####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS163_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS163_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 51 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 75 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 64 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 24 74 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 87 121 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 66 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 29 99 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 20 38 62 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 89 123 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 59 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 30 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 35 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 73 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 75 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 73 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 75 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 59 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 27 104 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 5 101 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 101 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 53 122 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 13 40 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 20 100 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 39 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 72 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 61 109 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 18 88 119 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 105 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 114 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 84.44 91.85 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.53 0.66 0.77 0.85 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.02 0.98 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.769 0 0.051 0.051 0.804 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.611 0 0.000 0.114 1.244 81.818 80.000 1.244 LGA W 167 W 167 0.258 0 0.134 0.177 0.458 100.000 100.000 0.224 LGA I 168 I 168 0.904 0 0.046 0.131 2.132 70.000 64.545 1.623 LGA S 169 S 169 2.288 0 0.447 0.715 5.517 55.000 37.576 5.517 LGA G 170 G 170 1.739 0 0.185 0.185 1.739 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.479 0 0.137 1.334 5.399 86.364 55.909 3.077 LGA A 172 A 172 0.544 0 0.031 0.039 0.653 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.426 0 0.035 0.113 0.477 100.000 100.000 0.416 LGA Y 174 Y 174 0.414 0 0.058 0.228 1.425 95.455 83.788 1.425 LGA G 175 G 175 0.458 0 0.085 0.085 0.481 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.680 0 0.030 0.184 0.907 81.818 84.848 0.542 LGA Q 177 Q 177 0.938 0 0.069 0.241 1.576 86.364 78.586 0.788 LGA L 178 L 178 0.612 0 0.073 0.185 1.444 73.636 77.955 1.444 LGA N 179 N 179 1.377 0 0.163 0.700 5.119 62.273 36.591 5.119 LGA K 180 K 180 3.654 0 0.266 0.948 12.908 20.455 9.091 12.908 LGA K 181 K 181 1.711 0 0.472 0.935 10.236 70.000 32.525 10.236 LGA T 182 T 182 0.793 0 0.025 1.133 3.331 77.727 68.052 3.331 LGA S 183 S 183 0.964 0 0.147 0.126 1.218 78.182 73.939 1.153 LGA K 184 K 184 0.832 0 0.069 0.815 2.199 77.727 75.354 2.199 LGA L 185 L 185 0.173 0 0.058 0.064 0.398 100.000 100.000 0.356 LGA D 186 D 186 0.199 0 0.048 0.168 0.805 95.455 95.455 0.227 LGA P 187 P 187 0.488 0 0.000 0.063 1.155 86.818 84.675 0.560 LGA V 188 V 188 0.953 0 0.063 0.054 1.128 81.818 77.143 1.128 LGA E 189 E 189 0.909 0 0.059 0.263 1.215 81.818 80.000 1.215 LGA D 190 D 190 0.990 