####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS110_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS110_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 82 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 117 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 4 74 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 63 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 91 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 92 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 26 81 97 118 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 111 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 33 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 87 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 83 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 73 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 89 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 91 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 78 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 78 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 54 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 11 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 110 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 27 52 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 24 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 35 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 78 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 91 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 85 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 70 106 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 92 120 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 68.15 88.89 93.33 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.47 0.58 0.67 0.70 0.75 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.89 0.88 0.88 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.483 0 0.033 0.033 0.521 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.365 0 0.038 0.130 0.710 100.000 97.980 0.710 LGA W 167 W 167 0.191 0 0.199 0.227 0.621 95.455 98.701 0.350 LGA I 168 I 168 0.837 0 0.135 1.189 3.088 81.818 67.955 1.715 LGA S 169 S 169 1.175 0 0.566 0.769 3.569 60.000 52.727 3.569 LGA G 170 G 170 1.637 0 0.064 0.064 1.819 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.923 0 0.053 1.402 5.713 77.727 51.591 3.009 LGA A 172 A 172 0.524 0 0.000 0.018 0.691 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.173 0 0.017 0.230 0.649 100.000 97.403 0.649 LGA Y 174 Y 174 0.369 0 0.024 0.229 1.444 100.000 85.303 1.444 LGA G 175 G 175 0.297 0 0.068 0.068 0.304 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.329 0 0.005 0.163 0.575 100.000 96.970 0.340 LGA Q 177 Q 177 0.548 0 0.058 0.283 1.228 90.909 84.040 0.605 LGA L 178 L 178 0.324 0 0.134 0.204 1.712 90.909 82.500 1.712 LGA N 179 N 179 1.346 0 0.175 0.657 4.923 59.091 35.909 4.923 LGA K 180 K 180 4.123 0 0.282 0.963 13.610 14.091 6.263 13.610 LGA K 181 K 181 1.685 0 0.454 1.158 11.822 61.818 28.687 11.822 LGA T 182 T 182 0.966 0 0.011 1.114 3.503 73.636 62.597 3.503 LGA S 183 S 183 0.640 0 0.107 0.095 0.981 86.364 84.848 0.839 LGA K 184 K 184 0.780 0 0.071 0.864 2.874 81.818 72.121 2.874 LGA L 185 L 185 0.354 0 0.070 0.076 0.628 95.455 97.727 0.382 LGA D 186 D 186 0.146 0 0.035 0.144 0.806 100.000 97.727 0.333 LGA P 187 P 187 0.471 0 0.028 0.367 1.204 86.818 87.273 0.664 LGA V 188 V 188 0.761 0 0.010 0.021 