####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS147_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS147_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 85 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 53 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 44 121 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 83 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 10 103 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 74 110 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 17 100 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 46 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 84 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 86 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 87 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 66 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 34 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 1 3 3 86 106 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 41 117 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 88 117 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 65.19 86.67 94.07 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.45 0.56 0.62 0.70 0.74 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.95 0.94 0.93 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.278 0 0.023 0.023 0.308 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.257 0 0.040 0.089 0.500 95.455 97.980 0.379 LGA W 167 W 167 0.324 0 0.225 0.243 0.635 95.455 93.506 0.547 LGA I 168 I 168 0.671 0 0.086 0.721 1.588 81.818 72.045 1.542 LGA S 169 S 169 1.704 0 0.349 0.685 2.776 74.545 60.606 2.032 LGA G 170 G 170 1.942 0 0.137 0.137 1.942 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.629 0 0.118 1.396 5.696 77.727 51.591 3.195 LGA A 172 A 172 0.268 0 0.029 0.050 0.402 100.000 100.000 - LGA P 173 P 173 0.144 0 0.011 0.098 0.334 100.000 100.000 0.334 LGA Y 174 Y 174 0.271 0 0.000 0.201 1.211 100.000 89.545 1.211 LGA G 175 G 175 0.237 0 0.047 0.047 0.312 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.255 0 0.044 0.145 0.334 100.000 100.000 0.090 LGA Q 177 Q 177 0.429 0 0.053 0.202 1.052 100.000 94.141 0.367 LGA L 178 L 178 0.179 0 0.163 0.207 1.703 82.273 78.182 1.703 LGA N 179 N 179 1.471 0 0.187 0.661 5.066 59.091 35.682 5.066 LGA K 180 K 180 4.180 0 0.264 0.945 13.446 16.364 7.273 13.446 LGA K 181 K 181 1.834 0 0.445 0.953 10.039 61.818 28.889 10.039 LGA T 182 T 182 1.129 0 0.034 1.105 3.598 69.545 62.857 3.598 LGA S 183 S 183 0.568 0 0.119 0.106 0.948 86.364 84.848 0.830 LGA K 184 K 184 0.701 0 0.077 0.926 3.467 81.818 69.293 3.467 LGA L 185 L 185 0.367 0 0.067 0.079 0.622 95.455 97.727 0.428 LGA D 186 D 186 0.250 0 0.024 0.236 1.113 100.000 95.682 0.188 LGA P 187 P 187 0.450 0 0.000 0.358 0.997 90.909 89.610 0.593 LGA V 188 V 188 0.624 0 0.000 0.015 0.664 81.818 81.818 0.643 LGA E 189 E 189 0.549 0 0.036 0.158 0.684 90.909 91.919 0.428 LGA D 190 D 190 0.454 0 0.027 0.065 0.971 100.000 90.909 0.971 LGA E 191 E 191 0.239 0 0.000 0.074 0.452 100.000 100.000 0.353 LGA A 192 A 192 0.185 0 0.028 0.026 0.241 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.194 0 0.045 0.135 0.305 100.000 100.000 0.305 LGA V 194 V 194 0.130 0 0.026 0.043 0.280 100.000 100.000 0.280 LGA V 195 V 195 0.102 0 0.000 0.000 0.218 100.000 100.000 0.088 LGA Q 196 Q 196 0.151 0 0.027 0.233 1.128 100.000 92.121 0.829 LGA L 197 L 197 0.163 0 0.018 0.041 0.205 100.000 100.000 0.191 LGA I 198 I 198 0.132 0 0.066 0.085 0.344 100.000 100.000 0.298 LGA F 199 F 