####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS112_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS112_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 75 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 72 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 10 29 104 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 48 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 72 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 90 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 16 24 37 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 101 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 33 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 39 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 39 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 65 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 72 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 76 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 76 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 76 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 23 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 18 111 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 110 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 110 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 67 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 26 70 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 10 70 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 27 110 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 74 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 74 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 105 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 4 123 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 117 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 86.67 94.81 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.48 0.63 0.71 0.76 0.80 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.89 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.711 0 0.047 0.047 0.723 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.492 0 0.000 0.122 1.483 95.455 86.061 1.483 LGA W 167 W 167 0.191 0 0.167 0.200 0.588 95.455 98.701 0.231 LGA I 168 I 168 0.921 0 0.021 0.597 2.359 73.636 68.182 0.858 LGA S 169 S 169 2.072 0 0.458 0.738 5.077 62.727 43.636 5.077 LGA G 170 G 170 1.686 0 0.192 0.192 1.686 65.909 65.909 - LGA L 171 L 171 0.429 0 0.108 1.377 5.637 86.364 57.955 3.306 LGA A 172 A 172 0.446 0 0.032 0.048 0.665 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.308 0 0.033 0.081 0.496 100.000 100.000 0.496 LGA Y 174 Y 174 0.259 0 0.061 0.228 1.197 100.000 89.545 1.197 LGA G 175 G 175 0.359 0 0.068 0.068 0.402 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.553 0 0.031 0.166 0.775 86.364 86.364 0.575 LGA Q 177 Q 177 0.871 0 0.064 0.463 1.828 81.818 78.384 0.986 LGA L 178 L 178 0.643 0 0.068 0.228 1.632 73.636 73.864 1.632 LGA N 179 N 179 1.317 0 0.169 0.691 4.842 65.909 39.318 4.842 LGA K 180 K 180 3.502 0 0.298 0.969 12.997 27.727 12.323 12.997 LGA K 181 K 181 1.983 0 0.441 0.943 10.590 65.909 29.899 10.590 LGA T 182 T 182 0.875 0 0.000 1.130 3.408 82.273 70.649 3.408 LGA S 183 S 183 0.898 0 0.171 0.151 1.205 86.364 79.394 1.205 LGA K 184 K 184 0.762 0 0.068 0.799 2.303 81.818 75.354 2.303 LGA L 185 L 185 0.403 0 0.049 0.066 