####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS079_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS079_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.98 1.02 LCS_AVERAGE: 98.36 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 56 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 78 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 64 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 26 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 4 97 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 36 119 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 3 73 109 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 33 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 47 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 57 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 67 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 76 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 133 135 135 65 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 133 135 135 51 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 133 135 135 7 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 133 135 135 7 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 133 135 135 5 97 119 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 133 135 135 3 33 42 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 133 135 135 3 6 27 61 122 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 133 135 135 19 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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280 H 280 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 76 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 61 104 119 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 119 135 135 3 4 103 119 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 3 90 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.45 ( 98.36 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 106 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 78.52 91.85 95.56 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.49 0.79 0.86 0.95 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.26 1.19 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.844 0 0.037 0.037 0.917 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.673 0 0.000 0.119 1.856 86.364 76.768 1.856 LGA W 167 W 167 0.424 0 0.177 0.154 0.640 86.364 90.909 0.383 LGA I 168 I 168 1.083 0 0.168 1.548 3.368 73.636 60.227 2.408 LGA S 169 S 169 0.810 0 0.048 0.083 1.157 77.727 79.091 0.943 LGA G 170 G 170 1.008 0 0.047 0.047 1.008 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.648 0 0.092 1.424 6.168 81.818 51.818 3.756 LGA A 172 A 172 0.634 0 0.033 0.043 0.809 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.516 0 0.031 0.121 0.697 90.909 89.610 0.697 LGA Y 174 Y 174 0.339 0 0.051 0.235 1.368 95.455 86.667 1.368 LGA G 175 G 175 0.506 0 0.080 0.080 0.509 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.659 0 0.028 0.175 0.992 81.818 84.848 0.619 LGA Q 177 Q 177 1.013 0 0.064 0.558 1.949 77.727 72.929 1.350 LGA L 178 L 178 0.851 0 0.072 0.264 1.808 73.636 69.773 1.808 LGA N 179 N 179 1.281 0 0.160 0.683 4.859 65.909 39.318 4.859 LGA K 180 K 180 3.217 0 0.291 0.968 12.854 29.545 13.131 12.854 LGA K 181 K 181 2.181 0 0.436 0.943 11.031 62.727 28.485 11.031 LGA T 182 T 182 0.849 0 0.015 1.136 3.460 82.273 68.571 3.460 LGA S 183 S 183 1.160 0 0.146 0.133 1.487 69.545 68.182 1.487 LGA K 184 K 184 0.880 0 0.073 