####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS091_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS091_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 42 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 57 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 7 107 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 55 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 102 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 35 92 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 91 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 33 109 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 73 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 59 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 70 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 70 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 62 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 40 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 95 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 95 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 4 13 33 119 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 55 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 47 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 73 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 73 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 72 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 28 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 45 94 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 109 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 74 110 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.81 81.48 90.37 95.56 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.49 0.62 0.75 0.80 0.87 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.373 0 0.082 0.082 0.597 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.441 0 0.015 0.109 0.867 90.909 89.899 0.867 LGA W 167 W 167 0.323 0 0.308 0.293 0.917 95.455 98.701 0.471 LGA I 168 I 168 1.012 0 0.074 0.770 1.737 69.545 65.682 1.175 LGA S 169 S 169 1.727 0 0.245 0.227 3.160 65.909 53.333 3.160 LGA G 170 G 170 1.475 0 0.062 0.062 1.577 65.909 65.909 - LGA L 171 L 171 0.911 0 0.016 1.362 5.740 77.727 52.727 2.923 LGA A 172 A 172 0.417 0 0.023 0.034 0.594 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.238 0 0.053 0.080 0.750 95.455 97.403 0.241 LGA Y 174 Y 174 0.376 0 0.109 0.317 1.425 95.455 86.818 1.425 LGA G 175 G 175 0.470 0 0.000 0.000 0.480 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.389 0 0.026 0.138 0.481 100.000 100.000 0.138 LGA Q 177 Q 177 0.583 0 0.025 1.100 4.493 90.909 67.677 0.719 LGA L 178 L 178 0.243 0 0.117 0.150 1.495 82.273 80.000 1.495 LGA N 179 N 179 1.462 0 0.198 0.736 5.304 62.273 36.591 5.304 LGA K 180 K 180 4.023 0 0.116 1.054 13.977 19.091 8.485 13.977 LGA K 181 K 181 1.784 0 0.454 0.945 10.121 61.818 28.889 10.121 LGA T 182 T 182 1.102 0 0.000 1.142 3.600 73.636 62.597 3.600 LGA S 183 S 183 0.532 0 0.122 0.124 0.835 86.364 87.879 0.375 LGA K 184 K 184 0.858 0 0.068 0.944 3.497 81.818 69.293 3.497 LGA L 185 L 185 0.388 0 0.102 0.141 0.777 95.455 97.727 0.383 LGA D 186 D 186 0.251 0 0.000 0.243 1.245 100.000 93.409 0.347 