####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS059_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS059_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.18 1.18 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.18 1.18 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.96 1.23 LCS_AVERAGE: 63.49 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 64 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 64 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 29 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 64 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 48 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 9 94 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 13 118 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 4 24 115 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 13 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 77 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 48 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 78 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 77 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 70 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 30 105 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 29 105 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 31 105 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 3 105 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 19 98 121 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 14 63 124 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 4 11 99 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 21 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 79 107 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290 Q 290 65 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 65 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 65 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 65 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 65 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 65 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 65 135 135 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 65 135 135 64 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 65 135 135 74 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 38 135 135 13 70 111 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 38 135 135 3 3 3 95 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.83 ( 63.49 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 79.26 90.37 94.07 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.48 0.73 0.88 1.01 1.09 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 GDT RMS_ALL_AT 1.50 1.41 1.26 1.21 1.19 1.19 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 176 Y 176 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 248 Y 248 # possible swapping detected: E 258 E 258 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.568 0 0.036 0.036 0.676 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.568 0 0.000 0.090 1.193 81.818 80.000 1.193 LGA W 167 W 167 0.482 0 0.195 0.153 0.821 86.364 85.714 0.795 LGA I 168 I 168 1.268 0 0.073 1.534 3.533 73.636 55.682 2.020 LGA S 169 S 169 0.783 0 0.059 0.123 1.375 81.818 79.091 1.375 LGA G 170 