####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS079_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS079_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 69 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 77 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 64 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 64 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 83 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 24 54 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 81 115 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 9 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 43 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 43 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 71 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 75 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 77 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 81 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 66 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 47 108 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 108 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 19 108 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 27 82 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 27 63 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 11 49 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 27 108 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 71 106 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 41 107 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 80.74 93.33 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.73 0.86 0.87 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.12 1.04 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.794 0 0.053 0.053 0.874 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.595 0 0.000 0.131 2.006 90.909 77.374 2.006 LGA W 167 W 167 0.291 0 0.199 0.188 0.527 100.000 97.403 0.372 LGA I 168 I 168 0.908 0 0.108 1.208 2.850 81.818 65.455 2.135 LGA S 169 S 169 0.788 0 0.045 0.049 1.026 77.727 79.091 0.873 LGA G 170 G 170 0.788 0 0.050 0.050 0.788 86.364 86.364 - LGA L 171 L 171 0.692 0 0.093 1.443 6.322 81.818 51.818 3.882 LGA A 172 A 172 0.609 0 0.023 0.035 0.792 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.496 0 0.024 0.069 0.693 95.455 92.208 0.648 LGA Y 174 Y 174 0.318 0 0.057 0.248 1.455 95.455 86.667 1.455 LGA G 175 G 175 0.420 0 0.061 0.061 0.457 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.640 0 0.038 0.178 0.940 81.818 84.848 0.606 LGA Q 177 Q 177 0.985 0 0.062 0.718 2.804 81.818 68.485 1.090 LGA L 178 L 178 0.810 0 0.065 0.435 2.276 73.636 70.227 2.276 LGA N 179 N 179 1.296 0 0.160 0.699 4.883 69.545 41.136 4.883 LGA K 180 K 180 3.206 0 0.309 0.965 13.179 29.545 13.333 13.179 LGA K 181 K 181 2.249 0 0.425 0.986 11.484 59.091 26.869 11.484 LGA T 182 T 182 0.899 0 0.000 1.122 3.417 82.273 68.571 3.417 LGA S 183 S 183 1.023 0 0.153 0.147 1.359 74.091 71.212 1.359 LGA K 184 K 184 0.798 0 0.071 0.837 2.588 77.727 70.303 2.588 LGA L 185 L 185 0.468 0 0.047 0.141 0.694 90.909 93.182 0.403 LGA D 186 D 186 0.392 0 0.054 0.109 0.813 90.909 95.455 0.384 LGA P 187 P 187 0.620 0 0.021 0.186 1.578 70.000 77.662 0.535 LGA V 188 V 188 1.058 0 0.042 0.038 1.281 69.545 67.792 1.281 LGA E 189 E 189 0.986 0 0.059 0.544 2.211 77.727 71.515 2.211 LGA D 190 D 190 0.908 0 0.024 0.058 1.265 81.818 73.636 1.265 LGA E 191 E 191 0.723 0 0.000 0.039 1.152 86.364 78.384 1.152 LGA A 192 A 192 0.383 0 0.043 0.050 0.490 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.382 0 0.066 0.206 1.912 100.000 81.212 