0.656 90.909 95.455 0.366 LGA D 186 D 186 0.298 0 0.062 0.122 0.739 95.455 97.727 0.167 LGA P 187 P 187 0.589 0 0.024 0.104 1.485 78.182 79.740 0.661 LGA V 188 V 188 0.965 0 0.047 0.035 1.183 81.818 77.143 1.183 LGA E 189 E 189 0.911 0 0.057 0.353 1.534 81.818 78.384 1.534 LGA D 190 D 190 0.766 0 0.000 0.031 1.031 81.818 79.773 1.031 LGA E 191 E 191 0.610 0 0.000 0.056 1.134 90.909 84.040 1.134 LGA A 192 A 192 0.324 0 0.035 0.039 0.443 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.286 0 0.068 0.150 1.294 100.000 90.101 1.294 LGA V 194 V 194 0.340 0 0.000 0.053 0.473 100.000 100.000 0.473 LGA V 195 V 195 0.235 0 0.000 0.045 0.422 100.000 100.000 0.285 LGA Q 196 Q 196 0.252 0 0.041 0.264 1.292 100.000 90.303 1.220 LGA L 197 L 197 0.236 0 0.017 0.068 0.375 100.000 100.000 0.375 LGA I 198 I 198 0.245 0 0.020 0.094 0.432 100.000 100.000 0.302 LGA F 199 F 199 0.296 0 0.000 0.057 0.407 100.000 100.000 0.342 LGA N 200 N 200 0.389 0 0.033 0.691 1.819 100.000 87.273 1.819 LGA I 201 I 201 0.221 0 0.024 0.070 0.317 100.000 100.000 0.281 LGA F 202 F 202 0.319 0 0.017 0.084 0.463 100.000 100.000 0.463 LGA L 203 L 203 0.424 0 0.063 0.145 1.018 100.000 88.864 0.762 LGA N 204 N 204 0.289 0 0.039 0.086 1.116 100.000 88.864 0.943 LGA G 205 G 205 0.470 0 0.039 0.039 0.471 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.458 0 0.034 1.046 3.254 90.909 76.591 1.177 LGA N 207 N 207 1.046 0 0.046 0.132 1.233 69.545 67.500 1.049 LGA G 208 G 208 1.340 0 0.087 0.087 1.915 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.352 0 0.084 0.239 2.785 65.455 54.949 2.785 LGA D 210 D 210 1.354 0 0.066 0.679 1.563 65.455 63.864 1.563 LGA Y 211 Y 211 1.865 0 0.078 0.592 2.107 50.909 48.788 1.743 LGA S 212 S 212 2.247 0 0.625 0.795 5.687 36.364 26.061 5.687 LGA Y 213 Y 213 3.105 0 0.135 1.080 14.607 36.364 12.273 14.607 LGA A 215 A 215 1.190 0 0.163 0.172 2.233 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.387 0 0.000 0.141 0.528 100.000 97.727 0.404 LGA A 217 A 217 0.332 0 0.036 0.059 0.373 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.532 0 0.000 0.080 1.204 90.909 85.152 1.204 LGA H 219 H 219 0.306 0 0.029 0.095 0.755 100.000 94.545 0.755 LGA L 220 L 220 0.301 0 0.000 0.133 0.514 100.000 97.727 0.514 LGA T 221 T 221 0.135 0 0.000 0.030 0.235 100.000 100.000 0.137 LGA N 222 N 222 0.279 0 0.044 0.115 0.542 95.455 97.727 0.306 LGA L 223 L 223 0.498 0 0.026 0.059 0.905 95.455 88.636 0.784 LGA Q 224 Q 224 0.305 0 0.055 0.165 0.879 100.000 91.919 0.680 LGA I 225 I 225 0.323 0 0.056 0.094 0.527 100.000 97.727 0.455 LGA P 226 P 226 0.286 0 0.051 0.080 0.649 100.000 97.403 0.649 LGA T 227 T 227 0.299 0 0.031 0.077 0.467 100.000 100.000 0.467 LGA P 228 P 228 0.627 0 0.053 0.080 0.695 86.364 89.610 0.499 LGA S 229 S 229 0.665 0 0.094 0.126 0.766 81.818 81.818 0.555 LGA G 230 G 230 0.668 0 0.023 0.023 0.773 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.274 0 0.013 0.507 1.082 100.000 92.121 1.082 LGA K 232 K 232 0.227 0 0.057 0.195 0.693 100.000 97.980 0.693 LGA R 233 R 233 0.369 0 0.059 1.228 5.940 100.000 62.149 4.415 LGA W 234 W 234 0.403 0 0.052 0.166 0.766 100.000 94.805 0.766 LGA N 235 N 235 0.602 0 0.073 0.612 2.620 86.364 71.136 2.620 LGA Q 236 Q 236 0.634 0 0.000 0.957 3.416 81.818 66.465 3.416 LGA Y 237 Y 237 0.510 0 0.064 0.166 0.904 86.364 84.848 0.904 LGA T 238 T 238 0.464 0 0.048 0.075 0.551 100.000 