####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS198_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS198_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 64 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 23 108 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 4 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 76 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 13 103 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 17 28 47 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 103 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 15 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 53 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 53 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 76 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 76 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 76 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 46 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 9 113 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 7 113 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 7 113 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 71 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 16 61 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 37 63 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 43 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 79 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 68 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 80 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 20 95 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 68 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 116 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 85.93 93.33 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.48 0.62 0.73 0.77 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.90 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.683 0 0.043 0.043 0.687 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.539 0 0.041 0.107 1.337 86.364 80.202 1.337 LGA W 167 W 167 0.246 0 0.147 0.196 0.633 95.455 98.701 0.396 LGA I 168 I 168 1.063 0 0.008 0.721 2.428 69.545 64.318 0.847 LGA S 169 S 169 1.947 0 0.363 0.707 4.780 70.000 50.000 4.780 LGA G 170 G 170 1.831 0 0.184 0.184 1.831 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.537 0 0.134 1.371 5.676 81.818 53.636 3.392 LGA A 172 A 172 0.533 0 0.005 0.016 0.558 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.337 0 0.014 0.175 0.716 100.000 97.403 0.716 LGA Y 174 Y 174 0.364 0 0.030 0.217 1.293 100.000 88.182 1.293 LGA G 175 G 175 0.418 0 0.052 0.052 0.452 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.607 0 0.033 0.156 0.730 81.818 89.394 0.323 LGA Q 177 Q 177 0.957 0 0.045 0.322 1.632 81.818 78.384 0.892 LGA L 178 L 178 0.625 0 0.135 0.219 1.609 73.636 73.864 1.609 LGA N 179 N 179 1.280 0 0.169 0.723 4.957 65.909 39.318 4.957 LGA K 180 K 180 3.436 0 0.277 0.948 12.799 29.545 13.131 12.799 LGA K 181 K 181 1.990 0 0.454 0.950 10.689 65.909 29.899 10.689 LGA T 182 T 182 0.880 0 0.010 1.117 3.399 82.273 68.571 3.399 LGA S 183 S 183 0.848 0 0.129 0.115 1.270 86.364 79.394 1.270 LGA K 184 K 184 0.731 0 0.065 0.900 3.090 81.818 71.111 3.090 LGA L 185 L 185 0.475 0 0.074 0.077 0.716 90.909 95.455 0.248 LGA D 186 D 186 0.349 0 0.051 0.211 0.747 90.909 93.182 0.163 LGA P 187 P 187 0.644 0 0.034 0.072 1.407 73.636 77.143 0.689 LGA V 188 V 188 0.976 0 0.016 0.019 1.122 81.818 74.805 1.122 LGA E 189 E 189 0.965 0 0.037 0.157 1.113 77.727 78.182 1.113 LGA D 190 D 190 0.856 0 0.025 0.038 1.200 81.818 75.682 1.200 LGA E 191 E 191 0.623 0 0.000 0.056 0.867 90.909 85.859 0.867 LGA A 192 A 192 0.405 0 0.027 0.026 0.460 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.449 0 0.049 0.101 0.789 100.000 89.899 0.736 LGA V 194 V 194 0.334 0 0.019 0.056 0.458 100.000 100.000 0.458 LGA V 195 V 195 0.221 0 0.000 0.000 0.357 100.000 100.000 0.244 LGA Q 196 Q 196 0.291 0 0.010 0.216 1.297 100.000 90.303 1.077 LGA