####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS163_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS163_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 63 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 79 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 54 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 8 70 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 34 122 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 65 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 33 90 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 21 37 56 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 104 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 65 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 47 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 47 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 69 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 69 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 69 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 73 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 79 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 69 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 15 110 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 4 109 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 109 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 69 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 23 39 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 20 66 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 26 114 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 75 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 69 114 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 5 84 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 6 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 85.19 92.59 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.62 0.73 0.81 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.95 0.93 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.790 0 0.041 0.041 0.831 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.607 0 0.000 0.101 1.335 86.364 82.020 1.335 LGA W 167 W 167 0.266 0 0.158 0.199 0.537 95.455 98.701 0.268 LGA I 168 I 168 0.859 0 0.035 0.148 2.046 70.000 64.545 1.635 LGA S 169 S 169 2.263 0 0.435 0.715 5.457 55.000 38.485 5.457 LGA G 170 G 170 1.753 0 0.209 0.209 1.753 65.909 65.909 - LGA L 171 L 171 0.429 0 0.126 1.380 5.637 86.364 55.909 3.170 LGA A 172 A 172 0.459 0 0.031 0.041 0.580 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.381 0 0.024 0.084 0.411 100.000 100.000 0.405 LGA Y 174 Y 174 0.396 0 0.045 0.213 1.334 95.455 85.152 1.334 LGA G 175 G 175 0.457 0 0.077 0.077 0.491 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.660 0 0.021 0.190 0.835 81.818 84.848 0.590 LGA Q 177 Q 177 0.885 0 0.073 0.292 1.835 86.364 78.586 0.770 LGA L 178 L 178 0.511 0 0.075 0.209 1.613 77.727 75.909 1.613 LGA N 179 N 179 1.350 0 0.167 0.750 5.192 62.273 36.591 5.192 LGA K 180 K 180 3.804 0 0.279 0.955 13.176 20.455 9.091 13.176 LGA K 181 K 181 1.600 0 0.482 0.946 10.385 74.091 34.343 10.385 LGA T 182 T 182 0.727 0 0.024 1.141 3.348 77.727 68.052 3.348 LGA S 183 S 183 1.003 0 0.149 0.129 1.251 74.091 71.212 1.119 LGA K 184 K 184 0.848 0 0.083 0.878 2.697 77.727 70.303 2.697 LGA L 185 L 185 0.249 0 0.061 0.074 0.504 95.455 97.727 0.334 LGA D 186 D 186 0.256 0 0.048 0.194 0.886 95.455 95.455 0.224 LGA P 187 P 187 0.549 0 0.000 0.111 1.300 82.273 84.675 0.585 LGA V 188 V 188 0.978 0 0.065 0.061 1.180 77.727 72.468 1.180 LGA E 189 E 189 0.944 0 0.049 0.364 1.597 81.818 78.384 1.597 LGA D 190 D 190 0.999 0 0.037 0.061 1.485 81.818 