97.403 0.551 LGA I 239 I 239 0.399 0 0.051 0.148 0.419 100.000 100.000 0.405 LGA K 240 K 240 0.596 0 0.028 0.200 3.420 95.455 68.081 3.420 LGA A 241 A 241 0.421 0 0.067 0.075 0.565 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.062 0 0.029 0.088 0.188 100.000 100.000 0.148 LGA L 243 L 243 0.134 0 0.059 0.092 0.404 100.000 100.000 0.252 LGA Q 244 Q 244 0.171 0 0.027 0.159 0.700 100.000 95.960 0.545 LGA N 245 N 245 0.291 0 0.047 0.092 0.455 100.000 100.000 0.364 LGA E 246 E 246 0.289 0 0.047 0.666 1.944 100.000 88.687 1.312 LGA V 247 V 247 0.250 0 0.021 0.820 1.911 100.000 85.974 1.750 LGA Y 248 Y 248 0.263 0 0.063 0.198 1.367 100.000 91.061 1.367 LGA I 249 I 249 0.280 0 0.028 0.064 0.640 100.000 95.455 0.636 LGA G 250 G 250 0.257 0 0.000 0.000 0.363 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.377 0 0.093 0.121 0.571 95.455 97.403 0.457 LGA V 252 V 252 0.353 0 0.022 0.118 0.648 95.455 94.805 0.585 LGA K 253 K 253 0.280 0 0.044 0.074 0.909 100.000 93.939 0.909 LGA Y 254 Y 254 0.721 0 0.052 0.191 2.581 86.364 62.273 2.581 LGA K 255 K 255 0.837 0 0.090 0.198 0.898 81.818 81.818 0.502 LGA V 256 V 256 1.051 0 0.051 0.069 1.180 73.636 72.468 0.956 LGA R 257 R 257 0.775 0 0.042 1.051 5.173 77.727 54.215 3.403 LGA E 258 E 258 0.859 0 0.030 0.617 3.099 73.636 51.919 3.099 LGA K 259 K 259 0.913 0 0.032 0.208 1.065 81.818 80.000 0.732 LGA T 260 T 260 1.034 0 0.016 0.116 1.344 65.455 65.455 1.138 LGA K 261 K 261 1.328 0 0.033 0.357 2.176 65.455 59.192 2.176 LGA D 262 D 262 1.179 0 0.052 1.026 3.337 73.636 55.455 2.795 LGA G 263 G 263 0.802 0 0.048 0.048 0.885 81.818 81.818 - LGA K 264 K 264 0.709 0 0.062 0.468 2.174 81.818 78.990 2.174 LGA R 265 R 265 0.698 0 0.047 0.958 4.900 81.818 56.198 4.900 LGA T 266 T 266 0.774 0 0.038 0.044 0.945 81.818 81.818 0.779 LGA I 267 I 267 0.589 0 0.014 0.085 0.752 81.818 81.818 0.752 LGA R 268 R 268 0.469 0 0.037 0.999 2.586 100.000 82.810 2.586 LGA P 269 P 269 0.432 0 0.027 0.058 0.685 100.000 94.805 0.685 LGA E 270 E 270 0.339 0 0.000 0.274 0.847 100.000 95.960 0.847 LGA K 271 K 271 0.477 0 0.073 0.760 4.603 100.000 62.828 4.603 LGA E 272 E 272 0.490 0 0.120 0.172 2.012 95.455 74.343 2.012 LGA Q 273 Q 273 0.535 0 0.057 0.090 0.657 86.364 83.838 0.540 LGA I 274 I 274 0.456 0 0.050 0.092 0.911 90.909 86.364 0.911 LGA V 275 V 275 0.189 0 0.031 0.078 0.420 100.000 100.000 0.374 LGA V 276 V 276 0.245 0 0.056 0.058 0.445 100.000 100.000 0.303 LGA Q 277 Q 277 0.238 0 0.047 0.614 3.005 100.000 77.172 3.005 LGA D 278 D 278 0.235 0 0.095 0.213 0.687 100.000 95.455 0.687 LGA A 279 A 279 0.318 0 0.022 0.044 0.431 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.280 0 0.029 0.154 0.488 100.000 100.000 0.134 LGA A 281 A 281 0.332 0 0.030 0.030 0.574 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.302 0 0.049 0.077 0.630 95.455 92.208 0.630 LGA I 283 I 283 0.396 0 0.050 0.087 0.737 95.455 93.182 0.636 LGA I 284 I 284 0.288 0 0.000 0.045 0.417 100.000 100.000 0.384 LGA D 285 D 285 0.573 0 0.057 0.875 3.377 90.909 66.591 3.246 LGA K 286 K 286 0.650 0 0.000 0.243 1.454 81.818 76.364 1.454 LGA E 287 E 287 0.692 0 0.031 0.315 1.850 81.818 76.566 0.932 LGA Q 288 Q 288 0.396 0 0.015 0.302 1.679 100.000 86.869 1.679 LGA F 289 F 289 0.392 0 0.035 0.135 0.698 100.000 93.388 0.598 LGA Q 290 Q 290 0.672 0 0.067 1.254 3.250 81.818 60.808 3.250 LGA Q 291 Q 291 0.585 0 0.039 0.067 