####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS147_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS147_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 72 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 16 104 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 20 118 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 72 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 20 94 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 57 83 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 104 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 23 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 72 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 72 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 72 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 57 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 25 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 107 127 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 42 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 116 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 85.93 93.33 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.47 0.59 0.68 0.76 0.81 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.91 0.90 0.90 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.505 0 0.026 0.026 0.507 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.361 0 0.055 0.090 0.681 95.455 93.939 0.681 LGA W 167 W 167 0.284 0 0.226 0.251 0.545 95.455 98.701 0.415 LGA I 168 I 168 0.771 0 0.063 0.742 1.546 81.818 73.864 1.546 LGA S 169 S 169 1.445 0 0.370 0.480 2.159 78.182 66.970 1.570 LGA G 170 G 170 2.034 0 0.076 0.076 2.034 47.727 47.727 - LGA L 171 L 171 0.772 0 0.111 1.378 5.466 77.727 54.773 2.912 LGA A 172 A 172 0.477 0 0.025 0.046 0.607 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.183 0 0.007 0.228 0.593 100.000 97.403 0.593 LGA Y 174 Y 174 0.307 0 0.012 0.217 1.351 100.000 88.182 1.351 LGA G 175 G 175 0.265 0 0.049 0.049 0.296 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.302 0 0.049 0.159 0.529 100.000 96.970 0.224 LGA Q 177 Q 177 0.528 0 0.057 0.172 0.902 90.909 87.879 0.492 LGA L 178 L 178 0.347 0 0.158 0.221 1.811 86.818 80.455 1.811 LGA N 179 N 179 1.336 0 0.167 0.702 5.092 59.091 35.682 5.092 LGA K 180 K 180 4.109 0 0.274 0.948 13.300 13.182 5.859 13.300 LGA K 181 K 181 1.585 0 0.473 0.968 10.278 65.909 31.515 10.278 LGA T 182 T 182 0.921 0 0.043 1.118 3.467 77.727 68.571 3.467 LGA S 183 S 183 0.822 0 0.126 0.111 1.258 82.273 76.667 1.158 LGA K 184 K 184 0.841 0 0.078 0.932 3.311 81.818 69.293 3.311 LGA L 185 L 185 0.351 0 0.076 0.090 0.561 95.455 97.727 0.328 LGA D 186 D 186 0.132 0 0.030 0.246 1.226 100.000 93.409 0.391 LGA P 187 P 187 0.396 0 0.000 0.358 0.992 90.909 89.610 0.655 LGA V 188 V 188 0.649 0 0.008 0.012 0.698 81.818 81.818 0.698 LGA E 189 E 189 0.677 0 0.033 0.167 0.790 81.818 81.818 0.574 LGA D 190 D 190 0.685 0 0.047 0.073 1.333 86.364 77.955 1.333 LGA E 191 E 191 0.415 0 0.000 0.072 0.578 95.455 93.939 0.469 LGA A 192 A 192 0.288 0 0.035 0.034 0.328 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.309 0 0.040 0.170 0.426 100.000 100.000 0.421 LGA V 194 V 194 0.238 0 0.022 0.042 0.398 100.000 100.000 0.398 LGA V 195 V 195 0.124 0 0.000 0.000 0.189 100.000 100.000 0.137 LGA Q 196 Q 196 0.137 0 0.033 0.226 1.179 100.000 92.121 0.865 LGA L 197 L 197 0.218 0 0.021 0.054 0.359 100.000 100.000 0.358 LGA I 198 I 198 0.091 0 0.059 0.085 0.296 100.000 100.000 0.280 LGA F 199 F 199 0.155 0 0.036 0.045 0.273 100.000 100.000 0.133 