73.636 1.485 LGA E 191 E 191 0.797 0 0.000 0.034 1.165 81.818 78.182 1.165 LGA A 192 A 192 0.393 0 0.039 0.044 0.490 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.378 0 0.061 0.126 0.885 100.000 89.899 0.735 LGA V 194 V 194 0.482 0 0.010 0.056 0.601 100.000 94.805 0.593 LGA V 195 V 195 0.296 0 0.000 0.043 0.545 100.000 97.403 0.365 LGA Q 196 Q 196 0.273 0 0.043 0.256 1.416 100.000 88.485 1.249 LGA L 197 L 197 0.343 0 0.015 0.061 0.457 100.000 100.000 0.442 LGA I 198 I 198 0.349 0 0.038 0.089 0.424 100.000 100.000 0.303 LGA F 199 F 199 0.386 0 0.000 0.086 0.523 100.000 96.694 0.382 LGA N 200 N 200 0.471 0 0.026 0.640 1.511 95.455 82.727 1.387 LGA I 201 I 201 0.327 0 0.025 0.051 0.387 100.000 100.000 0.259 LGA F 202 F 202 0.326 0 0.000 0.083 0.428 100.000 100.000 0.411 LGA L 203 L 203 0.506 0 0.054 0.114 0.862 90.909 86.364 0.647 LGA N 204 N 204 0.445 0 0.020 0.067 0.919 100.000 90.909 0.919 LGA G 205 G 205 0.431 0 0.044 0.044 0.450 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.376 0 0.039 0.796 3.164 95.455 80.909 0.421 LGA N 207 N 207 0.543 0 0.046 0.219 0.807 86.364 90.909 0.460 LGA G 208 G 208 1.124 0 0.107 0.107 1.933 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.232 0 0.089 0.210 2.005 65.455 59.192 2.005 LGA D 210 D 210 1.249 0 0.065 0.790 2.187 65.455 60.227 2.187 LGA Y 211 Y 211 1.773 0 0.080 0.631 2.185 50.909 51.061 1.749 LGA S 212 S 212 2.460 0 0.642 0.778 5.939 36.364 26.061 5.939 LGA Y 213 Y 213 3.008 0 0.147 1.122 14.385 39.545 13.333 14.385 LGA A 215 A 215 1.074 0 0.159 0.170 2.019 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.339 0 0.000 0.176 0.597 100.000 97.727 0.310 LGA A 217 A 217 0.401 0 0.041 0.061 0.454 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.584 0 0.000 0.095 1.246 90.909 85.152 1.246 LGA H 219 H 219 0.420 0 0.027 0.104 0.859 100.000 92.727 0.859 LGA L 220 L 220 0.425 0 0.000 0.124 0.581 100.000 95.455 0.581 LGA T 221 T 221 0.265 0 0.000 0.036 0.370 100.000 100.000 0.211 LGA N 222 N 222 0.272 0 0.033 0.063 0.514 95.455 97.727 0.248 LGA L 223 L 223 0.614 0 0.033 0.071 0.915 86.364 84.091 0.815 LGA Q 224 Q 224 0.439 0 0.000 0.217 1.182 100.000 90.101 0.898 LGA I 225 I 225 0.411 0 0.053 0.075 0.548 100.000 97.727 0.480 LGA P 226 P 226 0.330 0 0.045 0.082 0.696 95.455 92.208 0.696 LGA T 227 T 227 0.539 0 0.024 0.089 0.659 86.364 87.013 0.659 LGA P 228 P 228 0.752 0 0.102 0.139 0.752 81.818 81.818 0.548 LGA S 229 S 229 0.781 0 0.090 0.083 0.980 81.818 81.818 0.738 LGA G 230 G 230 0.887 0 0.000 0.000 0.980 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.535 0 0.022 0.512 1.117 90.909 84.040 1.117 LGA K 232 K 232 0.369 0 0.085 0.209 1.037 100.000 92.121 1.037 LGA R 233 R 233 0.419 0 0.052 1.084 5.693 90.909 50.579 3.412 LGA W 234 W 234 0.123 0 0.040 0.164 0.707 100.000 96.104 0.707 LGA N 235 N 235 0.588 0 0.099 0.766 2.062 95.455 83.409 0.779 LGA Q 236 Q 236 0.524 0 0.000 0.980 3.520 95.455 73.131 3.520 LGA Y 237 Y 237 0.401 0 0.050 0.137 0.760 95.455 89.394 0.760 LGA T 238 T 238 0.320 0 0.023 0.093 0.377 100.000 100.000 0.377 LGA I 239 I 239 0.294 0 0.047 0.103 0.342 100.000 100.000 0.342 LGA K 240 K 240 0.456 0 0.000 0.131 2.551 100.000 73.737 2.551 LGA A 241 A 241 0.413 0 0.076 0.084 0.537 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.068 0 0.029 0.075 0.218 100.000 100.000 0.218 LGA L 243 L 243 0.109 0 0.031 0.046 0.257 100.000 100.000 0.257 LGA Q 244 Q 244 0.158 0 0.032 0.305 1.232 100.000 92.121 0.573 LGA N 245 N 245 0.286 0 0.047 0.115 0.438 100.000 100.000 0.397 LGA E 246 E 246 0.228 0 0.044 0.237 0.619 100.000 95.960 0.531 LGA V 247 V 247 0.125 0 0.030 0.056 0.254 100.000 100.000 0.141 LGA Y 248 Y 248 0.233 0 0.054 0.194 1.498 100.000 88.333 