####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS059_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS059_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.23 1.23 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.23 1.23 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 88 165 - 253 0.99 1.34 LCS_AVERAGE: 58.99 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 88 135 135 63 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 88 135 135 62 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 88 135 135 41 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 88 135 135 48 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 88 135 135 3 5 25 117 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 88 135 135 3 84 105 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 88 135 135 4 91 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 88 135 135 3 26 50 96 112 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 88 135 135 3 23 96 118 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 88 135 135 4 95 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 88 135 135 62 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 88 135 135 64 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 88 135 135 22 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 88 135 135 25 96 110 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 88 135 135 5 41 101 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 88 135 135 5 19 87 115 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 88 135 135 5 51 105 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 88 135 135 5 51 105 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 88 135 135 3 54 105 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 88 135 135 3 17 87 115 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 88 135 135 3 4 9 54 111 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 88 135 135 20 96 110 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 88 135 135 64 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 88 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 64 135 135 56 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 64 135 135 56 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 64 135 135 53 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 64 135 135 56 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 64 135 135 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 37 135 135 3 37 99 115 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 37 135 135 3 3 4 113 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 86.33 ( 58.99 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 96 111 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 71.11 82.22 89.63 95.56 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.48 0.75 0.90 1.06 1.18 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 GDT RMS_ALL_AT 1.36 1.33 1.26 1.24 1.24 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 1.23 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: D 262 D 262 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.410 0 0.035 0.035 0.557 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.308 0 0.000 0.172 1.255 95.455 90.101 1.255 LGA W 167 W 167 0.522 0 0.297 0.273 1.718 