####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS145_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS145_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 26 114 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 3 111 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 21 109 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 19 37 58 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 105 120 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 59 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 44 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 54 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 81 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 77 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 63 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 6 95 126 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 120 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 116 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 85.93 91.85 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.49 0.60 0.73 0.80 0.84 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.94 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.714 0 0.041 0.041 0.740 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.561 0 0.025 0.123 1.352 86.364 82.020 1.352 LGA W 167 W 167 0.170 0 0.182 0.190 0.546 95.455 98.701 0.322 LGA I 168 I 168 0.762 0 0.052 0.152 1.870 73.636 65.909 1.869 LGA S 169 S 169 2.085 0 0.350 0.702 5.105 66.818 46.364 5.105 LGA G 170 G 170 1.879 0 0.185 0.185 1.879 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.695 0 0.157 1.374 5.810 77.727 51.591 3.452 LGA A 172 A 172 0.548 0 0.024 0.045 0.620 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.401 0 0.000 0.045 0.427 100.000 100.000 0.284 LGA Y 174 Y 174 0.438 0 0.020 0.201 1.309 100.000 85.303 1.309 LGA G 175 G 175 0.482 0 0.060 0.060 0.512 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.610 0 0.048 0.133 0.724 81.818 89.394 0.214 LGA Q 177 Q 177 0.979 0 0.058 0.199 1.362 86.364 78.384 0.901 LGA L 178 L 178 0.637 0 0.148 0.205 1.631 73.636 71.818 1.631 LGA N 179 N 179 1.306 0 0.170 0.732 5.080 65.909 39.091 5.080 LGA K 180 K 180 3.387 0 0.258 0.936 12.599 29.545 13.131 12.599 LGA K 181 K 181 1.983 0 0.460 0.956 10.769 65.909 29.899 10.769 LGA T 182 T 182 0.834 0 0.020 1.115 3.365 82.273 70.649 3.365 LGA S 183 S 183 0.846 0 0.114 0.101 1.287 82.273 76.667 1.266 LGA K 184 K 184 0.695 0 0.073 0.937 3.397 81.818 69.293 3.397 LGA L 185 L 185 0.429 0 0.070 0.081 0.655 95.455 97.727 0.194 LGA D 186 D 186 0.397 0 0.031 0.245 0.878 90.909 93.182 0.124 LGA P 187 P 187 0.650 0 0.000 0.033 1.210 77.727 79.481 0.664 LGA V 188 V 188 0.994 0 0.005 0.023 1.096 81.818 74.805 1.096 LGA E 189 E 189 1.006 0 0.038 0.144 1.050 73.636 76.364 0.999 LGA D 190 D 190 0.950 0 0.026 0.077 1.537 81.818 71.818 1.537 LGA E 191 E 191 0.637 0 0.000 0.082 0.760 90.909 85.859 0.710 LGA A 192 A 192 0.420 0 0.029 0.030 0.478 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.489 0 0.042 0.158 0.699 100.000 91.919 0.358 LGA V 194 V 194 0.340 0 0.023 0.049 0.499 100.000 100.000 0.462 LGA V 195 V 195 0.194 0 0.000 0.000 0.288 100.000 100.000 0.196 LGA Q 196 Q 196 0.270 0 0.026 0.218 1.316 100.000 90.303 1.073 LGA L 197 L 197 0.283 0 0.025 0.061 0.368 100.000 100.000 0.368 LGA I 198 I 198 0.124 0 0.062 0.092 0.306 100.000 100.000 0.217 LGA F 199 F 199 0.245 0 0.040 0.046 0.336 100.000 100.000 0.147 LGA N 200 N 200 0.328 0 0.020 0.559 1.201 100.000 91.364 1.201 LGA I 201 I 201 0.211 0 0.036 0.044 0.376 100.000 100.000 0.212 LGA F 202 F 202 0.129 0 0.064 0.204 0.511 100.000 98.347 0.181 LGA L 203 L 203 0.316 0 0.038 0.092 0.729 100.000 95.455 0.559 LGA N 204 N 204 0.238 0 0.043 0.065 1.074 100.000 91.136 0.884 LGA G 205 G 205 0.243 0 0.070 0.070 0.472 