0.804 2.321 77.727 71.515 2.321 LGA L 185 L 185 0.441 0 0.047 0.063 0.652 90.909 95.455 0.299 LGA D 186 D 186 0.351 0 0.058 0.105 0.755 95.455 97.727 0.263 LGA P 187 P 187 0.581 0 0.000 0.116 1.528 74.545 77.662 0.639 LGA V 188 V 188 1.060 0 0.040 0.033 1.320 69.545 67.792 1.320 LGA E 189 E 189 1.024 0 0.069 0.314 1.372 73.636 74.545 1.372 LGA D 190 D 190 0.976 0 0.024 0.042 1.347 81.818 73.636 1.347 LGA E 191 E 191 0.826 0 0.000 0.049 1.394 81.818 74.545 1.394 LGA A 192 A 192 0.443 0 0.030 0.038 0.569 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.456 0 0.065 0.130 1.422 100.000 84.444 1.422 LGA V 194 V 194 0.495 0 0.003 0.047 0.601 100.000 92.208 0.601 LGA V 195 V 195 0.271 0 0.000 0.037 0.502 100.000 97.403 0.283 LGA Q 196 Q 196 0.266 0 0.028 0.258 1.452 100.000 90.303 1.452 LGA L 197 L 197 0.360 0 0.000 0.046 0.519 100.000 97.727 0.519 LGA I 198 I 198 0.312 0 0.029 0.093 0.504 100.000 97.727 0.426 LGA F 199 F 199 0.250 0 0.027 0.030 0.293 100.000 100.000 0.222 LGA N 200 N 200 0.390 0 0.017 0.658 1.723 100.000 87.273 1.723 LGA I 201 I 201 0.213 0 0.000 0.055 0.280 100.000 100.000 0.234 LGA F 202 F 202 0.287 0 0.000 0.082 0.592 100.000 96.694 0.592 LGA L 203 L 203 0.402 0 0.070 0.131 1.049 100.000 88.864 0.817 LGA N 204 N 204 0.260 0 0.032 0.066 0.937 100.000 90.909 0.913 LGA G 205 G 205 0.315 0 0.024 0.024 0.406 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.187 0 0.000 0.842 2.846 100.000 84.318 0.873 LGA N 207 N 207 0.580 0 0.051 0.131 0.672 86.364 90.909 0.445 LGA G 208 G 208 0.925 0 0.106 0.106 1.598 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 1.135 0 0.096 0.239 2.519 69.545 58.384 2.519 LGA D 210 D 210 1.066 0 0.069 0.197 1.098 69.545 75.909 0.220 LGA Y 211 Y 211 1.714 0 0.066 0.620 2.147 54.545 52.273 1.774 LGA S 212 S 212 2.226 0 0.631 0.796 5.900 36.364 26.061 5.900 LGA Y 213 Y 213 2.911 0 0.127 1.072 14.217 41.818 14.091 14.217 LGA A 215 A 215 1.070 0 0.164 0.174 2.011 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.402 0 0.000 0.137 0.549 95.455 95.455 0.313 LGA A 217 A 217 0.552 0 0.034 0.056 0.608 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.609 0 0.000 0.090 1.064 86.364 82.121 1.064 LGA H 219 H 219 0.557 0 0.020 0.100 0.883 81.818 81.818 0.883 LGA L 220 L 220 0.536 0 0.017 0.143 0.601 81.818 81.818 0.601 LGA T 221 T 221 0.476 0 0.000 0.022 0.532 100.000 97.403 0.444 LGA N 222 N 222 0.396 0 0.035 0.117 0.689 100.000 93.182 0.689 LGA L 223 L 223 0.718 0 0.040 0.073 1.065 81.818 77.727 1.065 LGA Q 224 Q 224 0.660 0 0.040 0.204 1.269 81.818 74.545 1.024 LGA I 225 I 225 0.661 0 0.055 0.092 0.845 81.818 81.818 0.708 LGA P 226 P 226 0.694 0 0.037 0.087 1.059 81.818 79.481 1.059 LGA T 227 T 227 0.692 0 0.031 0.082 0.923 81.818 81.818 0.923 LGA P 228 P 228 0.927 0 0.032 0.072 1.026 77.727 79.481 0.727 LGA S 229 S 229 1.085 0 0.072 0.089 1.183 69.545 70.909 0.980 LGA G 230 G 230 1.070 0 0.017 0.017 1.132 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.701 0 0.025 0.509 1.319 86.364 80.202 0.622 LGA K 232 K 232 0.541 0 0.061 0.222 1.877 81.818 73.131 1.877 LGA R 233 R 233 0.514 0 0.069 1.042 5.314 86.364 48.264 3.815 LGA W 234 W 234 0.249 0 0.031 0.177 0.872 100.000 89.610 0.872 LGA N 235 N 235 0.840 0 0.128 0.681 1.951 81.818 73.864 1.211 LGA Q 236 Q 236 0.677 0 0.000 0.932 3.349 81.818 61.414 3.349 LGA Y 237 Y 237 0.859 0 0.035 0.125 1.440 81.818 70.909 1.440 LGA T 238 T 238 0.506 0 0.035 0.078 0.536 86.364 89.610 0.505 LGA I 239 I 239 0.439 0 0.043 0.153 0.469 100.000 