0.705 81.818 81.818 0.602 LGA S 292 S 292 0.429 0 0.058 0.704 2.616 95.455 84.848 2.616 LGA Q 293 Q 293 0.611 0 0.000 0.225 1.083 81.818 80.202 1.058 LGA V 294 V 294 0.809 0 0.049 0.070 1.016 81.818 79.481 1.016 LGA K 295 K 295 0.352 0 0.043 0.203 0.786 90.909 93.939 0.786 LGA I 296 I 296 0.671 0 0.030 0.099 1.059 86.364 82.045 0.804 LGA A 297 A 297 1.155 0 0.077 0.074 1.430 69.545 68.727 - LGA N 298 N 298 0.310 0 0.089 0.225 2.017 82.273 68.864 2.017 LGA K 299 K 299 2.535 0 0.419 0.630 12.246 60.000 27.273 12.246 LGA V 300 V 300 2.334 0 0.096 0.093 4.858 38.636 24.675 4.858 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.856 0.791 1.762 88.071 81.312 64.645 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.86 95.926 98.210 14.115 LGA_LOCAL RMSD: 0.856 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.856 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.856 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.684376 * X + 0.716142 * Y + -0.137005 * Z + 155.546814 Y_new = -0.612931 * X + 0.666831 * Y + 0.423855 * Z + 151.829544 Z_new = 0.394900 * X + -0.206101 * Y + 0.895308 * Z + 138.913422 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.730382 -0.405959 -0.226260 [DEG: -41.8478 -23.2597 -12.9637 ] ZXZ: -2.828957 0.461674 2.051816 [DEG: -162.0873 26.4520 117.5604 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS112_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS112_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.86 98.210 0.86 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS112_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT casp16.T1228v2.chA.T1228v2_unrelaxed_rank_005_alphafold2_multimer_v3_model_2_seed_000 ATOM 1345 N GLY 165 153.672 185.083 153.181 1.00 39.99 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.177 185.867 154.304 1.00 38.64 C ATOM 1347 C GLY 165 151.692 185.748 154.517 1.00 33.45 C ATOM 1348 O GLY 165 151.112 186.494 155.298 1.00 32.46 O ATOM 1349 N LYS 166 151.042 184.801 153.820 1.00 32.09 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.603 184.585 153.998 1.00 32.83 C ATOM 1351 C LYS 166 149.332 183.765 155.253 1.00 31.87 C ATOM 1352 CB LYS 166 149.008 183.874 152.778 1.00 38.58 C ATOM 1353 O LYS 166 150.176 182.965 155.673 1.00 30.07 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.120 184.664 151.478 1.00 40.63 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.473 183.932 150.312 1.00 45.20 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.564 184.740 149.036 1.00 50.25 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.946 184.014 147.871 1.00 54.43 N ATOM 1358 N TRP 167 148.190 184.121 155.886 1.00 33.02 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.757 183.359 157.036 1.00 33.35 C ATOM 1360 C TRP 167 146.935 182.142 156.613 1.00 40.70 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.957 184.234 158.000 1.00 31.26 C ATOM 1362 O TRP 167 145.781 182.291 156.192 1.00 47.74 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.684 183.596 159.342 1.00 32.05 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.557 182.924 159.697 1.00 35.42 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.565 183.571 160.467 1.00 35.14 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.896 182.874 161.496 1.00 39.92 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.847 184.072 160.705 1.00 36.26 