####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS196_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS196_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 64 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 36 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 55 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 80 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 20 104 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 86 102 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 90 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 20 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 51 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 51 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 65 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 65 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 72 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 71 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 26 113 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 33 113 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 17 113 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 97 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 92 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 10 22 122 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 34 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 21 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 70 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 56 114 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 57 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 23 103 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 7 48 103 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 117 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 86.67 92.59 96.30 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.48 0.60 0.71 0.77 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.95 0.93 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.524 0 0.030 0.030 0.617 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.514 0 0.000 0.061 1.220 90.909 82.222 1.220 LGA W 167 W 167 0.322 0 0.189 0.145 0.461 100.000 100.000 0.439 LGA I 168 I 168 0.950 0 0.069 0.773 1.585 77.727 70.000 0.907 LGA S 169 S 169 0.893 0 0.163 0.649 2.816 70.000 64.848 2.816 LGA G 170 G 170 0.731 0 0.032 0.032 0.767 86.364 86.364 - LGA L 171 L 171 0.597 0 0.070 0.920 5.274 81.818 53.409 5.043 LGA A 172 A 172 0.518 0 0.006 0.020 0.570 81.818 85.455 - LGA P 173 P 173 0.371 0 0.000 0.166 0.687 100.000 97.403 0.687 LGA Y 174 Y 174 0.430 0 0.042 0.226 1.282 95.455 88.030 1.282 LGA G 175 G 175 0.512 0 0.060 0.060 0.512 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.558 0 0.033 0.125 0.651 81.818 89.394 0.330 LGA Q 177 Q 177 0.864 0 0.038 0.378 1.531 81.818 76.566 1.006 LGA L 178 L 178 0.571 0 0.138 0.204 1.432 77.727 77.727 1.432 LGA N 179 N 179 1.233 0 0.180 0.678 4.787 65.909 39.318 4.787 LGA K 180 K 180 3.441 0 0.290 0.961 12.964 29.545 13.131 12.964 LGA K 181 K 181 1.966 0 0.439 0.944 10.582 65.909 29.899 10.582 LGA T 182 T 182 0.790 0 0.025 1.105 3.297 82.273 70.649 3.297 LGA S 183 S 183 0.877 0 0.124 0.109 1.276 82.273 76.667 1.261 LGA K 184 K 184 0.739 0 0.061 0.931 3.292 81.818 69.293 3.292 LGA L 185 L 185 0.518 0 0.082 0.090 0.821 86.364 93.182 0.227 LGA D 186 D 186 0.425 0 0.035 0.154 0.771 90.909 93.182 0.225 LGA P 187 P 187 0.644 0 0.034 0.374 1.543 70.000 75.065 0.845 LGA V 188 V 188 1.020 0 0.019 0.034 1.168 73.636 70.130 1.168 LGA E 189 E 189 1.044 0 0.040 0.869 3.111 73.636 61.010 2.469 LGA D 190 D 190 0.967 0 0.028 0.070 1.477 81.818 73.636 1.477 LGA E 191 E 191 0.694 0 0.000 0.065 1.112 90.909 84.040 1.112 LGA A 192 A 192 0.347 0 0.032 0.030 0.442 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.461 0 0.057 0.164 1.245 100.000 84.444 1.185 LGA V 194 V 194 0.326 0 0.000 0.038 0.453 100.000 100.000 0.409 LGA V 195 V 195 0.163 0 0.000 0.012 0.288 100.000 100.000 