####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS198_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS198_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 66 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 68 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 22 56 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 86 118 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 28 93 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 93 105 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 7 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 47 110 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 40 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 39 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 78 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 64 109 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 23 103 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 103 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 103 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 81 120 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 24 68 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 12 16 22 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 39 103 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 74 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 51 105 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 91 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 4 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 113 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 83.70 90.37 95.56 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.49 0.61 0.74 0.84 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.96 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.642 0 0.031 0.031 0.734 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.632 0 0.036 0.140 1.299 81.818 78.182 1.299 LGA W 167 W 167 0.327 0 0.169 0.203 0.494 100.000 100.000 0.460 LGA I 168 I 168 0.682 0 0.055 0.212 1.810 73.636 74.091 1.416 LGA S 169 S 169 2.244 0 0.335 0.732 4.989 55.000 38.788 4.989 LGA G 170 G 170 1.831 0 0.199 0.199 1.831 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.573 0 0.139 1.432 5.816 86.364 55.909 3.286 LGA A 172 A 172 0.436 0 0.027 0.048 0.508 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.283 0 0.000 0.033 0.323 100.000 100.000 0.261 LGA Y 174 Y 174 0.321 0 0.024 0.211 1.418 100.000 88.182 1.418 LGA G 175 G 175 0.345 0 0.058 0.058 0.388 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.561 0 0.046 0.167 0.613 90.909 92.424 0.304 LGA Q 177 Q 177 0.750 0 0.076 0.277 1.962 86.364 78.586 0.792 LGA L 178 L 178 0.441 0 0.145 0.227 1.726 82.273 78.182 1.726 LGA N 179 N 179 1.343 0 0.163 0.745 5.196 65.909 38.409 5.196 LGA K 180 K 180 3.378 0 0.248 0.933 12.702 29.545 13.131 12.702 LGA K 181 K 181 2.129 0 0.452 0.974 11.206 62.727 28.485 11.206 LGA T 182 T 182 1.039 0 0.027 1.116 3.562 78.182 65.195 3.562 LGA S 183 S 183 0.717 0 0.111 0.100 1.134 82.273 76.667 1.119 LGA K 184 K 184 0.732 0 0.080 0.921 3.520 81.818 68.485 3.520 LGA L 185 L 185 0.445 0 0.075 0.081 0.695 95.455 97.727 0.341 LGA D 186 D 186 0.211 0 0.040 0.271 1.052 95.455 93.409 0.177 LGA P 187 P 187 0.492 0 0.022 0.050 1.086 86.818 87.273 0.585 LGA V 188 V 188 0.743 0 0.019 0.055 0.861 81.818 81.818 0.773 LGA E 189 E 189 0.770 0 0.040 0.172 0.982 81.818 81.818 