####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS033_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS033_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 76 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 43 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 7 100 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 10 102 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 37 63 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 107 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 60 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 76 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 61 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 74 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 74 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 70 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 88 120 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 17 37 125 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 24 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 63 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 63 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 49 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 13 71 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 16 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 82.96 91.11 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.44 0.58 0.71 0.76 0.85 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.93 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.481 0 0.031 0.031 0.512 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.419 0 0.041 0.120 0.808 95.455 93.939 0.808 LGA W 167 W 167 0.273 0 0.224 0.242 0.657 95.455 98.701 0.453 LGA I 168 I 168 0.805 0 0.000 0.737 1.814 81.818 71.818 1.199 LGA S 169 S 169 1.509 0 0.341 0.314 3.035 74.545 59.091 3.035 LGA G 170 G 170 1.682 0 0.077 0.077 1.682 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.774 0 0.071 1.403 5.674 77.727 53.636 3.056 LGA A 172 A 172 0.479 0 0.000 0.001 0.618 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.084 0 0.010 0.230 0.556 100.000 97.403 0.556 LGA Y 174 Y 174 0.335 0 0.021 0.220 1.352 100.000 86.667 1.352 LGA G 175 G 175 0.185 0 0.063 0.063 0.278 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.239 0 0.000 0.176 0.458 100.000 100.000 0.157 LGA Q 177 Q 177 0.450 0 0.055 0.250 1.027 100.000 90.101 0.533 LGA L 178 L 178 0.269 0 0.128 0.213 1.700 90.909 82.500 1.700 LGA N 179 N 179 1.353 0 0.170 0.643 4.874 62.273 37.500 4.874 LGA K 180 K 180 3.986 0 0.287 0.968 13.514 20.455 9.091 13.514 LGA K 181 K 181 1.748 0 0.452 0.963 10.388 65.909 30.707 10.388 LGA T 182 T 182 0.915 0 0.019 1.115 3.515 77.727 64.935 3.515 LGA S 183 S 183 0.759 0 0.117 0.104 1.141 86.364 79.394 1.087 LGA K 184 K 184 0.846 0 0.075 0.858 2.680 81.818 72.121 2.680 LGA L 185 L 185 0.327 0 0.065 0.073 0.605 95.455 95.455 0.516 LGA D 186 D 186 0.232 0 0.032 0.150 0.911 100.000 95.455 0.403 LGA P 187 P 187 0.529 0 0.024 0.360 1.179 82.273 82.078 0.553 LGA V 188 V 188 0.713 0 0.000 0.007 0.789 81.818 81.818 0.789 LGA E 189 E 189 0.625 0 0.032 0.213 0.762 81.818 83.838 0.523 LGA D 190 D 190 0.517 0 0.028 0.032 0.797 90.909 86.364 0.797 LGA E 191 E 191 0.352 0 0.009 0.018 0.726 100.000 91.919 0.726 LGA A 192 A 192 0.259 0 0.021 