LGA P 187 P 187 0.533 0 0.124 0.417 1.667 78.636 82.597 0.691 LGA V 188 V 188 0.597 0 0.059 0.044 0.678 81.818 81.818 0.654 LGA E 189 E 189 0.731 0 0.037 0.137 0.825 81.818 83.838 0.367 LGA D 190 D 190 0.704 0 0.059 0.103 1.656 90.909 76.364 1.656 LGA E 191 E 191 0.376 0 0.000 0.113 0.968 95.455 89.899 0.705 LGA A 192 A 192 0.330 0 0.037 0.034 0.389 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.235 0 0.039 0.255 0.958 100.000 97.980 0.958 LGA V 194 V 194 0.172 0 0.000 0.017 0.335 100.000 100.000 0.306 LGA V 195 V 195 0.144 0 0.000 0.032 0.186 100.000 100.000 0.186 LGA Q 196 Q 196 0.106 0 0.024 0.230 1.001 100.000 96.162 0.351 LGA L 197 L 197 0.258 0 0.000 0.065 0.617 100.000 93.182 0.553 LGA I 198 I 198 0.099 0 0.021 0.060 0.272 100.000 100.000 0.272 LGA F 199 F 199 0.161 0 0.017 0.042 0.197 100.000 100.000 0.138 LGA N 200 N 200 0.272 0 0.028 0.776 1.922 100.000 89.545 1.453 LGA I 201 I 201 0.201 0 0.019 0.044 0.236 100.000 100.000 0.236 LGA F 202 F 202 0.091 0 0.060 0.086 0.267 100.000 100.000 0.142 LGA L 203 L 203 0.235 0 0.031 0.031 0.293 100.000 100.000 0.293 LGA N 204 N 204 0.295 0 0.067 0.107 1.230 95.455 86.818 1.045 LGA G 205 G 205 0.382 0 0.073 0.073 0.547 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.432 0 0.000 0.025 0.754 90.909 93.182 0.462 LGA N 207 N 207 0.975 0 0.023 0.153 1.482 73.636 71.591 0.996 LGA G 208 G 208 1.156 0 0.118 0.118 2.077 62.727 62.727 - LGA K 209 K 209 1.414 0 0.076 0.651 2.136 65.455 62.828 1.709 LGA D 210 D 210 1.327 0 0.007 0.727 1.996 65.455 61.818 1.996 LGA Y 211 Y 211 1.514 0 0.077 0.617 1.699 54.545 58.182 1.254 LGA S 212 S 212 2.587 0 0.654 0.848 6.737 33.636 23.333 6.737 LGA Y 213 Y 213 2.947 0 0.192 1.100 14.584 38.636 13.030 14.584 LGA A 215 A 215 0.935 0 0.135 0.147 1.826 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.329 0 0.000 0.143 0.614 100.000 95.455 0.605 LGA A 217 A 217 0.175 0 0.000 0.000 0.265 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.424 0 0.000 0.077 1.059 100.000 91.212 1.059 LGA H 219 H 219 0.250 0 0.000 0.163 0.896 100.000 92.727 0.896 LGA L 220 L 220 0.253 0 0.000 0.093 0.337 100.000 100.000 0.314 LGA T 221 T 221 0.349 0 0.000 0.002 0.549 95.455 97.403 0.194 LGA N 222 N 222 0.569 0 0.047 0.209 0.904 81.818 81.818 0.904 LGA L 223 L 223 0.680 0 0.038 0.049 0.748 81.818 81.818 0.604 LGA Q 224 Q 224 0.693 0 0.061 0.301 1.387 81.818 80.000 1.387 LGA I 225 I 225 0.633 0 0.054 0.067 0.647 86.364 86.364 0.424 LGA P 226 P 226 0.590 0 0.048 0.068 0.838 81.818 81.818 0.778 LGA T 227 T 227 0.341 0 0.028 0.058 0.590 90.909 94.805 0.474 LGA P 228 P 228 0.699 0 0.062 0.087 0.744 81.818 84.416 0.603 LGA S 229 S 229 0.884 0 0.135 0.166 0.910 81.818 81.818 0.675 LGA G 230 G 230 0.896 0 0.034 0.034 1.017 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.353 0 0.026 0.433 1.296 100.000 88.283 0.790 LGA K 232 K 232 0.601 0 0.281 0.364 1.987 78.636 80.606 1.021 LGA R 233 R 233 0.378 0 0.049 1.153 6.694 100.000 52.397 4.143 LGA W 234 W 234 0.573 0 0.068 0.146 0.718 81.818 87.013 0.551 LGA N 235 N 235 0.686 0 0.033 0.361 2.017 81.818 72.273 2.017 LGA Q 236 Q 236 0.514 0 0.000 1.278 4.896 86.364 61.818 4.896 LGA Y 237 Y 237 0.593 0 0.027 1.566 9.045 81.818 41.061 9.045 LGA T 238 T 238 0.566 0 