####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS148_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS148_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 60 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 102 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 7 69 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 50 112 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 11 107 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 31 59 123 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 108 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 66 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 60 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 55 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 84 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 85 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 83 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 80 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 55 111 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 55 111 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 20 111 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 20 111 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 87 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 17 31 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 23 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 59 112 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 69 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 26 111 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 54 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 5 33 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 46 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 83.70 92.59 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.45 0.61 0.71 0.76 0.84 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.93 0.93 0.92 0.91 0.91 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.585 0 0.030 0.030 0.585 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.440 0 0.031 0.144 1.141 95.455 90.101 1.141 LGA W 167 W 167 0.269 0 0.223 0.228 0.631 95.455 98.701 0.489 LGA I 168 I 168 0.932 0 0.096 0.838 2.219 81.818 70.227 1.126 LGA S 169 S 169 1.399 0 0.573 0.613 2.947 55.909 52.121 2.099 LGA G 170 G 170 1.725 0 0.058 0.058 1.909 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.119 0 0.044 1.398 5.863 69.545 47.500 3.116 LGA A 172 A 172 0.562 0 0.000 0.018 0.781 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.210 0 0.014 0.229 0.506 100.000 97.403 0.506 LGA Y 174 Y 174 0.436 0 0.019 0.208 1.290 100.000 86.667 1.290 LGA G 175 G 175 0.235 0 0.061 0.061 0.315 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.271 0 0.018 0.162 0.450 100.000 100.000 0.195 LGA Q 177 Q 177 0.548 0 0.054 0.247 0.959 90.909 85.859 0.632 LGA L 178 L 178 0.383 0 0.132 0.204 1.722 90.909 82.500 1.722 LGA N 179 N 179 1.239 0 0.169 0.637 4.742 62.273 37.500 4.742 LGA K 180 K 180 3.986 0 0.282 0.965 13.611 20.455 9.091 13.611 LGA K 181 K 181 1.659 0 0.459 0.960 10.233 65.909 30.707 10.233 LGA T 182 T 182 0.826 0 0.025 1.120 3.462 81.818 70.390 3.462 LGA S 183 S 183 0.788 0 0.107 0.094 1.163 82.273 76.667 1.089 LGA K 184 K 184 0.816 0 0.071 0.859 2.694 81.818 72.121 2.694 LGA L 185 L 185 0.386 