####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS147_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS147_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 97 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 7 97 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 39 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 15 105 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 38 99 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 107 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 47 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 80 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 73 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 85 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 85 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 80 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 68 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 11 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 11 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 104 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 36 65 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 12 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 35 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 78 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 100 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 39 54 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 85.93 92.59 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.44 0.55 0.67 0.69 0.74 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 GDT RMS_ALL_AT 0.88 0.88 0.88 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.464 0 0.033 0.033 0.464 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.329 0 0.015 0.102 0.950 100.000 93.939 0.950 LGA W 167 W 167 0.245 0 0.214 0.227 0.526 95.455 98.701 0.420 LGA I 168 I 168 0.594 0 0.092 0.195 1.590 81.818 72.045 1.590 LGA S 169 S 169 1.298 0 0.577 0.613 2.832 60.000 54.848 2.211 LGA G 170 G 170 1.523 0 0.050 0.050 1.788 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.983 0 0.055 1.381 5.733 77.727 51.591 3.019 LGA A 172 A 172 0.501 0 0.044 0.070 0.722 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.278 0 0.013 0.024 0.298 100.000 100.000 0.119 LGA Y 174 Y 174 0.386 0 0.000 0.210 1.460 100.000 85.303 1.460 LGA G 175 G 175 0.360 0 0.058 0.058 0.408 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.356 0 0.045 0.155 0.428 100.000 100.000 0.075 LGA Q 177 Q 177 0.531 0 0.063 0.197 0.928 90.909 87.879 0.480 LGA L 178 L 178 0.292 0 0.152 0.210 1.659 86.818 80.455 1.659 LGA N 179 N 179 1.370 0 0.167 0.706 5.141 62.273 37.273 5.141 LGA K 180 K 180 3.918 0 0.285 0.956 13.328 20.455 9.091 13.328 LGA K 181 K 181 1.800 0 0.474 0.936 10.181 65.909 30.707 10.181 LGA T 182 T 182 0.905 0 0.039 1.127 3.481 73.636 63.636 3.481 LGA S 183 S 183 0.683 0 0.122 0.109 1.065 86.364 82.121 0.958 LGA K 184 K 184 0.748 0 0.077 0.915 3.228 81.818 69.293 3.228 LGA L 185 L 185 0.316 0 0.079 0.091 0.608 95.455 97.727 0.329 LGA D 186 D 186 0.230 0 0.014 0.223 1.084 100.000 95.682 0.205 LGA P 187 P 187 0.487 0 0.011 0.044 0.955 90.909 87.013 0.616 LGA V 188 V 188 0.673 0 0.000 0.011 0.706 81.818 81.818 0.706 LGA E 189 E 189 0.650 0 0.030 0.168 0.692 81.818 81.818 0.652 LGA D 190 D 190 0.582 0 0.028 0.071 1.084 90.909 84.318 1.084 LGA E 191 E 191 0.354 0 0.000 0.075 0.528 100.000 97.980 0.412 LGA A 192 A 192 0.256 0 0.034 0.033 0.296 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.274 0 0.040 0.139 0.396 100.000 100.000 0.322 LGA V 194 V 194 0.218 0 0.021 0.039 0.382 100.000 100.000 0.375 LGA V 195 V 195 0.122 0 0.000 0.000 0.219 