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.311 0 0.038 0.481 2.033 95.455 85.455 0.439 LGA N 207 N 207 0.817 0 0.053 0.241 1.046 81.818 79.773 0.965 LGA G 208 G 208 1.208 0 0.100 0.100 1.905 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.131 0 0.068 0.231 2.512 65.455 56.566 2.512 LGA D 210 D 210 1.139 0 0.050 0.811 2.303 69.545 62.273 2.303 LGA Y 211 Y 211 1.668 0 0.148 0.702 2.044 58.182 53.636 1.535 LGA S 212 S 212 2.276 0 0.642 0.744 5.902 36.364 26.061 5.902 LGA Y 213 Y 213 3.108 0 0.222 1.097 14.472 36.364 12.273 14.472 LGA A 215 A 215 1.050 0 0.203 0.220 2.064 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.434 0 0.000 0.166 0.563 100.000 97.727 0.563 LGA A 217 A 217 0.245 0 0.050 0.062 0.342 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.393 0 0.028 0.090 1.032 100.000 91.212 1.032 LGA H 219 H 219 0.289 0 0.014 0.155 0.708 100.000 92.727 0.708 LGA L 220 L 220 0.253 0 0.000 0.099 0.374 100.000 100.000 0.374 LGA T 221 T 221 0.124 0 0.025 0.031 0.333 100.000 100.000 0.054 LGA N 222 N 222 0.306 0 0.046 0.032 0.580 95.455 97.727 0.290 LGA L 223 L 223 0.518 0 0.045 0.104 0.848 95.455 88.636 0.788 LGA Q 224 Q 224 0.418 0 0.085 0.257 1.120 100.000 90.101 0.958 LGA I 225 I 225 0.373 0 0.059 0.062 0.433 100.000 100.000 0.324 LGA P 226 P 226 0.368 0 0.032 0.050 0.663 100.000 94.805 0.663 LGA T 227 T 227 0.430 0 0.049 0.158 0.746 95.455 94.805 0.746 LGA P 228 P 228 0.677 0 0.218 0.253 0.758 81.818 81.818 0.593 LGA S 229 S 229 0.866 0 0.154 0.144 1.055 77.727 79.091 0.535 LGA G 230 G 230 1.023 0 0.000 0.000 1.054 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.431 0 0.075 0.486 0.999 95.455 87.879 0.896 LGA K 232 K 232 0.230 0 0.103 0.273 1.318 95.455 92.121 1.318 LGA R 233 R 233 0.317 0 0.029 1.101 5.901 100.000 53.884 3.456 LGA W 234 W 234 0.309 0 0.036 0.145 0.506 100.000 98.701 0.506 LGA N 235 N 235 0.417 0 0.017 0.557 2.212 100.000 83.409 2.212 LGA Q 236 Q 236 0.520 0 0.000 1.050 3.862 90.909 69.697 3.862 LGA Y 237 Y 237 0.570 0 0.069 0.186 0.986 86.364 83.333 0.986 LGA T 238 T 238 0.417 0 0.000 0.044 0.496 100.000 100.000 0.431 LGA I 239 I 239 0.357 0 0.000 0.073 0.367 100.000 100.000 0.367 LGA K 240 K 240 0.573 0 0.021 0.200 2.425 86.364 68.889 2.425 LGA A 241 A 241 0.483 0 0.104 0.114 0.777 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.132 0 0.048 0.054 0.302 100.000 100.000 0.079 LGA L 243 L 243 0.124 0 0.015 0.051 0.194 100.000 100.000 0.167 LGA Q 244 Q 244 0.251 0 0.114 0.379 1.590 95.455 88.485 0.919 LGA N 245 N 245 0.259 0 0.038 0.151 0.549 100.000 97.727 0.549 LGA E 246 E 246 0.119 0 0.030 0.332 0.912 100.000 95.960 0.912 LGA V 247 V 247 0.038 0 0.020 0.101 0.195 100.000 100.000 0.162 LGA Y 248 Y 248 0.282 0 0.049 0.119 0.938 100.000 93.939 0.938 LGA I 249 I 249 0.255 0 0.039 0.064 0.436 100.000 100.000 0.396 LGA G 250 G 250 0.080 0 0.056 0.056 0.436 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.260 0 0.043 0.076 0.343 100.000 100.000 0.257 LGA V 252 V 252 0.285 0 0.100 0.122 0.814 95.455 97.403 0.409 LGA K 253 K 253 0.373 0 0.136 0.213 0.736 95.455 97.980 0.392 LGA Y 254 Y 254 0.619 0 0.062 0.207 2.224 95.455 70.909 2.224 LGA K 255 K 255 0.775 0 0.158 0.205 1.797 74.091 74.747 0.758 LGA V 256 V 256 0.672 0 0.081 0.096 0.770 81.818 81.818 0.580 LGA R 257 R 257 0.553 0 0.042 1.151 5.180 81.818 59.835 3.721 LGA E 258 E 258 0.555 0 0.069 0.329 1.334 81.818 78.182 1.334 LGA K 259 K 259 1.090 0 0.059 0.198 1.860 69.545 64.040 1.860 LGA T 260 T 260 1.513 0 0.000 0.099 1.660 54.545 52.987 1.512 LGA K 261 K 261 1.998 0 0.059 0.243 2.161 44.545 45.455 2.129 LGA D 262 D 262 2.122 0 0.030 0.897 3.444 44.545 35.000 3.444 LGA G 263 G 263 1.611 0 0.034 0.034 1.716 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.233 0 0.041 0.428 2.319 65.455 62.424 2.319 LGA R 265 R 265 0.986 0 0.081 0.896 4.901 77.727 