LGA N 200 N 200 0.226 0 0.018 0.649 1.879 100.000 89.318 1.879 LGA I 201 I 201 0.115 0 0.046 0.051 0.289 100.000 100.000 0.167 LGA F 202 F 202 0.133 0 0.045 0.051 0.354 100.000 100.000 0.296 LGA L 203 L 203 0.320 0 0.035 0.063 0.701 100.000 95.455 0.642 LGA N 204 N 204 0.274 0 0.020 0.093 1.229 100.000 88.864 0.952 LGA G 205 G 205 0.188 0 0.058 0.058 0.230 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.296 0 0.018 0.217 0.950 95.455 95.455 0.492 LGA N 207 N 207 0.673 0 0.020 0.246 1.703 81.818 75.909 0.793 LGA G 208 G 208 0.838 0 0.081 0.081 1.141 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 1.024 0 0.055 0.587 1.558 77.727 72.929 1.283 LGA D 210 D 210 0.883 0 0.065 0.870 3.097 81.818 66.136 3.097 LGA Y 211 Y 211 1.539 0 0.141 0.656 1.944 61.818 56.970 1.550 LGA S 212 S 212 2.134 0 0.645 0.777 5.877 41.818 29.697 5.877 LGA Y 213 Y 213 3.075 0 0.197 1.104 14.488 36.364 12.273 14.488 LGA A 215 A 215 1.077 0 0.214 0.233 2.124 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.417 0 0.000 0.180 0.604 100.000 95.455 0.604 LGA A 217 A 217 0.247 0 0.068 0.077 0.345 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.527 0 0.021 0.143 1.345 95.455 88.182 1.345 LGA H 219 H 219 0.356 0 0.000 0.106 0.676 100.000 92.727 0.676 LGA L 220 L 220 0.315 0 0.000 0.082 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA T 221 T 221 0.306 0 0.030 0.036 0.444 100.000 100.000 0.183 LGA N 222 N 222 0.416 0 0.047 0.032 0.537 95.455 95.455 0.524 LGA L 223 L 223 0.563 0 0.049 0.091 0.758 86.364 84.091 0.626 LGA Q 224 Q 224 0.614 0 0.080 0.235 1.080 81.818 80.000 0.764 LGA I 225 I 225 0.554 0 0.053 0.071 0.565 86.364 90.909 0.264 LGA P 226 P 226 0.585 0 0.020 0.042 0.849 81.818 81.818 0.849 LGA T 227 T 227 0.504 0 0.052 0.159 0.902 81.818 84.416 0.902 LGA P 228 P 228 0.697 0 0.176 0.197 0.740 86.364 84.416 0.654 LGA S 229 S 229 0.890 0 0.158 0.155 1.087 73.636 76.364 0.512 LGA G 230 G 230 1.058 0 0.000 0.000 1.134 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.462 0 0.061 0.468 0.969 95.455 89.899 0.845 LGA K 232 K 232 0.348 0 0.109 0.289 1.410 95.455 90.101 1.410 LGA R 233 R 233 0.193 0 0.047 1.107 5.408 100.000 56.694 3.094 LGA W 234 W 234 0.250 0 0.029 0.139 0.652 100.000 93.506 0.627 LGA N 235 N 235 0.403 0 0.021 0.573 2.131 100.000 85.455 2.131 LGA Q 236 Q 236 0.551 0 0.013 0.820 3.152 86.364 64.040 3.152 LGA Y 237 Y 237 0.647 0 0.075 0.185 1.024 81.818 79.091 0.944 LGA T 238 T 238 0.349 0 0.000 0.058 0.415 100.000 100.000 0.355 LGA I 239 I 239 0.294 0 0.007 0.079 0.338 100.000 100.000 0.302 LGA K 240 K 240 0.603 0 0.022 0.233 2.534 86.364 67.677 2.534 LGA A 241 A 241 0.499 0 0.117 0.128 0.856 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.064 0 0.045 0.058 0.269 100.000 100.000 0.109 LGA L 243 L 243 0.175 0 0.025 0.047 0.421 100.000 100.000 0.242 LGA Q 244 Q 244 0.214 0 0.091 0.335 1.198 95.455 90.101 0.749 LGA N 245 N 245 0.135 0 0.026 0.139 0.527 100.000 97.727 0.527 LGA E 246 E 246 0.122 0 0.024 0.306 0.832 100.000 95.960 0.695 LGA V 247 V 247 0.159 0 0.025 0.050 0.194 100.000 100.000 0.160 LGA Y 248 Y 248 0.283 0 0.047 0.105 0.932 100.000 92.424 0.932 LGA I 249 I 249 0.138 0 0.025 0.041 0.232 100.000 100.000 0.177 LGA G 250 G 250 0.181 0 0.089 0.089 0.449 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.157 0 0.044 0.081 0.270 100.000 100.000 0.063 LGA V 252 V 252 0.196 0 0.091 0.137 0.500 100.000 97.403 0.500 LGA K 253 K 253 0.629 0 0.092 0.228 0.715 81.818 81.818 0.571 LGA Y 254 Y 254 0.720 0 0.053 0.263 2.279 86.364 66.515 2.279 LGA K 255 K 255 0.703 