####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS110_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS110_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 72 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 17 110 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 6 98 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 62 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 101 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 80 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 103 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 73 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 79 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 75 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 88 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 72 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 109 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 106 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 93 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 68.89 88.89 94.07 97.78 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.45 0.55 0.65 0.65 0.70 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 GDT RMS_ALL_AT 0.87 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.537 0 0.038 0.038 0.551 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.442 0 0.026 0.134 0.929 95.455 91.919 0.929 LGA W 167 W 167 0.218 0 0.212 0.225 0.669 95.455 98.701 0.275 LGA I 168 I 168 0.811 0 0.089 0.897 2.411 81.818 70.227 1.259 LGA S 169 S 169 1.261 0 0.570 0.733 2.856 60.000 53.030 2.507 LGA G 170 G 170 1.503 0 0.073 0.073 1.756 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.905 0 0.042 1.398 5.646 77.727 52.727 2.864 LGA A 172 A 172 0.460 0 0.000 0.016 0.650 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.099 0 0.000 0.227 0.612 100.000 97.403 0.612 LGA Y 174 Y 174 0.393 0 0.015 0.224 1.366 100.000 86.667 1.366 LGA G 175 G 175 0.302 0 0.062 0.062 0.350 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.365 0 0.000 0.179 0.573 100.000 96.970 0.324 LGA Q 177 Q 177 0.471 0 0.062 0.331 1.444 95.455 88.081 0.625 LGA L 178 L 178 0.271 0 0.132 0.219 1.647 82.273 78.182 1.647 LGA N 179 N 179 1.378 0 0.169 0.649 4.973 62.273 37.500 4.973 LGA K 180 K 180 4.005 0 0.285 0.968 13.493 19.091 8.485 13.493 LGA K 181 K 181 1.788 0 0.451 0.957 10.277 65.909 30.707 10.277 LGA T 182 T 182 0.877 0 0.012 1.113 3.328 81.818 70.390 3.328 LGA S 183 S 183 0.698 0 0.110 0.098 1.048 86.364 82.121 0.950 LGA K 184 K 184 0.741 0 0.067 0.854 2.608 81.818 72.121 2.608 LGA L 185 L 185 0.226 0 0.070 0.078 0.511 95.455 97.727 0.416 LGA D 186 D 186 0.204 0 0.036 0.145 0.820 100.000 97.727 0.339 LGA P 187 P 187 0.511 0 0.023 0.369 1.225 82.273 84.675 0.715 LGA V 188 V 188 0.734 0 0.018 0.024 0.837 81.818 81.818 0.837 LGA E 189 E 189 0.676 0 0.024 0.230 0.790 81.818 81.818 0.639 LGA D 190 D 190 0.555 0 0.024 0.034 0.860 90.909 86.364 0.860 LGA E 191 E 191 0.410 0 0.000 0.016 0.760 100.000 89.899 0.760 LGA A 192 A 192 0.263 0 0.017 0.015 0.338 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.226 0 0.045 0.090 0.456 100.000 100.000 0.365 LGA V 194 V 194 0.185 0 0.000 0.046 0.332 100.000 100.000 0.332 LGA V 195 V 195 0.093 0 0.000 0.012 0.254 100.000 100.000 0.112 LGA Q 196 Q 196 0.106 0 0.033 0.251 1.165 100.000 92.121 0.988 LGA L 197 L 197 0.188 0 0.000 0.039 0.281 100.000 100.000 0.281 LGA I 198 I 198 0.153 0 0.035 0.069 0.331 100.000 100.000 0.256 LGA F 199 F 199 0.157 0 0.013 0.036 0.226 100.000 100.000 