####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS079_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS079_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 61 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 27 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 73 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 18 104 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 4 4 37 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 87 111 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 46 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 60 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 61 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 73 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 79 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 70 109 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 65 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 5 90 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 122 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 81.48 93.33 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.71 0.79 0.84 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 1.06 0.99 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.666 0 0.048 0.048 0.733 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.438 0 0.000 0.125 1.694 100.000 82.828 1.694 LGA W 167 W 167 0.263 0 0.174 0.162 0.537 100.000 94.805 0.434 LGA I 168 I 168 0.779 0 0.192 1.592 3.433 86.364 66.591 2.295 LGA S 169 S 169 0.666 0 0.027 0.071 1.031 77.727 79.091 0.826 LGA G 170 G 170 0.845 0 0.060 0.060 0.845 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.478 0 0.090 1.378 5.895 90.909 56.364 3.532 LGA A 172 A 172 0.470 0 0.033 0.043 0.648 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.371 0 0.026 0.102 0.612 100.000 94.805 0.612 LGA Y 174 Y 174 0.251 0 0.056 0.235 1.321 100.000 89.545 1.321 LGA G 175 G 175 0.356 0 0.074 0.074 0.424 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.617 0 0.025 0.166 0.912 86.364 86.364 0.603 LGA Q 177 Q 177 0.990 0 0.059 0.523 1.868 81.818 74.747 1.238 LGA L 178 L 178 0.795 0 0.067 0.242 1.690 73.636 73.864 1.690 LGA N 179 N 179 1.444 0 0.157 0.761 5.053 65.455 38.864 5.053 LGA K 180 K 180 3.137 0 0.299 0.968 12.602 29.545 13.333 12.602 LGA K 181 K 181 2.214 0 0.439 0.938 10.954 59.091 26.869 10.954 LGA T 182 T 182 1.054 0 0.005 1.140 3.591 73.636 62.597 3.591 LGA S 183 S 183 0.995 0 0.170 0.150 1.350 82.273 76.667 1.350 LGA K 184 K 184 0.718 0 0.066 0.812 2.506 81.818 72.121 2.506 LGA L 185 L 185 0.525 0 0.056 0.069 0.822 86.364 93.182 0.396 LGA D 186 D 186 0.501 0 0.065 0.126 0.836 81.818 88.636 0.376 LGA P 187 P 187 0.635 0 0.014 0.091 1.557 70.000 75.065 0.743 LGA V 188 V 188 1.048 0 0.049 0.037 1.230 73.636 70.130 1.230 LGA E 189 E 189 0.985 0 0.057 0.329 1.415 77.727 78.182 1.415 LGA D 190 D 190 0.842 0 0.024 0.061 1.211 81.818 75.682 1.211 LGA E 191 E 191 0.682 0 0.000 0.048 1.219 86.364 80.202 1.219 LGA A 192 A 192 0.368 0 0.035 0.040 0.502 100.000 96.364 - LGA K 193 K 193 0.360 0 0.067 0.136 1.373 100.000 84.444 1.373 LGA V 194 V 194 0.325 0 0.000 0.050 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA V 195 V 195 0.216 0 