1.498 LGA I 249 I 249 0.219 0 0.019 0.059 0.544 100.000 95.455 0.533 LGA G 250 G 250 0.126 0 0.030 0.030 0.238 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.298 0 0.075 0.085 0.459 100.000 100.000 0.299 LGA V 252 V 252 0.368 0 0.041 0.119 0.779 95.455 94.805 0.517 LGA K 253 K 253 0.297 0 0.080 0.170 0.669 95.455 97.980 0.424 LGA Y 254 Y 254 0.725 0 0.060 0.166 2.544 86.364 64.545 2.544 LGA K 255 K 255 0.773 0 0.075 0.242 0.945 81.818 83.838 0.446 LGA V 256 V 256 0.820 0 0.047 0.065 0.934 81.818 81.818 0.748 LGA R 257 R 257 0.588 0 0.021 1.088 4.987 81.818 60.000 3.612 LGA E 258 E 258 0.694 0 0.048 0.403 2.210 81.818 71.515 2.210 LGA K 259 K 259 1.064 0 0.046 0.194 1.648 69.545 65.657 1.648 LGA T 260 T 260 1.367 0 0.022 0.052 1.606 58.182 59.221 1.501 LGA K 261 K 261 1.975 0 0.052 0.325 2.337 44.545 48.283 1.994 LGA D 262 D 262 1.914 0 0.056 0.642 2.930 50.909 43.409 2.930 LGA G 263 G 263 1.517 0 0.043 0.043 1.629 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 0.973 0 0.055 0.450 2.535 73.636 72.121 2.535 LGA R 265 R 265 0.720 0 0.074 0.924 4.806 77.727 53.554 4.806 LGA T 266 T 266 0.852 0 0.044 0.066 0.896 81.818 81.818 0.834 LGA I 267 I 267 0.799 0 0.000 0.090 1.323 81.818 79.773 1.323 LGA R 268 R 268 0.768 0 0.034 0.965 2.650 81.818 75.702 2.650 LGA P 269 P 269 0.920 0 0.000 0.067 1.223 81.818 77.143 1.223 LGA E 270 E 270 0.761 0 0.000 0.279 1.061 81.818 80.000 1.061 LGA K 271 K 271 0.878 0 0.079 0.716 3.709 81.818 59.798 3.321 LGA E 272 E 272 0.735 0 0.055 0.385 2.373 81.818 73.333 0.965 LGA Q 273 Q 273 0.802 0 0.072 0.123 1.057 77.727 80.000 0.807 LGA I 274 I 274 0.664 0 0.070 0.120 1.048 81.818 79.773 1.048 LGA V 275 V 275 0.291 0 0.026 0.083 0.468 100.000 100.000 0.352 LGA V 276 V 276 0.304 0 0.037 0.033 0.447 100.000 100.000 0.332 LGA Q 277 Q 277 0.202 0 0.046 0.650 3.204 100.000 78.586 3.204 LGA D 278 D 278 0.194 0 0.084 0.193 0.894 100.000 97.727 0.894 LGA A 279 A 279 0.138 0 0.027 0.045 0.315 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.246 0 0.040 0.163 0.481 100.000 100.000 0.161 LGA A 281 A 281 0.337 0 0.035 0.037 0.547 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.213 0 0.073 0.104 0.450 100.000 100.000 0.450 LGA I 283 I 283 0.439 0 0.048 0.071 0.741 95.455 93.182 0.615 LGA I 284 I 284 0.304 0 0.000 0.074 0.431 100.000 100.000 0.431 LGA D 285 D 285 0.612 0 0.085 0.970 3.695 86.364 69.318 1.386 LGA K 286 K 286 0.652 0 0.017 0.263 1.558 81.818 76.566 1.558 LGA E 287 E 287 0.638 0 0.029 0.294 1.518 81.818 78.384 0.690 LGA Q 288 Q 288 0.453 0 0.019 0.373 1.883 95.455 88.485 0.889 LGA F 289 F 289 0.376 0 0.041 0.072 0.517 100.000 96.694 0.480 LGA Q 290 Q 290 0.612 0 0.046 0.147 0.687 81.818 83.838 0.510 LGA Q 291 Q 291 0.563 0 0.042 0.102 0.768 81.818 81.818 0.768 LGA S 292 S 292 0.367 0 0.064 0.700 2.439 95.455 86.667 2.439 LGA Q 293 Q 293 0.582 0 0.000 0.240 0.815 86.364 85.859 0.744 LGA V 294 V 294 0.838 0 0.046 0.074 1.034 81.818 79.481 1.034 LGA K 295 K 295 0.378 0 0.051 0.224 0.716 95.455 95.960 0.716 LGA I 296 I 296 0.669 0 0.009 0.072 1.047 82.273 84.545 0.446 LGA A 297 A 297 1.223 0 0.070 0.073 1.635 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.533 0 0.058 0.179 1.953 73.636 67.955 1.953 LGA K 299 K 299 2.772 0 0.395 0.624 13.033 56.364 25.253 13.033 LGA V 300 V 300 2.149 0 0.065 0.061 4.642 44.545 28.052 4.642 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.911 0.852 1.763 86.327 80.756 67.655 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.370 97.921 13.348 LGA_LOCAL RMSD: 0.911 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.911 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.911 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.070082 * X + -0.970907 * Y + 0.228971 * Z + 153.877869 Y_new = -0.401616 * X + -0.237572 * Y + -0.884457 * Z + 150.468185 Z_new = 0.913123 * X + -0.029974 * Y + -0.406581 * Z + 139.378708 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.398037 -1.150880 -3.068004 [DEG: -80.1016 -65.9406 -175.7837 ] ZXZ: 0.253321 1.989505 1.603610 [DEG: 14.5142 113.9902 91.8801 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS163_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS163_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.921 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS163_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.609 185.124 153.074 1.00 96.88 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.137 185.892 154.212 1.00 96.88 C ATOM 1347 C GLY 165 151.630 185.788 154.434 1.00 96.88 C ATOM 1348 O GLY 165 151.051 186.545 155.228 1.00 96.88 O ATOM 1349 N LYS 166 150.934 184.780 153.699 1.00 96.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.507 184.536 153.887 1.00 96.00 C ATOM 1351 C LYS 166 149.246 183.742 155.161 1.00 96.00 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.923 183.814 152.669 1.00 96.00 C ATOM 1353 O LYS 166 150.083 182.927 155.560 1.00 96.00 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.036 184.614 151.378 1.00 96.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.468 183.840 150.203 1.00 96.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.616 184.590 148.886 1.00 96.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.093 183.821 147.729 1.00 96.00 N ATOM 1358 N TRP 167 148.130 184.038 155.811 1.00 98.19 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.714 183.254 156.971 1.00 98.19 C ATOM 1360 C TRP 167 146.915 182.036 156.558 1.00 98.19 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.877 184.122 157.918 1.00 98.19 C ATOM 1362 O TRP 167 145.755 182.133 156.158 1.00 98.19 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.578 183.474 159.238 1.00 98.19 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.462 182.751 159.567 1.00 98.19 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.408 183.473 160.398 1.00 98.19 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.728 182.761 161.408 1.00 98.19 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.655 184.045 160.699 1.00 98.19 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.548 182.316 160.866 1.00 98.19 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.489 183.116 162.938 1.00 98.19 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.263 182.564 162.679 1.00 98.19 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.189 183.849 161.967 1.00 98.19 C ATOM 1372 N ILE 168 147.390 180.773 156.731 1.00 96.19 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.942 179.564 156.034 1.00 96.19 C ATOM 1374 C ILE 168 146.103 178.702 156.975 1.00 96.19 C ATOM 1375 CB ILE 168 148.136 178.746 155.488 1.00 96.19 C ATOM 1376 O ILE 168 145.197 177.997 156.538 1.00 96.19 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.037 179.653 154.638 1.00 96.19 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.639 177.549 154.699 1.00 96.19 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.307 180.396 153.532 1.00 96.19 C ATOM 1380 N SER 169 146.409 178.693 158.321 1.00 96.50 N ATOM 1381 CA SER 169 145.789 177.729 159.223 1.00 96.50 C ATOM 1382 C SER 169 145.379 178.395 160.541 1.00 96.50 C ATOM 1383 CB SER 169 146.739 176.572 159.506 1.00 96.50 C ATOM 1384 O SER 169 146.136 179.181 161.102 1.00 96.50 O ATOM 1385 OG SER 169 146.112 175.581 160.311 1.00 96.50 O ATOM 1386 N GLY 170 144.267 178.130 160.954 1.00 94.44 N ATOM 1387 CA GLY 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