####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS198_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS198_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 70 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 22 46 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 38 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 72 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 5 106 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 16 33 61 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 87 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 12 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 52 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 52 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 73 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 73 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 75 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 56 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 20 112 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 7 112 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 112 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 70 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 30 42 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 20 100 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 25 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 79 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 79 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 68 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 5 110 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 113 128 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 83.70 94.81 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.47 0.66 0.71 0.79 0.83 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.98 0.93 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.708 0 0.039 0.039 0.734 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.536 0 0.041 0.129 1.339 86.364 82.020 1.339 LGA W 167 W 167 0.222 0 0.145 0.185 0.629 95.455 98.701 0.251 LGA I 168 I 168 0.907 0 0.002 0.191 2.148 70.000 64.545 1.581 LGA S 169 S 169 2.342 0 0.392 0.749 5.151 55.000 38.485 5.151 LGA G 170 G 170 1.602 0 0.204 0.204 1.602 70.000 70.000 - LGA L 171 L 171 0.550 0 0.131 1.390 5.782 81.818 53.636 3.373 LGA A 172 A 172 0.529 0 0.015 0.026 0.566 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.354 0 0.016 0.051 0.403 100.000 100.000 0.326 LGA Y 174 Y 174 0.292 0 0.000 0.216 1.311 100.000 89.545 1.311 LGA G 175 G 175 0.418 0 0.067 0.067 0.431 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.591 0 0.035 0.148 0.735 81.818 89.394 0.284 LGA Q 177 Q 177 0.980 0 0.055 0.351 1.593 81.818 74.747 1.028 LGA L 178 L 178 0.693 0 0.136 0.219 1.553 73.636 73.864 1.553 LGA N 179 N 179 1.330 0 0.167 0.701 4.977 65.909 39.318 4.977 LGA K 180 K 180 3.338 0 0.278 0.950 12.718 29.545 13.131 12.718 LGA K 181 K 181 2.148 0 0.446 0.949 10.854 62.727 28.485 10.854 LGA T 182 T 182 0.948 0 0.021 1.118 3.388 82.273 68.571 3.388 LGA S 183 S 183 0.788 0 0.126 0.111 1.152 86.364 79.394 1.131 LGA K 184 K 184 0.670 0 0.063 0.906 3.247 81.818 71.111 3.247 LGA L 185 L 185 0.473 0 0.072 0.078 0.754 90.909 95.455 0.211 LGA D 186 D 186 0.381 0 0.040 0.185 0.734 90.909 93.182 0.189 LGA P 187 P 187 0.623 0 0.026 0.066 1.368 77.727 79.481 0.678 LGA V 188 V 188 0.972 0 0.000 0.008 1.123 81.818 74.805 1.123 LGA