####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS091_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS091_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 49 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 24 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 21 84 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 31 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 17 93 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 32 49 123 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 99 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 4 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 72 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 31 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 76 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 69 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 59 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 30 112 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 30 108 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 17 106 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 13 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 31 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 72 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 69 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 76 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 53 122 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 83.70 91.85 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.48 0.60 0.71 0.77 0.81 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.413 0 0.087 0.087 0.604 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.435 0 0.007 0.108 1.072 95.455 88.081 1.072 LGA W 167 W 167 0.295 0 0.230 0.244 0.639 95.455 96.104 0.596 LGA I 168 I 168 1.091 0 0.191 1.589 3.735 69.545 57.045 1.931 LGA S 169 S 169 1.685 0 0.584 0.608 3.247 46.364 43.636 2.240 LGA G 170 G 170 1.664 0 0.040 0.040 1.898 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.098 0 0.035 1.352 5.564 69.545 48.636 2.611 LGA A 172 A 172 0.476 0 0.002 0.013 0.676 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.391 0 0.076 0.251 1.062 86.818 92.468 0.359 LGA Y 174 Y 174 0.585 0 0.095 0.356 1.743 77.727 75.152 1.743 LGA G 175 G 175 0.554 0 0.013 0.013 0.576 86.364 86.364 - LGA Y 176 Y 176 0.446 0 0.037 0.158 0.526 100.000 95.455 0.347 LGA Q 177 Q 177 0.545 0 0.055 0.182 1.270 90.909 84.040 0.519 LGA L 178 L 178 0.335 0 0.127 0.142 1.504 90.909 80.455 1.504 LGA N 179 N 179 1.335 0 0.183 0.766 5.240 59.091 35.682 5.240 LGA K 180 K 180 4.127 0 0.134 1.057 14.123 16.364 7.273 14.123 LGA K 181 K 181 1.652 0 0.433 0.953 10.169 65.909 31.919 10.169 LGA T 182 T 182 1.001 0 0.028 1.140 3.710 73.636 62.597 3.710 LGA S 183 S 183 0.743 0 0.181 0.163 1.113 86.364 79.394 1.049 LGA K 184 K 184 0.974 0 0.058 0.952 3.431 77.727 67.475 3.431 LGA L 185 L 185 0.444 0 0.107 0.128 0.760 95.455 97.727 0.371 LGA D 186 D 186 0.139 0 0.032 0.231 1.132 95.455 91.136 0.286 LGA P 187 P 187 0.469 0 0.122 0.414 1.675 83.182 85.195 0.766 LGA V 188 V 188 0.636 0 0.032 0.018 0.806 81.818 81.818 0.806 LGA E 189 E 189 0.768 0 0.023 0.090 0.863 81.818 81.818 0.505 LGA D 190 