####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS112_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS112_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 69 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 42 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 5 70 124 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 95 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 69 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 5 78 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 22 40 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 102 119 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 46 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 58 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 58 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 65 112 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 65 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 73 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 75 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 75 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 63 112 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 20 111 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 7 111 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 14 111 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 75 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 27 80 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 76 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 16 111 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 75 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 69 111 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 77 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 10 108 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 110 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 83.70 94.07 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.67 0.72 0.81 0.84 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.93 0.90 0.90 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.688 0 0.028 0.028 0.725 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.494 0 0.000 0.149 1.526 95.455 84.444 1.526 LGA W 167 W 167 0.195 0 0.158 0.198 0.680 95.455 98.701 0.247 LGA I 168 I 168 0.968 0 0.070 0.346 2.265 70.000 66.364 0.959 LGA S 169 S 169 2.368 0 0.470 0.804 5.223 55.000 37.576 5.223 LGA G 170 G 170 1.517 0 0.205 0.205 1.517 70.000 70.000 - LGA L 171 L 171 0.423 0 0.106 1.386 5.615 86.364 57.955 3.202 LGA A 172 A 172 0.479 0 0.039 0.049 0.643 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.330 0 0.021 0.091 0.511 100.000 94.805 0.509 LGA Y 174 Y 174 0.213 0 0.055 0.250 1.222 100.000 91.061 1.222 LGA G 175 G 175 0.422 0 0.073 0.073 0.422 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.563 0 0.026 0.187 0.860 86.364 87.879 0.554 LGA Q 177 Q 177 0.894 0 0.045 0.502 1.709 81.818 76.566 1.223 LGA L 178 L 178 0.727 0 0.075 0.244 1.714 73.636 73.864 1.714 LGA N 179 N 179 1.299 0 0.173 0.662 4.817 65.909 39.318 4.817 LGA K 180 K 180 3.466 0 0.306 0.973 12.958 29.545 13.131 12.958 LGA K 181 K 181 2.039 0 0.434 0.944 10.687 62.727 28.485 