####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS145_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS145_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 37 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 22 100 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 3 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 75 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 12 102 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 16 30 124 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 86 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 15 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 46 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 58 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 75 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 75 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 38 115 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 24 112 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 112 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 112 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 65 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 27 57 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 20 73 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 24 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 79 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 75 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 70 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 19 98 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 4 119 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 116 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 85.93 94.07 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.47 0.62 0.68 0.76 0.82 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.90 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.685 0 0.042 0.042 0.685 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.543 0 0.041 0.147 1.400 86.364 82.020 1.400 LGA W 167 W 167 0.235 0 0.151 0.202 0.631 95.455 98.701 0.354 LGA I 168 I 168 1.059 0 0.010 0.708 2.331 69.545 66.136 0.917 LGA S 169 S 169 2.078 0 0.374 0.708 4.964 62.727 43.939 4.964 LGA G 170 G 170 1.815 0 0.193 0.193 1.815 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.486 0 0.132 1.370 5.651 86.364 55.909 3.385 LGA A 172 A 172 0.504 0 0.000 0.017 0.544 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.305 0 0.000 0.165 0.750 100.000 97.403 0.750 LGA Y 174 Y 174 0.306 0 0.036 0.219 1.290 100.000 89.545 1.290 LGA G 175 G 175 0.361 0 0.056 0.056 0.404 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.582 0 0.033 0.167 0.681 86.364 90.909 0.273 LGA Q 177 Q 177 0.891 0 0.053 0.319 1.624 86.364 80.404 0.815 LGA L 178 L 178 0.577 0 0.136 0.222 1.577 77.727 75.909 1.577 LGA N 179 N 179 1.309 0 0.171 0.719 4.979 65.909 39.318 4.979 LGA K 180 K 180 3.464 0 0.275 0.948 12.812 29.545 13.131 12.812 LGA K 181 K 181 2.026 0 0.456 0.951 10.688 62.727 28.485 10.688 LGA T 182 T 182 0.930 0 0.013 1.115 3.409 82.273 68.571 3.409 LGA S 183 S 183 0.806 0 0.131 0.115 1.199 86.364 79.394 1.190 LGA K 184 K 184 0.722 0 0.071 0.904 3.144 81.818 71.111 3.144 LGA L 185 L 185 0.454 0 0.071 0.074 0.689 90.909 95.455 0.272 LGA D 186 D 186 0.305 0 0.054 0.215 0.736 95.455 95.455 0.154 LGA P 187 P 187 0.601 0 0.031 0.071 1.352 82.273 82.078 0.685 LGA V 188 V 188 0.898 0 0.000 0.006 1.027 81.818 79.481 1.027 LGA E 189 E 189 0.883 0 0.036 0.161 0.974 81.818 81.818 0.974 LGA D 190 D 190 0.765 0 0.019 0.040 1.088 81.818 79.773 1.088 LGA E 191 E 191 0.542 0 0.000 0.063 0.854 90.909 85.859 0.854 LGA A 192 A 192 0.337 0 0.017 0.014 0.385 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.389 0 0.047 0.102 0.690 100.000 91.919 0.608 LGA V 194 V 194 0.288 0 0.007 0.047 0.400 100.000 100.000 0.400 LGA V 195 V 195 0.194 0 0.000 0.000 0.310 100.000 100.000 0.212 LGA Q 196 Q 196 0.272 0 0.027 0.222 1.268 100.000 90.303 1.042 LGA L 197 L 197 0.282 0 0.018 0.069 0.366 