D 190 0.838 0 0.060 0.091 1.871 81.818 68.182 1.871 LGA E 191 E 191 0.509 0 0.000 0.248 2.039 90.909 79.192 2.039 LGA A 192 A 192 0.390 0 0.019 0.016 0.424 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.346 0 0.037 0.221 0.620 100.000 97.980 0.620 LGA V 194 V 194 0.320 0 0.000 0.041 0.548 100.000 97.403 0.372 LGA V 195 V 195 0.218 0 0.000 0.033 0.249 100.000 100.000 0.155 LGA Q 196 Q 196 0.189 0 0.020 0.223 1.068 100.000 94.141 0.456 LGA L 197 L 197 0.332 0 0.000 0.055 0.758 100.000 93.182 0.694 LGA I 198 I 198 0.161 0 0.000 0.043 0.239 100.000 100.000 0.239 LGA F 199 F 199 0.155 0 0.048 0.050 0.329 100.000 100.000 0.089 LGA N 200 N 200 0.292 0 0.046 0.849 2.292 100.000 85.682 1.446 LGA I 201 I 201 0.241 0 0.019 0.045 0.332 100.000 100.000 0.185 LGA F 202 F 202 0.180 0 0.052 0.078 0.421 100.000 100.000 0.168 LGA L 203 L 203 0.225 0 0.030 0.058 0.395 100.000 100.000 0.340 LGA N 204 N 204 0.182 0 0.034 0.104 1.276 100.000 91.136 0.967 LGA G 205 G 205 0.344 0 0.079 0.079 0.487 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.408 0 0.005 0.040 0.701 90.909 95.455 0.423 LGA N 207 N 207 0.896 0 0.000 0.070 1.213 77.727 71.591 1.078 LGA G 208 G 208 1.001 0 0.053 0.053 1.496 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.187 0 0.054 0.111 1.334 65.455 65.455 1.299 LGA D 210 D 210 1.300 0 0.025 0.729 1.883 65.455 61.818 1.883 LGA Y 211 Y 211 1.560 0 0.060 0.563 1.832 61.818 59.394 1.446 LGA S 212 S 212 2.026 0 0.633 0.830 5.830 41.818 29.697 5.830 LGA Y 213 Y 213 3.218 0 0.167 1.152 14.657 33.636 11.212 14.657 LGA A 215 A 215 1.020 0 0.151 0.163 2.035 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.468 0 0.000 0.107 0.714 95.455 93.182 0.714 LGA A 217 A 217 0.297 0 0.018 0.023 0.373 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.421 0 0.000 0.077 0.969 100.000 93.939 0.969 LGA H 219 H 219 0.324 0 0.000 0.107 0.606 100.000 94.545 0.519 LGA L 220 L 220 0.301 0 0.000 0.081 0.305 100.000 100.000 0.304 LGA T 221 T 221 0.302 0 0.000 0.006 0.425 100.000 100.000 0.178 LGA N 222 N 222 0.426 0 0.025 0.141 0.753 95.455 95.455 0.753 LGA L 223 L 223 0.480 0 0.044 0.078 0.586 95.455 95.455 0.436 LGA Q 224 Q 224 0.597 0 0.059 0.310 1.029 81.818 78.182 1.029 LGA I 225 I 225 0.544 0 0.053 0.059 0.554 86.364 93.182 0.335 LGA P 226 P 226 0.497 0 0.050 0.068 0.733 90.909 87.013 0.679 LGA T 227 T 227 0.318 0 0.012 0.072 0.443 100.000 100.000 0.443 LGA P 228 P 228 0.531 0 0.045 0.071 0.569 95.455 92.208 0.525 LGA S 229 S 229 0.500 0 0.084 0.137 0.641 86.364 90.909 0.413 LGA G 230 G 230 0.627 0 0.044 0.044 0.937 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.261 0 0.046 0.473 1.445 100.000 92.121 1.445 LGA K 232 K 232 0.444 0 0.267 0.382 1.681 83.182 82.626 1.068 LGA R 233 R 233 0.299 0 0.031 0.847 4.337 100.000 54.050 3.385 LGA W 234 W 234 0.389 0 0.105 0.136 0.764 95.455 90.909 0.597 LGA N 235 N 235 0.711 0 0.022 0.499 1.915 86.364 76.136 1.915 LGA Q 236 Q 236 0.657 0 0.000 1.149 4.734 86.364 58.182 4.734 LGA Y 237 Y 237 0.365 0 0.059 0.082 0.579 95.455 96.970 0.255 LGA T 238 T 238 0.436 0 0.000 0.099 0.705 100.000 94.805 0.705 LGA I 239 I 239 0.364 0 0.064 0.119 0.386 100.000 100.000 0.277 LGA K 240 K 240 0.594 0 0.023 