10.687 LGA T 182 T 182 0.873 0 0.023 1.124 3.391 82.273 70.649 3.391 LGA S 183 S 183 0.875 0 0.175 0.155 1.114 86.364 79.394 1.114 LGA K 184 K 184 0.722 0 0.060 0.810 2.445 81.818 73.333 2.445 LGA L 185 L 185 0.415 0 0.051 0.072 0.694 90.909 95.455 0.334 LGA D 186 D 186 0.343 0 0.067 0.129 0.759 95.455 97.727 0.235 LGA P 187 P 187 0.549 0 0.000 0.125 1.479 78.182 82.338 0.595 LGA V 188 V 188 1.016 0 0.057 0.042 1.243 73.636 70.130 1.243 LGA E 189 E 189 0.932 0 0.071 0.357 1.387 81.818 80.000 1.387 LGA D 190 D 190 0.872 0 0.019 0.033 1.203 81.818 75.682 1.203 LGA E 191 E 191 0.720 0 0.000 0.037 1.171 86.364 80.202 1.171 LGA A 192 A 192 0.358 0 0.031 0.037 0.456 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.365 0 0.068 0.138 1.241 100.000 88.081 1.241 LGA V 194 V 194 0.401 0 0.000 0.043 0.470 100.000 100.000 0.437 LGA V 195 V 195 0.252 0 0.000 0.054 0.428 100.000 100.000 0.278 LGA Q 196 Q 196 0.245 0 0.036 0.266 1.267 100.000 90.303 1.267 LGA L 197 L 197 0.289 0 0.031 0.073 0.412 100.000 100.000 0.402 LGA I 198 I 198 0.293 0 0.029 0.096 0.471 100.000 100.000 0.327 LGA F 199 F 199 0.298 0 0.014 0.047 0.413 100.000 100.000 0.413 LGA N 200 N 200 0.357 0 0.031 0.648 1.517 100.000 89.545 1.517 LGA I 201 I 201 0.243 0 0.015 0.057 0.346 100.000 100.000 0.212 LGA F 202 F 202 0.311 0 0.021 0.079 0.385 100.000 100.000 0.314 LGA L 203 L 203 0.347 0 0.071 0.132 0.868 100.000 93.182 0.647 LGA N 204 N 204 0.200 0 0.038 0.115 0.881 95.455 90.909 0.640 LGA G 205 G 205 0.507 0 0.036 0.036 0.548 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.451 0 0.025 0.634 2.422 90.909 83.182 0.589 LGA N 207 N 207 0.892 0 0.068 0.193 1.002 81.818 79.773 0.770 LGA G 208 G 208 1.259 0 0.103 0.103 1.884 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.273 0 0.084 0.234 2.682 65.455 54.949 2.682 LGA D 210 D 210 1.230 0 0.079 0.453 1.236 69.545 73.636 0.935 LGA Y 211 Y 211 1.837 0 0.075 0.626 2.099 50.909 50.000 1.655 LGA S 212 S 212 2.337 0 0.634 0.801 5.854 36.364 26.061 5.854 LGA Y 213 Y 213 2.962 0 0.135 1.068 14.438 41.818 14.091 14.438 LGA A 215 A 215 1.134 0 0.158 0.168 2.098 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.383 0 0.000 0.141 0.507 100.000 97.727 0.336 LGA A 217 A 217 0.423 0 0.034 0.056 0.474 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.532 0 0.000 0.089 1.196 90.909 85.152 1.196 LGA H 219 H 219 0.423 0 0.043 0.111 0.844 100.000 94.545 0.844 LGA L 220 L 220 0.377 0 0.000 0.145 0.552 100.000 97.727 0.552 LGA T 221 T 221 0.258 0 0.000 0.034 0.329 100.000 100.000 0.204 LGA N 222 N 222 0.175 0 0.034 0.095 0.421 100.000 100.000 0.382 LGA L 223 L 223 0.562 0 0.036 0.066 0.891 86.364 84.091 0.862 LGA Q 224 Q 224 0.408 0 0.057 0.157 1.113 95.455 88.081 0.824 LGA I 225 I 225 0.458 0 0.065 0.093 0.639 100.000 97.727 0.485 LGA P 226 P 226 0.436 0 0.049 0.107 0.932 90.909 87.013 0.932 LGA T 227 T 227 0.484 0 0.030 0.067 0.687 90.909 92.208 0.687 LGA P 228 P 228 0.672 0 0.049 0.090 0.745 81.818 84.416 0.569 LGA S 229 S 229 0.757 0 0.085 0.104 0.856 81.818 81.818 0.589 LGA G 230 G 230 0.839 0 0.040 0.040 0.910 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.399 0 0.018 0.504 1.121 95.455 88.081 0.851 