####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS052_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS052_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 107 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 7 64 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 57 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 82 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 102 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 41 116 125 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 99 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 55 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 81 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 64 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 72 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 77 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 79 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 82 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 82 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 69 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 56 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 23 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 11 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 23 103 122 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 19 99 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 28 111 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 40 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 75 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 69 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 63 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 4 21 28 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 4 15 21 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 115 124 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 85.19 91.85 95.56 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.47 0.58 0.68 0.73 0.83 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.97 0.97 0.97 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.382 0 0.032 0.032 0.448 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.352 0 0.036 0.107 0.711 100.000 95.960 0.711 LGA W 167 W 167 0.260 0 0.199 0.227 0.576 95.455 97.403 0.483 LGA I 168 I 168 0.890 0 0.172 1.500 3.493 81.818 64.318 2.036 LGA S 169 S 169 1.214 0 0.585 0.622 2.834 60.000 59.394 1.796 LGA G 170 G 170 1.736 0 0.044 0.044 1.913 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.966 0 0.062 1.393 5.839 73.636 49.545 3.198 LGA A 172 A 172 0.499 0 0.000 0.008 0.691 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.149 0 0.008 0.229 0.586 100.000 97.403 0.586 LGA Y 174 Y 174 0.413 0 0.012 0.223 1.385 100.000 85.303 1.385 LGA G 175 G 175 0.272 0 0.061 0.061 0.342 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.306 0 0.011 0.169 0.488 100.000 100.000 0.190 LGA Q 177 Q 177 0.524 0 0.060 0.258 1.056 90.909 84.040 0.578 LGA L 178 L 178 0.338 0 0.130 0.216 1.681 90.909 82.500 1.681 LGA N 179 N 179 1.357 0 0.171 0.634 4.869 62.273 37.500 4.869 LGA K 180 K 180 3.935 0 0.289 0.967 13.512 20.455 9.091 13.512 LGA K 181 K 181 1.828 0 0.450 0.965 10.470 65.909 30.707 10.470 LGA T 182 T 182 0.985 0 0.014 1.110 3.499 73.636 63.636 3.499 LGA S 183 S 183 0.681 0 0.117 0.103 1.070 86.364 82.121 0.985 LGA K 184 K 184 0.778 0 0.068 0.855 2.824 81.818 72.121 2.824 LGA L 185 L 185 0.352 0 0.068 0.076 0.626 95.455 97.727 0.432 LGA D 186 D 186 0.242 0 0.031 0.139 0.800 100.000 97.727 0.333 LGA P 187 P 187 0.552 0 0.026 0.079 1.138 82.273 82.078 0.691 LGA V 188 V 188 0.745 0 0.000 0.012 0.838 81.818 81.818 0.838 LGA E 189 E 189 0.708 0 0.032 0.205 0.759 81.818 81.818 0.727 LGA D 190 D 190 0.645 0 