0.215 3.207 90.909 67.475 3.207 LGA A 241 A 241 0.456 0 0.022 0.028 0.590 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.166 0 0.029 0.059 0.402 100.000 100.000 0.127 LGA L 243 L 243 0.229 0 0.084 0.112 0.711 95.455 97.727 0.355 LGA Q 244 Q 244 0.188 0 0.000 0.184 0.995 100.000 93.939 0.673 LGA N 245 N 245 0.212 0 0.031 0.046 0.245 100.000 100.000 0.195 LGA E 246 E 246 0.189 0 0.031 0.311 0.763 100.000 95.960 0.601 LGA V 247 V 247 0.221 0 0.026 0.039 0.378 100.000 100.000 0.365 LGA Y 248 Y 248 0.269 0 0.031 0.204 1.432 100.000 89.697 1.432 LGA I 249 I 249 0.264 0 0.052 0.090 0.395 100.000 100.000 0.264 LGA G 250 G 250 0.256 0 0.038 0.038 0.306 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.212 0 0.056 0.053 0.301 100.000 100.000 0.207 LGA V 252 V 252 0.243 0 0.046 0.144 0.588 100.000 97.403 0.588 LGA K 253 K 253 0.682 0 0.034 0.220 0.869 81.818 81.818 0.773 LGA Y 254 Y 254 0.593 0 0.049 0.252 2.655 90.909 67.424 2.655 LGA K 255 K 255 0.612 0 0.000 0.411 2.328 81.818 75.152 2.328 LGA V 256 V 256 0.772 0 0.024 0.057 1.032 81.818 79.481 0.976 LGA R 257 R 257 0.954 0 0.024 1.131 5.776 81.818 51.074 2.937 LGA E 258 E 258 0.949 0 0.072 0.400 1.406 73.636 70.909 1.355 LGA K 259 K 259 1.554 0 0.045 0.192 2.206 61.818 54.343 1.949 LGA T 260 T 260 1.289 0 0.033 0.095 1.984 58.182 63.636 1.066 LGA K 261 K 261 2.401 0 0.065 0.125 3.332 33.636 28.081 3.332 LGA D 262 D 262 2.032 0 0.027 0.034 2.139 44.545 53.182 1.140 LGA G 263 G 263 2.129 0 0.096 0.096 2.422 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.367 0 0.132 0.441 2.115 65.455 59.192 2.115 LGA R 265 R 265 1.316 0 0.144 0.899 4.105 61.818 49.752 4.105 LGA T 266 T 266 1.021 0 0.050 0.120 1.179 73.636 77.143 0.851 LGA I 267 I 267 0.612 0 0.019 0.073 0.846 81.818 81.818 0.846 LGA R 268 R 268 0.225 0 0.005 1.003 3.040 100.000 86.116 3.040 LGA P 269 P 269 0.517 0 0.000 0.024 0.608 86.364 89.610 0.411 LGA E 270 E 270 0.933 0 0.033 0.694 1.840 81.818 69.495 1.775 LGA K 271 K 271 1.245 0 0.113 0.651 5.979 65.455 37.172 5.979 LGA E 272 E 272 0.833 0 0.084 0.160 1.593 86.364 74.949 1.593 LGA Q 273 Q 273 0.174 0 0.046 0.102 0.848 100.000 95.960 0.848 LGA I 274 I 274 0.150 0 0.040 0.087 0.563 100.000 97.727 0.563 LGA V 275 V 275 0.247 0 0.009 0.000 0.402 100.000 100.000 0.336 LGA V 276 V 276 0.299 0 0.040 0.032 0.339 100.000 100.000 0.339 LGA Q 277 Q 277 0.448 0 0.035 0.558 1.855 100.000 83.232 1.855 LGA D 278 D 278 0.263 0 0.033 0.422 1.324 100.000 89.091 1.324 LGA A 279 A 279 0.150 0 0.000 0.020 0.240 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.227 0 0.021 0.227 0.606 100.000 92.727 0.606 LGA A 281 A 281 0.286 0 0.017 0.011 0.352 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.265 0 0.043 0.052 0.330 100.000 100.000 0.290 LGA I 283 I 283 0.420 0 0.032 0.044 0.511 95.455 97.727 0.368 LGA I 284 I 284 0.248 0 0.020 0.043 0.289 100.000 100.000 0.179 LGA D 285 D 285 0.373 0 0.060 0.290 1.489 95.455 86.591 0.708 LGA K 286 K 286 0.372 0 0.000 0.206 1.079 95.455 92.121 1.079 LGA E 287 E 287 0.672 0 0.017 0.517 3.016 90.909 68.283 1.517 LGA Q 288 Q 288 0.388 0 0.033 0.665 2.703 100.000 73.535 1.998 LGA F 289 F 289 0.113 0 0.062 0.135 0.444 100.000 100.000 0.441 LGA Q 