####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS198_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS198_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 73 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 41 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 69 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 73 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 16 105 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 17 32 59 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 97 121 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 16 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 53 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 54 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 73 117 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 73 117 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 76 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 68 114 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 111 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 111 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 87.41 94.07 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.53 0.63 0.72 0.77 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.89 0.87 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.822 0 0.041 0.041 0.850 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.628 0 0.034 0.139 1.531 90.909 78.788 1.531 LGA W 167 W 167 0.277 0 0.170 0.150 0.560 100.000 97.403 0.388 LGA I 168 I 168 0.767 0 0.078 0.148 1.667 81.818 73.864 1.667 LGA S 169 S 169 0.747 0 0.152 0.306 1.638 77.727 73.939 1.638 LGA G 170 G 170 0.569 0 0.026 0.026 0.610 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.656 0 0.098 1.375 5.943 81.818 51.818 3.517 LGA A 172 A 172 0.578 0 0.010 0.029 0.604 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.393 0 0.000 0.057 0.452 100.000 100.000 0.327 LGA Y 174 Y 174 0.380 0 0.029 0.220 1.322 100.000 88.182 1.322 LGA G 175 G 175 0.459 0 0.061 0.061 0.505 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.650 0 0.032 0.138 0.801 81.818 87.879 0.288 LGA Q 177 Q 177 1.067 0 0.056 0.299 1.532 73.636 67.475 1.067 LGA L 178 L 178 0.771 0 0.127 0.232 1.648 73.636 71.818 1.648 LGA N 179 N 179 1.328 0 0.162 0.707 4.961 65.909 39.318 4.961 LGA K 180 K 180 3.226 0 0.273 0.947 12.597 29.545 13.131 12.597 LGA K 181 K 181 2.111 0 0.452 0.950 10.904 62.727 28.485 10.904 LGA T 182 T 182 0.847 0 0.000 1.110 3.314 82.273 70.649 3.314 LGA S 183 S 183 0.930 0 0.117 0.102 1.332 78.182 73.939 1.306 LGA K 184 K 184 0.718 0 0.071 0.894 2.969 81.818 72.121 2.969 LGA L 185 L 185 0.482 0 0.068 0.074 0.664 90.909 95.455 0.158 LGA D 186 D 186 0.459 0 0.039 0.178 0.794 90.909 93.182 0.156 LGA P 187 P 187 0.725 0 0.021 0.056 1.421 73.636 77.143 0.726 LGA V 188 V 188 1.089 0 0.000 0.013 1.214 69.545 67.792 1.214 LGA E 189 E 189 1.080 0 0.041 0.187 1.176 69.545 69.091 1.176 LGA D 190 D 190 0.968 0 0.013 0.034 1.374 81.818 73.636 1.374 LGA E 191 E 191 0.710 0 0.000 0.051 0.959 86.364 83.838 0.959 LGA A 192 A 192 0.440 0 0.036 0.032 0.513 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.506 0 0.041 0.109 0.847 95.455 87.879 0.738 LGA V 194 V 194 0.350 0 0.009 0.048 0.469 100.000 100.000 0.437 LGA V 195 V 195 0.182 0 0.006 0.000 0.345 100.000 100.000 0.199 LGA Q 196 Q 196 0.280 0 0.017 0.228 1.339 100.000 88.485 1.206 LGA L 197 L 197 0.287 0 0.000 0.054 0.337 100.000 100.000 0.335 LGA I 198 I 198 0.122 0 0.056 0.086 0.291 100.000 100.000 0.181 LGA F 199 F 199 0.224 0 0.033 0.036 0.342 100.000 100.000 0.146 LGA N 200 N 200 0.340 0 0.000 0.579 1.250 100.000 91.364 1.250 LGA I 201 I 201 0.226 0 0.031 0.037 0.392 100.000 100.000 0.119 LGA F 202 F 202 0.175 0 0.050 0.069 0.393 100.000 100.000 0.299 LGA L 203 L 203 0.375 0 0.035 0.088 0.871 100.000 93.182 0.659 LGA N 204 N 204 0.246 0 