####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS033_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS033_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 76 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 17 105 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 7 91 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 63 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 13 101 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 33 66 91 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 20 107 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 64 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 76 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 68 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 73 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 72 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 111 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 19 93 120 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 15 54 125 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 24 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 53 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 69 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 37 111 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 61 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 17 35 117 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 8 66 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 89 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 65.93 82.96 91.11 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.44 0.58 0.72 0.76 0.85 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.93 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.494 0 0.030 0.030 0.556 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.440 0 0.030 0.131 0.953 95.455 91.919 0.953 LGA W 167 W 167 0.354 0 0.217 0.222 0.543 100.000 97.403 0.542 LGA I 168 I 168 0.777 0 0.057 0.829 1.979 81.818 71.818 1.378 LGA S 169 S 169 1.279 0 0.562 0.732 3.757 55.909 47.576 3.757 LGA G 170 G 170 1.695 0 0.063 0.063 1.911 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.060 0 0.047 1.398 5.628 69.545 48.636 2.899 LGA A 172 A 172 0.605 0 0.000 0.020 0.812 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.210 0 0.000 0.097 0.350 100.000 100.000 0.350 LGA Y 174 Y 174 0.375 0 0.015 0.223 1.295 100.000 88.030 1.295 LGA G 175 G 175 0.174 0 0.066 0.066 0.239 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.184 0 0.000 0.161 0.486 100.000 100.000 0.231 LGA Q 177 Q 177 0.420 0 0.060 0.244 0.950 100.000 95.960 0.597 LGA L 178 L 178 0.330 0 0.132 0.214 1.819 90.909 82.500 1.819 LGA N 179 N 179 1.265 0 0.166 0.643 4.736 59.091 35.909 4.736 LGA K 180 K 180 4.069 0 0.279 0.968 13.664 19.091 8.485 13.664 LGA K 181 K 181 1.708 0 0.456 0.958 10.149 65.909 30.707 10.149 LGA T 182 T 182 0.936 0 0.031 1.114 3.621 77.727 64.935 3.621 LGA S 183 S 183 0.749 0 0.112 0.099 1.090 82.273 79.394 0.956 LGA K 184 K 184 0.907 0 0.072 0.840 2.692 77.727 70.303 2.692 LGA L 185 L 185 0.436 0 0.063 0.072 0.642 95.455 95.455 0.522 LGA D 186 D 186 0.147 0 0.032 0.148 0.908 100.000 95.455 0.400 LGA P 187 P 187 0.415 0 0.028 0.084 0.928 90.909 89.610 0.566 LGA V 188 V 188 0.551 0 0.020 0.023 0.624 86.364 84.416 0.624 LGA E 189 E 189 0.536 0 0.035 0.211 0.660 81.818 85.859 