####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS167_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS167_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 74 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 105 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 70 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 65 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 111 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 49 79 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 109 123 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 68 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 83 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 77 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 80 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 84 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 71 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 71 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 11 117 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 11 117 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 85 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 27 88 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 13 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 51 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 74 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 100 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 38 98 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 88 118 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 65.19 87.41 93.33 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.46 0.60 0.68 0.70 0.75 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.90 0.90 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.585 0 0.036 0.036 0.585 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.405 0 0.019 0.101 0.781 100.000 95.960 0.781 LGA W 167 W 167 0.218 0 0.226 0.239 0.742 95.455 98.701 0.361 LGA I 168 I 168 0.920 0 0.032 0.850 2.294 81.818 70.227 1.290 LGA S 169 S 169 1.379 0 0.542 0.724 2.174 58.636 53.939 2.060 LGA G 170 G 170 1.751 0 0.083 0.083 1.822 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.872 0 0.073 1.427 5.995 77.727 50.682 3.366 LGA A 172 A 172 0.431 0 0.000 0.000 0.594 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.114 0 0.011 0.231 0.670 100.000 97.403 0.670 LGA Y 174 Y 174 0.352 0 0.027 0.232 1.434 100.000 86.667 1.434 LGA G 175 G 175 0.311 0 0.068 0.068 0.327 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.358 0 0.011 0.169 0.544 100.000 96.970 0.282 LGA Q 177 Q 177 0.572 0 0.063 0.261 1.062 90.909 84.040 0.637 LGA L 178 L 178 0.382 0 0.126 0.213 1.552 82.273 80.455 1.552 LGA N 179 N 179 1.387 0 0.172 0.651 4.943 62.273 37.500 4.943 LGA K 180 K 180 3.729 0 0.288 0.968 13.297 20.455 9.091 13.297 LGA K 181 K 181 1.995 0 0.441 1.167 12.251 65.909 30.505 12.251 LGA T 182 T 182 0.952 0 0.008 1.113 3.428 82.273 68.571 3.428 LGA S 183 S 183 0.635 0 0.107 0.095 0.958 86.364 84.848 0.863 LGA K 184 K 184 0.714 0 0.069 0.868 2.813 81.818 72.121 2.813 LGA L 185 L 185 0.297 0 0.068 0.076 0.607 95.455 97.727 0.415 LGA D 186 D 186 0.259 0 0.030 0.135 0.764 100.000 97.727 0.314 LGA P 187 P 187 0.520 0 0.039 0.366 1.288 82.273 84.675 0.625 LGA V 188 V 188 0.763 0 0.000 0.014 0.903 81.818 81.818 0.903 LGA E 189 E 189 0.748 0 0.037 0.210 0.793 81.818 81.818 0.769 LGA D 190 D 190 0.691 0 0.028 0.049 