.697 65.455 62.424 0.964 LGA T 260 T 260 0.978 0 0.022 0.173 1.424 69.545 70.130 1.046 LGA K 261 K 261 1.801 0 0.084 0.195 2.765 48.636 44.444 2.765 LGA D 262 D 262 1.530 0 0.039 0.123 1.635 50.909 64.318 0.693 LGA G 263 G 263 1.806 0 0.111 0.111 2.209 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.495 0 0.132 0.239 2.223 61.818 55.960 1.758 LGA R 265 R 265 1.273 0 0.131 0.917 4.548 65.455 48.595 4.548 LGA T 266 T 266 1.118 0 0.091 0.119 1.229 69.545 72.468 0.957 LGA I 267 I 267 0.718 0 0.029 0.076 0.879 81.818 81.818 0.765 LGA R 268 R 268 0.491 0 0.031 0.994 3.545 90.909 78.843 3.545 LGA P 269 P 269 0.388 0 0.042 0.052 0.391 100.000 100.000 0.374 LGA E 270 E 270 0.589 0 0.093 0.650 2.152 86.364 73.535 2.152 LGA K 271 K 271 0.649 0 0.165 0.723 4.745 86.364 55.152 4.727 LGA E 272 E 272 0.371 0 0.043 0.218 2.428 95.455 72.929 2.428 LGA Q 273 Q 273 0.453 0 0.089 0.124 0.835 90.909 93.939 0.445 LGA I 274 I 274 0.102 0 0.034 0.102 0.626 100.000 97.727 0.626 LGA V 275 V 275 0.250 0 0.016 0.048 0.408 100.000 100.000 0.379 LGA V 276 V 276 0.228 0 0.031 0.013 0.324 100.000 100.000 0.231 LGA Q 277 Q 277 0.210 0 0.044 0.580 2.516 100.000 81.010 2.516 LGA D 278 D 278 0.066 0 0.029 0.234 0.893 100.000 95.455 0.643 LGA A 279 A 279 0.106 0 0.031 0.031 0.370 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.224 0 0.042 0.145 0.583 95.455 98.182 0.462 LGA A 281 A 281 0.290 0 0.012 0.010 0.381 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.219 0 0.025 0.034 0.405 100.000 100.000 0.322 LGA I 283 I 283 0.312 0 0.030 0.034 0.469 100.000 100.000 0.335 LGA I 284 I 284 0.288 0 0.000 0.041 0.288 100.000 100.000 0.188 LGA D 285 D 285 0.358 0 0.013 0.320 1.151 100.000 88.864 1.151 LGA K 286 K 286 0.340 0 0.000 0.210 0.910 100.000 95.960 0.910 LGA E 287 E 287 0.533 0 0.038 0.232 2.083 86.364 72.121 2.083 LGA Q 288 Q 288 0.514 0 0.027 0.702 2.149 90.909 73.939 1.540 LGA F 289 F 289 0.196 0 0.023 0.096 0.435 100.000 100.000 0.384 LGA Q 290 Q 290 0.235 0 0.041 1.185 3.645 100.000 68.687 3.645 LGA Q 291 Q 291 0.227 0 0.052 0.209 0.919 100.000 93.939 0.769 LGA S 292 S 292 0.196 0 0.056 0.053 0.327 100.000 100.000 0.327 LGA Q 293 Q 293 0.152 0 0.000 0.076 0.256 100.000 100.000 0.230 LGA V 294 V 294 0.211 0 0.055 0.055 0.610 100.000 94.805 0.521 LGA K 295 K 295 0.423 0 0.031 0.229 0.601 95.455 91.919 0.239 LGA I 296 I 296 0.413 0 0.074 0.067 0.974 90.909 93.182 0.204 LGA A 297 A 297 0.550 0 0.028 0.019 0.779 95.455 92.727 - LGA N 298 N 298 1.188 0 0.000 0.100 3.318 52.727 42.955 2.080 LGA K 299 K 299 4.887 0 0.452 0.717 14.752 12.273 5.455 14.752 LGA V 300 V 300 2.742 0 0.077 0.121 4.763 23.636 16.883 3.786 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.944 0.919 1.898 87.172 81.551 67.594 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 95.556 97.934 12.934 LGA_LOCAL RMSD: 0.944 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.944 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.944 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.280877 * X + 0.116322 * Y + -0.952669 * Z + 151.263657 Y_new = -0.957985 * X + 0.026091 * Y + 0.285630 * Z + 149.179108 Z_new = 0.058082 * X + 0.992869 * Y + 0.104107 * Z + 140.186356 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.855999 -0.058114 1.466324 [DEG: -106.3409 -3.3297 84.0142 ] ZXZ: -1.862089 1.466501 0.058432 [DEG: -106.6898 84.0243 3.3479 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS204_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS204_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.934 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS204_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.108 185.007 153.266 1.00 0.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.546 185.707 154.424 1.00 0.00 C ATOM 1347 C GLY 165 152.016 185.711 154.450 1.00 0.00 C ATOM 1348 O GLY 165 151.436 186.726 154.833 1.00 0.00 O ATOM 1349 N LYS 166 151.376 184.720 153.815 1.00 0.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.938 184.457 153.964 1.00 0.00 C ATOM 1351 C LYS 166 149.682 183.608 155.213 1.00 0.00 C ATOM 1352 O LYS 166 150.533 182.813 155.608 1.00 0.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.375 183.780 152.706 1.00 0.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.433 184.693 151.470 1.00 0.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.979 183.938 150.216 1.00 0.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.863 184.878 149.014 1.00 0.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.665 184.107 147.768 1.00 0.00 N ATOM 1358 N TRP 167 148.530 183.809 155.839 1.00 0.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 148.026 183.022 156.962 1.00 0.00 C ATOM 1360 C TRP 167 147.233 181.811 156.454 1.00 0.00 C ATOM 1361 O TRP 167 146.443 181.954 155.522 1.00 0.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.131 183.917 157.811 1.00 0.00 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.712 183.323 159.115 1.00 0.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.559 182.666 159.378 1.00 0.00 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.481 183.297 160.351 1.00 0.00 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.543 182.268 160.702 1.00 0.00 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.707 182.632 161.348 1.00 0.00 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.757 183.780 160.715 1.00 0.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.178 182.467 162.656 1.00 0.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 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4437 HIS A 545 END