100.000 0.354 LGA K 240 K 240 0.832 0 0.026 0.175 3.667 81.818 56.768 3.667 LGA A 241 A 241 0.713 0 0.065 0.072 0.806 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.247 0 0.036 0.093 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA L 243 L 243 0.317 0 0.039 0.072 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA Q 244 Q 244 0.432 0 0.028 0.154 0.628 90.909 95.960 0.311 LGA N 245 N 245 0.613 0 0.039 0.070 0.634 81.818 81.818 0.605 LGA E 246 E 246 0.568 0 0.048 0.635 1.458 81.818 80.202 1.364 LGA V 247 V 247 0.401 0 0.022 0.050 0.445 100.000 100.000 0.329 LGA Y 248 Y 248 0.406 0 0.056 0.194 1.393 95.455 86.818 1.393 LGA I 249 I 249 0.465 0 0.026 0.061 0.893 100.000 90.909 0.893 LGA G 250 G 250 0.320 0 0.009 0.009 0.444 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.514 0 0.101 0.124 0.666 86.364 84.416 0.623 LGA V 252 V 252 0.496 0 0.026 0.094 0.698 86.364 92.208 0.494 LGA K 253 K 253 0.464 0 0.054 0.083 0.978 90.909 87.879 0.978 LGA Y 254 Y 254 0.687 0 0.051 0.199 2.212 86.364 69.091 2.212 LGA K 255 K 255 0.860 0 0.077 0.183 1.088 77.727 78.182 0.725 LGA V 256 V 256 1.207 0 0.034 0.064 1.393 65.455 65.455 1.393 LGA R 257 R 257 0.910 0 0.033 1.071 3.994 81.818 58.512 3.595 LGA E 258 E 258 1.063 0 0.021 0.625 3.598 65.455 44.646 3.598 LGA K 259 K 259 1.235 0 0.029 0.309 1.866 65.455 62.222 1.866 LGA T 260 T 260 1.659 0 0.000 0.204 2.278 50.909 47.273 2.133 LGA K 261 K 261 1.810 0 0.046 0.303 2.294 44.545 56.364 1.322 LGA D 262 D 262 2.480 0 0.051 1.065 3.950 38.182 28.636 3.950 LGA G 263 G 263 1.885 0 0.040 0.040 1.995 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.839 0 0.064 0.458 2.851 50.909 49.899 2.851 LGA R 265 R 265 1.668 0 0.039 0.952 4.277 50.909 41.322 4.277 LGA T 266 T 266 1.819 0 0.040 0.062 1.894 50.909 50.909 1.703 LGA I 267 I 267 1.617 0 0.012 0.094 2.298 50.909 49.318 2.298 LGA R 268 R 268 1.266 0 0.034 0.984 2.480 65.455 63.471 2.480 LGA P 269 P 269 1.555 0 0.028 0.060 1.841 58.182 55.065 1.841 LGA E 270 E 270 1.300 0 0.009 0.310 2.232 65.455 57.778 2.232 LGA K 271 K 271 1.368 0 0.069 0.747 3.360 65.455 54.343 2.968 LGA E 272 E 272 1.144 0 0.089 0.155 2.688 73.636 57.172 2.688 LGA Q 273 Q 273 1.027 0 0.051 0.086 1.523 69.545 65.657 1.172 LGA I 274 I 274 0.617 0 0.055 0.098 0.990 81.818 81.818 0.990 LGA V 275 V 275 0.358 0 0.037 0.086 0.602 100.000 94.805 0.513 LGA V 276 V 276 0.331 0 0.055 0.047 0.512 100.000 97.403 0.404 LGA Q 277 Q 277 0.382 0 0.036 0.610 3.240 100.000 73.939 3.240 LGA D 278 D 278 0.419 0 0.110 0.219 0.883 95.455 93.182 0.883 LGA A 279 A 279 0.404 0 0.016 0.040 0.511 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.176 0 0.038 0.161 0.505 100.000 98.182 0.158 LGA A 281 A 281 0.219 0 0.022 0.023 0.437 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.328 0 0.059 0.082 0.662 100.000 94.805 0.662 LGA I 283 I 283 0.295 0 0.047 0.088 0.639 95.455 93.182 0.537 LGA I 284 I 284 0.341 0 0.000 0.056 0.500 95.455 97.727 0.234 LGA D 285 D 285 0.705 0 0.046 0.130 1.285 81.818 77.727 0.858 LGA K 286 K 286 0.878 0 0.000 0.245 1.256 81.818 76.364 1.256 LGA E 287 E 287 1.039 0 0.020 0.288 2.119 73.636 62.828 1.552 LGA Q 288 Q 288 0.689 0 0.020 0.319 1.900 81.818 73.131 1.900 LGA F 289 F 289 0.645 0 0.023 0.129 0.861 81.818 81.818 0.792 LGA Q 290 Q 290 1.078 0 0.063 0.600 1.327 73.636 70.909 1.294 LGA Q 291 Q 291 0.916 0 0.038 0.064 1.141 81.818 80.000 0.935 LGA S 292 S 292 0.631 0 0.058 0.684 2.730 81.818 72.727 2.730 LGA Q 293 Q 293 0.969 0 0.000 0.228 1.295 