0.881 81.818 81.818 0.881 LGA E 189 E 189 0.731 0 0.034 0.212 0.776 81.818 81.818 0.746 LGA D 190 D 190 0.654 0 0.032 0.048 1.004 86.364 82.045 1.004 LGA E 191 E 191 0.454 0 0.000 0.000 0.767 95.455 87.879 0.767 LGA A 192 A 192 0.312 0 0.021 0.019 0.384 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.308 0 0.047 0.089 0.606 100.000 91.919 0.541 LGA V 194 V 194 0.272 0 0.000 0.038 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA V 195 V 195 0.145 0 0.000 0.005 0.279 100.000 100.000 0.145 LGA Q 196 Q 196 0.153 0 0.025 0.260 1.267 100.000 90.303 1.049 LGA L 197 L 197 0.241 0 0.000 0.038 0.356 100.000 100.000 0.347 LGA I 198 I 198 0.169 0 0.042 0.072 0.343 100.000 100.000 0.291 LGA F 199 F 199 0.169 0 0.013 0.042 0.249 100.000 100.000 0.123 LGA N 200 N 200 0.294 0 0.025 0.981 3.317 100.000 81.136 3.317 LGA I 201 I 201 0.163 0 0.020 0.042 0.262 100.000 100.000 0.050 LGA F 202 F 202 0.142 0 0.000 0.017 0.308 100.000 100.000 0.308 LGA L 203 L 203 0.320 0 0.028 0.063 0.698 100.000 95.455 0.622 LGA N 204 N 204 0.293 0 0.000 0.107 1.090 100.000 88.864 0.891 LGA G 205 G 205 0.232 0 0.038 0.038 0.296 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.305 0 0.033 0.136 0.691 90.909 90.909 0.510 LGA N 207 N 207 0.778 0 0.047 0.221 1.772 81.818 73.864 1.156 LGA G 208 G 208 0.787 0 0.095 0.095 1.173 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.970 0 0.037 0.451 1.234 81.818 84.040 0.401 LGA D 210 D 210 0.948 0 0.092 0.742 2.025 81.818 70.455 2.025 LGA Y 211 Y 211 1.625 0 0.121 0.620 1.951 58.182 55.758 1.583 LGA S 212 S 212 2.132 0 0.644 0.783 5.821 41.818 29.697 5.821 LGA Y 213 Y 213 3.051 0 0.155 1.106 14.489 39.545 13.333 14.489 LGA A 215 A 215 0.926 0 0.196 0.213 1.964 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.347 0 0.000 0.151 0.565 100.000 95.455 0.565 LGA A 217 A 217 0.205 0 0.052 0.064 0.304 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.430 0 0.005 0.129 1.241 100.000 91.212 1.241 LGA H 219 H 219 0.273 0 0.000 0.078 0.681 100.000 94.545 0.681 LGA L 220 L 220 0.256 0 0.000 0.075 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA T 221 T 221 0.224 0 0.000 0.034 0.349 100.000 100.000 0.116 LGA N 222 N 222 0.361 0 0.036 0.063 0.518 95.455 97.727 0.484 LGA L 223 L 223 0.531 0 0.045 0.064 0.759 86.364 84.091 0.614 LGA Q 224 Q 224 0.569 0 0.044 0.165 0.904 86.364 83.838 0.691 LGA I 225 I 225 0.508 0 0.045 0.097 0.554 86.364 90.909 0.192 LGA P 226 P 226 0.573 0 0.035 0.067 0.809 81.818 81.818 0.809 LGA T 227 T 227 0.547 0 0.039 0.087 0.751 81.818 84.416 0.751 LGA P 228 P 228 0.655 0 0.079 0.086 0.661 86.364 84.416 0.566 LGA S 229 S 229 0.768 0 0.152 0.159 0.889 81.818 84.848 0.480 LGA G 230 G 230 0.877 0 0.027 0.027 1.039 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.367 0 0.040 0.456 1.090 95.455 90.101 0.870 LGA K 232 K 232 0.354 0 0.123 0.266 1.194 95.455 90.101 1.194 LGA R 233 R 233 0.314 0 0.000 1.111 6.208 100.000 49.091 4.644 LGA W 234 W 234 0.234 0 0.041 0.125 0.623 100.000 93.506 0.615 LGA N 235 N 235 0.467 0 0.022 0.537 2.032 95.455 83.182 2.032 LGA Q 236 Q 236 0.542 0 0.000 0.922 3.722 86.364 63.232 3.722 LGA Y 237 Y 237 0.536 0 0.070 0.153 0.775 81.818 84.848 0.524 LGA T 238 T 238 0.368 0 0.000 0.032 0.428 100.000 100.000 0.362 LGA I 239 I 239 0.316 0 0.031 0.113 0.389 100.000 100.000 0.389 LGA K 240 K 240 0.628 0 0.031 0.218 3.107 86.364 65.455 3.107 LGA A 241 A 241 0.491 0 0.076 0.080 0.600 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.078 0 