0.012 0.341 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.243 0 0.041 0.078 0.480 100.000 100.000 0.412 LGA V 194 V 194 0.228 0 0.000 0.047 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA V 195 V 195 0.148 0 0.000 0.000 0.207 100.000 100.000 0.140 LGA Q 196 Q 196 0.146 0 0.023 0.259 1.211 100.000 90.303 1.039 LGA L 197 L 197 0.251 0 0.000 0.039 0.381 100.000 100.000 0.381 LGA I 198 I 198 0.242 0 0.037 0.070 0.420 100.000 100.000 0.336 LGA F 199 F 199 0.243 0 0.018 0.047 0.281 100.000 100.000 0.168 LGA N 200 N 200 0.265 0 0.029 0.764 2.510 100.000 86.364 2.510 LGA I 201 I 201 0.175 0 0.018 0.041 0.239 100.000 100.000 0.079 LGA F 202 F 202 0.235 0 0.000 0.018 0.352 100.000 100.000 0.349 LGA L 203 L 203 0.281 0 0.027 0.055 0.435 100.000 100.000 0.417 LGA N 204 N 204 0.307 0 0.000 0.100 1.147 100.000 88.864 0.801 LGA G 205 G 205 0.434 0 0.044 0.044 0.518 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.501 0 0.018 0.094 0.821 81.818 88.636 0.410 LGA N 207 N 207 0.941 0 0.000 0.167 1.462 77.727 73.636 1.007 LGA G 208 G 208 1.137 0 0.082 0.082 1.577 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.313 0 0.067 0.156 2.402 65.455 56.162 2.402 LGA D 210 D 210 1.275 0 0.066 0.762 2.030 65.455 64.091 2.030 LGA Y 211 Y 211 1.826 0 0.121 0.599 2.139 54.545 51.061 1.829 LGA S 212 S 212 2.374 0 0.640 0.775 5.933 36.364 26.061 5.933 LGA Y 213 Y 213 2.992 0 0.166 1.100 14.499 41.818 14.091 14.499 LGA A 215 A 215 1.103 0 0.199 0.218 2.059 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.388 0 0.000 0.140 0.483 100.000 100.000 0.444 LGA A 217 A 217 0.307 0 0.046 0.061 0.368 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.540 0 0.012 0.112 1.259 90.909 85.152 1.259 LGA H 219 H 219 0.372 0 0.000 0.100 0.794 100.000 92.727 0.794 LGA L 220 L 220 0.317 0 0.000 0.086 0.498 100.000 100.000 0.498 LGA T 221 T 221 0.282 0 0.000 0.028 0.370 100.000 100.000 0.217 LGA N 222 N 222 0.403 0 0.047 0.065 0.583 95.455 97.727 0.482 LGA L 223 L 223 0.571 0 0.045 0.069 0.842 86.364 84.091 0.726 LGA Q 224 Q 224 0.529 0 0.045 0.147 0.943 90.909 87.879 0.700 LGA I 225 I 225 0.474 0 0.043 0.099 0.488 100.000 100.000 0.182 LGA P 226 P 226 0.461 0 0.032 0.063 0.706 90.909 87.013 0.706 LGA T 227 T 227 0.350 0 0.034 0.080 0.522 100.000 97.403 0.522 LGA P 228 P 228 0.492 0 0.079 0.089 0.502 95.455 97.403 0.394 LGA S 229 S 229 0.631 0 0.147 0.154 0.839 81.818 87.879 0.328 LGA G 230 G 230 0.740 0 0.060 0.060 1.102 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.226 0 0.024 0.481 1.314 100.000 92.121 1.314 LGA K 232 K 232 0.290 0 0.105 0.253 0.786 95.455 95.960 0.545 LGA R 233 R 233 0.093 0 0.046 1.102 5.438 100.000 57.851 3.287 LGA W 234 W 234 0.349 0 0.037 0.137 0.545 100.000 97.403 0.412 LGA N 235 N 235 0.577 0 0.000 0.558 2.469 86.364 76.591 2.469 LGA Q 236 Q 236 0.555 0 0.000 0.845 3.222 95.455 72.525 3.222 LGA Y 237 Y 237 0.551 0 0.058 0.165 0.821 86.364 83.333 0.753 LGA T 238 T 238 0.409 0 0.000 0.033 0.447 100.000 100.000 0.439 LGA I 239 I 239 0.271 0 0.024 0.115 0.331 100.000 100.000 0.331 LGA K 240 K 240 0.505 0 0.010 0.182 2.347 95.455 74.545 2.347 LGA A 241 A 241 0.310 0 0.086 0.092 0.490 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.109 0 0.043 0.070 0.306 100.000 100.000 0.168 LGA L 243 L 243 0.236 0 0.035 0.057 0.536 95.455 