####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS052_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS052_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 35 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 70 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 70 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 83 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 101 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 66 120 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 28 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 57 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 57 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 69 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 79 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 64 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 60 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 4 114 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 114 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 71 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 20 87 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 24 89 122 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 27 115 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 80 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 58 112 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 80 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 11 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 61 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 116 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 85.93 93.33 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.52 0.65 0.74 0.84 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 1.07 0.97 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.849 0 0.039 0.039 0.913 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.503 0 0.000 0.122 1.616 90.909 78.788 1.616 LGA W 167 W 167 0.228 0 0.186 0.162 0.607 95.455 98.701 0.270 LGA I 168 I 168 0.801 0 0.138 0.763 2.666 90.909 75.455 0.951 LGA S 169 S 169 0.561 0 0.058 0.087 0.971 81.818 81.818 0.719 LGA G 170 G 170 0.607 0 0.044 0.044 0.607 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.466 0 0.086 1.438 6.001 90.909 56.364 3.600 LGA A 172 A 172 0.438 0 0.036 0.045 0.601 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.407 0 0.038 0.122 0.639 100.000 94.805 0.639 LGA Y 174 Y 174 0.181 0 0.049 0.236 1.242 100.000 91.061 1.242 LGA G 175 G 175 0.471 0 0.076 0.076 0.471 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.594 0 0.037 0.174 0.882 86.364 86.364 0.639 LGA Q 177 Q 177 0.949 0 0.061 0.533 1.962 81.818 76.566 1.184 LGA L 178 L 178 0.763 0 0.073 0.247 1.589 73.636 73.864 1.589 LGA N 179 N 179 1.391 0 0.166 0.668 4.936 65.909 39.318 4.936 LGA K 180 K 180 3.330 0 0.295 0.972 12.998 29.545 13.131 12.998 LGA K 181 K 181 2.218 0 0.430 0.944 10.929 59.091 26.869 10.929 LGA T 182 T 182 0.887 0 0.006 1.137 3.321 82.273 70.649 3.321 LGA S 183 S 183 0.938 0 0.150 0.136 1.223 78.182 73.939 1.223 LGA K 184 K 184 0.709 0 0.069 0.802 2.348 81.818 75.354 2.348 LGA L 185 L 185 0.401 0 0.046 0.062 0.610 90.909 95.455 0.325 LGA D 186 D 186 0.376 0 0.066 0.091 0.775 95.455 97.727 0.321 LGA P 187 P 187 0.556 0 0.008 0.119 1.496 78.182 79.740 0.614 LGA V 188 V 188 0.978 0 0.040 0.034 1.222 81.818 74.805 1.222 LGA E 189 E 189 0.889 0 0.066 0.320 1.209 81.818 80.000 1.209 LGA D 190 D 190 0.778 0 0.015 0.038 1.114 81.818 79.773 1.114 LGA E 191 E 191 0.658 0 0.000 0.056 1.249 86.364 80.202 1.249 LGA A 192 A 192 0.286 0 0.037 0.042 0.390 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.295 