E 189 E 189 0.975 0 0.046 0.173 1.018 77.727 78.182 1.018 LGA D 190 D 190 0.900 0 0.010 0.048 1.311 81.818 73.636 1.311 LGA E 191 E 191 0.645 0 0.000 0.057 0.904 90.909 85.859 0.904 LGA A 192 A 192 0.371 0 0.028 0.024 0.439 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.461 0 0.047 0.110 0.784 100.000 89.899 0.623 LGA V 194 V 194 0.331 0 0.008 0.044 0.444 100.000 100.000 0.418 LGA V 195 V 195 0.193 0 0.000 0.000 0.309 100.000 100.000 0.163 LGA Q 196 Q 196 0.267 0 0.033 0.225 1.252 100.000 90.303 1.106 LGA L 197 L 197 0.285 0 0.000 0.063 0.373 100.000 100.000 0.372 LGA I 198 I 198 0.160 0 0.058 0.083 0.271 100.000 100.000 0.234 LGA F 199 F 199 0.258 0 0.033 0.024 0.348 100.000 100.000 0.282 LGA N 200 N 200 0.352 0 0.000 0.621 1.355 100.000 91.364 1.297 LGA I 201 I 201 0.249 0 0.024 0.055 0.408 100.000 100.000 0.221 LGA F 202 F 202 0.201 0 0.052 0.064 0.307 100.000 100.000 0.305 LGA L 203 L 203 0.325 0 0.034 0.091 0.836 100.000 95.455 0.617 LGA N 204 N 204 0.194 0 0.030 0.103 1.095 95.455 88.864 0.806 LGA G 205 G 205 0.396 0 0.055 0.055 0.425 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.428 0 0.036 0.661 2.638 90.909 82.045 0.274 LGA N 207 N 207 0.904 0 0.063 0.206 1.172 77.727 77.727 0.930 LGA G 208 G 208 1.253 0 0.087 0.087 1.835 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.238 0 0.072 0.233 2.741 65.455 56.566 2.741 LGA D 210 D 210 1.245 0 0.062 0.759 1.789 69.545 63.864 1.789 LGA Y 211 Y 211 1.736 0 0.140 0.655 2.037 54.545 51.212 1.581 LGA S 212 S 212 2.280 0 0.637 0.763 5.881 36.364 26.061 5.881 LGA Y 213 Y 213 3.041 0 0.193 1.102 14.412 36.364 12.273 14.412 LGA A 215 A 215 1.080 0 0.196 0.214 2.081 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.409 0 0.000 0.164 0.495 100.000 100.000 0.495 LGA A 217 A 217 0.258 0 0.052 0.061 0.334 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.439 0 0.037 0.100 1.102 100.000 91.212 1.102 LGA H 219 H 219 0.322 0 0.013 0.130 0.704 100.000 94.545 0.704 LGA L 220 L 220 0.231 0 0.000 0.110 0.386 100.000 100.000 0.386 LGA T 221 T 221 0.124 0 0.000 0.026 0.281 100.000 100.000 0.052 LGA N 222 N 222 0.247 0 0.052 0.041 0.551 95.455 97.727 0.241 LGA L 223 L 223 0.480 0 0.042 0.081 0.787 100.000 90.909 0.755 LGA Q 224 Q 224 0.403 0 0.042 0.171 1.015 100.000 90.101 0.865 LGA I 225 I 225 0.350 0 0.049 0.045 0.452 100.000 100.000 0.310 LGA P 226 P 226 0.362 0 0.028 0.059 0.679 100.000 94.805 0.679 LGA T 227 T 227 0.407 0 0.044 0.124 0.676 90.909 92.208 0.676 LGA P 228 P 228 0.670 0 0.142 0.173 0.720 86.364 84.416 0.583 LGA S 229 S 229 0.808 0 0.135 0.123 0.969 81.818 81.818 0.505 LGA G 230 G 230 0.980 0 0.000 0.000 0.980 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.427 0 0.054 0.485 1.067 95.455 88.081 0.850 LGA K 232 K 232 0.160 0 0.084 0.234 1.366 100.000 92.121 1.366 LGA R 233 R 233 0.274 0 0.030 1.109 5.965 100.000 54.545 3.487 LGA W 234 W 234 0.355 0 0.020 0.159 0.594 100.000 96.104 0.594 LGA N 235 N 235 0.538 0 0.010 0.562 2.465 86.364 76.591 2.465 LGA Q 236 Q 236 0.583 0 0.018 0.834 3.036 90.909 68.687 3.036 LGA Y 237 Y 237 0.566 0 0.067 0.165 0.912 86.364 83.333 0.910 LGA T 238 T 238 0.404 0 0.000 0.084 0.493 100.000 100.000 0.493 LGA I 239 I 239 0.349 0 0.015 0.071 0.358 100.000 100.000 0.299 LGA K 240 K 240 0.621 0 0.019 0.202 3.151 86.364 65.455 3.151 LGA A 241 A 241 0.457 0 0.092 0.100 0.639 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.043 0 0.044 0.054 0.194 100.000 