####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS196_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS196_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 64 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 35 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 54 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 76 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 20 101 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 89 109 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 98 120 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 19 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 54 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 54 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 64 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 64 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 71 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 83 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 69 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 34 112 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 37 111 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 16 106 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 94 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 91 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 12 25 122 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 35 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 20 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 65 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 35 113 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 54 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 5 26 98 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 9 47 100 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 115 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 85.19 92.59 96.30 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.48 0.62 0.74 0.78 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.97 0.94 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.540 0 0.028 0.028 0.625 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.533 0 0.000 0.057 1.233 90.909 82.222 1.233 LGA W 167 W 167 0.344 0 0.193 0.145 0.528 100.000 97.403 0.510 LGA I 168 I 168 0.954 0 0.062 0.753 1.507 77.727 71.818 0.930 LGA S 169 S 169 0.922 0 0.147 0.647 2.871 70.000 64.848 2.871 LGA G 170 G 170 0.730 0 0.027 0.027 0.782 86.364 86.364 - LGA L 171 L 171 0.581 0 0.076 1.062 5.533 81.818 52.727 4.582 LGA A 172 A 172 0.524 0 0.007 0.026 0.604 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.350 0 0.000 0.141 0.520 100.000 97.403 0.520 LGA Y 174 Y 174 0.430 0 0.000 0.208 1.243 95.455 86.515 1.243 LGA G 175 G 175 0.548 0 0.067 0.067 0.548 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.528 0 0.041 0.117 0.625 86.364 92.424 0.314 LGA Q 177 Q 177 0.843 0 0.038 0.370 1.496 86.364 82.020 0.983 LGA L 178 L 178 0.565 0 0.137 0.206 1.461 77.727 77.727 1.461 LGA N 179 N 179 1.206 0 0.179 0.672 4.733 65.909 39.318 4.733 LGA K 180 K 180 3.431 0 0.289 0.962 12.971 29.545 13.131 12.971 LGA K 181 K 181 1.966 0 0.441 0.944 10.578 65.909 29.899 10.578 LGA T 182 T 182 0.785 0 0.029 1.104 3.298 82.273 70.649 3.298 LGA S 183 S 183 0.901 0 0.123 0.108 1.298 82.273 76.667 1.286 LGA K 184 K 184 0.750 0 0.064 0.928 3.297 81.818 69.293 3.297 LGA L 185 L 185 0.526 0 0.081 0.089 0.838 86.364 93.182 0.251 LGA D 186 D 186 0.420 0 0.033 0.155 0.767 90.909 93.182 0.218 LGA P 187 P 187 0.638 0 0.030 0.373 1.552 70.000 77.662 0.812 LGA V 188 V 188 1.008 0 0.026 0.037 1.152 77.727 72.468 1.152 LGA E 189 E 189 1.034 0 0.040 0.868 3.096 73.636 61.010 2.451 LGA D 190 D 190 0.951 0 0.027 0.073 1.445 81.818 