78.636 80.909 0.824 LGA I 168 I 168 0.498 0 0.102 0.120 1.753 79.091 80.682 0.917 LGA S 169 S 169 2.528 0 0.450 0.737 6.339 52.273 35.152 6.339 LGA G 170 G 170 1.688 0 0.257 0.257 1.688 65.909 65.909 - LGA L 171 L 171 0.698 0 0.103 1.305 5.562 73.636 48.636 3.598 LGA A 172 A 172 0.560 0 0.016 0.040 0.841 81.818 85.455 - LGA P 173 P 173 0.552 0 0.013 0.151 0.991 81.818 84.416 0.991 LGA Y 174 Y 174 0.574 0 0.044 0.151 1.400 86.364 76.515 1.400 LGA G 175 G 175 0.289 0 0.038 0.038 0.289 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.261 0 0.000 0.184 0.497 100.000 100.000 0.201 LGA Q 177 Q 177 0.541 0 0.079 0.324 1.386 90.909 84.040 1.386 LGA L 178 L 178 0.584 0 0.110 0.178 1.480 77.727 77.727 1.480 LGA N 179 N 179 1.362 0 0.209 0.634 4.608 62.273 39.773 4.608 LGA K 180 K 180 3.808 0 0.262 0.950 13.345 21.818 9.697 13.345 LGA K 181 K 181 2.400 0 0.262 0.937 9.967 42.273 19.394 9.967 LGA T 182 T 182 1.303 0 0.050 1.168 3.850 73.636 60.260 3.850 LGA S 183 S 183 0.370 0 0.127 0.114 0.625 90.909 87.879 0.576 LGA K 184 K 184 0.656 0 0.044 0.841 3.581 86.364 67.273 3.581 LGA L 185 L 185 0.395 0 0.053 0.084 0.882 90.909 93.182 0.564 LGA D 186 D 186 0.428 0 0.000 0.197 0.567 100.000 95.455 0.567 LGA P 187 P 187 0.550 0 0.000 0.356 1.040 82.273 84.675 0.639 LGA V 188 V 188 0.832 0 0.012 0.039 1.006 81.818 79.481 0.887 LGA E 189 E 189 0.686 0 0.042 0.225 1.663 81.818 72.929 1.089 LGA D 190 D 190 0.377 0 0.035 0.102 0.734 100.000 93.182 0.734 LGA E 191 E 191 0.470 0 0.005 0.053 0.583 100.000 89.899 0.556 LGA A 192 A 192 0.410 0 0.039 0.040 0.465 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.404 0 0.045 0.120 1.197 100.000 90.101 1.197 LGA V 194 V 194 0.460 0 0.000 0.069 0.674 100.000 92.208 0.674 LGA V 195 V 195 0.408 0 0.000 0.033 0.447 100.000 100.000 0.354 LGA Q 196 Q 196 0.384 0 0.024 0.245 0.941 100.000 93.939 0.721 LGA L 197 L 197 0.343 0 0.000 0.068 0.367 100.000 100.000 0.285 LGA I 198 I 198 0.440 0 0.049 0.090 0.736 100.000 90.909 0.736 LGA F 199 F 199 0.398 0 0.014 0.137 0.582 100.000 96.694 0.420 LGA N 200 N 200 0.196 0 0.000 0.950 2.140 100.000 86.136 1.813 LGA I 201 I 201 0.350 0 0.033 0.064 0.576 95.455 97.727 0.421 LGA F 202 F 202 0.501 0 0.000 0.086 0.654 86.364 83.471 0.606 LGA L 203 L 203 0.341 0 0.114 0.218 1.398 95.455 84.545 1.227 LGA N 204 N 204 0.634 0 0.035 1.056 3.249 86.364 72.045 1.428 LGA G 205 G 205 1.170 0 0.064 0.064 1.207 69.545 69.545 - LGA L 206 L 206 1.259 0 0.046 1.387 3.452 58.182 52.273 3.452 LGA N 207 N 207 2.112 0 0.000 0.115 2.963 38.636 34.318 2.436 LGA G 208 G 208 2.522 0 0.064 0.064 3.142 27.727 27.727 - LGA K 209 K 209 2.096 0 0.084 0.246 4.247 44.545 31.919 4.247 LGA D 210 D 210 1.981 0 0.094 0.911 2.285 51.364 53.636 2.260 LGA Y 211 Y 211 2.031 0 0.119 0.450 2.080 44.545 48.788 1.523 LGA S 212 S 212 2.581 0 0.665 0.816 6.207 30.455 21.212 6.207 LGA Y 213 Y 213 3.081 0 0.160 1.525 14.258 39.545 13.333 14.258 LGA A 215 A 215 1.472 0 0.158 0.168 2.381 69.545 63.273 - LGA I 216 I 216 0.647 0 0.000 0.120 0.758 81.818 86.364 0.469 LGA A 217 A 217 0.733 0 0.044 0.056 0.857 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 1.007 0 0.015 0.080 1.582 73.636 68.485 1.582 LGA H 219 H 219 0.829 0 0.000 0.132 0.947 81.818 81.818 0.947 LGA L 220 L 220 0.766 0 0.023 0.101 0.892 81.818 