####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS091_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS091_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 79 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 63 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 22 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 67 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 14 95 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 7 66 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 18 88 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 51 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 80 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 71 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 77 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 71 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 48 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 111 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 111 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 92 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 12 25 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 64 120 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 25 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 78 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 79 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 12 121 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 118 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 114 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 84.44 91.85 95.56 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.46 0.59 0.68 0.75 0.80 0.86 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.94 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.529 0 0.089 0.089 0.834 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.596 0 0.039 0.122 0.936 86.364 83.838 0.936 LGA W 167 W 167 0.246 0 0.230 0.227 0.655 95.455 94.805 0.637 LGA I 168 I 168 0.815 0 0.179 1.600 3.606 77.727 61.591 2.030 LGA S 169 S 169 1.145 0 0.589 0.605 2.924 60.000 61.818 1.343 LGA G 170 G 170 1.457 0 0.036 0.036 1.821 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.848 0 0.035 1.385 5.737 73.636 49.545 3.128 LGA A 172 A 172 0.495 0 0.016 0.021 0.672 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.207 0 0.045 0.239 0.869 90.909 94.805 0.184 LGA Y 174 Y 174 0.371 0 0.109 0.340 1.554 95.455 84.091 1.554 LGA G 175 G 175 0.412 0 0.049 0.049 0.465 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.471 0 0.000 0.151 0.567 100.000 93.939 0.355 LGA Q 177 Q 177 0.502 0 0.036 0.113 0.806 90.909 85.859 0.508 LGA L 178 L 178 0.236 0 0.136 0.162 1.345 82.273 82.273 1.345 LGA N 179 N 179 1.451 0 0.215 0.784 5.325 62.273 36.591 5.325 LGA K 180 K 180 4.141 0 0.042 0.998 14.105 16.364 7.273 14.105 LGA K 181 K 181 1.714 0 0.409 1.211 11.631 58.182 27.879 11.631 LGA T 182 T 182 0.952 0 0.000 1.154 3.471 77.727 68.052 3.471 LGA S 183 S 183 0.507 0 0.125 0.115 0.739 86.364 87.879 0.412 LGA K 184 K 184 0.806 0 0.078 0.953 3.483 81.818 69.293 3.483 LGA L 185 L 185 0.321 0 0.100 0.128 0.692 95.455 97.727 0.273 LGA D 186 D 186 0.183 0 0.022 0.209 1.021 100.000 95.682 0.260 LGA P 187 P 187 0.413 0 0.071 0.394 1.347 