0.000 0.084 0.749 81.818 84.416 0.749 LGA I 239 I 239 0.413 0 0.052 0.120 0.446 100.000 100.000 0.263 LGA K 240 K 240 0.569 0 0.025 0.152 3.038 95.455 68.081 3.038 LGA A 241 A 241 0.264 0 0.029 0.033 0.400 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.199 0 0.051 0.067 0.547 95.455 97.727 0.109 LGA L 243 L 243 0.352 0 0.091 0.117 0.878 95.455 97.727 0.328 LGA Q 244 Q 244 0.224 0 0.000 0.206 1.139 100.000 92.121 0.822 LGA N 245 N 245 0.136 0 0.031 0.059 0.704 100.000 97.727 0.488 LGA E 246 E 246 0.383 0 0.036 0.238 0.784 100.000 97.980 0.360 LGA V 247 V 247 0.360 0 0.016 0.031 0.400 100.000 100.000 0.301 LGA Y 248 Y 248 0.261 0 0.034 0.180 1.300 100.000 91.061 1.300 LGA I 249 I 249 0.321 0 0.026 0.088 0.437 100.000 100.000 0.402 LGA G 250 G 250 0.327 0 0.065 0.065 0.339 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.218 0 0.062 0.059 0.306 100.000 100.000 0.218 LGA V 252 V 252 0.325 0 0.046 0.141 0.687 100.000 97.403 0.687 LGA K 253 K 253 0.657 0 0.035 0.167 1.016 86.364 82.020 0.958 LGA Y 254 Y 254 0.591 0 0.039 0.219 2.940 90.909 63.788 2.940 LGA K 255 K 255 0.687 0 0.000 0.361 2.026 81.818 76.970 2.026 LGA V 256 V 256 1.064 0 0.073 0.110 1.349 69.545 67.792 1.215 LGA R 257 R 257 1.321 0 0.037 1.085 5.827 65.455 41.653 2.772 LGA E 258 E 258 1.253 0 0.041 0.328 1.792 58.182 57.374 1.792 LGA K 259 K 259 2.049 0 0.052 0.097 4.762 47.727 29.899 4.762 LGA T 260 T 260 1.271 0 0.021 0.085 2.091 55.000 64.156 1.018 LGA K 261 K 261 2.337 0 0.060 0.301 4.290 36.364 29.091 4.290 LGA D 262 D 262 1.899 0 0.062 0.089 1.985 50.909 64.318 0.651 LGA G 263 G 263 2.579 0 0.078 0.078 3.083 27.727 27.727 - LGA K 264 K 264 2.130 0 0.163 0.292 2.982 44.545 40.000 2.137 LGA R 265 R 265 1.728 0 0.160 0.786 3.905 50.909 40.661 3.905 LGA T 266 T 266 1.510 0 0.061 0.184 1.650 58.182 61.299 1.383 LGA I 267 I 267 1.083 0 0.000 0.084 1.392 73.636 71.591 1.392 LGA R 268 R 268 0.594 0 0.017 1.024 3.325 81.818 73.058 3.325 LGA P 269 P 269 0.577 0 0.006 0.027 0.577 86.364 89.610 0.470 LGA E 270 E 270 0.821 0 0.000 0.311 2.146 81.818 66.465 1.580 LGA K 271 K 271 0.854 0 0.109 0.653 5.588 81.818 47.677 5.588 LGA E 272 E 272 0.517 0 0.101 0.142 1.886 86.364 71.717 1.886 LGA Q 273 Q 273 0.130 0 0.031 0.074 1.100 100.000 90.101 1.100 LGA I 274 I 274 0.142 0 0.036 0.117 0.926 100.000 97.727 0.926 LGA V 275 V 275 0.296 0 0.018 0.015 0.489 100.000 100.000 0.435 LGA V 276 V 276 0.344 0 0.034 0.023 0.363 100.000 100.000 0.357 LGA Q 277 Q 277 0.416 0 0.035 0.552 2.177 100.000 79.798 1.503 LGA D 278 D 278 0.346 0 0.023 0.093 1.115 100.000 88.864 1.115 LGA A 279 A 279 0.051 0 0.007 0.014 0.197 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.095 0 0.023 0.209 0.700 100.000 94.545 0.700 LGA A 281 A 281 0.285 0 0.030 0.036 0.363 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.342 0 0.040 0.045 0.361 100.000 100.000 0.359 LGA I 283 I 283 0.405 0 0.024 0.030 0.491 100.000 100.000 0.384 LGA I 284 I 284 0.321 0 0.017 0.061 0.334 100.000 100.000 0.193 LGA D 285 D 285 0.488 0 0.039 0.276 1.563 100.000 87.045 1.563 LGA K 286 K 286 0.461 0 0.000 0.193 0.995 100.000 91.919 0.995 LGA E 287 E 287 0.479 0 0.021 0.418 2.450 95.455 79.394 1.211 LGA Q 288 Q 288 0.521 0 0.029 0.692 2.726 95.455 71.515 1.929 LGA