1.912 LGA V 194 V 194 0.428 0 0.000 0.046 0.527 100.000 94.805 0.518 LGA V 195 V 195 0.225 0 0.000 0.044 0.465 100.000 100.000 0.257 LGA Q 196 Q 196 0.260 0 0.029 0.303 1.524 100.000 86.869 1.524 LGA L 197 L 197 0.322 0 0.015 0.224 0.793 100.000 93.182 0.793 LGA I 198 I 198 0.285 0 0.031 0.105 0.508 100.000 97.727 0.323 LGA F 199 F 199 0.272 0 0.008 0.053 0.318 100.000 100.000 0.203 LGA N 200 N 200 0.379 0 0.046 0.806 2.560 100.000 88.636 2.560 LGA I 201 I 201 0.194 0 0.021 0.082 0.298 100.000 100.000 0.269 LGA F 202 F 202 0.329 0 0.023 0.091 0.715 100.000 93.388 0.715 LGA L 203 L 203 0.457 0 0.074 0.103 0.891 100.000 90.909 0.873 LGA N 204 N 204 0.236 0 0.026 0.116 1.065 100.000 88.864 0.979 LGA G 205 G 205 0.366 0 0.032 0.032 0.436 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.256 0 0.000 0.556 2.058 95.455 85.455 0.603 LGA N 207 N 207 0.595 0 0.034 0.214 0.980 86.364 86.364 0.529 LGA G 208 G 208 0.971 0 0.082 0.082 1.524 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 1.125 0 0.089 0.201 2.186 69.545 61.010 2.186 LGA D 210 D 210 1.061 0 0.067 0.330 1.097 69.545 77.955 0.812 LGA Y 211 Y 211 1.693 0 0.062 0.603 2.074 58.182 51.212 1.788 LGA S 212 S 212 2.261 0 0.635 0.768 5.797 36.364 26.061 5.797 LGA Y 213 Y 213 2.938 0 0.136 1.068 14.300 41.818 14.091 14.300 LGA A 215 A 215 1.081 0 0.158 0.168 2.041 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.362 0 0.000 0.137 0.499 100.000 100.000 0.327 LGA A 217 A 217 0.482 0 0.035 0.062 0.525 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.557 0 0.000 0.033 0.940 90.909 87.879 0.940 LGA H 219 H 219 0.466 0 0.020 0.112 0.865 100.000 92.727 0.865 LGA L 220 L 220 0.449 0 0.000 0.204 0.629 100.000 93.182 0.602 LGA T 221 T 221 0.286 0 0.008 0.036 0.345 100.000 100.000 0.274 LGA N 222 N 222 0.233 0 0.029 0.173 0.780 100.000 95.455 0.780 LGA L 223 L 223 0.567 0 0.028 0.148 0.866 86.364 84.091 0.772 LGA Q 224 Q 224 0.460 0 0.050 0.243 1.234 95.455 84.242 1.094 LGA I 225 I 225 0.486 0 0.051 0.098 0.704 100.000 95.455 0.583 LGA P 226 P 226 0.426 0 0.039 0.158 1.105 90.909 84.675 1.105 LGA T 227 T 227 0.539 0 0.024 0.083 0.711 81.818 84.416 0.711 LGA P 228 P 228 0.727 0 0.048 0.115 0.792 81.818 81.818 0.551 LGA S 229 S 229 0.831 0 0.080 0.250 0.960 81.818 81.818 0.907 LGA G 230 G 230 0.787 0 0.000 0.000 0.834 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.466 0 0.023 0.489 1.003 95.455 86.061 0.807 LGA K 232 K 232 0.343 0 0.099 0.340 1.759 95.455 84.646 1.759 LGA R 233 R 233 0.425 0 0.062 1.087 5.521 90.909 54.050 3.291 LGA W 234 W 234 0.175 0 0.029 0.183 0.842 100.000 93.506 0.842 LGA N 235 N 235 0.751 0 0.118 0.645 1.393 81.818 80.000 0.809 LGA Q 236 Q 236 0.697 0 0.000 1.049 3.872 81.818 59.394 3.872 LGA Y 237 Y 237 0.820 0 0.043 0.179 1.464 81.818 75.000 1.464 LGA T 238 T 238 0.500 0 0.043 0.094 0.655 86.364 87.013 0.548 LGA I 239 I 239 0.514 0 0.063 0.193 0.540 86.364 93.182 0.396 LGA K 240 K 240 0.895 0 0.028 0.177 3.728 81.818 56.768 3.728 LGA A 241 A 241 0.744 0 0.076 0.083 0.833 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.251 0 0.039 0.117 0.309 100.000 100.000 0.253 LGA L 243 L 243 0.379 0 0.029 0.070 0.491 100.000 100.000 0.491 LGA Q 244 Q 244 0.477 0 0.018 0.188 0.618 86.364 89.899 0.609 LGA N 245 N 245 0.558 0 0.041 0.074 0.558 86.364 84.091 0.544 LGA E 246 E 246 0.562 0 0.044 0.622 1.438 90.909 84.242 1.438 LGA V 247 V 247 0.382 0 0.023 0.348 0.817 100.000 94.805 0.817 LGA Y 248 Y 248 0.380 0 0.058 0.184 1.359 95.455 86.818 1.359 LGA I 249 I 249 0.455 0 0.016 0.052 0.897 100.000 90.909 0.897 LGA G 250 G 250 0.436 0 0.018 0.018 0.547 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.599 