73.636 1.445 LGA E 191 E 191 0.691 0 0.000 0.061 1.102 90.909 84.040 1.102 LGA A 192 A 192 0.337 0 0.035 0.033 0.433 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.458 0 0.058 0.173 1.254 100.000 84.444 1.159 LGA V 194 V 194 0.341 0 0.010 0.039 0.470 100.000 100.000 0.427 LGA V 195 V 195 0.168 0 0.000 0.000 0.299 100.000 100.000 0.142 LGA Q 196 Q 196 0.247 0 0.030 0.251 1.325 100.000 90.303 1.185 LGA L 197 L 197 0.326 0 0.020 0.047 0.426 100.000 100.000 0.426 LGA I 198 I 198 0.183 0 0.048 0.079 0.276 100.000 100.000 0.236 LGA F 199 F 199 0.245 0 0.023 0.042 0.295 100.000 100.000 0.117 LGA N 200 N 200 0.323 0 0.021 0.398 0.932 100.000 95.455 0.904 LGA I 201 I 201 0.210 0 0.034 0.052 0.359 100.000 100.000 0.213 LGA F 202 F 202 0.154 0 0.000 0.043 0.272 100.000 100.000 0.142 LGA L 203 L 203 0.310 0 0.020 0.106 0.858 100.000 95.455 0.687 LGA N 204 N 204 0.301 0 0.033 0.063 0.911 100.000 90.909 0.816 LGA G 205 G 205 0.221 0 0.047 0.047 0.343 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.479 0 0.043 1.334 3.069 90.909 73.182 2.197 LGA N 207 N 207 1.140 0 0.033 0.125 1.305 69.545 67.500 1.305 LGA G 208 G 208 1.342 0 0.078 0.078 1.850 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.467 0 0.071 0.201 3.167 65.455 49.697 3.167 LGA D 210 D 210 1.454 0 0.056 0.516 1.636 65.455 69.773 0.693 LGA Y 211 Y 211 1.751 0 0.108 0.627 1.955 54.545 53.333 1.577 LGA S 212 S 212 2.494 0 0.644 0.768 6.220 36.364 25.152 6.220 LGA Y 213 Y 213 2.844 0 0.177 1.055 14.385 45.455 15.303 14.385 LGA A 215 A 215 0.942 0 0.212 0.227 1.871 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.342 0 0.000 0.159 0.467 100.000 100.000 0.467 LGA A 217 A 217 0.229 0 0.052 0.060 0.302 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.375 0 0.033 0.140 1.179 100.000 91.212 1.179 LGA H 219 H 219 0.301 0 0.000 1.109 2.510 100.000 81.091 1.745 LGA L 220 L 220 0.235 0 0.000 0.097 0.530 100.000 97.727 0.530 LGA T 221 T 221 0.127 0 0.000 0.024 0.357 100.000 100.000 0.102 LGA N 222 N 222 0.399 0 0.048 0.063 0.725 90.909 95.455 0.353 LGA L 223 L 223 0.558 0 0.039 0.117 1.000 95.455 86.591 0.868 LGA Q 224 Q 224 0.341 0 0.039 0.139 0.866 100.000 91.919 0.826 LGA I 225 I 225 0.239 0 0.042 0.070 0.379 100.000 100.000 0.320 LGA P 226 P 226 0.203 0 0.037 0.069 0.414 100.000 100.000 0.313 LGA T 227 T 227 0.428 0 0.040 0.162 0.624 100.000 97.403 0.395 LGA P 228 P 228 0.417 0 0.126 0.139 0.719 95.455 97.403 0.338 LGA S 229 S 229 0.211 0 0.147 0.588 2.267 95.455 86.667 2.267 LGA G 230 G 230 0.499 0 0.025 0.025 0.858 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.450 0 0.066 0.502 1.517 95.455 84.444 1.517 LGA K 232 K 232 0.464 0 0.156 0.275 0.978 95.455 87.879 0.978 LGA R 233 R 233 0.491 0 0.042 1.131 6.592 90.909 46.612 4.421 LGA W 234 W 234 0.324 0 0.035 0.145 0.546 100.000 96.104 0.516 LGA N 235 N 235 0.466 0 0.019 0.667 2.567 100.000 82.045 2.567 LGA Q 236 Q 236 0.577 0 0.000 0.720 2.642 86.364 68.283 2.642 LGA Y 237 Y 237 0.588 0 0.062 0.155 0.893 86.364 83.333 0.893 LGA T 238 T 238 0.450 0 0.000 0.068 0.527 95.455 97.403 0.463 LGA I 239 I 239 0.369 0 0.029 0.112 0.420 100.000 100.000 0.420 LGA K 240 K 240 0.626 0 0.031 0.196 2.820 86.364 67.677 2.820 LGA A 241 A 241 0.433 0 0.094 0.101 0.628 90.909 92.727 - LGA I 242 I 242 0.147 0 0.032 0.050 0.281 100.000 100.000 0.166 LGA L 243 L 243 0.229 0 0.028 0.055 0.397 100.000 100.000 0.266 LGA Q 244 Q 244 0.249 0 0.057 0.306 1.368 95.455 90.101 0.781 LGA N 245 N 245 0.237 0 0.025 0.114 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA E 246 E 246 0.134 0 0.030 0.546 1.491 100.000 90.303 1.258 LGA V 247 V 247 0.182 0 0.011 0.869 1.966 100.000 85.974 1.848 LGA Y 248 Y 248 0.324 0 0.035 0.117 1.238 100.000 89.545 1.238 