0.037 0.058 1.092 86.364 82.045 1.092 LGA E 191 E 191 0.420 0 0.000 0.021 0.758 95.455 87.879 0.758 LGA A 192 A 192 0.275 0 0.029 0.025 0.362 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.251 0 0.042 0.096 0.529 100.000 95.960 0.469 LGA V 194 V 194 0.201 0 0.000 0.038 0.349 100.000 100.000 0.349 LGA V 195 V 195 0.113 0 0.000 0.000 0.228 100.000 100.000 0.122 LGA Q 196 Q 196 0.131 0 0.019 0.254 1.169 100.000 90.303 1.009 LGA L 197 L 197 0.191 0 0.000 0.048 0.272 100.000 100.000 0.270 LGA I 198 I 198 0.154 0 0.042 0.072 0.336 100.000 100.000 0.258 LGA F 199 F 199 0.187 0 0.021 0.045 0.248 100.000 100.000 0.120 LGA N 200 N 200 0.273 0 0.032 0.972 3.250 100.000 79.318 3.250 LGA I 201 I 201 0.170 0 0.010 0.040 0.249 100.000 100.000 0.142 LGA F 202 F 202 0.162 0 0.000 0.020 0.251 100.000 100.000 0.223 LGA L 203 L 203 0.250 0 0.015 0.060 0.560 100.000 97.727 0.484 LGA N 204 N 204 0.166 0 0.018 0.109 1.001 100.000 91.136 0.720 LGA G 205 G 205 0.399 0 0.041 0.041 0.425 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.469 0 0.027 0.222 1.054 90.909 91.136 0.472 LGA N 207 N 207 0.949 0 0.000 0.186 1.420 77.727 71.591 1.059 LGA G 208 G 208 1.077 0 0.092 0.092 1.590 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.166 0 0.061 0.126 1.664 65.455 62.222 1.664 LGA D 210 D 210 1.155 0 0.091 0.519 1.221 69.545 71.591 1.044 LGA Y 211 Y 211 1.716 0 0.119 0.585 1.990 54.545 53.333 1.673 LGA S 212 S 212 2.130 0 0.638 0.782 5.718 41.818 29.697 5.718 LGA Y 213 Y 213 3.134 0 0.162 1.109 14.614 36.364 12.273 14.614 LGA A 215 A 215 0.892 0 0.201 0.220 1.959 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.333 0 0.000 0.144 0.524 100.000 97.727 0.524 LGA A 217 A 217 0.222 0 0.055 0.067 0.315 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.427 0 0.000 0.117 1.218 100.000 91.212 1.218 LGA H 219 H 219 0.211 0 0.000 0.084 0.691 100.000 94.545 0.691 LGA L 220 L 220 0.224 0 0.000 0.085 0.374 100.000 100.000 0.374 LGA T 221 T 221 0.248 0 0.000 0.027 0.439 100.000 100.000 0.204 LGA N 222 N 222 0.504 0 0.041 0.063 0.761 86.364 93.182 0.478 LGA L 223 L 223 0.634 0 0.032 0.062 0.921 81.818 81.818 0.693 LGA Q 224 Q 224 0.529 0 0.045 0.176 0.964 90.909 87.879 0.921 LGA I 225 I 225 0.482 0 0.049 0.101 0.497 100.000 100.000 0.196 LGA P 226 P 226 0.461 0 0.035 0.063 0.734 90.909 87.013 0.734 LGA T 227 T 227 0.421 0 0.035 0.089 0.601 100.000 97.403 0.601 LGA P 228 P 228 0.646 0 0.076 0.084 0.677 81.818 84.416 0.523 LGA S 229 S 229 0.754 0 0.151 0.166 0.854 81.818 84.848 0.482 LGA G 230 G 230 0.793 0 0.047 0.047 1.048 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.345 0 0.029 0.467 0.985 100.000 91.919 0.985 LGA K 232 K 232 0.375 0 0.110 0.257 0.783 95.455 95.960 0.676 LGA R 233 R 233 0.396 0 0.032 1.111 6.468 100.000 49.917 4.485 LGA W 234 W 234 0.438 0 0.042 0.131 0.586 100.000 94.805 0.522 LGA N 235 N 235 0.579 0 0.000 0.527 2.120 86.364 76.591 2.120 LGA Q 236 Q 236 0.609 0 0.000 0.883 3.309 86.364 65.253 3.309 LGA Y 237 Y 237 0.574 0 0.037 1.532 9.146 81.818 39.848 9.146 LGA T 238 T 238 0.405 0 0.000 0.034 0.454 100.000 100.000 0.454 LGA I 239 I 239 0.351 0 0.021 0.111 0.361 100.000 100.000 0.312 LGA K 240 K 240 0.556 0 0.006 0.185 2.703 95.455 71.717 2.703 LGA A 241 A 241 0.384 0 0.083 0.089 0.527 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.075 0 0.040 0.059 0.194 100.000 100.000 0.088 LGA L 243 L 243 0.156 0 0.024 0.045 0.400 100.000 100.000 0.244 LGA Q 244 Q 244 0.089 0 0.036 0.209 0.843 100.000 93.939 0.716 LGA N 245 N 245 0.130 0 0.018 0.088 0.459 100.000 100.000 0.459 LGA E 246 E 246 0.167 0 0.031 0.505 1.537 100.000 88.687 1.002 LGA V 247 V 247 0.192 0 0.000 0.031 0.284 100.000 100.000 0.254 LGA Y 248 Y 248 0.272 0 0.032 0.115 1.099 100.000 