0.511 LGA D 190 D 190 0.516 0 0.018 0.042 0.848 95.455 88.636 0.848 LGA E 191 E 191 0.314 0 0.016 0.026 0.594 100.000 93.939 0.592 LGA A 192 A 192 0.223 0 0.036 0.033 0.300 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.214 0 0.052 0.087 0.476 100.000 100.000 0.423 LGA V 194 V 194 0.192 0 0.000 0.046 0.345 100.000 100.000 0.345 LGA V 195 V 195 0.125 0 0.000 0.000 0.186 100.000 100.000 0.125 LGA Q 196 Q 196 0.137 0 0.018 0.254 1.149 100.000 90.303 1.003 LGA L 197 L 197 0.226 0 0.000 0.053 0.354 100.000 100.000 0.354 LGA I 198 I 198 0.197 0 0.040 0.072 0.348 100.000 100.000 0.297 LGA F 199 F 199 0.201 0 0.018 0.046 0.243 100.000 100.000 0.123 LGA N 200 N 200 0.273 0 0.036 1.075 3.661 100.000 76.591 3.661 LGA I 201 I 201 0.131 0 0.025 0.045 0.175 100.000 100.000 0.064 LGA F 202 F 202 0.169 0 0.000 0.017 0.272 100.000 100.000 0.266 LGA L 203 L 203 0.230 0 0.028 0.050 0.459 100.000 100.000 0.455 LGA N 204 N 204 0.331 0 0.016 0.107 1.197 100.000 88.864 0.858 LGA G 205 G 205 0.421 0 0.041 0.041 0.514 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.489 0 0.033 0.221 0.880 86.364 90.909 0.458 LGA N 207 N 207 1.069 0 0.016 0.220 1.902 69.545 65.682 1.306 LGA G 208 G 208 1.174 0 0.091 0.091 1.475 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.304 0 0.053 0.612 1.616 65.455 67.475 1.005 LGA D 210 D 210 1.169 0 0.085 0.563 1.740 69.545 69.773 1.740 LGA Y 211 Y 211 1.832 0 0.116 0.597 2.086 54.545 50.000 1.807 LGA S 212 S 212 2.367 0 0.638 0.781 6.015 36.364 26.061 6.015 LGA Y 213 Y 213 2.976 0 0.162 1.092 14.470 41.818 14.091 14.470 LGA A 215 A 215 1.087 0 0.199 0.218 2.043 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.400 0 0.000 0.144 0.486 100.000 100.000 0.465 LGA A 217 A 217 0.292 0 0.052 0.064 0.346 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.508 0 0.022 0.117 1.230 95.455 88.182 1.230 LGA H 219 H 219 0.370 0 0.000 0.092 0.699 100.000 94.545 0.699 LGA L 220 L 220 0.279 0 0.000 0.088 0.463 100.000 100.000 0.463 LGA T 221 T 221 0.250 0 0.000 0.031 0.320 100.000 100.000 0.194 LGA N 222 N 222 0.341 0 0.037 0.061 0.496 100.000 100.000 0.479 LGA L 223 L 223 0.504 0 0.039 0.061 0.746 90.909 86.364 0.671 LGA Q 224 Q 224 0.507 0 0.035 0.165 0.958 90.909 87.879 0.754 LGA I 225 I 225 0.441 0 0.050 0.102 0.472 100.000 100.000 0.173 LGA P 226 P 226 0.464 0 0.037 0.061 0.702 90.909 87.013 0.702 LGA T 227 T 227 0.393 0 0.033 0.072 0.542 100.000 97.403 0.542 LGA P 228 P 228 0.519 0 0.087 0.095 0.528 90.909 92.208 0.429 LGA S 229 S 229 0.674 0 0.150 0.160 0.857 81.818 84.848 0.352 LGA G 230 G 230 0.797 0 0.058 0.058 1.112 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.255 0 0.041 0.505 1.423 100.000 92.121 1.423 LGA K 232 K 232 0.295 0 0.087 0.263 0.828 95.455 95.960 0.828 LGA R 233 R 233 0.125 0 0.037 1.106 5.697 100.000 54.876 3.631 LGA W 234 W 234 0.284 0 0.038 0.130 0.504 100.000 98.701 0.462 LGA N 235 N 235 0.532 0 0.008 0.571 2.461 90.909 78.864 2.461 LGA Q 236 Q 236 0.483 0 0.000 0.874 3.309 100.000 74.545 3.309 LGA Y 237 Y 237 0.556 0 0.060 0.144 0.822 86.364 83.333 0.822 LGA T 238 T 238 0.321 0 0.000 0.033 0.378 100.000 100.000 0.321 LGA I 239 I 239 0.233 0 0.026 0.099 0.343 100.000 100.000 0.343 LGA K 240 K 240 0.509 0 0.029 0.195 2.557 95.455 71.717 2.557 LGA A 241 A 241 0.370 0 0.083 0.088 0.551 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.043 