G 170 0.919 0 0.048 0.048 0.919 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 1.015 0 0.025 0.870 5.714 69.545 44.318 5.491 LGA A 172 A 172 0.915 0 0.028 0.052 1.208 73.636 75.273 - LGA P 173 P 173 0.796 0 0.005 0.128 0.895 81.818 81.818 0.712 LGA Y 174 Y 174 0.763 0 0.052 0.248 1.697 81.818 73.788 1.697 LGA G 175 G 175 0.857 0 0.068 0.068 0.857 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.844 0 0.023 0.167 1.024 77.727 83.485 0.526 LGA Q 177 Q 177 1.375 0 0.029 1.162 5.307 65.455 45.657 2.784 LGA L 178 L 178 0.972 0 0.077 0.194 1.480 73.636 71.591 1.480 LGA N 179 N 179 1.350 0 0.203 0.668 4.796 69.545 41.136 4.796 LGA K 180 K 180 3.343 0 0.263 0.950 13.027 29.545 13.131 13.027 LGA K 181 K 181 2.288 0 0.263 0.931 10.373 48.182 22.020 10.373 LGA T 182 T 182 0.962 0 0.044 1.167 3.426 82.273 70.649 3.426 LGA S 183 S 183 0.934 0 0.126 0.108 1.244 78.182 73.939 1.150 LGA K 184 K 184 0.895 0 0.068 0.754 2.334 73.636 69.697 2.334 LGA L 185 L 185 0.764 0 0.131 0.161 1.426 77.727 84.318 0.442 LGA D 186 D 186 0.709 0 0.072 0.201 1.212 77.727 84.318 0.730 LGA P 187 P 187 0.801 0 0.025 0.093 1.772 70.000 75.065 0.719 LGA V 188 V 188 1.310 0 0.031 0.051 1.528 65.455 63.377 1.528 LGA E 189 E 189 1.307 0 0.035 0.214 1.580 65.455 63.838 1.580 LGA D 190 D 190 1.313 0 0.080 0.142 1.934 65.455 60.000 1.934 LGA E 191 E 191 1.081 0 0.000 0.037 1.742 73.636 67.475 1.742 LGA A 192 A 192 0.494 0 0.045 0.040 0.715 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.629 0 0.071 0.122 2.148 81.818 68.283 2.148 LGA V 194 V 194 0.551 0 0.000 0.044 0.770 90.909 87.013 0.669 LGA V 195 V 195 0.226 0 0.000 0.031 0.439 100.000 100.000 0.244 LGA Q 196 Q 196 0.321 0 0.032 0.237 1.266 100.000 90.303 1.106 LGA L 197 L 197 0.448 0 0.000 0.031 0.693 100.000 90.909 0.693 LGA I 198 I 198 0.189 0 0.053 0.102 0.373 100.000 100.000 0.294 LGA F 199 F 199 0.292 0 0.000 0.113 0.535 100.000 96.694 0.382 LGA N 200 N 200 0.467 0 0.044 1.143 3.877 100.000 74.318 3.877 LGA I 201 I 201 0.364 0 0.040 0.048 0.411 100.000 100.000 0.390 LGA F 202 F 202 0.397 0 0.027 0.105 0.681 100.000 95.041 0.681 LGA L 203 L 203 0.698 0 0.116 0.215 1.427 81.818 77.727 1.160 LGA N 204 N 204 0.685 0 0.007 0.343 2.028 90.909 74.773 1.333 LGA G 205 G 205 0.174 0 0.042 0.042 0.330 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.433 0 0.034 1.381 3.038 90.909 70.909 2.245 LGA N 207 N 207 0.985 0 0.000 0.102 1.169 77.727 71.591 1.039 LGA G 208 G 208 1.075 0 0.065 0.065 1.537 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.052 0 0.123 0.290 3.019 77.727 61.010 3.019 LGA D 210 D 210 1.064 0 0.153 0.878 2.174 73.636 62.727 2.155 LGA Y 211 Y 211 1.628 0 0.117 0.538 2.204 54.545 50.000 2.204 LGA S 212 S 212 2.197 0 0.660 0.816 6.057 39.545 28.182 6.057 LGA Y 213 Y 213 2.871 0 0.163 1.134 14.001 45.455 15.303 14.001 LGA A 215 A 215 0.937 0 0.161 0.169 1.886 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.381 0 0.000 0.113 0.583 100.000 97.727 0.583 LGA A 217 A 217 0.506 0 0.051 0.067 0.548 90.909 89.091 - LGA S 218 S 218 0.509 0 0.025 0.100 1.001 90.909 85.152 1.001 LGA H 219 H 219 0.494 0 0.015 0.093 0.669 100.000 89.091 0.667 LGA L 220 L 220 0.522 0 0.000 0.118 0.583 86.364 86.364 0.544 LGA T 221 T 221 0.519 0 0.000 0.022 0.583 