####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS110_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS110_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.85 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.85 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.85 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 78 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 85 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 6 78 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 74 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 101 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 70 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 78 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 50 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 86 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 85 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 72 114 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 72 114 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 11 113 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 11 113 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 7 89 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 6 25 46 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 13 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 34 114 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 78 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 19 122 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 82 114 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 86.67 94.07 97.78 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.45 0.56 0.67 0.67 0.73 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 GDT RMS_ALL_AT 0.85 0.86 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.393 0 0.027 0.027 0.393 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.228 0 0.033 0.143 0.722 100.000 97.980 0.722 LGA W 167 W 167 0.168 0 0.197 0.245 0.736 95.455 98.701 0.304 LGA I 168 I 168 0.775 0 0.207 1.567 3.688 81.818 61.591 2.094 LGA S 169 S 169 1.419 0 0.367 0.712 3.556 73.636 59.394 3.556 LGA G 170 G 170 1.650 0 0.081 0.081 1.650 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.732 0 0.069 1.406 5.618 77.727 54.773 2.940 LGA A 172 A 172 0.372 0 0.004 0.020 0.544 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.233 0 0.000 0.102 0.282 100.000 100.000 0.256 LGA Y 174 Y 174 0.371 0 0.021 0.221 1.264 100.000 88.030 1.264 LGA G 175 G 175 0.268 0 0.064 0.064 0.288 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.279 0 0.000 0.170 0.573 100.000 96.970 0.344 LGA Q 177 Q 177 0.389 0 0.062 0.308 1.358 100.000 92.121 0.493 LGA L 178 L 178 0.169 0 0.129 0.200 1.649 82.273 80.455 1.649 LGA N 179 N 179 1.497 0 0.174 0.652 5.028 59.091 35.682 5.028 LGA K 180 K 180 4.017 0 0.286 0.965 13.438 19.091 8.485 13.438 LGA K 181 K 181 1.968 0 0.442 0.960 10.430 58.182 27.273 10.430 LGA T 182 T 182 1.142 0 0.007 1.111 3.568 69.545 60.260 3.568 LGA S 183 S 183 0.471 0 0.110 0.098 0.775 90.909 87.879 0.602 LGA K 184 K 184 0.673 0 0.072 0.873 3.021 81.818 71.111 3.021 LGA L 185 L 185 0.337 0 0.073 0.081 0.659 95.455 97.727 0.477 LGA D 186 D 186 0.214 0 0.034 0.159 0.897 100.000 95.455 0.363 LGA P 187 P 187 0.440 0 0.029 0.359 1.107 86.818 87.273 0.596 LGA V 188 V 188 0.606 0 0.000 0.019 0.678 81.818 81.818 0.678 LGA E 189 E 189 0.538 0 0.035 0.203 0.735 86.364 89.899 0.477 LGA D 190 D 190 0.459 0 0.032 