1.120 86.364 82.045 1.120 LGA E 191 E 191 0.478 0 0.000 0.000 0.798 95.455 87.879 0.798 LGA A 192 A 192 0.267 0 0.034 0.032 0.347 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.261 0 0.047 0.092 0.564 100.000 93.939 0.550 LGA V 194 V 194 0.222 0 0.000 0.042 0.373 100.000 100.000 0.373 LGA V 195 V 195 0.098 0 0.000 0.023 0.266 100.000 100.000 0.089 LGA Q 196 Q 196 0.124 0 0.026 0.260 1.207 100.000 90.303 1.018 LGA L 197 L 197 0.194 0 0.000 0.049 0.285 100.000 100.000 0.284 LGA I 198 I 198 0.141 0 0.043 0.072 0.333 100.000 100.000 0.275 LGA F 199 F 199 0.150 0 0.013 0.043 0.229 100.000 100.000 0.151 LGA N 200 N 200 0.232 0 0.022 1.064 3.667 100.000 76.591 3.667 LGA I 201 I 201 0.104 0 0.019 0.042 0.191 100.000 100.000 0.058 LGA F 202 F 202 0.118 0 0.000 0.017 0.260 100.000 100.000 0.260 LGA L 203 L 203 0.245 0 0.028 0.051 0.575 100.000 95.455 0.512 LGA N 204 N 204 0.239 0 0.006 0.102 1.101 100.000 88.864 0.830 LGA G 205 G 205 0.351 0 0.041 0.041 0.431 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.463 0 0.030 0.167 0.799 90.909 93.182 0.386 LGA N 207 N 207 1.020 0 0.044 0.204 1.896 77.727 69.773 1.376 LGA G 208 G 208 0.985 0 0.091 0.091 1.370 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.136 0 0.041 0.171 2.674 65.455 56.566 2.674 LGA D 210 D 210 1.116 0 0.087 0.751 1.863 69.545 63.864 1.863 LGA Y 211 Y 211 1.749 0 0.117 0.592 2.001 54.545 52.273 1.671 LGA S 212 S 212 2.221 0 0.643 0.790 5.857 36.364 26.061 5.857 LGA Y 213 Y 213 3.072 0 0.156 1.100 14.564 39.545 13.333 14.564 LGA A 215 A 215 1.007 0 0.198 0.215 2.031 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.361 0 0.000 0.147 0.537 100.000 97.727 0.537 LGA A 217 A 217 0.213 0 0.054 0.066 0.311 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.462 0 0.000 0.131 1.287 100.000 91.212 1.287 LGA H 219 H 219 0.267 0 0.018 0.090 0.690 100.000 94.545 0.690 LGA L 220 L 220 0.237 0 0.000 0.080 0.379 100.000 100.000 0.379 LGA T 221 T 221 0.237 0 0.000 0.024 0.374 100.000 100.000 0.172 LGA N 222 N 222 0.377 0 0.039 0.062 0.564 95.455 97.727 0.479 LGA L 223 L 223 0.527 0 0.037 0.060 0.763 86.364 84.091 0.626 LGA Q 224 Q 224 0.494 0 0.042 0.174 0.960 95.455 89.899 0.831 LGA I 225 I 225 0.449 0 0.047 0.100 0.484 100.000 100.000 0.186 LGA P 226 P 226 0.439 0 0.039 0.068 0.679 90.909 87.013 0.679 LGA T 227 T 227 0.394 0 0.038 0.076 0.539 100.000 97.403 0.539 LGA P 228 P 228 0.552 0 0.082 0.090 0.561 90.909 92.208 0.456 LGA S 229 S 229 0.653 0 0.151 0.154 0.770 81.818 84.848 0.353 LGA G 230 G 230 0.760 0 0.024 0.024 1.035 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.324 0 0.044 0.456 1.033 100.000 92.121 1.033 LGA K 232 K 232 0.382 0 0.112 0.249 0.818 95.455 95.960 0.730 LGA R 233 R 233 0.263 0 0.023 0.961 4.511 100.000 54.050 3.725 LGA W 234 W 234 0.338 0 0.045 0.140 0.603 100.000 93.506 0.575 LGA N 235 N 235 0.571 0 0.012 0.588 2.399 86.364 76.591 2.399 LGA Q 236 Q 236 0.585 0 0.000 0.836 3.264 86.364 64.040 3.264 LGA Y 237 Y 237 0.623 0 0.064 0.148 0.845 81.818 81.818 0.706 LGA T 238 T 238 0.434 0 0.000 0.027 0.490 100.000 100.000 0.438 LGA I 239 I 239 0.354 0 0.035 0.115 0.382 100.000 100.000 0.339 LGA K 240 K 240 0.649 0 0.027 0.217 3.152 86.364 65.455 3.152 LGA A 241 A 241 0.498 0 0.075 0.078 0.602 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.093 0 0.033 0.065 0.215 100.000 100.000 0.091 LGA L 243 L 243 0.224 0 0.042 0.067 0.494 100.000 100.000 0.295 LGA Q 244 Q 244 0.248 0 