81.818 0.892 LGA T 221 T 221 0.680 0 0.000 0.017 0.777 81.818 81.818 0.694 LGA N 222 N 222 0.604 0 0.039 0.145 0.961 81.818 81.818 0.961 LGA L 223 L 223 0.714 0 0.047 0.113 0.837 81.818 81.818 0.832 LGA Q 224 Q 224 0.707 0 0.014 0.330 1.880 81.818 71.313 1.685 LGA I 225 I 225 0.540 0 0.051 0.092 0.769 90.909 86.364 0.574 LGA P 226 P 226 0.678 0 0.032 0.064 0.961 81.818 81.818 0.842 LGA T 227 T 227 0.567 0 0.031 0.147 0.880 90.909 87.013 0.793 LGA P 228 P 228 0.511 0 0.454 0.486 2.717 72.727 81.818 0.461 LGA S 229 S 229 0.607 0 0.062 0.081 1.644 90.909 80.000 1.644 LGA G 230 G 230 0.519 0 0.081 0.081 0.519 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.611 0 0.054 0.532 2.096 81.818 69.899 1.212 LGA K 232 K 232 1.411 0 0.239 0.295 4.885 65.455 39.192 4.885 LGA R 233 R 233 0.982 0 0.063 1.262 5.141 77.727 52.727 3.398 LGA W 234 W 234 0.668 0 0.041 0.155 1.098 81.818 77.143 1.026 LGA N 235 N 235 1.087 0 0.032 0.636 2.156 73.636 60.909 2.143 LGA Q 236 Q 236 0.874 0 0.000 1.115 4.511 81.818 66.263 4.511 LGA Y 237 Y 237 0.802 0 0.135 0.256 2.140 81.818 70.303 2.140 LGA T 238 T 238 0.876 0 0.033 0.097 1.104 81.818 77.143 1.065 LGA I 239 I 239 0.442 0 0.061 0.184 0.770 90.909 93.182 0.770 LGA K 240 K 240 0.628 0 0.071 0.198 4.035 81.818 57.980 4.035 LGA A 241 A 241 0.672 0 0.066 0.075 0.809 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.696 0 0.021 0.074 0.826 81.818 81.818 0.824 LGA L 243 L 243 0.603 0 0.013 0.068 0.651 81.818 81.818 0.567 LGA Q 244 Q 244 0.504 0 0.118 0.254 1.164 81.818 84.040 0.826 LGA N 245 N 245 0.700 0 0.000 0.124 0.707 81.818 81.818 0.664 LGA E 246 E 246 0.647 0 0.037 0.633 1.580 81.818 76.566 1.580 LGA V 247 V 247 0.526 0 0.027 0.083 0.809 90.909 87.013 0.665 LGA Y 248 Y 248 0.394 0 0.056 0.164 1.512 100.000 84.091 1.512 LGA I 249 I 249 0.334 0 0.026 0.058 0.559 100.000 95.455 0.559 LGA G 250 G 250 0.282 0 0.020 0.020 0.543 90.909 90.909 - LGA T 251 T 251 0.815 0 0.083 0.109 1.146 77.727 77.143 0.939 LGA V 252 V 252 0.745 0 0.003 0.124 1.215 73.636 79.740 0.984 LGA K 253 K 253 1.011 0 0.011 0.066 1.420 65.455 65.455 1.260 LGA Y 254 Y 254 1.597 0 0.035 0.258 3.053 54.545 44.394 3.053 LGA K 255 K 255 2.004 0 0.142 0.294 2.458 47.727 46.667 2.458 LGA V 256 V 256 2.170 0 0.069 0.085 2.358 44.545 41.818 2.217 LGA R 257 R 257 1.831 0 0.000 1.027 3.355 47.727 41.653 3.205 LGA E 258 E 258 1.712 0 0.083 0.600 4.352 50.909 32.525 4.352 LGA K 259 K 259 1.712 0 0.022 0.126 1.805 50.909 50.909 1.518 LGA T 260 T 260 2.191 0 0.016 0.074 3.031 44.545 35.844 3.031 LGA K 261 K 261 1.900 0 0.179 0.220 3.329 39.545 41.818 2.417 LGA D 262 D 262 3.031 0 0.066 0.965 5.550 25.455 16.364 5.550 LGA G 263 G 263 2.666 0 0.058 0.058 2.826 27.273 27.273 - LGA K 264 K 264 2.824 0 0.090 0.433 3.864 30.000 21.010 3.864 LGA R 265 R 265 2.485 0 0.031 1.023 6.640 35.455 21.157 6.640 LGA T 266 T 266 1.869 0 0.051 0.047 2.242 54.545 51.169 1.959 LGA I 267 I 267 1.548 0 0.009 0.081 1.723 54.545 56.364 1.553 LGA R 268 R 268 1.379 0 0.032 1.054 3.270 65.455 60.165 3.270 LGA P 269 P 269 1.254 0 0.005 0.045 1.374 65.455 65.455 1.374 LGA E 270 E 270 1.154 0 0.000 0.304 1.216 65.455 74.949 0.418 LGA K 271 K 271 1.118 0 0.092 0.695 3.685 65.455 53.333 3.674 LGA E 272 E 272 1.408 0 0.035 0.100 2.399 61.818 51.515 2.153 LGA Q 273 Q 273 1.236 