L 197 L 197 0.303 0 0.000 0.063 0.389 100.000 100.000 0.389 LGA I 198 I 198 0.168 0 0.052 0.080 0.252 100.000 100.000 0.225 LGA F 199 F 199 0.279 0 0.034 0.039 0.376 100.000 100.000 0.229 LGA N 200 N 200 0.385 0 0.000 0.636 1.531 100.000 89.545 1.531 LGA I 201 I 201 0.245 0 0.032 0.065 0.397 100.000 100.000 0.352 LGA F 202 F 202 0.231 0 0.053 0.067 0.440 100.000 100.000 0.440 LGA L 203 L 203 0.402 0 0.030 0.104 0.965 100.000 93.182 0.716 LGA N 204 N 204 0.304 0 0.044 0.080 1.275 100.000 86.818 1.057 LGA G 205 G 205 0.331 0 0.043 0.043 0.331 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.413 0 0.035 1.106 3.345 90.909 76.591 1.324 LGA N 207 N 207 0.984 0 0.048 0.165 1.182 73.636 69.545 1.091 LGA G 208 G 208 1.275 0 0.096 0.096 1.979 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.253 0 0.078 0.252 2.827 65.455 54.949 2.827 LGA D 210 D 210 1.257 0 0.061 0.807 2.178 69.545 62.273 2.178 LGA Y 211 Y 211 1.750 0 0.159 0.640 2.117 54.545 50.000 1.697 LGA S 212 S 212 2.154 0 0.640 0.763 5.695 39.545 28.182 5.695 LGA Y 213 Y 213 3.190 0 0.193 1.104 14.444 36.364 12.273 14.444 LGA A 215 A 215 1.087 0 0.193 0.210 2.137 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.426 0 0.000 0.165 0.525 100.000 97.727 0.490 LGA A 217 A 217 0.261 0 0.054 0.066 0.362 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.450 0 0.036 0.089 1.109 100.000 91.212 1.109 LGA H 219 H 219 0.279 0 0.000 0.079 0.648 100.000 94.545 0.648 LGA L 220 L 220 0.238 0 0.000 0.102 0.421 100.000 100.000 0.421 LGA T 221 T 221 0.112 0 0.012 0.034 0.320 100.000 100.000 0.090 LGA N 222 N 222 0.311 0 0.047 0.035 0.602 95.455 97.727 0.318 LGA L 223 L 223 0.503 0 0.038 0.088 0.883 95.455 88.636 0.784 LGA Q 224 Q 224 0.367 0 0.053 0.202 0.904 100.000 91.919 0.902 LGA I 225 I 225 0.333 0 0.045 0.057 0.478 100.000 100.000 0.378 LGA P 226 P 226 0.297 0 0.029 0.043 0.581 100.000 94.805 0.581 LGA T 227 T 227 0.361 0 0.046 0.133 0.652 100.000 97.403 0.652 LGA P 228 P 228 0.690 0 0.123 0.155 0.754 81.818 81.818 0.570 LGA S 229 S 229 0.791 0 0.146 0.132 0.905 81.818 84.848 0.483 LGA G 230 G 230 0.901 0 0.000 0.000 0.956 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.385 0 0.061 0.498 0.983 95.455 89.899 0.983 LGA K 232 K 232 0.169 0 0.070 0.222 1.136 100.000 94.141 1.136 LGA R 233 R 233 0.346 0 0.033 1.197 5.725 100.000 62.149 4.246 LGA W 234 W 234 0.382 0 0.034 0.164 0.680 100.000 94.805 0.680 LGA N 235 N 235 0.532 0 0.013 0.553 2.326 86.364 76.591 2.326 LGA Q 236 Q 236 0.581 0 0.000 1.007 3.624 86.364 67.273 3.624 LGA Y 237 Y 237 0.569 0 0.071 0.191 1.018 86.364 80.606 1.001 LGA T 238 T 238 0.405 0 0.000 0.044 0.456 100.000 100.000 0.456 LGA I 239 I 239 0.348 0 0.028 0.084 0.354 100.000 100.000 0.327 LGA K 240 K 240 0.623 0 0.014 0.212 3.176 86.364 63.838 3.176 LGA A 241 A 241 0.506 0 0.082 0.090 0.611 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.115 0 0.039 0.051 0.166 100.000 100.000 0.150 LGA L 243 L 243 0.084 0 0.045 0.075 0.367 100.000 100.000 0.209 LGA Q 244 Q 244 0.204 0 0.086 0.290 1.222 95.455 90.101 0.720 LGA N 245 N 245 0.280 0 0.021 0.151 0.535 100.000 97.727 0.535 LGA E 246 E 246 0.217 0 0.029 0.466 1.265 100.000 92.323 1.113 LGA V 247 V 247 0.181 0 0.000 0.865 1.915 100.000 85.974 1.915 LGA Y 248 Y 248 0.280 0 0.040 0.125 1.086 100.000 92.576 1.086 LGA I 249 I 249 0.263 0 0.000 0.043 0.527 100.000 95.455 0.527 LGA G 250 G 250 0.094 0 0.049 0.049 0.416 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.317 0 0.046 0.074 0.436 100.000 100.000 0.316 LGA V 252 V 252 0.333 0 0.075 0.102 0.773 95.455 97.403 0.469 LGA K 253 K 253 0.318 0 0.111 0.183 0.664 95.455 95.960 0.277 LGA Y 254 Y 254 0.725 0 0.057 0.244 2.389 90.909 66.970 2.389 LGA K 255 K 255 0.841 0 0.045 0.358 1.212 81.818 80.000 1.212 LGA V 256 V 256 0.929 0 0.064 0.074 1.036 81.818 79.481 0.841 LGA R 257 R 257 0.753 0 0.072 1.109 5.197 81.818 57.355 3.484 LGA E 258 E 258 0.837 0 0.025 0.834 3.858 81.818 55.758 3.858 LGA K 259 K 259 0.913 0 0.057 0.164 1.122 81.818 78.182 1.122 LGA