0.000 0.032 0.428 100.000 100.000 0.279 LGA Q 196 Q 196 0.272 0 0.038 0.257 1.336 100.000 90.303 1.336 LGA L 197 L 197 0.234 0 0.019 0.062 0.372 100.000 100.000 0.356 LGA I 198 I 198 0.216 0 0.025 0.088 0.382 100.000 100.000 0.272 LGA F 199 F 199 0.251 0 0.011 0.050 0.336 100.000 100.000 0.214 LGA N 200 N 200 0.417 0 0.043 0.773 2.330 100.000 90.000 2.330 LGA I 201 I 201 0.230 0 0.027 0.070 0.327 100.000 100.000 0.289 LGA F 202 F 202 0.308 0 0.013 0.082 0.503 100.000 98.347 0.503 LGA L 203 L 203 0.433 0 0.067 0.132 1.034 100.000 88.864 0.711 LGA N 204 N 204 0.296 0 0.029 0.068 0.840 100.000 93.182 0.840 LGA G 205 G 205 0.485 0 0.035 0.035 0.499 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.526 0 0.039 1.011 3.310 81.818 70.227 1.204 LGA N 207 N 207 1.001 0 0.053 0.139 1.172 69.545 73.636 0.920 LGA G 208 G 208 1.344 0 0.097 0.097 1.958 58.182 58.182 - LGA K 209 K 209 1.417 0 0.084 0.223 2.813 65.455 53.333 2.813 LGA D 210 D 210 1.294 0 0.062 0.427 1.309 65.455 67.500 1.103 LGA Y 211 Y 211 1.856 0 0.082 0.591 2.123 50.909 48.788 1.742 LGA S 212 S 212 2.084 0 0.633 0.794 5.631 39.545 28.182 5.631 LGA Y 213 Y 213 3.099 0 0.137 1.058 14.605 39.545 13.333 14.605 LGA A 215 A 215 1.055 0 0.160 0.169 2.096 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.311 0 0.000 0.140 0.464 100.000 100.000 0.388 LGA A 217 A 217 0.328 0 0.031 0.058 0.353 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.446 0 0.000 0.084 1.090 100.000 91.212 1.090 LGA H 219 H 219 0.346 0 0.031 0.083 0.756 100.000 94.545 0.756 LGA L 220 L 220 0.427 0 0.018 0.132 0.584 100.000 93.182 0.584 LGA T 221 T 221 0.175 0 0.000 0.030 0.272 100.000 100.000 0.104 LGA N 222 N 222 0.322 0 0.027 0.109 0.579 95.455 97.727 0.388 LGA L 223 L 223 0.649 0 0.027 0.080 1.105 86.364 82.045 0.939 LGA Q 224 Q 224 0.417 0 0.042 0.181 0.915 95.455 89.899 0.714 LGA I 225 I 225 0.477 0 0.056 0.091 0.641 100.000 95.455 0.483 LGA P 226 P 226 0.377 0 0.045 0.079 0.765 95.455 92.208 0.765 LGA T 227 T 227 0.423 0 0.025 0.078 0.564 90.909 92.208 0.564 LGA P 228 P 228 0.756 0 0.048 0.077 0.845 81.818 84.416 0.536 LGA S 229 S 229 0.881 0 0.086 0.079 0.974 81.818 81.818 0.736 LGA G 230 G 230 0.804 0 0.000 0.000 0.881 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.358 0 0.000 0.514 0.957 100.000 91.919 0.957 LGA K 232 K 232 0.224 0 0.071 0.212 1.060 100.000 92.121 1.060 LGA R 233 R 233 0.404 0 0.061 1.080 5.824 95.455 50.579 4.037 LGA W 234 W 234 0.224 0 0.048 0.185 0.794 100.000 94.805 0.794 LGA N 235 N 235 0.578 0 0.104 0.696 2.002 90.909 78.864 0.683 LGA Q 236 Q 236 0.622 0 0.000 0.864 2.914 81.818 65.657 2.914 LGA Y 237 Y 237 0.724 0 0.053 0.158 1.252 81.818 75.000 1.252 LGA T 238 T 238 0.457 0 0.029 0.072 0.500 100.000 100.000 0.490 LGA I 239 I 239 0.504 0 0.051 0.134 0.516 90.909 93.182 0.385 LGA K 240 K 240 0.908 0 0.026 0.194 3.917 81.818 56.768 3.917 LGA A 241 A 241 0.765 0 0.072 0.079 0.888 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.233 0 0.021 0.089 0.295 100.000 100.000 0.155 LGA L 243 L 243 0.329 0 0.041 0.075 0.431 100.000 100.000 0.429 LGA Q 244 Q 244 0.438 0 0.032 0.170 0.635 86.364 89.899 0.584 LGA N 245 N 245 0.564 0 0.051 0.084 0.677 86.364 84.091 0.586 LGA E 246 E 246 0.509 0 