0 0.097 0.126 0.744 81.818 81.818 0.694 LGA V 252 V 252 0.557 0 0.019 0.122 0.761 81.818 84.416 0.645 LGA K 253 K 253 0.407 0 0.045 0.096 1.192 95.455 86.263 1.192 LGA Y 254 Y 254 0.659 0 0.090 0.209 2.322 86.364 69.091 2.322 LGA K 255 K 255 0.587 0 0.112 0.597 3.733 86.364 58.384 3.733 LGA V 256 V 256 0.870 0 0.054 0.193 1.432 81.818 77.143 1.432 LGA R 257 R 257 0.589 0 0.034 1.050 3.930 86.364 63.306 3.657 LGA E 258 E 258 0.727 0 0.022 0.638 3.190 77.727 55.960 3.190 LGA K 259 K 259 0.826 0 0.030 0.375 2.367 81.818 68.485 2.367 LGA T 260 T 260 1.354 0 0.000 0.200 2.065 61.818 55.325 2.065 LGA K 261 K 261 1.339 0 0.043 0.307 1.878 58.182 69.697 1.084 LGA D 262 D 262 2.143 0 0.057 1.060 3.284 47.727 39.091 3.284 LGA G 263 G 263 1.634 0 0.029 0.029 1.712 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.617 0 0.060 0.461 3.046 54.545 52.121 3.046 LGA R 265 R 265 1.498 0 0.053 0.916 4.057 54.545 42.645 4.057 LGA T 266 T 266 1.600 0 0.041 0.134 1.773 50.909 52.987 1.320 LGA I 267 I 267 1.426 0 0.011 0.140 2.214 58.182 52.955 2.214 LGA R 268 R 268 1.095 0 0.028 1.027 2.799 65.455 63.967 2.799 LGA P 269 P 269 1.436 0 0.011 0.128 1.941 65.455 61.299 1.941 LGA E 270 E 270 1.100 0 0.000 0.348 1.809 69.545 64.040 1.655 LGA K 271 K 271 1.202 0 0.072 0.872 3.361 65.455 54.949 3.361 LGA E 272 E 272 1.049 0 0.129 0.150 2.754 73.636 57.172 2.754 LGA Q 273 Q 273 0.987 0 0.052 0.081 1.334 73.636 70.909 1.129 LGA I 274 I 274 0.625 0 0.044 0.105 1.131 81.818 79.773 1.131 LGA V 275 V 275 0.344 0 0.038 0.093 0.610 100.000 94.805 0.531 LGA V 276 V 276 0.370 0 0.060 0.062 0.550 100.000 97.403 0.398 LGA Q 277 Q 277 0.387 0 0.045 0.570 2.653 100.000 79.596 2.653 LGA D 278 D 278 0.380 0 0.094 0.202 0.705 100.000 95.455 0.705 LGA A 279 A 279 0.389 0 0.018 0.045 0.493 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.216 0 0.033 0.115 0.448 100.000 100.000 0.238 LGA A 281 A 281 0.316 0 0.023 0.020 0.550 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.355 0 0.048 0.091 0.900 100.000 94.805 0.900 LGA I 283 I 283 0.355 0 0.057 0.104 0.663 95.455 93.182 0.614 LGA I 284 I 284 0.331 0 0.000 0.064 0.523 100.000 97.727 0.523 LGA D 285 D 285 0.753 0 0.042 0.417 2.218 81.818 68.636 1.999 LGA K 286 K 286 0.898 0 0.000 0.365 2.346 81.818 66.869 2.124 LGA E 287 E 287 1.034 0 0.044 0.409 2.835 73.636 57.172 2.835 LGA Q 288 Q 288 0.674 0 0.014 0.301 1.561 81.818 76.566 1.561 LGA F 289 F 289 0.659 0 0.035 0.136 0.891 81.818 81.818 0.801 LGA Q 290 Q 290 1.057 0 0.068 1.091 2.780 73.636 60.202 2.780 LGA Q 291 Q 291 0.957 0 0.042 0.140 1.406 77.727 72.727 1.098 LGA S 292 S 292 0.662 0 0.063 0.695 2.782 81.818 72.727 2.782 LGA Q 293 Q 293 0.960 0 0.000 0.260 1.553 73.636 71.111 1.364 LGA V 294 V 294 1.277 0 0.049 0.081 1.521 65.455 63.377 1.521 LGA K 295 K 295 0.708 0 0.055 0.175 0.891 81.818 89.899 0.436 LGA I 296 I 296 0.891 0 0.031 0.107 1.269 73.636 75.682 0.872 LGA A 297 A 297 1.535 0 0.075 0.077 1.881 54.545 53.818 - LGA N 298 N 298 0.711 0 0.046 0.185 2.256 77.727 62.955 2.256 LGA K 299 K 299 2.497 0 0.413 0.471 13.176 58.636 26.263 13.176 LGA V 300 V 300 1.742 0 0.104 0.107 4.211 70.000 44.156 4.211 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.939 0.887 1.832 83.377 76.724 59.878 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 94.630 97.729 12.988 LGA_LOCAL RMSD: 0.939 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.994532 * X + 0.006896 * Y + 0.104206 * Z + 152.478195 Y_new = -0.081976 * X + 0.566646 * Y + -0.819873 * Z + 151.117691 Z_new = -0.064701 * X + -0.823932 * Y + -0.562982 * Z + 140.748489 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -3.059352 0.064747 -2.170217 [DEG: -175.2879 3.7097 -124.3443 ] ZXZ: 0.126422 2.168786 -3.063226 [DEG: 7.2434 124.2623 -175.5099 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS079_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS079_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.729 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS079_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.506 185.060 153.136 1.