####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS110_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS110_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 82 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 15 97 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 5 55 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 62 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 47 71 88 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 15 103 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 33 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 75 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 47 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 82 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 68 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 68 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 13 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 13 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 105 123 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 5 24 87 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 26 101 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 46 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 64 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 78 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 48 121 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 20 44 112 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 116 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 85.93 92.59 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.45 0.56 0.69 0.71 0.77 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.90 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.449 0 0.032 0.032 0.458 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.369 0 0.030 0.119 0.787 100.000 95.960 0.787 LGA W 167 W 167 0.259 0 0.219 0.230 0.553 95.455 98.701 0.400 LGA I 168 I 168 0.786 0 0.000 0.732 1.702 81.818 71.818 1.225 LGA S 169 S 169 1.334 0 0.419 0.393 2.480 69.545 61.212 2.480 LGA G 170 G 170 1.760 0 0.075 0.075 1.760 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.957 0 0.057 1.412 5.669 77.727 52.727 2.874 LGA A 172 A 172 0.524 0 0.000 0.006 0.714 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.261 0 0.000 0.220 0.615 100.000 97.403 0.615 LGA Y 174 Y 174 0.489 0 0.028 0.216 1.363 90.909 82.121 1.363 LGA G 175 G 175 0.339 0 0.069 0.069 0.339 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.339 0 0.000 0.165 0.598 100.000 96.970 0.333 LGA Q 177 Q 177 0.535 0 0.060 0.264 1.048 90.909 84.040 0.668 LGA L 178 L 178 0.368 0 0.128 0.201 1.733 90.909 82.500 1.733 LGA N 179 N 179 1.290 0 0.171 0.649 4.843 62.273 37.500 4.843 LGA K 180 K 180 4.067 0 0.288 0.969 13.618 19.091 8.485 13.618 LGA K 181 K 181 1.651 0 0.446 1.165 11.855 65.909 30.505 11.855 LGA T 182 T 182 0.853 0 0.000 1.117 3.458 81.818 70.390 3.458 LGA S 183 S 183 0.727 0 0.118 0.104 1.080 86.364 82.121 0.994 LGA K 184 K 184 0.833 0 0.074 0.868 2.759 81.818 72.121 2.759 LGA L 185 L 185 0.364 0 0.071 0.078 0.610 95.455 97.727 0.402 LGA D 186 D 186 0.138 0 0.036 0.150 0.819 100.000 97.727 0.331 LGA P 187 P 187 0.456 0 0.027 0.361 1.176 86.818 87.273 0.621 LGA V 188 V 188 0.699 0 0.012 0.022 0.806 81.818 81.818 0.806 LGA E 189 E 189 0.699 0 0.042 0.218 0.835 81.818 81.818 0.645 LGA D 190 D 190 0.684 0 0.030 0.054 1.122 81.818 79.773 1.122 LGA E 191 E 191 0.479 0 