81.818 87.013 0.473 LGA N 222 N 222 0.431 0 0.038 0.145 0.747 90.909 88.636 0.747 LGA L 223 L 223 0.722 0 0.029 0.109 0.816 81.818 81.818 0.762 LGA Q 224 Q 224 0.760 0 0.076 0.802 2.542 77.727 65.455 2.456 LGA I 225 I 225 0.593 0 0.044 0.101 0.714 81.818 84.091 0.427 LGA P 226 P 226 0.679 0 0.036 0.384 1.781 81.818 75.065 1.781 LGA T 227 T 227 0.794 0 0.069 0.076 0.900 81.818 81.818 0.900 LGA P 228 P 228 0.839 0 0.139 0.168 0.846 81.818 81.818 0.598 LGA S 229 S 229 1.138 0 0.085 0.613 1.831 65.455 63.030 1.831 LGA G 230 G 230 1.130 0 0.086 0.086 1.225 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.879 0 0.039 0.496 1.093 81.818 78.182 0.779 LGA K 232 K 232 0.969 0 0.211 0.302 2.413 77.727 63.232 2.413 LGA R 233 R 233 0.941 0 0.057 1.115 6.265 77.727 37.851 4.646 LGA W 234 W 234 0.291 0 0.049 0.165 0.835 95.455 88.312 0.816 LGA N 235 N 235 0.672 0 0.082 0.771 3.040 86.364 70.000 1.438 LGA Q 236 Q 236 0.513 0 0.000 0.772 2.920 81.818 66.263 2.616 LGA Y 237 Y 237 0.969 0 0.000 1.387 9.306 81.818 36.970 9.306 LGA T 238 T 238 0.555 0 0.000 0.141 0.666 90.909 89.610 0.666 LGA I 239 I 239 0.457 0 0.072 0.183 0.580 95.455 95.455 0.580 LGA K 240 K 240 0.902 0 0.039 0.739 4.991 81.818 50.101 4.991 LGA A 241 A 241 0.861 0 0.056 0.065 0.942 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.272 0 0.027 0.083 0.405 100.000 100.000 0.387 LGA L 243 L 243 0.352 0 0.000 0.050 0.470 100.000 100.000 0.397 LGA Q 244 Q 244 0.566 0 0.061 0.648 1.499 86.364 80.202 1.499 LGA N 245 N 245 0.593 0 0.011 0.090 0.607 86.364 86.364 0.496 LGA E 246 E 246 0.549 0 0.038 0.453 1.060 90.909 86.061 1.060 LGA V 247 V 247 0.404 0 0.027 0.084 0.463 100.000 100.000 0.377 LGA Y 248 Y 248 0.456 0 0.064 0.161 1.085 95.455 91.061 1.085 LGA I 249 I 249 0.437 0 0.036 0.068 0.731 100.000 95.455 0.580 LGA G 250 G 250 0.362 0 0.000 0.000 0.537 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.622 0 0.061 0.072 0.752 81.818 81.818 0.551 LGA V 252 V 252 0.765 0 0.062 1.211 2.649 81.818 69.610 2.649 LGA K 253 K 253 0.509 0 0.076 0.144 1.012 77.727 80.000 0.768 LGA Y 254 Y 254 0.839 0 0.050 1.406 8.919 81.818 39.697 8.919 LGA K 255 K 255 0.855 0 0.122 0.947 4.542 81.818 56.162 4.542 LGA V 256 V 256 1.005 0 0.044 0.059 1.129 73.636 70.130 1.027 LGA R 257 R 257 0.924 0 0.025 1.300 5.438 81.818 57.686 3.569 LGA E 258 E 258 1.259 0 0.074 0.585 3.510 58.182 42.424 3.510 LGA K 259 K 259 1.928 0 0.058 0.158 2.935 44.545 36.162 2.935 LGA T 260 T 260 2.731 0 0.000 0.079 3.258 25.455 26.234 2.935 LGA K 261 K 261 4.268 0 0.079 1.079 10.679 5.909 2.828 10.679 LGA D 262 D 262 4.026 0 0.063 1.038 4.579 13.182 8.864 4.579 LGA G 263 G 263 2.883 0 0.033 0.033 3.195 30.455 30.455 - LGA K 264 K 264 2.006 0 0.032 0.813 6.692 38.182 25.253 6.692 LGA R 265 R 265 1.335 0 0.202 1.406 7.447 58.182 35.868 7.447 LGA T 266 T 266 1.210 0 0.051 0.065 1.516 65.455 63.377 1.516 LGA I 267 I 267 1.198 0 0.027 0.598 2.096 65.455 60.227 2.096 LGA R 268 R 268 0.971 0 0.017 0.958 2.386 73.636 74.215 2.386 LGA P 269 P 269 1.235 0 0.039 0.050 1.358 69.545 67.792 1.334 LGA E 270 E 270 1.103 0 0.000 0.315 1.728 65.455 62.222 1.728 LGA K 271 K 271 1.270 0 0.083 0.719 3.656 65.455 52.525 3.364 LGA E 272 E 272 0.872 0 0.103 0.202 1.550 81.818 76.566 1.550 LGA Q 273 Q 