T 260 T 260 1.189 0 0.000 0.064 1.328 65.455 65.455 1.328 LGA K 261 K 261 1.622 0 0.047 0.319 2.473 54.545 51.111 2.473 LGA D 262 D 262 1.457 0 0.029 0.958 3.146 65.455 49.545 2.691 LGA G 263 G 263 0.980 0 0.000 0.000 1.079 77.727 77.727 - LGA K 264 K 264 0.689 0 0.046 0.454 2.396 81.818 76.970 2.396 LGA R 265 R 265 0.637 0 0.095 0.942 4.814 81.818 54.380 4.814 LGA T 266 T 266 0.743 0 0.037 0.098 0.780 81.818 81.818 0.707 LGA I 267 I 267 0.587 0 0.041 0.081 0.789 81.818 81.818 0.789 LGA R 268 R 268 0.559 0 0.029 0.951 2.411 86.364 78.843 2.411 LGA P 269 P 269 0.523 0 0.020 0.037 0.713 90.909 87.013 0.713 LGA E 270 E 270 0.391 0 0.045 0.294 0.839 100.000 95.960 0.839 LGA K 271 K 271 0.516 0 0.080 0.759 4.616 86.364 56.768 4.616 LGA E 272 E 272 0.494 0 0.104 0.135 1.674 95.455 77.374 1.674 LGA Q 273 Q 273 0.602 0 0.064 0.134 0.795 81.818 81.818 0.705 LGA I 274 I 274 0.472 0 0.040 0.126 1.096 90.909 84.318 1.096 LGA V 275 V 275 0.199 0 0.000 0.011 0.350 100.000 100.000 0.350 LGA V 276 V 276 0.223 0 0.069 0.062 0.366 100.000 100.000 0.314 LGA Q 277 Q 277 0.208 0 0.058 0.595 2.753 100.000 78.384 2.753 LGA D 278 D 278 0.212 0 0.054 0.186 0.735 100.000 97.727 0.735 LGA A 279 A 279 0.291 0 0.007 0.014 0.371 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.211 0 0.023 0.124 0.391 100.000 100.000 0.188 LGA A 281 A 281 0.353 0 0.023 0.019 0.546 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.257 0 0.046 0.051 0.493 100.000 100.000 0.493 LGA I 283 I 283 0.386 0 0.026 0.044 0.617 95.455 95.455 0.484 LGA I 284 I 284 0.290 0 0.020 0.091 0.418 100.000 100.000 0.259 LGA D 285 D 285 0.682 0 0.060 1.072 4.022 81.818 64.545 1.663 LGA K 286 K 286 0.704 0 0.000 0.247 1.049 81.818 80.000 1.049 LGA E 287 E 287 0.693 0 0.041 0.385 1.901 81.818 76.566 0.711 LGA Q 288 Q 288 0.461 0 0.022 0.354 1.682 100.000 90.505 0.945 LGA F 289 F 289 0.460 0 0.046 0.126 0.656 90.909 90.083 0.597 LGA Q 290 Q 290 0.702 0 0.013 1.203 3.284 81.818 61.818 3.284 LGA Q 291 Q 291 0.568 0 0.037 0.096 0.617 81.818 81.818 0.614 LGA S 292 S 292 0.484 0 0.051 0.706 2.554 86.364 78.788 2.554 LGA Q 293 Q 293 0.651 0 0.000 0.193 0.992 81.818 81.818 0.992 LGA V 294 V 294 0.801 0 0.073 0.091 0.989 81.818 81.818 0.848 LGA K 295 K 295 0.379 0 0.062 0.178 0.656 95.455 95.960 0.516 LGA I 296 I 296 0.634 0 0.025 0.081 1.008 82.273 82.273 0.643 LGA A 297 A 297 1.215 0 0.084 0.100 1.535 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.362 0 0.030 0.372 2.463 82.273 66.818 2.463 LGA K 299 K 299 2.493 0 0.335 0.651 12.538 62.727 28.485 12.538 LGA V 300 V 300 2.338 0 0.086 0.084 4.768 44.545 28.052 4.768 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.866 0.795 1.760 87.306 80.914 65.852 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.87 95.741 98.086 13.980 LGA_LOCAL RMSD: 0.866 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.866 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.866 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.824363 * X + -0.470583 * Y + -0.314606 * Z + 156.626373 Y_new = 0.277645 * X + 0.148197 * Y + -0.949184 * Z + 151.370865 Z_new = 0.493294 * X + -0.869821 * Y + 0.008486 * Z + 139.252274 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.816726 -0.515872 -1.561040 [DEG: 161.3865 -29.5573 -89.4410 ] ZXZ: -0.320054 1.562310 2.625700 [DEG: -18.3377 89.5138 150.4415 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS198_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS198_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.87 98.086 0.87 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS198_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT 4kis_C 4kis_A 4bqq_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 153.741 185.160 153.232 1.00 89.56 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.176 185.856 154.391 1.00 89.56 C ATOM 2722 C GLY 165 151.656 185.717 154.539 1.00 89.56 C ATOM 2723 O GLY 165 151.052 186.429 155.334 1.00 89.56 O ATOM 2724 N LYS 166 151.006 184.813 153.791 1.00 90.38 