####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS163_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS163_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 77 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 78 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 21 115 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 28 118 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 27 97 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 35 56 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 96 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 67 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 39 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 39 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 72 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 72 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 72 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 74 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 49 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 12 101 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 4 96 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 102 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 66 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 12 40 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 20 80 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 31 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 69 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 59 109 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 17 88 124 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 111 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 114 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 84.44 92.59 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.65 0.75 0.84 0.87 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.00 0.97 0.95 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.761 0 0.034 0.034 0.803 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.615 0 0.000 0.110 1.230 81.818 80.000 1.230 LGA W 167 W 167 0.239 0 0.154 0.199 0.495 100.000 100.000 0.194 LGA I 168 I 168 0.798 0 0.048 0.143 1.956 73.636 67.955 1.533 LGA S 169 S 169 2.217 0 0.412 0.705 5.522 58.636 40.909 5.522 LGA G 170 G 170 1.827 0 0.217 0.217 1.827 65.909 65.909 - LGA L 171 L 171 0.472 0 0.129 1.331 5.406 86.364 55.909 3.171 LGA A 172 A 172 0.476 0 0.033 0.043 0.619 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.315 0 0.026 0.118 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA Y 174 Y 174 0.409 0 0.056 0.237 1.433 95.455 83.788 1.433 LGA G 175 G 175 0.415 0 0.081 0.081 0.451 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.582 0 0.029 0.182 0.813 81.818 87.879 0.535 LGA Q 177 Q 177 0.880 0 0.084 0.365 1.873 86.364 78.586 0.810 LGA L 178 L 178 0.513 0 0.085 0.190 1.591 77.727 75.909 1.591 LGA N 179 N 179 1.323 0 0.163 0.752 5.157 62.273 36.591 5.157 LGA K 180 K 180 3.701 0 0.268 0.951 12.946 20.455 9.091 12.946 LGA K 181 K 181 1.645 0 0.468 0.936 10.168 74.091 34.343 10.168 LGA T 182 T 182 0.732 0 0.000 1.141 3.376 77.727 68.052 3.376 LGA S 183 S 183 0.983 0 0.155 0.134 1.255 78.182 73.939 1.142 LGA K 184 K 184 0.815 0 0.072 0.819 2.249 82.273 77.374 2.249 LGA L 185 L 185 0.259 0 0.057 0.069 0.510 95.455 97.727 0.358 LGA D 186 D 186 0.245 0 0.064 0.195 0.875 95.455 95.455 0.223 LGA P 187 P 187 0.614 0 0.000 0.080 1.347 77.727 79.481 0.686 LGA V 188 V 188 0.984 0 0.060 0.047 1.179 77.727 72.468 1.179 LGA E 189 E 189 0.980 0 0.043 0.240 1.287 81.818 80.000 1.287 LGA D 190 D 190 1.049 0 0.032 0.055 1.513 77.727 69.773 1.513 LGA E 191 E 191 0.821 0 0.000 0.038 1.230 81.818 76.364 1.230 LGA A 192 A 192 0.452 0 0.030 0.034 0.564 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.415 0 0.065 0.095 0.716 100.000 89.899 0.558 LGA V 194 V 194 0.483 0 0.003 0.050 0.612 100.000 92.208 0.580 LGA V 195 V 195 0.274 0 0.007 0.039 0.519 100.000 97.403 0.392 LGA