0.139 LGA Q 196 Q 196 0.256 0 0.025 0.239 1.254 100.000 90.303 1.218 LGA L 197 L 197 0.327 0 0.024 0.044 0.423 100.000 100.000 0.423 LGA I 198 I 198 0.181 0 0.048 0.078 0.297 100.000 100.000 0.227 LGA F 199 F 199 0.249 0 0.029 0.038 0.305 100.000 100.000 0.130 LGA N 200 N 200 0.353 0 0.021 0.393 0.936 100.000 95.455 0.919 LGA I 201 I 201 0.246 0 0.034 0.051 0.403 100.000 100.000 0.217 LGA F 202 F 202 0.185 0 0.000 0.052 0.311 100.000 100.000 0.168 LGA L 203 L 203 0.350 0 0.019 0.108 0.895 100.000 93.182 0.710 LGA N 204 N 204 0.326 0 0.033 0.056 0.929 100.000 90.909 0.858 LGA G 205 G 205 0.167 0 0.046 0.046 0.318 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.438 0 0.035 1.341 3.084 90.909 70.909 2.192 LGA N 207 N 207 1.078 0 0.039 0.123 1.253 69.545 67.500 1.253 LGA G 208 G 208 1.331 0 0.098 0.098 1.929 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.412 0 0.069 0.222 3.309 65.455 49.697 3.309 LGA D 210 D 210 1.394 0 0.051 0.426 1.508 65.455 72.045 0.404 LGA Y 211 Y 211 1.725 0 0.105 0.625 1.981 54.545 54.545 1.595 LGA S 212 S 212 2.449 0 0.645 0.776 6.184 36.364 25.152 6.184 LGA Y 213 Y 213 2.846 0 0.177 1.053 14.393 45.455 15.303 14.393 LGA A 215 A 215 0.934 0 0.212 0.227 1.876 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.334 0 0.000 0.160 0.499 100.000 100.000 0.496 LGA A 217 A 217 0.218 0 0.052 0.060 0.292 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.376 0 0.037 0.143 1.184 100.000 91.212 1.184 LGA H 219 H 219 0.296 0 0.000 1.139 2.545 100.000 81.091 1.766 LGA L 220 L 220 0.241 0 0.000 0.097 0.536 100.000 97.727 0.536 LGA T 221 T 221 0.134 0 0.005 0.023 0.368 100.000 100.000 0.104 LGA N 222 N 222 0.414 0 0.050 0.062 0.729 90.909 95.455 0.369 LGA L 223 L 223 0.567 0 0.036 0.102 0.989 95.455 88.636 0.827 LGA Q 224 Q 224 0.352 0 0.038 0.130 0.831 100.000 91.919 0.780 LGA I 225 I 225 0.258 0 0.045 0.073 0.392 100.000 100.000 0.324 LGA P 226 P 226 0.211 0 0.037 0.070 0.416 100.000 100.000 0.342 LGA T 227 T 227 0.427 0 0.039 0.163 0.598 100.000 97.403 0.415 LGA P 228 P 228 0.413 0 0.125 0.133 0.714 95.455 97.403 0.324 LGA S 229 S 229 0.244 0 0.147 0.588 2.262 95.455 86.667 2.262 LGA G 230 G 230 0.502 0 0.023 0.023 0.827 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.447 0 0.066 0.505 1.524 95.455 84.444 1.524 LGA K 232 K 232 0.460 0 0.159 0.279 0.934 95.455 87.879 0.934 LGA R 233 R 233 0.490 0 0.037 1.126 6.556 95.455 48.264 4.342 LGA W 234 W 234 0.309 0 0.037 0.146 0.545 100.000 96.104 0.539 LGA N 235 N 235 0.444 0 0.014 0.685 2.546 100.000 82.045 2.546 LGA Q 236 Q 236 0.559 0 0.000 0.709 2.585 90.909 71.515 2.585 LGA Y 237 Y 237 0.571 0 0.064 0.155 0.898 86.364 83.333 0.898 LGA T 238 T 238 0.419 0 0.000 0.071 0.497 100.000 100.000 0.429 LGA I 239 I 239 0.358 0 0.028 0.103 0.402 100.000 100.000 0.402 LGA K 240 K 240 0.631 0 0.027 0.197 2.916 86.364 66.465 2.916 LGA A 241 A 241 0.449 0 0.086 0.093 0.612 90.909 92.727 - LGA I 242 I 242 0.135 0 0.029 0.042 0.270 100.000 100.000 0.130 LGA L 243 L 243 0.216 0 0.034 0.059 0.391 100.000 100.000 0.259 LGA Q 244 Q 244 0.252 0 0.058 0.314 1.409 95.455 90.101 0.775 LGA N 245 N 245 0.249 0 0.023 0.100 0.403 100.000 100.000 0.403 LGA E 246 E 246 0.151 0 0.025 0.551 1.589 100.000 88.687 1.260 LGA V 247 V 247 0.157 0 0.000 0.882 1.946 100.000 85.974 1.946 LGA Y 248 Y 248 0.343 0 0.035 0.124 1.072 100.000 91.061 1.072 LGA I 249 I 249 0.216 0 0.025 0.037 0.454 100.000 100.000 0.425 LGA G 250 G 250 0.162 0 0.049 0.049 0.362 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.334 0 0.044 0.062 0.442 100.000 100.000 0.418 LGA V 252 V 252 0.402 0 0.052 0.104 0.768 95.455 94.805 0.750 LGA K 253 K 253 0.301 0 0.084 0.116 0.575 95.455 97.980 0.287 LGA Y 254 Y 254 0.706 0 0.048 0.220 2.554 90.909 65.152 2.554 LGA K 255 K 255 0.829 0 0.067 0.279 1.435 73.636 76.364 0.603 LGA V 256 V 256 0.967 0 0.086 0.101 1.125 81.818 77.143 0.930 LGA R 257 R 257 0.996 0 0.082 1.122 5.461 69.545 52.893 3.216 LGA E 258 E 258 0.924 0 0.077 0.361 