0 0.042 0.066 0.265 100.000 100.000 0.118 LGA L 243 L 243 0.172 0 0.023 0.048 0.429 100.000 100.000 0.224 LGA Q 244 Q 244 0.160 0 0.040 0.242 0.908 100.000 95.960 0.667 LGA N 245 N 245 0.174 0 0.014 0.083 0.506 100.000 97.727 0.506 LGA E 246 E 246 0.193 0 0.029 0.480 1.520 100.000 90.505 0.967 LGA V 247 V 247 0.220 0 0.000 0.033 0.309 100.000 100.000 0.290 LGA Y 248 Y 248 0.286 0 0.034 0.119 1.102 100.000 91.061 1.102 LGA I 249 I 249 0.172 0 0.000 0.022 0.246 100.000 100.000 0.201 LGA G 250 G 250 0.165 0 0.055 0.055 0.250 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.138 0 0.035 0.045 0.250 100.000 100.000 0.156 LGA V 252 V 252 0.317 0 0.051 0.112 0.651 100.000 97.403 0.651 LGA K 253 K 253 0.526 0 0.063 0.137 0.753 90.909 85.859 0.672 LGA Y 254 Y 254 0.692 0 0.032 0.240 2.361 86.364 66.515 2.361 LGA K 255 K 255 0.768 0 0.000 0.146 1.471 81.818 78.182 1.471 LGA V 256 V 256 0.836 0 0.052 0.061 0.885 81.818 81.818 0.823 LGA R 257 R 257 1.006 0 0.093 1.060 5.128 69.545 50.744 2.693 LGA E 258 E 258 1.195 0 0.049 0.277 2.017 65.455 59.192 2.017 LGA K 259 K 259 1.702 0 0.053 0.181 2.255 50.909 46.667 2.250 LGA T 260 T 260 1.562 0 0.014 0.079 2.039 47.727 55.325 1.439 LGA K 261 K 261 2.298 0 0.021 0.322 4.029 38.636 30.101 4.029 LGA D 262 D 262 2.014 0 0.029 0.825 3.141 41.364 36.136 2.950 LGA G 263 G 263 2.180 0 0.000 0.000 2.180 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.588 0 0.101 0.421 1.913 50.909 55.758 1.189 LGA R 265 R 265 1.449 0 0.063 0.931 4.390 65.455 53.719 4.390 LGA T 266 T 266 1.228 0 0.045 0.077 1.360 69.545 67.792 1.171 LGA I 267 I 267 0.852 0 0.032 0.071 1.079 73.636 75.682 1.023 LGA R 268 R 268 0.548 0 0.027 0.962 2.625 90.909 77.355 2.625 LGA P 269 P 269 0.251 0 0.011 0.026 0.535 100.000 94.805 0.535 LGA E 270 E 270 0.292 0 0.007 0.250 1.246 100.000 88.283 1.246 LGA K 271 K 271 0.653 0 0.060 0.724 5.008 86.364 53.737 5.008 LGA E 272 E 272 0.575 0 0.051 0.217 1.949 90.909 76.970 1.949 LGA Q 273 Q 273 0.251 0 0.035 0.096 0.436 100.000 100.000 0.436 LGA I 274 I 274 0.257 0 0.033 0.099 0.823 100.000 97.727 0.823 LGA V 275 V 275 0.179 0 0.012 0.034 0.456 100.000 100.000 0.377 LGA V 276 V 276 0.184 0 0.063 0.071 0.477 100.000 100.000 0.315 LGA Q 277 Q 277 0.120 0 0.044 0.582 2.770 100.000 79.596 2.770 LGA D 278 D 278 0.117 0 0.035 0.190 0.593 100.000 97.727 0.593 LGA A 279 A 279 0.184 0 0.000 0.021 0.229 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.154 0 0.027 0.199 0.533 100.000 98.182 0.434 LGA A 281 A 281 0.215 0 0.031 0.030 0.311 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.177 0 0.044 0.056 0.273 100.000 100.000 0.273 LGA I 283 I 283 0.359 0 0.048 0.063 0.585 95.455 95.455 0.472 LGA I 284 I 284 0.292 0 0.013 0.085 0.315 100.000 100.000 0.244 LGA D 285 D 285 0.505 0 0.064 0.918 3.557 95.455 72.045 1.603 LGA K 286 K 286 0.405 0 0.000 0.254 1.302 100.000 90.101 1.302 LGA E 287 E 287 0.408 0 0.026 0.302 1.925 100.000 82.828 1.356 LGA Q 288 Q 288 0.273 0 0.028 0.256 1.518 100.000 86.869 1.351 LGA F 289 F 289 0.215 0 0.020 0.110 0.446 100.000 100.000 0.386 LGA Q 290 Q 290 0.395 0 0.024 1.223 3.563 100.000 70.303 3.563 LGA Q 291 Q 291 0.240 0 0.031 0.110 0.593 100.000 95.960 0.593 LGA S 292 S 292 0.056 0 0.047 0.059 0.307 100.000 100.000 0.052 LGA Q 293 Q 293 0.358 0 0.000 0.213 0.699 95.455 91.919 0.699 LGA V 294 V 294 0.503 0 0.029 