Q 196 Q 196 0.264 0 0.048 0.252 1.368 100.000 88.485 1.257 LGA L 197 L 197 0.304 0 0.019 0.051 0.414 100.000 100.000 0.412 LGA I 198 I 198 0.273 0 0.011 0.075 0.338 100.000 100.000 0.248 LGA F 199 F 199 0.311 0 0.020 0.061 0.443 100.000 100.000 0.333 LGA N 200 N 200 0.402 0 0.013 0.629 1.580 100.000 87.273 1.256 LGA I 201 I 201 0.332 0 0.015 0.043 0.377 100.000 100.000 0.299 LGA F 202 F 202 0.339 0 0.005 0.074 0.437 100.000 100.000 0.347 LGA L 203 L 203 0.516 0 0.051 0.127 0.922 90.909 86.364 0.617 LGA N 204 N 204 0.435 0 0.026 0.070 0.899 95.455 90.909 0.899 LGA G 205 G 205 0.450 0 0.042 0.042 0.481 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.498 0 0.041 0.846 3.613 86.364 73.636 0.343 LGA N 207 N 207 0.741 0 0.060 0.229 0.946 81.818 81.818 0.661 LGA G 208 G 208 1.287 0 0.100 0.100 2.053 59.091 59.091 - LGA K 209 K 209 1.343 0 0.089 0.251 2.495 65.455 56.162 2.495 LGA D 210 D 210 1.353 0 0.049 0.796 2.234 65.455 60.227 2.234 LGA Y 211 Y 211 1.813 0 0.080 0.606 2.256 50.909 49.848 1.881 LGA S 212 S 212 2.443 0 0.638 0.776 5.954 36.364 25.152 5.954 LGA Y 213 Y 213 2.997 0 0.144 1.138 14.236 41.818 14.091 14.236 LGA A 215 A 215 1.036 0 0.157 0.166 1.958 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.320 0 0.000 0.172 0.554 100.000 97.727 0.309 LGA A 217 A 217 0.389 0 0.040 0.058 0.424 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.586 0 0.000 0.090 1.188 90.909 85.152 1.188 LGA H 219 H 219 0.467 0 0.032 0.106 0.874 100.000 90.909 0.874 LGA L 220 L 220 0.441 0 0.000 0.111 0.610 100.000 93.182 0.610 LGA T 221 T 221 0.342 0 0.000 0.019 0.437 100.000 100.000 0.327 LGA N 222 N 222 0.254 0 0.042 0.068 0.414 100.000 100.000 0.289 LGA L 223 L 223 0.608 0 0.036 0.108 1.035 86.364 82.045 0.977 LGA Q 224 Q 224 0.521 0 0.028 0.219 1.124 81.818 80.000 0.703 LGA I 225 I 225 0.433 0 0.051 0.072 0.544 100.000 97.727 0.382 LGA P 226 P 226 0.395 0 0.043 0.074 0.638 95.455 92.208 0.632 LGA T 227 T 227 0.491 0 0.033 0.081 0.622 90.909 92.208 0.622 LGA P 228 P 228 0.759 0 0.109 0.136 0.764 81.818 84.416 0.581 LGA S 229 S 229 0.749 0 0.088 0.085 0.957 81.818 81.818 0.728 LGA G 230 G 230 0.834 0 0.033 0.033 0.887 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.353 0 0.019 0.517 1.264 95.455 90.101 1.264 LGA K 232 K 232 0.226 0 0.078 0.188 0.974 100.000 93.939 0.974 LGA R 233 R 233 0.257 0 0.044 1.095 5.939 100.000 54.876 3.948 LGA W 234 W 234 0.127 0 0.029 0.169 0.803 100.000 93.506 0.803 LGA N 235 N 235 0.535 0 0.100 0.777 2.483 95.455 81.136 0.526 LGA Q 236 Q 236 0.569 0 0.000 0.976 3.458 95.455 73.939 3.458 LGA Y 237 Y 237 0.484 0 0.055 0.139 0.841 95.455 86.364 0.841 LGA T 238 T 238 0.339 0 0.028 0.114 0.458 100.000 100.000 0.458 LGA I 239 I 239 0.264 0 0.031 0.102 0.369 100.000 100.000 0.369 LGA K 240 K 240 0.480 0 0.025 0.136 2.579 100.000 73.737 2.579 LGA A 241 A 241 0.461 0 0.075 0.084 0.585 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.072 0 0.024 0.080 0.194 100.000 100.000 0.188 LGA L 243 L 243 0.147 0 0.051 0.072 0.326 100.000 100.000 0.245 LGA Q 244 Q 244 0.253 0 0.048 0.326 1.350 95.455 90.101 0.632 LGA N 245 N 245 0.340 0 0.042 0.117 0.474 100.000 100.000 0.474 LGA E 246 E 246 0.305 0 0.050 0.225 0.713 100.000 95.960 0.503 LGA V 247 V 247 0.155 0 0.020 0.073 0.262 100.000 100.000 0.116 LGA Y 248 Y 248 0.215 0 0.056 0.195 1.409 100.000 89.697 1.409 LGA I 249 I 249 0.215 0 0.012 0.060 0.570 100.000 97.727 0.570 LGA G 250 G 250 0.107 0 0.021 0.021 0.223 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.368 0 0.081 0.095 0.544 95.455 97.403 0.341 LGA V 252 V 252 0.386 0 0.047 0.125 0.802 95.455 97.403 0.454 LGA K 253 K 253 0.295 0 0.087 0.135 0.695 95.455 97.980 0.395 LGA Y 254 Y 254 0.706 0 0.064 0.157 2.460 86.364 66.515 2.460 LGA K 255 K 255 0.810 0 0.085 0.239 1.022 81.818 80.000 0.567 LGA V 256 V 256 0.874 0 0.042 0.048 0.946 81.818 81.818 0.824 LGA R 257 R 257 0.608 0 0.012 1.081 4.753 81.818 58.347 3.502 LGA E 258 E 258 0.742 0 0.061 0.450 2.365 81.818 