86.818 87.273 0.692 LGA V 188 V 188 0.619 0 0.027 0.047 0.752 81.818 81.818 0.743 LGA E 189 E 189 0.745 0 0.033 0.140 0.900 81.818 83.838 0.472 LGA D 190 D 190 0.804 0 0.059 0.083 1.766 86.364 72.273 1.766 LGA E 191 E 191 0.477 0 0.000 0.113 1.106 95.455 86.061 0.812 LGA A 192 A 192 0.424 0 0.028 0.024 0.460 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.318 0 0.040 0.240 0.714 100.000 97.980 0.714 LGA V 194 V 194 0.276 0 0.000 0.019 0.409 100.000 100.000 0.399 LGA V 195 V 195 0.231 0 0.012 0.036 0.251 100.000 100.000 0.190 LGA Q 196 Q 196 0.208 0 0.051 0.206 0.956 100.000 93.939 0.515 LGA L 197 L 197 0.281 0 0.000 0.087 0.653 100.000 93.182 0.586 LGA I 198 I 198 0.160 0 0.029 0.052 0.280 100.000 100.000 0.280 LGA F 199 F 199 0.177 0 0.011 0.052 0.257 100.000 100.000 0.208 LGA N 200 N 200 0.296 0 0.059 0.886 2.883 100.000 78.864 2.883 LGA I 201 I 201 0.201 0 0.016 0.042 0.335 100.000 100.000 0.235 LGA F 202 F 202 0.109 0 0.014 0.102 0.320 100.000 100.000 0.230 LGA L 203 L 203 0.057 0 0.025 0.079 0.281 100.000 100.000 0.114 LGA N 204 N 204 0.033 0 0.055 0.188 1.139 95.455 88.864 0.751 LGA G 205 G 205 0.357 0 0.072 0.072 0.545 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.419 0 0.000 0.038 0.770 90.909 90.909 0.612 LGA N 207 N 207 0.983 0 0.000 0.061 1.380 73.636 75.682 0.899 LGA G 208 G 208 1.287 0 0.059 0.059 1.614 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.442 0 0.062 0.619 1.638 65.455 71.717 0.950 LGA D 210 D 210 1.391 0 0.016 0.705 1.730 65.455 63.864 1.730 LGA Y 211 Y 211 1.838 0 0.102 0.632 2.120 54.545 53.485 1.650 LGA S 212 S 212 2.174 0 0.626 0.792 5.828 36.364 26.061 5.828 LGA Y 213 Y 213 3.063 0 0.171 1.142 14.643 39.545 13.333 14.643 LGA A 215 A 215 1.111 0 0.159 0.175 2.120 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.325 0 0.000 0.117 0.481 100.000 100.000 0.481 LGA A 217 A 217 0.129 0 0.023 0.028 0.292 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.464 0 0.000 0.053 0.910 100.000 93.939 0.910 LGA H 219 H 219 0.274 0 0.000 0.130 0.676 100.000 92.727 0.676 LGA L 220 L 220 0.258 0 0.000 0.059 0.305 100.000 100.000 0.211 LGA T 221 T 221 0.362 0 0.000 0.017 0.459 100.000 100.000 0.257 LGA N 222 N 222 0.483 0 0.049 0.197 0.864 90.909 90.909 0.864 LGA L 223 L 223 0.580 0 0.047 0.060 0.651 81.818 86.364 0.493 LGA Q 224 Q 224 0.715 0 0.047 0.301 1.234 81.818 80.000 1.234 LGA I 225 I 225 0.671 0 0.044 0.062 0.678 81.818 84.091 0.450 LGA P 226 P 226 0.588 0 0.050 0.072 0.809 86.364 84.416 0.771 LGA T 227 T 227 0.305 0 0.028 0.095 0.570 95.455 94.805 0.570 LGA P 228 P 228 0.712 0 0.078 0.104 0.802 81.818 84.416 0.613 LGA S 229 S 229 0.782 0 0.118 0.130 1.041 77.727 79.091 0.585 LGA G 230 G 230 0.890 0 0.000 0.000 0.890 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.451 0 0.042 0.508 0.980 95.455 89.899 0.980 LGA K 232 K 232 0.580 0 0.263 0.372 1.964 78.636 82.424 0.993 LGA R 233 R 233 0.175 0 0.071 1.018 5.599 100.000 52.562 4.344 LGA W 234 W 234 0.374 0 0.056 0.130 0.773 100.000 93.506 0.683 LGA N 235 N 235 0.496 0 0.017 0.534 2.148 95.455 79.091 2.148 LGA Q 236 Q 236 0.738 0 0.000 1.109 4.367 81.818 61.414 4.367 LGA Y 237 Y 237 0.470 0 0.088 0.223 0.851 86.364 83.333 0.691 LGA T 238 T 238 0.361 0 0.000 0.189 0.523 