100.000 100.000 0.152 LGA Q 196 Q 196 0.147 0 0.030 0.221 1.097 100.000 92.121 0.896 LGA L 197 L 197 0.200 0 0.000 0.052 0.309 100.000 100.000 0.309 LGA I 198 I 198 0.128 0 0.052 0.077 0.278 100.000 100.000 0.278 LGA F 199 F 199 0.180 0 0.024 0.053 0.266 100.000 100.000 0.095 LGA N 200 N 200 0.245 0 0.000 0.631 1.432 100.000 91.364 1.432 LGA I 201 I 201 0.150 0 0.035 0.045 0.306 100.000 100.000 0.185 LGA F 202 F 202 0.134 0 0.042 0.051 0.262 100.000 100.000 0.245 LGA L 203 L 203 0.321 0 0.030 0.058 0.657 100.000 95.455 0.564 LGA N 204 N 204 0.230 0 0.000 0.076 1.148 100.000 91.136 0.878 LGA G 205 G 205 0.435 0 0.044 0.044 0.449 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.491 0 0.017 0.102 0.710 86.364 90.909 0.343 LGA N 207 N 207 0.833 0 0.063 0.270 1.810 81.818 75.909 0.977 LGA G 208 G 208 1.015 0 0.084 0.084 1.538 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.172 0 0.038 0.190 1.862 65.455 63.838 1.862 LGA D 210 D 210 1.224 0 0.085 0.762 1.610 69.545 65.909 1.610 LGA Y 211 Y 211 1.727 0 0.123 0.612 1.994 54.545 53.333 1.627 LGA S 212 S 212 2.249 0 0.643 0.774 5.864 36.364 26.061 5.864 LGA Y 213 Y 213 3.069 0 0.185 1.116 14.490 39.545 13.333 14.490 LGA A 215 A 215 1.059 0 0.215 0.233 2.091 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.370 0 0.013 0.178 0.521 100.000 95.455 0.521 LGA A 217 A 217 0.201 0 0.063 0.072 0.336 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.536 0 0.021 0.151 1.465 95.455 88.182 1.465 LGA H 219 H 219 0.271 0 0.008 0.090 0.617 100.000 94.545 0.617 LGA L 220 L 220 0.250 0 0.000 0.060 0.320 100.000 100.000 0.320 LGA T 221 T 221 0.246 0 0.031 0.043 0.490 100.000 100.000 0.129 LGA N 222 N 222 0.419 0 0.035 0.025 0.652 90.909 93.182 0.515 LGA L 223 L 223 0.583 0 0.052 0.089 0.826 86.364 84.091 0.664 LGA Q 224 Q 224 0.542 0 0.083 0.232 1.051 81.818 82.020 1.051 LGA I 225 I 225 0.487 0 0.047 0.072 0.500 95.455 97.727 0.266 LGA P 226 P 226 0.434 0 0.047 0.081 0.667 90.909 89.610 0.634 LGA T 227 T 227 0.298 0 0.047 0.095 0.361 100.000 100.000 0.343 LGA P 228 P 228 0.472 0 0.216 0.230 0.570 95.455 92.208 0.519 LGA S 229 S 229 0.637 0 0.185 0.164 0.976 81.818 81.818 0.544 LGA G 230 G 230 0.793 0 0.024 0.024 1.063 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.312 0 0.062 0.430 1.426 100.000 90.303 1.426 LGA K 232 K 232 0.467 0 0.195 0.286 1.275 86.818 84.040 0.728 LGA R 233 R 233 0.290 0 0.011 0.985 4.317 100.000 54.050 3.259 LGA W 234 W 234 0.341 0 0.017 0.139 0.553 100.000 96.104 0.470 LGA N 235 N 235 0.479 0 0.000 0.616 2.381 100.000 83.409 2.381 LGA Q 236 Q 236 0.582 0 0.000 0.947 3.770 86.364 66.263 3.770 LGA Y 237 Y 237 0.543 0 0.068 0.166 0.811 86.364 83.333 0.678 LGA T 238 T 238 0.400 0 0.000 0.049 0.446 100.000 100.000 0.418 LGA I 239 I 239 0.267 0 0.023 0.100 0.303 100.000 100.000 0.287 LGA K 240 K 240 0.504 0 0.025 0.238 2.767 95.455 71.717 2.767 LGA A 241 A 241 0.335 0 0.098 0.106 0.599 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.044 0 0.043 0.063 0.232 100.000 100.000 0.112 LGA L 243 L 243 0.167 0 0.039 0.063 0.484 100.000 100.000 0.207 LGA Q 244 Q 244 0.060 0 0.081 0.339 1.350 100.000 92.121 0.778 LGA N 245 N 245 0.062 0 0.025 0.109 0.447 100.000 100.000 0.447 LGA E 246 E 246 0.160 0 0.029 0.341 1.070 100.000 94.141 0.757 LGA V 247 V 247 0.170 0 0.031 0.058 0.209 100.000 100.000 0.139 LGA Y 248 Y 248 0.292 0 0.046 0.099 1.129 100.000 88.030 1.129 LGA I 249 I 249 0.186 0 0.040 0.053 0.257 100.000 100.000 0.171 LGA G 250 G 250 0.219 0 0.056 0.056 0.255 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.109 0 0.041 0.064 0.203 100.000 100.000 0.079 LGA V 252 V 252 0.167 0 0.054 0.105 0.447 100.000 100.000 0.447 