####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS148_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS148_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 68 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 100 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 7 76 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 54 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 85 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 28 110 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 47 81 114 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 108 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 78 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 63 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 54 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 75 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 69 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 88 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 21 47 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 14 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 60 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 62 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 21 108 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 21 110 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 19 44 59 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 12 93 123 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 89 113 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 65.93 83.70 92.59 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.44 0.58 0.71 0.73 0.78 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.93 0.93 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.579 0 0.035 0.035 0.607 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.520 0 0.039 0.114 1.078 90.909 84.040 1.078 LGA W 167 W 167 0.288 0 0.182 0.205 0.574 95.455 98.701 0.432 LGA I 168 I 168 0.967 0 0.167 1.548 3.563 81.818 61.591 2.056 LGA S 169 S 169 1.335 0 0.583 0.786 3.179 55.909 48.788 3.179 LGA G 170 G 170 1.644 0 0.067 0.067 1.832 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.052 0 0.045 1.415 5.691 69.545 48.636 2.844 LGA A 172 A 172 0.571 0 0.000 0.015 0.793 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.247 0 0.000 0.101 0.317 100.000 100.000 0.285 LGA Y 174 Y 174 0.474 0 0.000 0.224 1.485 100.000 83.788 1.485 LGA G 175 G 175 0.266 0 0.062 0.062 0.330 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.279 0 0.000 0.159 0.468 100.000 100.000 0.213 LGA Q 177 Q 177 0.528 0 0.060 0.274 1.063 90.909 84.040 0.746 LGA L 178 L 178 0.431 0 0.134 0.193 1.633 90.909 82.500 1.633 LGA N 179 N 179 1.118 0 0.167 0.646 4.634 62.273 39.773 4.634 LGA K 180 K 180 3.963 0 0.287 0.965 13.652 20.455 9.091 13.652 LGA K 181 K 181 1.598 0 0.451 0.958 10.177 74.091 34.343 10.177 LGA T 182 T 182 0.702 0 0.027 1.113 3.444 86.364 72.987 3.444 LGA S 183 S 183 0.886 0 0.110 0.098 1.227 78.182 73.939 1.146 LGA K 184 K 184 