0.035 0.079 1.053 100.000 91.136 0.898 LGA G 205 G 205 0.225 0 0.056 0.056 0.387 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.396 0 0.031 0.573 2.411 90.909 83.182 0.492 LGA N 207 N 207 0.846 0 0.056 0.162 1.015 77.727 79.773 0.951 LGA G 208 G 208 1.114 0 0.083 0.083 1.761 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.058 0 0.063 0.226 2.299 69.545 61.010 2.299 LGA D 210 D 210 1.076 0 0.062 0.796 2.230 73.636 64.318 2.230 LGA Y 211 Y 211 1.585 0 0.143 0.697 2.056 58.182 53.636 1.516 LGA S 212 S 212 2.111 0 0.639 0.758 5.696 41.818 29.697 5.696 LGA Y 213 Y 213 3.174 0 0.199 1.102 14.493 36.364 12.121 14.493 LGA A 215 A 215 0.987 0 0.198 0.215 2.079 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.432 0 0.000 0.163 0.613 100.000 95.455 0.613 LGA A 217 A 217 0.279 0 0.043 0.056 0.377 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.389 0 0.039 0.101 1.093 100.000 91.212 1.093 LGA H 219 H 219 0.192 0 0.000 0.085 0.606 100.000 94.545 0.606 LGA L 220 L 220 0.166 0 0.000 0.101 0.330 100.000 100.000 0.330 LGA T 221 T 221 0.079 0 0.000 0.000 0.301 100.000 100.000 0.108 LGA N 222 N 222 0.319 0 0.048 0.040 0.606 95.455 97.727 0.316 LGA L 223 L 223 0.492 0 0.047 0.095 0.873 100.000 90.909 0.744 LGA Q 224 Q 224 0.370 0 0.054 0.175 0.974 100.000 91.919 0.814 LGA I 225 I 225 0.324 0 0.050 0.055 0.410 100.000 100.000 0.243 LGA P 226 P 226 0.365 0 0.026 0.051 0.687 100.000 94.805 0.687 LGA T 227 T 227 0.445 0 0.041 0.128 0.732 90.909 92.208 0.732 LGA P 228 P 228 0.765 0 0.140 0.174 0.821 81.818 81.818 0.631 LGA S 229 S 229 0.872 0 0.130 0.117 1.004 77.727 79.091 0.557 LGA G 230 G 230 0.970 0 0.000 0.000 1.030 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.437 0 0.062 0.476 1.027 95.455 86.061 0.879 LGA K 232 K 232 0.254 0 0.085 0.234 0.930 100.000 97.980 0.930 LGA R 233 R 233 0.429 0 0.036 1.100 6.079 100.000 53.223 3.653 LGA W 234 W 234 0.375 0 0.019 0.139 0.585 100.000 97.403 0.585 LGA N 235 N 235 0.446 0 0.000 0.608 2.236 95.455 81.136 2.236 LGA Q 236 Q 236 0.583 0 0.000 1.013 3.581 86.364 65.859 3.581 LGA Y 237 Y 237 0.635 0 0.066 0.170 1.152 81.818 80.455 1.152 LGA T 238 T 238 0.493 0 0.000 0.053 0.574 90.909 89.610 0.556 LGA I 239 I 239 0.467 0 0.019 0.082 0.470 100.000 100.000 0.448 LGA K 240 K 240 0.688 0 0.023 0.187 2.929 81.818 62.828 2.929 LGA A 241 A 241 0.575 0 0.083 0.091 0.686 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.197 0 0.043 0.048 0.288 100.000 100.000 0.097 LGA L 243 L 243 0.187 0 0.000 0.051 0.284 100.000 100.000 0.284 LGA Q 244 Q 244 0.347 0 0.086 0.292 1.314 95.455 90.101 0.708 LGA N 245 N 245 0.380 0 0.031 0.113 0.592 100.000 97.727 0.592 LGA E 246 E 246 0.247 0 0.032 0.455 1.199 100.000 90.303 1.169 LGA V 247 V 247 0.104 0 0.000 0.076 0.184 100.000 100.000 0.184 LGA Y 248 Y 248 0.257 0 0.034 0.133 1.012 100.000 92.576 1.012 LGA I 249 I 249 0.230 0 0.006 0.042 0.499 100.000 100.000 0.499 LGA G 250 G 250 0.089 0 0.047 0.047 0.374 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.290 0 0.045 0.074 0.437 100.000 100.000 0.323 LGA V 252 V 252 0.313 0 0.084 0.108 0.801 95.455 97.403 0.411 LGA K 253 K 253 0.291 0 0.106 0.184 0.568 95.455 97.980 0.237 LGA Y 254 Y 254 0.558 0 0.071 0.194 2.253 95.455 72.121 2.253 LGA K 255 K 255 0.703 0 0.076 0.313 2.323 82.273 68.485 1.580 LGA V 256 V 256 0.575 0 0.081 0.095 0.682 90.909 89.610 0.463 LGA R 257 R 257 0.451 0 0.053 1.132 4.757 86.364 63.306 3.787 LGA E 258 E 258 0.480 0 0.037 0.388 2.189 86.364 75.354 2.189 LGA K 259 K 259 0.871 0 0.052 0.222 2.050 81.818 68.081 2.050 LGA T 260 T 260 1.398 0 0.000 0.109 1.592 58.182 57.143 1.592 LGA K 261 K 261 1.976 0 0.041 0.269 2.335 44.545 45.455 2.335 LGA D 262 D 262 2.113 0 0.027 0.950 3.159 44.545 36.364 3.005 LGA G 263 G 263 1.437 0 0.008 0.008 1.579 61.818 61.818 - LGA K 264 K 264 1.186 0 0.042 0.431 2.897 65.455 61.212 2.897 LGA R 265 