####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS091_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS091_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 81 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 55 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 103 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 15 102 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 58 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 14 107 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 5 119 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 82 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 25 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 78 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 35 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 65 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 65 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 71 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 50 112 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 7 110 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 29 110 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 29 101 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 4 18 96 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 14 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 31 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 74 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 78 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 51 121 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 68 114 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 115 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 85.19 91.85 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.49 0.60 0.71 0.76 0.81 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.94 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.369 0 0.070 0.070 0.614 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.482 0 0.048 0.127 0.985 90.909 89.899 0.985 LGA W 167 W 167 0.230 0 0.222 0.217 0.862 95.455 94.805 0.649 LGA I 168 I 168 0.955 0 0.213 1.587 3.787 81.818 65.227 1.827 LGA S 169 S 169 1.320 0 0.576 0.598 3.273 54.091 53.030 1.629 LGA G 170 G 170 1.458 0 0.038 0.038 1.727 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.891 0 0.027 1.355 5.664 77.727 52.727 2.794 LGA A 172 A 172 0.399 0 0.010 0.021 0.543 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.335 0 0.071 0.247 0.877 90.909 94.805 0.362 LGA Y 174 Y 174 0.538 0 0.096 0.312 1.646 81.818 76.515 1.646 LGA G 175 G 175 0.545 0 0.015 0.015 0.564 86.364 86.364 - LGA Y 176 Y 176 0.469 0 0.026 0.175 0.591 100.000 93.939 0.322 LGA Q 177 Q 177 0.568 0 0.047 0.114 0.942 90.909 85.859 0.572 LGA L 178 L 178 0.268 0 0.147 0.150 1.333 82.273 77.955 1.333 LGA N 179 N 179 1.453 0 0.236 0.711 5.162 62.273 37.273 5.162 LGA K 180 K 180 4.245 0 0.182 1.050 14.099 16.364 7.273 14.099 LGA K 181 K 181 1.766 0 0.372 1.214 11.700 58.182 27.879 11.700 LGA T 182 T 182 0.970 0 0.000 1.137 3.532 77.727 64.935 3.532 LGA S 183 S 183 0.578 0 0.160 0.157 0.738 86.364 84.848 0.507 LGA K 184 K 184 0.898 0 0.060 0.951 3.513 81.818 68.485 3.513 LGA L 185 L 185 0.359 0 0.089 0.130 0.679 95.455 97.727 0.360 LGA D 186 D 186 0.242 0 