0.009 0.016 0.717 95.455 87.879 0.717 LGA A 192 A 192 0.308 0 0.028 0.026 0.352 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.324 0 0.043 0.101 0.529 100.000 97.980 0.423 LGA V 194 V 194 0.321 0 0.000 0.039 0.468 100.000 100.000 0.468 LGA V 195 V 195 0.185 0 0.000 0.003 0.326 100.000 100.000 0.194 LGA Q 196 Q 196 0.157 0 0.024 0.260 1.290 100.000 90.303 1.041 LGA L 197 L 197 0.299 0 0.000 0.050 0.453 100.000 100.000 0.453 LGA I 198 I 198 0.221 0 0.035 0.068 0.350 100.000 100.000 0.332 LGA F 199 F 199 0.169 0 0.027 0.043 0.208 100.000 100.000 0.094 LGA N 200 N 200 0.240 0 0.016 0.703 1.920 100.000 89.318 1.920 LGA I 201 I 201 0.122 0 0.013 0.053 0.181 100.000 100.000 0.159 LGA F 202 F 202 0.150 0 0.000 0.030 0.369 100.000 100.000 0.369 LGA L 203 L 203 0.265 0 0.015 0.065 0.549 100.000 97.727 0.499 LGA N 204 N 204 0.262 0 0.000 0.091 1.180 100.000 88.864 0.897 LGA G 205 G 205 0.407 0 0.046 0.046 0.470 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.523 0 0.031 0.178 0.861 81.818 88.636 0.304 LGA N 207 N 207 1.049 0 0.058 0.195 1.938 73.636 67.727 1.392 LGA G 208 G 208 1.077 0 0.093 0.093 1.494 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.280 0 0.027 0.619 1.568 65.455 65.859 1.287 LGA D 210 D 210 1.234 0 0.073 0.743 1.767 69.545 63.864 1.767 LGA Y 211 Y 211 1.754 0 0.123 0.594 1.970 54.545 53.333 1.603 LGA S 212 S 212 2.172 0 0.641 0.785 5.749 39.545 28.182 5.749 LGA Y 213 Y 213 3.115 0 0.147 1.109 14.557 39.545 13.333 14.557 LGA A 215 A 215 1.025 0 0.197 0.214 2.068 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.391 0 0.000 0.148 0.511 100.000 97.727 0.511 LGA A 217 A 217 0.247 0 0.056 0.066 0.352 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.498 0 0.000 0.128 1.345 100.000 91.212 1.345 LGA H 219 H 219 0.289 0 0.020 0.088 0.703 100.000 94.545 0.703 LGA L 220 L 220 0.270 0 0.000 0.084 0.401 100.000 100.000 0.401 LGA T 221 T 221 0.272 0 0.000 0.030 0.447 100.000 100.000 0.175 LGA N 222 N 222 0.455 0 0.034 0.052 0.669 90.909 93.182 0.541 LGA L 223 L 223 0.634 0 0.044 0.066 0.895 81.818 81.818 0.729 LGA Q 224 Q 224 0.599 0 0.047 0.163 0.971 81.818 81.818 0.779 LGA I 225 I 225 0.546 0 0.047 0.097 0.567 86.364 88.636 0.253 LGA P 226 P 226 0.555 0 0.031 0.068 0.812 81.818 81.818 0.812 LGA T 227 T 227 0.484 0 0.036 0.074 0.624 90.909 92.208 0.624 LGA P 228 P 228 0.650 0 0.081 0.087 0.655 86.364 84.416 0.564 LGA S 229 S 229 0.774 0 0.152 0.164 0.881 81.818 84.848 0.472 LGA G 230 G 230 0.866 0 0.032 0.032 1.043 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.324 0 0.033 0.444 1.116 95.455 90.101 0.798 LGA K 232 K 232 0.272 0 0.107 0.238 0.867 95.455 93.939 0.867 LGA R 233 R 233 0.186 0 0.024 0.928 3.973 100.000 57.686 3.078 LGA W 234 W 234 0.295 0 0.046 0.129 0.571 100.000 96.104 0.551 LGA N 235 N 235 0.490 0 0.003 0.542 2.126 95.455 81.136 2.126 LGA Q 236 Q 236 0.542 0 0.000 0.895 3.424 95.455 69.293 3.424 LGA Y 237 Y 237 0.512 0 0.062 0.150 0.816 90.909 84.848 0.800 LGA T 238 T 238 0.303 0 0.012 0.035 0.344 100.000 100.000 0.309 LGA I 239 I 239 0.268 0 0.028 0.115 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA K 240 K 240 0.538 0 0.021 0.214 3.029 95.455 70.707 3.029 LGA A 241 A 241 0.383 0 0.071 0.076 0.451 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.087 0 0.039 0.063 0.172 100.000 100.000 0.172 LGA L 243 L 243 0.153 0 0.033 0.053 0.458 100.000 100.000 0.221 LGA Q 244 Q 244 0.069 0 0.027 0.243 0.937 