LGA K 232 K 232 0.136 0 0.083 0.215 1.037 100.000 94.141 1.037 LGA R 233 R 233 0.284 0 0.052 1.123 6.040 100.000 53.884 3.552 LGA W 234 W 234 0.283 0 0.058 0.147 0.597 100.000 97.403 0.597 LGA N 235 N 235 0.616 0 0.078 0.634 2.767 81.818 70.909 2.767 LGA Q 236 Q 236 0.599 0 0.000 0.937 3.471 86.364 67.071 3.471 LGA Y 237 Y 237 0.509 0 0.049 0.139 0.817 90.909 84.848 0.817 LGA T 238 T 238 0.452 0 0.044 0.088 0.485 100.000 100.000 0.485 LGA I 239 I 239 0.378 0 0.042 0.136 0.407 100.000 100.000 0.346 LGA K 240 K 240 0.600 0 0.027 0.188 3.329 95.455 69.495 3.329 LGA A 241 A 241 0.332 0 0.069 0.076 0.437 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.073 0 0.032 0.097 0.203 100.000 100.000 0.196 LGA L 243 L 243 0.186 0 0.051 0.081 0.398 100.000 100.000 0.351 LGA Q 244 Q 244 0.170 0 0.034 0.164 0.596 100.000 95.960 0.544 LGA N 245 N 245 0.395 0 0.040 0.077 0.570 100.000 97.727 0.419 LGA E 246 E 246 0.385 0 0.064 0.696 1.901 100.000 86.667 1.314 LGA V 247 V 247 0.269 0 0.028 0.060 0.298 100.000 100.000 0.265 LGA Y 248 Y 248 0.348 0 0.068 0.197 1.398 95.455 86.818 1.398 LGA I 249 I 249 0.356 0 0.022 0.055 0.713 100.000 93.182 0.713 LGA G 250 G 250 0.310 0 0.021 0.021 0.409 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.455 0 0.088 0.104 0.602 95.455 89.610 0.541 LGA V 252 V 252 0.478 0 0.021 0.103 0.672 86.364 89.610 0.508 LGA K 253 K 253 0.415 0 0.061 0.093 1.152 95.455 88.081 1.152 LGA Y 254 Y 254 0.649 0 0.075 0.181 2.677 86.364 62.273 2.677 LGA K 255 K 255 0.741 0 0.108 0.500 3.430 81.818 59.394 3.018 LGA V 256 V 256 0.945 0 0.051 0.106 1.082 81.818 79.481 0.949 LGA R 257 R 257 0.590 0 0.042 1.061 4.821 81.818 59.008 3.490 LGA E 258 E 258 0.679 0 0.023 0.558 2.799 81.818 70.505 2.799 LGA K 259 K 259 0.911 0 0.043 0.210 1.396 81.818 74.545 1.396 LGA T 260 T 260 1.228 0 0.011 0.136 1.677 65.455 63.377 1.397 LGA K 261 K 261 1.419 0 0.042 0.338 1.660 58.182 62.222 1.282 LGA D 262 D 262 1.635 0 0.052 0.994 3.491 58.182 43.409 3.491 LGA G 263 G 263 1.241 0 0.049 0.049 1.349 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.279 0 0.050 0.461 2.082 65.455 67.879 2.082 LGA R 265 R 265 1.134 0 0.051 0.942 4.729 65.455 46.116 4.729 LGA T 266 T 266 1.224 0 0.039 0.036 1.270 65.455 65.455 1.195 LGA I 267 I 267 1.087 0 0.000 0.087 1.682 65.455 63.636 1.682 LGA R 268 R 268 0.836 0 0.025 1.034 2.763 81.818 67.438 2.763 LGA P 269 P 269 0.977 0 0.029 0.071 1.364 77.727 72.468 1.364 LGA E 270 E 270 0.596 0 0.000 0.292 1.490 86.364 78.384 1.490 LGA K 271 K 271 0.648 0 0.069 0.779 3.882 81.818 59.192 3.882 LGA E 272 E 272 0.826 0 0.113 0.174 2.582 81.818 62.222 2.582 LGA Q 273 Q 273 0.702 0 0.046 0.078 1.020 81.818 80.000 0.765 LGA I 274 I 274 0.440 0 0.049 0.107 0.915 90.909 93.182 0.915 LGA V 275 V 275 0.250 0 0.042 0.088 0.518 100.000 97.403 0.451 LGA V 276 V 276 0.269 0 0.057 0.067 0.490 100.000 100.000 0.286 LGA Q 277 Q 277 0.296 0 0.053 0.622 3.157 100.000 77.172 3.157 LGA D 278 D 278 0.232 0 0.113 0.201 0.735 95.455 93.182 0.735 LGA A 279 A 279 0.310 0 0.026 0.042 0.428 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.247 0 0.045 0.175 0.471 100.000 100.000 0.098 LGA A 281 A 281 0.350 0 0.030 0.030 