91.061 1.099 LGA I 249 I 249 0.164 0 0.012 0.028 0.215 100.000 100.000 0.174 LGA G 250 G 250 0.177 0 0.062 0.062 0.280 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.153 0 0.036 0.041 0.293 100.000 100.000 0.178 LGA V 252 V 252 0.326 0 0.052 0.116 0.665 100.000 97.403 0.665 LGA K 253 K 253 0.557 0 0.057 0.145 0.843 95.455 87.879 0.711 LGA Y 254 Y 254 0.522 0 0.034 0.214 2.199 95.455 72.121 2.199 LGA K 255 K 255 0.576 0 0.000 0.187 1.360 81.818 82.020 1.360 LGA V 256 V 256 0.895 0 0.055 0.068 1.067 77.727 79.481 0.892 LGA R 257 R 257 1.141 0 0.100 1.046 5.493 65.455 46.281 2.919 LGA E 258 E 258 1.143 0 0.048 0.215 1.745 65.455 62.222 1.745 LGA K 259 K 259 1.668 0 0.053 0.192 2.280 61.818 51.515 2.276 LGA T 260 T 260 1.332 0 0.011 0.099 1.839 58.182 61.299 1.175 LGA K 261 K 261 2.054 0 0.017 0.243 2.629 41.364 38.384 2.357 LGA D 262 D 262 1.774 0 0.024 0.829 3.017 50.909 44.091 2.634 LGA G 263 G 263 2.209 0 0.000 0.000 2.284 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.728 0 0.100 0.425 2.430 50.909 49.495 1.750 LGA R 265 R 265 1.518 0 0.074 0.917 4.587 61.818 47.273 4.587 LGA T 266 T 266 1.247 0 0.043 0.071 1.373 69.545 67.792 1.081 LGA I 267 I 267 0.870 0 0.031 0.069 1.137 73.636 75.682 1.137 LGA R 268 R 268 0.390 0 0.020 0.959 2.663 90.909 83.967 2.663 LGA P 269 P 269 0.370 0 0.005 0.024 0.456 100.000 100.000 0.247 LGA E 270 E 270 0.716 0 0.000 0.235 1.420 81.818 76.364 1.366 LGA K 271 K 271 0.778 0 0.063 0.733 5.419 81.818 50.505 5.419 LGA E 272 E 272 0.386 0 0.051 0.131 1.103 95.455 88.081 1.103 LGA Q 273 Q 273 0.142 0 0.038 0.085 0.618 100.000 97.980 0.618 LGA I 274 I 274 0.133 0 0.031 0.102 0.640 100.000 97.727 0.640 LGA V 275 V 275 0.344 0 0.021 0.044 0.615 95.455 94.805 0.513 LGA V 276 V 276 0.258 0 0.055 0.059 0.496 100.000 100.000 0.326 LGA Q 277 Q 277 0.124 0 0.046 0.591 2.783 100.000 81.010 2.783 LGA D 278 D 278 0.027 0 0.030 0.255 0.781 100.000 95.455 0.781 LGA A 279 A 279 0.088 0 0.014 0.024 0.134 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.164 0 0.028 0.206 0.569 100.000 98.182 0.449 LGA A 281 A 281 0.322 0 0.026 0.026 0.432 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.205 0 0.042 0.055 0.303 100.000 100.000 0.303 LGA I 283 I 283 0.340 0 0.047 0.056 0.598 95.455 95.455 0.416 LGA I 284 I 284 0.215 0 0.000 0.060 0.221 100.000 100.000 0.196 LGA D 285 D 285 0.286 0 0.027 0.575 1.668 100.000 91.591 1.668 LGA K 286 K 286 0.319 0 0.000 0.249 1.319 100.000 92.121 1.319 LGA E 287 E 287 0.436 0 0.029 0.286 1.975 100.000 82.828 1.244 LGA Q 288 Q 288 0.390 0 0.021 0.419 1.496 100.000 86.263 1.496 LGA F 289 F 289 0.095 0 0.033 0.114 0.400 100.000 100.000 0.332 LGA Q 290 Q 290 0.182 0 0.029 1.140 3.654 100.000 71.313 3.654 LGA Q 291 Q 291 0.085 0 0.038 0.118 0.541 100.000 97.980 0.348 LGA S 292 S 292 0.131 0 0.050 0.055 0.285 100.000 100.000 0.153 LGA Q 293 Q 293 0.236 0 0.000 0.232 0.725 100.000 95.960 0.725 LGA V 294 V 294 0.268 0 0.041 0.052 0.369 100.000 100.000 0.294 LGA K 295 K 295 0.344 0 0.057 0.168 0.825 90.909 89.899 0.506 LGA I 296 I 296 0.633 0 0.034 0.080 0.965 86.364 88.636 0.338 LGA A 297 A 297 0.914 0 0.032 0.023 1.000 81.818 81.818 - LGA N 298 N 298 0.904 0 0.630 0.711 2.721 74.091 59.773 2.721 LGA K 299 K 299 3.906 0 0.261 0.383 7.862 15.000 6.667 7.862 LGA V 300 V 300 3.410 0 0.039 0.076 4.100 16.364 14.286 3.365 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.955 0.921 1.799 87.273 81.693 68.358 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.96 95.185 97.625 12.792 LGA_LOCAL RMSD: 0.955 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.955 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.955 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.337019 * X + -0.215919 * Y + 0.916405 * Z + 157.409256 Y_new = 0.631934 * X + -0.773396 * Y + 0.050178 * Z + 155.955917 Z_new = 0.697909 * X + 0.596018 * Y + 0.397095 * Z + 141.191696 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.060738 -0.772474 0.983084 [DEG: 118.0716 -44.2595 56.3266 ] ZXZ: 1.625497 1.162447 0.863982 [DEG: 93.1341 66.6033 49.5025 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS052_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS052_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.96 97.625 0.96 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS052_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 154.001 184.994 153.418 1.00 86.40 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.428 185.727 154.552 1.00 86.57 C ATOM 1347 C GLY 165 151.905 185.619 154.679 1.00 88.06 C ATOM 1348 O GLY 165 151.294 186.395 155.414 1.00 85.58 O ATOM 1349 N LYS 166 151.269 184.674 153.979 1.00 87.49 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.827 184.439 154.072 1.00 87.32 C ATOM 1351 C LYS 166 149.493 183.660 155.347 1.00 88.09 C ATOM 1352 O LYS 166 150.206 182.733 155.729 1.00 86.02 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.302 183.726 152.807 1.00 85.81 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.455 184.584 151.530 1.00 82.78 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.956 183.882 150.255 1.00 79.60 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.129 184.818 149.047 1.00 74.48 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.776 184.212 147.736 1.00 67.70 N ATOM 1358 N TRP 167 148.380 184.010 155.982 1.00 88.81 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.871 183.285 157.149 1.00 89.32 C ATOM 1360 C TRP 167 147.005 182.108 156.704 1.00 88.86 C ATOM 1361 O TRP 167 145.941 182.290 156.124 1.00 86.11 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.103 184.235 158.061 1.00 88.63 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.713 183.607 159.361 1.00 88.84 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.560 182.955 159.613 1.00 85.61 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.509 183.526 160.587 1.00 87.28 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.575 182.480 160.920 1.00 85.40 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.751 182.809 161.546 1.00 86.63 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.784 183.993 160.962 1.00 86.19 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.249 182.556 162.845 1.00 85.84 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.272 183.743 162.251 1.00 84.00 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.513 183.026 163.183 1.00 83.60 C ATOM 1372 N ILE 168 147.452 180.911 157.002 1.00 86.13 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.830 179.649 156.572 1.00 84.37 C ATOM 1374 C ILE 168 146.515 178.696 157.737 1.00 83.14 C ATOM 1375 O ILE 168 146.165 177.537 157.531 1.00 76.85 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.711 178.958 155.514 1.00 81.12 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.190 178.909 155.953 1.00 76.51 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.570 179.670 154.161 1.00 73.75 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.028 177.972 155.095 1.00 70.02 C ATOM 1380 N SER 169 146.645 179.184 158.950 1.00 83.61 N ATOM 1381 CA SER 169 146.285 178.467 160.174 1.00 82.09 C ATOM 1382 C SER 169 144.799 178.657 160.503 1.00 81.06 C ATOM 1383 O SER 169 144.033 179.126 159.664 1.00 74.76 O ATOM 1384 CB SER 169 147.217 178.900 161.302 1.00 78.49 C ATOM 1385 OG SER 169 148.535 178.496 161.026 1.00 73.64 O ATOM 1386 N GLY 170 144.377 178.263 161.697 1.00 78.87 N ATOM 1387 CA 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