273 0.890 0 0.050 0.123 1.004 77.727 80.000 0.924 LGA I 274 I 274 0.701 0 0.034 0.126 1.034 81.818 79.773 1.034 LGA V 275 V 275 0.471 0 0.029 0.098 0.740 100.000 92.208 0.665 LGA V 276 V 276 0.491 0 0.062 0.056 0.604 95.455 89.610 0.604 LGA Q 277 Q 277 0.449 0 0.049 0.659 2.908 100.000 80.202 2.908 LGA D 278 D 278 0.371 0 0.087 0.143 0.684 100.000 97.727 0.684 LGA A 279 A 279 0.506 0 0.059 0.072 0.615 90.909 89.091 - LGA H 280 H 280 0.337 0 0.025 1.120 2.501 100.000 77.636 1.116 LGA A 281 A 281 0.348 0 0.067 0.068 0.581 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.254 0 0.086 0.102 0.403 100.000 100.000 0.358 LGA I 283 I 283 0.301 0 0.072 0.083 0.671 95.455 93.182 0.594 LGA I 284 I 284 0.326 0 0.000 0.103 0.582 95.455 97.727 0.207 LGA D 285 D 285 0.767 0 0.058 0.146 1.706 81.818 71.818 1.706 LGA K 286 K 286 1.023 0 0.000 0.307 1.067 69.545 76.768 0.853 LGA E 287 E 287 1.074 0 0.033 0.379 1.907 69.545 65.657 1.189 LGA Q 288 Q 288 0.889 0 0.030 0.465 2.934 77.727 62.424 2.934 LGA F 289 F 289 0.889 0 0.029 0.145 0.985 81.818 81.818 0.875 LGA Q 290 Q 290 1.152 0 0.052 1.267 3.184 65.455 52.727 2.925 LGA Q 291 Q 291 1.020 0 0.039 0.081 1.077 73.636 74.545 0.986 LGA S 292 S 292 0.901 0 0.050 0.077 0.987 81.818 81.818 0.987 LGA Q 293 Q 293 1.070 0 0.000 1.252 4.371 69.545 49.697 4.163 LGA V 294 V 294 1.290 0 0.043 0.072 1.564 65.455 63.377 1.564 LGA K 295 K 295 0.841 0 0.034 0.236 1.515 81.818 76.566 1.515 LGA I 296 I 296 0.993 0 0.020 0.063 1.280 73.636 73.636 0.999 LGA A 297 A 297 1.500 0 0.087 0.091 1.862 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.700 0 0.103 0.175 1.224 77.727 77.727 1.224 LGA K 299 K 299 1.994 0 0.387 0.929 12.056 70.455 31.919 12.056 LGA V 300 V 300 3.534 0 0.083 0.122 6.795 17.727 10.130 6.795 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.183 1.147 2.162 78.178 71.034 54.836 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.18 93.333 96.943 10.525 LGA_LOCAL RMSD: 1.183 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.183 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.183 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.807851 * X + 0.588755 * Y + 0.027286 * Z + 115.146881 Y_new = -0.520102 * X + 0.733899 * Y + -0.436905 * Z + 146.450851 Z_new = -0.277255 * X + 0.338762 * Y + 0.899094 * Z + 132.160080 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.572011 0.280936 0.360332 [DEG: -32.7738 16.0965 20.6455 ] ZXZ: 0.062373 0.453101 -0.685882 [DEG: 3.5737 25.9608 -39.2981 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS059_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS059_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.18 96.943 1.18 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS059_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT 4bqq_A 4bqq_A 4bqq_A 4bqq_A ATOM 1345 N GLY 165 153.629 184.864 153.275 1.00 97.94 ATOM 1346 CA GLY 165 153.213 185.590 154.470 1.00 97.94 ATOM 1347 C GLY 165 151.708 185.600 154.700 1.00 97.94 ATOM 1348 O GLY 165 151.204 186.375 155.516 1.00 97.94 ATOM 1349 N LYS 166 150.979 184.765 153.973 1.00 98.30 ATOM 1350 CA LYS 166 149.534 184.723 154.115 1.00 98.30 ATOM 1351 C LYS 166 149.167 184.017 155.401 1.00 98.30 ATOM 1352 O LYS 166 149.901 183.152 155.895 1.00 