0 0.042 0.076 1.569 81.818 71.818 1.569 LGA E 191 E 191 0.808 0 0.000 0.051 1.312 81.818 78.182 1.312 LGA A 192 A 192 0.430 0 0.039 0.043 0.539 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.426 0 0.064 0.096 0.807 100.000 89.899 0.689 LGA V 194 V 194 0.473 0 0.000 0.043 0.562 100.000 94.805 0.558 LGA V 195 V 195 0.311 0 0.000 0.038 0.510 100.000 97.403 0.399 LGA Q 196 Q 196 0.321 0 0.037 0.230 1.360 100.000 88.485 1.175 LGA L 197 L 197 0.331 0 0.016 0.049 0.419 100.000 100.000 0.411 LGA I 198 I 198 0.328 0 0.028 0.074 0.416 100.000 100.000 0.306 LGA F 199 F 199 0.424 0 0.011 0.059 0.486 100.000 100.000 0.398 LGA N 200 N 200 0.492 0 0.002 0.643 1.671 95.455 82.727 1.270 LGA I 201 I 201 0.396 0 0.024 0.050 0.443 100.000 100.000 0.333 LGA F 202 F 202 0.372 0 0.000 0.072 0.469 100.000 100.000 0.350 LGA L 203 L 203 0.566 0 0.045 0.127 1.004 90.909 84.318 0.704 LGA N 204 N 204 0.412 0 0.048 0.080 0.893 95.455 90.909 0.893 LGA G 205 G 205 0.441 0 0.048 0.048 0.463 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.458 0 0.046 0.651 2.980 86.364 77.500 0.354 LGA N 207 N 207 0.682 0 0.069 0.210 0.929 81.818 81.818 0.552 LGA G 208 G 208 1.177 0 0.093 0.093 1.928 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.358 0 0.084 0.244 2.653 65.455 54.949 2.653 LGA D 210 D 210 1.387 0 0.062 0.785 2.133 65.455 60.227 2.133 LGA Y 211 Y 211 1.869 0 0.084 0.627 2.233 50.909 49.848 1.808 LGA S 212 S 212 2.513 0 0.650 0.786 6.041 33.636 23.333 6.041 LGA Y 213 Y 213 2.914 0 0.142 1.132 14.192 41.818 14.091 14.192 LGA A 215 A 215 1.016 0 0.152 0.162 1.881 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.303 0 0.000 0.173 0.503 100.000 97.727 0.284 LGA A 217 A 217 0.444 0 0.034 0.057 0.512 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.578 0 0.000 0.100 1.145 90.909 85.152 1.145 LGA H 219 H 219 0.491 0 0.023 0.104 0.867 90.909 87.273 0.867 LGA L 220 L 220 0.501 0 0.018 0.101 0.593 86.364 84.091 0.593 LGA T 221 T 221 0.436 0 0.000 0.034 0.513 95.455 97.403 0.403 LGA N 222 N 222 0.360 0 0.036 0.065 0.560 95.455 97.727 0.371 LGA L 223 L 223 0.705 0 0.046 0.113 1.130 81.818 77.727 1.027 LGA Q 224 Q 224 0.557 0 0.052 0.253 1.280 81.818 80.000 0.866 LGA I 225 I 225 0.524 0 0.051 0.073 0.586 90.909 93.182 0.382 LGA P 226 P 226 0.489 0 0.054 0.085 0.765 90.909 87.013 0.765 LGA T 227 T 227 0.531 0 0.024 0.069 0.665 86.364 89.610 0.665 LGA P 228 P 228 0.753 0 0.094 0.129 0.754 81.818 84.416 0.595 LGA S 229 S 229 0.832 0 0.088 0.086 1.045 77.727 79.091 0.826 LGA G 230 G 230 0.985 0 0.025 0.025 1.002 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.482 0 0.022 0.521 1.178 95.455 88.081 1.178 LGA K 232 K 232 0.171 0 0.091 0.185 0.954 100.000 93.939 0.954 LGA R 233 R 233 0.268 0 0.047 1.072 5.694 100.000 53.388 3.878 LGA W 234 W 234 0.174 0 0.034 0.160 0.717 100.000 93.506 0.717 LGA N 235 N 235 0.615 0 0.100 0.790 2.517 86.364 75.227 0.535 LGA Q 236 Q 236 0.546 0 0.000 0.860 3.046 95.455 72.525 3.046 LGA Y 237 Y 237 0.480 0 0.045 0.108 0.812 95.455 86.364 0.812 LGA T 238 T 238 0.353 0 0.018 0.122 0.432 100.000 100.000 0.432 LGA I 239 I 239 0.275 0 0.042 0.093 0.317 100.000 100.000 0.307 LGA K 240 K 240 0.483 0 0.023 0.152 2.753 100.000 73.737 2.753 LGA A 241 A 241 0.381 0 0.070 0.077 0.497 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.052 0 0.013 0.069 0.292 100.000 100.000 0.292 LGA L 243 L 243 0.164 0 0.027 0.059 0.286 100.000 100.000 0.239 LGA Q 244 Q 244 0.233 0 0.040 0.287 1.271 100.000 92.121 0.693 LGA N 245 N 245 0.252 0 0.051 0.119 0.468 100.000 100.000 0.468 LGA E 246 E 246 0.244 0 0.048 0.266 0.870 100.000 95.960 0.657 LGA V 247 V 247 0.102 0 0.021 0.120 0.418 100.000 100.000 0.245 LGA Y 248 Y 248 0.247 0 0.059 0.193 1.442 