0.914 0 0.073 0.862 2.662 77.727 70.303 2.662 LGA L 185 L 185 0.393 0 0.071 0.080 0.625 95.455 97.727 0.416 LGA D 186 D 186 0.119 0 0.034 0.155 0.821 100.000 97.727 0.321 LGA P 187 P 187 0.490 0 0.034 0.074 1.076 86.818 87.273 0.604 LGA V 188 V 188 0.677 0 0.012 0.015 0.739 81.818 81.818 0.739 LGA E 189 E 189 0.674 0 0.029 0.202 0.712 81.818 81.818 0.704 LGA D 190 D 190 0.680 0 0.035 0.058 1.125 86.364 77.955 1.125 LGA E 191 E 191 0.421 0 0.000 0.030 0.613 95.455 89.899 0.591 LGA A 192 A 192 0.354 0 0.023 0.018 0.426 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.366 0 0.046 0.090 0.625 100.000 91.919 0.542 LGA V 194 V 194 0.308 0 0.000 0.036 0.398 100.000 100.000 0.398 LGA V 195 V 195 0.191 0 0.000 0.000 0.253 100.000 100.000 0.199 LGA Q 196 Q 196 0.284 0 0.030 0.254 1.319 100.000 90.303 1.092 LGA L 197 L 197 0.360 0 0.000 0.047 0.444 100.000 100.000 0.437 LGA I 198 I 198 0.257 0 0.040 0.071 0.357 100.000 100.000 0.313 LGA F 199 F 199 0.302 0 0.016 0.045 0.357 100.000 100.000 0.150 LGA N 200 N 200 0.401 0 0.021 0.845 2.846 100.000 84.318 2.846 LGA I 201 I 201 0.233 0 0.000 0.034 0.310 100.000 100.000 0.082 LGA F 202 F 202 0.253 0 0.000 0.000 0.369 100.000 100.000 0.293 LGA L 203 L 203 0.430 0 0.029 0.066 0.775 100.000 90.909 0.725 LGA N 204 N 204 0.399 0 0.000 0.109 1.251 100.000 86.818 1.022 LGA G 205 G 205 0.238 0 0.035 0.035 0.316 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.285 0 0.025 0.243 0.939 95.455 93.182 0.501 LGA N 207 N 207 0.754 0 0.000 0.204 1.525 81.818 73.864 1.002 LGA G 208 G 208 0.843 0 0.058 0.058 1.392 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.149 0 0.045 0.098 1.583 65.455 63.838 1.583 LGA D 210 D 210 1.174 0 0.079 0.766 1.817 69.545 63.864 1.817 LGA Y 211 Y 211 1.710 0 0.111 0.604 2.043 54.545 52.273 1.674 LGA S 212 S 212 2.299 0 0.641 0.779 5.973 36.364 26.061 5.973 LGA Y 213 Y 213 3.018 0 0.164 1.099 14.456 39.545 13.333 14.456 LGA A 215 A 215 0.945 0 0.189 0.206 1.900 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.392 0 0.000 0.145 0.501 100.000 97.727 0.501 LGA A 217 A 217 0.301 0 0.041 0.053 0.362 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.416 0 0.019 0.095 1.060 100.000 91.212 1.060 LGA H 219 H 219 0.290 0 0.000 0.081 0.650 100.000 94.545 0.650 LGA L 220 L 220 0.214 0 0.017 0.081 0.442 100.000 100.000 0.442 LGA T 221 T 221 0.135 0 0.000 0.034 0.210 100.000 100.000 0.063 LGA N 222 N 222 0.246 0 0.038 0.064 0.454 100.000 100.000 0.339 LGA L 223 L 223 0.448 0 0.044 0.064 0.677 100.000 95.455 0.610 LGA Q 224 Q 224 0.466 0 0.048 0.157 1.023 95.455 88.081 0.844 LGA I 225 I 225 0.388 0 0.052 0.099 0.442 100.000 100.000 0.201 LGA P 226 P 226 0.402 0 0.040 0.065 0.645 100.000 94.805 0.645 LGA T 227 T 227 0.359 0 0.037 0.085 0.500 100.000 97.403 0.500 LGA P 228 P 228 0.508 0 0.076 0.082 0.508 95.455 94.805 0.446 LGA S 229 S 229 0.525 0 0.150 0.159 0.703 86.364 90.909 0.316 LGA G 230 G 230 0.656 0 0.066 0.066 1.132 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.246 