0 0.038 0.122 1.573 65.455 63.838 1.573 LGA I 274 I 274 0.927 0 0.035 0.090 1.341 73.636 75.682 1.341 LGA V 275 V 275 0.707 0 0.038 0.123 1.144 90.909 84.675 0.959 LGA V 276 V 276 0.325 0 0.050 0.052 0.544 95.455 97.403 0.369 LGA Q 277 Q 277 0.572 0 0.073 0.594 2.317 90.909 73.939 2.317 LGA D 278 D 278 0.454 0 0.086 0.159 1.064 90.909 86.591 1.064 LGA A 279 A 279 0.264 0 0.086 0.082 0.632 95.455 96.364 - LGA H 280 H 280 0.353 0 0.027 0.154 0.484 100.000 100.000 0.269 LGA A 281 A 281 0.402 0 0.012 0.035 0.481 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.309 0 0.036 0.357 1.116 100.000 95.065 1.116 LGA I 283 I 283 0.394 0 0.088 0.093 0.723 100.000 93.182 0.723 LGA I 284 I 284 0.467 0 0.016 0.099 0.503 95.455 97.727 0.252 LGA D 285 D 285 0.260 0 0.063 0.184 0.675 100.000 97.727 0.675 LGA K 286 K 286 0.545 0 0.000 0.257 1.096 86.364 88.081 1.096 LGA E 287 E 287 0.567 0 0.039 0.341 1.245 86.364 82.020 0.998 LGA Q 288 Q 288 0.465 0 0.022 0.418 2.483 95.455 78.182 2.483 LGA F 289 F 289 0.551 0 0.042 0.138 0.741 86.364 86.777 0.489 LGA Q 290 Q 290 0.858 0 0.055 1.271 3.368 81.818 57.980 3.111 LGA Q 291 Q 291 0.643 0 0.042 0.114 0.784 86.364 83.838 0.658 LGA S 292 S 292 0.680 0 0.120 0.683 2.242 81.818 74.545 2.242 LGA Q 293 Q 293 0.860 0 0.041 0.253 1.071 73.636 76.364 1.003 LGA V 294 V 294 1.033 0 0.044 0.073 1.400 77.727 72.468 1.256 LGA K 295 K 295 0.301 0 0.036 0.214 0.740 90.909 91.919 0.740 LGA I 296 I 296 1.024 0 0.028 0.095 1.681 69.545 65.682 1.419 LGA A 297 A 297 1.316 0 0.075 0.075 1.647 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.478 0 0.089 0.145 1.707 74.545 68.409 1.684 LGA K 299 K 299 2.634 0 0.373 0.771 11.840 56.364 25.657 11.840 LGA V 300 V 300 2.251 0 0.124 0.132 4.372 35.455 23.377 4.372 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.226 1.185 1.982 76.441 71.065 56.944 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.23 90.185 95.328 10.178 LGA_LOCAL RMSD: 1.226 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.226 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.226 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.743311 * X + -0.324806 * Y + -0.584799 * Z + 155.230423 Y_new = 0.656873 * X + -0.189061 * Y + -0.729914 * Z + 151.590897 Z_new = 0.126517 * X + -0.926691 * Y + 0.353887 * Z + 138.757690 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.417850 -0.126857 -1.206005 [DEG: 138.5326 -7.2684 -69.0990 ] ZXZ: -0.675465 1.209072 3.005906 [DEG: -38.7013 69.2747 172.2257 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS059_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS059_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.23 95.328 1.23 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS059_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT 4bqq_A 4bqq_A 4bqq_A 4bqq_A ATOM 1345 N GLY 165 154.284 185.254 153.120 1.00 87.62 ATOM 1346 CA GLY 165 153.752 185.898 154.303 1.00 87.62 ATOM 1347 C GLY 165 152.254 185.688 154.455 1.00 87.62 ATOM 1348 O GLY 165 151.610 186.399 155.225 1.00 87.62 ATOM 1349 N LYS 166 151.677 184.761 153.681 1.00 88.00 ATOM 1350 CA LYS 166 150.242 184.532 153.776 1.00 88.00 ATOM 1351 C LYS 166 149.881 183.662 154.961 1.00 88.00 ATOM 1352 O LYS 166 150.657 182.812 155.408 1.00 88.00 ATOM 1353 CB LYS 166 149.676 183.924 152.495 1.00 88.00 ATOM 1354 CG LYS 166 149.720 184.857 151.280 1.00 88.00 ATOM 1355 CD LYS 166 149.106 184.204 150.033 1.00 88.00 ATOM 1356 CE LYS 166 149.055 185.188 148.858 1.00 88.