0.045 0.635 1.658 90.909 80.606 1.363 LGA V 247 V 247 0.398 0 0.015 0.058 0.418 100.000 100.000 0.256 LGA Y 248 Y 248 0.379 0 0.065 0.191 1.267 95.455 89.545 1.267 LGA I 249 I 249 0.473 0 0.028 0.067 0.855 95.455 88.636 0.855 LGA G 250 G 250 0.426 0 0.009 0.009 0.558 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.558 0 0.090 0.109 0.705 81.818 81.818 0.665 LGA V 252 V 252 0.530 0 0.024 0.103 0.802 81.818 89.610 0.474 LGA K 253 K 253 0.479 0 0.044 0.079 0.804 86.364 85.859 0.804 LGA Y 254 Y 254 0.836 0 0.097 0.215 2.465 81.818 62.727 2.465 LGA K 255 K 255 0.742 0 0.099 0.898 6.000 77.727 50.101 6.000 LGA V 256 V 256 1.007 0 0.043 0.048 1.229 77.727 72.468 1.229 LGA R 257 R 257 0.572 0 0.038 1.059 4.024 81.818 60.331 3.817 LGA E 258 E 258 0.570 0 0.026 0.476 2.871 77.727 66.869 2.871 LGA K 259 K 259 0.518 0 0.038 0.227 1.974 86.364 75.152 1.974 LGA T 260 T 260 1.022 0 0.014 0.068 1.490 69.545 67.792 1.490 LGA K 261 K 261 1.320 0 0.038 0.460 2.536 58.182 53.333 2.536 LGA D 262 D 262 1.843 0 0.038 1.019 2.805 50.909 43.409 2.805 LGA G 263 G 263 1.213 0 0.034 0.034 1.356 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.239 0 0.073 0.459 2.855 65.455 61.212 2.855 LGA R 265 R 265 1.160 0 0.058 0.928 3.977 61.818 47.934 3.977 LGA T 266 T 266 1.467 0 0.038 0.039 1.540 58.182 61.299 1.326 LGA I 267 I 267 1.462 0 0.000 0.088 2.326 61.818 54.773 2.326 LGA R 268 R 268 1.207 0 0.032 0.997 3.055 65.455 61.653 3.055 LGA P 269 P 269 1.642 0 0.025 0.053 1.896 54.545 52.987 1.896 LGA E 270 E 270 1.367 0 0.016 0.287 2.349 61.818 54.545 2.349 LGA K 271 K 271 1.384 0 0.095 0.764 3.756 65.455 49.293 3.370 LGA E 272 E 272 1.164 0 0.182 0.164 2.729 65.455 53.535 2.729 LGA Q 273 Q 273 1.125 0 0.051 0.090 1.614 65.455 63.838 1.334 LGA I 274 I 274 0.751 0 0.043 0.092 1.221 81.818 79.773 1.221 LGA V 275 V 275 0.461 0 0.039 0.090 0.715 100.000 92.208 0.580 LGA V 276 V 276 0.367 0 0.057 0.052 0.463 100.000 100.000 0.319 LGA Q 277 Q 277 0.325 0 0.041 0.628 3.078 100.000 77.172 3.078 LGA D 278 D 278 0.296 0 0.097 0.231 0.920 100.000 97.727 0.920 LGA A 279 A 279 0.349 0 0.023 0.047 0.416 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.252 0 0.036 0.134 0.458 100.000 100.000 0.233 LGA A 281 A 281 0.379 0 0.035 0.033 0.608 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.397 0 0.052 0.075 0.736 95.455 92.208 0.736 LGA I 283 I 283 0.326 0 0.048 0.075 0.645 95.455 93.182 0.645 LGA I 284 I 284 0.301 0 0.000 0.039 0.501 95.455 97.727 0.229 LGA D 285 D 285 0.637 0 0.050 1.093 4.330 86.364 65.227 1.703 LGA K 286 K 286 0.747 0 0.000 0.238 1.373 81.818 76.364 1.373 LGA E 287 E 287 0.835 0 0.026 0.323 1.778 81.818 76.566 0.909 LGA Q 288 Q 288 0.490 0 0.027 0.289 1.508 95.455 84.848 1.508 LGA F 289 F 289 0.520 0 0.016 0.134 0.799 81.818 81.818 0.697 LGA Q 290 Q 290 0.862 0 0.068 1.243 3.063 81.818 60.808 3.063 LGA Q 291 Q 291 0.713 0 0.033 0.073 0.852 81.818 81.818 0.751 LGA S 292 S 292 0.541 0 0.066 0.693 2.636 81.818 72.727 2.636 LGA Q 293 Q 293 0.737 0 0.000 0.210 1.088 81.818 78.182 1.032 LGA V 294 V 294 0.966 0 0.040 0.064 1.139 81.818 77.143 1.139 LGA K 295 K 295 0.446 0 0.053 0.185 0.737 86.364 89.899 0.737 LGA I 296 I 296 0.663 0 0.028 0.097 0.979 86.364 86.364 0.699 