0.572 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.222 0 0.054 0.076 0.571 100.000 97.403 0.571 LGA I 283 I 283 0.343 0 0.046 0.084 0.652 95.455 93.182 0.604 LGA I 284 I 284 0.286 0 0.000 0.061 0.375 100.000 100.000 0.269 LGA D 285 D 285 0.570 0 0.052 1.015 4.199 86.364 65.227 1.682 LGA K 286 K 286 0.597 0 0.000 0.248 1.520 81.818 74.747 1.520 LGA E 287 E 287 0.693 0 0.028 0.292 1.725 81.818 76.566 0.943 LGA Q 288 Q 288 0.473 0 0.019 0.378 2.153 95.455 81.414 2.153 LGA F 289 F 289 0.406 0 0.027 0.144 0.760 95.455 90.083 0.685 LGA Q 290 Q 290 0.720 0 0.068 1.214 3.211 81.818 62.424 3.211 LGA Q 291 Q 291 0.617 0 0.036 0.075 0.782 81.818 81.818 0.642 LGA S 292 S 292 0.401 0 0.055 0.692 2.573 95.455 84.848 2.573 LGA Q 293 Q 293 0.612 0 0.000 0.254 1.227 81.818 78.182 1.151 LGA V 294 V 294 0.822 0 0.047 0.084 1.020 81.818 79.481 1.020 LGA K 295 K 295 0.375 0 0.055 0.210 0.868 90.909 91.919 0.868 LGA I 296 I 296 0.704 0 0.028 0.095 1.020 82.273 82.273 0.675 LGA A 297 A 297 1.205 0 0.065 0.067 1.559 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.529 0 0.082 0.219 1.716 70.000 66.136 1.716 LGA K 299 K 299 2.645 0 0.417 0.545 12.487 60.000 26.869 12.487 LGA V 300 V 300 2.020 0 0.086 0.099 4.613 44.545 28.831 4.613 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.893 0.833 1.778 86.104 79.774 63.927 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 95.000 97.869 13.589 LGA_LOCAL RMSD: 0.893 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.893 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.893 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.775013 * X + -0.358904 * Y + -0.520137 * Z + 154.064346 Y_new = 0.429652 * X + 0.902831 * Y + 0.017218 * Z + 151.857040 Z_new = 0.463416 * X + -0.236822 * Y + 0.853909 * Z + 139.186371 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.506200 -0.481846 -0.270539 [DEG: 29.0031 -27.6078 -15.5008 ] ZXZ: -1.603887 0.547345 2.043233 [DEG: -91.8960 31.3606 117.0686 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS112_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS112_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.869 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS112_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT casp16.T1228v2.chA.T1228v2_unrelaxed_rank_002_alphafold2_multimer_v3_model_5_seed_000 ATOM 1345 N GLY 165 153.674 185.113 153.209 1.00 37.75 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.198 185.879 154.341 1.00 35.20 C ATOM 1347 C GLY 165 151.702 185.771 154.548 1.00 31.87 C ATOM 1348 O GLY 165 151.119 186.565 155.293 1.00 30.84 O ATOM 1349 N LYS 166 151.034 184.827 153.877 1.00 30.72 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.598 184.606 154.022 1.00 30.15 C ATOM 1351 C LYS 166 149.287 183.788 155.267 1.00 29.04 C ATOM 1352 CB LYS 166 149.029 183.916 152.782 1.00 34.20 C ATOM 1353 O LYS 166 150.112 182.986 155.712 1.00 28.32 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.163 184.725 151.504 1.00 38.32 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.493 184.044 150.322 1.00 42.20 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.634 184.856 149.046 1.00 49.38 