LGA K 253 K 253 0.411 0 0.083 0.192 0.605 100.000 93.939 0.367 LGA Y 254 Y 254 0.602 0 0.048 0.247 2.309 90.909 69.394 2.309 LGA K 255 K 255 0.762 0 0.054 0.308 1.967 81.818 76.566 1.967 LGA V 256 V 256 0.812 0 0.069 0.086 0.885 81.818 81.818 0.814 LGA R 257 R 257 1.005 0 0.077 1.091 6.003 73.636 47.273 3.620 LGA E 258 E 258 0.745 0 0.042 0.594 2.568 77.727 60.202 2.568 LGA K 259 K 259 1.341 0 0.035 0.291 2.212 65.455 57.778 2.212 LGA T 260 T 260 1.213 0 0.038 0.095 1.800 58.182 63.636 1.119 LGA K 261 K 261 2.030 0 0.051 0.361 2.992 44.545 37.374 2.628 LGA D 262 D 262 1.598 0 0.026 0.831 3.016 54.545 45.909 2.802 LGA G 263 G 263 1.762 0 0.077 0.077 1.856 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.189 0 0.103 0.543 2.408 65.455 59.192 2.408 LGA R 265 R 265 1.136 0 0.095 0.880 4.282 69.545 55.041 4.282 LGA T 266 T 266 0.890 0 0.057 0.109 1.013 77.727 79.481 0.806 LGA I 267 I 267 0.606 0 0.043 0.073 0.783 81.818 84.091 0.751 LGA R 268 R 268 0.189 0 0.019 0.965 2.343 100.000 85.455 2.343 LGA P 269 P 269 0.213 0 0.000 0.024 0.321 100.000 100.000 0.156 LGA E 270 E 270 0.624 0 0.039 0.261 1.316 86.364 78.384 1.064 LGA K 271 K 271 0.814 0 0.086 0.742 5.711 81.818 48.687 5.711 LGA E 272 E 272 0.455 0 0.068 0.203 1.274 95.455 86.061 1.274 LGA Q 273 Q 273 0.165 0 0.055 0.124 0.681 100.000 97.980 0.681 LGA I 274 I 274 0.184 0 0.030 0.118 0.779 100.000 97.727 0.779 LGA V 275 V 275 0.236 0 0.000 0.021 0.439 100.000 100.000 0.407 LGA V 276 V 276 0.150 0 0.058 0.058 0.323 100.000 100.000 0.191 LGA Q 277 Q 277 0.131 0 0.046 0.598 2.763 100.000 79.596 2.763 LGA D 278 D 278 0.099 0 0.039 0.232 0.819 100.000 97.727 0.819 LGA A 279 A 279 0.143 0 0.010 0.013 0.264 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.247 0 0.023 0.186 0.546 100.000 98.182 0.451 LGA A 281 A 281 0.396 0 0.034 0.032 0.486 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.199 0 0.050 0.055 0.262 100.000 100.000 0.211 LGA I 283 I 283 0.348 0 0.028 0.044 0.483 100.000 100.000 0.318 LGA I 284 I 284 0.243 0 0.022 0.079 0.243 100.000 100.000 0.216 LGA D 285 D 285 0.523 0 0.078 0.969 3.565 95.455 75.682 1.244 LGA K 286 K 286 0.320 0 0.028 0.252 1.326 100.000 92.121 1.326 LGA E 287 E 287 0.273 0 0.022 0.359 1.904 100.000 90.505 0.639 LGA Q 288 Q 288 0.232 0 0.024 0.510 1.474 100.000 84.646 1.353 LGA F 289 F 289 0.089 0 0.029 0.110 0.302 100.000 100.000 0.292 LGA Q 290 Q 290 0.121 0 0.028 0.182 0.592 100.000 97.980 0.216 LGA Q 291 Q 291 0.054 0 0.035 0.167 0.420 100.000 100.000 0.378 LGA S 292 S 292 0.082 0 0.055 0.679 2.111 100.000 89.697 2.111 LGA Q 293 Q 293 0.242 0 0.002 0.195 0.583 95.455 95.960 0.583 LGA V 294 V 294 0.376 0 0.036 0.055 0.489 100.000 100.000 0.460 LGA K 295 K 295 0.313 0 0.132 0.243 1.174 86.818 92.121 0.348 LGA I 296 I 296 0.489 0 0.024 0.058 0.833 90.909 93.182 0.332 LGA A 297 A 297 0.826 0 0.117 0.133 1.455 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.515 0 0.000 0.278 1.284 78.182 77.955 1.131 LGA K 299 K 299 1.895 0 0.307 0.284 13.043 66.818 30.303 13.043 LGA V 300 V 300 3.725 0 0.070 0.068 7.194 17.727 10.130 7.194 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.870 0.829 1.766 88.471 83.014 70.726 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.87 95.741 97.891 13.915 LGA_LOCAL RMSD: 0.870 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.870 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.870 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.691751 * X + 0.254074 * Y + 0.675964 * Z + 154.368195 Y_new = 0.615058 * X + -0.697788 * Y + -0.367145 * Z + 151.383698 Z_new = 0.378397 * X + 0.669730 * Y + -0.638966 * Z + 137.790817 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.726779 -0.388064 2.332691 [DEG: 41.6413 -22.2344 133.6534 ] ZXZ: 1.073232 2.263949 0.514286 [DEG: 61.4917 129.7147 29.4664 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS147_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS147_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.87 97.891 0.87 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS147_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT 6drw 4kis STOICH A4 ATOM 2717 N GLY 165 153.998 185.106 153.314 1.00 87.48 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.411 185.834 154.443 1.00 87.48 C ATOM 2722 C GLY 165 151.883 185.721 154.543 1.00 87.48 C ATOM 2723 O GLY 165 151.264 186.484 155.278 1.00 87.48 O ATOM 2724 N LYS 166 151.251 184.795 153.807 1.00 88.41 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.806 184.528 153.908 1.00 88.41 C ATOM 2728 C LYS 166 149.517 183.698 155.170 1.00 88.41 C ATOM 2729 CB LYS 166 149.276 183.884 152.604 1.00 88.41 C ATOM 2732 O LYS 166 150.299 182.820 155.543 1.00 88.41 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.391 184.807 151.368 1.00 88.41 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.989 184.148 150.026 1.00 88.41 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.991 185.199 148.888 1.00 88.41 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.858 184.635 147.510 1.00 88.41 N ATOM 2746 N TRP 167 148.384 183.939 155.827 1.00 89.30 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.952 183.215 157.023 1.00 89.30 C ATOM 2750 C TRP 167 147.132 181.973 156.653 1.00 89.30 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.185 184.148 157.956 1.00 89.30 C ATOM 2754 O TRP 167 146.078 182.059 156.030 1.00 89.30 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.787 183.522 159.259 1.00 89.30 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.619 182.891 159.526 1.00 89.30 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.562 183.462 160.493 1.00 89.30 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.789 182.781 161.482 1.00 89.30 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.841 183.924 160.870 1.00 89.30 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.607 182.461 160.841 1.00 89.30 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.543 183.053 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PRO 173 145.404 186.062 166.383 1.00 88.51 C ATOM 2839 C PRO 173 144.464 187.202 166.786 1.00 88.51 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.845 186.564 166.274 1.00 88.51 C ATOM 2843 O PRO 173 144.038 187.972 165.934 1.00 88.51 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.327 186.097 164.901 1.00 88.51 C ATOM 2847 CD PRO 173 146.062 185.867 164.091 1.00 88.51 C ATOM 2850 N TYR 174 144.210 187.342 168.086 1.00 90.20 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.512 188.512 168.627 1.00 90.20 C ATOM 2854 C TYR 174 144.204 189.803 168.182 1.00 90.20 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.535 188.409 170.150 1.00 90.20 C ATOM 2858 O TYR 174 145.428 189.836 168.157 1.00 90.20 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.682 189.448 170.841 1.00 90.20 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.291 190.452 171.616 1.00 90.20 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.283 189.423 170.689 1.00 90.20 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.502 191.439 172.230 1.00 90.20 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.489 190.383 171.340 1.00 90.20 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.322 192.355 172.677 1.00 90.20 O ATOM 2870 CZ TYR 174 141.095 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