0.982 LGA D 190 D 190 0.762 0 0.022 0.118 1.258 81.818 75.682 1.258 LGA E 191 E 191 0.443 0 0.000 0.092 0.554 95.455 95.960 0.397 LGA A 192 A 192 0.318 0 0.034 0.032 0.331 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.405 0 0.047 0.159 0.678 100.000 89.899 0.678 LGA V 194 V 194 0.322 0 0.018 0.036 0.493 100.000 100.000 0.434 LGA V 195 V 195 0.204 0 0.000 0.000 0.244 100.000 100.000 0.213 LGA Q 196 Q 196 0.241 0 0.026 0.231 1.301 100.000 90.303 1.127 LGA L 197 L 197 0.287 0 0.016 0.090 0.514 100.000 97.727 0.514 LGA I 198 I 198 0.194 0 0.056 0.092 0.318 100.000 100.000 0.318 LGA F 199 F 199 0.311 0 0.025 0.049 0.375 100.000 100.000 0.228 LGA N 200 N 200 0.320 0 0.007 0.597 1.721 100.000 89.318 1.721 LGA I 201 I 201 0.288 0 0.035 0.045 0.470 100.000 100.000 0.470 LGA F 202 F 202 0.273 0 0.064 0.070 0.500 100.000 98.347 0.500 LGA L 203 L 203 0.349 0 0.032 0.075 0.579 100.000 97.727 0.461 LGA N 204 N 204 0.342 0 0.062 0.076 1.279 95.455 84.545 1.012 LGA G 205 G 205 0.446 0 0.079 0.079 0.465 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.364 0 0.039 0.469 1.957 86.364 84.773 0.298 LGA N 207 N 207 0.917 0 0.056 0.304 1.568 73.636 73.864 0.895 LGA G 208 G 208 1.397 0 0.094 0.094 2.072 55.000 55.000 - LGA K 209 K 209 1.449 0 0.075 0.209 2.854 65.455 51.919 2.854 LGA D 210 D 210 1.455 0 0.047 0.806 1.978 65.455 63.864 1.978 LGA Y 211 Y 211 1.900 0 0.132 0.685 2.149 54.545 50.000 1.666 LGA S 212 S 212 2.481 0 0.645 0.758 6.134 33.182 23.030 6.134 LGA Y 213 Y 213 3.049 0 0.216 1.128 14.243 39.545 13.333 14.243 LGA A 215 A 215 1.257 0 0.199 0.217 2.134 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.474 0 0.000 0.162 0.599 95.455 95.455 0.335 LGA A 217 A 217 0.361 0 0.053 0.064 0.408 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.598 0 0.030 0.080 1.150 90.909 85.152 1.150 LGA H 219 H 219 0.506 0 0.000 0.170 0.841 90.909 85.455 0.841 LGA L 220 L 220 0.359 0 0.009 0.135 0.560 100.000 97.727 0.560 LGA T 221 T 221 0.262 0 0.026 0.040 0.367 100.000 100.000 0.205 LGA N 222 N 222 0.339 0 0.044 0.045 0.560 95.455 95.455 0.335 LGA L 223 L 223 0.516 0 0.041 0.053 0.692 95.455 88.636 0.676 LGA Q 224 Q 224 0.412 0 0.092 0.430 1.737 90.909 82.626 1.737 LGA I 225 I 225 0.350 0 0.049 0.049 0.415 100.000 100.000 0.350 LGA P 226 P 226 0.258 0 0.023 0.044 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA T 227 T 227 0.296 0 0.052 0.186 0.679 100.000 97.403 0.679 LGA P 228 P 228 0.442 0 0.258 0.281 0.790 95.455 97.403 0.425 LGA S 229 S 229 0.774 0 0.179 0.162 1.149 77.727 82.121 0.361 LGA G 230 G 230 0.989 0 0.000 0.000 0.989 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.376 0 0.092 0.478 1.109 90.909 84.242 0.752 LGA K 232 K 232 0.215 0 0.104 0.359 2.575 100.000 80.606 2.575 LGA R 233 R 233 0.172 0 0.024 1.122 5.496 100.000 61.322 2.830 LGA W 234 W 234 0.326 0 0.041 0.153 0.658 100.000 93.506 0.592 LGA N 235 N 235 0.501 0 0.023 0.672 2.134 95.455 83.182 2.134 LGA Q 236 Q 236 0.559 0 0.000 1.068 4.209 95.455 69.697 4.209 LGA Y 237 Y 237 0.507 0 0.068 0.192 1.008 86.364 83.485 1.008 LGA T 238 T 238 0.387 0 0.010 0.035 0.433 100.000 100.000 0.410 LGA I 239 I 239 0.190 0 0.021 0.076 0.244 100.000 100.000 0.215 LGA K 240 K 240 0.446 0 0.025 0.246 2.325 100.000 76.566 2.322 LGA A 241 A 241 0.444 0 0.113 0.123 0.853 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.172 0 0.042 0.046 0.239 100.000 100.000 0.239 LGA L 243 L 