####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS079_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS079_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 71 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 75 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 72 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 31 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 71 114 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 24 106 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 34 59 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 102 123 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 41 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 32 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 54 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 67 114 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 74 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 114 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 76 112 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 6 120 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 115 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 85.19 94.81 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.53 0.67 0.75 0.78 0.82 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 GDT RMS_ALL_AT 1.02 0.89 0.87 0.87 0.87 0.87 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.773 0 0.049 0.049 0.821 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.526 0 0.000 0.127 1.764 90.909 78.788 1.764 LGA W 167 W 167 0.284 0 0.172 0.162 0.575 95.455 94.805 0.409 LGA I 168 I 168 0.844 0 0.189 1.579 3.437 86.364 66.591 2.282 LGA S 169 S 169 0.636 0 0.028 0.074 0.970 81.818 81.818 0.787 LGA G 170 G 170 0.834 0 0.056 0.056 0.834 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.559 0 0.090 1.375 5.972 86.364 54.091 3.647 LGA A 172 A 172 0.539 0 0.032 0.042 0.763 81.818 85.455 - LGA P 173 P 173 0.426 0 0.032 0.102 0.570 95.455 92.208 0.570 LGA Y 174 Y 174 0.292 0 0.057 0.234 1.332 100.000 88.182 1.332 LGA G 175 G 175 0.413 0 0.074 0.074 0.464 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.651 0 0.033 0.166 0.941 81.818 84.848 0.569 LGA Q 177 Q 177 1.017 0 0.057 0.532 2.024 77.727 67.879 1.220 LGA L 178 L 178 0.764 0 0.069 0.233 1.623 73.636 73.864 1.623 LGA N 179 N 179 1.394 0 0.158 0.762 5.100 65.455 38.864 5.100 LGA K 180 K 180 3.262 0 0.300 0.967 12.764 29.545 13.131 12.764 LGA K 181 K 181 2.109 0 0.436 0.940 10.854 62.727 28.485 10.854 LGA T 182 T 182 0.883 0 0.000 1.137 3.399 82.273 68.571 3.399 LGA S 183 S 183 0.990 0 0.172 0.152 1.353 82.273 76.667 1.353 LGA K 184 K 184 0.735 0 0.068 0.813 2.331 81.818 75.354 2.331 LGA L 185 L 185 0.443 0 0.055 0.065 0.693 90.909 95.455 0.338 LGA D 186 D 186 0.394 0 0.060 0.125 0.824 90.909 95.455 0.237 LGA P 187 P 187 0.624 0 0.005 0.094 1.536 70.000 75.065 0.685 LGA V 188 V 188 1.005 0 0.052 0.038 1.225 77.727 72.468 1.225 LGA E 189 E 189 0.925 0 0.066 0.342 1.526 81.818 78.384 1.526 LGA D 190 D 190 0.792 0 0.030 0.059 1.151 81.818 75.682 1.151 LGA E 191 E 191 0.617 0 0.000 0.050 1.251 90.909 82.222 1.251 LGA A 192 A 192 0.264 0 0.033 0.041 0.391 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.268 0 0.061 0.140 1.303 100.000 90.101 