R 265 0.856 0 0.086 0.902 4.662 73.636 48.926 4.662 LGA T 266 T 266 0.872 0 0.036 0.086 1.087 81.818 79.481 0.754 LGA I 267 I 267 0.673 0 0.054 0.090 1.456 81.818 77.727 1.456 LGA R 268 R 268 0.547 0 0.023 0.991 3.273 81.818 79.504 3.273 LGA P 269 P 269 0.880 0 0.000 0.029 1.017 81.818 79.481 0.988 LGA E 270 E 270 0.844 0 0.045 0.289 1.425 81.818 76.364 1.315 LGA K 271 K 271 1.007 0 0.088 0.702 4.121 73.636 51.717 3.671 LGA E 272 E 272 0.772 0 0.105 0.221 1.494 81.818 78.182 1.494 LGA Q 273 Q 273 0.737 0 0.054 0.160 0.973 81.818 81.818 0.779 LGA I 274 I 274 0.584 0 0.034 0.123 1.086 81.818 79.773 1.086 LGA V 275 V 275 0.320 0 0.000 0.008 0.432 100.000 100.000 0.389 LGA V 276 V 276 0.310 0 0.079 0.070 0.400 100.000 100.000 0.354 LGA Q 277 Q 277 0.281 0 0.056 0.668 3.594 100.000 75.152 3.594 LGA D 278 D 278 0.224 0 0.061 0.197 0.942 100.000 97.727 0.942 LGA A 279 A 279 0.243 0 0.000 0.017 0.348 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.267 0 0.022 0.123 0.409 100.000 100.000 0.237 LGA A 281 A 281 0.436 0 0.022 0.017 0.623 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.269 0 0.048 0.058 0.456 100.000 100.000 0.456 LGA I 283 I 283 0.408 0 0.017 0.035 0.614 95.455 95.455 0.489 LGA I 284 I 284 0.323 0 0.015 0.099 0.339 100.000 100.000 0.238 LGA D 285 D 285 0.633 0 0.080 1.001 3.764 86.364 67.500 1.548 LGA K 286 K 286 0.587 0 0.016 0.250 1.173 81.818 80.000 1.173 LGA E 287 E 287 0.657 0 0.033 0.356 1.878 81.818 76.566 0.858 LGA Q 288 Q 288 0.435 0 0.018 0.369 1.867 95.455 84.848 1.134 LGA F 289 F 289 0.369 0 0.030 0.131 0.614 100.000 95.041 0.576 LGA Q 290 Q 290 0.609 0 0.027 0.253 0.884 81.818 83.838 0.487 LGA Q 291 Q 291 0.571 0 0.046 0.096 0.612 81.818 81.818 0.607 LGA S 292 S 292 0.382 0 0.047 0.684 2.453 95.455 86.667 2.453 LGA Q 293 Q 293 0.606 0 0.000 0.177 0.907 86.364 83.838 0.907 LGA V 294 V 294 0.852 0 0.037 0.060 1.027 81.818 77.143 1.002 LGA K 295 K 295 0.457 0 0.051 0.171 0.755 86.364 93.939 0.467 LGA I 296 I 296 0.703 0 0.041 0.069 1.136 77.727 84.318 0.441 LGA A 297 A 297 1.335 0 0.100 0.114 1.858 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.647 0 0.000 0.122 2.824 77.727 61.591 2.219 LGA K 299 K 299 2.526 0 0.342 0.623 12.860 60.000 27.273 12.860 LGA V 300 V 300 1.861 0 0.094 0.086 4.271 58.182 38.182 4.271 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.861 0.806 1.754 86.545 80.800 67.196 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.86 96.111 98.259 14.052 LGA_LOCAL RMSD: 0.861 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.861 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.861 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.406649 * X + -0.897686 * Y + 0.169698 * Z + 152.211792 Y_new = -0.643409 * X + 0.413276 * Y + 0.644382 * Z + 151.225677 Z_new = -0.648585 * X + 0.152852 * Y + -0.745637 * Z + 141.067001 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.134430 0.705724 2.939398 [DEG: -122.2938 40.4350 168.4151 ] ZXZ: 2.884090 2.412286 -1.339349 [DEG: 165.2462 138.2138 -76.7390 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS198_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS198_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.86 98.259 0.86 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS198_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT 4kis_C 4kis_A 4bqq_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 153.622 185.216 153.109 1.00 88.50 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.101 185.945 154.267 1.00 88.50 C ATOM 2722 C GLY 165 151.583 185.830 154.453 1.00 88.50 C ATOM 2723 O GLY 165 151.008 186.565 155.249 1.00 88.50 O ATOM 2724 N LYS 166 150.902 184.923 153.737 1.00 89.06 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.464 184.676 153.935 1.00 89.06 C ATOM 2728 C LYS 166 149.237 183.911 155.241 1.00 89.06 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.834 