0.000 0.228 1.217 100.000 93.409 0.401 LGA P 187 P 187 0.484 0 0.086 0.398 1.459 86.818 87.273 0.762 LGA V 188 V 188 0.688 0 0.022 0.032 0.810 81.818 81.818 0.797 LGA E 189 E 189 0.798 0 0.026 0.135 0.941 81.818 81.818 0.535 LGA D 190 D 190 0.857 0 0.063 0.087 1.895 81.818 68.182 1.895 LGA E 191 E 191 0.534 0 0.021 0.141 1.333 90.909 82.222 0.934 LGA A 192 A 192 0.438 0 0.031 0.027 0.466 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.353 0 0.037 0.233 0.681 100.000 97.980 0.681 LGA V 194 V 194 0.354 0 0.000 0.037 0.584 100.000 97.403 0.470 LGA V 195 V 195 0.260 0 0.000 0.030 0.298 100.000 100.000 0.207 LGA Q 196 Q 196 0.223 0 0.041 0.207 1.048 100.000 92.121 0.659 LGA L 197 L 197 0.309 0 0.000 0.059 0.706 100.000 93.182 0.629 LGA I 198 I 198 0.193 0 0.014 0.050 0.305 100.000 100.000 0.305 LGA F 199 F 199 0.208 0 0.000 0.056 0.280 100.000 100.000 0.232 LGA N 200 N 200 0.343 0 0.064 0.887 2.867 100.000 80.455 2.867 LGA I 201 I 201 0.248 0 0.020 0.042 0.366 100.000 100.000 0.238 LGA F 202 F 202 0.074 0 0.009 0.046 0.247 100.000 100.000 0.247 LGA L 203 L 203 0.034 0 0.028 0.085 0.284 100.000 100.000 0.167 LGA N 204 N 204 0.059 0 0.054 0.216 1.180 95.455 88.864 0.769 LGA G 205 G 205 0.414 0 0.068 0.068 0.557 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.438 0 0.000 0.059 0.794 90.909 90.909 0.720 LGA N 207 N 207 1.012 0 0.000 0.076 1.380 69.545 71.591 0.945 LGA G 208 G 208 1.281 0 0.060 0.060 1.607 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.422 0 0.058 0.660 1.779 65.455 69.899 1.302 LGA D 210 D 210 1.368 0 0.017 0.691 1.824 65.455 61.818 1.824 LGA Y 211 Y 211 1.668 0 0.096 0.600 1.995 54.545 55.758 1.582 LGA S 212 S 212 2.196 0 0.632 0.734 5.589 41.818 29.697 5.589 LGA Y 213 Y 213 3.091 0 0.176 1.139 14.622 36.364 12.273 14.622 LGA A 215 A 215 0.957 0 0.171 0.187 2.009 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.366 0 0.000 0.099 0.606 100.000 95.455 0.606 LGA A 217 A 217 0.185 0 0.018 0.027 0.262 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.409 0 0.000 0.116 1.106 100.000 91.212 1.106 LGA H 219 H 219 0.283 0 0.015 0.123 0.684 100.000 92.727 0.680 LGA L 220 L 220 0.261 0 0.000 0.072 0.299 100.000 100.000 0.299 LGA T 221 T 221 0.305 0 0.000 0.000 0.444 100.000 100.000 0.164 LGA N 222 N 222 0.452 0 0.042 0.224 0.848 95.455 95.455 0.848 LGA L 223 L 223 0.544 0 0.048 0.057 0.599 86.364 88.636 0.492 LGA Q 224 Q 224 0.646 0 0.056 0.318 1.312 81.818 80.000 1.312 LGA I 225 I 225 0.598 0 0.051 0.068 0.607 86.364 86.364 0.389 LGA P 226 P 226 0.537 0 0.035 0.058 0.791 86.364 84.416 0.740 LGA T 227 T 227 0.281 0 0.033 0.072 0.522 95.455 97.403 0.498 LGA P 228 P 228 0.520 0 0.062 0.077 0.548 90.909 89.610 0.501 LGA S 229 S 229 0.507 0 0.099 0.145 0.720 81.818 87.879 0.349 LGA G 230 G 230 0.757 0 0.040 0.040 1.145 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.434 0 0.037 0.450 1.178 100.000 90.303 1.178 LGA K 232 K 232 0.593 0 0.283 0.393 1.982 78.636 84.444 0.870 LGA R 233 R 233 0.299 0 0.021 1.016 5.573 100.000 53.554 4.231 LGA W 234 W 234 0.594 0 0.099 0.163 0.902 81.818 85.714 0.691 LGA N 235 N 235 0.758 0 0.027 0.556 2.227 90.909 74.773 2.227 LGA Q 236 Q 236 0.448 0 0.000 1.110 4.257 100.000 70.505 4.257 LGA Y 237 Y 237 0.322 0 0.090 0.211 0.797 90.909 89.394 