98.30 ATOM 1353 CB LYS 166 148.918 184.067 152.884 1.00 98.30 ATOM 1354 CG LYS 166 149.093 184.936 151.648 1.00 98.30 ATOM 1355 CD LYS 166 148.619 184.282 150.370 1.00 98.30 ATOM 1356 CE LYS 166 148.719 185.276 149.215 1.00 98.30 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.483 184.644 147.907 1.00 98.30 ATOM 1358 N TRP 167 148.052 184.408 155.982 1.00 97.88 ATOM 1359 CA TRP 167 147.606 183.740 157.175 1.00 97.88 ATOM 1360 C TRP 167 146.786 182.505 156.859 1.00 97.88 ATOM 1361 O TRP 167 145.693 182.600 156.302 1.00 97.88 ATOM 1362 CB TRP 167 146.847 184.668 158.072 1.00 97.88 ATOM 1363 CG TRP 167 146.370 184.010 159.287 1.00 97.88 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.145 183.468 159.471 1.00 97.88 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.089 183.805 160.510 1.00 97.88 ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.048 182.935 160.702 1.00 97.88 ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.229 183.130 161.367 1.00 97.88 ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.384 184.135 160.941 1.00 97.88 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 146.605 182.768 162.637 1.00 97.88 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 148.767 183.784 162.222 1.00 97.88 ATOM 1371 CH2 TRP 167 147.899 183.115 163.052 1.00 97.88 ATOM 1372 N ILE 168 147.330 181.343 157.212 1.00 95.44 ATOM 1373 CA ILE 168 146.636 180.082 156.946 1.00 95.44 ATOM 1374 C ILE 168 146.353 179.295 158.240 1.00 95.44 ATOM 1375 O ILE 168 145.630 178.297 158.229 1.00 95.44 ATOM 1376 CB ILE 168 147.382 179.218 155.866 1.00 95.44 ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.738 178.816 156.277 1.00 95.44 ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.498 180.020 154.575 1.00 95.44 ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.369 177.801 155.363 1.00 95.44 ATOM 1380 N SER 169 146.855 179.779 159.381 1.00 90.27 ATOM 1381 CA SER 169 146.679 179.061 160.653 1.00 90.27 ATOM 1382 C SER 169 145.370 179.347 161.389 1.00 90.27 ATOM 1383 O SER 169 145.358 179.802 162.532 1.00 90.27 ATOM 1384 CB SER 169 147.834 179.334 161.593 1.00 90.27 ATOM 1385 OG SER 169 149.023 178.795 161.115 1.00 90.27 ATOM 1386 N GLY 170 144.275 178.991 160.745 1.00 92.17 ATOM 1387 CA GLY 170 142.927 179.126 161.294 1.00 92.17 ATOM 1388 C GLY 170 142.473 180.550 161.645 1.00 92.17 ATOM 1389 O GLY 170 142.643 181.487 160.866 1.00 92.17 ATOM 1390 N LEU 171 141.850 180.684 162.816 1.00 96.17 ATOM 1391 CA LEU 171 141.288 181.944 163.320 1.00 96.17 ATOM 1392 C LEU 171 142.313 183.056 163.530 1.00 96.17 ATOM 1393 O LEU 171 143.358 182.848 164.146 1.00 96.17 ATOM 1394 CB LEU 171 140.524 181.688 164.632 1.00 96.17 ATOM 1395 CG LEU 171 139.795 182.898 165.227 1.00 96.17 ATOM 1396 CD1 LEU 171 138.672 183.318 164.293 1.00 96.17 ATOM 1397 CD2 LEU 171 139.252 182.529 166.601 1.00 96.17 ATOM 1398 N ALA 172 142.010 184.246 163.011 1.00 97.46 ATOM 1399 CA ALA 172 142.916 185.374 163.158 1.00 97.46 ATOM 1400 C ALA 172 143.151 185.660 164.657 1.00 97.46 ATOM 1401 O ALA 172 142.199 185.594 165.432 1.00 97.46 ATOM 1402 CB ALA 172 142.338 186.617 162.501 1.00 97.46 ATOM 1403 N PRO 173 144.383 185.991 165.089 1.00 98.07 ATOM 1404 CA PRO 173 144.751 186.376 166.441 1.00 98.07 ATOM 1405 C PRO 