183.944 152.735 1.00 89.06 C ATOM 2732 O LYS 166 149.996 183.002 155.595 1.00 89.06 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.983 184.691 151.396 1.00 89.06 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.362 183.921 150.211 1.00 89.06 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.539 184.719 148.911 1.00 89.06 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.902 184.087 147.723 1.00 89.06 N ATOM 2746 N TRP 167 148.145 184.210 155.937 1.00 91.38 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.776 183.527 157.172 1.00 91.38 C ATOM 2750 C TRP 167 146.997 182.238 156.892 1.00 91.38 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.010 184.467 158.093 1.00 91.38 C ATOM 2754 O TRP 167 145.854 182.245 156.441 1.00 91.38 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.728 183.875 159.439 1.00 91.38 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.557 183.340 159.860 1.00 91.38 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.646 183.763 160.564 1.00 91.38 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.958 183.148 161.650 1.00 91.38 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.988 184.140 160.778 1.00 91.38 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.688 182.916 161.170 1.00 91.38 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 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ATOM 2837 CA PRO 173 145.072 186.126 166.219 1.00 93.06 C ATOM 2839 C PRO 173 144.212 187.305 166.685 1.00 93.06 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.552 186.518 166.200 1.00 93.06 C ATOM 2843 O PRO 173 143.799 188.124 165.874 1.00 93.06 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.069 186.021 164.853 1.00 93.06 C ATOM 2847 CD PRO 173 145.843 185.982 163.959 1.00 93.06 C ATOM 2850 N TYR 174 143.999 187.417 167.995 1.00 94.88 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.314 188.569 168.586 1.00 94.88 C ATOM 2854 C TYR 174 144.011 189.881 168.215 1.00 94.88 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.326 188.400 170.103 1.00 94.88 C ATOM 2858 O TYR 174 145.242 189.917 168.259 1.00 94.88 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.505 189.441 170.827 1.00 94.88 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.137 190.407 171.632 1.00 94.88 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.106 189.456 170.670 1.00 94.88 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.362 191.375 172.296 1.00 94.88 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.329 190.411 171.348 1.00 94.88 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.217 192.300 172.821 1.00 94.88 O ATOM 2870 CZ TYR 174 140.958 191.374 172.164 1.00 94.88 C ATOM 2871 N GLY 175 143.263 190.927 167.868 1.00 95.44 N ATOM 2873 CA GLY 175 143.820 192.169 167.318 1.00 95.44 C ATOM 2876 C GLY 175 143.828 192.213 165.792 1.00 95.44 C ATOM 2877 O GLY 175 144.032 193.279 165.219 1.00 95.44 O ATOM 2878 N TYR 176 143.597 191.080 165.123 1.00 95.88 N ATOM 2880 CA TYR 176 143.647 190.964 163.671 1.00 95.88 C ATOM 2882 C TYR 176 142.402 190.283 163.105 1.00 95.88 C ATOM 2883 CB TYR 176 144.902 190.191 163.246 1.00 95.88 C ATOM 2886 O TYR 176 141.840 189.354 163.682 1.00 95.88 O ATOM 2887 CG TYR 176 146.213 190.924 163.448 1.00 95.88 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 146.588 191.920 162.531 1.00 95.88 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 147.070 190.596 164.516 1.00 95.88 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 147.812 192.592 162.670 1.00 95.88 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 148.314 191.248 164.643 1.00 95.88 C ATOM 2896 OH TYR 176 149.889 192.872 163.835 1.00 95.88 O ATOM 2898 CZ TYR 176 148.686 192.252 163.723 1.00 95.88 C ATOM 2899 N GLN 177 142.046 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