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.671 182.489 161.003 1.00 37.20 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.738 183.147 162.941 1.00 51.61 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.472 182.650 162.738 1.00 48.75 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.419 183.852 161.943 1.00 43.07 C ATOM 1372 N ILE 168 147.467 180.903 156.653 1.00 40.13 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.887 179.732 156.001 1.00 46.67 C ATOM 1374 C ILE 168 146.157 178.876 157.045 1.00 46.48 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.974 178.896 155.290 1.00 44.15 C ATOM 1376 O ILE 168 145.210 178.158 156.700 1.00 55.48 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.789 179.775 154.335 1.00 41.89 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.344 177.715 154.549 1.00 53.54 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.411 179.016 153.167 1.00 41.44 C ATOM 1380 N SER 169 146.614 178.819 158.259 1.00 40.92 N ATOM 1381 CA SER 169 146.006 177.855 159.165 1.00 45.37 C ATOM 1382 C SER 169 145.517 178.539 160.441 1.00 46.20 C ATOM 1383 CB SER 169 146.998 176.748 159.526 1.00 51.96 C ATOM 1384 O SER 169 146.167 179.450 160.947 1.00 45.74 O ATOM 1385 OG SER 169 146.414 175.827 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ATOM 1403 N PRO 173 144.724 185.604 164.828 1.00 43.15 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.042 185.958 166.210 1.00 49.17 C ATOM 1405 C PRO 173 144.276 187.178 166.702 1.00 44.58 C ATOM 1406 CB PRO 173 146.543 186.232 166.171 1.00 46.67 C ATOM 1407 O PRO 173 143.829 187.996 165.898 1.00 39.30 O ATOM 1408 CG PRO 173 146.984 185.794 164.805 1.00 42.12 C ATOM 1409 CD PRO 173 145.754 185.615 163.969 1.00 38.90 C ATOM 1410 N TYR 174 144.107 187.297 168.051 1.00 49.17 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.405 188.419 168.634 1.00 42.83 C ATOM 1412 C TYR 174 144.020 189.746 168.205 1.00 35.31 C ATOM 1413 CB TYR 174 143.429 188.322 170.184 1.00 44.93 C ATOM 1414 O TYR 174 145.237 189.925 168.272 1.00 34.25 O ATOM 1415 CG TYR 174 142.556 189.340 170.860 1.00 38.00 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.125 190.398 171.598 1.00 33.06 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.173 189.257 170.793 1.00 39.71 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.330 191.338 172.219 1.00 31.56 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.370 190.204 171.443 1.00 39.64 C ATOM 1420 OH TYR 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1.00 54.95 C ATOM 1455 N ASN 179 141.982 189.065 155.999 1.00 38.00 N ATOM 1456 CA ASN 179 141.485 189.602 154.726 1.00 41.89 C ATOM 1457 C ASN 179 141.211 188.518 153.715 1.00 40.20 C ATOM 1458 CB ASN 179 142.462 190.643 154.173 1.00 40.13 C ATOM 1459 O ASN 179 142.143 187.854 153.246 1.00 37.08 O ATOM 1460 CG ASN 179 141.897 191.387 152.984 1.00 46.86 C ATOM 1461 ND2 ASN 179 142.091 192.703 152.949 1.00 54.69 N ATOM 1462 OD1 ASN 179 141.287 190.794 152.090 1.00 47.74 O ATOM 1463 N LYS 180 140.064 188.345 153.376 1.00 45.28 N ATOM 1464 CA LYS 180 139.661 187.235 152.513 1.00 47.25 C ATOM 1465 C LYS 180 140.244 187.394 151.114 1.00 48.75 C ATOM 1466 CB LYS 180 138.131 187.152 152.423 1.00 53.16 C ATOM 1467 O LYS 180 140.419 186.407 150.386 1.00 56.02 O ATOM 1468 CG LYS 180 137.476 186.699 153.725 1.00 53.79 C ATOM 1469 CD LYS 180 