100.000 100.000 0.366 LGA I 198 I 198 0.177 0 0.051 0.079 0.241 100.000 100.000 0.241 LGA F 199 F 199 0.283 0 0.038 0.034 0.370 100.000 100.000 0.254 LGA N 200 N 200 0.375 0 0.010 0.628 1.557 100.000 89.545 1.557 LGA I 201 I 201 0.242 0 0.026 0.063 0.379 100.000 100.000 0.366 LGA F 202 F 202 0.237 0 0.049 0.073 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA L 203 L 203 0.395 0 0.020 0.105 0.954 100.000 93.182 0.723 LGA N 204 N 204 0.306 0 0.049 0.080 1.291 100.000 86.818 1.036 LGA G 205 G 205 0.366 0 0.045 0.045 0.366 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.435 0 0.040 1.115 3.311 90.909 76.591 1.391 LGA N 207 N 207 1.041 0 0.049 0.175 1.219 69.545 67.500 1.167 LGA G 208 G 208 1.354 0 0.099 0.099 2.050 55.000 55.000 - LGA K 209 K 209 1.327 0 0.074 0.232 2.814 65.455 54.949 2.814 LGA D 210 D 210 1.329 0 0.056 0.783 1.951 69.545 63.864 1.951 LGA Y 211 Y 211 1.808 0 0.152 0.630 2.123 54.545 50.000 1.725 LGA S 212 S 212 2.233 0 0.640 0.762 5.756 36.364 26.061 5.756 LGA Y 213 Y 213 3.156 0 0.194 1.117 14.421 36.364 12.273 14.421 LGA A 215 A 215 1.142 0 0.209 0.227 2.169 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.435 0 0.000 0.169 0.534 95.455 95.455 0.471 LGA A 217 A 217 0.279 0 0.060 0.075 0.376 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.499 0 0.036 0.149 1.350 100.000 91.212 1.350 LGA H 219 H 219 0.313 0 0.009 0.108 0.683 100.000 94.545 0.683 LGA L 220 L 220 0.243 0 0.003 0.107 0.445 100.000 100.000 0.445 LGA T 221 T 221 0.136 0 0.000 0.029 0.340 100.000 100.000 0.118 LGA N 222 N 222 0.319 0 0.045 0.039 0.611 95.455 97.727 0.332 LGA L 223 L 223 0.499 0 0.038 0.079 0.845 100.000 90.909 0.757 LGA Q 224 Q 224 0.358 0 0.048 0.195 0.909 100.000 91.919 0.909 LGA I 225 I 225 0.312 0 0.037 0.053 0.434 100.000 100.000 0.346 LGA P 226 P 226 0.261 0 0.023 0.044 0.545 100.000 97.403 0.545 LGA T 227 T 227 0.287 0 0.046 0.121 0.536 100.000 97.403 0.536 LGA P 228 P 228 0.599 0 0.141 0.170 0.664 90.909 92.208 0.494 LGA S 229 S 229 0.698 0 0.143 0.128 0.836 81.818 84.848 0.394 LGA G 230 G 230 0.839 0 0.000 0.000 0.877 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.363 0 0.056 0.486 1.029 95.455 88.081 1.029 LGA K 232 K 232 0.180 0 0.070 0.220 1.067 100.000 94.141 1.067 LGA R 233 R 233 0.348 0 0.012 1.199 5.785 100.000 62.149 4.335 LGA W 234 W 234 0.426 0 0.044 0.163 0.610 100.000 96.104 0.610 LGA N 235 N 235 0.581 0 0.026 0.537 2.424 86.364 76.591 2.424 LGA Q 236 Q 236 0.597 0 0.000 0.973 3.541 86.364 67.677 3.541 LGA Y 237 Y 237 0.540 0 0.074 0.185 0.944 86.364 84.848 0.879 LGA T 238 T 238 0.421 0 0.000 0.056 0.537 100.000 97.403 0.537 LGA I 239 I 239 0.324 0 0.030 0.086 0.334 100.000 100.000 0.312 LGA K 240 K 240 0.580 0 0.020 0.215 3.044 90.909 67.475 3.044 LGA A 241 A 241 0.443 0 0.081 0.090 0.577 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.065 0 0.038 0.054 0.121 100.000 100.000 0.121 LGA L 243 L 243 0.115 0 0.048 0.079 0.400 100.000 100.000 0.203 LGA Q 244 Q 244 0.185 0 0.082 0.277 1.154 95.455 90.101 0.716 LGA N 245 N 245 0.262 0 0.029 0.149 0.532 100.000 97.727 0.532 LGA E 246 E 246 0.195 0 0.021 0.468 1.327 100.000 90.303 1.079 LGA V 247 V 247 0.186 0 0.000 0.877 1.907 100.000 85.974 1.907 LGA Y 248 Y 248 0.344 0 0.043 0.130 1.094 100.000 91.061 1.094 LGA I 249 I 249 0.274 0 0.000 0.033 0.546 100.000 95.455 0.523 LGA G 250 G 250 0.139 0 0.067 0.067 0.484 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.320 0 0.043 0.056 0.448 100.000 100.000 0.399 LGA V 252 V 252 0.323 0 0.066 0.098 0.742 95.455 94.805 0.529 LGA K 253 K 253 0.279 0 0.105 0.159 0.604 95.455 97.980 0.260 LGA Y 254 Y 254 0.746 0 0.053 0.234 2.458 90.909 65.758 2.458 LGA K 255 K 255 0.872 0 0.059 0.380 1.266 81.818 80.000 1.266 LGA V 256 V 256 0.946 0 0.063 0.069 1.062 81.818 79.481 0.866 LGA R 257 R 257 0.795 0 0.067 1.108 5.240 81.818 56.694 3.483 LGA E 258 E 258 0.860 0 0.019 0.584 3.248 81.818 54.545 3.248 LGA K 259 K 259 0.939 0 0.053 0.156 1.030 81.818 80.000 0.913 LGA T 260 T 260 1.117 0 0.000 