0.045 0.778 100.000 90.909 0.778 LGA E 191 E 191 0.318 0 0.000 0.000 0.659 100.000 91.919 0.659 LGA A 192 A 192 0.174 0 0.033 0.028 0.232 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.175 0 0.045 0.091 0.358 100.000 100.000 0.277 LGA V 194 V 194 0.173 0 0.000 0.039 0.311 100.000 100.000 0.311 LGA V 195 V 195 0.120 0 0.000 0.012 0.237 100.000 100.000 0.127 LGA Q 196 Q 196 0.057 0 0.026 0.263 1.197 100.000 92.121 0.952 LGA L 197 L 197 0.159 0 0.000 0.050 0.264 100.000 100.000 0.264 LGA I 198 I 198 0.177 0 0.040 0.069 0.344 100.000 100.000 0.309 LGA F 199 F 199 0.154 0 0.000 0.034 0.201 100.000 100.000 0.121 LGA N 200 N 200 0.173 0 0.016 0.685 1.942 100.000 89.318 1.942 LGA I 201 I 201 0.128 0 0.027 0.039 0.189 100.000 100.000 0.100 LGA F 202 F 202 0.146 0 0.006 0.026 0.194 100.000 100.000 0.150 LGA L 203 L 203 0.188 0 0.011 0.057 0.428 100.000 100.000 0.374 LGA N 204 N 204 0.219 0 0.000 0.096 1.069 100.000 91.136 0.727 LGA G 205 G 205 0.510 0 0.031 0.031 0.556 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.588 0 0.040 0.739 2.425 81.818 78.636 0.935 LGA N 207 N 207 1.123 0 0.051 0.220 1.981 69.545 65.682 1.407 LGA G 208 G 208 1.143 0 0.094 0.094 1.518 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.272 0 0.040 0.354 1.468 65.455 71.111 1.361 LGA D 210 D 210 1.218 0 0.099 0.773 1.803 69.545 65.909 1.803 LGA Y 211 Y 211 1.796 0 0.133 0.590 1.992 54.545 53.333 1.585 LGA S 212 S 212 2.187 0 0.643 0.784 5.665 36.364 26.061 5.665 LGA Y 213 Y 213 3.218 0 0.157 1.119 14.729 33.182 11.061 14.729 LGA A 215 A 215 1.074 0 0.198 0.215 2.140 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.366 0 0.000 0.146 0.521 100.000 97.727 0.521 LGA A 217 A 217 0.274 0 0.055 0.068 0.455 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.610 0 0.000 0.129 1.474 86.364 82.121 1.474 LGA H 219 H 219 0.310 0 0.000 0.071 0.658 100.000 94.545 0.658 LGA L 220 L 220 0.348 0 0.010 0.083 0.479 100.000 100.000 0.420 LGA T 221 T 221 0.470 0 0.006 0.040 0.696 90.909 92.208 0.432 LGA N 222 N 222 0.675 0 0.042 0.059 0.930 81.818 81.818 0.688 LGA L 223 L 223 0.779 0 0.046 0.071 1.037 81.818 79.773 0.743 LGA Q 224 Q 224 0.695 0 0.047 0.135 0.940 81.818 81.818 0.824 LGA I 225 I 225 0.638 0 0.045 0.099 0.652 81.818 84.091 0.344 LGA P 226 P 226 0.504 0 0.046 0.073 0.792 86.364 84.416 0.763 LGA T 227 T 227 0.231 0 0.033 0.072 0.324 100.000 100.000 0.317 LGA P 228 P 228 0.373 0 0.082 0.087 0.397 100.000 100.000 0.351 LGA S 229 S 229 0.362 0 0.157 0.161 0.882 90.909 93.939 0.244 LGA G 230 G 230 0.676 0 0.038 0.038 1.259 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.493 0 0.042 0.454 1.495 90.909 88.081 1.495 LGA K 232 K 232 0.556 0 0.101 0.230 0.811 86.364 89.899 0.220 LGA R 233 R 233 0.374 0 0.016 0.904 4.108 100.000 55.372 3.575 LGA W 234 W 234 0.548 0 0.040 0.133 0.696 81.818 85.714 0.549 LGA N 235 N 235 0.651 0 0.022 0.540 2.176 81.818 74.318 2.176 LGA Q 236 Q 236 0.557 0 0.000 0.881 3.242 95.455 72.525 3.242 LGA Y 237 Y 237 0.404 0 0.071 0.160 1.021 95.455 88.030 1.021 LGA T 238 T 238 0.349 0 0.000 0.031 0.389 100.000 100.000 0.389 LGA I 239 I 239 0.268 0 0.033 0.104 0.336 100.000 100.000 0.336 LGA K 240 K 240 0.486 0 0.032 0.222 3.110 100.000 71.515 3.110 LGA A 241 A 241 0.361 0 0.077 0.080 0.470 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.113 0 0.038 0.061 0.146 100.000 100.000 0.134 LGA L 243 L 243 0.104 0 0.042 0.062 0.411 100.000 100.000 0.130 LGA Q 244 Q 244 0.038 0 0.028 