243 0.175 0 0.023 0.044 0.296 100.000 100.000 0.206 LGA Q 244 Q 244 0.163 0 0.107 0.419 1.611 95.455 86.667 1.102 LGA N 245 N 245 0.157 0 0.039 0.153 0.449 100.000 100.000 0.449 LGA E 246 E 246 0.127 0 0.032 0.261 0.742 100.000 95.960 0.742 LGA V 247 V 247 0.145 0 0.064 0.174 0.504 95.455 97.403 0.239 LGA Y 248 Y 248 0.379 0 0.065 0.109 0.964 100.000 92.424 0.964 LGA I 249 I 249 0.359 0 0.082 0.101 0.757 95.455 97.727 0.470 LGA G 250 G 250 0.130 0 0.048 0.048 0.495 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.318 0 0.043 0.076 0.355 100.000 100.000 0.184 LGA V 252 V 252 0.374 0 0.061 0.101 0.714 95.455 94.805 0.608 LGA K 253 K 253 0.332 0 0.100 0.161 0.704 95.455 97.980 0.346 LGA Y 254 Y 254 0.743 0 0.050 0.275 2.632 90.909 63.788 2.632 LGA K 255 K 255 1.085 0 0.164 0.315 1.881 61.818 69.293 1.305 LGA V 256 V 256 1.070 0 0.077 0.103 1.242 69.545 67.792 1.048 LGA R 257 R 257 1.037 0 0.069 1.219 5.337 65.455 50.413 2.681 LGA E 258 E 258 1.070 0 0.069 0.631 3.574 65.455 47.475 3.574 LGA K 259 K 259 1.394 0 0.052 0.130 1.494 65.455 65.455 1.494 LGA T 260 T 260 1.569 0 0.013 0.057 1.718 50.909 50.909 1.718 LGA K 261 K 261 1.783 0 0.058 0.256 2.162 50.909 49.495 2.162 LGA D 262 D 262 1.922 0 0.164 0.863 3.346 50.909 39.773 3.264 LGA G 263 G 263 1.750 0 0.000 0.000 1.751 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.048 0 0.102 0.285 1.217 65.455 74.545 0.650 LGA R 265 R 265 0.950 0 0.142 0.858 4.618 73.636 50.579 4.618 LGA T 266 T 266 1.199 0 0.046 0.129 1.485 73.636 70.130 1.235 LGA I 267 I 267 0.838 0 0.071 0.098 1.182 77.727 79.773 0.958 LGA R 268 R 268 0.755 0 0.019 0.943 2.483 81.818 70.909 2.152 LGA P 269 P 269 0.679 0 0.021 0.041 0.824 81.818 81.818 0.824 LGA E 270 E 270 0.600 0 0.033 0.347 0.832 81.818 83.838 0.506 LGA K 271 K 271 0.606 0 0.078 0.801 4.865 81.818 54.343 4.865 LGA E 272 E 272 0.660 0 0.097 0.280 2.103 81.818 68.283 1.644 LGA Q 273 Q 273 0.754 0 0.079 0.184 1.086 77.727 78.182 1.086 LGA I 274 I 274 0.575 0 0.051 0.137 1.281 81.818 79.773 1.281 LGA V 275 V 275 0.312 0 0.000 0.000 0.398 100.000 100.000 0.398 LGA V 276 V 276 0.244 0 0.052 0.044 0.419 100.000 100.000 0.342 LGA Q 277 Q 277 0.275 0 0.050 0.604 2.714 100.000 79.596 2.714 LGA D 278 D 278 0.187 0 0.045 0.146 0.854 100.000 97.727 0.854 LGA A 279 A 279 0.212 0 0.025 0.029 0.297 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.123 0 0.023 0.115 0.374 100.000 100.000 0.210 LGA A 281 A 281 0.412 0 0.028 0.025 0.612 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.204 0 0.051 0.055 0.494 100.000 100.000 0.494 LGA I 283 I 283 0.311 0 0.025 0.057 0.443 100.000 100.000 0.338 LGA I 284 I 284 0.251 0 0.000 0.061 0.429 100.000 100.000 0.177 LGA D 285 D 285 0.607 0 0.067 0.375 1.975 86.364 76.136 1.256 LGA K 286 K 286 0.710 0 0.000 0.276 0.998 81.818 81.818 0.719 LGA E 287 E 287 0.765 0 0.031 0.412 2.776 81.818 68.889 2.776 LGA Q 288 Q 288 0.406 0 0.022 0.256 1.664 95.455 82.828 1.314 LGA F 289 F 289 0.422 0 0.035 0.118 0.637 90.909 91.736 0.580 LGA Q 290 Q 290 0.707 0 0.034 1.055 3.081 81.818 64.646 3.081 LGA Q 291 Q 291 0.489 0 0.038 0.121 0.603 95.455 95.960 0.603 LGA S 292 S 292 0.354 0 0.054 0.681 2.352 95.455 86.667 2.352 LGA Q 293 Q 293 0.696 0 0.003 0.151 0.947 81.818 81.818 0.834 LGA V 294 V 294 0.738 0 0.071 0.132 0.892 81.818 81.818 0.710 LGA K 295 K 295 0.461 0 0.141 0.267 1.364 86.818 88.081 0.467 LGA I 296 I 296 0.833 0 0.049 0.075 