0 0.070 0.078 0.681 95.455 97.727 0.475 LGA D 186 D 186 0.226 0 0.031 0.149 0.857 100.000 97.727 0.361 LGA P 187 P 187 0.540 0 0.032 0.070 1.105 82.273 82.078 0.685 LGA V 188 V 188 0.691 0 0.020 0.018 0.758 81.818 81.818 0.758 LGA E 189 E 189 0.651 0 0.031 0.194 0.713 81.818 81.818 0.672 LGA D 190 D 190 0.565 0 0.027 0.045 0.895 90.909 86.364 0.895 LGA E 191 E 191 0.364 0 0.000 0.026 0.595 100.000 91.919 0.595 LGA A 192 A 192 0.274 0 0.019 0.018 0.358 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.265 0 0.043 0.085 0.585 100.000 93.939 0.549 LGA V 194 V 194 0.216 0 0.000 0.039 0.356 100.000 100.000 0.356 LGA V 195 V 195 0.119 0 0.000 0.000 0.188 100.000 100.000 0.117 LGA Q 196 Q 196 0.190 0 0.014 0.258 1.186 100.000 90.303 1.016 LGA L 197 L 197 0.258 0 0.000 0.047 0.363 100.000 100.000 0.363 LGA I 198 I 198 0.188 0 0.044 0.073 0.348 100.000 100.000 0.297 LGA F 199 F 199 0.208 0 0.014 0.039 0.253 100.000 100.000 0.113 LGA N 200 N 200 0.295 0 0.025 0.974 3.351 100.000 77.500 3.351 LGA I 201 I 201 0.136 0 0.000 0.037 0.202 100.000 100.000 0.017 LGA F 202 F 202 0.169 0 0.000 0.000 0.263 100.000 100.000 0.251 LGA L 203 L 203 0.294 0 0.030 0.058 0.731 100.000 93.182 0.687 LGA N 204 N 204 0.304 0 0.000 0.112 1.145 100.000 88.864 0.859 LGA G 205 G 205 0.447 0 0.040 0.040 0.552 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.659 0 0.045 0.131 1.077 77.727 86.591 0.288 LGA N 207 N 207 1.424 0 0.039 0.234 2.472 65.455 56.591 1.848 LGA G 208 G 208 1.282 0 0.078 0.078 1.390 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.407 0 0.041 0.575 1.753 65.455 71.313 0.779 LGA D 210 D 210 1.274 0 0.065 0.729 1.803 65.455 63.864 1.803 LGA Y 211 Y 211 1.821 0 0.127 0.595 2.035 54.545 51.061 1.671 LGA S 212 S 212 2.352 0 0.637 0.776 5.970 36.364 26.061 5.970 LGA Y 213 Y 213 2.976 0 0.165 1.103 14.450 41.818 14.091 14.450 LGA A 215 A 215 1.051 0 0.197 0.215 2.025 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.366 0 0.000 0.143 0.494 100.000 100.000 0.494 LGA A 217 A 217 0.228 0 0.047 0.060 0.297 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.469 0 0.007 0.115 1.209 100.000 91.212 1.209 LGA H 219 H 219 0.296 0 0.000 0.086 0.614 100.000 94.545 0.614 LGA L 220 L 220 0.222 0 0.000 0.082 0.411 100.000 100.000 0.411 LGA T 221 T 221 0.217 0 0.000 0.035 0.320 100.000 100.000 0.186 LGA N 222 N 222 0.319 0 0.043 0.065 0.523 95.455 97.727 0.429 LGA L 223 L 223 0.492 0 0.047 0.069 0.724 95.455 88.636 0.617 LGA Q 224 Q 224 0.494 0 0.040 0.163 1.055 95.455 88.081 0.878 LGA I 225 I 225 0.432 0 0.042 0.103 0.453 100.000 100.000 0.204 LGA P 226 P 226 0.407 0 0.031 0.061 0.636 100.000 94.805 0.636 LGA T 227 T 227 0.263 0 0.036 0.074 0.373 100.000 100.000 0.373 LGA P 228 P 228 0.413 0 0.079 0.087 0.430 100.000 100.000 0.381 LGA S 229 S 229 0.406 0 0.146 0.149 0.807 90.909 93.939 0.241 LGA G 230 G 230 0.656 0 0.052 0.052 1.208 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.331 0 0.030 0.486 1.589 100.000 90.505 1.589 LGA K 232 K 232 0.334 0 0.089 0.257 0.733 95.455 95.960 0.733 LGA R 233 R 233 0.202 0 0.035 1.105 5.693 100.000 55.537 3.481 LGA W 234 W 234 0.377 0 0.040 0.139 0.577 100.000 96.104 0.495 LGA N 235 N 235 0.592 0 0.016 0.534 2.444 86.364 76.591 2.444 LGA Q 236 Q 236 0.580 0 0.000 0.906 3.449 86.364 67.071 3.449 LGA Y 237 Y 237 