0 0.063 0.138 1.265 100.000 90.101 1.265 LGA V 194 V 194 0.366 0 0.000 0.034 0.463 100.000 100.000 0.463 LGA V 195 V 195 0.224 0 0.000 0.039 0.390 100.000 100.000 0.242 LGA Q 196 Q 196 0.223 0 0.029 0.263 1.368 100.000 90.303 1.368 LGA L 197 L 197 0.299 0 0.002 0.050 0.431 100.000 100.000 0.431 LGA I 198 I 198 0.320 0 0.027 0.096 0.509 100.000 97.727 0.436 LGA F 199 F 199 0.268 0 0.000 0.030 0.312 100.000 100.000 0.312 LGA N 200 N 200 0.348 0 0.037 1.087 3.610 100.000 76.591 3.610 LGA I 201 I 201 0.215 0 0.000 0.057 0.304 100.000 100.000 0.205 LGA F 202 F 202 0.315 0 0.000 0.085 0.492 100.000 100.000 0.492 LGA L 203 L 203 0.356 0 0.072 0.126 0.990 100.000 90.909 0.777 LGA N 204 N 204 0.178 0 0.025 0.065 0.770 100.000 93.182 0.701 LGA G 205 G 205 0.429 0 0.043 0.043 0.515 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.207 0 0.031 0.693 2.543 95.455 84.091 0.802 LGA N 207 N 207 0.802 0 0.051 0.177 1.177 81.818 79.773 0.873 LGA G 208 G 208 0.923 0 0.093 0.093 1.576 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 1.119 0 0.099 0.246 2.686 69.545 58.384 2.686 LGA D 210 D 210 1.130 0 0.062 0.642 1.464 69.545 69.545 1.430 LGA Y 211 Y 211 1.727 0 0.087 0.573 2.057 54.545 51.061 1.730 LGA S 212 S 212 2.186 0 0.630 0.802 5.747 36.364 26.061 5.747 LGA Y 213 Y 213 3.020 0 0.128 1.094 14.391 39.545 13.333 14.391 LGA A 215 A 215 1.110 0 0.161 0.171 2.100 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.380 0 0.000 0.148 0.555 100.000 97.727 0.329 LGA A 217 A 217 0.399 0 0.029 0.054 0.452 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.536 0 0.000 0.077 1.123 90.909 85.152 1.123 LGA H 219 H 219 0.425 0 0.026 0.110 0.919 100.000 90.909 0.919 LGA L 220 L 220 0.422 0 0.000 0.150 0.594 100.000 97.727 0.594 LGA T 221 T 221 0.269 0 0.000 0.016 0.360 100.000 100.000 0.201 LGA N 222 N 222 0.272 0 0.038 0.120 0.500 95.455 97.727 0.479 LGA L 223 L 223 0.696 0 0.033 0.064 1.121 81.818 77.727 1.063 LGA Q 224 Q 224 0.471 0 0.042 0.208 1.161 95.455 86.061 0.874 LGA I 225 I 225 0.519 0 0.060 0.096 0.691 90.909 86.364 0.543 LGA P 226 P 226 0.547 0 0.045 0.095 0.992 81.818 81.818 0.992 LGA T 227 T 227 0.530 0 0.027 0.079 0.714 81.818 81.818 0.714 LGA P 228 P 228 0.760 0 0.040 0.077 0.826 81.818 84.416 0.592 LGA S 229 S 229 0.878 0 0.066 0.114 0.990 81.818 81.818 0.855 LGA G 230 G 230 0.904 0 0.020 0.020 0.955 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.471 0 0.025 0.508 1.286 95.455 84.242 0.662 LGA K 232 K 232 0.351 0 0.056 0.206 1.801 100.000 83.232 1.801 LGA R 233 R 233 0.345 0 0.067 1.153 5.915 95.455 58.843 3.292 LGA W 234 W 234 0.300 0 0.039 0.173 0.737 100.000 92.208 0.737 LGA N 235 N 235 0.711 0 0.114 0.666 1.765 81.818 75.909 0.940 LGA Q 236 Q 236 0.663 0 0.000 1.078 3.886 81.818 60.606 3.886 LGA Y 237 Y 237 0.641 0 0.038 0.131 1.185 81.818 77.727 1.185 LGA T 238 T 238 0.424 0 0.035 0.091 0.446 100.000 100.000 0.446 LGA I 239 I 239 0.371 0 0.041 0.139 0.379 100.000 100.000 0.291 LGA K 240 K 240 0.657 0 0.024 0.163 3.287 81.818 62.020 3.287 LGA A 241 A 241 0.507 0 0.066 0.073 0.607 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.071 0 0.027 0.087 0.277 100.000 100.000 0.277 LGA L 243 L 243 0.183 0 0.046 0.069 0.341 100.000 100.000 0.341 LGA Q 244 Q 244 0.272 0 0.029 0.159 0.537 100.000 97.980 0.317 LGA N 245 N 245 0.446 0 0.036 0.071 0.512 100.000 97.727 0.457 LGA E 246 E 246 0.405 0 0.043 0.672 1.701 100.000 88.687 1.400 LGA V 247 V 247 0.285 0 0.022 0.054 0.380 100.000 100.000 0.261 LGA Y 248 Y 248 0.324 0 0.063 0.197 1.395 100.000 89.697 1.395 LGA I 249 I 249 0.320 0 0.025 0.058 0.717 100.000 93.182 0.717 LGA G 250 G 250 0.187 0 0.000 0.000 