1.304 73.636 75.682 0.570 LGA A 297 A 297 1.416 0 0.127 0.148 1.810 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.128 0 0.083 0.525 2.345 90.909 75.000 2.345 LGA K 299 K 299 2.766 0 0.317 0.792 13.190 52.727 24.040 13.190 LGA V 300 V 300 2.208 0 0.099 0.103 4.425 41.364 26.753 4.425 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.927 0.866 1.786 85.758 80.191 66.799 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 94.815 97.586 13.151 LGA_LOCAL RMSD: 0.927 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.927 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.927 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.602893 * X + 0.327515 * Y + 0.727498 * Z + 156.259521 Y_new = 0.796961 * X + 0.204880 * Y + 0.568223 * Z + 151.262848 Z_new = 0.037052 * X + 0.922365 * Y + -0.384538 * Z + 139.451202 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.218438 -0.037061 1.965789 [DEG: 127.1071 -2.1234 112.6314 ] ZXZ: 2.233884 1.965503 0.040149 [DEG: 127.9921 112.6150 2.3004 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS198_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS198_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.586 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS198_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT 4kis_C 4kis_A 4bqq_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 153.779 185.090 153.244 1.00 89.56 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.159 185.699 154.425 1.00 89.56 C ATOM 2722 C GLY 165 151.626 185.600 154.472 1.00 89.56 C ATOM 2723 O GLY 165 151.007 186.288 155.278 1.00 89.56 O ATOM 2724 N LYS 166 150.992 184.763 153.633 1.00 90.12 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.550 184.462 153.743 1.00 90.12 C ATOM 2728 C LYS 166 149.305 183.609 155.008 1.00 90.12 C ATOM 2729 CB LYS 166 149.017 183.777 152.458 1.00 90.12 C ATOM 2732 O LYS 166 150.080 182.701 155.312 1.00 90.12 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.094 184.593 151.142 1.00 90.12 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.599 183.784 149.911 1.00 90.12 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.578 184.597 148.598 1.00 90.12 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.192 183.795 147.389 1.00 90.12 N ATOM 2746 N TRP 167 148.216 183.855 155.738 1.00 91.88 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.838 183.119 156.953 1.00 91.88 C ATOM 2750 C TRP 167 147.003 181.873 156.611 1.00 91.88 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.115 184.059 157.922 1.00 91.88 C ATOM 2754 O TRP 167 145.852 181.957 156.190 1.00 91.88 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.748 183.443 159.239 1.00 91.88 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.568 182.852 159.545 1.00 91.88 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.557 183.364 160.454 1.00 91.88 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.793 182.711 161.466 1.00 91.88 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.857 183.790 160.803 1.00 91.88 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.588 182.425 160.861 1.00 91.88 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.588 182.930 163.075 1.00 91.88 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.289 182.495 162.759 1.00 91.88 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.368 183.577 162.098 1.00 91.88 C ATOM 2770 N ILE 168 