0.240 1.056 100.000 92.121 0.691 LGA N 245 N 245 0.049 0 0.026 0.100 0.396 100.000 100.000 0.396 LGA E 246 E 246 0.150 0 0.022 0.497 1.670 100.000 90.505 0.979 LGA V 247 V 247 0.169 0 0.000 0.025 0.288 100.000 100.000 0.261 LGA Y 248 Y 248 0.223 0 0.034 0.123 1.050 100.000 91.061 1.050 LGA I 249 I 249 0.198 0 0.000 0.032 0.326 100.000 100.000 0.079 LGA G 250 G 250 0.266 0 0.036 0.036 0.266 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.087 0 0.038 0.045 0.265 100.000 100.000 0.071 LGA V 252 V 252 0.205 0 0.039 0.096 0.492 100.000 100.000 0.492 LGA K 253 K 253 0.505 0 0.061 0.126 0.901 95.455 87.879 0.889 LGA Y 254 Y 254 0.694 0 0.034 0.221 2.395 86.364 66.515 2.395 LGA K 255 K 255 0.628 0 0.000 0.176 1.364 81.818 80.000 1.364 LGA V 256 V 256 0.757 0 0.067 0.071 0.866 81.818 81.818 0.736 LGA R 257 R 257 0.959 0 0.083 1.035 5.064 73.636 55.207 2.828 LGA E 258 E 258 1.067 0 0.060 0.293 2.022 69.545 61.010 2.022 LGA K 259 K 259 1.291 0 0.049 0.231 1.565 65.455 65.657 1.075 LGA T 260 T 260 0.815 0 0.028 0.152 1.106 77.727 77.143 0.857 LGA K 261 K 261 1.174 0 0.023 0.492 3.262 69.545 60.404 3.262 LGA D 262 D 262 0.937 0 0.027 0.147 0.974 81.818 81.818 0.956 LGA G 263 G 263 1.301 0 0.019 0.019 1.470 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.107 0 0.101 0.381 2.061 65.455 59.192 1.821 LGA R 265 R 265 1.108 0 0.112 0.837 2.473 69.545 63.140 2.473 LGA T 266 T 266 1.044 0 0.046 0.068 1.112 73.636 72.468 0.987 LGA I 267 I 267 0.694 0 0.026 0.065 0.955 81.818 81.818 0.847 LGA R 268 R 268 0.359 0 0.024 0.958 2.779 100.000 87.273 2.779 LGA P 269 P 269 0.286 0 0.000 0.027 0.326 100.000 100.000 0.295 LGA E 270 E 270 0.489 0 0.000 0.210 1.094 100.000 88.081 0.742 LGA K 271 K 271 0.521 0 0.054 0.721 4.870 95.455 57.980 4.870 LGA E 272 E 272 0.265 0 0.045 0.095 0.724 100.000 93.939 0.724 LGA Q 273 Q 273 0.133 0 0.039 0.092 0.416 100.000 100.000 0.416 LGA I 274 I 274 0.273 0 0.031 0.101 0.836 100.000 97.727 0.836 LGA V 275 V 275 0.348 0 0.014 0.040 0.710 95.455 94.805 0.521 LGA V 276 V 276 0.251 0 0.060 0.067 0.484 100.000 100.000 0.280 LGA Q 277 Q 277 0.168 0 0.041 0.588 2.787 100.000 79.596 2.787 LGA D 278 D 278 0.139 0 0.040 0.250 0.662 100.000 95.455 0.662 LGA A 279 A 279 0.171 0 0.000 0.013 0.264 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.279 0 0.026 0.217 0.616 100.000 98.182 0.499 LGA A 281 A 281 0.351 0 0.024 0.019 0.403 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.221 0 0.036 0.050 0.296 100.000 100.000 0.254 LGA I 283 I 283 0.371 0 0.043 0.061 0.618 95.455 95.455 0.375 LGA I 284 I 284 0.237 0 0.000 0.063 0.284 100.000 100.000 0.258 LGA D 285 D 285 0.209 0 0.000 0.041 0.282 100.000 100.000 0.282 LGA K 286 K 286 0.131 0 0.000 0.234 1.424 100.000 92.121 1.424 LGA E 287 E 287 0.242 0 0.021 0.281 1.779 100.000 86.869 1.134 LGA Q 288 Q 288 0.236 0 0.017 0.266 1.823 100.000 83.232 1.555 LGA F 289 F 289 0.119 0 0.014 0.104 0.347 100.000 100.000 0.282 LGA Q 290 Q 290 0.144 0 0.022 1.216 3.804 100.000 70.303 3.804 LGA Q 291 Q 291 0.079 0 0.034 0.125 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA S 292 S 292 0.096 0 0.041 0.050 0.208 100.000 100.000 0.119 LGA Q 293 Q 293 0.164 0 0.000 0.207 0.630 100.000 97.980 0.630 LGA V 294 V 294 0.248 0 0.032 0.047 0.389 100.000 100.000 0.360 LGA K 295 K 295 0.209 0 0.072 0.188 0.713 95.455 97.980 0.318 LGA I 296 I 296 0.440 0 0.008 0.069 0.749 90.909 93.182 0.303 LGA A 297 A 297 0.705 0 0.100 0.114 1.237 