LGA A 297 A 297 1.130 0 0.065 0.066 1.451 69.545 68.727 - LGA N 298 N 298 0.483 0 0.069 0.215 1.670 74.545 68.409 1.670 LGA K 299 K 299 2.867 0 0.412 0.517 12.852 52.273 23.434 12.852 LGA V 300 V 300 1.768 0 0.108 0.105 4.430 61.818 39.481 4.430 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.921 0.870 1.817 84.182 77.954 62.628 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 94.630 97.736 13.219 LGA_LOCAL RMSD: 0.921 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.921 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.921 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.178809 * X + 0.533198 * Y + -0.826878 * Z + 153.164963 Y_new = -0.976914 * X + -0.196071 * Y + 0.084820 * Z + 149.009033 Z_new = -0.116901 * X + 0.822956 * Y + 0.555948 * Z + 137.375214 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.751827 0.117169 0.976669 [DEG: -100.3723 6.7133 55.9590 ] ZXZ: -1.673018 0.981294 -0.141106 [DEG: -95.8569 56.2240 -8.0848 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS079_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS079_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.736 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS079_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.659 185.057 153.155 1.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 153.221 185.840 154.299 1.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 151.725 185.756 154.543 1.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 151.180 186.505 155.356 1.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 151.079 184.879 153.819 1.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 149.652 184.669 154.047 1.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 149.411 183.873 155.327 1.00 0.00 ATOM 1352 CB LYS 166 149.018 183.948 152.856 1.00 0.00 ATOM 1353 O LYS 166 150.256 183.072 155.733 1.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 149.078 184.734 151.555 1.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 148.380 183.993 150.421 1.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 148.419 184.788 149.123 1.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 147.749 184.059 148.005 1.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 148.261 184.227 155.984 1.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 147.917 183.495 157.199 1.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 147.085 182.259 156.874 1.00 0.00 ATOM 1361 CB TRP 167 147.156 184.397 158.173 1.00 0.00 ATOM 1362 O TRP 167 145.917 182.372 156.496 1.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 146.868 183.757 159.498 1.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.712 183.136 159.880 1.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.754 183.680 160.619 1.00 0.00 ATOM 1366 CE2 TRP 167 147.069 182.996 161.648 1.00 0.00 ATOM 1367 CE3 TRP 167 149.063 184.121 160.854 1.00 0.00 ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.826 182.676 161.172 1.00 0.00 ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.930 183.188 163.097 1.00 0.00 ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.648 182.745 162.893 1.00 0.00 ATOM 1371 CZ3 TRP 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