2.237 81.818 66.465 2.237 LGA K 259 K 259 1.344 0 0.053 0.142 2.016 65.455 55.960 2.016 LGA T 260 T 260 1.491 0 0.000 0.054 1.862 58.182 61.299 1.497 LGA K 261 K 261 2.378 0 0.034 0.205 4.097 38.182 28.687 4.097 LGA D 262 D 262 1.992 0 0.050 1.001 3.495 47.727 38.182 3.122 LGA G 263 G 263 1.685 0 0.000 0.000 1.702 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 0.980 0 0.097 0.410 1.512 69.545 72.929 1.512 LGA R 265 R 265 0.925 0 0.083 0.943 5.500 77.727 47.438 5.500 LGA T 266 T 266 0.879 0 0.039 0.122 0.941 81.818 81.818 0.874 LGA I 267 I 267 0.580 0 0.041 0.078 0.814 81.818 81.818 0.728 LGA R 268 R 268 0.493 0 0.021 0.953 2.478 95.455 82.149 2.478 LGA P 269 P 269 0.530 0 0.015 0.033 0.698 86.364 84.416 0.698 LGA E 270 E 270 0.611 0 0.021 0.237 0.770 81.818 85.859 0.547 LGA K 271 K 271 0.841 0 0.042 0.875 4.983 81.818 56.162 4.983 LGA E 272 E 272 0.478 0 0.077 0.248 1.483 86.364 82.222 0.879 LGA Q 273 Q 273 0.678 0 0.030 0.104 0.985 81.818 81.818 0.985 LGA I 274 I 274 0.698 0 0.046 0.143 1.354 81.818 79.773 1.354 LGA V 275 V 275 0.336 0 0.048 0.080 0.506 100.000 97.403 0.429 LGA V 276 V 276 0.341 0 0.061 0.054 0.440 100.000 100.000 0.376 LGA Q 277 Q 277 0.274 0 0.046 0.600 2.895 100.000 79.596 2.895 LGA D 278 D 278 0.172 0 0.046 0.220 0.933 100.000 97.727 0.933 LGA A 279 A 279 0.259 0 0.009 0.017 0.378 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.281 0 0.024 0.123 0.417 100.000 100.000 0.202 LGA A 281 A 281 0.359 0 0.022 0.019 0.488 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.237 0 0.026 0.033 0.448 100.000 100.000 0.389 LGA I 283 I 283 0.374 0 0.032 0.054 0.619 95.455 93.182 0.565 LGA I 284 I 284 0.318 0 0.023 0.091 0.331 100.000 100.000 0.331 LGA D 285 D 285 0.732 0 0.094 0.822 3.107 81.818 62.500 2.120 LGA K 286 K 286 0.744 0 0.028 0.241 1.042 81.818 80.000 1.042 LGA E 287 E 287 0.749 0 0.030 0.429 1.998 81.818 78.384 0.589 LGA Q 288 Q 288 0.584 0 0.024 0.378 2.070 81.818 70.101 1.846 LGA F 289 F 289 0.570 0 0.030 0.152 0.998 81.818 81.818 0.925 LGA Q 290 Q 290 0.745 0 0.026 1.272 3.463 81.818 59.394 3.358 LGA Q 291 Q 291 0.536 0 0.037 0.062 0.635 90.909 85.859 0.528 LGA S 292 S 292 0.432 0 0.043 0.683 2.691 100.000 87.879 2.691 LGA Q 293 Q 293 0.658 0 0.000 0.227 1.295 81.818 76.364 1.295 LGA V 294 V 294 0.667 0 0.037 0.061 0.890 86.364 84.416 0.713 LGA K 295 K 295 0.200 0 0.073 0.206 0.823 95.455 97.980 0.358 LGA I 296 I 296 0.629 0 0.024 0.074 1.135 82.273 84.318 0.514 LGA A 297 A 297 1.226 0 0.106 0.122 1.850 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.759 0 0.053 0.123 2.461 63.182 62.955 1.463 LGA K 299 K 299 3.569 0 0.300 0.628 13.087 28.636 12.727 13.087 LGA V 300 V 300 2.120 0 0.088 0.092 3.838 30.455 24.156 3.216 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.908 0.872 1.814 86.131 80.164 65.730 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.741 97.989 13.387 LGA_LOCAL RMSD: 0.908 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.909 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.908 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.417713 * X + 0.340549 * Y + 0.842343 * Z + 153.877518 Y_new = -0.394612 * X + 0.903093 * Y + -0.169424 * Z + 173.910751 Z_new = -0.818411 * X + -0.261628 * Y + 0.511619 * Z + 171.637314 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.756967 0.958641 -0.472704 [DEG: -43.3710 54.9261 -27.0840 ] ZXZ: 1.372310 1.033729 -1.880207 [DEG: 78.6276 59.2283 -107.7279 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS196_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS196_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.989 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS196_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.752 185.059 153.275 1.00 93.94 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.268 185.691 154.505 1.00 93.94 C ATOM 2722 C GLY 165 151.745 185.643 154.674 1.00 93.94 C ATOM 2723 O GLY 165 151.184 186.417 155.445 1.00 93.94 O ATOM 2724 N LYS 