1.303 LGA V 194 V 194 0.275 0 0.000 0.052 0.381 100.000 100.000 0.380 LGA V 195 V 195 0.115 0 0.000 0.032 0.391 100.000 100.000 0.183 LGA Q 196 Q 196 0.236 0 0.036 0.256 1.251 100.000 90.303 1.251 LGA L 197 L 197 0.226 0 0.019 0.057 0.347 100.000 100.000 0.346 LGA I 198 I 198 0.127 0 0.033 0.090 0.294 100.000 100.000 0.207 LGA F 199 F 199 0.229 0 0.017 0.048 0.331 100.000 100.000 0.114 LGA N 200 N 200 0.397 0 0.037 0.799 2.520 100.000 88.636 2.520 LGA I 201 I 201 0.193 0 0.000 0.066 0.259 100.000 100.000 0.166 LGA F 202 F 202 0.289 0 0.007 0.079 0.546 100.000 96.694 0.546 LGA L 203 L 203 0.499 0 0.065 0.134 1.156 100.000 88.864 0.891 LGA N 204 N 204 0.306 0 0.039 0.074 0.994 100.000 90.909 0.994 LGA G 205 G 205 0.207 0 0.037 0.037 0.239 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.290 0 0.030 1.052 3.249 95.455 78.864 1.174 LGA N 207 N 207 0.637 0 0.049 0.134 0.774 86.364 84.091 0.630 LGA G 208 G 208 0.870 0 0.096 0.096 1.506 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 1.023 0 0.086 0.232 2.456 77.727 64.646 2.456 LGA D 210 D 210 1.005 0 0.062 0.629 1.738 77.727 70.000 1.738 LGA Y 211 Y 211 1.599 0 0.080 0.590 1.935 58.182 55.758 1.592 LGA S 212 S 212 1.998 0 0.632 0.796 5.565 45.000 33.030 5.565 LGA Y 213 Y 213 3.125 0 0.136 1.065 14.592 36.364 12.273 14.592 LGA A 215 A 215 0.987 0 0.157 0.167 2.099 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.325 0 0.000 0.138 0.500 100.000 100.000 0.500 LGA A 217 A 217 0.257 0 0.037 0.059 0.310 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.423 0 0.000 0.085 1.121 100.000 91.212 1.121 LGA H 219 H 219 0.216 0 0.000 0.080 0.622 100.000 96.364 0.622 LGA L 220 L 220 0.280 0 0.000 0.136 0.456 100.000 100.000 0.456 LGA T 221 T 221 0.080 0 0.000 0.031 0.212 100.000 100.000 0.059 LGA N 222 N 222 0.278 0 0.021 0.110 0.538 95.455 97.727 0.260 LGA L 223 L 223 0.553 0 0.035 0.073 0.980 86.364 84.091 0.775 LGA Q 224 Q 224 0.367 0 0.044 0.180 0.891 100.000 91.919 0.738 LGA I 225 I 225 0.406 0 0.060 0.093 0.597 100.000 97.727 0.461 LGA P 226 P 226 0.331 0 0.043 0.079 0.752 95.455 92.208 0.752 LGA T 227 T 227 0.379 0 0.033 0.077 0.512 95.455 94.805 0.512 LGA P 228 P 228 0.734 0 0.048 0.077 0.808 81.818 84.416 0.569 LGA S 229 S 229 0.801 0 0.083 0.079 0.906 81.818 81.818 0.619 LGA G 230 G 230 0.774 0 0.016 0.016 0.831 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.379 0 0.012 0.514 1.018 100.000 90.101 1.018 LGA K 232 K 232 0.269 0 0.073 0.217 0.940 100.000 95.960 0.940 LGA R 233 R 233 0.419 0 0.057 1.067 5.730 95.455 50.579 4.038 LGA W 234 W 234 0.279 0 0.043 0.179 0.783 100.000 94.805 0.783 LGA N 235 N 235 0.651 0 0.103 0.690 1.963 81.818 78.182 0.631 LGA Q 236 Q 236 0.683 0 0.000 0.881 3.040 81.818 62.828 3.040 LGA Y 237 Y 237 0.732 0 0.053 0.154 1.280 81.818 76.364 1.280 LGA T 238 T 238 0.455 0 0.036 0.077 0.502 100.000 97.403 0.502 LGA I 239 I 239 0.479 0 0.052 0.136 0.488 100.000 100.000 0.367 LGA K 240 K 240 0.841 0 0.031 0.194 3.813 81.818 56.768 3.813 LGA A 241 A 241 0.723 0 0.071 0.079 0.844 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.212 0 0.025 0.087 0.264 100.000 100.000 0.185 LGA L 243 L 243 0.254 0 0.031 0.067 0.368 100.000 100.000 0.368 LGA Q 244 Q 244 0.349 0 0.029 0.171 0.551 95.455 95.960 0.490 LGA N 245 N 245 