199 0.185 0 0.027 0.039 0.305 100.000 100.000 0.119 LGA N 200 N 200 0.306 0 0.023 1.126 3.657 100.000 76.591 3.657 LGA I 201 I 201 0.259 0 0.028 0.040 0.401 100.000 100.000 0.204 LGA F 202 F 202 0.181 0 0.029 0.055 0.270 100.000 100.000 0.264 LGA L 203 L 203 0.281 0 0.027 0.075 0.574 100.000 95.455 0.540 LGA N 204 N 204 0.210 0 0.013 0.196 1.051 100.000 91.136 0.680 LGA G 205 G 205 0.201 0 0.049 0.049 0.275 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.206 0 0.000 0.097 0.729 100.000 95.455 0.628 LGA N 207 N 207 0.463 0 0.045 0.253 1.246 95.455 91.136 0.410 LGA G 208 G 208 0.763 0 0.063 0.063 1.096 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 1.008 0 0.056 0.630 1.957 77.727 72.929 1.354 LGA D 210 D 210 0.970 0 0.069 0.772 2.259 81.818 70.455 2.259 LGA Y 211 Y 211 1.525 0 0.162 0.652 2.022 61.818 57.121 1.608 LGA S 212 S 212 2.212 0 0.641 0.755 5.872 41.818 29.697 5.872 LGA Y 213 Y 213 2.999 0 0.202 1.089 14.561 38.636 13.030 14.561 LGA A 215 A 215 0.910 0 0.203 0.221 1.971 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.291 0 0.000 0.171 0.601 100.000 95.455 0.580 LGA A 217 A 217 0.156 0 0.055 0.066 0.388 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.457 0 0.035 0.097 1.105 100.000 91.212 1.105 LGA H 219 H 219 0.250 0 0.000 0.118 0.615 100.000 96.364 0.615 LGA L 220 L 220 0.270 0 0.000 0.068 0.358 100.000 100.000 0.332 LGA T 221 T 221 0.361 0 0.012 0.025 0.621 95.455 97.403 0.296 LGA N 222 N 222 0.594 0 0.046 0.038 0.895 86.364 90.909 0.581 LGA L 223 L 223 0.697 0 0.044 0.087 0.951 81.818 81.818 0.687 LGA Q 224 Q 224 0.608 0 0.078 0.277 1.507 81.818 78.384 1.507 LGA I 225 I 225 0.507 0 0.057 0.074 0.533 90.909 93.182 0.308 LGA P 226 P 226 0.378 0 0.026 0.046 0.651 100.000 94.805 0.627 LGA T 227 T 227 0.299 0 0.050 0.148 0.595 100.000 97.403 0.595 LGA P 228 P 228 0.409 0 0.184 0.200 0.493 100.000 100.000 0.423 LGA S 229 S 229 0.508 0 0.160 0.158 0.899 81.818 87.879 0.226 LGA G 230 G 230 0.884 0 0.027 0.027 1.237 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.493 0 0.056 0.459 1.125 90.909 82.222 0.981 LGA K 232 K 232 0.370 0 0.124 0.304 1.243 95.455 92.121 1.243 LGA R 233 R 233 0.390 0 0.028 1.105 6.246 100.000 50.909 4.045 LGA W 234 W 234 0.461 0 0.032 0.144 0.599 90.909 93.506 0.430 LGA N 235 N 235 0.579 0 0.000 0.484 2.327 86.364 76.591 2.327 LGA Q 236 Q 236 0.644 0 0.000 0.769 2.902 86.364 63.232 2.902 LGA Y 237 Y 237 0.665 0 0.068 0.202 1.051 81.818 79.091 0.892 LGA T 238 T 238 0.418 0 0.000 0.033 0.497 100.000 100.000 0.382 LGA I 239 I 239 0.362 0 0.014 0.078 0.399 100.000 100.000 0.231 LGA K 240 K 240 0.623 0 0.018 0.218 2.787 86.364 66.465 2.787 LGA A 241 A 241 0.442 0 0.124 0.135 0.828 90.909 92.727 - LGA I 242 I 242 0.081 0 0.052 0.064 0.311 100.000 100.000 0.089 LGA L 243 L 243 0.183 0 0.031 0.053 0.432 100.000 100.000 0.246 LGA Q 244 Q 244 0.132 0 0.101 0.327 1.302 95.455 90.101 0.959 LGA N 245 N 245 0.119 0 0.033 0.132 0.520 100.000 97.727 0.520 LGA E 246 E 246 0.200 0 0.025 0.303 0.985 100.000 95.960 0.612 LGA V 247 V 247 0.196 0 0.037 0.059 0.205 100.000 100.000 0.126 LGA Y 248 Y 248 0.310 0 0.046 0.104 1.076 100.000 89.545 1.076 LGA I 249 I 249 0.206 0 0.042 0.059 0.339 100.000 100.000 0.225 LGA G 250 G 250 0.211 0 0.070 0.070 0.308 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.143 0 0.041 0.061 0.260 100.000 100.000 0.135 LGA V 252 V 252 0.200 0 0.072 0.121 0.401 100.000 100.000 0.391 LGA K 253 K 253 0.555 0 0.095 0.186 0.673 90.909 87.879 0.533 LGA Y 254 Y 254 0.702 0 0.049 0.253 2.515 86.364 65.606 