0.076 LGA N 200 N 200 0.215 0 0.015 0.687 1.612 100.000 89.545 1.612 LGA I 201 I 201 0.122 0 0.023 0.048 0.211 100.000 100.000 0.079 LGA F 202 F 202 0.143 0 0.000 0.028 0.304 100.000 100.000 0.304 LGA L 203 L 203 0.263 0 0.026 0.069 0.642 100.000 95.455 0.534 LGA N 204 N 204 0.258 0 0.000 0.106 1.113 100.000 88.864 0.828 LGA G 205 G 205 0.347 0 0.033 0.033 0.428 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.405 0 0.017 0.222 0.935 90.909 93.182 0.287 LGA N 207 N 207 0.755 0 0.038 0.218 1.626 81.818 75.909 0.980 LGA G 208 G 208 0.929 0 0.091 0.091 1.474 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.109 0 0.045 0.164 2.333 65.455 59.192 2.333 LGA D 210 D 210 1.130 0 0.081 0.737 1.653 69.545 65.909 1.627 LGA Y 211 Y 211 1.645 0 0.121 0.582 1.933 58.182 56.970 1.605 LGA S 212 S 212 2.244 0 0.642 0.782 5.842 41.818 29.697 5.842 LGA Y 213 Y 213 3.031 0 0.158 1.108 14.530 39.545 13.333 14.530 LGA A 215 A 215 1.009 0 0.197 0.215 2.036 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.353 0 0.000 0.149 0.541 100.000 95.455 0.540 LGA A 217 A 217 0.243 0 0.055 0.067 0.318 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.522 0 0.009 0.125 1.321 95.455 88.182 1.321 LGA H 219 H 219 0.316 0 0.000 0.079 0.700 100.000 94.545 0.700 LGA L 220 L 220 0.282 0 0.000 0.081 0.488 100.000 100.000 0.488 LGA T 221 T 221 0.269 0 0.015 0.037 0.406 100.000 100.000 0.216 LGA N 222 N 222 0.414 0 0.039 0.053 0.618 95.455 95.455 0.506 LGA L 223 L 223 0.553 0 0.043 0.064 0.796 86.364 84.091 0.623 LGA Q 224 Q 224 0.524 0 0.045 0.158 0.937 90.909 87.879 0.803 LGA I 225 I 225 0.472 0 0.047 0.097 0.504 100.000 97.727 0.208 LGA P 226 P 226 0.424 0 0.033 0.066 0.694 90.909 89.610 0.688 LGA T 227 T 227 0.322 0 0.034 0.076 0.425 100.000 100.000 0.425 LGA P 228 P 228 0.478 0 0.084 0.089 0.488 100.000 100.000 0.427 LGA S 229 S 229 0.507 0 0.152 0.161 0.728 86.364 90.909 0.293 LGA G 230 G 230 0.677 0 0.032 0.032 1.077 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.271 0 0.055 0.458 1.265 100.000 92.121 1.265 LGA K 232 K 232 0.339 0 0.113 0.242 0.769 95.455 95.960 0.590 LGA R 233 R 233 0.223 0 0.021 0.968 4.317 100.000 54.380 3.632 LGA W 234 W 234 0.264 0 0.045 0.127 0.535 100.000 97.403 0.494 LGA N 235 N 235 0.468 0 0.000 0.598 2.291 95.455 81.136 2.291 LGA Q 236 Q 236 0.530 0 0.000 0.959 3.752 90.909 68.283 3.752 LGA Y 237 Y 237 0.547 0 0.065 0.149 0.793 86.364 83.333 0.688 LGA T 238 T 238 0.359 0 0.014 0.037 0.409 100.000 100.000 0.362 LGA I 239 I 239 0.297 0 0.023 0.117 0.363 100.000 100.000 0.363 LGA K 240 K 240 0.569 0 0.024 0.198 2.944 95.455 71.717 2.944 LGA A 241 A 241 0.441 0 0.079 0.085 0.580 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.071 0 0.035 0.068 0.175 100.000 100.000 0.091 LGA L 243 L 243 0.122 0 0.036 0.056 0.384 100.000 100.000 0.232 LGA Q 244 Q 244 0.113 0 0.037 0.255 1.107 100.000 92.121 0.648 LGA N 245 N 245 0.096 0 0.013 0.092 0.362 100.000 100.000 0.362 LGA E 246 E 246 0.056 0 0.030 0.479 1.534 100.000 88.687 1.044 LGA V 247 V 247 0.099 0 0.000 0.031 0.255 100.000 100.000 0.189 LGA Y 248 Y 248 0.193 0 0.035 0.121 1.004 100.000 91.061 1.004 LGA I 249 I 249 0.146 0 0.021 0.028 0.261 100.000 100.000 0.145 LGA G 250 G 250 0.220 0 0.054 0.054 0.230 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.099 0 0.037 0.041 0.259 100.000 100.000 0.057 LGA V 252 V 252 0.237 0 0.047 0.106 0.621 100.000 97.403 0.621 LGA K 253 K 253 0.504 0 0.058 0.142 0.861 95.455 87.879 0.707 LGA Y 254 Y 254 0.578 0 0.032 0.242 2.339 95.455 70.909 2.339 LGA K 255 