####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS196_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS196_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 63 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 36 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 58 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 21 104 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 88 104 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 96 120 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 16 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 50 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 54 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 67 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 65 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 72 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 35 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 36 113 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 18 111 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 97 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 92 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 12 26 122 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 38 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 63 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 66 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 57 113 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 58 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 25 99 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 48 101 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 116 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 85.93 92.59 96.30 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.48 0.61 0.73 0.77 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.96 0.93 0.92 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.516 0 0.030 0.030 0.612 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.521 0 0.000 0.060 1.269 90.909 82.222 1.269 LGA W 167 W 167 0.343 0 0.198 0.152 0.510 100.000 98.701 0.494 LGA I 168 I 168 0.950 0 0.063 0.764 1.470 77.727 75.682 0.985 LGA S 169 S 169 0.932 0 0.158 0.651 2.872 70.000 64.848 2.872 LGA G 170 G 170 0.733 0 0.028 0.028 0.784 86.364 86.364 - LGA L 171 L 171 0.584 0 0.069 1.392 5.800 81.818 55.682 3.282 LGA A 172 A 172 0.519 0 0.000 0.018 0.583 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.344 0 0.005 0.165 0.710 100.000 97.403 0.710 LGA Y 174 Y 174 0.407 0 0.043 0.223 1.259 95.455 88.030 1.259 LGA G 175 G 175 0.493 0 0.060 0.060 0.493 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.539 0 0.036 0.126 0.628 86.364 90.909 0.337 LGA Q 177 Q 177 0.833 0 0.039 0.364 1.494 86.364 82.020 0.952 LGA L 178 L 178 0.557 0 0.135 0.206 1.418 77.727 77.727 1.418 LGA N 179 N 179 1.234 0 0.175 0.670 4.757 65.909 39.318 4.757 LGA K 180 K 180 3.383 0 0.272 0.951 12.924 29.545 13.131 12.924 LGA K 181 K 181 2.016 0 0.427 0.945 10.663 62.727 28.485 10.663 LGA T 182 T 182 0.815 0 0.017 1.103 3.309 82.273 70.649 3.309 LGA S 183 S 183 0.889 0 0.124 0.110 1.322 82.273 76.667 1.322 LGA K 184 K 184 0.734 0 0.063 0.925 3.285 81.818 69.293 3.285 LGA L 185 L 185 0.513 0 0.082 0.091 0.826 86.364 93.182 0.248 LGA D 186 D 186 0.403 0 0.033 0.153 0.753 90.909 93.182 0.215 LGA P 187 P 187 0.615 0 0.030 0.374 1.526 70.000 77.662 0.824 LGA V 