LGA I 249 I 249 0.229 0 0.024 0.046 0.492 100.000 100.000 0.443 LGA G 250 G 250 0.175 0 0.050 0.050 0.354 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.328 0 0.044 0.064 0.404 100.000 100.000 0.395 LGA V 252 V 252 0.418 0 0.051 0.106 0.807 95.455 92.208 0.807 LGA K 253 K 253 0.349 0 0.091 0.169 0.622 95.455 93.939 0.339 LGA Y 254 Y 254 0.610 0 0.046 0.228 2.443 90.909 68.333 2.443 LGA K 255 K 255 0.816 0 0.068 0.308 1.441 73.636 76.364 0.701 LGA V 256 V 256 0.967 0 0.087 0.102 1.118 81.818 77.143 0.928 LGA R 257 R 257 1.010 0 0.082 1.111 5.259 65.455 51.405 3.052 LGA E 258 E 258 0.969 0 0.072 0.371 2.297 73.636 62.828 2.297 LGA K 259 K 259 1.433 0 0.065 0.149 1.898 65.455 57.374 1.898 LGA T 260 T 260 1.541 0 0.000 0.106 1.880 54.545 59.221 1.326 LGA K 261 K 261 2.306 0 0.032 0.204 3.710 41.364 32.929 3.710 LGA D 262 D 262 2.014 0 0.050 0.997 3.636 44.545 35.682 3.326 LGA G 263 G 263 1.760 0 0.000 0.000 1.770 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.133 0 0.068 0.384 1.337 65.455 69.091 1.337 LGA R 265 R 265 1.061 0 0.079 0.939 5.452 73.636 45.950 5.452 LGA T 266 T 266 0.982 0 0.038 0.123 1.048 77.727 79.481 0.985 LGA I 267 I 267 0.644 0 0.042 0.078 0.900 81.818 81.818 0.889 LGA R 268 R 268 0.519 0 0.019 0.960 2.536 90.909 77.851 2.536 LGA P 269 P 269 0.532 0 0.011 0.031 0.715 81.818 81.818 0.715 LGA E 270 E 270 0.582 0 0.021 0.240 0.733 81.818 87.879 0.605 LGA K 271 K 271 0.790 0 0.043 0.875 5.170 81.818 55.960 5.170 LGA E 272 E 272 0.478 0 0.079 0.260 1.568 86.364 78.788 1.006 LGA Q 273 Q 273 0.661 0 0.025 0.096 0.951 81.818 81.818 0.951 LGA I 274 I 274 0.670 0 0.047 0.123 1.255 81.818 79.773 1.255 LGA V 275 V 275 0.352 0 0.047 0.075 0.522 100.000 97.403 0.468 LGA V 276 V 276 0.348 0 0.065 0.059 0.466 100.000 100.000 0.385 LGA Q 277 Q 277 0.275 0 0.046 0.602 2.953 100.000 79.596 2.953 LGA D 278 D 278 0.183 0 0.050 0.220 0.946 100.000 97.727 0.946 LGA A 279 A 279 0.274 0 0.011 0.017 0.395 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.303 0 0.024 0.126 0.441 100.000 100.000 0.233 LGA A 281 A 281 0.389 0 0.022 0.017 0.521 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.259 0 0.030 0.036 0.435 100.000 100.000 0.407 LGA I 283 I 283 0.409 0 0.023 0.060 0.648 95.455 93.182 0.583 LGA I 284 I 284 0.355 0 0.000 0.071 0.388 100.000 100.000 0.377 LGA D 285 D 285 0.699 0 0.031 0.981 2.923 81.818 69.091 2.923 LGA K 286 K 286 0.777 0 0.000 0.244 1.044 81.818 80.000 1.044 LGA E 287 E 287 0.789 0 0.022 0.380 1.943 81.818 78.384 0.615 LGA Q 288 Q 288 0.536 0 0.020 0.310 2.037 90.909 74.141 1.934 LGA F 289 F 289 0.556 0 0.036 0.151 1.005 81.818 80.331 0.929 LGA Q 290 Q 290 0.738 0 0.026 1.266 3.418 81.818 59.394 3.324 LGA Q 291 Q 291 0.502 0 0.036 0.050 0.602 90.909 87.879 0.514 LGA S 292 S 292 0.395 0 0.043 0.685 2.670 100.000 87.879 2.670 LGA Q 293 Q 293 0.652 0 0.000 0.225 1.309 81.818 76.364 1.309 LGA V 294 V 294 0.660 0 0.038 0.063 0.882 86.364 84.416 0.710 LGA K 295 K 295 0.209 0 0.072 0.209 0.846 95.455 97.980 0.388 LGA I 296 I 296 0.659 0 0.021 0.071 1.184 82.273 86.591 0.476 LGA A 297 A 297 1.264 0 0.110 0.127 1.927 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.799 0 0.047 0.129 2.492 63.182 64.545 1.480 LGA K 299 K 299 3.675 0 0.303 0.620 13.363 28.636 12.727 13.363 LGA V 300 V 300 2.178 0 0.086 0.089 3.873 30.455 24.156 3.224 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.921 0.884 1.820 85.963 80.133 65.760 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.370 97.872 13.223 LGA_LOCAL RMSD: 0.921 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.921 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.921 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.415269 * X + 0.243263 * Y + 