####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS163_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS163_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 63 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 76 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 64 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 13 98 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 88 119 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 65 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 27 100 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 19 35 59 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 98 123 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 62 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 36 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 72 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 71 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 65 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 71 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 53 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 27 103 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 4 101 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 16 101 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 21 75 121 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 24 41 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 36 108 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 40 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 74 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 65 108 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 20 88 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 102 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 113 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 83.70 91.85 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.66 0.77 0.85 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.01 0.99 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.721 0 0.038 0.038 0.761 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.586 0 0.000 0.116 1.163 81.818 80.000 1.163 LGA W 167 W 167 0.195 0 0.126 0.190 0.437 100.000 100.000 0.112 LGA I 168 I 168 0.862 0 0.059 0.147 2.046 70.000 64.545 1.635 LGA S 169 S 169 2.248 0 0.445 0.715 5.476 62.727 43.636 5.476 LGA G 170 G 170 1.741 0 0.194 0.194 1.741 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.380 0 0.136 1.335 5.398 95.455 62.500 3.126 LGA A 172 A 172 0.477 0 0.034 0.045 0.617 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.373 0 0.028 0.112 0.415 100.000 100.000 0.386 LGA Y 174 Y 174 0.393 0 0.056 0.236 1.406 95.455 83.788 1.406 LGA G 175 G 175 0.435 0 0.086 0.086 0.454 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.652 0 0.017 0.192 0.861 81.818 84.848 0.572 LGA Q 177 Q 177 0.916 0 0.061 0.215 1.470 86.364 80.202 0.784 LGA L 178 L 178 0.587 0 0.075 0.200 1.578 73.636 73.864 1.578 LGA N 179 N 179 1.303 0 0.177 0.725 5.089 62.273 36.591 5.089 LGA K 180 K 180 3.747 0 0.275 0.952 12.974 20.455 9.091 12.974 LGA K 181 K 181 1.644 0 0.474 0.932 10.135 74.091 34.343 10.135 LGA T 182 T 182 0.769 0 0.034 1.132 3.377 77.727 68.052 3.377 LGA S 183 S 183 0.965 0 0.151 0.132 1.231 78.182 73.939 1.172 LGA K 184 K 184 0.775 0 0.075 0.810 2.276 86.364 79.192 2.276 LGA L 185 L 185 0.202 0 0.059 0.065 0.432 100.000 100.000 0.355 LGA D 186 D 186 0.230 0 0.064 0.177 0.809 95.455 95.455 0.242 LGA P 187 P 187 0.524 0 0.000 0.064 1.196 82.273 82.078 0.610 LGA V 188 V 188 0.920 0 0.067 0.060 1.070 81.818 79.481 1.070 LGA E 189 E 189 0.901 0 0.067 0.181 1.014 81.818 80.000 1.014 LGA D 190 D 190 1.020 0 0.035 