0 0.026 0.500 1.553 100.000 92.525 1.553 LGA K 232 K 232 0.328 0 0.103 0.264 0.735 95.455 95.960 0.648 LGA R 233 R 233 0.217 0 0.038 1.113 5.871 100.000 54.876 3.801 LGA W 234 W 234 0.235 0 0.036 0.132 0.514 100.000 96.104 0.503 LGA N 235 N 235 0.422 0 0.019 0.511 2.105 100.000 83.409 2.105 LGA Q 236 Q 236 0.479 0 0.000 0.954 3.672 100.000 72.323 3.672 LGA Y 237 Y 237 0.460 0 0.064 0.139 0.727 95.455 89.394 0.609 LGA T 238 T 238 0.271 0 0.000 0.030 0.340 100.000 100.000 0.251 LGA I 239 I 239 0.241 0 0.023 0.106 0.402 100.000 100.000 0.402 LGA K 240 K 240 0.486 0 0.019 0.206 2.730 100.000 73.737 2.730 LGA A 241 A 241 0.344 0 0.082 0.087 0.482 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.133 0 0.042 0.069 0.258 100.000 100.000 0.205 LGA L 243 L 243 0.191 0 0.038 0.061 0.502 95.455 97.727 0.203 LGA Q 244 Q 244 0.108 0 0.036 0.258 1.110 100.000 92.121 0.762 LGA N 245 N 245 0.146 0 0.013 0.081 0.477 100.000 100.000 0.477 LGA E 246 E 246 0.181 0 0.028 0.472 1.507 100.000 88.687 1.029 LGA V 247 V 247 0.189 0 0.000 0.034 0.314 100.000 100.000 0.290 LGA Y 248 Y 248 0.325 0 0.041 0.114 1.092 100.000 89.545 1.092 LGA I 249 I 249 0.229 0 0.022 0.028 0.338 100.000 100.000 0.315 LGA G 250 G 250 0.181 0 0.048 0.048 0.277 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.161 0 0.032 0.037 0.252 100.000 100.000 0.206 LGA V 252 V 252 0.327 0 0.048 0.104 0.693 95.455 94.805 0.693 LGA K 253 K 253 0.401 0 0.052 0.123 0.710 100.000 91.919 0.599 LGA Y 254 Y 254 0.554 0 0.028 0.224 2.131 95.455 72.121 2.131 LGA K 255 K 255 0.738 0 0.000 0.173 1.267 81.818 80.000 1.267 LGA V 256 V 256 0.863 0 0.057 0.065 0.880 81.818 81.818 0.826 LGA R 257 R 257 0.966 0 0.097 1.052 5.199 73.636 50.909 2.911 LGA E 258 E 258 1.057 0 0.057 0.312 1.944 69.545 64.040 1.944 LGA K 259 K 259 1.528 0 0.050 0.178 2.176 61.818 52.929 2.176 LGA T 260 T 260 1.439 0 0.013 0.116 1.877 58.182 61.299 1.299 LGA K 261 K 261 2.284 0 0.021 0.442 4.413 38.636 30.101 4.413 LGA D 262 D 262 1.911 0 0.025 0.296 2.031 50.909 49.318 1.760 LGA G 263 G 263 1.902 0 0.000 0.000 1.902 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.184 0 0.104 0.400 1.815 65.455 64.040 1.745 LGA R 265 R 265 1.200 0 0.069 0.942 4.367 65.455 53.554 4.367 LGA T 266 T 266 1.033 0 0.041 0.074 1.152 73.636 77.143 0.975 LGA I 267 I 267 0.746 0 0.033 0.072 1.010 77.727 79.773 0.916 LGA R 268 R 268 0.518 0 0.030 0.960 2.739 90.909 77.355 2.739 LGA P 269 P 269 0.365 0 0.000 0.024 0.665 100.000 94.805 0.665 LGA E 270 E 270 0.261 0 0.008 0.207 0.838 100.000 93.939 0.693 LGA K 271 K 271 0.546 0 0.058 0.738 4.842 86.364 55.152 4.842 LGA E 272 E 272 0.512 0 0.047 0.130 1.822 95.455 78.990 1.822 LGA Q 273 Q 273 0.300 0 0.035 0.090 0.490 100.000 100.000 0.490 LGA I 274 I 274 0.260 0 0.037 0.101 0.761 100.000 97.727 0.761 LGA V 275 V 275 0.186 0 0.015 0.043 0.379 100.000 100.000 0.379 LGA V 276 V 276 0.251 0 0.061 0.067 0.604 100.000 97.403 0.395 LGA Q 277 Q 277 0.155 0 0.046 0.580 2.871 100.000 79.596 2.871 LGA D 278 D 