F 289 F 289 0.102 0 0.058 0.109 0.556 100.000 96.694 0.556 LGA Q 290 Q 290 0.141 0 0.055 0.074 0.424 100.000 100.000 0.233 LGA Q 291 Q 291 0.310 0 0.035 0.046 0.762 100.000 91.919 0.619 LGA S 292 S 292 0.354 0 0.047 0.623 1.688 100.000 88.788 1.688 LGA Q 293 Q 293 0.179 0 0.022 0.067 0.318 100.000 100.000 0.184 LGA V 294 V 294 0.226 0 0.062 0.079 0.669 95.455 97.403 0.446 LGA K 295 K 295 0.574 0 0.041 0.277 0.856 86.364 85.859 0.430 LGA I 296 I 296 0.607 0 0.039 0.043 1.074 82.273 88.864 0.157 LGA A 297 A 297 0.609 0 0.010 0.028 0.899 86.364 85.455 - LGA N 298 N 298 1.220 0 0.000 0.501 2.402 55.909 55.455 1.327 LGA K 299 K 299 3.640 0 0.280 0.659 13.285 34.545 15.354 13.285 LGA V 300 V 300 1.828 0 0.123 0.128 4.656 48.182 29.610 4.510 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.983 0.939 1.916 85.239 79.650 68.098 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.259 97.222 12.463 LGA_LOCAL RMSD: 0.983 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.983 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.983 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.798230 * X + -0.363726 * Y + -0.480138 * Z + 161.287888 Y_new = 0.595039 * X + 0.599992 * Y + 0.534732 * Z + 157.104935 Z_new = 0.093583 * X + -0.712540 * Y + 0.695362 * Z + 142.939713 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.640582 -0.093720 -0.797598 [DEG: 36.7026 -5.3698 -45.6990 ] ZXZ: -2.409937 0.801872 3.011003 [DEG: -138.0792 45.9439 172.5178 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS091_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS091_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.222 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS091_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 154.043 184.993 153.235 1.00 0.00 ATOM 2719 CA GLY 165 153.437 185.634 154.403 1.00 0.00 ATOM 2722 C GLY 165 151.903 185.609 154.377 1.00 0.00 ATOM 2723 O GLY 165 151.271 186.542 154.870 1.00 0.00 ATOM 2724 N LYS 166 151.289 184.606 153.736 1.00 0.00 ATOM 2726 CA LYS 166 149.842 184.357 153.809 1.00 0.00 ATOM 2728 CB LYS 166 149.333 183.741 152.483 1.00 0.00 ATOM 2731 CG LYS 166 149.411 184.696 151.260 1.00 0.00 ATOM 2734 CD LYS 166 149.010 184.018 149.924 1.00 0.00 ATOM 2737 CE LYS 166 148.820 185.011 148.749 1.00 0.00 ATOM 2740 NZ LYS 166 148.775 184.355 147.404 1.00 0.00 ATOM 2744 C LYS 166 149.532 183.511 155.068 1.00 0.00 ATOM 2745 O LYS 166 150.282 182.605 155.426 1.00 0.00 ATOM 2746 N TRP 167 148.452 183.842 155.774 1.00 0.00 ATOM 2748 CA TRP 167 147.980 183.128 156.971 1.00 0.00 ATOM 2750 CB TRP 167 147.187 184.080 157.867 1.00 0.00 ATOM 2753 CG TRP 167 146.745 183.478 159.168 1.00 0.00 ATOM 2754 CD1 TRP 167 145.599 182.785 159.391 1.00 0.00 ATOM 2756 NE1 TRP 167 145.578 182.327 160.697 1.00 0.00 ATOM 2758 CE2 TRP 167 146.706 182.715 161.381 1.00 0.00 ATOM 2759 CZ2 TRP 167 147.142 182.499 162.692 1.00 0.00 ATOM 2761 CH2 TRP 167 148.397 182.997 163.079 1.00 0.00 ATOM 2763 CZ3 TRP 167 149.187 183.717 162.166 1.00 0.00 ATOM 2765 CE3 TRP 167 148.736 183.934 160.850 1.00 0.00 ATOM 2767 CD2 TRP 167 147.482 183.439 160.427 1.00 0.00 ATOM 2768 C TRP 167 147.113 181.926 156.577 1.00 0.00 ATOM 2769 O TRP 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