0.031 0.234 0.874 100.000 95.960 0.620 LGA N 245 N 245 0.223 0 0.028 0.094 0.475 100.000 100.000 0.475 LGA E 246 E 246 0.169 0 0.027 0.502 1.481 100.000 94.141 0.977 LGA V 247 V 247 0.156 0 0.000 0.031 0.303 100.000 100.000 0.222 LGA Y 248 Y 248 0.232 0 0.034 0.119 1.019 100.000 91.061 1.019 LGA I 249 I 249 0.126 0 0.000 0.028 0.253 100.000 100.000 0.253 LGA G 250 G 250 0.131 0 0.050 0.050 0.256 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.140 0 0.035 0.041 0.265 100.000 100.000 0.094 LGA V 252 V 252 0.274 0 0.049 0.109 0.603 100.000 97.403 0.603 LGA K 253 K 253 0.488 0 0.063 0.147 0.856 100.000 89.899 0.710 LGA Y 254 Y 254 0.571 0 0.027 0.249 2.352 95.455 70.909 2.352 LGA K 255 K 255 0.619 0 0.004 0.162 1.499 81.818 80.000 1.499 LGA V 256 V 256 0.743 0 0.059 0.067 0.815 81.818 81.818 0.735 LGA R 257 R 257 0.881 0 0.100 1.057 5.834 77.727 51.405 3.489 LGA E 258 E 258 0.721 0 0.052 0.264 1.189 81.818 78.182 1.189 LGA K 259 K 259 1.218 0 0.047 0.209 1.883 65.455 58.990 1.883 LGA T 260 T 260 1.291 0 0.000 0.074 1.688 58.182 61.299 1.128 LGA K 261 K 261 2.236 0 0.024 0.225 3.089 41.364 33.737 2.884 LGA D 262 D 262 1.761 0 0.024 0.898 2.894 58.182 47.045 2.691 LGA G 263 G 263 1.578 0 0.022 0.022 1.578 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 0.857 0 0.084 0.455 2.227 81.818 71.717 2.227 LGA R 265 R 265 0.902 0 0.086 0.852 3.600 81.818 63.802 3.600 LGA T 266 T 266 0.655 0 0.048 0.077 0.791 81.818 87.013 0.496 LGA I 267 I 267 0.412 0 0.026 0.066 0.577 90.909 93.182 0.577 LGA R 268 R 268 0.148 0 0.025 0.962 2.519 100.000 88.926 2.519 LGA P 269 P 269 0.345 0 0.000 0.021 0.512 95.455 97.403 0.300 LGA E 270 E 270 0.731 0 0.025 0.523 1.300 81.818 78.182 0.984 LGA K 271 K 271 1.045 0 0.074 0.720 5.475 77.727 45.859 5.475 LGA E 272 E 272 0.690 0 0.052 0.110 1.401 90.909 78.586 1.401 LGA Q 273 Q 273 0.330 0 0.036 0.095 0.621 100.000 97.980 0.621 LGA I 274 I 274 0.250 0 0.038 0.105 0.702 100.000 97.727 0.702 LGA V 275 V 275 0.336 0 0.020 0.047 0.594 95.455 94.805 0.510 LGA V 276 V 276 0.244 0 0.058 0.064 0.555 100.000 97.403 0.355 LGA Q 277 Q 277 0.168 0 0.039 0.573 2.656 100.000 79.596 2.656 LGA D 278 D 278 0.152 0 0.034 0.228 0.601 100.000 95.455 0.601 LGA A 279 A 279 0.201 0 0.000 0.014 0.257 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.234 0 0.027 0.210 0.505 100.000 98.182 0.383 LGA A 281 A 281 0.288 0 0.024 0.022 0.384 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.185 0 0.051 0.060 0.256 100.000 100.000 0.256 LGA I 283 I 283 0.363 0 0.036 0.059 0.585 95.455 95.455 0.413 LGA I 284 I 284 0.248 0 0.000 0.077 0.275 100.000 100.000 0.169 LGA D 285 D 285 0.408 0 0.000 0.948 3.353 100.000 75.227 3.353 LGA K 286 K 286 0.453 0 0.000 0.257 1.235 100.000 90.101 1.235 LGA E 287 E 287 0.506 0 0.013 0.307 2.051 90.909 77.374 1.295 LGA Q 288 Q 288 0.329 0 0.024 0.234 1.574 100.000 84.848 1.405 LGA F 289 F 289 0.236 0 0.014 0.104 0.404 100.000 100.000 0.342 LGA Q 290 Q 290 0.424 0 0.032 1.238 3.436 100.000 69.495 3.436 LGA Q 291 Q 291 0.295 0 0.036 0.121 0.581 100.000 95.960 0.512 LGA S 292 S 292 0.144 0 0.045 0.052 0.341 100.000 100.000 0.110 LGA Q 293 Q 293 0.408 0 0.000 0.218 0.835 90.909 89.899 0.835 LGA V 294 V 294 0.556 0 0.035 0.050 0.743 90.909 87.013 0.704 LGA K 295 K 295 0.223 0 0.083 0.202 0.715 95.455 97.980 0.215 LGA I 296 I 296 0.485 0 0.012 0.069 0.805 90.909 90.909 0.527 LGA A 297 A 297 0.911 0 0.099 0.113 1.361 