68.283 2.365 LGA K 259 K 259 1.083 0 0.042 0.184 1.880 69.545 62.424 1.880 LGA T 260 T 260 1.381 0 0.011 0.037 1.588 58.182 59.221 1.580 LGA K 261 K 261 1.939 0 0.044 0.241 2.322 44.545 48.283 1.883 LGA D 262 D 262 2.004 0 0.042 0.259 2.210 47.727 47.955 2.210 LGA G 263 G 263 1.561 0 0.042 0.042 1.673 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.122 0 0.057 0.420 2.002 65.455 67.879 2.002 LGA R 265 R 265 0.886 0 0.062 0.965 5.274 73.636 48.760 5.274 LGA T 266 T 266 0.998 0 0.042 0.074 1.039 77.727 74.805 0.959 LGA I 267 I 267 0.849 0 0.000 0.098 1.400 77.727 73.636 1.400 LGA R 268 R 268 0.856 0 0.042 0.964 2.631 81.818 75.702 2.631 LGA P 269 P 269 1.019 0 0.025 0.052 1.223 73.636 70.130 1.223 LGA E 270 E 270 0.782 0 0.009 0.250 0.996 81.818 81.818 0.944 LGA K 271 K 271 0.906 0 0.091 0.726 3.709 81.818 59.798 3.330 LGA E 272 E 272 0.814 0 0.083 0.402 2.585 81.818 68.687 1.142 LGA Q 273 Q 273 0.831 0 0.046 0.124 1.082 81.818 80.000 0.839 LGA I 274 I 274 0.718 0 0.070 0.120 1.088 81.818 79.773 1.088 LGA V 275 V 275 0.368 0 0.024 0.085 0.505 100.000 97.403 0.406 LGA V 276 V 276 0.368 0 0.041 0.038 0.453 100.000 100.000 0.359 LGA Q 277 Q 277 0.284 0 0.038 0.670 3.440 100.000 77.172 3.440 LGA D 278 D 278 0.174 0 0.098 0.196 0.828 100.000 97.727 0.828 LGA A 279 A 279 0.143 0 0.026 0.044 0.300 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.207 0 0.044 0.197 0.566 100.000 96.364 0.278 LGA A 281 A 281 0.273 0 0.036 0.038 0.458 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.291 0 0.060 0.095 0.455 100.000 100.000 0.455 LGA I 283 I 283 0.451 0 0.053 0.066 0.758 95.455 93.182 0.554 LGA I 284 I 284 0.265 0 0.016 0.097 0.425 100.000 100.000 0.425 LGA D 285 D 285 0.623 0 0.086 0.978 3.640 95.455 73.864 1.366 LGA K 286 K 286 0.665 0 0.018 0.259 1.501 81.818 76.566 1.501 LGA E 287 E 287 0.659 0 0.021 0.337 1.524 81.818 78.384 0.514 LGA Q 288 Q 288 0.438 0 0.027 0.384 2.022 95.455 83.232 0.917 LGA F 289 F 289 0.396 0 0.030 0.075 0.591 100.000 91.736 0.552 LGA Q 290 Q 290 0.596 0 0.044 0.183 1.325 81.818 76.364 1.219 LGA Q 291 Q 291 0.592 0 0.043 0.115 0.722 81.818 81.818 0.722 LGA S 292 S 292 0.367 0 0.072 0.701 2.438 95.455 86.667 2.438 LGA Q 293 Q 293 0.604 0 0.000 0.211 0.813 86.364 85.859 0.724 LGA V 294 V 294 0.873 0 0.041 0.065 1.059 81.818 79.481 1.059 LGA K 295 K 295 0.438 0 0.047 0.183 0.703 86.364 91.919 0.544 LGA I 296 I 296 0.747 0 0.024 0.066 1.114 78.182 77.955 0.553 LGA A 297 A 297 1.311 0 0.071 0.073 1.776 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.658 0 0.056 0.200 2.006 69.545 64.318 2.006 LGA K 299 K 299 2.854 0 0.411 0.634 13.115 52.727 23.636 13.115 LGA V 300 V 300 2.193 0 0.073 0.071 4.604 41.364 26.234 4.604 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.928 0.869 1.767 85.798 80.027 67.441 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.185 97.817 13.135 LGA_LOCAL RMSD: 0.928 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.928 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.928 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.791876 * X + 0.135618 * Y + -0.595433 * Z + 154.261200 Y_new = -0.525277 * X + -0.648569 * Y + 0.550856 * Z + 151.018188 Z_new = -0.311473 * X + 0.748977 * Y + 0.584823 * Z + 140.016434 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.555902 0.316743 0.907855 [DEG: -146.4424 18.1480 52.0162 ] ZXZ: -2.317326 0.946134 -0.394108 [DEG: -132.7730 54.2095 -22.5807 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS163_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS163_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.817 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS163_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.606 185.083 153.110 1.00 95.19 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.125 185.840 154.260 1.00 95.19 C ATOM 1347 C GLY 165 151.630 185.749 154.452 1.00 95.19 C ATOM 1348 O GLY 165 151.040 186.516 155.212 1.00 95.19 O ATOM 1349 N LYS 166 150.942 