100.000 97.403 0.402 LGA I 239 I 239 0.349 0 0.072 0.113 0.445 100.000 100.000 0.130 LGA K 240 K 240 0.611 0 0.027 0.199 2.816 95.455 71.717 2.816 LGA A 241 A 241 0.352 0 0.029 0.027 0.432 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.193 0 0.039 0.055 0.391 100.000 100.000 0.206 LGA L 243 L 243 0.310 0 0.098 0.102 0.798 95.455 97.727 0.348 LGA Q 244 Q 244 0.184 0 0.025 0.192 1.104 100.000 92.121 0.700 LGA N 245 N 245 0.376 0 0.047 0.090 0.519 100.000 97.727 0.467 LGA E 246 E 246 0.195 0 0.027 0.233 0.477 100.000 100.000 0.464 LGA V 247 V 247 0.054 0 0.019 0.048 0.315 100.000 100.000 0.205 LGA Y 248 Y 248 0.192 0 0.041 0.185 1.470 100.000 89.697 1.470 LGA I 249 I 249 0.272 0 0.055 0.081 0.459 100.000 100.000 0.292 LGA G 250 G 250 0.284 0 0.041 0.041 0.323 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.167 0 0.068 0.067 0.246 100.000 100.000 0.140 LGA V 252 V 252 0.176 0 0.093 0.146 0.455 100.000 100.000 0.353 LGA K 253 K 253 0.699 0 0.029 0.213 0.844 81.818 81.818 0.782 LGA Y 254 Y 254 0.778 0 0.050 0.263 2.134 81.818 63.788 2.134 LGA K 255 K 255 0.703 0 0.073 0.404 2.106 86.364 78.990 2.106 LGA V 256 V 256 0.685 0 0.116 0.128 0.883 81.818 81.818 0.721 LGA R 257 R 257 0.940 0 0.101 1.160 6.692 77.727 46.777 3.566 LGA E 258 E 258 0.962 0 0.040 0.306 2.258 73.636 59.798 2.258 LGA K 259 K 259 1.710 0 0.097 0.126 3.300 61.818 44.040 3.300 LGA T 260 T 260 1.122 0 0.003 0.066 1.731 61.818 70.390 0.848 LGA K 261 K 261 2.214 0 0.054 0.240 3.915 38.636 30.707 3.915 LGA D 262 D 262 1.784 0 0.073 0.116 1.896 50.909 60.227 0.913 LGA G 263 G 263 2.043 0 0.055 0.055 2.476 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.596 0 0.173 0.591 3.377 54.545 46.465 3.377 LGA R 265 R 265 1.471 0 0.227 1.000 5.250 58.636 43.802 5.250 LGA T 266 T 266 1.090 0 0.054 0.152 1.273 73.636 77.143 0.918 LGA I 267 I 267 0.718 0 0.000 0.069 0.969 81.818 81.818 0.969 LGA R 268 R 268 0.336 0 0.014 1.146 2.828 100.000 77.355 2.828 LGA P 269 P 269 0.380 0 0.000 0.028 0.390 100.000 100.000 0.324 LGA E 270 E 270 0.605 0 0.013 0.365 1.959 81.818 74.747 1.959 LGA K 271 K 271 0.792 0 0.118 0.690 5.723 81.818 47.677 5.723 LGA E 272 E 272 0.577 0 0.135 0.168 1.869 86.364 71.717 1.869 LGA Q 273 Q 273 0.083 0 0.054 0.098 0.617 100.000 97.980 0.617 LGA I 274 I 274 0.158 0 0.033 0.102 0.748 100.000 97.727 0.748 LGA V 275 V 275 0.278 0 0.018 0.046 0.471 100.000 100.000 0.281 LGA V 276 V 276 0.326 0 0.030 0.000 0.377 100.000 100.000 0.355 LGA Q 277 Q 277 0.447 0 0.041 0.533 1.868 100.000 81.212 1.868 LGA D 278 D 278 0.186 0 0.035 0.546 1.529 100.000 89.545 1.529 LGA A 279 A 279 0.106 0 0.016 0.021 0.278 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.248 0 0.022 0.229 0.627 100.000 96.364 0.582 LGA A 281 A 281 0.277 0 0.022 0.025 0.317 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.220 0 0.043 0.049 0.269 100.000 100.000 0.264 LGA I 283 I 283 0.324 0 0.026 0.029 0.437 100.000 100.000 0.292 LGA I 284 I 284 0.174 0 0.026 0.039 0.210 100.000 100.000 0.148 LGA D 285 D 285 0.248 0 0.034 0.639 1.996 100.000 89.318 1.996 LGA K 286 K 286 0.269 0 0.000 0.222 1.150 100.000 92.121 1.150 LGA E 287 E 287 0.425 0 0.005 0.457 2.030 100.000 85.051 0.858 LGA Q 288 Q 288 0.264 0 0.025 0.196 1.403 100.000 86.465 