####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS148_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS148_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 66 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 109 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 4 65 120 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 21 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 26 107 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 35 78 96 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 104 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 63 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 62 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 56 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 82 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 82 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 82 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 82 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 70 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 70 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 109 122 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 109 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 16 90 120 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 18 40 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 24 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 59 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 63 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 26 107 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 10 109 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 5 24 117 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 8 72 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 112 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 82.96 91.11 94.81 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.47 0.61 0.70 0.82 0.88 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.02 1.00 1.00 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.605 0 0.029 0.029 0.672 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.590 0 0.040 0.143 1.145 81.818 80.000 1.145 LGA W 167 W 167 0.323 0 0.196 0.224 0.554 95.455 98.701 0.371 LGA I 168 I 168 1.004 0 0.111 1.192 3.060 77.727 65.909 1.677 LGA S 169 S 169 1.218 0 0.573 0.724 3.474 60.000 53.939 3.474 LGA G 170 G 170 1.835 0 0.057 0.057 1.985 54.545 54.545 - LGA L 171 L 171 1.143 0 0.048 1.392 5.627 65.455 46.591 2.840 LGA A 172 A 172 0.622 0 0.000 0.006 0.843 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.273 0 0.017 0.230 0.614 100.000 97.403 0.614 LGA Y 174 Y 174 0.489 0 0.015 0.212 1.441 90.909 80.758 1.441 LGA G 175 G 175 0.320 0 0.058 0.058 0.382 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.342 0 0.011 0.171 0.540 100.000 96.970 0.248 LGA Q 177 Q 177 0.616 0 0.057 0.259 0.918 86.364 83.838 0.781 LGA L 178 L 178 0.474 0 0.133 0.196 1.713 90.909 80.455 1.713 LGA N 179 N 179 1.177 0 0.168 0.649 4.707 62.273 37.500 4.707 LGA K 180 K 180 3.931 0 0.283 0.966 13.472 20.455 9.091 13.472 LGA K 181 K 181 1.589 0 0.456 0.963 10.276 74.091 34.343 10.276 LGA T 182 T 182 0.777 0 0.028 1.115 3.501 77.727 67.013 3.501 LGA S 183 S 183 0.909 0 0.113 0.100 1.295 78.182 73.939 1.230 LGA K 184 K 184 0.933 0 0.072 0.857 2.594 77.727 70.303 