0.051 0.649 90.909 87.013 0.591 LGA K 295 K 295 0.306 0 0.043 0.154 0.816 90.909 91.919 0.797 LGA I 296 I 296 0.729 0 0.022 0.074 1.194 82.273 86.591 0.391 LGA A 297 A 297 1.187 0 0.089 0.103 1.836 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.908 0 0.000 0.244 1.909 66.364 76.364 0.961 LGA K 299 K 299 3.298 0 0.346 0.649 13.946 39.545 17.576 13.946 LGA V 300 V 300 1.764 0 0.157 0.171 4.476 47.727 30.390 4.476 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.919 0.874 1.793 87.468 81.969 69.076 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 94.815 97.541 13.248 LGA_LOCAL RMSD: 0.919 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.919 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.919 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.702137 * X + 0.677588 * Y + -0.218808 * Z + 153.944046 Y_new = -0.691851 * X + -0.576557 * Y + 0.434655 * Z + 150.274109 Z_new = 0.168361 * X + 0.456570 * Y + 0.873612 * Z + 140.269058 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.363573 -0.169167 0.481582 [DEG: -135.4228 -9.6926 27.5926 ] ZXZ: -2.675222 0.508220 0.353282 [DEG: -153.2790 29.1188 20.2416 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS033_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS033_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.541 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS033_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.906 185.045 153.368 0.00 0.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.321 185.756 154.514 0.00 0.00 C ATOM 1347 C GLY 165 151.800 185.618 154.642 0.00 0.00 C ATOM 1348 O GLY 165 151.175 186.375 155.383 0.00 0.00 O ATOM 1349 N LYS 166 151.185 184.663 153.933 0.00 0.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.749 184.387 154.029 0.00 0.00 C ATOM 1351 C LYS 166 149.452 183.578 155.297 0.00 0.00 C ATOM 1352 O LYS 166 150.195 182.668 155.659 0.00 0.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.231 183.689 152.751 0.00 0.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.372 184.569 151.485 0.00 0.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.851 183.908 150.198 0.00 0.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.012 184.876 149.012 0.00 0.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.574 184.344 147.692 0.00 0.00 N ATOM 1358 N TRP 167 148.343 183.886 155.957 0.00 0.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.876 183.141 157.130 0.00 0.00 C ATOM 1360 C TRP 167 147.065 181.923 156.698 0.00 0.00 C ATOM 1361 O TRP 167 146.017 182.059 156.065 0.00 0.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.071 184.060 158.040 0.00 0.00 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.710 183.427 159.344 0.00 0.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.569 182.760 159.617 0.00 0.00 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.528 183.361 160.557 0.00 0.00 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.615 182.288 160.925 0.00 0.00 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.794 182.633 161.531 0.00 0.00 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.801 183.844 160.911 0.00 0.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.320 182.385 162.818 0.00 0.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 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4436 HIS A 545 END