1.403 LGA F 289 F 289 0.293 0 0.064 0.076 0.492 100.000 100.000 0.432 LGA Q 290 Q 290 0.305 0 0.040 0.855 3.700 100.000 75.152 3.700 LGA Q 291 Q 291 0.229 0 0.045 0.108 0.510 100.000 97.980 0.199 LGA S 292 S 292 0.233 0 0.037 0.049 0.361 100.000 100.000 0.361 LGA Q 293 Q 293 0.275 0 0.000 0.135 0.968 100.000 91.919 0.833 LGA V 294 V 294 0.248 0 0.054 0.050 0.528 100.000 97.403 0.265 LGA K 295 K 295 0.315 0 0.110 0.289 1.095 86.818 88.081 0.373 LGA I 296 I 296 0.409 0 0.061 0.070 0.912 90.909 93.182 0.260 LGA A 297 A 297 0.684 0 0.050 0.057 0.913 81.818 81.818 - LGA N 298 N 298 0.641 0 0.000 0.156 1.660 74.545 76.136 0.720 LGA K 299 K 299 2.149 0 0.439 0.360 11.861 59.091 27.475 11.861 LGA V 300 V 300 3.708 0 0.078 0.079 7.153 17.727 10.130 7.153 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.927 0.906 1.847 86.862 81.461 69.626 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.000 97.573 13.140 LGA_LOCAL RMSD: 0.927 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.927 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.927 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.107101 * X + -0.959045 * Y + 0.262224 * Z + 155.456192 Y_new = 0.618572 * X + 0.142209 * Y + 0.772752 * Z + 148.354675 Z_new = -0.778394 * X + 0.244967 * Y + 0.578008 * Z + 141.866516 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.742238 0.892104 0.400864 [DEG: 99.8229 51.1138 22.9678 ] ZXZ: 2.814447 0.954511 -1.265901 [DEG: 161.2560 54.6894 -72.5308 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS091_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS091_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.573 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS091_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.942 184.991 153.330 1.00 0.00 ATOM 2719 CA GLY 165 153.261 185.641 154.450 1.00 0.00 ATOM 2722 C GLY 165 151.732 185.629 154.307 1.00 0.00 ATOM 2723 O GLY 165 151.079 186.581 154.730 1.00 0.00 ATOM 2724 N LYS 166 151.147 184.619 153.651 1.00 0.00 ATOM 2726 CA LYS 166 149.692 184.382 153.663 1.00 0.00 ATOM 2728 CB LYS 166 149.242 183.732 152.334 1.00 0.00 ATOM 2731 CG LYS 166 149.333 184.665 151.100 1.00 0.00 ATOM 2734 CD LYS 166 148.918 183.949 149.792 1.00 0.00 ATOM 2737 CE LYS 166 148.754 184.901 148.582 1.00 0.00 ATOM 2740 NZ LYS 166 148.679 184.180 147.275 1.00 0.00 ATOM 2744 C LYS 166 149.332 183.536 154.907 1.00 0.00 ATOM 2745 O LYS 166 150.038 182.579 155.221 1.00 0.00 ATOM 2746 N TRP 167 148.293 183.903 155.656 1.00 0.00 ATOM 2748 CA TRP 167 147.880 183.204 156.878 1.00 0.00 ATOM 2750 CB TRP 167 147.135 184.163 157.809 1.00 0.00 ATOM 2753 CG TRP 167 146.663 183.543 159.093 1.00 0.00 ATOM 2754 CD1 TRP 167 145.486 182.899 159.279 1.00 0.00 ATOM 2756 NE1 TRP 167 145.418 182.408 160.569 1.00 0.00 ATOM 2758 CE2 TRP 167 146.559 182.701 161.280 1.00 0.00 ATOM 2759 CZ2 TRP 167 146.971 182.410 162.587 1.00 0.00 ATOM 2761 CH2 TRP 167 148.240 182.842 163.012 1.00 0.00 ATOM 2763 CZ3 TRP 167 149.073 183.557 162.134 1.00 0.00 ATOM 2765 CE3 TRP 167 148.649 183.838 160.821 1.00 0.00 ATOM 2767 CD2 TRP 167 147.380 183.420 160.360 1.00 0.00 ATOM 2768 C TRP 167 147.028 181.972 156.547 1.00 0.00 ATOM 2769 O TRP 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