0.608 0 0.054 0.152 0.904 81.818 81.818 0.904 LGA T 238 T 238 0.417 0 0.000 0.037 0.463 100.000 100.000 0.428 LGA I 239 I 239 0.309 0 0.020 0.116 0.330 100.000 100.000 0.300 LGA K 240 K 240 0.523 0 0.029 0.210 2.581 95.455 71.717 2.581 LGA A 241 A 241 0.375 0 0.085 0.090 0.557 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.082 0 0.043 0.070 0.282 100.000 100.000 0.122 LGA L 243 L 243 0.193 0 0.029 0.049 0.443 100.000 100.000 0.254 LGA Q 244 Q 244 0.169 0 0.039 0.268 1.063 100.000 92.121 0.728 LGA N 245 N 245 0.189 0 0.015 0.091 0.524 100.000 97.727 0.524 LGA E 246 E 246 0.231 0 0.029 0.482 1.546 100.000 90.505 0.833 LGA V 247 V 247 0.219 0 0.010 0.033 0.278 100.000 100.000 0.266 LGA Y 248 Y 248 0.335 0 0.038 0.115 1.094 100.000 89.545 1.094 LGA I 249 I 249 0.279 0 0.026 0.028 0.412 100.000 100.000 0.339 LGA G 250 G 250 0.255 0 0.053 0.053 0.269 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.102 0 0.035 0.042 0.204 100.000 100.000 0.186 LGA V 252 V 252 0.262 0 0.053 0.112 0.625 100.000 97.403 0.625 LGA K 253 K 253 0.483 0 0.064 0.132 0.767 100.000 89.899 0.690 LGA Y 254 Y 254 0.642 0 0.031 0.236 2.450 90.909 68.030 2.450 LGA K 255 K 255 0.778 0 0.000 0.166 1.370 81.818 80.000 1.370 LGA V 256 V 256 0.843 0 0.058 0.066 0.896 81.818 81.818 0.812 LGA R 257 R 257 1.007 0 0.096 1.053 5.429 69.545 46.942 3.015 LGA E 258 E 258 1.053 0 0.054 0.300 1.850 69.545 64.040 1.850 LGA K 259 K 259 1.424 0 0.048 0.209 1.841 65.455 58.990 1.668 LGA T 260 T 260 1.398 0 0.000 0.117 1.809 58.182 61.299 1.326 LGA K 261 K 261 2.216 0 0.019 0.141 3.002 38.636 34.949 3.002 LGA D 262 D 262 2.012 0 0.027 0.428 2.485 44.545 42.955 2.338 LGA G 263 G 263 1.861 0 0.000 0.000 1.861 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.195 0 0.096 0.405 1.492 65.455 69.091 1.289 LGA R 265 R 265 1.144 0 0.067 0.911 4.160 65.455 53.554 4.160 LGA T 266 T 266 1.006 0 0.040 0.075 1.108 73.636 77.143 0.966 LGA I 267 I 267 0.685 0 0.032 0.069 0.881 81.818 81.818 0.765 LGA R 268 R 268 0.420 0 0.029 0.961 2.712 95.455 82.314 2.712 LGA P 269 P 269 0.247 0 0.000 0.025 0.455 100.000 100.000 0.455 LGA E 270 E 270 0.405 0 0.000 0.216 0.723 100.000 89.899 0.657 LGA K 271 K 271 0.642 0 0.060 0.737 5.001 81.818 51.717 5.001 LGA E 272 E 272 0.537 0 0.055 0.163 1.839 90.909 76.970 1.839 LGA Q 273 Q 273 0.309 0 0.034 0.075 0.400 100.000 100.000 0.400 LGA I 274 I 274 0.302 0 0.036 0.102 0.827 100.000 97.727 0.827 LGA V 275 V 275 0.162 0 0.016 0.041 0.434 100.000 100.000 0.324 LGA V 276 V 276 0.165 0 0.058 0.068 0.538 100.000 97.403 0.324 LGA Q 277 Q 277 0.069 0 0.043 0.579 2.900 100.000 79.596 2.900 LGA D 278 D 278 0.078 0 0.035 0.212 0.647 100.000 97.727 0.647 LGA A 279 A 279 0.125 0 0.000 0.021 0.172 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.179 0 0.029 0.203 0.576 100.000 98.182 0.481 LGA A 281 A 281 0.318 0 0.021 0.019 0.416 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.286 0 0.043 0.052 0.389 100.000 100.000 0.389 LGA I 283 I 283 0.445 0 0.048 0.061 0.682 95.455 93.182 0.514 LGA I 284 I 284 0.359 0 0.000 0.064 0.371 100.000 100.000 0.268 LGA D 285 D 285 0.507 0 0.016 0.229 1.140 95.455 88.864 1.140 LGA K 286 K 286 0.514 0 0.000 0.252 1.210 86.364 82.020 1.210 LGA E 287 E 287 0.656 0 0.024 0.290 2.264 86.364 72.121 1.864 LGA Q 288 Q 288 0.486 0 0.017 0.476 