0 0.155 0.293 2.345 77.727 71.515 2.345 LGA V 256 V 256 0.570 0 0.070 0.102 0.687 86.364 84.416 0.619 LGA R 257 R 257 0.840 0 0.103 1.053 5.198 77.727 54.215 3.387 LGA E 258 E 258 0.926 0 0.072 0.250 1.602 73.636 67.677 1.602 LGA K 259 K 259 1.510 0 0.053 0.109 2.647 61.818 50.303 2.647 LGA T 260 T 260 1.349 0 0.029 0.093 1.892 58.182 61.299 1.187 LGA K 261 K 261 2.277 0 0.049 0.419 4.535 41.364 30.909 4.535 LGA D 262 D 262 1.808 0 0.026 0.480 2.314 50.909 47.727 2.072 LGA G 263 G 263 1.975 0 0.035 0.035 2.075 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.262 0 0.123 0.395 1.816 65.455 63.838 1.231 LGA R 265 R 265 1.188 0 0.075 0.939 4.372 65.455 53.554 4.372 LGA T 266 T 266 0.948 0 0.041 0.121 1.095 77.727 79.481 0.885 LGA I 267 I 267 0.524 0 0.057 0.088 0.806 86.364 86.364 0.707 LGA R 268 R 268 0.205 0 0.009 0.968 2.375 100.000 83.967 2.012 LGA P 269 P 269 0.297 0 0.008 0.032 0.360 100.000 100.000 0.310 LGA E 270 E 270 0.536 0 0.060 0.312 1.425 90.909 80.404 1.083 LGA K 271 K 271 0.864 0 0.095 0.762 5.773 81.818 48.687 5.773 LGA E 272 E 272 0.621 0 0.064 0.192 1.234 90.909 84.040 1.234 LGA Q 273 Q 273 0.229 0 0.080 0.174 0.568 100.000 97.980 0.568 LGA I 274 I 274 0.317 0 0.031 0.110 0.875 100.000 97.727 0.875 LGA V 275 V 275 0.366 0 0.000 0.000 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA V 276 V 276 0.252 0 0.056 0.052 0.371 100.000 100.000 0.283 LGA Q 277 Q 277 0.284 0 0.049 0.567 2.532 100.000 79.596 2.194 LGA D 278 D 278 0.210 0 0.037 0.235 0.769 100.000 95.455 0.769 LGA A 279 A 279 0.181 0 0.013 0.017 0.234 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.235 0 0.027 0.194 0.481 100.000 100.000 0.378 LGA A 281 A 281 0.300 0 0.029 0.024 0.408 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.140 0 0.057 0.066 0.212 100.000 100.000 0.204 LGA I 283 I 283 0.339 0 0.033 0.043 0.476 100.000 100.000 0.366 LGA I 284 I 284 0.245 0 0.032 0.098 0.245 100.000 100.000 0.180 LGA D 285 D 285 0.654 0 0.101 0.941 3.323 86.364 70.000 1.201 LGA K 286 K 286 0.548 0 0.000 0.225 1.201 81.818 80.000 1.201 LGA E 287 E 287 0.654 0 0.031 0.346 2.369 81.818 70.101 1.620 LGA Q 288 Q 288 0.375 0 0.027 0.496 1.501 100.000 81.010 1.362 LGA F 289 F 289 0.216 0 0.050 0.117 0.405 100.000 100.000 0.311 LGA Q 290 Q 290 0.469 0 0.024 1.182 3.461 100.000 67.475 3.461 LGA Q 291 Q 291 0.357 0 0.038 0.134 0.680 100.000 95.960 0.495 LGA S 292 S 292 0.202 0 0.051 0.074 0.443 100.000 100.000 0.094 LGA Q 293 Q 293 0.421 0 0.000 0.198 0.751 90.909 91.919 0.751 LGA V 294 V 294 0.606 0 0.037 0.055 0.816 86.364 84.416 0.768 LGA K 295 K 295 0.326 0 0.080 0.176 0.952 90.909 93.939 0.517 LGA I 296 I 296 0.644 0 0.025 0.063 1.064 82.273 86.591 0.463 LGA A 297 A 297 1.160 0 0.108 0.126 1.718 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.850 0 0.052 0.353 2.109 63.182 64.545 1.760 LGA K 299 K 299 2.769 0 0.319 0.701 14.029 48.636 21.616 14.029 LGA V 300 V 300 1.764 0 0.168 0.204 4.543 65.909 41.299 4.543 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.881 0.825 1.777 87.451 81.828 69.335 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.556 97.989 13.766 LGA_LOCAL RMSD: 0.881 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.881 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.881 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.555774 * X + -0.001194 * Y + 0.831333 * Z + 162.376358 Y_new = -0.758097 * X + 0.411129 * Y + -0.506223 * Z + 155.688614 Z_new = -0.341181 * X + -0.911576 * Y + -0.229400 * Z + 144.008759 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.203404 