2.594 LGA L 185 L 185 0.412 0 0.068 0.076 0.640 95.455 97.727 0.428 LGA D 186 D 186 0.185 0 0.023 0.166 0.889 100.000 97.727 0.253 LGA P 187 P 187 0.542 0 0.029 0.070 1.105 82.273 84.675 0.645 LGA V 188 V 188 0.746 0 0.000 0.014 0.840 81.818 81.818 0.840 LGA E 189 E 189 0.760 0 0.032 0.226 0.843 81.818 81.818 0.843 LGA D 190 D 190 0.730 0 0.033 0.046 1.105 81.818 75.682 1.105 LGA E 191 E 191 0.491 0 0.010 0.028 0.748 95.455 87.879 0.748 LGA A 192 A 192 0.371 0 0.018 0.014 0.443 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.379 0 0.049 0.094 0.648 100.000 91.919 0.594 LGA V 194 V 194 0.345 0 0.000 0.040 0.485 100.000 100.000 0.485 LGA V 195 V 195 0.192 0 0.000 0.003 0.294 100.000 100.000 0.180 LGA Q 196 Q 196 0.223 0 0.021 0.257 1.307 100.000 90.303 1.126 LGA L 197 L 197 0.338 0 0.015 0.051 0.462 100.000 100.000 0.462 LGA I 198 I 198 0.246 0 0.037 0.070 0.382 100.000 100.000 0.357 LGA F 199 F 199 0.225 0 0.000 0.041 0.267 100.000 100.000 0.117 LGA N 200 N 200 0.304 0 0.019 0.707 1.919 100.000 89.318 1.919 LGA I 201 I 201 0.165 0 0.021 0.039 0.216 100.000 100.000 0.151 LGA F 202 F 202 0.189 0 0.000 0.019 0.311 100.000 100.000 0.311 LGA L 203 L 203 0.329 0 0.030 0.056 0.641 100.000 95.455 0.590 LGA N 204 N 204 0.345 0 0.000 0.118 1.276 100.000 88.864 0.959 LGA G 205 G 205 0.399 0 0.038 0.038 0.519 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.576 0 0.025 0.161 0.897 81.818 88.636 0.223 LGA N 207 N 207 1.036 0 0.000 0.202 1.962 69.545 65.682 1.369 LGA G 208 G 208 1.059 0 0.073 0.073 1.521 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.305 0 0.058 0.198 2.939 65.455 53.535 2.939 LGA D 210 D 210 1.249 0 0.069 0.816 2.288 65.455 60.227 2.288 LGA Y 211 Y 211 1.887 0 0.128 0.594 2.132 50.909 48.788 1.851 LGA S 212 S 212 2.385 0 0.639 0.781 6.039 36.364 26.061 6.039 LGA Y 213 Y 213 2.990 0 0.164 1.100 14.408 41.818 14.091 14.408 LGA A 215 A 215 1.068 0 0.199 0.217 1.983 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.422 0 0.000 0.144 0.508 100.000 97.727 0.395 LGA A 217 A 217 0.342 0 0.050 0.062 0.388 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.473 0 0.000 0.118 1.184 100.000 91.212 1.184 LGA H 219 H 219 0.391 0 0.000 0.094 0.810 100.000 90.909 0.810 LGA L 220 L 220 0.313 0 0.000 0.087 0.474 100.000 100.000 0.474 LGA T 221 T 221 0.278 0 0.000 0.019 0.331 100.000 100.000 0.200 LGA N 222 N 222 0.351 0 0.045 0.062 0.495 100.000 100.000 0.495 LGA L 223 L 223 0.542 0 0.042 0.063 0.762 86.364 84.091 0.701 LGA Q 224 Q 224 0.603 0 0.032 0.141 1.082 86.364 82.020 0.752 LGA I 225 I 225 0.507 0 0.047 0.103 0.565 86.364 90.909 0.274 LGA P 226 P 226 0.549 0 0.030 0.062 0.770 81.818 81.818 0.770 LGA T 227 T 227 0.488 0 0.033 0.068 0.613 90.909 92.208 0.613 LGA P 228 P 228 0.635 0 0.074 0.083 0.635 86.364 87.013 0.546 LGA S 229 S 229 0.732 0 0.151 0.166 0.845 81.818 84.848 0.430 LGA G 230 G 230 0.805 0 0.065 0.065 1.077 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.242 0 0.031 0.492 1.235 100.000 92.121 1.235 LGA K 232 K 232 0.294 0 0.106 0.256 0.843 95.455 95.960 0.791 LGA R 233 R 233 0.142 0 0.030 1.114 6.026 100.000 54.876 3.999 LGA W 234 W 234 0.257 0 0.037 0.148 0.688 100.000 92.208 0.683 LGA N 235 N 235 0.515 0 0.000 0.542 2.444 95.455 81.136 2.444 LGA Q 236 Q 236 0.485 0 0.000 0.843 3.235 100.000 73.131 3.235 