97.727 0.260 LGA Q 244 Q 244 0.191 0 0.039 0.243 0.918 100.000 93.939 0.704 LGA N 245 N 245 0.220 0 0.013 0.089 0.570 100.000 97.727 0.570 LGA E 246 E 246 0.259 0 0.028 0.474 1.434 100.000 94.141 0.882 LGA V 247 V 247 0.263 0 0.000 0.035 0.312 100.000 100.000 0.303 LGA Y 248 Y 248 0.313 0 0.035 0.121 1.110 100.000 91.061 1.110 LGA I 249 I 249 0.233 0 0.000 0.024 0.327 100.000 100.000 0.288 LGA G 250 G 250 0.221 0 0.056 0.056 0.279 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.200 0 0.039 0.043 0.347 100.000 100.000 0.275 LGA V 252 V 252 0.301 0 0.048 0.108 0.585 100.000 97.403 0.585 LGA K 253 K 253 0.440 0 0.062 0.140 0.778 100.000 89.899 0.712 LGA Y 254 Y 254 0.639 0 0.031 0.245 2.418 90.909 68.030 2.418 LGA K 255 K 255 0.773 0 0.000 0.162 1.274 81.818 80.000 1.274 LGA V 256 V 256 0.908 0 0.050 0.057 1.005 77.727 79.481 0.893 LGA R 257 R 257 1.103 0 0.106 1.048 5.592 69.545 46.942 3.039 LGA E 258 E 258 1.079 0 0.022 0.554 3.093 65.455 46.263 3.093 LGA K 259 K 259 1.683 0 0.058 0.156 2.543 54.545 44.242 2.543 LGA T 260 T 260 1.523 0 0.015 0.110 2.000 47.727 55.325 1.414 LGA K 261 K 261 2.284 0 0.015 0.340 4.292 38.636 30.101 4.292 LGA D 262 D 262 2.008 0 0.023 0.381 2.321 44.545 42.955 2.089 LGA G 263 G 263 2.157 0 0.000 0.000 2.157 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.576 0 0.104 0.398 1.898 50.909 55.758 1.120 LGA R 265 R 265 1.450 0 0.082 0.926 4.498 65.455 52.231 4.498 LGA T 266 T 266 1.248 0 0.043 0.079 1.376 69.545 67.792 1.183 LGA I 267 I 267 0.854 0 0.027 0.065 1.060 73.636 77.727 0.969 LGA R 268 R 268 0.542 0 0.030 0.963 2.692 90.909 77.355 2.692 LGA P 269 P 269 0.270 0 0.000 0.024 0.461 100.000 100.000 0.461 LGA E 270 E 270 0.283 0 0.012 0.287 1.231 100.000 88.283 1.231 LGA K 271 K 271 0.431 0 0.063 0.736 4.917 100.000 61.212 4.917 LGA E 272 E 272 0.426 0 0.050 0.134 1.604 100.000 82.828 1.604 LGA Q 273 Q 273 0.279 0 0.039 0.090 0.508 100.000 97.980 0.508 LGA I 274 I 274 0.260 0 0.036 0.101 0.814 100.000 97.727 0.814 LGA V 275 V 275 0.171 0 0.010 0.036 0.415 100.000 100.000 0.406 LGA V 276 V 276 0.185 0 0.056 0.068 0.451 100.000 100.000 0.261 LGA Q 277 Q 277 0.095 0 0.042 0.574 2.669 100.000 79.596 2.669 LGA D 278 D 278 0.076 0 0.033 0.231 0.760 100.000 97.727 0.760 LGA A 279 A 279 0.124 0 0.000 0.011 0.198 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.123 0 0.030 0.206 0.583 100.000 96.364 0.521 LGA A 281 A 281 0.272 0 0.028 0.026 0.366 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.229 0 0.046 0.056 0.328 100.000 100.000 0.328 LGA I 283 I 283 0.342 0 0.050 0.058 0.583 95.455 97.727 0.432 LGA I 284 I 284 0.238 0 0.008 0.070 0.238 100.000 100.000 0.153 LGA D 285 D 285 0.319 0 0.033 0.128 0.715 100.000 97.727 0.715 LGA K 286 K 286 0.343 0 0.000 0.253 1.183 100.000 90.101 1.183 LGA E 287 E 287 0.424 0 0.012 0.294 1.893 100.000 84.848 1.105 LGA Q 288 Q 288 0.274 0 0.018 0.314 2.221 100.000 80.202 1.786 LGA F 289 F 289 0.169 0 0.023 0.106 0.496 100.000 100.000 0.434 LGA Q 290 Q 290 0.328 0 0.026 1.261 3.630 100.000 68.687 3.630 LGA Q 291 Q 291 0.155 0 0.034 0.110 0.519 100.000 97.980 0.465 LGA S 292 S 292 0.113 0 0.044 0.058 0.309 100.000 100.000 0.124 LGA Q 293 Q 293 0.358 0 0.000 0.225 0.692 95.455 91.919 0.692 LGA V 294 V 294 0.421 0 0.034 0.050 0.539 95.455 94.805 0.445 LGA K 295 K 295 0.366 