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.374 184.597 147.653 1.00 88.00 ATOM 1358 N TRP 167 148.691 183.901 155.477 1.00 90.81 ATOM 1359 CA TRP 167 148.131 183.147 156.575 1.00 90.81 ATOM 1360 C TRP 167 147.593 181.851 155.996 1.00 90.81 ATOM 1361 O TRP 167 146.858 181.884 155.008 1.00 90.81 ATOM 1362 CB TRP 167 147.007 183.948 157.223 1.00 90.81 ATOM 1363 CG TRP 167 146.506 183.379 158.480 1.00 90.81 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.346 182.707 158.693 1.00 90.81 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.168 183.453 159.753 1.00 90.81 ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.242 182.358 160.007 1.00 90.81 ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.347 182.806 160.673 1.00 90.81 ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.385 184.015 160.180 1.00 90.81 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 146.688 182.697 162.001 1.00 90.81 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 148.738 183.905 161.516 1.00 90.81 ATOM 1371 CH2 TRP 167 147.909 183.264 162.405 1.00 90.81 ATOM 1372 N ILE 168 147.976 180.714 156.565 1.00 82.56 ATOM 1373 CA ILE 168 147.531 179.445 156.001 1.00 82.56 ATOM 1374 C ILE 168 146.343 178.823 156.726 1.00 82.56 ATOM 1375 O ILE 168 145.397 178.357 156.090 1.00 82.56 ATOM 1376 CB ILE 168 148.659 178.412 155.997 1.00 82.56 ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.855 178.945 155.253 1.00 82.56 ATOM 1378 CG2 ILE 168 148.159 177.151 155.320 1.00 82.56 ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.579 179.297 153.864 1.00 82.56 ATOM 1380 N SER 169 146.408 178.766 158.052 1.00 75.88 ATOM 1381 CA SER 169 145.370 178.091 158.819 1.00 75.88 ATOM 1382 C SER 169 145.285 178.551 160.268 1.00 75.88 ATOM 1383 O SER 169 146.297 178.861 160.899 1.00 75.88 ATOM 1384 CB SER 169 145.592 176.593 158.790 1.00 75.88 ATOM 1385 OG SER 169 144.613 175.934 159.544 1.00 75.88 ATOM 1386 N GLY 170 144.063 178.548 160.794 1.00 77.69 ATOM 1387 CA GLY 170 143.796 178.894 162.185 1.00 77.69 ATOM 1388 C GLY 170 143.085 180.232 162.284 1.00 77.69 ATOM 1389 O GLY 170 143.125 181.042 161.358 1.00 77.69 ATOM 1390 N LEU 171 142.427 180.467 163.409 1.00 86.56 ATOM 1391 CA LEU 171 141.733 181.730 163.590 1.00 86.56 ATOM 1392 C LEU 171 142.766 182.823 163.754 1.00 86.56 ATOM 1393 O LEU 171 143.828 182.588 164.334 1.00 86.56 ATOM 1394 CB LEU 171 140.822 181.673 164.819 1.00 86.56 ATOM 1395 CG LEU 171 139.669 180.668 164.737 1.00 86.56 ATOM 1396 CD1 LEU 171 138.923 180.646 166.063 1.00 86.56 ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.747 181.056 163.592 1.00 86.56 ATOM 1398 N ALA 172 142.479 184.012 163.246 1.00 91.50 ATOM 1399 CA ALA 172 143.432 185.091 163.422 1.00 91.50 ATOM 1400 C ALA 172 143.599 185.364 164.925 1.00 91.50 ATOM 1401 O ALA 172 142.604 185.339 165.648 1.00 91.50 ATOM 1402 CB ALA 172 142.958 186.344 162.720 1.00 91.50 ATOM 1403 N PRO 173 144.818 185.622 165.423 1.00 92.81 ATOM 1404 CA PRO 173 145.117 186.013 166.785 1.00 92.81 ATOM 1405 C PRO 173 144.391 187.280 167.163 1.00 92.81 ATOM 1406 O PRO 173 144.153 188.127 