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.344 0 0.000 0.223 1.200 86.818 82.273 1.200 LGA K 299 K 299 1.746 0 0.397 0.334 12.531 66.818 30.909 12.531 LGA V 300 V 300 3.835 0 0.059 0.060 7.293 15.000 8.571 7.293 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.878 0.829 1.793 88.620 82.645 68.846 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 96.111 98.064 13.803 LGA_LOCAL RMSD: 0.878 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.878 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.878 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.750260 * X + 0.148063 * Y + 0.644351 * Z + 152.947083 Y_new = 0.099098 * X + -0.988775 * Y + 0.111821 * Z + 152.378647 Z_new = 0.653674 * X + -0.020041 * Y + -0.756511 * Z + 141.972397 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.131324 -0.712429 -3.115107 [DEG: 7.5243 -40.8192 -178.4825 ] ZXZ: 1.742626 2.428757 1.601446 [DEG: 99.8451 139.1575 91.7561 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS167_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS167_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 98.064 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS167_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.874 185.133 153.358 1.00 86.20 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.280 185.872 154.480 1.00 86.27 C ATOM 1347 C GLY 165 151.759 185.752 154.587 1.00 87.76 C ATOM 1348 O GLY 165 151.133 186.517 155.322 1.00 85.30 O ATOM 1349 N LYS 166 151.143 184.806 153.876 1.00 87.29 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.706 184.542 153.955 1.00 87.02 C ATOM 1351 C LYS 166 149.380 183.742 155.221 1.00 87.89 C ATOM 1352 O LYS 166 150.126 182.849 155.616 1.00 85.87 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.205 183.836 152.676 1.00 85.33 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.365 184.702 151.404 1.00 82.40 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.902 184.003 150.116 1.00 79.25 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.086 184.941 148.911 1.00 73.98 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.782 184.323 147.588 1.00 67.43 N ATOM 1358 N TRP 167 148.244 184.038 155.845 1.00 88.81 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.755 183.294 157.012 1.00 89.52 C ATOM 1360 C TRP 167 146.922 182.094 156.566 1.00 88.96 C ATOM 1361 O TRP 167 145.909 182.248 155.893 1.00 86.14 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.960 184.224 157.917 1.00 88.75 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.590 183.599 159.222 1.00 89.23 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.451 182.931 159.490 1.00 85.87 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.402 183.539 160.436 1.00 87.68 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.491 182.467 160.800 1.00 85.58 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.665 182.820 161.408 1.00 86.97 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.669 184.030 160.794 1.00 86.85 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.184 182.582 162.702 1.00 86.37 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.181 183.796 162.076 1.00 84.68 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.445 183.075 163.016 1.00 84.15 C ATOM 1372 N ILE 168 147.345 180.902 156.961 1.00 84.83 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.788 179.633 156.465 1.00 82.87 C ATOM 1374 C ILE 168 146.275 178.732 157.601 1.00 81.44 