51.405 4.901 LGA T 266 T 266 0.926 0 0.038 0.115 1.215 81.818 77.143 0.894 LGA I 267 I 267 0.616 0 0.075 0.135 1.188 81.818 79.773 1.188 LGA R 268 R 268 0.559 0 0.014 0.970 2.711 81.818 77.355 2.711 LGA P 269 P 269 0.736 0 0.010 0.030 0.842 81.818 81.818 0.812 LGA E 270 E 270 0.651 0 0.053 0.288 1.019 81.818 80.000 0.780 LGA K 271 K 271 0.762 0 0.114 0.701 3.829 81.818 61.616 3.401 LGA E 272 E 272 0.647 0 0.102 0.311 1.847 81.818 72.929 1.211 LGA Q 273 Q 273 0.651 0 0.067 0.203 0.981 81.818 81.818 0.859 LGA I 274 I 274 0.535 0 0.045 0.136 1.124 81.818 79.773 1.124 LGA V 275 V 275 0.290 0 0.000 0.000 0.381 100.000 100.000 0.369 LGA V 276 V 276 0.230 0 0.065 0.058 0.399 100.000 100.000 0.260 LGA Q 277 Q 277 0.168 0 0.054 0.730 3.699 100.000 76.364 3.699 LGA D 278 D 278 0.111 0 0.050 0.185 0.897 100.000 97.727 0.897 LGA A 279 A 279 0.158 0 0.014 0.018 0.260 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.217 0 0.017 0.116 0.399 100.000 100.000 0.249 LGA A 281 A 281 0.419 0 0.020 0.018 0.599 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.265 0 0.051 0.060 0.421 100.000 100.000 0.421 LGA I 283 I 283 0.420 0 0.021 0.033 0.566 95.455 95.455 0.453 LGA I 284 I 284 0.339 0 0.029 0.126 0.339 100.000 100.000 0.226 LGA D 285 D 285 0.700 0 0.097 0.995 3.662 81.818 65.227 1.540 LGA K 286 K 286 0.613 0 0.045 0.267 1.099 81.818 80.000 1.099 LGA E 287 E 287 0.653 0 0.037 0.411 1.973 81.818 76.566 0.802 LGA Q 288 Q 288 0.449 0 0.015 0.434 2.075 95.455 85.253 0.823 LGA F 289 F 289 0.386 0 0.026 0.114 0.605 100.000 95.041 0.572 LGA Q 290 Q 290 0.566 0 0.038 0.332 1.232 81.818 84.040 0.478 LGA Q 291 Q 291 0.534 0 0.037 0.140 0.589 86.364 83.838 0.589 LGA S 292 S 292 0.330 0 0.063 0.679 2.344 95.455 86.667 2.344 LGA Q 293 Q 293 0.565 0 0.000 0.180 0.817 86.364 83.838 0.817 LGA V 294 V 294 0.817 0 0.034 0.068 1.003 81.818 79.481 0.990 LGA K 295 K 295 0.414 0 0.087 0.208 0.965 90.909 95.960 0.249 LGA I 296 I 296 0.711 0 0.035 0.062 1.198 77.727 82.045 0.379 LGA A 297 A 297 1.341 0 0.119 0.134 1.972 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.622 0 0.000 0.153 2.822 77.727 63.636 2.067 LGA K 299 K 299 2.724 0 0.318 0.575 13.159 55.909 25.051 13.159 LGA V 300 V 300 1.712 0 0.101 0.091 3.888 58.182 38.961 3.888 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.892 0.828 1.765 86.391 80.766 68.785 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 95.556 97.878 13.612 LGA_LOCAL RMSD: 0.892 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.892 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.892 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.190557 * X + -0.648638 * Y + -0.736856 * Z + 153.116287 Y_new = 0.793206 * X + 0.543970 * Y + -0.273716 * Z + 151.410461 Z_new = 0.578370 * X + -0.532320 * Y + 0.618161 * Z + 139.492218 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.335028 -0.616729 -0.710923 [DEG: 76.4915 -35.3360 -40.7329 ] ZXZ: -1.215129 0.904395 2.314758 [DEG: -69.6218 51.8180 132.6259 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS145_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS145_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.878 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS145_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT 4bqq_A 4kis_C 4kis_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 153.745 185.249 153.219 1.00 88.25 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.180 185.928 154.390 1.00 88.25 C ATOM 2722 C GLY 165 151.653 185.818 154.517 1.00 88.25 C ATOM 2723 O GLY 165 151.056 186.521 155.326 1.00 88.25 O ATOM 2724 N LYS 166 150.990 184.954 153.733 1.00 88.75 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.546 184.697 153.865 1.00 88.75 C ATOM 2728 C LYS 166 149.283 183.849 155.126 1.00 88.75 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.982 