100.000 89.697 1.442 LGA I 249 I 249 0.256 0 0.019 0.056 0.610 100.000 95.455 0.610 LGA G 250 G 250 0.150 0 0.013 0.013 0.268 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.348 0 0.089 0.102 0.609 95.455 97.403 0.346 LGA V 252 V 252 0.384 0 0.036 0.105 0.792 90.909 94.805 0.389 LGA K 253 K 253 0.304 0 0.074 0.113 0.654 95.455 97.980 0.463 LGA Y 254 Y 254 0.855 0 0.056 0.162 2.683 81.818 61.818 2.683 LGA K 255 K 255 0.892 0 0.076 0.225 1.016 77.727 82.020 0.425 LGA V 256 V 256 0.954 0 0.040 0.040 1.023 81.818 79.481 0.936 LGA R 257 R 257 0.629 0 0.008 1.086 5.007 81.818 57.521 3.921 LGA E 258 E 258 0.666 0 0.072 0.508 2.481 81.818 68.283 2.481 LGA K 259 K 259 1.107 0 0.030 0.190 1.879 69.545 62.424 1.879 LGA T 260 T 260 1.390 0 0.005 0.040 1.586 58.182 57.143 1.586 LGA K 261 K 261 1.855 0 0.050 0.240 2.268 44.545 48.283 1.762 LGA D 262 D 262 1.920 0 0.046 0.251 2.238 50.909 51.136 2.238 LGA G 263 G 263 1.526 0 0.044 0.044 1.636 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.145 0 0.058 0.422 1.951 65.455 67.475 1.951 LGA R 265 R 265 0.908 0 0.050 0.970 5.380 73.636 48.099 5.380 LGA T 266 T 266 0.984 0 0.041 0.072 1.025 81.818 77.143 0.934 LGA I 267 I 267 0.981 0 0.000 0.093 1.492 69.545 67.500 1.492 LGA R 268 R 268 0.938 0 0.044 0.965 2.590 81.818 75.702 2.590 LGA P 269 P 269 1.099 0 0.009 0.055 1.306 73.636 70.130 1.306 LGA E 270 E 270 0.923 0 0.000 0.252 1.264 77.727 74.545 1.237 LGA K 271 K 271 1.001 0 0.070 0.733 3.871 73.636 55.354 3.535 LGA E 272 E 272 0.885 0 0.055 0.394 2.465 81.818 68.081 1.092 LGA Q 273 Q 273 0.917 0 0.062 0.133 1.191 77.727 78.182 0.930 LGA I 274 I 274 0.728 0 0.066 0.114 1.020 81.818 79.773 1.020 LGA V 275 V 275 0.426 0 0.027 0.084 0.479 100.000 100.000 0.420 LGA V 276 V 276 0.374 0 0.036 0.042 0.438 100.000 100.000 0.362 LGA Q 277 Q 277 0.370 0 0.053 0.679 3.703 100.000 73.131 3.703 LGA D 278 D 278 0.253 0 0.099 0.210 1.023 100.000 93.409 1.023 LGA A 279 A 279 0.157 0 0.007 0.038 0.290 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.206 0 0.036 0.195 0.462 100.000 100.000 0.268 LGA A 281 A 281 0.265 0 0.034 0.033 0.428 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.239 0 0.081 0.106 0.421 100.000 100.000 0.421 LGA I 283 I 283 0.447 0 0.054 0.069 0.756 90.909 90.909 0.603 LGA I 284 I 284 0.301 0 0.000 0.091 0.474 100.000 100.000 0.377 LGA D 285 D 285 0.682 0 0.092 0.963 3.611 81.818 67.045 1.402 LGA K 286 K 286 0.657 0 0.016 0.269 1.717 81.818 76.566 1.717 LGA E 287 E 287 0.673 0 0.022 0.328 1.413 81.818 82.020 0.436 LGA Q 288 Q 288 0.466 0 0.026 0.418 2.190 95.455 81.414 1.049 LGA F 289 F 289 0.395 0 0.035 0.067 0.534 100.000 95.041 0.502 LGA Q 290 Q 290 0.605 0 0.038 0.198 1.271 81.818 76.364 1.271 LGA Q 291 Q 291 0.590 0 0.037 0.122 0.727 81.818 81.818 0.703 LGA S 292 S 292 0.382 0 0.067 0.699 2.470 95.455 86.667 2.470 LGA Q 293 Q 293 0.611 0 0.000 0.214 0.796 86.364 85.859 0.741 LGA V 294 V 294 0.842 0 0.042 0.067 1.017 81.818 79.481 1.017 LGA K 295 K 295 0.387 0 0.035 0.207 0.771 90.909 93.939 0.771 LGA I 296 I 296 0.723 0 0.021 0.064 1.067 82.273 80.000 0.542 LGA A 297 A 297 1.265 0 0.080 0.080 1.717 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.632 0 0.073 0.219 2.038 73.636 66.364 2.038 LGA K 299 K 299 2.760 0 0.413 0.666 12.947 56.364 25.253 12.947 LGA V 300 V 300 2.161 0 0.082 0.078 4.584 41.364 26.234 4.584 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.935 0.877 1.770 84.973 79.433 67.120 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 95.185 97.807 13.039 LGA_LOCAL RMSD: 0.935 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.935 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.935 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.380460 * X + -0.043913 * Y + 0.923754 * Z + 154.018402 Y_new = -0.891619 * X + 0.247736 * Y + 0.379002 * Z + 150.837952 Z_new = -0.245491 * X + -0.967832 * Y + 0.055100 * Z + 139.639740 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.167480 0.248026 -1.513926 [DEG: -66.8917 14.2108 -86.7416 ] ZXZ: 1.960137 1.515668 -2.893182 [DEG: 112.3076 86.8414 -165.7671 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS163_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS163_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.807 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS163_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.630 184.987 152.999 1.00 97.19 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.150 185.763 154.145 1.00 97.19 C ATOM 1347 C GLY 165 151.649 185.660 154.356 1.00 97.19 C ATOM 1348 O GLY 165 151.076 186.383 155.172 1.00 97.19 O ATOM 1349 N LYS 166 150.974 184.736 153.609 1.00 96.25 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.551 184.464 153.794 1.00 96.25 C ATOM 1351 C LYS 166 149.300 183.658 155.060 1.00 96.25 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.965 183.742 152.582 1.00 96.25 C ATOM 1353 O LYS 166 150.114 182.816 155.432 1.00 96.25 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.122 184.519 151.274 1.00 96.25 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.553 183.724 150.099 1.00 96.25 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.737 184.479 148.787 1.00 96.25 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.209 183.697 147.629 1.00 96.25 N ATOM 1358 N TRP 167 148.193 183.955 155.703 1.00 97.88 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.792 183.213 156.886 1.00 97.88 C ATOM 1360 C TRP 167 146.970 181.986 156.505 1.00 97.88 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.982 184.109 157.847 1.00 97.88 C ATOM 1362 O TRP 167 145.780 182.082 156.220 1.00 97.88 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.718 183.457 159.170 1.00 97.88 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.583 182.798 159.552 1.00 97.88 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.574 183.473 160.314 1.00 97.88 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.910 182.766 161.341 1.00 97.88 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.854 183.985 160.563 1.00 97.88 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.705 182.354 160.847 1.00 97.88 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.728 183.098 162.829 1.00 97.88 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.474 182.588 162.610 1.00 97.88 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.411 183.806 161.825 1.00 97.88 C ATOM 1372 N ILE 168 147.442 180.756 156.613 1.00 95.50 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.948 179.576 155.930 1.00 95.50 C ATOM 1374 C ILE 168 146.089 178.738 156.876 1.00 95.50 C ATOM 1375 CB ILE 168 148.111 178.719 155.374 1.00 95.50 C ATOM 1376 O ILE 168 145.138 178.082 156.453 1.00 95.50 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.007 179.562 154.461 1.00 95.50 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.575 177.486 154.628 1.00 95.50 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.245 180.337 153.394 1.00 95.50 C ATOM 1380 N SER 169 146.372 178.774 158.204 1.00 97.75 N ATOM 1381 CA SER 169 145.725 177.829 159.106 1.00 97.75 C ATOM 1382 C SER 169 145.382 178.472 160.440 1.00 97.75 C ATOM 1383 CB SER 169 146.625 176.608 159.334 1.00 97.75 C ATOM 1384 O SER 169 146.169 179.255 160.977 1.00 97.75 O ATOM 1385 OG SER 169 145.961 175.637 160.116 1.00 97.75 O ATOM 1386 N GLY 170 144.224 178.160 160.921 1.00 95.94 N ATOM 1387 CA GLY 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