####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS147_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS147_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 86 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 74 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 16 103 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 4 74 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 68 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 13 110 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 22 81 110 125 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 107 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 33 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 54 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 35 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 86 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 77 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 66 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 15 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 15 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 24 104 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 37 75 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 12 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 58 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 86 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 60 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 86 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 11 26 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 48 74 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 87.41 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.46 0.56 0.67 0.69 0.79 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 GDT RMS_ALL_AT 0.91 0.88 0.88 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.562 0 0.028 0.028 0.580 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.480 0 0.047 0.097 0.946 95.455 89.899 0.946 LGA W 167 W 167 0.255 0 0.246 0.262 0.681 95.455 98.701 0.398 LGA I 168 I 168 0.970 0 0.059 0.750 1.678 77.727 69.773 1.108 LGA S 169 S 169 1.363 0 0.265 0.256 2.728 78.182 65.152 2.728 LGA G 170 G 170 1.701 0 0.064 0.064 1.701 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.773 0 0.084 1.382 5.613 77.727 52.727 2.933 LGA A 172 A 172 0.413 0 0.024 0.043 0.563 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.158 0 0.000 0.241 0.644 100.000 97.403 0.644 LGA Y 174 Y 174 0.368 0 0.026 0.218 1.376 100.000 85.303 1.376 LGA G 175 G 175 0.340 0 0.051 0.051 0.390 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.360 0 0.045 0.157 0.535 100.000 96.970 0.291 LGA Q 177 Q 177 0.546 0 0.059 0.183 0.956 90.909 87.879 0.482 LGA L 178 L 178 0.341 0 0.158 0.201 1.667 86.818 78.409 1.667 LGA N 179 N 179 1.260 0 0.169 0.694 4.974 59.091 35.909 4.974 LGA K 180 K 180 4.070 0 0.275 0.952 13.467 19.091 8.485 13.467 LGA K 181 K 181 1.593 0 0.471 0.960 10.141 70.000 33.333 10.141 LGA T 182 T 182 0.790 0 0.036 1.120 3.426 77.727 68.052 3.426 LGA S 183 S 183 0.798 0 0.120 0.107 1.178 86.364 79.394 1.096 LGA K 184 K 184 0.816 0 0.076 0.932 3.238 81.818 69.293 3.238 LGA L 185 L 185 0.298 0 0.076 0.088 0.543 95.455 97.727 0.302 LGA D 186 D 186 0.187 0 0.014 0.226 1.089 100.000 95.682 0.236 LGA P 187 P 187 0.451 0 0.013 0.366 1.097 86.818 87.273 0.722 LGA V 188 V 188 0.713 0 0.014 0.016 0.778 81.818 81.818 0.778 LGA E 189 E 189 0.681 0 0.037 0.170 0.715 81.818 81.818 0.587 LGA D 190 D 190 0.600 0 0.037 0.079 1.204 90.909 80.227 1.204 LGA E 191 E 191 0.375 0 0.000 0.077 0.587 100.000 93.939 0.484 LGA A 192 A 192 0.287 0 0.025 0.025 0.334 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.285 0 0.041 0.155 