1.378 95.455 82.424 1.378 LGA F 289 F 289 0.199 0 0.028 0.123 0.519 100.000 98.347 0.457 LGA Q 290 Q 290 0.383 0 0.004 0.944 3.280 100.000 76.566 3.280 LGA Q 291 Q 291 0.319 0 0.037 0.092 0.640 100.000 93.939 0.606 LGA S 292 S 292 0.077 0 0.058 0.691 2.322 100.000 89.697 2.322 LGA Q 293 Q 293 0.395 0 0.000 0.225 0.733 90.909 89.899 0.733 LGA V 294 V 294 0.571 0 0.024 0.061 0.706 86.364 84.416 0.698 LGA K 295 K 295 0.303 0 0.046 0.160 0.814 90.909 93.939 0.638 LGA I 296 I 296 0.702 0 0.030 0.080 1.177 82.273 86.591 0.448 LGA A 297 A 297 1.215 0 0.096 0.111 1.924 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.974 0 0.000 0.211 1.916 66.364 76.364 0.992 LGA K 299 K 299 3.049 0 0.378 0.677 13.964 50.000 22.222 13.964 LGA V 300 V 300 2.099 0 0.144 0.160 4.962 47.727 29.870 4.962 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.905 0.855 1.777 87.556 82.105 69.290 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 95.000 97.710 13.435 LGA_LOCAL RMSD: 0.905 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.905 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.905 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.270855 * X + -0.932685 * Y + 0.238192 * Z + 154.343842 Y_new = 0.375485 * X + 0.330207 * Y + 0.866011 * Z + 150.555222 Z_new = -0.886368 * X + -0.145126 * Y + 0.439648 * Z + 146.086960 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.945887 1.089441 -0.318834 [DEG: 54.1953 62.4203 -18.2678 ] ZXZ: 2.873185 1.115590 -1.733087 [DEG: 164.6214 63.9186 -99.2986 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS148_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS148_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 97.710 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS148_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 10217 N GLY 165 153.844 185.113 153.324 1.00 86.41 N ATOM 10218 CA GLY 165 153.265 185.840 154.461 1.00 86.47 C ATOM 10219 C GLY 165 151.745 185.717 154.592 1.00 87.89 C ATOM 10220 O GLY 165 151.127 186.485 155.329 1.00 85.51 O ATOM 10221 N LYS 166 151.120 184.764 153.892 1.00 87.48 N ATOM 10222 CA LYS 166 149.680 184.503 153.985 1.00 87.11 C ATOM 10223 C LYS 166 149.373 183.687 155.250 1.00 88.08 C ATOM 10224 O LYS 166 150.116 182.780 155.617 1.00 86.34 O ATOM 10225 CB LYS 166 149.156 183.819 152.703 1.00 85.61 C ATOM 10226 CG LYS 166 149.323 184.694 151.434 1.00 82.57 C ATOM 10227 CD LYS 166 148.765 184.053 150.152 1.00 79.55 C ATOM 10228 CE LYS 166 148.964 185.006 148.959 1.00 74.80 C ATOM 10229 NZ LYS 166 148.452 184.506 147.650 1.00 68.27 N ATOM 10230 N TRP 167 148.250 183.983 155.894 1.00 87.83 N ATOM 10231 CA TRP 167 147.779 183.238 157.071 1.00 88.31 C ATOM 10232 C TRP 167 146.939 182.036 156.643 1.00 87.65 C ATOM 10233 O TRP 167 145.905 182.190 155.992 1.00 85.17 O ATOM 10234 CB TRP 167 146.993 184.168 157.987 1.00 87.81 C ATOM 10235 CG TRP 167 146.617 183.532 159.283 1.00 88.03 C ATOM 10236 CD1 TRP 167 145.464 182.882 159.547 1.00 84.95 C ATOM 10237 CD2 TRP 167 147.425 183.449 160.501 1.00 86.50 C ATOM 10238 NE1 TRP 167 145.492 182.404 160.852 1.00 84.60 N ATOM 10239 CE2 TRP 167 146.674 182.733 161.466 1.00 85.82 C ATOM 10240 CE3 TRP 167 148.701 183.913 160.866 1.00 85.66 C ATOM 10241 CZ2 TRP 167 147.178 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