0.073 1.559 77.727 69.773 1.559 LGA E 191 E 191 0.810 0 0.000 0.060 1.186 81.818 78.182 1.186 LGA A 192 A 192 0.435 0 0.033 0.040 0.540 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.407 0 0.059 0.106 0.735 100.000 91.919 0.472 LGA V 194 V 194 0.454 0 0.014 0.052 0.560 100.000 94.805 0.540 LGA V 195 V 195 0.302 0 0.014 0.047 0.525 100.000 97.403 0.364 LGA Q 196 Q 196 0.325 0 0.029 0.236 1.399 100.000 88.485 1.267 LGA L 197 L 197 0.337 0 0.015 0.046 0.412 100.000 100.000 0.391 LGA I 198 I 198 0.320 0 0.000 0.074 0.391 100.000 100.000 0.242 LGA F 199 F 199 0.415 0 0.014 0.046 0.492 100.000 100.000 0.431 LGA N 200 N 200 0.440 0 0.000 0.624 1.673 100.000 85.000 1.190 LGA I 201 I 201 0.388 0 0.000 0.038 0.433 100.000 100.000 0.341 LGA F 202 F 202 0.365 0 0.019 0.063 0.475 100.000 100.000 0.207 LGA L 203 L 203 0.570 0 0.046 0.120 0.956 90.909 86.364 0.658 LGA N 204 N 204 0.423 0 0.049 0.073 0.802 95.455 90.909 0.802 LGA G 205 G 205 0.458 0 0.048 0.048 0.470 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.464 0 0.043 0.778 3.331 86.364 78.636 0.248 LGA N 207 N 207 0.738 0 0.063 0.218 0.902 81.818 81.818 0.607 LGA G 208 G 208 1.261 0 0.103 0.103 2.023 62.727 62.727 - LGA K 209 K 209 1.432 0 0.094 0.235 2.662 65.455 53.333 2.662 LGA D 210 D 210 1.433 0 0.053 0.792 2.078 65.455 60.227 2.078 LGA Y 211 Y 211 1.918 0 0.088 0.644 2.277 50.909 48.788 1.846 LGA S 212 S 212 2.469 0 0.631 0.785 6.017 36.364 25.152 6.017 LGA Y 213 Y 213 2.940 0 0.149 1.151 14.133 41.818 14.091 14.133 LGA A 215 A 215 1.095 0 0.158 0.166 1.992 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.355 0 0.000 0.185 0.590 100.000 97.727 0.306 LGA A 217 A 217 0.453 0 0.034 0.057 0.529 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.649 0 0.000 0.107 1.244 86.364 82.121 1.244 LGA H 219 H 219 0.523 0 0.018 0.112 0.922 81.818 81.818 0.922 LGA L 220 L 220 0.535 0 0.008 0.104 0.603 81.818 81.818 0.603 LGA T 221 T 221 0.454 0 0.000 0.019 0.513 95.455 97.403 0.415 LGA N 222 N 222 0.318 0 0.036 0.063 0.470 100.000 100.000 0.354 LGA L 223 L 223 0.695 0 0.039 0.119 1.103 81.818 77.727 1.029 LGA Q 224 Q 224 0.518 0 0.045 0.262 1.312 86.364 82.020 0.832 LGA I 225 I 225 0.510 0 0.051 0.070 0.602 95.455 93.182 0.432 LGA P 226 P 226 0.414 0 0.054 0.085 0.694 90.909 87.013 0.694 LGA T 227 T 227 0.505 0 0.024 0.071 0.633 86.364 89.610 0.631 LGA P 228 P 228 0.689 0 0.105 0.140 0.707 86.364 87.013 0.525 LGA S 229 S 229 0.753 0 0.089 0.085 0.971 81.818 81.818 0.735 LGA G 230 G 230 0.865 0 0.020 0.020 0.956 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.339 0 0.032 0.530 1.426 95.455 90.101 1.426 LGA K 232 K 232 0.201 0 0.077 0.171 0.842 100.000 95.960 0.842 LGA R 233 R 233 0.307 0 0.040 1.063 5.691 100.000 53.884 3.785 LGA W 234 W 234 0.208 0 0.031 0.156 0.701 100.000 93.506 0.701 LGA N 235 N 235 0.576 0 0.085 0.787 2.615 90.909 77.500 0.572 LGA Q 236 Q 236 0.550 0 0.000 0.853 3.047 95.455 72.525 3.047 LGA Y 237 Y 237 0.482 0 0.045 0.109 0.850 95.455 86.364 0.850 LGA T 238 T 238 0.397 0 0.022 0.106 0.445 100.000 100.000 0.445 LGA I 239 I 239 0.285 0 0.033 0.099 0.293 100.000 100.000 0.260 LGA K 240 K 240 0.516 0 0.028 0.145 2.740 95.455 71.717 2.740 LGA A 241 A 241 0.351 0 0.071 0.075 0.453 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.062 0 0.026 0.072 0.256 100.000 100.000 0.256 LGA L 243 L 243 0.166 0 0.023 0.046 0.344 100.000 100.000 0.344 LGA Q 244 Q 244 0.208 0 0.040 0.286 1.178 100.000 92.121 0.585 LGA N 245 N 245 0.280 0 0.036 0.088 0.401 100.000 100.000 0.401 LGA E 246 E 246 0.244 0 0.049 0.217 0.733 100.000 97.980 0.447 LGA V 247 V 247 0.091 0 0.020 0.098 0.388 100.000 100.000 0.231 LGA Y 248 Y 248 0.289 