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.565 184.552 153.944 1.00 90.38 C ATOM 2728 C LYS 166 149.297 183.755 155.225 1.00 90.38 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.982 183.850 152.705 1.00 90.38 C ATOM 2732 O LYS 166 150.028 182.820 155.562 1.00 90.38 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.090 184.683 151.414 1.00 90.38 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.566 183.913 150.187 1.00 90.38 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.514 184.816 148.945 1.00 90.38 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.098 184.085 147.718 1.00 90.38 N ATOM 2746 N TRP 167 148.192 184.058 155.903 1.00 92.50 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.734 183.332 157.085 1.00 92.50 C ATOM 2750 C TRP 167 146.815 182.168 156.693 1.00 92.50 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.059 184.292 158.057 1.00 92.50 C ATOM 2754 O TRP 167 145.653 182.345 156.340 1.00 92.50 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.747 183.670 159.381 1.00 92.50 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.587 183.079 159.752 1.00 92.50 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.636 183.565 160.528 1.00 92.50 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.946 182.895 161.578 1.00 92.50 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.960 183.981 160.779 1.00 92.50 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.697 182.630 161.057 1.00 92.50 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 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ATOM 2837 CA PRO 173 145.091 186.076 166.248 1.00 93.00 C ATOM 2839 C PRO 173 144.297 187.302 166.709 1.00 93.00 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.607 186.312 166.236 1.00 93.00 C ATOM 2843 O PRO 173 143.947 188.147 165.894 1.00 93.00 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.041 185.414 165.077 1.00 93.00 C ATOM 2847 CD PRO 173 145.939 185.663 164.060 1.00 93.00 C ATOM 2850 N TYR 174 144.037 187.402 168.014 1.00 95.12 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.336 188.551 168.600 1.00 95.12 C ATOM 2854 C TYR 174 144.026 189.862 168.226 1.00 95.12 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.346 188.394 170.120 1.00 95.12 C ATOM 2858 O TYR 174 145.252 189.908 168.292 1.00 95.12 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.517 189.434 170.840 1.00 95.12 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.139 190.411 171.640 1.00 95.12 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.117 189.433 170.689 1.00 95.12 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.356 191.375 172.300 1.00 95.12 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.332 190.382 171.365 1.00 95.12 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.200 192.277 172.826 1.00 95.12 O ATOM 2870 CZ TYR 174 140.951 191.358 172.172 1.00 95.12 C ATOM 2871 N GLY 175 143.282 190.896 167.845 1.00 94.94 N ATOM 2873 CA GLY 175 143.841 192.125 167.272 1.00 94.94 C ATOM 2876 C GLY 175 143.824 192.152 165.745 1.00 94.94 C ATOM 2877 O GLY 175 144.011 193.215 165.163 1.00 94.94 O ATOM 2878 N TYR 176 143.584 191.014 165.086 1.00 96.50 N ATOM 2880 CA TYR 176 143.616 190.893 163.633 1.00 96.50 C ATOM 2882 C TYR 176 142.379 190.187 163.076 1.00 96.50 C ATOM 2883 CB TYR 176 144.880 190.142 163.193 1.00 96.50 C ATOM 2886 O TYR 176 141.842 189.248 163.661 1.00 96.50 O ATOM 2887 CG TYR 176 146.181 190.880 163.432 1.00 96.50 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 146.577 191.880 162.528 1.00 96.50 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 147.003 190.563 164.530 1.00 96.50 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 147.790 192.563 162.709 1.00 96.50 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 148.233 191.230 164.701 1.00 96.50 C ATOM 2896 OH TYR 176 149.827 192.859 163.935 1.00 96.50 O ATOM 2898 CZ TYR 176 148.630 192.232 163.790 1.00 96.50 C ATOM 2899 N GLN 177 142.005 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