C ATOM 1375 O ILE 168 145.520 177.791 157.373 1.00 74.88 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.855 178.876 155.644 1.00 79.48 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.685 179.809 154.723 1.00 75.33 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.199 177.788 154.775 1.00 72.60 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.951 179.120 154.226 1.00 68.84 C ATOM 1380 N SER 169 146.690 179.000 158.824 1.00 82.01 N ATOM 1381 CA SER 169 146.247 178.270 160.004 1.00 79.99 C ATOM 1382 C SER 169 144.932 178.824 160.550 1.00 78.56 C ATOM 1383 O SER 169 144.471 179.863 160.097 1.00 72.19 O ATOM 1384 CB SER 169 147.371 178.247 161.033 1.00 76.49 C ATOM 1385 OG SER 169 147.803 179.528 161.384 1.00 71.91 O ATOM 1386 N GLY 170 144.323 178.108 161.499 1.00 76.57 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.031 178.342 162.147 1.00 75.82 C ATOM 1388 C GLY 170 142.466 179.766 162.249 1.00 78.86 C ATOM 1389 O GLY 170 142.417 180.513 161.286 1.00 75.64 O ATOM 1390 N LEU 171 141.990 180.121 163.451 1.00 80.29 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.511 181.474 163.728 1.00 80.05 C ATOM 1392 C LEU 171 142.674 182.465 163.660 1.00 81.82 C ATOM 1393 O LEU 171 143.783 182.154 164.088 1.00 79.72 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.827 181.505 165.106 1.00 77.04 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.439 180.844 165.110 1.00 73.04 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.063 180.407 166.519 1.00 67.34 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.358 181.816 164.611 1.00 66.12 C ATOM 1398 N ALA 172 142.381 183.664 163.158 1.00 84.93 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.320 184.774 163.233 1.00 85.41 C ATOM 1400 C ALA 172 143.669 185.080 164.705 1.00 86.57 C ATOM 1401 O ALA 172 142.814 184.918 165.580 1.00 84.63 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.704 185.986 162.529 1.00 83.34 C ATOM 1403 N PRO 173 144.897 185.502 165.006 1.00 87.26 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.266 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1.00 87.50 O ATOM 1422 N GLY 175 143.382 190.718 167.787 1.00 89.58 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.845 191.976 167.199 1.00 89.64 C ATOM 1424 C GLY 175 143.924 191.971 165.675 1.00 91.08 C ATOM 1425 O GLY 175 144.076 193.037 165.078 1.00 88.52 O ATOM 1426 N TYR 176 143.805 190.808 165.040 1.00 91.49 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.820 190.676 163.589 1.00 91.92 C ATOM 1428 C TYR 176 142.594 189.927 163.065 1.00 91.93 C ATOM 1429 O TYR 176 142.050 189.037 163.715 1.00 90.20 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.099 189.975 163.132 1.00 91.82 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.367 190.767 163.334 1.00 92.43 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.739 191.760 162.413 1.00 86.86 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.206 190.502 164.433 1.00 87.00 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.931 192.476 162.569 1.00 85.63 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.401 191.216 164.605 1.00 86.03 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.764 192.201 163.667 1.00 90.65 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.937 192.893 163.824 1.00 89.63 O ATOM 1438 N GLN 177 142.211 190.244 161.830 1.00 90.41 N ATOM 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