0.038 0.063 0.176 100.000 100.000 0.121 LGA L 243 L 243 0.172 0 0.030 0.052 0.404 100.000 100.000 0.268 LGA Q 244 Q 244 0.203 0 0.038 0.243 0.914 100.000 95.960 0.594 LGA N 245 N 245 0.196 0 0.024 0.090 0.423 100.000 100.000 0.423 LGA E 246 E 246 0.144 0 0.031 0.468 1.295 100.000 94.141 0.975 LGA V 247 V 247 0.171 0 0.000 0.035 0.368 100.000 100.000 0.272 LGA Y 248 Y 248 0.221 0 0.028 0.118 1.076 100.000 91.061 1.076 LGA I 249 I 249 0.105 0 0.012 0.024 0.220 100.000 100.000 0.220 LGA G 250 G 250 0.117 0 0.055 0.055 0.300 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.173 0 0.034 0.042 0.332 100.000 100.000 0.140 LGA V 252 V 252 0.309 0 0.037 0.098 0.634 100.000 97.403 0.634 LGA K 253 K 253 0.481 0 0.058 0.161 0.872 100.000 89.899 0.707 LGA Y 254 Y 254 0.544 0 0.029 0.239 2.210 95.455 72.121 2.210 LGA K 255 K 255 0.556 0 0.000 0.165 1.563 90.909 82.424 1.563 LGA V 256 V 256 0.666 0 0.053 0.057 0.764 81.818 81.818 0.661 LGA R 257 R 257 0.830 0 0.101 1.055 5.806 77.727 52.231 3.600 LGA E 258 E 258 0.735 0 0.054 0.290 1.327 81.818 78.182 1.327 LGA K 259 K 259 1.293 0 0.049 0.171 2.308 65.455 54.545 2.308 LGA T 260 T 260 1.357 0 0.020 0.172 1.827 58.182 61.299 1.313 LGA K 261 K 261 2.433 0 0.021 0.375 4.999 35.455 25.253 4.999 LGA D 262 D 262 1.879 0 0.021 0.062 2.015 47.727 54.773 1.233 LGA G 263 G 263 1.820 0 0.009 0.009 1.820 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.069 0 0.114 0.390 1.936 65.455 64.040 1.849 LGA R 265 R 265 1.013 0 0.077 0.936 4.408 73.636 56.529 4.408 LGA T 266 T 266 0.680 0 0.048 0.074 0.842 81.818 89.610 0.452 LGA I 267 I 267 0.399 0 0.017 0.062 0.552 90.909 93.182 0.552 LGA R 268 R 268 0.102 0 0.026 0.975 2.763 100.000 88.926 2.763 LGA P 269 P 269 0.466 0 0.000 0.023 0.545 90.909 92.208 0.420 LGA E 270 E 270 0.743 0 0.000 0.232 1.115 81.818 78.182 1.076 LGA K 271 K 271 0.982 0 0.062 0.721 5.564 81.818 47.677 5.564 LGA E 272 E 272 0.652 0 0.049 0.145 1.303 90.909 80.404 1.303 LGA Q 273 Q 273 0.278 0 0.036 0.088 0.505 100.000 97.980 0.505 LGA I 274 I 274 0.211 0 0.034 0.104 0.677 100.000 97.727 0.677 LGA V 275 V 275 0.379 0 0.018 0.039 0.631 95.455 89.610 0.583 LGA V 276 V 276 0.282 0 0.060 0.068 0.560 100.000 97.403 0.369 LGA Q 277 Q 277 0.181 0 0.041 0.558 2.458 100.000 82.222 2.458 LGA D 278 D 278 0.124 0 0.031 0.253 0.743 100.000 95.455 0.743 LGA A 279 A 279 0.195 0 0.000 0.020 0.264 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.255 0 0.028 0.207 0.487 100.000 100.000 0.327 LGA A 281 A 281 0.328 0 0.026 0.023 0.420 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.183 0 0.047 0.058 0.277 100.000 100.000 0.273 LGA I 283 I 283 0.365 0 0.044 0.061 0.619 95.455 95.455 0.397 LGA I 284 I 284 0.226 0 0.000 0.062 0.226 100.000 100.000 0.216 LGA D 285 D 285 0.361 0 0.015 0.558 1.559 100.000 91.591 1.559 LGA K 286 K 286 0.473 0 0.000 0.245 1.197 95.455 88.081 1.197 LGA E 287 E 287 0.608 0 0.015 0.279 2.241 90.909 74.141 1.968 LGA Q 288 Q 288 0.423 0 0.020 0.558 1.830 95.455 77.374 1.518 LGA F 289 F 289 0.185 0 0.029 0.106 0.383 100.000 100.000 0.301 LGA Q 290 Q 290 0.399 0 0.024 0.315 1.300 100.000 92.121 0.994 LGA Q 291 Q 291 0.373 0 0.036 0.109 0.717 100.000 91.919 0.604 LGA S 292 S 292 0.144 0 0.049 0.057 0.317 100.000 100.000 0.099 LGA Q 293 Q 293 0.399 0 0.000 0.207 0.790 95.455 91.919 0.790 LGA V 294 V 294 0.564 0 0.036 0.049 0.797 90.909 87.013 0.760 LGA K 295 K 295 0.216 0 0.069 0.197 0.562 95.455 97.980 0.138 LGA I 296 I 296 0.425 0 0.017 0.077 0.744 90.909 