100.000 95.960 0.581 LGA N 245 N 245 0.060 0 0.021 0.100 0.411 100.000 100.000 0.411 LGA E 246 E 246 0.134 0 0.027 0.499 1.525 100.000 90.505 0.999 LGA V 247 V 247 0.174 0 0.000 0.038 0.355 100.000 100.000 0.294 LGA Y 248 Y 248 0.255 0 0.038 0.126 1.143 100.000 91.061 1.143 LGA I 249 I 249 0.165 0 0.021 0.023 0.269 100.000 100.000 0.131 LGA G 250 G 250 0.193 0 0.053 0.053 0.211 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.096 0 0.035 0.044 0.279 100.000 100.000 0.120 LGA V 252 V 252 0.296 0 0.039 0.107 0.657 100.000 97.403 0.657 LGA K 253 K 253 0.525 0 0.058 0.141 0.757 90.909 85.859 0.643 LGA Y 254 Y 254 0.593 0 0.033 0.241 2.246 95.455 72.121 2.246 LGA K 255 K 255 0.613 0 0.000 0.168 1.280 81.818 80.000 1.280 LGA V 256 V 256 0.693 0 0.062 0.065 0.713 81.818 81.818 0.625 LGA R 257 R 257 0.760 0 0.088 1.052 4.906 77.727 56.860 2.899 LGA E 258 E 258 0.886 0 0.054 0.269 1.799 77.727 67.677 1.799 LGA K 259 K 259 1.246 0 0.049 0.207 1.514 65.455 62.222 1.385 LGA T 260 T 260 1.402 0 0.025 0.175 1.733 58.182 57.143 1.544 LGA K 261 K 261 2.066 0 0.043 0.181 2.508 38.636 38.384 2.167 LGA D 262 D 262 1.986 0 0.032 0.218 1.986 50.909 54.545 1.500 LGA G 263 G 263 1.767 0 0.018 0.018 1.767 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.103 0 0.101 0.438 1.452 65.455 70.909 1.452 LGA R 265 R 265 1.008 0 0.092 0.920 4.382 73.636 56.529 4.382 LGA T 266 T 266 0.875 0 0.047 0.063 0.985 81.818 81.818 0.820 LGA I 267 I 267 0.598 0 0.018 0.065 0.876 81.818 81.818 0.876 LGA R 268 R 268 0.389 0 0.027 0.959 2.670 100.000 87.273 2.670 LGA P 269 P 269 0.291 0 0.000 0.024 0.502 100.000 97.403 0.502 LGA E 270 E 270 0.419 0 0.017 0.649 1.301 100.000 86.465 1.057 LGA K 271 K 271 0.552 0 0.061 0.729 4.739 95.455 59.192 4.739 LGA E 272 E 272 0.376 0 0.051 0.098 1.155 100.000 88.283 1.155 LGA Q 273 Q 273 0.188 0 0.028 0.082 0.277 100.000 100.000 0.277 LGA I 274 I 274 0.174 0 0.035 0.102 0.674 100.000 97.727 0.674 LGA V 275 V 275 0.203 0 0.000 0.036 0.451 100.000 100.000 0.362 LGA V 276 V 276 0.202 0 0.060 0.067 0.515 100.000 97.403 0.345 LGA Q 277 Q 277 0.104 0 0.044 0.551 2.455 100.000 80.808 2.455 LGA D 278 D 278 0.086 0 0.038 0.215 0.645 100.000 97.727 0.645 LGA A 279 A 279 0.169 0 0.013 0.025 0.226 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.231 0 0.024 0.202 0.517 100.000 98.182 0.398 LGA A 281 A 281 0.308 0 0.014 0.013 0.377 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.224 0 0.045 0.057 0.299 100.000 100.000 0.269 LGA I 283 I 283 0.448 0 0.033 0.055 0.668 95.455 95.455 0.472 LGA I 284 I 284 0.326 0 0.000 0.069 0.327 100.000 100.000 0.283 LGA D 285 D 285 0.399 0 0.017 0.949 3.431 100.000 75.227 3.431 LGA K 286 K 286 0.323 0 0.000 0.246 1.260 100.000 90.101 1.260 LGA E 287 E 287 0.362 0 0.017 0.313 1.812 100.000 88.687 0.763 LGA Q 288 Q 288 0.256 0 0.025 0.230 1.449 100.000 88.485 1.411 LGA F 289 F 289 0.123 0 0.031 0.113 0.387 100.000 100.000 0.322 LGA Q 290 Q 290 0.229 0 0.027 0.130 0.522 100.000 97.980 0.221 LGA Q 291 Q 291 0.178 0 0.031 0.118 0.494 100.000 100.000 0.494 LGA S 292 S 292 0.061 0 0.042 0.052 0.296 100.000 100.000 0.054 LGA Q 293 Q 293 0.312 0 0.000 0.207 0.717 95.455 95.960 0.717 LGA V 294 V 294 0.489 0 0.030 0.049 0.640 100.000 92.208 0.629 LGA K 295 K 295 0.268 0 0.085 0.198 0.862 95.455 97.980 0.291 LGA I 296 I 296 0.571 0 0.016 0.070 0.946 86.364 88.636 0.460 LGA A 297 A 297 0.989 0 0.097 0.112 1.561 70.000 69.091 - LGA N 