LGA Y 237 Y 237 0.530 0 0.067 0.153 0.758 86.364 83.333 0.668 LGA T 238 T 238 0.323 0 0.000 0.040 0.357 100.000 100.000 0.331 LGA I 239 I 239 0.199 0 0.014 0.111 0.407 100.000 100.000 0.407 LGA K 240 K 240 0.499 0 0.024 0.212 2.737 100.000 73.737 2.737 LGA A 241 A 241 0.390 0 0.086 0.092 0.585 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.013 0 0.041 0.069 0.224 100.000 100.000 0.175 LGA L 243 L 243 0.171 0 0.032 0.052 0.449 100.000 100.000 0.213 LGA Q 244 Q 244 0.171 0 0.040 0.240 0.893 100.000 95.960 0.701 LGA N 245 N 245 0.164 0 0.024 0.093 0.493 100.000 100.000 0.493 LGA E 246 E 246 0.197 0 0.034 0.481 1.441 100.000 94.141 0.925 LGA V 247 V 247 0.198 0 0.000 0.033 0.354 100.000 100.000 0.312 LGA Y 248 Y 248 0.300 0 0.030 0.120 1.168 100.000 89.545 1.168 LGA I 249 I 249 0.206 0 0.010 0.026 0.292 100.000 100.000 0.261 LGA G 250 G 250 0.182 0 0.058 0.058 0.289 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.136 0 0.038 0.048 0.246 100.000 100.000 0.213 LGA V 252 V 252 0.336 0 0.051 0.115 0.695 100.000 97.403 0.695 LGA K 253 K 253 0.518 0 0.064 0.135 0.743 90.909 85.859 0.642 LGA Y 254 Y 254 0.562 0 0.033 0.220 2.232 95.455 72.121 2.232 LGA K 255 K 255 0.768 0 0.000 0.173 1.251 81.818 80.000 1.251 LGA V 256 V 256 0.935 0 0.060 0.067 0.955 81.818 81.818 0.898 LGA R 257 R 257 1.056 0 0.100 1.053 4.979 65.455 49.421 2.624 LGA E 258 E 258 1.228 0 0.060 0.339 2.278 65.455 57.576 2.278 LGA K 259 K 259 1.826 0 0.051 0.245 2.198 50.909 46.667 1.968 LGA T 260 T 260 1.975 0 0.000 0.158 2.410 44.545 45.455 1.923 LGA K 261 K 261 2.847 0 0.023 0.317 4.200 27.727 23.030 4.200 LGA D 262 D 262 2.730 0 0.021 0.085 2.730 27.273 31.364 2.139 LGA G 263 G 263 2.539 0 0.000 0.000 2.539 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.654 0 0.086 0.305 1.854 50.909 60.808 0.627 LGA R 265 R 265 1.537 0 0.094 0.805 2.900 58.182 59.669 2.900 LGA T 266 T 266 1.275 0 0.045 0.085 1.435 69.545 67.792 1.215 LGA I 267 I 267 0.944 0 0.034 0.067 1.159 73.636 75.682 1.125 LGA R 268 R 268 0.691 0 0.031 0.962 2.756 81.818 74.050 2.756 LGA P 269 P 269 0.472 0 0.000 0.016 0.743 95.455 89.610 0.743 LGA E 270 E 270 0.227 0 0.000 0.323 1.634 100.000 84.848 1.634 LGA K 271 K 271 0.425 0 0.058 0.738 4.683 100.000 62.828 4.683 LGA E 272 E 272 0.460 0 0.053 0.110 1.679 100.000 81.010 1.679 LGA Q 273 Q 273 0.297 0 0.032 0.089 0.497 100.000 100.000 0.497 LGA I 274 I 274 0.257 0 0.032 0.103 0.763 100.000 97.727 0.763 LGA V 275 V 275 0.165 0 0.000 0.035 0.335 100.000 100.000 0.335 LGA V 276 V 276 0.247 0 0.059 0.067 0.575 100.000 97.403 0.388 LGA Q 277 Q 277 0.168 0 0.039 0.586 2.952 100.000 79.596 2.952 LGA D 278 D 278 0.201 0 0.034 0.199 0.711 100.000 97.727 0.711 LGA A 279 A 279 0.212 0 0.000 0.014 0.290 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.132 0 0.017 0.205 0.524 100.000 98.182 0.432 LGA A 281 A 281 0.304 0 0.015 0.017 0.410 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.274 0 0.048 0.060 0.362 100.000 100.000 0.362 LGA I 283 I 283 0.475 0 0.044 0.064 0.737 90.909 90.909 0.509 LGA I 284 I 284 0.344 0 0.006 0.066 0.344 100.000 100.000 0.252 LGA D 285 D 285 0.473 0 0.024 0.567 1.612 100.000 87.045 1.612 LGA K 286 K 286 0.477 0 0.000 0.252 1.292 95.455 88.081 1.292 LGA E 287 E 287 0.530 0 0.027 0.305 2.158 90.909 74.141 1.816 LGA Q 288 Q 288 