0 0.050 0.189 1.525 100.000 84.091 1.525 LGA I 249 I 249 0.293 0 0.005 0.052 0.653 100.000 95.455 0.653 LGA G 250 G 250 0.163 0 0.026 0.026 0.271 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.324 0 0.085 0.097 0.545 95.455 97.403 0.306 LGA V 252 V 252 0.353 0 0.037 0.114 0.776 95.455 97.403 0.423 LGA K 253 K 253 0.285 0 0.082 0.128 0.672 95.455 97.980 0.477 LGA Y 254 Y 254 0.779 0 0.069 0.152 2.674 86.364 63.333 2.674 LGA K 255 K 255 0.895 0 0.087 0.211 1.034 77.727 82.020 0.425 LGA V 256 V 256 0.974 0 0.040 0.044 1.048 77.727 77.143 0.941 LGA R 257 R 257 0.677 0 0.000 1.096 5.232 81.818 57.521 3.900 LGA E 258 E 258 0.733 0 0.071 0.479 2.385 81.818 68.283 2.385 LGA K 259 K 259 1.224 0 0.044 0.178 1.753 65.455 58.990 1.753 LGA T 260 T 260 1.426 0 0.013 0.052 1.610 58.182 55.065 1.601 LGA K 261 K 261 1.857 0 0.047 0.273 2.247 44.545 51.313 1.488 LGA D 262 D 262 1.971 0 0.037 0.257 2.378 50.909 51.136 2.378 LGA G 263 G 263 1.607 0 0.038 0.038 1.702 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.239 0 0.061 0.412 1.795 65.455 63.838 1.795 LGA R 265 R 265 0.976 0 0.063 0.956 5.442 73.636 47.107 5.442 LGA T 266 T 266 1.052 0 0.037 0.084 1.136 73.636 70.130 1.006 LGA I 267 I 267 0.996 0 0.000 0.095 1.534 69.545 65.682 1.534 LGA R 268 R 268 0.881 0 0.038 0.962 2.452 81.818 73.884 2.452 LGA P 269 P 269 1.137 0 0.012 0.051 1.382 69.545 67.792 1.382 LGA E 270 E 270 0.896 0 0.017 0.242 1.121 77.727 76.364 1.121 LGA K 271 K 271 0.981 0 0.074 0.724 3.809 77.727 57.980 3.425 LGA E 272 E 272 0.915 0 0.057 0.473 2.781 81.818 66.869 1.013 LGA Q 273 Q 273 0.927 0 0.070 0.144 1.236 77.727 76.364 0.936 LGA I 274 I 274 0.689 0 0.075 0.121 0.994 81.818 81.818 0.994 LGA V 275 V 275 0.383 0 0.034 0.080 0.521 100.000 97.403 0.416 LGA V 276 V 276 0.308 0 0.031 0.040 0.420 100.000 100.000 0.302 LGA Q 277 Q 277 0.317 0 0.051 0.678 3.584 100.000 75.152 3.584 LGA D 278 D 278 0.259 0 0.098 0.214 1.101 100.000 95.682 1.101 LGA A 279 A 279 0.141 0 0.015 0.042 0.268 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.223 0 0.038 0.172 0.467 100.000 100.000 0.217 LGA A 281 A 281 0.274 0 0.032 0.026 0.427 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.268 0 0.081 0.113 0.485 100.000 100.000 0.485 LGA I 283 I 283 0.448 0 0.058 0.070 0.790 90.909 90.909 0.607 LGA I 284 I 284 0.287 0 0.003 0.105 0.412 100.000 100.000 0.366 LGA D 285 D 285 0.635 0 0.089 0.953 3.706 86.364 67.500 1.574 LGA K 286 K 286 0.653 0 0.000 0.280 1.715 81.818 76.566 1.715 LGA E 287 E 287 0.672 0 0.023 0.303 1.319 81.818 82.020 0.443 LGA Q 288 Q 288 0.451 0 0.022 0.403 2.037 95.455 85.253 0.823 LGA F 289 F 289 0.380 0 0.034 0.085 0.617 100.000 91.736 0.594 LGA Q 290 Q 290 0.596 0 0.033 0.165 1.123 81.818 78.182 1.123 LGA Q 291 Q 291 0.559 0 0.036 0.146 0.745 86.364 83.838 0.745 LGA S 292 S 292 0.360 0 0.060 0.700 2.415 95.455 86.667 2.415 LGA Q 293 Q 293 0.579 0 0.000 0.194 0.805 86.364 87.879 0.674 LGA V 294 V 294 0.846 0 0.040 0.069 1.017 81.818 79.481 1.017 LGA K 295 K 295 0.371 0 0.037 0.195 0.696 95.455 95.960 0.696 LGA I 296 I 296 0.730 0 0.031 0.060 1.072 82.273 82.273 0.486 LGA A 297 A 297 1.300 0 0.074 0.079 1.760 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.567 0 0.082 0.214 2.028 70.000 64.545 2.028 LGA K 299 K 299 2.837 0 0.408 0.632 12.891 52.727 23.636 12.891 LGA V 300 V 300 2.091 0 0.066 0.063 4.469 41.364 26.753 4.469 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.939 0.882 1.772 85.246 79.607 67.532 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 95.000 97.749 12.990 LGA_LOCAL RMSD: 0.939 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.785750 * X + 0.490268 * Y + 0.377139 * Z + 153.660706 