100.000 0.152 LGA L 243 L 243 0.133 0 0.016 0.051 0.274 100.000 100.000 0.274 LGA Q 244 Q 244 0.246 0 0.075 0.260 1.075 95.455 90.101 0.725 LGA N 245 N 245 0.346 0 0.030 0.103 0.619 100.000 97.727 0.619 LGA E 246 E 246 0.236 0 0.033 0.493 1.423 100.000 90.303 1.060 LGA V 247 V 247 0.199 0 0.017 0.066 0.269 100.000 100.000 0.187 LGA Y 248 Y 248 0.289 0 0.038 0.132 1.167 100.000 91.061 1.167 LGA I 249 I 249 0.292 0 0.004 0.047 0.559 100.000 95.455 0.559 LGA G 250 G 250 0.138 0 0.031 0.031 0.384 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.373 0 0.044 0.071 0.473 100.000 100.000 0.370 LGA V 252 V 252 0.386 0 0.071 0.099 0.757 95.455 97.403 0.449 LGA K 253 K 253 0.349 0 0.115 0.156 0.711 95.455 91.919 0.453 LGA Y 254 Y 254 0.710 0 0.091 0.182 2.761 86.364 62.273 2.761 LGA K 255 K 255 0.635 0 0.059 0.502 3.651 77.727 55.354 3.376 LGA V 256 V 256 0.697 0 0.060 0.083 0.745 81.818 81.818 0.745 LGA R 257 R 257 0.419 0 0.082 1.106 4.966 90.909 66.612 3.789 LGA E 258 E 258 0.435 0 0.029 0.364 1.881 90.909 78.788 1.881 LGA K 259 K 259 0.703 0 0.051 0.202 1.748 81.818 74.747 1.748 LGA T 260 T 260 1.074 0 0.000 0.060 1.359 65.455 65.455 1.301 LGA K 261 K 261 1.187 0 0.034 0.250 1.316 65.455 69.091 1.301 LGA D 262 D 262 1.489 0 0.044 0.941 3.135 65.455 48.409 3.106 LGA G 263 G 263 1.138 0 0.000 0.000 1.192 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.144 0 0.052 0.461 2.378 69.545 66.061 2.378 LGA R 265 R 265 0.943 0 0.095 0.930 4.810 73.636 48.926 4.810 LGA T 266 T 266 1.111 0 0.039 0.090 1.268 69.545 70.130 0.981 LGA I 267 I 267 0.980 0 0.046 0.088 1.669 73.636 67.727 1.669 LGA R 268 R 268 0.843 0 0.021 0.977 2.470 81.818 70.909 2.470 LGA P 269 P 269 1.149 0 0.016 0.036 1.377 73.636 70.130 1.377 LGA E 270 E 270 0.767 0 0.046 0.442 2.440 81.818 70.101 1.903 LGA K 271 K 271 0.862 0 0.095 0.735 3.953 81.818 60.808 3.558 LGA E 272 E 272 0.829 0 0.128 0.133 2.002 81.818 66.465 2.002 LGA Q 273 Q 273 0.710 0 0.041 0.113 0.978 81.818 81.818 0.740 LGA I 274 I 274 0.521 0 0.035 0.140 1.219 86.364 82.045 1.219 LGA V 275 V 275 0.242 0 0.000 0.013 0.420 100.000 100.000 0.399 LGA V 276 V 276 0.239 0 0.070 0.062 0.438 100.000 100.000 0.313 LGA Q 277 Q 277 0.183 0 0.051 0.682 3.492 100.000 77.172 3.492 LGA D 278 D 278 0.148 0 0.063 0.167 0.801 100.000 97.727 0.801 LGA A 279 A 279 0.239 0 0.022 0.026 0.362 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.191 0 0.023 0.126 0.346 100.000 100.000 0.135 LGA A 281 A 281 0.336 0 0.027 0.026 0.506 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.242 0 0.041 0.053 0.480 100.000 100.000 0.480 LGA I 283 I 283 0.329 0 0.024 0.043 0.550 95.455 95.455 0.458 LGA I 284 I 284 0.264 0 0.011 0.101 0.372 100.000 100.000 0.182 LGA D 285 D 285 0.698 0 0.091 0.990 3.734 81.818 65.227 1.558 LGA K 286 K 286 0.693 0 0.018 0.261 1.044 81.818 80.000 1.044 LGA E 287 E 287 0.740 0 0.039 0.364 1.886 81.818 76.566 0.796 LGA Q 288 Q 288 0.483 0 0.023 0.299 1.534 95.455 84.848 1.319 LGA F 289 F 289 0.448 0 0.035 0.136 0.745 90.909 88.430 0.693 LGA Q 290 Q 290 0.717 0 0.023 1.189 3.253 81.818 59.394 3.253 LGA Q 291 Q 291 0.560 0 0.041 0.083 0.626 86.364 83.838 0.574 LGA S 292 S 292 0.406 0 0.049 0.689 2.513 95.455 84.848 2.513 LGA Q 293 Q 293 0.621 0 0.000 0.199 1.035 81.818 80.000 1.035 LGA V 294 V 294 0.777 0 0.046 0.086 0.866 81.818 81.818 0.815 LGA K 295 K 295 0.370 0 0.053 0.165 0.699 95.455 97.980 0.384 LGA I 296 I 296 0.664 0 0.043 