173 143.987 187.613 166.871 1.00 98.07 ATOM 1406 O PRO 173 143.634 188.439 166.030 1.00 98.07 ATOM 1407 CB PRO 173 146.247 186.661 166.325 1.00 98.07 ATOM 1408 CG PRO 173 146.677 185.875 165.136 1.00 98.07 ATOM 1409 CD PRO 173 145.526 185.912 164.190 1.00 98.07 ATOM 1410 N TYR 174 143.766 187.746 168.170 1.00 98.44 ATOM 1411 CA TYR 174 143.049 188.886 168.738 1.00 98.44 ATOM 1412 C TYR 174 143.661 190.183 168.243 1.00 98.44 ATOM 1413 O TYR 174 144.881 190.333 168.263 1.00 98.44 ATOM 1414 CB TYR 174 143.102 188.783 170.259 1.00 98.44 ATOM 1415 CG TYR 174 142.366 189.876 170.987 1.00 98.44 ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.991 189.886 170.975 1.00 98.44 ATOM 1417 CD2 TYR 174 143.050 190.819 171.700 1.00 98.44 ATOM 1418 CE1 TYR 174 140.293 190.838 171.661 1.00 98.44 ATOM 1419 CE2 TYR 174 142.365 191.785 172.387 1.00 98.44 ATOM 1420 CZ TYR 174 140.973 191.795 172.369 1.00 98.44 ATOM 1421 OH TYR 174 140.257 192.741 173.053 1.00 98.44 ATOM 1422 N GLY 175 142.833 191.119 167.774 1.00 98.44 ATOM 1423 CA GLY 175 143.375 192.352 167.231 1.00 98.44 ATOM 1424 C GLY 175 143.481 192.332 165.727 1.00 98.44 ATOM 1425 O GLY 175 143.696 193.376 165.119 1.00 98.44 ATOM 1426 N TYR 176 143.339 191.159 165.119 1.00 98.62 ATOM 1427 CA TYR 176 143.398 191.045 163.673 1.00 98.62 ATOM 1428 C TYR 176 142.172 190.397 163.014 1.00 98.62 ATOM 1429 O TYR 176 141.514 189.527 163.586 1.00 98.62 ATOM 1430 CB TYR 176 144.634 190.283 163.229 1.00 98.62 ATOM 1431 CG TYR 176 145.956 190.909 163.460 1.00 98.62 ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.760 190.599 164.541 1.00 98.62 ATOM 1433 CD2 TYR 176 146.360 191.838 162.538 1.00 98.62 ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.992 191.223 164.636 1.00 98.62 ATOM 1435 CE2 TYR 176 147.537 192.452 162.638 1.00 98.62 ATOM 1436 CZ TYR 176 148.366 192.165 163.662 1.00 98.62 ATOM 1437 OH TYR 176 149.584 192.806 163.728 1.00 98.62 ATOM 1438 N GLN 177 141.925 190.784 161.763 1.00 97.97 ATOM 1439 CA GLN 177 140.890 190.199 160.906 1.00 97.97 ATOM 1440 C GLN 177 141.450 189.772 159.567 1.00 97.97 ATOM 1441 O GLN 177 142.136 190.532 158.880 1.00 97.97 ATOM 1442 CB GLN 177 139.706 191.153 160.693 1.00 97.97 ATOM 1443 CG GLN 177 138.649 190.704 159.656 1.00 97.97 ATOM 1444 CD GLN 177 137.849 189.466 160.032 1.00 97.97 ATOM 1445 OE1 GLN 177 137.182 189.413 161.074 1.00 97.97 ATOM 1446 NE2 GLN 177 137.891 188.459 159.147 1.00 97.97 ATOM 1447 N LEU 178 141.240 188.512 159.235 1.00 98.28 ATOM 1448 CA LEU 178 141.721 187.996 157.970 1.00 98.28 ATOM 1449 C LEU 178 141.053 188.685 156.777 1.00 98.28 ATOM 1450 O LEU 178 139.816 188.737 156.691 1.00 98.28 ATOM 1451 CB LEU 178 141.460 186.495 157.898 1.00 98.28 ATOM 1452 CG LEU 178 142.008 185.825 156.636 1.00 98.28 ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.500 185.918 156.667 1.00 98.28 ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.567 184.383 156.587 1.00 98.28 ATOM 1455 N ASN 179 141.875 189.207 155.859 1.00 98.22 ATOM 1456 CA ASN 179 141.406 189.860 154.645 1.00 98.22 ATOM 1457 C ASN 179 141.256 188.812 153.562 1.00 98.22 ATOM 1458 O ASN 179 142.243 188.358 152.984 1.00 98.22 ATOM 1459 CB ASN 179 142.350 190.973 154.213 1.00 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