298 N 298 0.626 0 0.000 0.227 1.349 73.636 75.682 1.037 LGA K 299 K 299 2.030 0 0.360 0.332 12.837 63.636 28.889 12.837 LGA V 300 V 300 3.384 0 0.071 0.066 6.751 26.364 15.065 6.751 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.883 0.829 1.755 88.414 83.164 71.306 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.741 97.891 13.734 LGA_LOCAL RMSD: 0.883 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.883 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.883 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.123418 * X + -0.632194 * Y + -0.764917 * Z + 153.423935 Y_new = 0.741549 * X + 0.453472 * Y + -0.494437 * Z + 149.964752 Z_new = 0.659449 * X + -0.628246 * Y + 0.412836 * Z + 137.412994 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.735718 -0.720085 -0.989429 [DEG: 99.4493 -41.2579 -56.6901 ] ZXZ: -0.996961 1.145230 2.331968 [DEG: -57.1217 65.6169 133.6119 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS110_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS110_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.891 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS110_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.962 185.023 153.354 1.00 86.40 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.385 185.778 154.476 1.00 86.55 C ATOM 1347 C GLY 165 151.863 185.670 154.604 1.00 87.95 C ATOM 1348 O GLY 165 151.249 186.460 155.319 1.00 85.52 O ATOM 1349 N LYS 166 151.229 184.705 153.922 1.00 87.27 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.787 184.453 154.024 1.00 87.12 C ATOM 1351 C LYS 166 149.477 183.668 155.306 1.00 87.97 C ATOM 1352 O LYS 166 150.213 182.762 155.690 1.00 86.18 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.262 183.745 152.758 1.00 85.76 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.431 184.599 151.478 1.00 83.08 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.911 183.920 150.199 1.00 79.96 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.122 184.861 148.995 1.00 75.09 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.736 184.290 147.677 1.00 68.36 N ATOM 1358 N TRP 167 148.357 183.994 155.955 1.00 88.13 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.877 183.270 157.136 1.00 88.64 C ATOM 1360 C TRP 167 147.047 182.059 156.711 1.00 88.06 C ATOM 1361 O TRP 167 146.011 182.203 156.069 1.00 85.26 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.079 184.206 158.029 1.00 87.91 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.721 183.593 159.347 1.00 88.25 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.577 182.936 159.626 1.00 85.34 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.538 183.538 160.560 1.00 86.94 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.620 182.481 160.940 1.00 85.14 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.801 182.834 161.540 1.00 86.34 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.811 184.026 160.905 1.00 86.23 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.321 182.606 162.835 1.00 85.80 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.324 183.805 162.192 1.00 84.12 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.585 183.098 163.145 1.00 83.62 C ATOM 1372 N ILE 168 147.499 180.875 157.082 1.00 85.30 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.945 179.600 156.602 1.00 83.56 C ATOM 1374 C ILE 168 146.331 178.771 157.741 1.00 82.42 C ATOM 