278 0.150 0 0.035 0.244 0.749 100.000 97.727 0.749 LGA A 279 A 279 0.179 0 0.000 0.019 0.253 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.167 0 0.029 0.195 0.491 100.000 100.000 0.418 LGA A 281 A 281 0.270 0 0.026 0.023 0.362 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.252 0 0.048 0.063 0.358 100.000 100.000 0.358 LGA I 283 I 283 0.464 0 0.044 0.063 0.720 90.909 90.909 0.524 LGA I 284 I 284 0.380 0 0.000 0.059 0.384 100.000 100.000 0.314 LGA D 285 D 285 0.504 0 0.024 0.061 0.841 95.455 88.636 0.841 LGA K 286 K 286 0.508 0 0.000 0.248 1.306 86.364 82.020 1.306 LGA E 287 E 287 0.765 0 0.025 0.285 2.376 81.818 70.101 1.687 LGA Q 288 Q 288 0.611 0 0.021 0.570 1.600 90.909 75.354 1.555 LGA F 289 F 289 0.219 0 0.023 0.134 0.487 100.000 100.000 0.447 LGA Q 290 Q 290 0.399 0 0.033 0.818 2.905 100.000 75.556 2.905 LGA Q 291 Q 291 0.400 0 0.034 0.100 0.856 100.000 89.899 0.755 LGA S 292 S 292 0.131 0 0.055 0.691 2.282 100.000 89.697 2.282 LGA Q 293 Q 293 0.336 0 0.000 0.241 0.738 95.455 93.939 0.738 LGA V 294 V 294 0.535 0 0.036 0.078 0.752 90.909 87.013 0.747 LGA K 295 K 295 0.282 0 0.049 0.191 0.878 90.909 91.919 0.778 LGA I 296 I 296 0.752 0 0.009 0.077 1.317 78.182 84.545 0.349 LGA A 297 A 297 1.324 0 0.097 0.113 2.132 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.219 0 0.006 0.271 2.333 55.000 70.682 0.919 LGA K 299 K 299 3.515 0 0.344 0.731 14.274 34.545 15.354 14.274 LGA V 300 V 300 1.869 0 0.148 0.174 4.266 47.727 31.429 4.266 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.899 0.854 1.786 87.993 82.148 67.899 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 95.185 97.716 13.517 LGA_LOCAL RMSD: 0.899 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.899 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.899 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.095026 * X + 0.617330 * Y + 0.780944 * Z + 153.715393 Y_new = -0.970720 * X + -0.231323 * Y + 0.064740 * Z + 150.139771 Z_new = 0.220617 * X + -0.751927 * Y + 0.621236 * Z + 141.076309 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.668378 -0.222447 -0.880287 [DEG: -95.5910 -12.7453 -50.4367 ] ZXZ: 1.653507 0.900477 2.856200 [DEG: 94.7390 51.5935 163.6482 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS148_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS148_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 97.716 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS148_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 5781 N GLY 165 153.786 184.985 153.285 1.00 85.54 N ATOM 5782 CA GLY 165 153.234 185.728 154.420 1.00 85.68 C ATOM 5783 C GLY 165 151.714 185.616 154.579 1.00 87.16 C ATOM 5784 O GLY 165 151.111 186.388 155.325 1.00 84.68 O ATOM 5785 N LYS 166 151.068 184.668 153.888 1.00 87.18 N ATOM 5786 CA LYS 166 149.626 184.428 154.004 1.00 87.22 C ATOM 5787 C LYS 166 149.320 183.646 155.286 1.00 87.99 C ATOM 5788 O LYS 166 150.031 182.710 155.644 1.00 86.04 O ATOM 5789 CB LYS 166 149.082 183.723 152.747 