0.468 0 0.050 0.082 0.576 100.000 95.455 0.493 LGA E 246 E 246 0.415 0 0.046 0.647 1.755 100.000 86.667 1.407 LGA V 247 V 247 0.295 0 0.020 0.059 0.326 100.000 100.000 0.263 LGA Y 248 Y 248 0.273 0 0.061 0.192 1.307 100.000 91.061 1.307 LGA I 249 I 249 0.315 0 0.027 0.067 0.699 100.000 95.455 0.699 LGA G 250 G 250 0.273 0 0.016 0.016 0.396 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.430 0 0.090 0.110 0.618 95.455 89.610 0.508 LGA V 252 V 252 0.397 0 0.024 0.100 0.697 90.909 94.805 0.429 LGA K 253 K 253 0.274 0 0.049 0.083 0.699 95.455 91.919 0.699 LGA Y 254 Y 254 0.652 0 0.094 0.212 2.302 86.364 69.091 2.302 LGA K 255 K 255 0.529 0 0.097 0.874 5.909 86.364 53.939 5.909 LGA V 256 V 256 0.596 0 0.045 0.065 0.873 90.909 87.013 0.873 LGA R 257 R 257 0.241 0 0.037 1.067 4.572 95.455 63.471 4.157 LGA E 258 E 258 0.284 0 0.025 0.627 3.366 95.455 62.626 3.366 LGA K 259 K 259 0.592 0 0.037 0.227 2.252 86.364 71.919 2.252 LGA T 260 T 260 1.170 0 0.016 0.080 1.665 65.455 63.377 1.665 LGA K 261 K 261 1.578 0 0.037 0.454 2.873 54.545 50.101 2.873 LGA D 262 D 262 2.088 0 0.039 1.016 2.540 44.545 41.591 2.342 LGA G 263 G 263 1.380 0 0.038 0.038 1.531 61.818 61.818 - LGA K 264 K 264 1.293 0 0.076 0.452 3.285 69.545 58.788 3.285 LGA R 265 R 265 1.033 0 0.055 0.942 4.195 61.818 48.926 4.195 LGA T 266 T 266 1.122 0 0.044 0.044 1.167 65.455 67.792 0.929 LGA I 267 I 267 1.083 0 0.000 0.075 1.931 65.455 61.818 1.931 LGA R 268 R 268 0.777 0 0.034 1.000 2.952 81.818 76.198 2.952 LGA P 269 P 269 1.143 0 0.019 0.053 1.379 69.545 67.792 1.379 LGA E 270 E 270 0.955 0 0.011 0.280 1.863 77.727 67.677 1.863 LGA K 271 K 271 1.070 0 0.092 0.874 3.846 69.545 53.535 3.582 LGA E 272 E 272 0.785 0 0.186 0.171 2.352 81.818 66.465 2.352 LGA Q 273 Q 273 0.847 0 0.048 0.089 1.173 81.818 80.000 0.942 LGA I 274 I 274 0.626 0 0.040 0.092 1.093 81.818 79.773 1.093 LGA V 275 V 275 0.306 0 0.035 0.090 0.549 100.000 97.403 0.415 LGA V 276 V 276 0.285 0 0.052 0.050 0.435 100.000 100.000 0.299 LGA Q 277 Q 277 0.272 0 0.045 0.626 3.071 100.000 77.172 3.071 LGA D 278 D 278 0.230 0 0.099 0.237 0.872 100.000 95.455 0.872 LGA A 279 A 279 0.293 0 0.015 0.044 0.399 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.202 0 0.036 0.137 0.423 100.000 100.000 0.106 LGA A 281 A 281 0.353 0 0.026 0.030 0.608 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.345 0 0.054 0.076 0.679 100.000 94.805 0.679 LGA I 283 I 283 0.333 0 0.049 0.076 0.627 95.455 93.182 0.567 LGA I 284 I 284 0.288 0 0.000 0.040 0.450 100.000 100.000 0.290 LGA D 285 D 285 0.624 0 0.049 1.142 4.342 86.364 65.227 1.667 LGA K 286 K 286 0.764 0 0.000 0.238 1.412 81.818 76.364 1.412 LGA E 287 E 287 0.850 0 0.039 0.329 1.915 81.818 76.566 0.975 LGA Q 288 Q 288 0.557 0 0.013 0.299 1.649 86.364 75.152 1.649 LGA F 289 F 289 0.539 0 0.024 0.131 0.778 81.818 81.818 0.696 LGA Q 290 Q 290 0.863 0 0.060 1.242 3.123 81.818 60.808 3.081 LGA Q 291 Q 291 0.751 0 0.039 0.075 0.913 81.818 81.818 0.784 LGA S 292 S 292 0.561 0 0.066 0.688 2.689 81.818 72.727 2.689 LGA Q 293 Q 293 0.781 0 0.000 0.210 1.128 81.818 78.182 1.128 LGA V 294 V 294 1.048 0 0.045 0.065 1.244 77.727 72.468 1.244 LGA K 295 K 295 0.577 0 0.049 0.188 0.852 81.818 87.879 0.852 LGA I 296 I 296 0.715 0 0.031 0.097 1.043 77.727 