0.400 100.000 100.000 0.332 LGA V 194 V 194 0.203 0 0.026 0.044 0.353 100.000 100.000 0.353 LGA V 195 V 195 0.114 0 0.015 0.000 0.212 100.000 100.000 0.157 LGA Q 196 Q 196 0.152 0 0.032 0.228 1.138 100.000 92.121 0.906 LGA L 197 L 197 0.216 0 0.009 0.042 0.321 100.000 100.000 0.320 LGA I 198 I 198 0.129 0 0.058 0.083 0.268 100.000 100.000 0.268 LGA F 199 F 199 0.199 0 0.046 0.055 0.284 100.000 100.000 0.077 LGA N 200 N 200 0.314 0 0.020 0.864 2.923 100.000 82.273 2.923 LGA I 201 I 201 0.180 0 0.039 0.044 0.371 100.000 100.000 0.091 LGA F 202 F 202 0.149 0 0.017 0.056 0.342 100.000 100.000 0.319 LGA L 203 L 203 0.324 0 0.019 0.067 0.682 100.000 95.455 0.630 LGA N 204 N 204 0.256 0 0.000 0.107 1.108 100.000 88.864 0.837 LGA G 205 G 205 0.369 0 0.050 0.050 0.400 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.479 0 0.008 0.073 0.704 86.364 93.182 0.226 LGA N 207 N 207 0.844 0 0.059 0.265 1.866 81.818 71.818 1.087 LGA G 208 G 208 0.948 0 0.087 0.087 1.474 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.135 0 0.040 0.237 1.764 65.455 65.657 1.764 LGA D 210 D 210 1.168 0 0.087 0.723 1.645 69.545 67.727 1.645 LGA Y 211 Y 211 1.710 0 0.139 0.632 1.996 54.545 53.333 1.606 LGA S 212 S 212 2.204 0 0.642 0.777 5.895 41.818 29.697 5.895 LGA Y 213 Y 213 3.038 0 0.186 1.094 14.478 39.545 13.333 14.478 LGA A 215 A 215 1.000 0 0.214 0.231 2.041 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.360 0 0.000 0.172 0.547 100.000 95.455 0.547 LGA A 217 A 217 0.181 0 0.073 0.084 0.304 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.471 0 0.000 0.146 1.356 100.000 91.212 1.356 LGA H 219 H 219 0.269 0 0.021 0.086 0.634 100.000 94.545 0.634 LGA L 220 L 220 0.250 0 0.000 0.067 0.332 100.000 100.000 0.332 LGA T 221 T 221 0.236 0 0.019 0.045 0.428 100.000 100.000 0.104 LGA N 222 N 222 0.372 0 0.042 0.027 0.583 95.455 97.727 0.466 LGA L 223 L 223 0.544 0 0.056 0.081 0.734 90.909 86.364 0.609 LGA Q 224 Q 224 0.552 0 0.085 0.248 1.058 86.364 82.222 1.013 LGA I 225 I 225 0.487 0 0.057 0.072 0.500 95.455 97.727 0.259 LGA P 226 P 226 0.463 0 0.023 0.057 0.713 90.909 87.013 0.712 LGA T 227 T 227 0.404 0 0.052 0.153 0.723 100.000 97.403 0.723 LGA P 228 P 228 0.544 0 0.171 0.186 0.599 90.909 89.610 0.549 LGA S 229 S 229 0.711 0 0.186 0.170 0.998 81.818 84.848 0.320 LGA G 230 G 230 0.893 0 0.000 0.000 0.996 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.390 0 0.083 0.377 1.325 95.455 88.283 0.964 LGA K 232 K 232 0.395 0 0.161 0.292 1.044 91.364 92.121 0.936 LGA R 233 R 233 0.282 0 0.044 1.034 4.374 100.000 54.545 3.153 LGA W 234 W 234 0.327 0 0.026 0.142 0.564 100.000 96.104 0.529 LGA N 235 N 235 0.467 0 0.013 0.588 2.187 95.455 81.136 2.187 LGA Q 236 Q 236 0.518 0 0.000 1.005 3.923 95.455 70.303 3.923 LGA Y 237 Y 237 0.488 0 0.076 0.172 0.811 90.909 87.879 0.574 LGA T 238 T 238 0.345 0 0.000 0.046 0.407 100.000 100.000 0.361 LGA I 239 I 239 0.283 0 0.029 0.085 0.311 100.000 100.000 0.292 LGA K 240 K 240 0.566 0 0.020 0.232 2.959 95.455 71.717 2.959 LGA A 241 A 241 0.426 0 0.096 0.105 0.680 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.050 0 0.039 0.058 0.233 100.000 100.000 0.100 LGA L 243 L 243 0.113 0 0.035 0.055 0.397 100.000 100.000 0.157 LGA Q 244 Q 244 0.106 0 0.079 0.341 1.409 100.000 92.121 0.812 LGA N 245 N 245 0.097 0 0.023 0.115 0.419 100.000 100.000 0.419 LGA E 246 E 246 0.132 0 0.027 0.342 1.058 100.000 94.141 0.820 LGA V 247 V 247 0.144 0 0.023 0.046 0.168 100.000 100.000 0.157 LGA Y 248 Y 248 0.267 0 0.039 0.103 0.958 100.000 92.424 0.958 LGA I 249 I 249 0.202 0 0.022 0.045 0.223 100.000 100.000 0.184 LGA G 250 G 250 0.262 0 0.062 0.062 0.262 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.069 0 0.045 0.065 0.178 