####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS196_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS196_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 79 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 60 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 35 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 26 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 18 111 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 86 102 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 93 120 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 52 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 49 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 49 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 65 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 65 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 72 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 74 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 67 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 58 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 59 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 20 111 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 6 47 102 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 115 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 85.19 92.59 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.49 0.63 0.71 0.81 0.89 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.02 1.00 0.96 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.595 0 0.028 0.028 0.670 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.605 0 0.000 0.056 1.284 81.818 78.182 1.284 LGA W 167 W 167 0.412 0 0.187 0.141 0.544 95.455 97.403 0.496 LGA I 168 I 168 1.025 0 0.060 0.742 1.531 73.636 69.773 0.826 LGA S 169 S 169 0.955 0 0.147 0.648 2.875 70.000 64.848 2.875 LGA G 170 G 170 0.843 0 0.031 0.031 0.879 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.627 0 0.073 1.393 5.830 81.818 55.682 3.295 LGA A 172 A 172 0.552 0 0.000 0.019 0.623 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.395 0 0.006 0.163 0.676 100.000 97.403 0.676 LGA Y 174 Y 174 0.484 0 0.042 0.220 1.320 90.909 83.636 1.320 LGA G 175 G 175 0.547 0 0.061 0.061 0.547 86.364 86.364 - LGA Y 176 Y 176 0.579 0 0.037 0.127 0.670 81.818 89.394 0.339 LGA Q 177 Q 177 0.885 0 0.039 0.364 1.481 81.818 78.182 1.023 LGA L 178 L 178 0.612 0 0.136 0.213 1.485 77.727 77.727 1.485 LGA N 179 N 179 1.193 0 0.179 0.678 4.749 65.909 39.318 4.749 LGA K 180 K 180 3.414 0 0.288 0.962 12.979 29.545 13.131 12.979 LGA K 181 K 181 1.945 0 0.439 0.944 10.596 65.909 29.899 10.596 LGA T 182 T 182 0.748 0 0.031 1.106 3.310 86.364 72.987 3.310 LGA S 183 S 183 0.961 0 0.120 0.106 1.373 78.182 73.939 1.362 LGA K 184 K 184 0.787 0 0.066 0.931 3.278 77.727 69.293 3.278 LGA L 185 L 185 0.541 0 0.082 0.090 0.838 86.364 93.182 0.228 LGA D 186 D 186 0.428 0 0.035 0.158 0.797 90.909 93.182 0.203 LGA P 187 P 187 0.662 0 0.026 0.373 1.580 70.000 75.065 0.845 LGA V 188 V 188 1.063 0 0.026 0.037 1.226 73.636 70.130 1.226 LGA E 189 E 189 1.098 0 0.041 0.865 3.090 65.455 57.374 2.450 LGA D 190 D 190 1.024 0 0.025 0.075 1.540 73.636 67.727 1.540 LGA E 191 E 191 0.745 0 0.000 0.066 1.170 86.364 80.202 1.170 LGA A 192 A 192 0.403 0 0.034 0.033 0.499 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.516 0 0.059 0.147 1.212 95.455 82.424 1.188 LGA V 194 V 194 0.379 0 0.000 0.039 0.516 100.000 97.403 0.462 LGA V 195 V 195 0.206 0 0.000 0.000 0.336 100.000 100.000 0.180 LGA Q 196 Q 196 0.289 0 0.028 0.242 1.321 100.000 