184.743 153.684 1.00 94.56 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.512 184.497 153.876 1.00 94.56 C ATOM 1351 C LYS 166 149.270 183.668 155.132 1.00 94.56 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.920 183.793 152.654 1.00 94.56 C ATOM 1353 O LYS 166 150.078 182.808 155.482 1.00 94.56 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.084 184.581 151.356 1.00 94.56 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.548 183.792 150.165 1.00 94.56 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.722 184.567 148.864 1.00 94.56 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.202 183.797 147.697 1.00 94.56 N ATOM 1358 N TRP 167 148.127 184.035 155.813 1.00 96.88 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.736 183.273 156.987 1.00 96.88 C ATOM 1360 C TRP 167 146.936 182.041 156.586 1.00 96.88 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.927 184.136 157.943 1.00 96.88 C ATOM 1362 O TRP 167 145.749 182.148 156.238 1.00 96.88 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.648 183.497 159.277 1.00 96.88 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.552 182.780 159.636 1.00 96.88 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.515 183.507 160.417 1.00 96.88 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.860 182.786 161.444 1.00 96.88 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.772 184.074 160.680 1.00 96.88 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.662 182.358 160.947 1.00 96.88 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.669 183.161 162.933 1.00 96.88 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.423 182.612 162.714 1.00 96.88 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.334 183.903 161.948 1.00 96.88 C ATOM 1372 N ILE 168 147.466 180.750 156.738 1.00 94.19 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.000 179.549 156.060 1.00 94.19 C ATOM 1374 C ILE 168 146.135 178.717 157.003 1.00 94.19 C ATOM 1375 CB ILE 168 148.187 178.696 155.534 1.00 94.19 C ATOM 1376 O ILE 168 145.190 178.057 156.583 1.00 94.19 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.105 179.548 154.650 1.00 94.19 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.672 177.470 154.774 1.00 94.19 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.369 180.310 153.556 1.00 94.19 C ATOM 1380 N SER 169 146.475 178.730 158.326 1.00 94.00 N ATOM 1381 CA SER 169 145.828 177.767 159.215 1.00 94.00 C ATOM 1382 C SER 169 145.502 178.396 160.561 1.00 94.00 C ATOM 1383 CB SER 169 146.713 176.546 159.423 1.00 94.00 C ATOM 1384 O SER 169 146.347 179.039 161.191 1.00 94.00 O ATOM 1385 OG SER 169 146.045 175.556 160.183 1.00 94.00 O ATOM 1386 N GLY 170 144.381 178.216 160.979 1.00 90.56 N ATOM 1387 CA GLY 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CA GLN 177 141.075 189.731 160.928 1.00 97.94 C ATOM 1440 C GLN 177 141.719 189.204 159.676 1.00 97.94 C ATOM 1441 CB GLN 177 139.854 190.611 160.565 1.00 97.94 C ATOM 1442 O GLN 177 142.732 189.760 159.223 1.00 97.94 O ATOM 1443 CG GLN 177 140.218 191.810 159.701 1.00 97.94 C ATOM 1444 CD GLN 177 138.998 192.596 159.268 1.00 97.94 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 139.199 193.599 158.421 1.00 97.94 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 137.864 192.323 159.705 1.00 97.94 O ATOM 1447 N LEU 178 141.252 188.060 159.156 1.00 96.31 N ATOM 1448 CA LEU 178 141.771 187.485 157.928 1.00 96.31 C ATOM 1449 C LEU 178 141.163 188.137 156.694 1.00 96.31 C ATOM 1450 CB LEU 178 141.514 185.983 157.905 1.00 96.31 C ATOM 1451 O LEU 178 139.930 188.148 156.551 1.00 96.31 O ATOM 1452 CG LEU 178 142.049 185.215 156.663 1.00 96.31 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.577 185.239 156.647 1.00 96.31 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.521 183.792 156.663 1.00 96.31 C ATOM 1455 N ASN 179 141.919 188.836 155.952 1.00 94.00 N ATOM 1456 CA ASN 179 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