184.058 152.576 1.00 88.75 C ATOM 2732 O LYS 166 150.045 182.935 155.442 1.00 88.75 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.114 184.919 151.302 1.00 88.75 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.590 184.202 150.036 1.00 88.75 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.756 185.101 148.798 1.00 88.75 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.230 184.507 147.535 1.00 88.75 N ATOM 2746 N TRP 167 148.183 184.104 155.834 1.00 91.19 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.781 183.383 157.047 1.00 91.19 C ATOM 2750 C TRP 167 146.912 182.160 156.712 1.00 91.19 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.073 184.341 158.004 1.00 91.19 C ATOM 2754 O TRP 167 145.783 182.273 156.243 1.00 91.19 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.735 183.741 159.336 1.00 91.19 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.544 183.215 159.705 1.00 91.19 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.604 183.623 160.503 1.00 91.19 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.865 183.011 161.557 1.00 91.19 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.937 183.993 160.779 1.00 91.19 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.615 182.789 161.021 1.00 91.19 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 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ATOM 2837 CA PRO 173 145.137 186.182 166.262 1.00 92.62 C ATOM 2839 C PRO 173 144.249 187.345 166.718 1.00 92.62 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.609 186.608 166.225 1.00 92.62 C ATOM 2843 O PRO 173 143.833 188.156 165.899 1.00 92.62 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.121 186.132 164.866 1.00 92.62 C ATOM 2847 CD PRO 173 145.881 186.057 163.990 1.00 92.62 C ATOM 2850 N TYR 174 144.018 187.462 168.025 1.00 94.50 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.334 188.625 168.603 1.00 94.50 C ATOM 2854 C TYR 174 144.051 189.925 168.230 1.00 94.50 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.336 188.467 170.121 1.00 94.50 C ATOM 2858 O TYR 174 145.281 189.943 168.259 1.00 94.50 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.502 189.502 170.841 1.00 94.50 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.119 190.444 171.684 1.00 94.50 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.105 189.522 170.662 1.00 94.50 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.335 191.399 172.355 1.00 94.50 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.318 190.462 171.350 1.00 94.50 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.182 192.316 172.864 1.00 94.50 O ATOM 2870 CZ TYR 174 140.933 191.405 172.199 1.00 94.50 C ATOM 2871 N GLY 175 143.321 190.984 167.886 1.00 95.06 N ATOM 2873 CA GLY 175 143.886 192.205 167.302 1.00 95.06 C ATOM 2876 C GLY 175 143.877 192.218 165.771 1.00 95.06 C ATOM 2877 O GLY 175 144.082 193.272 165.179 1.00 95.06 O ATOM 2878 N TYR 176 143.622 191.078 165.118 1.00 95.69 N ATOM 2880 CA TYR 176 143.677 190.932 163.666 1.00 95.69 C ATOM 2882 C TYR 176 142.446 190.217 163.097 1.00 95.69 C ATOM 2883 CB TYR 176 144.939 190.156 163.264 1.00 95.69 C ATOM 2886 O TYR 176 141.923 189.261 163.668 1.00 95.69 O ATOM 2887 CG TYR 176 146.253 190.887 163.455 1.00 95.69 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 146.625 191.880 162.532 1.00 95.69 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 147.123 190.551 164.511 1.00 95.69 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 147.857 192.544 162.659 1.00 95.69 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 148.374 191.192 164.621 1.00 95.69 C ATOM 2896 OH TYR 176 149.949 192.810 163.801 1.00 95.69 O ATOM 2898 CZ TYR 176 148.741 192.195 163.699 1.00 95.69 C ATOM 2899 N GLN 177 142.063 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