166 151.041 184.766 153.944 1.00 94.75 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.591 184.588 154.113 1.00 94.75 C ATOM 2728 C LYS 166 149.289 183.774 155.365 1.00 94.75 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.953 183.952 152.876 1.00 94.75 C ATOM 2732 O LYS 166 150.022 182.854 155.733 1.00 94.75 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.991 184.905 151.677 1.00 94.75 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.615 184.153 150.403 1.00 94.75 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.416 185.145 149.259 1.00 94.75 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.339 184.454 147.955 1.00 94.75 N ATOM 2746 N TRP 167 148.161 184.072 155.994 1.00 94.31 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.730 183.398 157.211 1.00 94.31 C ATOM 2750 C TRP 167 146.935 182.124 156.903 1.00 94.31 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.939 184.372 158.073 1.00 94.31 C ATOM 2754 O TRP 167 145.840 182.166 156.347 1.00 94.31 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.540 183.787 159.385 1.00 94.31 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.342 183.242 159.696 1.00 94.31 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.371 183.639 160.570 1.00 94.31 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.603 182.989 161.580 1.00 94.31 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.701 183.983 160.883 1.00 94.31 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.372 182.776 160.997 1.00 94.31 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.456 183.071 163.134 1.00 94.31 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.130 182.699 162.847 1.00 94.31 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.237 183.709 162.153 1.00 94.31 C ATOM 2770 N ILE 168 147.492 180.972 157.291 1.00 90.75 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.945 179.631 156.985 1.00 90.75 C ATOM 2774 C ILE 168 146.626 178.843 158.266 1.00 90.75 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.939 178.862 156.080 1.00 90.75 C ATOM 2777 O ILE 168 145.996 177.787 158.225 1.00 90.75 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.354 179.705 154.856 1.00 90.75 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.390 177.509 155.577 1.00 90.75 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.555 179.105 154.148 1.00 90.75 C ATOM 2789 N SER 169 147.049 179.343 159.430 1.00 83.12 N ATOM 2791 CA SER 169 147.061 178.602 160.703 1.00 83.12 C ATOM 2793 C SER 169 145.687 178.494 161.398 1.00 83.12 C ATOM 2794 CB SER 169 148.127 179.202 161.627 1.00 83.12 C ATOM 2797 O SER 169 145.606 178.140 162.572 1.00 83.12 O ATOM 2798 OG SER 169 148.653 178.216 162.495 1.00 83.12 O ATOM 2800 N GLY 170 144.589 178.776 160.690 1.00 85.12 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 141.151 189.769 161.028 1.00 95.56 C ATOM 2903 C GLN 177 141.799 189.259 159.740 1.00 95.56 C ATOM 2904 CB GLN 177 139.906 190.625 160.768 1.00 95.56 C ATOM 2907 O GLN 177 142.690 189.888 159.172 1.00 95.56 O ATOM 2908 CG GLN 177 140.190 191.909 159.970 1.00 95.56 C ATOM 2911 CD GLN 177 138.929 192.715 159.688 1.00 95.56 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 139.013 193.716 158.842 1.00 95.56 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.846 192.452 160.182 1.00 95.56 O ATOM 2916 N LEU 178 141.338 188.105 159.254 1.00 95.81 N ATOM 2918 CA LEU 178 141.795 187.569 157.977 1.00 95.81 C ATOM 2920 C LEU 178 141.116 188.314 156.824 1.00 95.81 C ATOM 2921 CB LEU 178 141.525 186.057 157.917 1.00 95.81 C ATOM 2924 O LEU 178 139.908 188.178 156.606 1.00 95.81 O ATOM 2925 CG LEU 178 142.038 185.398 156.620 1.00 95.81 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.561 185.435 156.547 1.00 95.81 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.597 183.935 156.580 1.00 95.81 C ATOM 2935 N ASN 179 141.902 189.031 156.029 1.00 94.62 N ATOM 2937 CA ASN 179 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