0.064 1.281 65.455 65.455 1.199 LGA K 261 K 261 1.381 0 0.047 0.302 2.239 65.455 57.576 2.239 LGA D 262 D 262 1.172 0 0.031 0.953 3.202 73.636 55.455 2.684 LGA G 263 G 263 0.882 0 0.000 0.000 0.932 81.818 81.818 - LGA K 264 K 264 0.658 0 0.051 0.453 2.043 81.818 78.990 2.043 LGA R 265 R 265 0.685 0 0.099 0.944 4.852 81.818 54.380 4.852 LGA T 266 T 266 0.759 0 0.040 0.070 0.825 81.818 81.818 0.749 LGA I 267 I 267 0.572 0 0.038 0.076 0.737 81.818 81.818 0.704 LGA R 268 R 268 0.542 0 0.020 0.949 2.353 90.909 77.190 2.353 LGA P 269 P 269 0.468 0 0.013 0.036 0.660 95.455 89.610 0.660 LGA E 270 E 270 0.397 0 0.045 0.296 0.738 100.000 95.960 0.738 LGA K 271 K 271 0.532 0 0.074 0.761 4.825 90.909 58.788 4.825 LGA E 272 E 272 0.457 0 0.100 0.151 1.511 95.455 78.990 1.511 LGA Q 273 Q 273 0.569 0 0.061 0.128 0.729 81.818 81.818 0.709 LGA I 274 I 274 0.466 0 0.032 0.134 1.142 90.909 84.318 1.142 LGA V 275 V 275 0.203 0 0.000 0.020 0.371 100.000 100.000 0.368 LGA V 276 V 276 0.204 0 0.070 0.063 0.355 100.000 100.000 0.305 LGA Q 277 Q 277 0.171 0 0.052 0.587 3.038 100.000 78.586 2.264 LGA D 278 D 278 0.189 0 0.054 0.187 0.745 100.000 97.727 0.745 LGA A 279 A 279 0.280 0 0.021 0.024 0.360 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.221 0 0.024 0.137 0.423 100.000 100.000 0.218 LGA A 281 A 281 0.412 0 0.029 0.028 0.615 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.232 0 0.047 0.052 0.515 100.000 97.403 0.515 LGA I 283 I 283 0.387 0 0.028 0.051 0.601 95.455 95.455 0.484 LGA I 284 I 284 0.309 0 0.007 0.092 0.438 100.000 100.000 0.262 LGA D 285 D 285 0.700 0 0.058 1.059 3.967 81.818 65.227 1.649 LGA K 286 K 286 0.728 0 0.000 0.241 1.012 81.818 80.000 0.999 LGA E 287 E 287 0.696 0 0.039 0.386 2.002 81.818 75.152 0.769 LGA Q 288 Q 288 0.440 0 0.024 0.354 1.719 100.000 90.505 0.963 LGA F 289 F 289 0.433 0 0.032 0.122 0.667 90.909 90.083 0.599 LGA Q 290 Q 290 0.693 0 0.020 1.212 3.295 81.818 60.808 3.295 LGA Q 291 Q 291 0.545 0 0.034 0.093 0.598 86.364 83.838 0.585 LGA S 292 S 292 0.441 0 0.047 0.692 2.542 95.455 84.848 2.542 LGA Q 293 Q 293 0.635 0 0.000 0.171 0.963 81.818 81.818 0.963 LGA V 294 V 294 0.793 0 0.053 0.076 0.959 81.818 81.818 0.906 LGA K 295 K 295 0.367 0 0.068 0.182 0.719 95.455 97.980 0.440 LGA I 296 I 296 0.669 0 0.030 0.079 1.043 82.273 82.273 0.556 LGA A 297 A 297 1.198 0 0.093 0.107 1.573 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.254 0 0.000 0.431 2.395 82.273 68.864 2.395 LGA K 299 K 299 2.589 0 0.323 0.636 12.522 60.000 27.273 12.522 LGA V 300 V 300 2.274 0 0.095 0.090 4.537 44.545 28.052 4.537 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.861 0.790 1.756 87.973 81.468 66.371 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.86 95.556 98.044 14.051 LGA_LOCAL RMSD: 0.861 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.861 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.861 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.684724 * X + 0.715719 * Y + -0.137478 * Z + 155.582108 Y_new = -0.612600 * X + 0.667405 * Y + 0.423429 * Z + 151.833862 Z_new = 0.394810 * X + -0.205713 * Y + 0.895437 * Z + 138.900391 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.729861 -0.405861 -0.225816 [DEG: -41.8179 -23.2541 -12.9383 ] ZXZ: -2.827652 0.461384 2.051137 [DEG: -162.0125 26.4354 117.5215 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS145_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS145_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.86 98.044 0.86 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS145_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT 4bqq_A 4kis_C 4kis_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 153.758 185.178 153.241 1.00 89.25 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.175 185.861 154.398 1.00 89.25 C ATOM 2722 C GLY 165 151.652 185.721 154.518 1.00 89.25 C ATOM 2723 O GLY 165 151.039 186.434 155.306 1.00 89.25 O ATOM 2724 N LYS 166 151.011 184.819 153.757 1.00 89.94 