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.928 184.205 147.898 1.00 56.02 N ATOM 1358 N TRP 167 148.202 184.126 155.824 1.00 30.23 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.728 183.353 156.961 1.00 31.96 C ATOM 1360 C TRP 167 146.902 182.159 156.500 1.00 37.50 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.886 184.232 157.894 1.00 31.83 C ATOM 1362 O TRP 167 145.757 182.302 156.075 1.00 43.98 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.560 183.582 159.209 1.00 34.10 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.427 182.906 159.539 1.00 37.87 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.390 183.559 160.373 1.00 36.84 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.685 182.848 161.367 1.00 41.36 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.664 184.073 160.663 1.00 37.69 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.489 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ATOM 1403 N PRO 173 144.689 185.634 164.853 1.00 42.28 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.029 185.995 166.243 1.00 47.84 C ATOM 1405 C PRO 173 144.237 187.213 166.742 1.00 44.84 C ATOM 1406 CB PRO 173 146.515 186.321 166.153 1.00 46.38 C ATOM 1407 O PRO 173 143.775 188.011 165.931 1.00 41.06 O ATOM 1408 CG PRO 173 146.955 185.799 164.821 1.00 45.11 C ATOM 1409 CD PRO 173 145.731 185.638 163.950 1.00 39.92 C ATOM 1410 N TYR 174 144.072 187.265 168.049 1.00 49.38 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.351 188.370 168.667 1.00 44.84 C ATOM 1412 C TYR 174 143.946 189.709 168.252 1.00 37.14 C ATOM 1413 CB TYR 174 143.351 188.237 170.207 1.00 44.32 C ATOM 1414 O TYR 174 145.177 189.887 168.321 1.00 34.77 O ATOM 1415 CG TYR 174 142.524 189.282 170.890 1.00 38.06 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.127 190.339 171.565 1.00 33.16 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.128 189.227 170.883 1.00 40.13 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.362 191.312 172.214 1.00 31.74 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.356 190.179 171.527 1.00 38.77 C ATOM 1420 OH TYR 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172.708 1.00 56.86 O ATOM 1852 OG SER 229 137.451 182.557 174.449 1.00 51.03 O ATOM 1853 N GLY 230 135.324 185.403 173.280 1.00 46.57 N ATOM 1854 CA GLY 230 134.054 186.027 173.627 1.00 50.58 C ATOM 1855 C GLY 230 133.651 185.796 175.071 1.00 47.74 C ATOM 1856 O GLY 230 132.508 186.068 175.466 1.00 55.21 O ATOM 1857 N LYS 231 134.501 185.274 175.818 1.00 43.90 N ATOM 1858 CA LYS 231 134.207 185.021 177.218 1.00 48.14 C ATOM 1859 C LYS 231 134.456 186.264 178.077 1.00 44.07 C ATOM 1860 CB LYS 231 135.055 183.857 177.758 1.00 48.24 C ATOM 1861 O LYS 231 135.078 187.225 177.630 1.00 40.34 O ATOM 1862 CG LYS 231 134.770 182.539 177.061 1.00 51.61 C ATOM 1863 CD LYS 231 135.531 181.391 177.731 1.00 53.92 C ATOM 1864 CE LYS 231 135.274 180.062 177.015 1.00 55.08 C ATOM 1865 NZ LYS 231 136.056 178.958 177.624 1.00 58.31 N ATOM 1866 N LYS 232 133.925 186.171 179.255 1.00 47.94 N ATOM 1867 CA LYS 232 133.964 187.335 180.134 1.00 45.37 C ATOM 1868 C LYS 232 135.244 187.383 180.949 1.00 44.49 