88.485 1.263 LGA L 197 L 197 0.364 0 0.023 0.046 0.460 100.000 100.000 0.460 LGA I 198 I 198 0.204 0 0.047 0.073 0.278 100.000 100.000 0.228 LGA F 199 F 199 0.267 0 0.020 0.042 0.318 100.000 100.000 0.127 LGA N 200 N 200 0.370 0 0.022 0.294 0.841 100.000 95.455 0.841 LGA I 201 I 201 0.243 0 0.037 0.051 0.393 100.000 100.000 0.227 LGA F 202 F 202 0.177 0 0.000 0.042 0.311 100.000 100.000 0.132 LGA L 203 L 203 0.359 0 0.019 0.108 0.888 100.000 93.182 0.715 LGA N 204 N 204 0.343 0 0.031 0.063 0.872 100.000 90.909 0.836 LGA G 205 G 205 0.172 0 0.048 0.048 0.301 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.445 0 0.039 1.351 3.091 90.909 70.909 2.206 LGA N 207 N 207 1.097 0 0.047 0.132 1.283 69.545 67.500 1.283 LGA G 208 G 208 1.346 0 0.101 0.101 1.967 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.416 0 0.069 0.234 3.396 65.455 49.697 3.396 LGA D 210 D 210 1.397 0 0.056 0.419 1.514 65.455 72.045 0.414 LGA Y 211 Y 211 1.716 0 0.097 0.619 2.004 54.545 54.697 1.640 LGA S 212 S 212 2.431 0 0.647 0.782 6.201 36.364 25.152 6.201 LGA Y 213 Y 213 2.867 0 0.174 1.077 14.360 45.455 15.303 14.360 LGA A 215 A 215 0.907 0 0.195 0.210 1.830 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.329 0 0.000 0.159 0.466 100.000 100.000 0.457 LGA A 217 A 217 0.225 0 0.039 0.047 0.288 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.319 0 0.021 0.083 0.931 100.000 93.939 0.931 LGA H 219 H 219 0.285 0 0.017 1.160 2.562 100.000 81.091 1.776 LGA L 220 L 220 0.243 0 0.000 0.090 0.523 100.000 97.727 0.523 LGA T 221 T 221 0.075 0 0.000 0.023 0.311 100.000 100.000 0.080 LGA N 222 N 222 0.366 0 0.049 0.060 0.686 90.909 95.455 0.318 LGA L 223 L 223 0.541 0 0.033 0.093 0.975 95.455 88.636 0.834 LGA Q 224 Q 224 0.339 0 0.040 0.142 0.934 100.000 91.919 0.828 LGA I 225 I 225 0.255 0 0.039 0.072 0.447 100.000 100.000 0.369 LGA P 226 P 226 0.259 0 0.042 0.074 0.461 100.000 100.000 0.378 LGA T 227 T 227 0.484 0 0.035 0.137 0.627 100.000 97.403 0.404 LGA P 228 P 228 0.469 0 0.126 0.141 0.690 95.455 97.403 0.372 LGA S 229 S 229 0.333 0 0.147 0.588 2.238 100.000 89.697 2.238 LGA G 230 G 230 0.566 0 0.048 0.048 0.849 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.454 0 0.064 0.502 1.398 95.455 86.061 1.398 LGA K 232 K 232 0.471 0 0.148 0.281 1.116 90.909 84.040 1.116 LGA R 233 R 233 0.514 0 0.043 1.132 6.610 86.364 44.959 4.400 LGA W 234 W 234 0.259 0 0.034 0.142 0.553 100.000 96.104 0.541 LGA N 235 N 235 0.390 0 0.013 0.674 2.482 100.000 83.409 2.482 LGA Q 236 Q 236 0.547 0 0.000 0.723 2.657 90.909 71.515 2.657 LGA Y 237 Y 237 0.581 0 0.063 0.158 0.897 86.364 83.333 0.897 LGA T 238 T 238 0.397 0 0.000 0.074 0.480 100.000 100.000 0.414 LGA I 239 I 239 0.342 0 0.028 0.109 0.421 100.000 100.000 0.421 LGA K 240 K 240 0.627 0 0.028 0.203 3.007 86.364 65.455 3.007 LGA A 241 A 241 0.441 0 0.083 0.090 0.585 90.909 92.727 - LGA I 242 I 242 0.108 0 0.029 0.040 0.241 100.000 100.000 0.138 LGA L 243 L 243 0.209 0 0.032 0.058 0.380 100.000 100.000 0.259 LGA Q 244 Q 244 0.249 0 0.054 0.318 1.398 95.455 90.101 0.757 LGA N 245 N 245 0.250 0 0.025 0.109 0.412 100.000 100.000 0.412 LGA E 246 E 246 0.148 0 0.027 0.550 1.597 100.000 88.687 1.208 LGA V 247 V 247 0.168 0 0.000 0.882 1.930 100.000 85.974 1.930 LGA Y 248 Y 248 0.352 0 0.036 0.124 1.119 100.000 89.545 1.119 LGA I 249 I 249 0.232 0 0.023 0.039 0.480 100.000 100.000 0.452 LGA G 250 G 250 0.184 0 0.051 0.051 0.374 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.344 0 0.045 0.061 0.425 100.000 100.000 0.405 LGA V 252 V 252 0.446 0 0.050 0.106 0.837 95.455 89.610 0.837 LGA K 253 