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.508 0 0.000 0.189 1.401 78.182 80.000 0.918 LGA K 299 K 299 2.072 0 0.374 0.311 12.636 67.273 30.505 12.636 LGA V 300 V 300 3.287 0 0.069 0.067 6.566 26.364 15.065 6.566 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.849 0.794 1.734 88.822 83.726 72.101 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.85 96.111 98.112 14.230 LGA_LOCAL RMSD: 0.849 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.849 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.849 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.667997 * X + 0.447982 * Y + -0.594216 * Z + 150.044464 Y_new = -0.584686 * X + -0.809915 * Y + 0.046685 * Z + 144.773163 Z_new = -0.460350 * X + 0.378615 * Y + 0.802950 * Z + 137.045975 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.422603 0.478390 0.440613 [DEG: -138.8049 27.4097 25.2453 ] ZXZ: -1.649201 0.638569 -0.882516 [DEG: -94.4922 36.5873 -50.5644 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS110_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS110_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.85 98.112 0.85 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS110_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 154.141 185.135 153.359 1.00 86.90 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.522 185.859 154.476 1.00 87.08 C ATOM 1347 C GLY 165 151.998 185.731 154.555 1.00 88.27 C ATOM 1348 O GLY 165 151.352 186.504 155.263 1.00 85.65 O ATOM 1349 N LYS 166 151.394 184.778 153.848 1.00 88.55 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.958 184.505 153.912 1.00 88.42 C ATOM 1351 C LYS 166 149.626 183.717 155.187 1.00 89.17 C ATOM 1352 O LYS 166 150.357 182.808 155.577 1.00 87.38 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.475 183.771 152.643 1.00 86.90 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.647 184.590 151.341 1.00 83.68 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.117 183.850 150.098 1.00 80.56 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.261 184.703 148.826 1.00 75.21 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.737 184.046 147.593 1.00 68.48 N ATOM 1358 N TRP 167 148.496 184.045 155.820 1.00 88.81 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.985 183.298 156.975 1.00 89.32 C ATOM 1360 C TRP 167 147.119 182.134 156.502 1.00 88.87 C ATOM 1361 O TRP 167 146.048 182.338 155.937 1.00 86.10 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.213 184.230 157.894 1.00 88.50 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.837 183.585 159.187 1.00 88.54 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.710 182.892 159.438 1.00 85.77 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.635 183.535 160.413 1.00 87.18 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.744 182.416 160.741 1.00 85.46 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.904 182.784 161.368 1.00 86.50 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.889 184.049 160.787 1.00 86.37 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.413 182.545 162.661 1.00 86.08 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.390 183.816 162.074 1.00 84.73 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.659 183.065 162.995 1.00 84.16 C ATOM 1372 N ILE 168 147.563 180.922 156.757 1.00 87.83 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.954 179.688 156.232 1.00 86.37 C ATOM 1374 C ILE 168 146.538 178.699 157.328 