0.876570 * Z + 153.636765 Y_new = -0.342755 * X + 0.934410 * Y + -0.096937 * Z + 173.525299 Z_new = -0.842657 * X + -0.260194 * Y + 0.471412 * Z + 171.104095 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.690026 1.002198 -0.504336 [DEG: -39.5356 57.4217 -28.8963 ] ZXZ: 1.460657 1.079906 -1.870286 [DEG: 83.6895 61.8740 -107.1595 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS196_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS196_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.872 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS196_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.737 185.055 153.290 1.00 93.94 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.254 185.704 154.511 1.00 93.94 C ATOM 2722 C GLY 165 151.731 185.659 154.682 1.00 93.94 C ATOM 2723 O GLY 165 151.173 186.440 155.449 1.00 93.94 O ATOM 2724 N LYS 166 151.025 184.776 153.962 1.00 94.88 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.575 184.599 154.135 1.00 94.88 C ATOM 2728 C LYS 166 149.277 183.780 155.384 1.00 94.88 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.934 183.966 152.898 1.00 94.88 C ATOM 2732 O LYS 166 150.014 182.862 155.750 1.00 94.88 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.970 184.918 151.699 1.00 94.88 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.595 184.163 150.427 1.00 94.88 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.404 185.153 149.278 1.00 94.88 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.329 184.456 147.976 1.00 94.88 N ATOM 2746 N TRP 167 148.148 184.071 156.017 1.00 94.44 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.725 183.391 157.233 1.00 94.44 C ATOM 2750 C TRP 167 146.938 182.112 156.925 1.00 94.44 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.928 184.356 158.099 1.00 94.44 C ATOM 2754 O TRP 167 145.850 182.146 156.358 1.00 94.44 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.521 183.760 159.404 1.00 94.44 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.319 183.221 159.705 1.00 94.44 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.346 183.596 160.592 1.00 94.44 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.569 182.946 161.594 1.00 94.44 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.679 183.928 160.913 1.00 94.44 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.340 182.745 161.002 1.00 94.44 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.413 183.005 163.158 1.00 94.44 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.086 182.647 162.862 1.00 94.44 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.206 183.642 162.186 1.00 94.44 C ATOM 2770 N ILE 168 147.496 180.964 157.323 1.00 91.31 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.962 179.620 157.012 1.00 91.31 C ATOM 2774 C ILE 168 146.630 178.831 158.288 1.00 91.31 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.978 178.860 156.127 1.00 91.31 C ATOM 2777 O ILE 168 145.992 177.781 158.240 1.00 91.31 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.339 179.690 154.879 1.00 91.31 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.485 177.469 155.668 1.00 91.31 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.558 179.126 154.179 1.00 91.31 C ATOM 2789 N SER 169 147.048 179.327 159.454 1.00 84.06 N ATOM 2791 CA SER 169 147.049 178.585 160.725 1.00 84.06 C ATOM 2793 C SER 169 145.671 178.487 161.413 1.00 84.06 C ATOM 2794 CB SER 169 148.116 179.173 161.655 1.00 84.06 C ATOM 2797 O SER 169 145.581 178.186 162.601 1.00 84.06 O ATOM 2798 OG SER 169 148.622 178.182 162.528 1.00 84.06 O ATOM 2800 N GLY 170 144.578 178.715 160.679 1.00 85.75 N ATOM 2802 CA GLY 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