147.606 180.690 156.764 1.00 85.62 N ATOM 2772 CA ILE 168 147.129 179.447 156.117 1.00 85.62 C ATOM 2774 C ILE 168 146.204 178.592 156.995 1.00 85.62 C ATOM 2775 CB ILE 168 148.357 178.613 155.656 1.00 85.62 C ATOM 2777 O ILE 168 145.545 177.675 156.500 1.00 85.62 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 149.417 179.450 154.910 1.00 85.62 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.980 177.411 154.769 1.00 85.62 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.853 180.262 153.742 1.00 85.62 C ATOM 2789 N SER 169 146.237 178.775 158.318 1.00 77.19 N ATOM 2791 CA SER 169 145.807 177.727 159.247 1.00 77.19 C ATOM 2793 C SER 169 145.404 178.258 160.616 1.00 77.19 C ATOM 2794 CB SER 169 146.968 176.743 159.414 1.00 77.19 C ATOM 2797 O SER 169 146.238 178.777 161.348 1.00 77.19 O ATOM 2798 OG SER 169 146.682 175.734 160.361 1.00 77.19 O ATOM 2800 N GLY 170 144.163 177.968 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ATOM 2837 CA PRO 173 145.160 186.061 166.271 1.00 93.19 C ATOM 2839 C PRO 173 144.279 187.236 166.713 1.00 93.19 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.637 186.472 166.234 1.00 93.19 C ATOM 2843 O PRO 173 143.933 188.080 165.894 1.00 93.19 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.141 186.023 164.861 1.00 93.19 C ATOM 2847 CD PRO 173 145.894 185.956 163.997 1.00 93.19 C ATOM 2850 N TYR 174 143.989 187.332 168.012 1.00 95.19 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.330 188.508 168.598 1.00 95.19 C ATOM 2854 C TYR 174 144.075 189.794 168.231 1.00 95.19 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.322 188.347 170.117 1.00 95.19 C ATOM 2858 O TYR 174 145.306 189.797 168.276 1.00 95.19 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.526 189.408 170.847 1.00 95.19 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.189 190.403 171.591 1.00 95.19 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.120 189.403 170.775 1.00 95.19 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.446 191.401 172.249 1.00 95.19 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.374 190.373 171.468 1.00 95.19 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.309 192.355 172.802 1.00 95.19 O ATOM 2870 CZ TYR 174 141.035 191.385 172.190 1.00 95.19 C ATOM 2871 N GLY 175 143.364 190.858 167.876 1.00 95.12 N ATOM 2873 CA GLY 175 143.935 192.066 167.276 1.00 95.12 C ATOM 2876 C GLY 175 143.870 192.082 165.747 1.00 95.12 C ATOM 2877 O GLY 175 144.080 193.137 165.158 1.00 95.12 O ATOM 2878 N TYR 176 143.568 190.955 165.091 1.00 96.06 N ATOM 2880 CA TYR 176 143.591 190.822 163.633 1.00 96.06 C ATOM 2882 C TYR 176 142.388 190.052 163.074 1.00 96.06 C ATOM 2883 CB TYR 176 144.868 190.093 163.192 1.00 96.06 C ATOM 2886 O TYR 176 141.917 189.076 163.658 1.00 96.06 O ATOM 2887 CG TYR 176 146.186 190.779 163.495 1.00 96.06 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 146.637 191.818 162.662 1.00 96.06 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 146.990 190.338 164.564 1.00 96.06 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 147.895 192.406 162.883 1.00 96.06 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 148.268 190.897 164.762 1.00 96.06 C ATOM 2896 OH TYR 176 149.980 192.427 164.070 1.00 96.06 O ATOM 2898 CZ TYR 176 148.726 191.928 163.914 1.00 96.06 C ATOM 2899 N GLN 177 141.976 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