188 V 188 0.993 0 0.022 0.035 1.149 81.818 74.805 1.149 LGA E 189 E 189 1.022 0 0.035 0.873 3.120 73.636 61.010 2.463 LGA D 190 D 190 0.942 0 0.026 0.071 1.426 81.818 73.636 1.426 LGA E 191 E 191 0.682 0 0.000 0.066 1.101 90.909 84.040 1.101 LGA A 192 A 192 0.353 0 0.036 0.034 0.441 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.461 0 0.056 0.172 1.238 100.000 86.263 1.142 LGA V 194 V 194 0.345 0 0.000 0.037 0.467 100.000 100.000 0.424 LGA V 195 V 195 0.182 0 0.000 0.000 0.299 100.000 100.000 0.155 LGA Q 196 Q 196 0.252 0 0.027 0.241 1.259 100.000 90.303 1.221 LGA L 197 L 197 0.330 0 0.020 0.046 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA I 198 I 198 0.183 0 0.046 0.078 0.262 100.000 100.000 0.233 LGA F 199 F 199 0.243 0 0.029 0.043 0.294 100.000 100.000 0.104 LGA N 200 N 200 0.333 0 0.017 0.368 0.883 100.000 95.455 0.883 LGA I 201 I 201 0.217 0 0.036 0.050 0.371 100.000 100.000 0.209 LGA F 202 F 202 0.149 0 0.000 0.026 0.284 100.000 100.000 0.176 LGA L 203 L 203 0.321 0 0.018 0.105 0.863 100.000 95.455 0.684 LGA N 204 N 204 0.312 0 0.033 0.058 0.905 100.000 90.909 0.826 LGA G 205 G 205 0.197 0 0.049 0.049 0.315 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.443 0 0.039 1.341 3.071 90.909 73.182 2.223 LGA N 207 N 207 1.073 0 0.043 0.136 1.261 69.545 67.500 1.261 LGA G 208 G 208 1.310 0 0.093 0.093 1.895 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.420 0 0.073 0.245 3.424 65.455 49.697 3.424 LGA D 210 D 210 1.417 0 0.053 0.516 1.586 65.455 69.773 0.766 LGA Y 211 Y 211 1.688 0 0.094 0.622 1.951 54.545 55.758 1.582 LGA S 212 S 212 2.419 0 0.650 0.780 6.191 36.364 25.152 6.191 LGA Y 213 Y 213 2.882 0 0.173 1.057 14.402 41.818 14.091 14.402 LGA A 215 A 215 0.927 0 0.207 0.223 1.867 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.339 0 0.000 0.162 0.475 100.000 100.000 0.458 LGA A 217 A 217 0.239 0 0.053 0.060 0.307 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.388 0 0.034 0.141 1.200 100.000 91.212 1.200 LGA H 219 H 219 0.316 0 0.013 1.158 2.597 100.000 81.091 1.813 LGA L 220 L 220 0.267 0 0.000 0.094 0.547 100.000 97.727 0.547 LGA T 221 T 221 0.131 0 0.000 0.024 0.356 100.000 100.000 0.080 LGA N 222 N 222 0.404 0 0.046 0.054 0.708 90.909 95.455 0.369 LGA L 223 L 223 0.566 0 0.036 0.090 0.983 95.455 88.636 0.822 LGA Q 224 Q 224 0.345 0 0.038 0.146 0.861 100.000 91.919 0.796 LGA I 225 I 225 0.274 0 0.042 0.074 0.420 100.000 100.000 0.338 LGA P 226 P 226 0.239 0 0.040 0.074 0.452 100.000 100.000 0.391 LGA T 227 T 227 0.418 0 0.039 0.172 0.586 100.000 97.403 0.474 LGA P 228 P 228 0.394 0 0.126 0.133 0.697 95.455 97.403 0.300 LGA S 229 S 229 0.249 0 0.148 0.585 2.226 95.455 86.667 2.226 LGA G 230 G 230 0.497 0 0.017 0.017 0.823 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.441 0 0.063 0.509 1.556 95.455 84.444 1.556 LGA K 232 K 232 0.455 0 0.159 0.279 0.870 95.455 87.879 0.870 LGA R 233 R 233 0.472 0 0.036 1.127 6.523 95.455 48.264 4.358 LGA W 234 W 234 0.290 0 0.035 0.143 0.573 100.000 94.805 0.563 LGA N 235 N 235 0.427 0 0.016 0.676 2.545 100.000 82.045 2.545 LGA Q 236 Q 236 0.550 0 0.000 0.721 2.622 95.455 73.535 2.622 LGA Y 237 Y 237 0.559 0 0.064 0.155 0.887 86.364 83.333 0.887 LGA T 238 T 238 0.393 0 0.000 0.068 0.475 100.000 100.000 0.397 LGA I 239 I 239 0.335 0 0.032 0.112 0.441 100.000 100.000 0.441 LGA K 240 K 240 0.612 0 0.031 0.191 2.854 86.364 67.677 