K 253 0.349 0 0.084 0.114 0.615 95.455 95.960 0.333 LGA Y 254 Y 254 0.615 0 0.045 0.214 2.416 90.909 70.606 2.416 LGA K 255 K 255 0.830 0 0.069 0.272 1.430 73.636 80.202 0.593 LGA V 256 V 256 0.970 0 0.087 0.102 1.091 81.818 79.481 0.911 LGA R 257 R 257 1.003 0 0.081 1.123 5.224 65.455 51.405 3.052 LGA E 258 E 258 0.971 0 0.079 0.337 2.189 77.727 64.646 2.189 LGA K 259 K 259 1.477 0 0.053 0.150 2.185 61.818 52.929 2.185 LGA T 260 T 260 1.680 0 0.000 0.052 2.084 47.727 51.169 1.679 LGA K 261 K 261 2.628 0 0.031 0.205 4.322 30.000 24.040 4.322 LGA D 262 D 262 2.259 0 0.051 1.006 3.677 44.545 34.091 3.368 LGA G 263 G 263 1.918 0 0.000 0.000 1.949 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.136 0 0.094 0.409 1.535 65.455 71.111 1.535 LGA R 265 R 265 1.021 0 0.087 0.943 5.463 73.636 45.950 5.463 LGA T 266 T 266 0.965 0 0.039 0.121 1.028 77.727 79.481 0.955 LGA I 267 I 267 0.659 0 0.038 0.088 0.890 81.818 81.818 0.889 LGA R 268 R 268 0.570 0 0.021 0.962 2.596 86.364 74.711 2.596 LGA P 269 P 269 0.632 0 0.014 0.032 0.820 81.818 81.818 0.820 LGA E 270 E 270 0.655 0 0.024 0.246 0.819 81.818 85.859 0.636 LGA K 271 K 271 0.904 0 0.040 0.882 4.860 81.818 54.343 4.860 LGA E 272 E 272 0.600 0 0.077 0.237 1.598 81.818 74.747 1.118 LGA Q 273 Q 273 0.744 0 0.028 0.104 0.935 81.818 81.818 0.935 LGA I 274 I 274 0.736 0 0.046 0.140 1.295 81.818 79.773 1.295 LGA V 275 V 275 0.404 0 0.045 0.079 0.592 100.000 97.403 0.492 LGA V 276 V 276 0.390 0 0.064 0.058 0.496 100.000 100.000 0.436 LGA Q 277 Q 277 0.296 0 0.047 0.602 2.975 100.000 76.970 2.975 LGA D 278 D 278 0.194 0 0.051 0.211 0.915 100.000 97.727 0.915 LGA A 279 A 279 0.298 0 0.013 0.021 0.428 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.305 0 0.025 0.116 0.452 100.000 100.000 0.229 LGA A 281 A 281 0.400 0 0.020 0.016 0.540 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.274 0 0.032 0.038 0.449 100.000 100.000 0.416 LGA I 283 I 283 0.427 0 0.013 0.058 0.671 95.455 90.909 0.594 LGA I 284 I 284 0.363 0 0.000 0.068 0.386 100.000 100.000 0.383 LGA D 285 D 285 0.698 0 0.032 0.979 2.877 81.818 69.091 2.877 LGA K 286 K 286 0.775 0 0.000 0.242 1.042 81.818 80.000 1.042 LGA E 287 E 287 0.792 0 0.020 0.382 1.862 81.818 78.384 0.567 LGA Q 288 Q 288 0.541 0 0.024 0.316 2.034 86.364 72.121 1.940 LGA F 289 F 289 0.572 0 0.033 0.150 1.018 81.818 80.331 0.940 LGA Q 290 Q 290 0.752 0 0.027 1.263 3.394 81.818 59.394 3.337 LGA Q 291 Q 291 0.529 0 0.038 0.066 0.621 90.909 85.859 0.522 LGA S 292 S 292 0.426 0 0.042 0.684 2.675 100.000 87.879 2.675 LGA Q 293 Q 293 0.670 0 0.000 0.231 1.303 81.818 76.364 1.303 LGA V 294 V 294 0.696 0 0.039 0.064 0.912 81.818 81.818 0.747 LGA K 295 K 295 0.229 0 0.070 0.202 0.823 95.455 97.980 0.376 LGA I 296 I 296 0.658 0 0.024 0.075 1.172 82.273 84.318 0.504 LGA A 297 A 297 1.260 0 0.115 0.131 1.915 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.685 0 0.066 0.242 2.419 63.182 61.136 1.852 LGA K 299 K 299 3.607 0 0.312 0.609 13.409 28.636 12.727 13.409 LGA V 300 V 300 2.162 0 0.081 0.084 3.880 30.455 24.156 3.247 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.941 0.905 1.829 84.987 79.338 65.424 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 95.185 97.775 12.970 LGA_LOCAL RMSD: 0.941 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.941 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.941 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.442577 * X + 0.477106 * Y + 0.759273 * Z + 153.439789 Y_new = -0.457327 * X + 0.848413 * Y + -0.266546 * Z + 173.655502 Z_new = -0.771348 * X + -0.229269 * Y + 0.593682 * Z + 171.592499 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.801788 0.880957 -0.368538 [DEG: -45.9391 50.4751 -21.1157 ] ZXZ: 1.233183 0.935170 -1.859711 [DEG: 70.6562 53.5813 -106.5536 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS196_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS196_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.775 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS196_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.671 185.036 153.328 1.00 93.88 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.192 185.680 154.554 1.00 93.88 C ATOM 2722 C GLY 165 151.670 185.631 154.728 1.00 93.88 C ATOM 2723 O GLY 165 151.112 186.403 155.504 1.00 93.88 O ATOM 2724 N LYS 166 150.963 184.753 154.001 1.00 94.75 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.514 184.574 154.174 1.00 94.75 C ATOM 2728 C LYS 166 149.218 183.755 155.423 1.00 94.75 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.871 183.943 152.937 1.00 94.75 C ATOM 2732 O LYS 166 149.954 182.837 155.787 1.00 94.75 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.909 184.895 151.740 1.00 94.75 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.544 184.141 150.466 1.00 94.75 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.355 185.129 149.316 1.00 94.75 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.268 184.431 148.016 1.00 94.75 N ATOM 2746 N TRP 167 148.091 184.049 156.057 1.00 94.38 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.671 183.379 157.278 1.00 94.38 C ATOM 2750 C TRP 167 146.890 182.094 156.981 1.00 94.38 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.875 184.349 158.136 1.00 94.38 C ATOM 2754 O TRP 167 145.790 182.121 156.436 1.00 94.38 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.485 183.770 159.453 1.00 94.38 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.290 183.226 159.775 1.00 94.38 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.325 183.624 160.631 1.00 94.38 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.566 182.978 161.649 1.00 94.38 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.660 183.966 160.932 1.00 94.38 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.330 182.764 161.075 1.00 94.38 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.430 183.059 163.188 1.00 94.38 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.102 182.691 162.912 1.00 94.38 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.205 183.693 162.200 1.00 94.38 C ATOM 2770 N ILE 168 147.466 180.951 157.365 1.00 90.94 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.926 179.602 157.079 1.00 90.94 C ATOM 2774 C ILE 168 146.596 178.836 158.370 1.00 90.94 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.934 178.823 156.199 1.00 90.94 C ATOM 2777 O ILE 168 145.947 177.793 158.343 1.00 90.94 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.287 179.637 154.939 1.00 90.94 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.429 177.426 155.770 1.00 90.94 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.454 179.023 154.192 1.00 90.94 C ATOM 2789 N SER 169 147.031 179.345 159.526 1.00 82.50 N ATOM 2791 CA SER 169 147.051 178.622 160.808 1.00 82.50 C ATOM 2793 C SER 169 145.683 178.524 161.515 1.00 82.50 C ATOM 2794 CB SER 169 148.127 179.233 161.714 1.00 82.50 C ATOM 2797 O SER 169 145.610 178.239 162.710 1.00 82.50 O ATOM 2798 OG SER 169 148.647 178.265 162.603 1.00 82.50 O ATOM 2800 N GLY 170 144.578 178.733 160.793 1.00 85.06 N ATOM 2802 CA GLY 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