2.515 LGA K 255 K 255 0.664 0 0.146 0.310 1.779 77.727 76.566 1.779 LGA V 256 V 256 0.716 0 0.051 0.114 1.050 77.727 79.481 0.648 LGA R 257 R 257 1.133 0 0.125 1.132 6.782 65.909 41.653 4.267 LGA E 258 E 258 0.891 0 0.020 0.567 3.155 73.636 49.899 3.110 LGA K 259 K 259 1.158 0 0.056 0.217 1.380 65.455 72.727 0.792 LGA T 260 T 260 1.400 0 0.000 0.056 1.525 65.455 61.299 1.492 LGA K 261 K 261 1.573 0 0.034 0.223 2.313 50.909 49.495 1.867 LGA D 262 D 262 1.718 0 0.023 0.846 3.814 50.909 36.818 3.814 LGA G 263 G 263 1.453 0 0.046 0.046 1.498 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.280 0 0.068 0.450 1.852 65.455 64.040 0.846 LGA R 265 R 265 0.937 0 0.045 0.849 4.279 81.818 51.405 4.279 LGA T 266 T 266 1.082 0 0.035 0.077 1.329 73.636 70.130 1.329 LGA I 267 I 267 0.717 0 0.054 0.096 0.972 81.818 81.818 0.846 LGA R 268 R 268 0.279 0 0.002 0.975 2.483 100.000 86.612 2.483 LGA P 269 P 269 0.205 0 0.015 0.035 0.243 100.000 100.000 0.106 LGA E 270 E 270 0.445 0 0.050 0.290 1.187 100.000 86.263 1.060 LGA K 271 K 271 0.478 0 0.084 0.698 4.808 100.000 61.212 4.718 LGA E 272 E 272 0.310 0 0.069 0.207 1.089 100.000 90.101 0.674 LGA Q 273 Q 273 0.226 0 0.083 0.159 0.606 95.455 95.960 0.602 LGA I 274 I 274 0.204 0 0.027 0.109 0.918 100.000 97.727 0.918 LGA V 275 V 275 0.183 0 0.000 0.000 0.368 100.000 100.000 0.304 LGA V 276 V 276 0.169 0 0.069 0.071 0.423 100.000 100.000 0.171 LGA Q 277 Q 277 0.160 0 0.057 0.558 2.329 100.000 80.808 2.329 LGA D 278 D 278 0.066 0 0.029 0.250 0.868 100.000 97.727 0.868 LGA A 279 A 279 0.056 0 0.018 0.024 0.139 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.162 0 0.028 0.192 0.568 100.000 96.364 0.522 LGA A 281 A 281 0.371 0 0.040 0.034 0.462 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.154 0 0.064 0.077 0.237 100.000 100.000 0.208 LGA I 283 I 283 0.297 0 0.019 0.044 0.367 100.000 100.000 0.314 LGA I 284 I 284 0.228 0 0.020 0.071 0.259 100.000 100.000 0.155 LGA D 285 D 285 0.418 0 0.025 1.001 3.634 100.000 72.727 3.634 LGA K 286 K 286 0.428 0 0.000 0.244 1.315 100.000 90.101 1.315 LGA E 287 E 287 0.473 0 0.029 0.339 1.952 95.455 84.646 0.690 LGA Q 288 Q 288 0.390 0 0.024 0.516 1.588 100.000 81.010 1.453 LGA F 289 F 289 0.096 0 0.053 0.105 0.348 100.000 100.000 0.311 LGA Q 290 Q 290 0.192 0 0.031 1.240 3.692 100.000 68.687 3.692 LGA Q 291 Q 291 0.158 0 0.037 0.128 0.604 100.000 97.980 0.316 LGA S 292 S 292 0.152 0 0.052 0.070 0.253 100.000 100.000 0.167 LGA Q 293 Q 293 0.165 0 0.000 0.197 0.475 100.000 100.000 0.475 LGA V 294 V 294 0.138 0 0.036 0.048 0.410 100.000 100.000 0.309 LGA K 295 K 295 0.330 0 0.051 0.222 0.685 95.455 91.919 0.337 LGA I 296 I 296 0.550 0 0.050 0.104 0.922 86.364 90.909 0.281 LGA A 297 A 297 0.842 0 0.123 0.139 1.455 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.929 0 0.008 0.110 3.177 61.818 49.091 2.268 LGA K 299 K 299 4.723 0 0.425 0.895 11.290 12.273 5.455 11.290 LGA V 300 V 300 2.825 0 0.067 0.073 4.581 23.636 16.883 3.867 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.923 0.866 1.781 88.795 83.006 70.130 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.741 98.008 13.198 LGA_LOCAL RMSD: 0.923 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.923 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.923 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.781566 * X + -0.616198 * Y + -0.097235 * Z + 149.767120 Y_new = 0.593562 * X + 0.782521 * Y + -0.188003 * Z + 148.644394 Z_new = 0.191935 * X + 0.089221 * Y + 0.977344 * Z + 140.182480 