1375 O ILE 168 145.500 177.894 157.510 1.00 76.65 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.046 178.817 155.851 1.00 80.33 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.671 179.691 154.732 1.00 76.44 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.507 177.516 155.241 1.00 73.95 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.924 179.077 154.136 1.00 70.33 C ATOM 1380 N SER 169 146.721 179.048 158.977 1.00 81.94 N ATOM 1381 CA SER 169 146.284 178.291 160.145 1.00 80.49 C ATOM 1382 C SER 169 145.073 178.931 160.818 1.00 79.27 C ATOM 1383 O SER 169 145.062 180.130 161.040 1.00 73.17 O ATOM 1384 CB SER 169 147.431 178.186 161.145 1.00 77.05 C ATOM 1385 OG SER 169 148.545 177.554 160.561 1.00 72.26 O ATOM 1386 N GLY 170 144.092 178.099 161.186 1.00 77.19 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.015 178.342 162.153 1.00 76.24 C ATOM 1388 C GLY 170 142.467 179.763 162.314 1.00 78.55 C ATOM 1389 O GLY 170 142.311 180.514 161.359 1.00 75.04 O ATOM 1390 N LEU 171 142.145 180.097 163.578 1.00 81.29 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.681 181.427 163.960 1.00 80.95 C ATOM 1392 C LEU 171 142.820 182.438 163.842 1.00 82.30 C ATOM 1393 O LEU 171 143.953 182.149 164.227 1.00 80.41 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.135 181.384 165.397 1.00 77.88 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.768 180.688 165.518 1.00 73.70 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.535 180.223 166.949 1.00 68.14 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.624 181.635 165.134 1.00 66.84 C ATOM 1398 N ALA 172 142.484 183.630 163.361 1.00 84.94 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.398 184.762 163.414 1.00 85.51 C ATOM 1400 C ALA 172 143.751 185.094 164.880 1.00 86.46 C ATOM 1401 O ALA 172 142.900 184.932 165.764 1.00 84.72 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.752 185.949 162.696 1.00 83.66 C ATOM 1403 N PRO 173 144.975 185.537 165.163 1.00 87.55 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.344 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1.00 87.29 O ATOM 1422 N GLY 175 143.419 190.795 167.878 1.00 88.79 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.866 192.047 167.268 1.00 88.70 C ATOM 1424 C GLY 175 143.936 192.018 165.743 1.00 90.16 C ATOM 1425 O GLY 175 144.085 193.068 165.125 1.00 87.55 O ATOM 1426 N TYR 176 143.807 190.847 165.124 1.00 90.87 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.810 190.688 163.678 1.00 91.20 C ATOM 1428 C TYR 176 142.586 189.924 163.178 1.00 91.04 C ATOM 1429 O TYR 176 142.040 189.051 163.855 1.00 89.25 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.090 189.986 163.227 1.00 91.27 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.355 190.789 163.407 1.00 92.01 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.710 191.768 162.466 1.00 86.51 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.205 190.551 164.503 1.00 86.90 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.900 192.495 162.600 1.00 85.48 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.398 191.272 164.650 1.00 85.81 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.746 192.240 163.693 1.00 90.30 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.916 192.939 163.820 1.00 89.33 O ATOM 1438 N GLN 177 142.188 190.208 161.932 1.00 90.12 N ATOM 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