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 153.089 185.861 154.276 1.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 151.599 185.780 154.549 1.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 151.073 186.528 155.375 1.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 150.926 184.889 153.843 1.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 149.499 184.697 154.081 1.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 149.257 183.932 155.379 1.00 0.00 ATOM 1352 CB LYS 166 148.854 183.956 152.909 1.00 0.00 ATOM 1353 O LYS 166 150.123 183.183 155.835 1.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 148.871 184.733 151.600 1.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 148.150 183.977 150.492 1.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 148.118 184.778 149.197 1.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 147.445 184.026 148.097 1.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 148.129 184.194 155.975 1.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 147.778 183.487 157.202 1.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 146.975 182.228 156.893 1.00 0.00 ATOM 1361 CB TRP 167 146.983 184.399 158.140 1.00 0.00 ATOM 1362 O TRP 167 145.847 182.309 156.401 1.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 146.718 183.800 159.490 1.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.582 183.157 159.897 1.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.606 183.796 160.611 1.00 0.00 ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.943 183.131 161.666 1.00 0.00 ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.900 184.289 160.827 1.00 0.00 ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.711 182.752 161.205 1.00 0.00 ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.798 183.439 163.104 1.00 0.00 ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.532 182.947 162.920 1.00 0.00 ATOM 1371 CZ3 TRP 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1.00 0.00 ATOM 1408 CG PRO 173 146.756 185.906 164.808 1.00 0.00 ATOM 1409 CD PRO 173 145.521 185.655 163.992 1.00 0.00 ATOM 1410 N TYR 174 143.903 187.346 168.037 1.00 0.00 ATOM 1411 CA TYR 174 143.222 188.486 168.639 1.00 0.00 ATOM 1412 C TYR 174 143.875 189.797 168.217 1.00 0.00 ATOM 1413 CB TYR 174 143.224 188.371 170.167 1.00 0.00 ATOM 1414 O TYR 174 145.098 189.938 168.283 1.00 0.00 ATOM 1415 CG TYR 174 142.430 189.452 170.859 1.00 0.00 ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.070 190.505 171.507 1.00 0.00 ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.040 189.420 170.866 1.00 0.00 ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.341 191.503 172.148 1.00 0.00 ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.302 190.413 171.505 1.00 0.00 ATOM 1420 OH TYR 174 140.235 192.433 172.774 1.00 0.00 ATOM 1421 CZ TYR 174 140.961 191.448 172.142 1.00 0.00 ATOM 1422 N GLY 175 143.111 190.711 167.709 1.00 0.00 ATOM 1423 CA GLY 175 143.637 191.988 167.253 1.00 0.00 ATOM 1424 C GLY 175 143.691 192.104 165.741 1.00 0.00 ATOM 1425 O GLY 175 143.878 193.198 165.203 1.00 0.00 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