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.649523 -0.193133 0.091037 [DEG: 37.2150 -11.0657 5.2161 ] ZXZ: -0.477312 0.213272 1.135660 [DEG: -27.3479 12.2196 65.0685 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS147_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS147_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 98.008 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS147_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT 6drw 4kis STOICH A4 ATOM 2717 N GLY 165 154.184 185.064 153.341 1.00 86.08 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.603 185.777 154.483 1.00 86.08 C ATOM 2722 C GLY 165 152.078 185.652 154.601 1.00 86.08 C ATOM 2723 O GLY 165 151.448 186.464 155.273 1.00 86.08 O ATOM 2724 N LYS 166 151.453 184.668 153.939 1.00 87.72 N ATOM 2726 CA LYS 166 150.003 184.425 154.037 1.00 87.72 C ATOM 2728 C LYS 166 149.671 183.605 155.287 1.00 87.72 C ATOM 2729 CB LYS 166 149.463 183.767 152.756 1.00 87.72 C ATOM 2732 O LYS 166 150.375 182.654 155.633 1.00 87.72 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.587 184.681 151.525 1.00 87.72 C ATOM 2736 CD LYS 166 149.264 183.942 150.217 1.00 87.72 C ATOM 2739 CE LYS 166 149.232 184.945 149.057 1.00 87.72 C ATOM 2742 NZ LYS 166 149.401 184.297 147.734 1.00 87.72 N ATOM 2746 N TRP 167 148.548 183.916 155.931 1.00 89.62 N ATOM 2748 CA TRP 167 148.037 183.184 157.087 1.00 89.62 C ATOM 2750 C TRP 167 147.152 182.008 156.656 1.00 89.62 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.305 184.137 158.022 1.00 89.62 C ATOM 2754 O TRP 167 146.151 182.168 155.961 1.00 89.62 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.899 183.497 159.311 1.00 89.62 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.727 182.875 159.575 1.00 89.62 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.694 183.391 160.527 1.00 89.62 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.938 182.677 161.501 1.00 89.62 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.982 183.834 160.902 1.00 89.62 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.744 182.392 160.872 1.00 89.62 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.715 182.869 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PRO 173 145.384 185.933 166.314 1.00 88.61 C ATOM 2839 C PRO 173 144.467 187.080 166.738 1.00 88.61 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.846 186.387 166.271 1.00 88.61 C ATOM 2843 O PRO 173 144.033 187.858 165.897 1.00 88.61 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.386 185.721 165.008 1.00 88.61 C ATOM 2847 CD PRO 173 146.184 185.695 164.079 1.00 88.61 C ATOM 2850 N TYR 174 144.217 187.205 168.039 1.00 90.40 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.513 188.365 168.591 1.00 90.40 C ATOM 2854 C TYR 174 144.202 189.665 168.165 1.00 90.40 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.513 188.243 170.113 1.00 90.40 C ATOM 2858 O TYR 174 145.427 189.687 168.096 1.00 90.40 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.648 189.271 170.803 1.00 90.40 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.237 190.240 171.636 1.00 90.40 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.254 189.261 170.605 1.00 90.40 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.427 191.192 172.280 1.00 90.40 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.441 190.203 171.261 1.00 90.40 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.254 192.099 172.717 1.00 90.40 O ATOM 2870 CZ TYR 174 141.029 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