0.369 0 0.025 0.238 1.375 100.000 90.303 1.375 LGA F 289 F 289 0.288 0 0.025 0.099 0.437 100.000 100.000 0.392 LGA Q 290 Q 290 0.438 0 0.028 1.209 3.643 100.000 69.293 3.643 LGA Q 291 Q 291 0.272 0 0.038 0.111 0.560 100.000 95.960 0.560 LGA S 292 S 292 0.067 0 0.047 0.056 0.336 100.000 100.000 0.107 LGA Q 293 Q 293 0.394 0 0.012 0.225 0.798 90.909 89.899 0.798 LGA V 294 V 294 0.590 0 0.033 0.060 0.729 81.818 81.818 0.686 LGA K 295 K 295 0.372 0 0.055 0.148 0.937 90.909 93.939 0.563 LGA I 296 I 296 0.769 0 0.023 0.078 1.274 73.636 82.273 0.463 LGA A 297 A 297 1.308 0 0.101 0.116 2.087 58.636 60.000 - LGA N 298 N 298 1.157 0 0.010 0.257 2.316 55.000 68.636 1.103 LGA K 299 K 299 3.304 0 0.319 0.905 14.502 39.545 17.576 14.502 LGA V 300 V 300 1.817 0 0.137 0.137 4.167 47.727 31.429 4.167 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.978 0.940 1.814 85.875 80.666 68.083 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.444 97.342 12.519 LGA_LOCAL RMSD: 0.978 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.978 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.978 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.569897 * X + -0.797216 * Y + -0.199157 * Z + 150.896011 Y_new = -0.559058 * X + -0.553798 * Y + 0.617059 * Z + 147.954285 Z_new = -0.602222 * X + -0.240319 * Y + -0.761298 * Z + 140.856934 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.775798 0.646282 -2.835822 [DEG: -44.4499 37.0292 -162.4807 ] ZXZ: -2.829395 2.436109 -1.950487 [DEG: -162.1124 139.5788 -111.7547 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS148_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS148_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.342 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS148_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 10217 N GLY 165 153.761 184.927 153.274 1.00 86.04 N ATOM 10218 CA GLY 165 153.192 185.658 154.415 1.00 86.25 C ATOM 10219 C GLY 165 151.669 185.549 154.547 1.00 87.87 C ATOM 10220 O GLY 165 151.061 186.321 155.288 1.00 85.53 O ATOM 10221 N LYS 166 151.030 184.608 153.842 1.00 87.06 N ATOM 10222 CA LYS 166 149.587 184.362 153.939 1.00 86.90 C ATOM 10223 C LYS 166 149.276 183.574 155.218 1.00 87.89 C ATOM 10224 O LYS 166 149.993 182.643 155.576 1.00 86.15 O ATOM 10225 CB LYS 166 149.055 183.660 152.666 1.00 85.48 C ATOM 10226 CG LYS 166 149.211 184.516 151.383 1.00 82.72 C ATOM 10227 CD LYS 166 148.666 183.846 150.108 1.00 79.74 C ATOM 10228 CE LYS 166 148.853 184.784 148.897 1.00 75.05 C ATOM 10229 NZ LYS 166 148.346 184.261 147.597 1.00 68.54 N ATOM 10230 N TRP 167 148.189 183.928 155.893 1.00 88.02 N ATOM 10231 CA TRP 167 147.724 183.213 157.088 1.00 88.53 C ATOM 10232 C TRP 167 146.859 182.020 156.693 1.00 87.96 C ATOM 10233 O TRP 167 145.769 182.173 156.148 1.00 85.32 O ATOM 10234 CB TRP 167 146.977 184.170 158.010 1.00 87.93 C ATOM 10235 CG TRP 167 146.643 183.563 159.335 1.00 88.42 C ATOM 10236 CD1 TRP 167 145.498 182.917 159.649 1.00 85.09 C ATOM 10237 CD2 TRP 167 147.487 183.507 160.533 1.00 86.74 C ATOM 10238 NE1 TRP 167 145.564 182.474 160.968 1.00 84.74 N ATOM 10239 CE2 TRP 167 146.765 182.815 161.538 1.00 86.07 C ATOM 10240 CE3 TRP 167 148.774 183.980 160.846 1.00 85.96 C ATOM 10241 CZ2 TRP 167 147.309 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