Y_new = 0.598396 * X + -0.756864 * Y + -0.262829 * Z + 150.111084 Z_new = 0.156586 * X + 0.432196 * Y + -0.888081 * Z + 139.977585 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.650858 -0.157233 2.688671 [DEG: 37.2914 -9.0088 154.0495 ] ZXZ: 0.962152 2.663949 0.347593 [DEG: 55.1272 152.6330 19.9156 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS163_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS163_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.749 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS163_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.658 185.087 153.113 1.00 97.06 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.170 185.843 154.266 1.00 97.06 C ATOM 1347 C GLY 165 151.672 185.725 154.457 1.00 97.06 C ATOM 1348 O GLY 165 151.079 186.484 155.229 1.00 97.06 O ATOM 1349 N LYS 166 150.969 184.793 153.659 1.00 96.56 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.544 184.529 153.836 1.00 96.56 C ATOM 1351 C LYS 166 149.293 183.696 155.085 1.00 96.56 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.973 183.827 152.605 1.00 96.56 C ATOM 1353 O LYS 166 150.101 182.831 155.438 1.00 96.56 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.135 184.602 151.319 1.00 96.56 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.589 183.831 150.118 1.00 96.56 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.785 184.596 148.814 1.00 96.56 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.273 183.825 147.646 1.00 96.56 N ATOM 1358 N TRP 167 148.186 184.038 155.745 1.00 97.88 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.792 183.280 156.928 1.00 97.88 C ATOM 1360 C TRP 167 146.987 182.037 156.531 1.00 97.88 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.958 184.151 157.882 1.00 97.88 C ATOM 1362 O TRP 167 145.787 182.126 156.277 1.00 97.88 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.704 183.509 159.213 1.00 97.88 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.606 182.788 159.594 1.00 97.88 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.549 183.559 160.366 1.00 97.88 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.918 182.844 161.383 1.00 97.88 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.803 184.145 160.620 1.00 97.88 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.718 182.382 160.888 1.00 97.88 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.704 183.265 162.880 1.00 97.88 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.485 182.680 162.658 1.00 97.88 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.368 183.988 161.875 1.00 97.88 C ATOM 1372 N ILE 168 147.419 180.782 156.664 1.00 96.25 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.973 179.580 155.969 1.00 96.25 C ATOM 1374 C ILE 168 146.096 178.747 156.916 1.00 96.25 C ATOM 1375 CB ILE 168 148.150 178.746 155.449 1.00 96.25 C ATOM 1376 O ILE 168 145.149 178.100 156.459 1.00 96.25 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.073 179.604 154.567 1.00 96.25 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.650 177.512 154.686 1.00 96.25 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.338 180.402 153.507 1.00 96.25 C ATOM 1380 N SER 169 146.430 178.793 158.205 1.00 97.62 N ATOM 1381 CA SER 169 145.782 177.846 159.090 1.00 97.62 C ATOM 1382 C SER 169 145.430 178.491 160.438 1.00 97.62 C ATOM 1383 CB SER 169 146.667 176.619 159.336 1.00 97.62 C ATOM 1384 O SER 169 146.212 179.267 160.981 1.00 97.62 O ATOM 1385 OG SER 169 146.004 175.654 160.114 1.00 97.62 O ATOM 1386 N GLY 170 144.274 178.111 160.904 1.00 96.31 N ATOM 1387 CA GLY 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