90.909 0.509 LGA A 297 A 297 0.857 0 0.104 0.119 1.303 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.345 0 0.000 0.203 1.385 86.818 78.182 1.385 LGA K 299 K 299 1.904 0 0.395 0.336 12.575 66.818 30.909 12.575 LGA V 300 V 300 3.318 0 0.069 0.064 6.590 26.364 15.065 6.590 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.871 0.826 1.792 88.354 82.703 68.953 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.87 96.481 98.181 13.899 LGA_LOCAL RMSD: 0.871 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.871 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.871 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.458505 * X + -0.888168 * Y + -0.030510 * Z + 150.302826 Y_new = 0.886981 * X + 0.455225 * Y + 0.077683 * Z + 152.963882 Z_new = -0.055107 * X + -0.062680 * Y + 0.996511 * Z + 145.551254 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.093698 0.055135 -0.062817 [DEG: 62.6643 3.1590 -3.5991 ] ZXZ: -2.767349 0.083557 -2.420405 [DEG: -158.5574 4.7875 -138.6790 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS110_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS110_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.87 98.181 0.87 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS110_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.992 185.085 153.410 1.00 88.14 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.364 185.818 154.518 1.00 88.29 C ATOM 1347 C GLY 165 151.842 185.675 154.601 1.00 89.57 C ATOM 1348 O GLY 165 151.190 186.431 155.320 1.00 87.14 O ATOM 1349 N LYS 166 151.250 184.718 153.879 1.00 88.96 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.811 184.438 153.935 1.00 88.81 C ATOM 1351 C LYS 166 149.477 183.651 155.208 1.00 89.57 C ATOM 1352 O LYS 166 150.203 182.739 155.598 1.00 87.56 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.338 183.722 152.652 1.00 87.33 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.509 184.580 151.377 1.00 84.33 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.036 183.898 150.081 1.00 81.16 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.241 184.834 148.881 1.00 76.12 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.856 184.279 147.549 1.00 69.02 N ATOM 1358 N TRP 167 148.353 183.984 155.843 1.00 90.73 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.860 183.273 157.025 1.00 91.43 C ATOM 1360 C TRP 167 146.996 182.081 156.610 1.00 90.97 C ATOM 1361 O TRP 167 145.922 182.250 156.037 1.00 88.19 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.099 184.232 157.930 1.00 90.61 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.706 183.629 159.237 1.00 90.78 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.548 182.990 159.502 1.00 87.73 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.497 183.570 160.467 1.00 89.38 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.558 182.549 160.822 1.00 87.46 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.732 182.883 161.441 1.00 88.58 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.775 184.042 160.831 1.00 88.35 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.224 182.662 162.747 1.00 88.02 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.257 183.822 162.129 1.00 86.38 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.489 183.133 163.076 1.00 86.00 C ATOM 1372 N ILE 168 147.453 180.891 156.915 1.00 87.51 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.873 179.610 156.482 1.00 85.87 C ATOM 1374 