0.310 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.445 0 0.102 0.122 0.734 95.455 89.610 0.552 LGA V 252 V 252 0.373 0 0.016 0.093 0.672 90.909 94.805 0.412 LGA K 253 K 253 0.290 0 0.040 0.068 0.987 95.455 91.919 0.987 LGA Y 254 Y 254 0.763 0 0.053 0.237 2.613 86.364 62.273 2.613 LGA K 255 K 255 0.846 0 0.097 0.492 3.249 81.818 60.404 2.780 LGA V 256 V 256 1.047 0 0.038 0.072 1.222 73.636 74.805 0.978 LGA R 257 R 257 0.764 0 0.039 1.073 4.836 81.818 59.008 3.391 LGA E 258 E 258 0.963 0 0.020 0.617 3.279 73.636 50.909 3.279 LGA K 259 K 259 1.365 0 0.028 0.577 1.765 61.818 65.859 0.925 LGA T 260 T 260 1.731 0 0.028 0.207 2.031 44.545 47.273 1.848 LGA K 261 K 261 2.689 0 0.026 0.467 4.544 30.000 21.818 4.544 LGA D 262 D 262 2.323 0 0.037 1.042 3.462 44.545 35.000 3.149 LGA G 263 G 263 1.634 0 0.061 0.061 1.802 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.010 0 0.076 0.452 2.648 65.455 68.485 2.648 LGA R 265 R 265 1.122 0 0.043 0.959 4.659 65.455 52.231 4.659 LGA T 266 T 266 1.028 0 0.040 0.039 1.208 65.455 70.130 1.086 LGA I 267 I 267 0.771 0 0.007 0.086 1.187 81.818 79.773 1.187 LGA R 268 R 268 0.613 0 0.029 0.971 2.785 81.818 77.355 2.785 LGA P 269 P 269 0.793 0 0.037 0.060 1.043 81.818 79.481 1.043 LGA E 270 E 270 0.667 0 0.000 0.302 1.320 81.818 78.182 1.320 LGA K 271 K 271 0.780 0 0.068 0.724 3.432 81.818 64.040 3.432 LGA E 272 E 272 0.587 0 0.081 0.147 1.643 81.818 74.747 1.643 LGA Q 273 Q 273 0.768 0 0.043 0.094 0.956 81.818 81.818 0.787 LGA I 274 I 274 0.541 0 0.048 0.097 1.078 86.364 82.045 1.078 LGA V 275 V 275 0.318 0 0.026 0.081 0.579 100.000 97.403 0.470 LGA V 276 V 276 0.245 0 0.049 0.040 0.380 100.000 100.000 0.277 LGA Q 277 Q 277 0.300 0 0.040 0.629 3.093 100.000 75.960 3.093 LGA D 278 D 278 0.303 0 0.107 0.226 0.855 100.000 97.727 0.855 LGA A 279 A 279 0.297 0 0.025 0.045 0.408 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.196 0 0.036 0.157 0.445 100.000 100.000 0.126 LGA A 281 A 281 0.261 0 0.024 0.027 0.473 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.232 0 0.060 0.079 0.530 100.000 97.403 0.530 LGA I 283 I 283 0.282 0 0.049 0.089 0.606 95.455 93.182 0.511 LGA I 284 I 284 0.254 0 0.000 0.059 0.383 100.000 100.000 0.212 LGA D 285 D 285 0.544 0 0.038 0.154 1.127 86.364 82.045 0.604 LGA K 286 K 286 0.719 0 0.000 0.240 1.243 81.818 76.364 1.243 LGA E 287 E 287 0.837 0 0.021 0.294 1.877 81.818 74.747 1.117 LGA Q 288 Q 288 0.557 0 0.029 0.290 1.735 86.364 75.152 1.735 LGA F 289 F 289 0.534 0 0.027 0.145 0.836 81.818 81.818 0.742 LGA Q 290 Q 290 0.879 0 0.064 0.858 2.323 81.818 68.485 2.104 LGA Q 291 Q 291 0.754 0 0.038 0.065 0.926 81.818 81.818 0.754 LGA S 292 S 292 0.507 0 0.060 0.691 2.701 81.818 75.758 2.701 LGA Q 293 Q 293 0.768 0 0.000 0.228 1.158 81.818 78.182 1.137 LGA V 294 V 294 0.960 0 0.049 0.063 1.120 81.818 77.143 1.120 LGA K 295 K 295 0.480 0 0.047 0.186 0.663 86.364 89.899 0.663 LGA I 296 I 296 0.788 0 0.024 0.094 1.174 73.636 75.682 0.746 LGA A 297 A 297 1.374 0 0.066 0.065 1.750 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.692 0 0.086 0.144 1.689 65.909 66.364 1.689 LGA K 299 K 299 2.795 0 0.428 0.493 12.992 56.364 25.253 12.992 LGA V 300 V 300 2.228 0 0.129 0.132 4.816 47.727 29.870 4.816 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.920 0.862 1.794 85.216 79.343 64.584 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.556 98.034 13.241 LGA_LOCAL RMSD: 0.920 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.920 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.920 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.110982 * X + -0.176053 * Y + -0.978104 * Z + 152.304901 Y_new = -0.045735 * X + 0.982237 * Y + -0.181986 * Z + 151.686005 Z_new = 0.992769 * X + 0.064930 * Y + 0.100959 * Z + 140.183151 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.390884 -1.450470 0.571534 [DEG: -22.3960 -83.1058 32.7465 ] ZXZ: -1.386840 1.469665 1.505486 [DEG: -79.4601 84.2056 86.2580 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS052_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS052_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 98.034 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS052_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.607 185.231 153.002 1.00 91.05 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.179 186.020 154.146 1.00 91.05 C ATOM 1347 C GLY 165 151.688 185.934 154.406 1.00 91.05 C ATOM 1348 O GLY 165 151.139 186.727 155.176 1.00 91.05 O ATOM 1349 N LYS 166 151.036 185.008 153.749 1.00 90.34 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.607 184.811 153.974 1.00 90.34 C ATOM 1351 C LYS 166 149.355 184.042 155.268 1.00 90.34 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.974 184.072 152.795 1.00 90.34 C ATOM 1353 O LYS 166 150.223 183.301 155.736 1.00 90.34 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.059 184.825 151.476 1.00 90.34 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.396 184.049 150.345 1.00 90.34 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.486 184.798 149.022 1.00 90.34 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.818 184.050 147.915 1.00 90.34 N ATOM 1358 N TRP 167 148.191 184.314 155.855 1.00 91.89 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.830 183.607 157.080 1.00 91.89 C ATOM 1360 C TRP 167 147.023 182.352 156.765 1.00 91.89 C ATOM 1361 CB TRP 167 147.031 184.521 158.013 1.00 91.89 C ATOM 1362 O TRP 167 145.877 182.439 156.315 1.00 91.89 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.742 183.919 159.355 1.00 91.89 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.581 183.319 159.756 1.00 91.89 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.630 183.863 160.475 1.00 91.89 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.940 183.214 161.523 1.00 91.89 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.944 184.298 160.695 1.00 91.89 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.694 182.893 161.059 1.00 91.89 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.809 183.424 162.961 1.00 91.89 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.522 182.989 162.773 1.00 91.89 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.521 184.074 161.939 1.00 91.89 C ATOM 1372 N ILE 168 147.654 181.189 157.076 1.00 85.67 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.021 179.922 156.733 1.00 85.67 C ATOM 1374 C ILE 168 146.827 179.084 157.994 1.00 85.67 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.852 179.139 155.691 1.00 85.67 C ATOM 1376 O ILE 168 146.368 177.940 157.923 1.00 85.67 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.754 180.093 154.901 1.00 85.67 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.935 178.348 154.753 1.00 85.67 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.886 179.741 153.425 1.00 85.67 C ATOM 1380 N SER 169 147.141 179.539 159.160 1.00 77.85 N ATOM 1381 CA SER 169 147.172 178.778 160.404 1.00 77.85 C ATOM 1382 C SER 169 145.830 178.844 161.127 1.00 77.85 C ATOM 1383 CB SER 169 148.281 179.294 161.322 1.00 77.85 C ATOM 1384 O SER 169 145.783 178.854 162.359 1.00 77.85 O ATOM 1385 OG SER 169 149.547 179.173 160.699 1.00 77.85 O ATOM 1386 N GLY 170 144.722 178.849 160.471 1.00 78.85 N ATOM 1387 CA GLY 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