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.569 184.551 153.896 1.00 89.94 C ATOM 2728 C LYS 166 149.300 183.743 155.174 1.00 89.94 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.985 183.860 152.645 1.00 89.94 C ATOM 2732 O LYS 166 150.036 182.812 155.509 1.00 89.94 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.126 184.680 151.344 1.00 89.94 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.520 183.983 150.103 1.00 89.94 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.681 184.873 148.855 1.00 89.94 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.092 184.315 147.600 1.00 89.94 N ATOM 2746 N TRP 167 148.195 184.036 155.855 1.00 92.56 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.735 183.301 157.031 1.00 92.56 C ATOM 2750 C TRP 167 146.824 182.134 156.627 1.00 92.56 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.047 184.255 158.002 1.00 92.56 C ATOM 2754 O TRP 167 145.669 182.308 156.251 1.00 92.56 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.719 183.629 159.320 1.00 92.56 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.559 183.026 159.671 1.00 92.56 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.588 183.533 160.482 1.00 92.56 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.887 182.853 161.519 1.00 92.56 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.903 183.962 160.756 1.00 92.56 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.651 182.574 160.975 1.00 92.56 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 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ATOM 2837 CA PRO 173 145.081 186.015 166.227 1.00 93.06 C ATOM 2839 C PRO 173 144.294 187.243 166.691 1.00 93.06 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.596 186.250 166.220 1.00 93.06 C ATOM 2843 O PRO 173 143.962 188.098 165.878 1.00 93.06 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.032 185.378 165.042 1.00 93.06 C ATOM 2847 CD PRO 173 145.928 185.642 164.033 1.00 93.06 C ATOM 2850 N TYR 174 144.030 187.339 167.995 1.00 95.06 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.341 188.493 168.586 1.00 95.06 C ATOM 2854 C TYR 174 144.041 189.802 168.212 1.00 95.06 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.354 188.336 170.105 1.00 95.06 C ATOM 2858 O TYR 174 145.268 189.846 168.286 1.00 95.06 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.526 189.375 170.827 1.00 95.06 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.151 190.385 171.582 1.00 95.06 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.122 189.344 170.717 1.00 95.06 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.373 191.363 172.228 1.00 95.06 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.341 190.294 171.398 1.00 95.06 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.204 192.251 172.762 1.00 95.06 O ATOM 2870 CZ TYR 174 140.963 191.313 172.143 1.00 95.06 C ATOM 2871 N GLY 175 143.302 190.837 167.829 1.00 94.88 N ATOM 2873 CA GLY 175 143.863 192.067 167.260 1.00 94.88 C ATOM 2876 C GLY 175 143.842 192.101 165.733 1.00 94.88 C ATOM 2877 O GLY 175 144.037 193.167 165.158 1.00 94.88 O ATOM 2878 N TYR 176 143.595 190.969 165.067 1.00 96.38 N ATOM 2880 CA TYR 176 143.620 190.860 163.611 1.00 96.38 C ATOM 2882 C TYR 176 142.394 190.133 163.056 1.00 96.38 C ATOM 2883 CB TYR 176 144.888 190.130 163.152 1.00 96.38 C ATOM 2886 O TYR 176 141.874 189.186 163.642 1.00 96.38 O ATOM 2887 CG TYR 176 146.190 190.851 163.434 1.00 96.38 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 146.620 191.870 162.566 1.00 96.38 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 146.982 190.489 164.539 1.00 96.38 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 147.843 192.522 162.794 1.00 96.38 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 148.221 191.124 164.755 1.00 96.38 C ATOM 2896 OH TYR 176 149.871 192.717 164.057 1.00 96.38 O ATOM 2898 CZ TYR 176 148.657 192.138 163.877 1.00 96.38 C ATOM 2899 N GLN 177 142.010 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