2.854 LGA A 241 A 241 0.432 0 0.085 0.092 0.586 90.909 92.727 - LGA I 242 I 242 0.113 0 0.026 0.040 0.243 100.000 100.000 0.137 LGA L 243 L 243 0.200 0 0.034 0.055 0.386 100.000 100.000 0.214 LGA Q 244 Q 244 0.238 0 0.057 0.317 1.393 95.455 90.101 0.764 LGA N 245 N 245 0.242 0 0.023 0.102 0.383 100.000 100.000 0.383 LGA E 246 E 246 0.153 0 0.028 0.543 1.549 100.000 88.687 1.201 LGA V 247 V 247 0.169 0 0.000 0.878 1.923 100.000 85.974 1.923 LGA Y 248 Y 248 0.346 0 0.035 0.123 1.090 100.000 91.061 1.090 LGA I 249 I 249 0.227 0 0.027 0.039 0.471 100.000 100.000 0.435 LGA G 250 G 250 0.180 0 0.047 0.047 0.355 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.337 0 0.046 0.063 0.407 100.000 100.000 0.393 LGA V 252 V 252 0.430 0 0.050 0.108 0.800 95.455 92.208 0.800 LGA K 253 K 253 0.352 0 0.084 0.120 0.629 95.455 97.980 0.317 LGA Y 254 Y 254 0.645 0 0.048 0.230 2.460 90.909 68.333 2.460 LGA K 255 K 255 0.776 0 0.092 0.358 1.566 70.000 74.949 1.083 LGA V 256 V 256 0.931 0 0.084 0.101 1.064 81.818 79.481 0.882 LGA R 257 R 257 0.981 0 0.082 1.103 5.128 73.636 54.380 3.015 LGA E 258 E 258 0.938 0 0.076 0.384 2.336 77.727 64.646 2.336 LGA K 259 K 259 1.367 0 0.052 0.147 1.871 65.455 57.374 1.871 LGA T 260 T 260 1.528 0 0.000 0.053 1.867 54.545 55.065 1.598 LGA K 261 K 261 2.295 0 0.032 0.210 3.705 41.364 32.929 3.705 LGA D 262 D 262 2.046 0 0.050 1.018 3.670 44.545 35.682 3.414 LGA G 263 G 263 1.764 0 0.000 0.000 1.784 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.147 0 0.092 0.420 1.421 65.455 69.091 1.421 LGA R 265 R 265 1.024 0 0.082 0.938 5.464 73.636 45.950 5.464 LGA T 266 T 266 0.980 0 0.039 0.119 1.032 77.727 77.143 0.985 LGA I 267 I 267 0.633 0 0.042 0.078 0.872 81.818 81.818 0.862 LGA R 268 R 268 0.510 0 0.021 0.973 2.733 90.909 79.008 2.733 LGA P 269 P 269 0.547 0 0.014 0.032 0.732 81.818 81.818 0.732 LGA E 270 E 270 0.603 0 0.017 0.235 0.763 81.818 87.879 0.559 LGA K 271 K 271 0.849 0 0.041 0.885 5.208 81.818 55.960 5.208 LGA E 272 E 272 0.501 0 0.076 0.314 1.778 81.818 76.768 1.054 LGA Q 273 Q 273 0.649 0 0.033 0.102 0.902 81.818 81.818 0.902 LGA I 274 I 274 0.675 0 0.046 0.139 1.319 81.818 79.773 1.319 LGA V 275 V 275 0.325 0 0.049 0.079 0.503 100.000 97.403 0.434 LGA V 276 V 276 0.340 0 0.062 0.056 0.460 100.000 100.000 0.385 LGA Q 277 Q 277 0.277 0 0.047 0.603 2.959 100.000 79.596 2.959 LGA D 278 D 278 0.183 0 0.045 0.215 0.924 100.000 97.727 0.924 LGA A 279 A 279 0.265 0 0.016 0.020 0.388 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.281 0 0.026 0.118 0.417 100.000 100.000 0.215 LGA A 281 A 281 0.358 0 0.017 0.016 0.477 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.236 0 0.027 0.033 0.484 100.000 100.000 0.409 LGA I 283 I 283 0.380 0 0.028 0.056 0.639 95.455 93.182 0.571 LGA I 284 I 284 0.319 0 0.015 0.090 0.365 100.000 100.000 0.365 LGA D 285 D 285 0.733 0 0.093 0.822 3.083 81.818 62.500 2.204 LGA K 286 K 286 0.753 0 0.029 0.246 1.031 81.818 80.000 1.031 LGA E 287 E 287 0.745 0 0.032 0.429 2.023 81.818 75.152 0.600 LGA Q 288 Q 288 0.575 0 0.022 0.395 2.139 81.818 70.101 1.789 LGA F 289 F 289 0.564 0 0.030 0.154 1.007 81.818 80.331 0.932 LGA Q 290 Q 290 0.748 0 0.026 1.268 3.409 81.818 59.394 3.310 LGA Q 291 Q 291 0.522 0 0.037 0.071 0.623 90.909 87.879 0.511 LGA S 292 S 292 0.412 0 0.044 0.684 2.666 100.000 87.879 2.666 LGA Q 293 Q 293 0.654 0 0.006 0.230 1.299 81.818 