166.308 1.00 92.81 ATOM 1407 CB PRO 173 146.623 186.216 166.758 1.00 92.81 ATOM 1408 CG PRO 173 147.094 185.332 165.635 1.00 92.81 ATOM 1409 CD PRO 173 146.011 185.391 164.607 1.00 92.81 ATOM 1410 N TYR 174 144.087 187.409 168.445 1.00 94.25 ATOM 1411 CA TYR 174 143.378 188.561 168.995 1.00 94.25 ATOM 1412 C TYR 174 144.089 189.816 168.535 1.00 94.25 ATOM 1413 O TYR 174 145.314 189.909 168.618 1.00 94.25 ATOM 1414 CB TYR 174 143.378 188.410 170.505 1.00 94.25 ATOM 1415 CG TYR 174 142.623 189.406 171.350 1.00 94.25 ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.297 190.379 172.032 1.00 94.25 ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.255 189.277 171.496 1.00 94.25 ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.621 191.233 172.849 1.00 94.25 ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.567 190.122 172.325 1.00 94.25 ATOM 1420 CZ TYR 174 141.236 191.099 172.997 1.00 94.25 ATOM 1421 OH TYR 174 140.543 191.932 173.834 1.00 94.25 ATOM 1422 N GLY 175 143.337 190.777 168.027 1.00 94.19 ATOM 1423 CA GLY 175 143.925 191.992 167.482 1.00 94.19 ATOM 1424 C GLY 175 143.994 191.930 165.961 1.00 94.19 ATOM 1425 O GLY 175 144.139 192.960 165.310 1.00 94.19 ATOM 1426 N TYR 176 143.830 190.736 165.391 1.00 95.19 ATOM 1427 CA TYR 176 143.840 190.549 163.944 1.00 95.19 ATOM 1428 C TYR 176 142.615 189.865 163.352 1.00 95.19 ATOM 1429 O TYR 176 141.898 189.111 164.012 1.00 95.19 ATOM 1430 CB TYR 176 145.072 189.795 163.463 1.00 95.19 ATOM 1431 CG TYR 176 146.350 190.527 163.655 1.00 95.19 ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.706 191.422 162.684 1.00 95.19 ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.181 190.303 164.725 1.00 95.19 ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.839 192.129 162.759 1.00 95.19 ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.367 191.015 164.790 1.00 95.19 ATOM 1436 CZ TYR 176 148.688 191.936 163.808 1.00 95.19 ATOM 1437 OH TYR 176 149.862 192.663 163.867 1.00 95.19 ATOM 1438 N GLN 177 142.415 190.113 162.065 1.00 93.81 ATOM 1439 CA GLN 177 141.374 189.472 161.277 1.00 93.81 ATOM 1440 C GLN 177 141.946 189.105 159.914 1.00 93.81 ATOM 1441 O GLN 177 142.894 189.733 159.446 1.00 93.81 ATOM 1442 CB GLN 177 140.160 190.401 161.173 1.00 93.81 ATOM 1443 CG GLN 177 140.453 191.763 160.540 1.00 93.81 ATOM 1444 CD GLN 177 139.236 192.681 160.553 1.00 93.81 ATOM 1445 OE1 GLN 177 138.156 192.288 161.005 1.00 93.81 ATOM 1446 NE2 GLN 177 139.402 193.908 160.074 1.00 93.81 ATOM 1447 N LEU 178 141.398 188.080 159.272 1.00 92.56 ATOM 1448 CA LEU 178 141.962 187.662 157.989 1.00 92.56 ATOM 1449 C LEU 178 141.284 188.282 156.784 1.00 92.56 ATOM 1450 O LEU 178 140.076 188.137 156.585 1.00 92.56 ATOM 1451 CB LEU 178 141.907 186.140 157.857 1.00 92.56 ATOM 1452 CG LEU 178 142.471 185.587 156.546 1.00 92.56 ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.943 185.892 156.501 1.00 92.56 ATOM 1454 CD2 LEU 178 142.226 184.107 156.472 1.00 92.56 ATOM 1455 N ASN 179 142.072 188.981 155.974 1.00 90.31 ATOM 1456 CA ASN 179 141.565 189.605 154.769 1.00 90.31 ATOM 1457 C ASN 179 141.619 188.605 153.628 1.00 90.31 ATOM 1458 O ASN 179 142.681 188.344 153.055 1.00 90.31 ATOM 1459 CB ASN 179 142.334 190.862 154.457 1.00 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