0.507 LGA T 238 T 238 0.389 0 0.000 0.089 0.535 100.000 97.403 0.535 LGA I 239 I 239 0.359 0 0.072 0.101 0.381 100.000 100.000 0.234 LGA K 240 K 240 0.656 0 0.020 0.240 3.305 86.364 65.455 3.305 LGA A 241 A 241 0.478 0 0.020 0.027 0.609 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.205 0 0.046 0.058 0.537 95.455 97.727 0.148 LGA L 243 L 243 0.287 0 0.111 0.123 0.874 95.455 97.727 0.361 LGA Q 244 Q 244 0.173 0 0.000 0.223 1.172 100.000 92.121 0.821 LGA N 245 N 245 0.243 0 0.021 0.049 0.377 100.000 100.000 0.135 LGA E 246 E 246 0.114 0 0.040 0.228 0.558 100.000 97.980 0.423 LGA V 247 V 247 0.073 0 0.031 0.037 0.324 100.000 100.000 0.292 LGA Y 248 Y 248 0.157 0 0.034 0.198 1.467 100.000 89.697 1.467 LGA I 249 I 249 0.235 0 0.043 0.065 0.392 100.000 100.000 0.238 LGA G 250 G 250 0.263 0 0.042 0.042 0.294 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.159 0 0.062 0.068 0.253 100.000 100.000 0.108 LGA V 252 V 252 0.274 0 0.057 0.116 0.570 100.000 97.403 0.570 LGA K 253 K 253 0.821 0 0.036 0.200 0.843 81.818 81.818 0.768 LGA Y 254 Y 254 0.715 0 0.045 0.228 2.821 81.818 60.758 2.821 LGA K 255 K 255 0.670 0 0.055 0.357 2.059 77.727 75.152 2.059 LGA V 256 V 256 0.900 0 0.082 0.087 1.056 77.727 79.481 0.954 LGA R 257 R 257 1.111 0 0.092 1.093 5.721 65.455 45.124 2.692 LGA E 258 E 258 1.014 0 0.030 0.293 1.964 69.545 62.424 1.964 LGA K 259 K 259 1.631 0 0.061 0.162 2.785 61.818 45.051 2.785 LGA T 260 T 260 1.062 0 0.000 0.067 1.649 61.818 70.390 0.792 LGA K 261 K 261 2.213 0 0.060 0.240 3.800 38.636 30.707 3.800 LGA D 262 D 262 1.786 0 0.031 0.069 1.912 50.909 58.409 0.952 LGA G 263 G 263 2.015 0 0.102 0.102 2.625 41.818 41.818 - LGA K 264 K 264 1.625 0 0.176 0.609 3.555 58.182 45.657 3.555 LGA R 265 R 265 1.362 0 0.225 0.945 4.680 58.636 46.116 4.680 LGA T 266 T 266 1.057 0 0.055 0.122 1.208 73.636 77.143 0.850 LGA I 267 I 267 0.766 0 0.008 0.088 0.884 81.818 81.818 0.867 LGA R 268 R 268 0.536 0 0.026 1.102 3.009 81.818 69.256 3.009 LGA P 269 P 269 0.511 0 0.014 0.026 0.511 95.455 97.403 0.438 LGA E 270 E 270 0.650 0 0.025 0.320 1.850 81.818 73.131 1.850 LGA K 271 K 271 0.834 0 0.129 0.679 5.776 81.818 47.677 5.776 LGA E 272 E 272 0.578 0 0.105 0.184 1.663 86.364 74.949 1.663 LGA Q 273 Q 273 0.034 0 0.059 0.125 0.647 100.000 97.980 0.647 LGA I 274 I 274 0.120 0 0.027 0.107 0.683 100.000 97.727 0.683 LGA V 275 V 275 0.330 0 0.028 0.060 0.601 95.455 97.403 0.361 LGA V 276 V 276 0.376 0 0.031 0.008 0.413 100.000 100.000 0.394 LGA Q 277 Q 277 0.462 0 0.040 0.557 1.939 100.000 83.232 1.871 LGA D 278 D 278 0.191 0 0.035 0.563 1.604 100.000 89.545 1.604 LGA A 279 A 279 0.106 0 0.000 0.009 0.256 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.251 0 0.025 0.285 0.706 100.000 92.727 0.620 LGA A 281 A 281 0.331 0 0.022 0.021 0.388 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.282 0 0.043 0.042 0.326 100.000 100.000 0.322 LGA I 283 I 283 0.357 0 0.030 0.032 0.456 100.000 100.000 0.326 LGA I 284 I 284 0.195 0 0.017 0.040 0.218 100.000 100.000 0.139 LGA D 285 D 285 0.234 0 0.042 0.650 2.127 100.000 87.727 2.127 LGA K 286 K 286 0.227 0 0.000 0.222 1.137 100.000 92.121 1.137 LGA E 287 E 287 0.403 0 0.024 0.433 1.971 100.000 86.465 0.952 LGA Q 288 Q 288 0.227 0 0.030 0.197 1.413 100.000 88.485 