76.364 1.299 LGA V 294 V 294 0.658 0 0.040 0.064 0.879 86.364 84.416 0.695 LGA K 295 K 295 0.199 0 0.076 0.211 0.845 95.455 97.980 0.366 LGA I 296 I 296 0.645 0 0.022 0.081 1.159 82.273 84.318 0.538 LGA A 297 A 297 1.232 0 0.114 0.130 1.885 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.748 0 0.049 0.210 2.467 63.182 61.136 1.687 LGA K 299 K 299 3.671 0 0.308 0.639 13.808 28.636 12.727 13.808 LGA V 300 V 300 2.171 0 0.080 0.085 3.869 30.455 24.156 3.217 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.913 0.878 1.823 86.071 80.229 65.607 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.556 97.930 13.324 LGA_LOCAL RMSD: 0.913 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.913 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.913 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.402287 * X + 0.246041 * Y + 0.881833 * Z + 153.621353 Y_new = -0.346170 * X + 0.932580 * Y + -0.102279 * Z + 173.967407 Z_new = -0.847544 * X + -0.264118 * Y + 0.460337 * Z + 171.406052 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.710561 1.011341 -0.520895 [DEG: -40.7121 57.9456 -29.8451 ] ZXZ: 1.455327 1.092422 -1.872886 [DEG: 83.3841 62.5912 -107.3085 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS196_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS196_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.930 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS196_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.747 185.045 153.292 1.00 93.75 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.273 185.683 154.524 1.00 93.75 C ATOM 2722 C GLY 165 151.751 185.638 154.701 1.00 93.75 C ATOM 2723 O GLY 165 151.196 186.409 155.479 1.00 93.75 O ATOM 2724 N LYS 166 151.041 184.766 153.972 1.00 94.56 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.590 184.594 154.142 1.00 94.56 C ATOM 2728 C LYS 166 149.290 183.777 155.392 1.00 94.56 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.950 183.963 152.904 1.00 94.56 C ATOM 2732 O LYS 166 150.027 182.862 155.763 1.00 94.56 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.991 184.914 151.704 1.00 94.56 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.598 184.167 150.432 1.00 94.56 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.400 185.168 149.294 1.00 94.56 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.305 184.486 147.986 1.00 94.56 N ATOM 2746 N TRP 167 148.155 184.065 156.018 1.00 94.25 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.725 183.384 157.230 1.00 94.25 C ATOM 2750 C TRP 167 146.946 182.102 156.915 1.00 94.25 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.922 184.345 158.092 1.00 94.25 C ATOM 2754 O TRP 167 145.872 182.131 156.319 1.00 94.25 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.521 183.751 159.400 1.00 94.25 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.323 183.203 159.705 1.00 94.25 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.349 183.597 160.587 1.00 94.25 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.579 182.940 161.591 1.00 94.25 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.678 183.943 160.906 1.00 94.25 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.350 182.729 161.003 1.00 94.25 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.426 183.014 163.151 1.00 94.25 C 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