0.073 1.067 82.273 86.591 0.446 LGA A 297 A 297 1.200 0 0.104 0.120 1.723 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.402 0 0.000 0.079 2.223 78.182 66.818 1.813 LGA K 299 K 299 2.650 0 0.343 0.589 12.798 56.364 25.253 12.798 LGA V 300 V 300 2.082 0 0.097 0.096 4.546 47.727 29.870 4.546 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.876 0.807 1.772 86.680 80.435 66.142 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.000 97.924 13.827 LGA_LOCAL RMSD: 0.876 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.876 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.876 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.835700 * X + 0.466637 * Y + 0.289578 * Z + 154.096558 Y_new = 0.529989 * X + -0.823457 * Y + -0.202559 * Z + 150.971420 Z_new = 0.143933 * X + 0.322751 * Y + -0.935476 * Z + 139.476089 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.565178 -0.144435 2.809368 [DEG: 32.3823 -8.2755 160.9649 ] ZXZ: 0.960408 2.780399 0.419487 [DEG: 55.0273 159.3051 24.0348 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS198_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS198_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.924 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS198_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT 4kis_C 4kis_A 4bqq_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 153.748 185.253 153.246 1.00 87.06 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.177 185.921 154.416 1.00 87.06 C ATOM 2722 C GLY 165 151.653 185.798 154.529 1.00 87.06 C ATOM 2723 O GLY 165 151.041 186.517 155.312 1.00 87.06 O ATOM 2724 N LYS 166 151.010 184.902 153.762 1.00 88.19 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.566 184.646 153.886 1.00 88.19 C ATOM 2728 C LYS 166 149.282 183.813 155.141 1.00 88.19 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.987 183.991 152.615 1.00 88.19 C ATOM 2732 O LYS 166 150.012 182.873 155.470 1.00 88.19 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.124 184.838 151.334 1.00 88.19 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.560 184.125 150.084 1.00 88.19 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.728 185.012 148.838 1.00 88.19 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.195 184.415 147.577 1.00 88.19 N ATOM 2746 N TRP 167 148.173 184.095 155.815 1.00 89.88 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.705 183.343 156.973 1.00 89.88 C ATOM 2750 C TRP 167 146.870 182.131 156.536 1.00 89.88 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.934 184.270 157.903 1.00 89.88 C ATOM 2754 O TRP 167 145.717 182.239 156.128 1.00 89.88 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.587 183.642 159.212 1.00 89.88 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.425 183.028 159.536 1.00 89.88 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.429 183.562 160.397 1.00 89.88 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.705 182.889 161.421 1.00 89.88 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.731 184.013 160.706 1.00 89.88 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.488 182.587 160.846 1.00 89.88 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.536 183.149 162.981 1.00 89.88 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.241 182.678 162.699 1.00 89.88 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.277 183.813 161.987 1.00 89.88 C ATOM 2770 N ILE 168 