290 Q 290 0.322 0 0.057 0.094 0.524 100.000 97.980 0.496 LGA Q 291 Q 291 0.233 0 0.039 0.087 0.468 100.000 100.000 0.286 LGA S 292 S 292 0.203 0 0.045 0.046 0.255 100.000 100.000 0.255 LGA Q 293 Q 293 0.209 0 0.000 0.064 0.318 100.000 100.000 0.318 LGA V 294 V 294 0.298 0 0.059 0.054 0.599 100.000 97.403 0.366 LGA K 295 K 295 0.322 0 0.104 0.294 1.094 86.818 90.101 0.346 LGA I 296 I 296 0.529 0 0.018 0.076 0.820 86.364 90.909 0.231 LGA A 297 A 297 0.802 0 0.050 0.058 1.168 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.682 0 0.027 0.195 1.594 70.000 78.409 0.275 LGA K 299 K 299 2.077 0 0.428 0.738 13.014 67.273 31.111 13.014 LGA V 300 V 300 3.172 0 0.062 0.099 6.465 26.364 15.325 6.465 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.924 0.896 1.806 86.690 81.424 70.130 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.000 97.609 13.186 LGA_LOCAL RMSD: 0.924 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.924 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.924 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.742941 * X + 0.669020 * Y + -0.021243 * Z + 155.146347 Y_new = -0.626246 * X + -0.705947 * Y + -0.330839 * Z + 148.974838 Z_new = -0.236335 * X + -0.232491 * Y + 0.943448 * Z + 147.752304 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.441218 0.238592 -0.241613 [DEG: -139.8715 13.6703 -13.8434 ] ZXZ: -0.064121 0.337915 -2.347996 [DEG: -3.6739 19.3611 -134.5303 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS091_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS091_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.609 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS091_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.974 184.981 153.324 1.00 0.00 ATOM 2719 CA GLY 165 153.378 185.654 154.478 1.00 0.00 ATOM 2722 C GLY 165 151.845 185.626 154.459 1.00 0.00 ATOM 2723 O GLY 165 151.219 186.579 154.922 1.00 0.00 ATOM 2724 N LYS 166 151.229 184.601 153.857 1.00 0.00 ATOM 2726 CA LYS 166 149.784 184.357 153.962 1.00 0.00 ATOM 2728 CB LYS 166 149.217 183.729 152.667 1.00 0.00 ATOM 2731 CG LYS 166 149.236 184.695 151.458 1.00 0.00 ATOM 2734 CD LYS 166 148.799 184.030 150.132 1.00 0.00 ATOM 2737 CE LYS 166 148.671 185.041 148.965 1.00 0.00 ATOM 2740 NZ LYS 166 148.474 184.396 147.629 1.00 0.00 ATOM 2744 C LYS 166 149.487 183.546 155.241 1.00 0.00 ATOM 2745 O LYS 166 150.250 182.669 155.645 1.00 0.00 ATOM 2746 N TRP 167 148.366 183.855 155.889 1.00 0.00 ATOM 2748 CA TRP 167 147.857 183.185 157.084 1.00 0.00 ATOM 2750 CB TRP 167 147.149 184.205 157.976 1.00 0.00 ATOM 2753 CG TRP 167 146.651 183.640 159.268 1.00 0.00 ATOM 2754 CD1 TRP 167 145.458 183.030 159.472 1.00 0.00 ATOM 2756 NE1 TRP 167 145.394 182.559 160.769 1.00 0.00 ATOM 2758 CE2 TRP 167 146.560 182.827 161.458 1.00 0.00 ATOM 2759 CZ2 TRP 167 146.997 182.541 162.755 1.00 0.00 ATOM 2761 CH2 TRP 167 148.268 182.990 163.160 1.00 0.00 ATOM 2763 CZ3 TRP 167 149.086 183.708 162.273 1.00 0.00 ATOM 2765 CE3 TRP 167 148.648 183.969 160.962 1.00 0.00 ATOM 2767 CD2 TRP 167 147.375 183.539 160.528 1.00 0.00 ATOM 2768 C TRP 167 146.907 182.047 156.697 1.00 0.00 ATOM 2769 O TRP 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