79.773 0.780 LGA A 297 A 297 1.287 0 0.067 0.068 1.577 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.657 0 0.074 0.222 2.133 77.727 66.591 2.133 LGA K 299 K 299 2.188 0 0.416 0.517 12.414 62.727 28.485 12.414 LGA V 300 V 300 2.325 0 0.111 0.107 5.058 51.364 31.688 5.058 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.864 0.807 1.796 86.303 79.511 63.239 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.86 95.741 98.145 14.007 LGA_LOCAL RMSD: 0.864 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.864 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.864 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.114793 * X + 0.656243 * Y + -0.745767 * Z + 152.815903 Y_new = -0.960915 * X + -0.263739 * Y + -0.084169 * Z + 150.370605 Z_new = -0.251923 * X + 0.706957 * Y + 0.660869 * Z + 141.443314 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.689695 0.254666 0.819080 [DEG: -96.8124 14.5913 46.9298 ] ZXZ: -1.458410 0.848821 -0.342319 [DEG: -83.5607 48.6338 -19.6134 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS079_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS079_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.86 98.145 0.86 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS079_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.593 185.084 153.095 1.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 153.153 185.890 154.222 1.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 151.658 185.803 154.472 1.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 151.112 186.568 155.269 1.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 150.990 184.915 153.761 1.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 149.564 184.705 153.993 1.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 149.324 183.935 155.288 1.00 0.00 ATOM 1352 CB LYS 166 148.933 183.960 152.815 1.00 0.00 ATOM 1353 O LYS 166 150.170 183.143 155.710 1.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 148.994 184.719 151.498 1.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 148.301 183.953 150.378 1.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 148.343 184.721 149.064 1.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 147.669 183.972 147.962 1.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 148.188 184.266 155.964 1.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 147.844 183.559 157.193 1.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 147.013 182.315 156.893 1.00 0.00 ATOM 1361 CB TRP 167 147.079 184.480 158.148 1.00 0.00 ATOM 1362 O TRP 167 145.842 182.419 156.520 1.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 146.808 183.874 159.492 1.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.657 183.260 159.901 1.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.705 183.829 160.607 1.00 0.00 ATOM 1366 CE2 TRP 167 147.032 183.172 161.659 1.00 0.00 ATOM 1367 CE3 TRP 167 149.015 184.281 160.815 1.00 0.00 ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.785 182.834 161.204 1.00 0.00 ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.907 183.407 163.083 1.00 0.00 ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.625 182.954 162.905 1.00 0.00 ATOM 1371 CZ3 TRP 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