1.00 85.70 C ATOM 5790 CG LYS 166 149.206 184.595 151.475 1.00 82.58 C ATOM 5791 CD LYS 166 148.676 183.913 150.205 1.00 79.54 C ATOM 5792 CE LYS 166 148.809 184.878 149.013 1.00 74.45 C ATOM 5793 NZ LYS 166 148.416 184.297 147.701 1.00 67.68 N ATOM 5794 N TRP 167 148.230 184.011 155.956 1.00 87.93 N ATOM 5795 CA TRP 167 147.752 183.289 157.136 1.00 88.51 C ATOM 5796 C TRP 167 146.879 182.109 156.714 1.00 87.99 C ATOM 5797 O TRP 167 145.769 182.286 156.221 1.00 85.19 O ATOM 5798 CB TRP 167 147.007 184.244 158.060 1.00 87.75 C ATOM 5799 CG TRP 167 146.646 183.622 159.370 1.00 88.07 C ATOM 5800 CD1 TRP 167 145.491 182.989 159.662 1.00 85.14 C ATOM 5801 CD2 TRP 167 147.484 183.526 160.564 1.00 86.60 C ATOM 5802 NE1 TRP 167 145.548 182.511 160.967 1.00 84.76 N ATOM 5803 CE2 TRP 167 146.751 182.815 161.547 1.00 85.91 C ATOM 5804 CE3 TRP 167 148.779 183.972 160.895 1.00 85.71 C ATOM 5805 CZ2 TRP 167 147.296 182.546 162.823 1.00 85.43 C ATOM 5806 CZ3 TRP 167 149.313 183.713 162.162 1.00 83.94 C ATOM 5807 CH2 TRP 167 148.579 183.000 163.111 1.00 83.29 C ATOM 5808 N ILE 168 147.377 180.913 156.922 1.00 85.63 N ATOM 5809 CA ILE 168 146.741 179.659 156.478 1.00 83.85 C ATOM 5810 C ILE 168 146.404 178.713 157.637 1.00 82.53 C ATOM 5811 O ILE 168 146.025 177.562 157.417 1.00 76.50 O ATOM 5812 CB ILE 168 147.623 178.959 155.430 1.00 80.75 C ATOM 5813 CG1 ILE 168 149.050 178.725 155.962 1.00 76.70 C ATOM 5814 CG2 ILE 168 147.645 179.771 154.125 1.00 74.15 C ATOM 5815 CD1 ILE 168 149.837 177.735 155.112 1.00 70.29 C ATOM 5816 N SER 169 146.553 179.181 158.859 1.00 82.50 N ATOM 5817 CA SER 169 146.153 178.437 160.047 1.00 80.78 C ATOM 5818 C SER 169 144.680 178.690 160.392 1.00 79.39 C ATOM 5819 O SER 169 143.930 179.226 159.573 1.00 73.18 O ATOM 5820 CB SER 169 147.152 178.706 161.184 1.00 77.21 C ATOM 5821 OG SER 169 146.819 179.815 161.955 1.00 72.42 O ATOM 5822 N GLY 170 144.232 178.265 161.567 1.00 77.48 N ATOM 5823 CA GLY 170 142.835 178.393 161.985 1.00 76.52 C ATOM 5824 C GLY 170 142.409 179.828 162.301 1.00 79.26 C ATOM 5825 O GLY 170 142.428 180.709 161.452 1.00 75.84 O ATOM 5826 N LEU 171 142.006 180.062 163.559 1.00 80.78 N ATOM 5827 CA LEU 171 141.600 181.383 164.023 1.00 80.57 C ATOM 5828 C LEU 171 142.751 182.382 163.896 1.00 81.84 C ATOM 5829 O LEU 171 143.884 182.074 164.261 1.00 80.00 O ATOM 5830 CB LEU 171 141.128 181.287 165.484 1.00 77.71 C ATOM 5831 CG LEU 171 139.740 180.633 165.634 1.00 73.41 C ATOM 5832 CD1 LEU 171 139.573 180.047 167.030 1.00 67.77 C ATOM 5833 CD2 LEU 171 138.623 181.659 165.407 1.00 66.65 C ATOM 5834 N ALA 172 142.426 183.581 163.414 1.00 84.32 N ATOM 5835 CA ALA 172 143.362 184.694 163.431 1.00 84.84 C ATOM 5836 C ALA 172 143.768 185.030 164.883 1.00 85.68 C ATOM 5837 O ALA 172 142.958 184.848 165.798 1.00 84.00 O ATOM 5838 CB ALA 172 142.716 185.891 162.724 1.00 82.84 C ATOM 5839 N PRO 173 144.992 185.510 165.120 1.00 86.87 N ATOM 5840 CA PRO 173 145.402 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