147.484 180.947 156.584 1.00 81.81 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.955 179.742 155.914 1.00 81.81 C ATOM 2774 C ILE 168 146.007 178.915 156.775 1.00 81.81 C ATOM 2775 CB ILE 168 148.131 178.837 155.476 1.00 81.81 C ATOM 2777 O ILE 168 145.179 178.160 156.259 1.00 81.81 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 149.243 179.600 154.745 1.00 81.81 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.666 177.672 154.586 1.00 81.81 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.716 180.419 153.582 1.00 81.81 C ATOM 2789 N SER 169 146.221 178.920 158.086 1.00 75.25 N ATOM 2791 CA SER 169 145.665 177.905 158.974 1.00 75.25 C ATOM 2793 C SER 169 145.335 178.490 160.329 1.00 75.25 C ATOM 2794 CB SER 169 146.677 176.767 159.137 1.00 75.25 C ATOM 2797 O SER 169 146.196 179.075 160.976 1.00 75.25 O ATOM 2798 OG SER 169 146.278 175.846 160.136 1.00 75.25 O ATOM 2800 N GLY 170 144.134 178.175 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ATOM 2837 CA PRO 173 145.084 186.085 166.222 1.00 92.81 C ATOM 2839 C PRO 173 144.179 187.231 166.686 1.00 92.81 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.549 186.527 166.199 1.00 92.81 C ATOM 2843 O PRO 173 143.734 188.029 165.869 1.00 92.81 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.077 186.075 164.839 1.00 92.81 C ATOM 2847 CD PRO 173 145.850 185.950 163.954 1.00 92.81 C ATOM 2850 N TYR 174 143.956 187.330 167.996 1.00 94.56 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.264 188.477 168.589 1.00 94.56 C ATOM 2854 C TYR 174 143.943 189.790 168.182 1.00 94.56 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.296 188.315 170.106 1.00 94.56 C ATOM 2858 O TYR 174 145.170 189.824 168.117 1.00 94.56 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.492 189.359 170.846 1.00 94.56 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.148 190.377 171.563 1.00 94.56 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.085 189.330 170.787 1.00 94.56 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.396 191.366 172.225 1.00 94.56 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.332 190.292 171.482 1.00 94.56 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.252 192.267 172.824 1.00 94.56 O ATOM 2870 CZ TYR 174 140.985 191.318 172.192 1.00 94.56 C ATOM 2871 N GLY 175 143.185 190.843 167.887 1.00 94.44 N ATOM 2873 CA GLY 175 143.729 192.084 167.325 1.00 94.44 C ATOM 2876 C GLY 175 143.757 192.116 165.799 1.00 94.44 C ATOM 2877 O GLY 175 143.967 193.181 165.225 1.00 94.44 O ATOM 2878 N TYR 176 143.534 190.984 165.128 1.00 95.50 N ATOM 2880 CA TYR 176 143.597 190.872 163.675 1.00 95.50 C ATOM 2882 C TYR 176 142.362 190.185 163.091 1.00 95.50 C ATOM 2883 CB TYR 176 144.861 190.109 163.261 1.00 95.50 C ATOM 2886 O TYR 176 141.789 189.262 163.666 1.00 95.50 O ATOM 2887 CG TYR 176 146.165 190.849 163.475 1.00 95.50 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 146.558 191.831 162.549 1.00 95.50 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 147.000 190.542 164.567 1.00 95.50 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 147.777 192.509 162.705 1.00 95.50 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 148.243 191.193 164.707 1.00 95.50 C ATOM 2896 OH TYR 176 149.832 192.809 163.903 1.00 95.50 O ATOM 2898 CZ TYR 176 148.631 192.185 163.779 1.00 95.50 C ATOM 2899 N GLN 177 142.026 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