0 0.049 0.158 0.873 90.909 87.879 0.838 LGA I 296 I 296 0.754 0 0.025 0.073 1.207 77.727 84.318 0.396 LGA A 297 A 297 1.151 0 0.104 0.120 1.848 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.998 0 0.000 0.232 2.128 63.182 74.773 0.742 LGA K 299 K 299 3.335 0 0.326 0.835 13.810 43.182 19.192 13.810 LGA V 300 V 300 1.792 0 0.121 0.118 4.349 51.364 32.468 4.349 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.918 0.865 1.789 87.848 82.274 69.076 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 94.815 97.541 13.259 LGA_LOCAL RMSD: 0.918 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.918 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.918 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.706790 * X + -0.671533 * Y + -0.222469 * Z + 152.374725 Y_new = -0.551757 * X + -0.720106 * Y + 0.420726 * Z + 149.820282 Z_new = -0.442733 * X + -0.174616 * Y + -0.879487 * Z + 142.128464 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.662832 0.458644 -2.945598 [DEG: -37.9775 26.2784 -168.7703 ] ZXZ: -2.655193 2.645579 -1.946471 [DEG: -152.1313 151.5805 -111.5246 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS033_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS033_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.541 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS033_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.938 185.029 153.269 0.00 0.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.353 185.752 154.409 0.00 0.00 C ATOM 1347 C GLY 165 151.831 185.625 154.531 0.00 0.00 C ATOM 1348 O GLY 165 151.206 186.401 155.252 0.00 0.00 O ATOM 1349 N LYS 166 151.211 184.665 153.844 0.00 0.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.772 184.400 153.938 0.00 0.00 C ATOM 1351 C LYS 166 149.463 183.604 155.213 0.00 0.00 C ATOM 1352 O LYS 166 150.195 182.690 155.584 0.00 0.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.254 183.690 152.666 0.00 0.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.405 184.559 151.392 0.00 0.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.910 183.873 150.107 0.00 0.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.088 184.833 148.914 0.00 0.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.721 184.269 147.586 0.00 0.00 N ATOM 1358 N TRP 167 148.347 183.932 155.867 0.00 0.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.862 183.187 157.035 0.00 0.00 C ATOM 1360 C TRP 167 147.032 181.986 156.584 0.00 0.00 C ATOM 1361 O TRP 167 146.011 182.141 155.922 0.00 0.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.061 184.108 157.943 0.00 0.00 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.695 183.469 159.243 0.00 0.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.560 182.780 159.497 0.00 0.00 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.496 183.410 160.468 0.00 0.00 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.595 182.307 160.804 0.00 0.00 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.760 182.667 161.428 0.00 0.00 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.754 183.917 160.840 0.00 0.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.268 182.429 162.724 0.00 0.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 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4436 HIS A 545 END