135.962 186.567 153.572 1.00 56.02 C ATOM 1470 CE LYS 180 135.302 186.129 154.866 1.00 55.62 C ATOM 1471 NZ LYS 180 133.819 186.006 154.714 1.00 58.60 N ATOM 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ATOM 1869 CB LYS 232 132.950 187.082 181.035 1.00 52.43 C ATOM 1870 O LYS 232 135.963 188.232 181.162 1.00 43.15 O ATOM 1871 CG LYS 232 131.615 187.346 180.358 1.00 53.41 C ATOM 1872 CD LYS 232 130.474 187.395 181.381 1.00 54.95 C ATOM 1873 CE LYS 232 129.137 187.657 180.704 1.00 56.86 C ATOM 1874 NZ LYS 232 128.026 187.717 181.691 1.00 57.86 N ATOM 1875 N ARG 233 135.931 186.020 181.226 1.00 48.34 N ATOM 1876 CA ARG 233 137.086 185.996 182.113 1.00 46.20 C ATOM 1877 C ARG 233 138.364 185.705 181.329 1.00 40.92 C ATOM 1878 CB ARG 233 136.897 184.947 183.209 1.00 54.43 C ATOM 1879 O ARG 233 138.447 184.701 180.595 1.00 46.67 O ATOM 1880 CG ARG 233 137.766 185.171 184.422 1.00 51.96 C ATOM 1881 CD ARG 233 137.453 184.179 185.543 1.00 56.02 C ATOM 1882 NE ARG 233 138.219 184.460 186.748 1.00 53.16 N ATOM 1883 NH1 ARG 233 137.544 182.550 187.863 1.00 58.01 N ATOM 1884 NH2 ARG 233 138.980 184.033 188.881 1.00 58.75 N ATOM 1885 CZ ARG 233 138.247 183.677 187.820 1.00 54.56 C ATOM 1886 N TRP 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C ALA 241 150.613 185.205 173.806 1.00 45.37 C ATOM 1956 CB ALA 241 149.410 183.071 174.319 1.00 56.30 C ATOM 1957 O ALA 241 151.359 185.276 172.840 1.00 48.34 O ATOM 1958 N ILE 242 149.796 186.140 174.181 1.00 41.44 N ATOM 1959 CA ILE 242 149.734 187.375 173.413 1.00 39.30 C ATOM 1960 C ILE 242 151.074 188.101 173.484 1.00 33.45 C ATOM 1961 CB ILE 242 148.586 188.286 173.888 1.00 36.78 C ATOM 1962 O ILE 242 151.600 188.560 172.474 1.00 32.27 O ATOM 1963 CG1 ILE 242 147.228 187.714 173.496 1.00 43.81 C ATOM 1964 CG2 ILE 242 148.761 189.711 173.344 1.00 31.91 C ATOM 1965 CD1 ILE 242 146.038 188.415 174.135 1.00 38.77 C ATOM 1966 N LEU 243 151.681 188.124 174.683 1.00 30.27 N ATOM 1967 CA LEU 243 152.923 188.863 174.906 1.00 27.31 C ATOM 1968 C LEU 243 154.085 188.198 174.213 1.00 30.63 C ATOM 1969 CB LEU 243 153.219 188.972 176.401 1.00 25.21 C ATOM 1970 O LEU 243 155.114 188.824 173.935 1.00 30.55 O ATOM 1971 CG LEU 243 152.326 189.924 177.210 1.00 22.49 C ATOM 1972 CD1 LEU 243 152.524 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O ATOM 2197 CG GLU 270 165.026 177.764 165.014 1.00 51.72 C ATOM 2198 CD GLU 270 165.965 178.812 165.604 1.00 52.92 C ATOM 2199 OE1 GLU 270 165.718 179.308 166.728 1.00 57.72 O ATOM 2200 OE2 GLU 270 166.969 179.136 164.907 1.00 56.02 O ATOM 2201 N LYS 271 165.533 175.413 160.987 1.00 47.15 N ATOM 2202 CA LYS 271 165.809 175.374 159.547 1.00 50.25 C ATOM 2203 C LYS 271 164.609 174.828 158.767 1.00 48.65 C ATOM 2204 CB LYS 271 167.043 174.524 159.266 1.00 52.43 C ATOM 2205 O LYS 271 164.502 175.016 157.562 1.00 57.29 O ATOM 2206 CG LYS 271 168.336 175.105 159.799 1.00 53.04 C ATOM 2207 CD LYS 271 169.531 174.219 159.494 1.00 54.30 C ATOM 2208 CE LYS 271 170.825 174.784 160.052 1.00 51.96 C ATOM 2209 NZ LYS 271 171.995 173.909 159.773 1.00 57.00 N ATOM 2210 N GLU 272 163.670 174.257 159.417 1.00 42.83 N ATOM 2211 CA GLU 272 162.525 173.661 158.739 1.00 46.29 C ATOM 2212 C GLU 272 161.270 174.511 158.947 1.00 42.28 C ATOM 2213 CB GLU 272 162.293 172.236 159.238 1.00 44.24 C ATOM 2214 O GLU 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