C ATOM 1869 CB LYS 232 132.756 187.328 181.082 1.00 51.84 C ATOM 1870 O LYS 232 135.729 188.462 181.296 1.00 43.90 O ATOM 1871 CG LYS 232 131.422 187.660 180.409 1.00 52.80 C ATOM 1872 CD LYS 232 130.281 187.707 181.396 1.00 54.17 C ATOM 1873 CE LYS 232 128.946 188.021 180.723 1.00 54.82 C ATOM 1874 NZ LYS 232 127.840 188.061 181.695 1.00 58.60 N ATOM 1875 N ARG 233 135.818 186.244 181.213 1.00 47.05 N ATOM 1876 CA ARG 233 136.972 186.190 182.099 1.00 45.37 C ATOM 1877 C ARG 233 138.250 185.895 181.346 1.00 43.65 C ATOM 1878 CB ARG 233 136.754 185.145 183.195 1.00 51.96 C ATOM 1879 O ARG 233 138.327 184.877 180.645 1.00 50.47 O ATOM 1880 CG ARG 233 136.043 185.672 184.435 1.00 51.49 C ATOM 1881 CD ARG 233 135.960 184.630 185.539 1.00 54.04 C ATOM 1882 NE ARG 233 135.340 185.162 186.725 1.00 53.66 N ATOM 1883 NH1 ARG 233 135.564 183.205 187.961 1.00 57.14 N ATOM 1884 NH2 ARG 233 134.554 185.053 188.883 1.00 56.16 N ATOM 1885 CZ ARG 233 135.157 184.473 187.872 1.00 52.92 C ATOM 1886 N TRP 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C ALA 241 150.650 185.188 173.910 1.00 44.41 C ATOM 1956 CB ALA 241 149.428 183.061 174.452 1.00 54.30 C ATOM 1957 O ALA 241 151.381 185.220 172.927 1.00 47.54 O ATOM 1958 N ILE 242 149.844 186.104 174.205 1.00 40.56 N ATOM 1959 CA ILE 242 149.779 187.332 173.445 1.00 37.81 C ATOM 1960 C ILE 242 151.126 188.060 173.519 1.00 32.36 C ATOM 1961 CB ILE 242 148.645 188.258 173.944 1.00 35.86 C ATOM 1962 O ILE 242 151.633 188.532 172.501 1.00 31.35 O ATOM 1963 CG1 ILE 242 147.293 187.683 173.534 1.00 42.83 C ATOM 1964 CG2 ILE 242 148.843 189.677 173.376 1.00 31.01 C ATOM 1965 CD1 ILE 242 146.108 188.429 174.151 1.00 38.00 C ATOM 1966 N LEU 243 151.739 188.085 174.661 1.00 30.03 N ATOM 1967 CA LEU 243 152.969 188.809 174.901 1.00 27.21 C ATOM 1968 C LEU 243 154.137 188.133 174.181 1.00 30.47 C ATOM 1969 CB LEU 243 153.271 188.885 176.382 1.00 25.40 C ATOM 1970 O LEU 243 155.156 188.770 173.874 1.00 30.07 O ATOM 1971 CG LEU 243 152.396 189.848 177.221 1.00 22.66 C ATOM 1972 CD1 LEU 243 152.582 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O ATOM 2197 CG GLU 270 165.328 177.290 164.675 1.00 52.32 C ATOM 2198 CD GLU 270 166.377 178.182 165.332 1.00 53.92 C ATOM 2199 OE1 GLU 270 166.165 178.640 166.475 1.00 59.21 O ATOM 2200 OE2 GLU 270 167.408 178.411 164.674 1.00 57.00 O ATOM 2201 N LYS 271 165.563 175.147 160.570 1.00 45.74 N ATOM 2202 CA LYS 271 165.799 175.183 159.130 1.00 48.44 C ATOM 2203 C LYS 271 164.555 174.737 158.355 1.00 47.54 C ATOM 2204 CB LYS 271 166.983 174.292 158.753 1.00 52.20 C ATOM 2205 O LYS 271 164.422 175.028 157.160 1.00 55.75 O ATOM 2206 CG LYS 271 168.302 174.764 159.346 1.00 54.04 C ATOM 2207 CD LYS 271 169.460 173.866 158.917 1.00 54.56 C ATOM 2208 CE LYS 271 170.777 174.303 159.545 1.00 53.79 C ATOM 2209 NZ LYS 271 171.904 173.392 159.180 1.00 57.43 N ATOM 2210 N GLU 272 163.655 174.162 158.979 1.00 42.91 N ATOM 2211 CA GLU 272 162.467 173.629 158.321 1.00 48.86 C ATOM 2212 C GLU 272 161.248 174.487 158.622 1.00 46.76 C ATOM 2213 CB GLU 272 162.221 172.184 158.758 1.00 48.44 C ATOM 2214 O GLU 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