1.413 LGA F 289 F 289 0.255 0 0.059 0.087 0.519 100.000 98.347 0.436 LGA Q 290 Q 290 0.269 0 0.032 0.855 3.691 100.000 75.152 3.691 LGA Q 291 Q 291 0.196 0 0.044 0.091 0.391 100.000 100.000 0.171 LGA S 292 S 292 0.202 0 0.050 0.059 0.329 100.000 100.000 0.329 LGA Q 293 Q 293 0.235 0 0.000 0.119 0.885 100.000 93.939 0.742 LGA V 294 V 294 0.184 0 0.056 0.049 0.482 100.000 100.000 0.238 LGA K 295 K 295 0.328 0 0.088 0.288 0.977 90.909 89.899 0.384 LGA I 296 I 296 0.439 0 0.036 0.055 0.858 90.909 93.182 0.272 LGA A 297 A 297 0.672 0 0.073 0.085 1.122 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.601 0 0.000 0.123 1.648 74.545 76.136 0.580 LGA K 299 K 299 2.202 0 0.424 0.360 12.333 59.091 26.869 12.333 LGA V 300 V 300 3.491 0 0.073 0.090 6.976 19.545 11.169 6.976 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.929 0.906 1.844 86.397 81.101 68.617 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.370 97.726 13.124 LGA_LOCAL RMSD: 0.929 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.929 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.929 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.105067 * X + -0.959436 * Y + 0.261616 * Z + 155.482681 Y_new = 0.617979 * X + 0.143121 * Y + 0.773058 * Z + 148.340775 Z_new = -0.779142 * X + 0.242896 * Y + 0.577874 * Z + 141.919678 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.739202 0.893297 0.397905 [DEG: 99.6490 51.1821 22.7983 ] ZXZ: 2.815274 0.954675 -1.268597 [DEG: 161.3033 54.6988 -72.6853 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS091_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS091_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.726 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS091_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 154.093 185.029 153.340 1.00 0.00 ATOM 2719 CA GLY 165 153.430 185.674 154.471 1.00 0.00 ATOM 2722 C GLY 165 151.900 185.617 154.381 1.00 0.00 ATOM 2723 O GLY 165 151.238 186.524 154.880 1.00 0.00 ATOM 2724 N LYS 166 151.322 184.626 153.687 1.00 0.00 ATOM 2726 CA LYS 166 149.872 184.381 153.683 1.00 0.00 ATOM 2728 CB LYS 166 149.410 183.780 152.337 1.00 0.00 ATOM 2731 CG LYS 166 149.449 184.784 151.159 1.00 0.00 ATOM 2734 CD LYS 166 149.051 184.128 149.816 1.00 0.00 ATOM 2737 CE LYS 166 148.924 185.133 148.646 1.00 0.00 ATOM 2740 NZ LYS 166 148.740 184.464 147.324 1.00 0.00 ATOM 2744 C LYS 166 149.492 183.520 154.904 1.00 0.00 ATOM 2745 O LYS 166 150.170 182.549 155.235 1.00 0.00 ATOM 2746 N TRP 167 148.433 183.916 155.604 1.00 0.00 ATOM 2748 CA TRP 167 147.916 183.257 156.804 1.00 0.00 ATOM 2750 CB TRP 167 147.173 184.280 157.663 1.00 0.00 ATOM 2753 CG TRP 167 146.622 183.713 158.935 1.00 0.00 ATOM 2754 CD1 TRP 167 145.410 183.128 159.089 1.00 0.00 ATOM 2756 NE1 TRP 167 145.270 182.666 160.384 1.00 0.00 ATOM 2758 CE2 TRP 167 146.411 182.908 161.123 1.00 0.00 ATOM 2759 CZ2 TRP 167 146.784 182.622 162.441 1.00 0.00 ATOM 2761 CH2 TRP 167 148.055 183.014 162.891 1.00 0.00 ATOM 2763 CZ3 TRP 167 148.939 183.686 162.033 1.00 0.00 ATOM 2765 CE3 TRP 167 148.564 183.957 160.704 1.00 0.00 ATOM 2767 CD2 TRP 167 147.292 183.579 160.222 1.00 0.00 ATOM 2768 C TRP 167 146.990 182.097 156.422 1.00 0.00 ATOM 2769 O TRP 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