K 255 0.490 0 0.000 0.165 1.355 95.455 90.101 1.355 LGA V 256 V 256 0.622 0 0.058 0.061 0.754 81.818 81.818 0.587 LGA R 257 R 257 0.785 0 0.096 1.051 5.469 77.727 54.215 3.432 LGA E 258 E 258 0.631 0 0.051 0.268 1.370 81.818 78.182 1.370 LGA K 259 K 259 0.905 0 0.043 0.239 1.215 81.818 74.545 1.004 LGA T 260 T 260 1.062 0 0.013 0.089 1.411 69.545 72.468 0.997 LGA K 261 K 261 1.867 0 0.023 0.159 2.424 47.727 43.838 2.424 LGA D 262 D 262 1.647 0 0.026 0.860 2.847 58.182 47.045 2.794 LGA G 263 G 263 1.430 0 0.021 0.021 1.430 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 0.873 0 0.080 0.452 1.844 81.818 73.131 1.844 LGA R 265 R 265 0.790 0 0.081 0.880 3.891 81.818 58.843 3.891 LGA T 266 T 266 0.610 0 0.046 0.072 0.702 90.909 92.208 0.477 LGA I 267 I 267 0.370 0 0.027 0.065 0.589 95.455 95.455 0.589 LGA R 268 R 268 0.152 0 0.024 0.960 2.591 100.000 88.926 2.591 LGA P 269 P 269 0.449 0 0.000 0.025 0.528 90.909 94.805 0.379 LGA E 270 E 270 0.672 0 0.000 0.244 1.110 81.818 80.000 1.110 LGA K 271 K 271 0.837 0 0.057 0.721 5.269 81.818 51.515 5.269 LGA E 272 E 272 0.508 0 0.037 0.074 0.742 90.909 85.859 0.742 LGA Q 273 Q 273 0.226 0 0.038 0.104 0.550 100.000 97.980 0.550 LGA I 274 I 274 0.215 0 0.033 0.103 0.667 100.000 97.727 0.667 LGA V 275 V 275 0.294 0 0.017 0.040 0.530 95.455 97.403 0.464 LGA V 276 V 276 0.203 0 0.058 0.066 0.540 100.000 97.403 0.323 LGA Q 277 Q 277 0.197 0 0.044 0.594 2.917 100.000 79.596 2.917 LGA D 278 D 278 0.236 0 0.043 0.216 0.628 100.000 97.727 0.478 LGA A 279 A 279 0.259 0 0.000 0.019 0.311 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.316 0 0.028 0.220 0.554 100.000 98.182 0.448 LGA A 281 A 281 0.390 0 0.025 0.023 0.467 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.280 0 0.036 0.052 0.368 100.000 100.000 0.302 LGA I 283 I 283 0.426 0 0.046 0.057 0.664 95.455 95.455 0.392 LGA I 284 I 284 0.260 0 0.000 0.060 0.267 100.000 100.000 0.252 LGA D 285 D 285 0.319 0 0.000 0.601 1.521 100.000 89.545 1.149 LGA K 286 K 286 0.290 0 0.000 0.254 1.410 100.000 92.121 1.410 LGA E 287 E 287 0.385 0 0.028 0.282 1.871 100.000 86.869 1.311 LGA Q 288 Q 288 0.297 0 0.023 0.324 2.135 100.000 83.434 1.489 LGA F 289 F 289 0.154 0 0.021 0.106 0.302 100.000 100.000 0.239 LGA Q 290 Q 290 0.295 0 0.027 1.194 3.625 100.000 71.313 3.625 LGA Q 291 Q 291 0.205 0 0.031 0.112 0.509 100.000 97.980 0.509 LGA S 292 S 292 0.047 0 0.053 0.682 2.247 100.000 89.697 2.247 LGA Q 293 Q 293 0.316 0 0.014 0.216 0.716 95.455 93.939 0.716 LGA V 294 V 294 0.500 0 0.039 0.061 0.686 100.000 92.208 0.686 LGA K 295 K 295 0.214 0 0.072 0.185 0.686 95.455 97.980 0.272 LGA I 296 I 296 0.480 0 0.016 0.072 0.808 90.909 93.182 0.474 LGA A 297 A 297 0.883 0 0.093 0.108 1.392 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.456 0 0.000 0.217 1.029 82.273 82.273 1.007 LGA K 299 K 299 1.676 0 0.376 0.375 12.661 66.818 30.909 12.661 LGA V 300 V 300 3.874 0 0.076 0.072 7.335 16.364 9.351 7.335 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.843 0.804 1.739 89.700 83.982 70.588 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.84 96.667 98.288 14.309 LGA_LOCAL RMSD: 0.843 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.844 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.843 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.864073 * X + 0.154707 * Y + -0.479002 * Z + 156.091431 Y_new = 0.311123 * X + 0.583918 * Y + 0.749828 * Z + 150.471420 Z_new = 0.395702 * X + -0.796935 * Y + 0.456415 * Z + 147.141022 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.345613 -0.406832 -1.050682 [DEG: 19.8022 -23.3098 -60.1996 ] ZXZ: -2.573120 1.096834 2.680725 [DEG: -147.4289 62.8440 153.5942 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS110_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS110_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.84 98.288 0.84 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS110_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.921 185.037 153.268 1.00 88.44 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.318 185.790 154.377 1.00 88.55 C ATOM 1347 C GLY 165 151.794 185.667 154.480 1.00 89.85 C ATOM 1348 O GLY 165 151.163 186.433 155.208 1.00 87.57 O ATOM 1349 N LYS 166 151.176 184.716 153.769 1.00 89.57 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.738 184.448 153.848 1.00 89.51 C ATOM 1351 C LYS 166 149.421 183.653 155.122 1.00 90.38 C ATOM 1352 O LYS 166 150.163 182.751 155.508 1.00 88.57 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.234 183.738 152.572 1.00 88.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.405 184.592 151.288 1.00 85.07 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.877 183.912 150.010 1.00 81.56 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.074 184.841 148.794 1.00 76.58 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.617 184.277 147.488 1.00 69.34 N ATOM 1358 N TRP 167 148.297 183.961 155.766 1.00 90.33 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.825 183.236 156.951 1.00 91.13 C ATOM 1360 C TRP 167 146.999 182.019 156.540 1.00 90.78 C ATOM 1361 O TRP 167 145.945 182.155 155.924 1.00 88.11 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.025 184.176 157.848 1.00 90.43 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.660 183.567 159.165 1.00 90.68 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.518 182.904 159.446 1.00 88.07 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.469 183.529 160.379 1.00 89.37 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.560 182.461 160.766 1.00 87.74 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.737 182.824 161.365 1.00 88.88 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.738 184.026 160.724 1.00 88.83 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.254 182.609 162.661 1.00 88.36 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.253 183.818 162.011 1.00 87.04 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.516 183.111 162.968 1.00 86.45 C ATOM 1372 N ILE 168 147.468 180.830 156.902 1.00 88.11 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.903 179.547 156.447 1.00 86.65 C ATOM 1374 C ILE 168 146.466 178.657 157.614 1.00 85.74 C ATOM 1375 O ILE 168 145.870 177.599 157.421 1.00 79.82 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.916 178.799 155.556 1.00 83.30 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.769 179.748 154.678 1.00 78.57 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.185 177.804 154.631 1.00 75.76 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.980 179.033 154.099 1.00 72.09 C ATOM 1380 N SER 169 146.754 179.063 158.839 1.00 84.62 N ATOM 1381 CA SER 169 146.292 178.389 160.048 1.00 83.25 C ATOM 1382 C SER 169 144.816 178.696 160.339 1.00 82.49 C ATOM 1383 O SER 169 144.133 179.326 159.527 1.00 76.65 O ATOM 1384 CB SER 169 147.235 178.719 161.207 1.00 79.98 C ATOM 1385 OG SER 169 147.326 180.092 161.443 1.00 75.14 O ATOM 1386 N GLY 170 144.296 178.215 161.473 1.00 80.09 N ATOM 1387 CA 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