100.000 100.000 0.178 LGA V 252 V 252 0.160 0 0.064 0.118 0.547 100.000 97.403 0.547 LGA K 253 K 253 0.474 0 0.081 0.200 0.581 100.000 93.939 0.428 LGA Y 254 Y 254 0.666 0 0.044 0.195 2.457 90.909 68.030 2.457 LGA K 255 K 255 0.745 0 0.138 0.319 2.034 77.727 73.333 2.034 LGA V 256 V 256 0.672 0 0.072 0.097 0.778 81.818 81.818 0.693 LGA R 257 R 257 0.838 0 0.081 1.060 5.148 77.727 54.876 3.191 LGA E 258 E 258 0.819 0 0.083 0.338 1.562 77.727 69.495 1.547 LGA K 259 K 259 1.219 0 0.044 0.163 1.835 65.455 58.990 1.835 LGA T 260 T 260 1.148 0 0.043 0.137 1.634 61.818 63.377 1.058 LGA K 261 K 261 1.978 0 0.047 0.175 3.047 44.545 36.364 3.047 LGA D 262 D 262 1.867 0 0.036 0.345 2.200 50.909 47.727 2.200 LGA G 263 G 263 1.664 0 0.072 0.072 1.692 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 0.910 0 0.125 0.519 2.179 77.727 69.899 2.179 LGA R 265 R 265 0.928 0 0.125 0.896 4.279 77.727 58.017 4.279 LGA T 266 T 266 0.782 0 0.050 0.104 0.893 81.818 81.818 0.728 LGA I 267 I 267 0.470 0 0.037 0.070 0.651 90.909 93.182 0.602 LGA R 268 R 268 0.174 0 0.011 1.009 2.389 100.000 80.826 2.389 LGA P 269 P 269 0.316 0 0.000 0.021 0.368 100.000 100.000 0.315 LGA E 270 E 270 0.563 0 0.041 0.269 1.077 86.364 82.020 0.971 LGA K 271 K 271 0.788 0 0.086 0.740 5.529 81.818 50.505 5.529 LGA E 272 E 272 0.495 0 0.063 0.172 1.258 95.455 86.061 1.258 LGA Q 273 Q 273 0.238 0 0.066 0.142 0.648 100.000 97.980 0.648 LGA I 274 I 274 0.264 0 0.035 0.116 0.879 100.000 97.727 0.879 LGA V 275 V 275 0.204 0 0.000 0.000 0.348 100.000 100.000 0.332 LGA V 276 V 276 0.146 0 0.053 0.052 0.357 100.000 100.000 0.242 LGA Q 277 Q 277 0.142 0 0.051 0.593 2.854 100.000 79.596 2.854 LGA D 278 D 278 0.185 0 0.036 0.179 0.533 100.000 97.727 0.533 LGA A 279 A 279 0.188 0 0.000 0.012 0.236 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.265 0 0.021 0.171 0.522 100.000 98.182 0.445 LGA A 281 A 281 0.353 0 0.030 0.027 0.445 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.236 0 0.049 0.055 0.291 100.000 100.000 0.261 LGA I 283 I 283 0.421 0 0.023 0.040 0.557 95.455 95.455 0.396 LGA I 284 I 284 0.311 0 0.025 0.087 0.311 100.000 100.000 0.262 LGA D 285 D 285 0.648 0 0.093 0.950 3.366 86.364 70.000 1.136 LGA K 286 K 286 0.515 0 0.023 0.248 1.344 81.818 80.000 1.344 LGA E 287 E 287 0.587 0 0.034 0.329 2.260 90.909 74.141 1.618 LGA Q 288 Q 288 0.353 0 0.021 0.494 1.392 100.000 82.626 1.379 LGA F 289 F 289 0.174 0 0.047 0.118 0.360 100.000 100.000 0.326 LGA Q 290 Q 290 0.404 0 0.023 1.224 3.501 100.000 68.283 3.501 LGA Q 291 Q 291 0.268 0 0.034 0.166 0.552 100.000 95.960 0.520 LGA S 292 S 292 0.111 0 0.052 0.068 0.346 100.000 100.000 0.032 LGA Q 293 Q 293 0.371 0 0.013 0.183 0.656 90.909 93.939 0.616 LGA V 294 V 294 0.576 0 0.038 0.059 0.745 86.364 84.416 0.708 LGA K 295 K 295 0.294 0 0.134 0.248 1.196 86.818 94.141 0.310 LGA I 296 I 296 0.553 0 0.023 0.070 0.971 86.364 88.636 0.409 LGA A 297 A 297 1.015 0 0.122 0.139 1.673 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.527 0 0.041 0.298 1.424 73.636 77.955 1.136 LGA K 299 K 299 1.944 0 0.356 0.366 12.631 70.455 32.525 12.631 LGA V 300 V 300 3.450 0 0.068 0.064 6.599 19.545 11.169 6.599 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.866 0.818 1.746 88.589 82.779 69.840 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.87 96.111 98.109 13.973 LGA_LOCAL RMSD: 0.866 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.866 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.866 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.980374 * X + 0.068722 * Y + 0.184782 * Z + 155.244080 Y_new = -0.036349 * X + 0.858202 * Y + -0.512024 * Z + 148.564423 Z_new = -0.193768 * X + -0.508692 * Y + -0.838861 * Z + 144.921555 