73.636 72.727 1.214 LGA V 294 V 294 1.215 0 0.042 0.066 1.410 65.455 65.455 1.410 LGA K 295 K 295 0.642 0 0.044 0.191 0.832 81.818 87.879 0.723 LGA I 296 I 296 0.965 0 0.030 0.097 1.402 73.636 75.682 0.901 LGA A 297 A 297 1.654 0 0.067 0.067 2.043 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.864 0 0.101 0.201 2.148 65.909 60.682 2.148 LGA K 299 K 299 2.849 0 0.420 0.530 12.990 52.727 23.636 12.990 LGA V 300 V 300 1.981 0 0.111 0.110 4.247 50.909 32.208 4.247 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.017 0.971 1.831 80.633 75.222 63.178 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.519 97.287 12.091 LGA_LOCAL RMSD: 1.017 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.017 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.017 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.411517 * X + 0.880092 * Y + -0.236837 * Z + 152.531525 Y_new = -0.870942 * X + 0.303173 * Y + -0.386712 * Z + 150.842087 Z_new = -0.268540 * X + 0.365410 * Y + 0.891270 * Z + 140.922119 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.129393 0.271877 0.389087 [DEG: -64.7094 15.5774 22.2930 ] ZXZ: -0.549514 0.470658 -0.633768 [DEG: -31.4848 26.9667 -36.3122 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS079_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS079_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.287 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS079_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.453 185.061 153.153 1.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 153.024 185.856 154.293 1.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 151.533 185.763 154.558 1.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 150.983 186.558 155.324 1.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 150.854 184.829 153.895 1.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 149.428 184.626 154.131 1.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 149.188 183.875 155.437 1.00 0.00 ATOM 1352 CB LYS 166 148.793 183.866 152.965 1.00 0.00 ATOM 1353 O LYS 166 150.058 183.135 155.902 1.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 148.855 184.605 151.637 1.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 148.191 183.808 150.521 1.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 148.259 184.544 149.190 1.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 147.600 183.770 148.096 1.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 148.038 184.151 156.069 1.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 147.682 183.458 157.304 1.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 146.849 182.214 157.010 1.00 0.00 ATOM 1361 CB TRP 167 146.912 184.393 158.241 1.00 0.00 ATOM 1362 O TRP 167 145.689 182.318 156.605 1.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 146.629 183.804 159.591 1.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.461 183.230 160.011 1.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.531 183.735 160.698 1.00 0.00 ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.843 183.105 161.759 1.00 0.00 ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.857 184.143 160.898 1.00 0.00 ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.584 182.808 161.315 1.00 0.00 ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.735 183.285 163.170 1.00 0.00 ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.437 182.875 163.003 1.00 0.00 ATOM 1371 CZ3 TRP 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