1.00 85.44 C ATOM 1375 O ILE 168 146.312 177.517 157.055 1.00 80.30 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.892 179.031 155.204 1.00 83.32 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.281 178.743 155.814 1.00 78.18 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 148.014 179.909 153.948 1.00 75.49 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.106 177.780 154.965 1.00 71.56 C ATOM 1380 N SER 169 146.466 179.159 158.570 1.00 84.71 N ATOM 1381 CA SER 169 146.233 178.297 159.723 1.00 83.36 C ATOM 1382 C SER 169 145.208 178.871 160.690 1.00 82.05 C ATOM 1383 O SER 169 145.396 179.961 161.212 1.00 75.75 O ATOM 1384 CB SER 169 147.567 178.070 160.435 1.00 80.02 C ATOM 1385 OG SER 169 147.410 177.241 161.548 1.00 74.37 O ATOM 1386 N GLY 170 144.161 178.097 160.969 1.00 80.48 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.208 178.306 162.056 1.00 80.12 C ATOM 1388 C GLY 170 142.601 179.704 162.167 1.00 82.49 C ATOM 1389 O GLY 170 142.417 180.414 161.181 1.00 79.14 O ATOM 1390 N LEU 171 142.255 180.074 163.419 1.00 83.75 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.760 181.405 163.746 1.00 83.38 C ATOM 1392 C LEU 171 142.903 182.418 163.671 1.00 84.42 C ATOM 1393 O LEU 171 144.031 182.121 164.067 1.00 82.30 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.133 181.388 165.149 1.00 80.40 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.794 180.627 165.210 1.00 76.07 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.475 180.223 166.642 1.00 69.89 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.635 181.487 164.689 1.00 68.74 C ATOM 1398 N ALA 172 142.568 183.617 163.207 1.00 86.43 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.489 184.741 163.279 1.00 86.81 C ATOM 1400 C ALA 172 143.854 185.045 164.748 1.00 87.78 C ATOM 1401 O ALA 172 143.020 184.844 165.637 1.00 85.82 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.848 185.942 162.582 1.00 84.73 C ATOM 1403 N PRO 173 145.067 185.527 165.025 1.00 88.75 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.433 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1.00 87.63 O ATOM 1422 N GLY 175 143.414 190.686 167.812 1.00 89.38 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.870 191.939 167.211 1.00 89.34 C ATOM 1424 C GLY 175 143.943 191.923 165.689 1.00 90.75 C ATOM 1425 O GLY 175 144.075 192.985 165.079 1.00 88.02 O ATOM 1426 N TYR 176 143.836 190.753 165.058 1.00 91.26 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.858 190.603 163.611 1.00 91.72 C ATOM 1428 C TYR 176 142.649 189.827 163.087 1.00 91.53 C ATOM 1429 O TYR 176 142.116 188.934 163.745 1.00 89.84 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.150 189.915 163.167 1.00 91.72 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.400 190.738 163.348 1.00 92.41 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.751 191.710 162.400 1.00 87.48 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.243 190.524 164.455 1.00 87.61 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.929 192.454 162.537 1.00 86.46 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.423 191.266 164.606 1.00 86.81 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.768 192.228 163.640 1.00 90.79 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.929 192.944 163.770 1.00 89.94 O ATOM 1438 N GLN 177 142.258 190.122 161.843 1.00 90.81 N ATOM 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