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -3.104532 0.195001 -2.596475 [DEG: -177.8766 11.1727 -148.7670 ] ZXZ: 0.346340 2.565983 -2.777647 [DEG: 19.8438 147.0200 -159.1475 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS147_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS147_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.87 98.109 0.87 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS147_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT 6drw 4kis STOICH A4 ATOM 2717 N GLY 165 153.878 185.078 153.221 1.00 88.88 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.291 185.787 154.363 1.00 88.88 C ATOM 2722 C GLY 165 151.768 185.641 154.482 1.00 88.88 C ATOM 2723 O GLY 165 151.139 186.409 155.202 1.00 88.88 O ATOM 2724 N LYS 166 151.148 184.686 153.770 1.00 89.63 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.703 184.414 153.870 1.00 89.63 C ATOM 2728 C LYS 166 149.407 183.593 155.133 1.00 89.63 C ATOM 2729 CB LYS 166 149.170 183.748 152.582 1.00 89.63 C ATOM 2732 O LYS 166 150.131 182.650 155.463 1.00 89.63 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.260 184.664 151.343 1.00 89.63 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.845 183.981 150.020 1.00 89.63 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.803 185.016 148.875 1.00 89.63 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.664 184.419 147.514 1.00 89.63 N ATOM 2746 N TRP 167 148.316 183.913 155.825 1.00 91.42 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.849 183.200 157.012 1.00 91.42 C ATOM 2750 C TRP 167 146.961 182.010 156.635 1.00 91.42 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.133 184.162 157.956 1.00 91.42 C ATOM 2754 O TRP 167 145.988 182.132 155.895 1.00 91.42 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.746 183.543 159.264 1.00 91.42 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.581 182.916 159.552 1.00 91.42 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.548 183.476 160.480 1.00 91.42 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.804 182.779 161.475 1.00 91.42 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.834 183.937 160.838 1.00 91.42 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.615 182.458 160.858 1.00 91.42 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.584 183.032 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PRO 173 145.330 185.942 166.396 1.00 90.32 C ATOM 2839 C PRO 173 144.522 187.182 166.790 1.00 90.32 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.831 186.223 166.349 1.00 90.32 C ATOM 2843 O PRO 173 144.212 188.014 165.945 1.00 90.32 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.064 186.617 164.891 1.00 90.32 C ATOM 2847 CD PRO 173 146.029 185.825 164.105 1.00 90.32 C ATOM 2850 N TYR 174 144.225 187.320 168.082 1.00 92.30 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.519 188.485 168.623 1.00 92.30 C ATOM 2854 C TYR 174 144.229 189.786 168.245 1.00 92.30 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.480 188.352 170.144 1.00 92.30 C ATOM 2858 O TYR 174 145.453 189.830 168.340 1.00 92.30 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.631 189.406 170.817 1.00 92.30 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.229 190.378 171.640 1.00 92.30 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.239 189.416 170.608 1.00 92.30 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.429 191.351 172.265 1.00 92.30 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.436 190.378 171.244 1.00 92.30 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.262 192.290 172.680 1.00 92.30 O ATOM 2870 CZ TYR 174 141.031 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