0.348173 -1.817329 [DEG: -126.2458 19.9488 -104.1253 ] ZXZ: 1.023837 1.802257 -2.783457 [DEG: 58.6615 103.2617 -159.4803 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS147_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS147_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.989 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS147_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT 6drw 4kis STOICH A4 ATOM 2717 N GLY 165 153.986 185.159 153.363 1.00 87.48 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.377 185.873 154.491 1.00 87.48 C ATOM 2722 C GLY 165 151.857 185.691 154.611 1.00 87.48 C ATOM 2723 O GLY 165 151.200 186.457 155.309 1.00 87.48 O ATOM 2724 N LYS 166 151.263 184.707 153.919 1.00 88.52 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.819 184.425 154.001 1.00 88.52 C ATOM 2728 C LYS 166 149.504 183.600 155.255 1.00 88.52 C ATOM 2729 CB LYS 166 149.304 183.762 152.708 1.00 88.52 C ATOM 2732 O LYS 166 150.207 182.640 155.580 1.00 88.52 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.404 184.697 151.484 1.00 88.52 C ATOM 2736 CD LYS 166 149.046 184.012 150.151 1.00 88.52 C ATOM 2739 CE LYS 166 149.052 185.057 149.018 1.00 88.52 C ATOM 2742 NZ LYS 166 149.033 184.464 147.651 1.00 88.52 N ATOM 2746 N TRP 167 148.405 183.922 155.929 1.00 90.62 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.923 183.212 157.110 1.00 90.62 C ATOM 2750 C TRP 167 147.057 182.006 156.726 1.00 90.62 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.188 184.178 158.033 1.00 90.62 C ATOM 2754 O TRP 167 146.050 182.117 156.031 1.00 90.62 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.832 183.574 159.354 1.00 90.62 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.685 182.925 159.660 1.00 90.62 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.654 183.531 160.557 1.00 90.62 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.937 182.828 161.569 1.00 90.62 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.939 184.010 160.892 1.00 90.62 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.744 182.490 160.972 1.00 90.62 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.737 183.112 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PRO 173 145.285 185.873 166.476 1.00 88.81 C ATOM 2839 C PRO 173 144.446 187.099 166.853 1.00 88.81 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.782 186.177 166.458 1.00 88.81 C ATOM 2843 O PRO 173 144.074 187.886 165.990 1.00 88.81 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.044 186.559 165.002 1.00 88.81 C ATOM 2847 CD PRO 173 146.018 185.776 164.195 1.00 88.81 C ATOM 2850 N TYR 174 144.179 187.267 168.148 1.00 90.40 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.461 188.434 168.668 1.00 90.40 C ATOM 2854 C TYR 174 144.158 189.731 168.259 1.00 90.40 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.427 188.330 170.191 1.00 90.40 C ATOM 2858 O TYR 174 145.385 189.767 168.304 1.00 90.40 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.577 189.394 170.845 1.00 90.40 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.170 190.366 171.673 1.00 90.40 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.186 189.409 170.622 1.00 90.40 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.368 191.344 172.284 1.00 90.40 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.381 190.373 171.251 1.00 90.40 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.202 192.292 172.676 1.00 90.40 O ATOM 2870 CZ TYR 174 140.972 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