C ILE 168 146.503 178.691 157.648 1.00 84.74 C ATOM 1375 O ILE 168 146.054 177.561 157.451 1.00 78.48 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.822 178.872 155.519 1.00 82.61 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.172 179.570 155.270 1.00 77.36 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.092 178.637 154.177 1.00 74.74 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.205 178.628 154.679 1.00 71.24 C ATOM 1380 N SER 169 146.702 179.149 158.851 1.00 85.92 N ATOM 1381 CA SER 169 146.331 178.471 160.090 1.00 84.25 C ATOM 1382 C SER 169 144.862 178.737 160.446 1.00 83.47 C ATOM 1383 O SER 169 144.153 179.403 159.698 1.00 76.77 O ATOM 1384 CB SER 169 147.323 178.927 161.162 1.00 80.82 C ATOM 1385 OG SER 169 146.999 178.430 162.419 1.00 75.81 O ATOM 1386 N GLY 170 144.396 178.216 161.573 1.00 81.17 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.003 178.333 162.011 1.00 80.71 C ATOM 1388 C GLY 170 142.519 179.766 162.259 1.00 83.38 C ATOM 1389 O GLY 170 142.536 180.608 161.376 1.00 79.97 O ATOM 1390 N LEU 171 142.066 180.032 163.486 1.00 84.79 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.601 181.366 163.871 1.00 84.57 C ATOM 1392 C LEU 171 142.740 182.385 163.777 1.00 85.64 C ATOM 1393 O LEU 171 143.868 182.100 164.183 1.00 83.28 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.028 181.318 165.296 1.00 81.67 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.677 180.586 165.391 1.00 77.64 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.398 180.167 166.828 1.00 70.59 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.521 181.475 164.917 1.00 70.06 C ATOM 1398 N ALA 172 142.412 183.570 163.285 1.00 88.04 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.322 184.705 163.347 1.00 88.30 C ATOM 1400 C ALA 172 143.674 185.024 164.815 1.00 89.39 C ATOM 1401 O ALA 172 142.827 184.840 165.697 1.00 87.33 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.674 185.897 162.638 1.00 86.21 C ATOM 1403 N PRO 173 144.893 185.471 165.103 1.00 89.86 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.257 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1.00 88.82 O ATOM 1422 N GLY 175 143.383 190.734 167.834 1.00 91.08 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.858 191.981 167.229 1.00 91.12 C ATOM 1424 C GLY 175 143.919 191.967 165.703 1.00 92.45 C ATOM 1425 O GLY 175 144.070 193.021 165.095 1.00 89.86 O ATOM 1426 N TYR 176 143.778 190.798 165.080 1.00 92.56 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.786 190.650 163.629 1.00 92.92 C ATOM 1428 C TYR 176 142.563 189.889 163.115 1.00 92.80 C ATOM 1429 O TYR 176 142.031 188.994 163.773 1.00 91.23 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.068 189.949 163.181 1.00 92.81 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.331 190.756 163.363 1.00 93.32 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.682 191.745 162.431 1.00 88.62 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.184 190.509 164.457 1.00 88.62 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.868 192.475 162.572 1.00 87.36 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.374 191.235 164.608 1.00 87.65 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.717 192.215 163.661 1.00 91.41 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.881 192.922 163.795 1.00 90.45 O ATOM 1438 N GLN 177 142.162 190.209 161.894 1.00 91.71 N ATOM 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