####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS028_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS028_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.82 0.82 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.82 0.82 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.82 0.82 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 73 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 15 118 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 10 96 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 43 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 89 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 106 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 19 36 54 100 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 110 125 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 29 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 82 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 43 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 91 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 74 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 74 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 86 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 79 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 76 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 47 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 28 114 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 26 48 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 26 119 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 43 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 83 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 88 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 7 81 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 89 121 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 92 120 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 68.15 88.89 94.81 97.78 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.46 0.56 0.64 0.64 0.69 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 GDT RMS_ALL_AT 0.85 0.83 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.505 0 0.040 0.040 0.514 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.326 0 0.031 0.131 0.807 100.000 97.980 0.807 LGA W 167 W 167 0.233 0 0.208 0.225 0.571 95.455 98.701 0.403 LGA I 168 I 168 0.793 0 0.091 0.829 2.122 81.818 70.227 1.213 LGA S 169 S 169 1.207 0 0.563 0.592 2.846 60.000 56.970 1.772 LGA G 170 G 170 1.517 0 0.093 0.093 1.775 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.981 0 0.035 1.397 5.598 77.727 52.727 2.788 LGA A 172 A 172 0.536 0 0.013 0.025 0.725 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.204 0 0.000 0.230 0.639 100.000 97.403 0.639 LGA Y 174 Y 174 0.378 0 0.017 0.224 1.423 100.000 86.667 1.423 LGA G 175 G 175 0.284 0 0.067 0.067 0.310 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.302 0 0.000 0.176 0.561 100.000 96.970 0.251 LGA Q 177 Q 177 0.523 0 0.057 0.271 1.104 90.909 84.040 0.595 LGA L 178 L 178 0.336 0 0.132 0.204 1.735 90.909 82.500 1.735 LGA N 179 N 179 1.328 0 0.164 0.648 4.879 59.091 35.909 4.879 LGA K 180 K 180 4.034 0 0.289 0.969 13.612 19.091 8.485 13.612 LGA K 181 K 181 1.754 0 0.463 0.970 10.465 61.818 28.889 10.465 LGA T 182 T 182 1.022 0 0.025 1.115 3.580 69.545 60.260 3.580 LGA S 183 S 183 0.712 0 0.115 0.103 1.096 86.364 82.121 0.991 LGA K 184 K 184 0.835 0 0.070 0.857 2.848 81.818 72.121 2.848 LGA L 185 L 185 0.424 0 0.075 0.086 0.736 95.455 97.727 0.471 LGA D 186 D 186 0.188 0 0.038 0.149 0.882 100.000 97.727 0.362 LGA P 187 P 187 0.524 0 0.024 0.368 1.272 82.273 84.675 0.582 LGA V 188 V 188 0.797 0 0.006 0.023 0.922 81.818 81.818 0.922 LGA E 189 E 189 0.754 0 0.026 0.213 0.815 81.818 81.818 0.734 LGA D 190 D 190 0.669 0 0.030 0.050 1.061 86.364 82.045 1.061 LGA E 191 E 191 0.463 0 0.014 0.022 0.778 95.455 87.879 0.778 LGA A 192 A 192 0.325 0 0.029 0.026 0.410 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.305 0 0.050 0.095 0.576 100.000 95.960 0.471 LGA V 194 V 194 0.247 0 0.000 0.045 0.393 100.000 100.000 0.393 LGA V 195 V 195 0.133 0 0.000 0.000 0.276 100.000 100.000 0.139 LGA Q 196 Q 196 0.152 0 0.022 0.252 1.200 100.000 90.303 1.094 LGA L 197 L 197 0.214 0 0.000 0.046 0.298 100.000 100.000 0.293 LGA I 198 I 198 0.138 0 0.041 0.070 0.305 100.000 100.000 0.241 LGA F 199 F 199 0.166 0 0.025 0.050 0.239 100.000 100.000 0.100 LGA N 200 N 200 0.279 0 0.023 1.078 3.595 100.000 76.591 3.595 LGA I 201 I 201 0.186 0 0.000 0.043 0.275 100.000 100.000 0.124 LGA F 202 F 202 0.144 0 0.000 0.032 0.311 100.000 100.000 0.311 LGA L 203 L 203 0.282 0 0.021 0.065 0.620 100.000 95.455 0.558 LGA N 204 N 204 0.247 0 0.014 0.106 1.049 100.000 91.136 0.832 LGA G 205 G 205 0.235 0 0.034 0.034 0.293 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.268 0 0.028 0.134 0.688 95.455 95.455 0.492 LGA N 207 N 207 0.659 0 0.031 0.195 1.496 81.818 77.727 0.944 LGA G 208 G 208 0.740 0 0.095 0.095 1.202 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.908 0 0.046 0.158 2.136 81.818 68.081 2.136 LGA D 210 D 210 0.914 0 0.083 0.742 1.959 81.818 72.045 1.959 LGA Y 211 Y 211 1.548 0 0.109 0.607 1.895 61.818 58.182 1.535 LGA S 212 S 212 2.031 0 0.644 0.781 5.653 41.818 29.697 5.653 LGA Y 213 Y 213 3.187 0 0.160 1.102 14.672 36.364 12.121 14.672 LGA A 215 A 215 0.930 0 0.194 0.212 2.017 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.407 0 0.000 0.151 0.626 100.000 95.455 0.626 LGA A 217 A 217 0.266 0 0.051 0.064 0.375 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.452 0 0.000 0.106 1.202 100.000 91.212 1.202 LGA H 219 H 219 0.211 0 0.000 0.072 0.545 100.000 96.364 0.545 LGA L 220 L 220 0.193 0 0.000 0.082 0.349 100.000 100.000 0.349 LGA T 221 T 221 0.212 0 0.000 0.030 0.394 100.000 100.000 0.142 LGA N 222 N 222 0.422 0 0.041 0.063 0.626 95.455 97.727 0.497 LGA L 223 L 223 0.551 0 0.038 0.061 0.791 86.364 84.091 0.592 LGA Q 224 Q 224 0.516 0 0.041 0.201 0.886 90.909 87.879 0.886 LGA I 225 I 225 0.480 0 0.052 0.101 0.516 100.000 97.727 0.165 LGA P 226 P 226 0.496 0 0.037 0.068 0.757 90.909 87.013 0.757 LGA T 227 T 227 0.460 0 0.032 0.081 0.616 100.000 97.403 0.616 LGA P 228 P 228 0.606 0 0.080 0.086 0.613 86.364 87.013 0.519 LGA S 229 S 229 0.716 0 0.154 0.157 0.829 81.818 84.848 0.411 LGA G 230 G 230 0.820 0 0.049 0.049 1.088 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.349 0 0.038 0.460 0.987 100.000 93.939 0.987 LGA K 232 K 232 0.391 0 0.113 0.239 0.781 95.455 97.980 0.481 LGA R 233 R 233 0.311 0 0.027 0.893 4.334 100.000 54.380 3.809 LGA W 234 W 234 0.301 0 0.050 0.131 0.557 100.000 97.403 0.557 LGA N 235 N 235 0.496 0 0.020 0.563 1.932 95.455 84.773 1.932 LGA Q 236 Q 236 0.521 0 0.000 0.963 3.693 95.455 68.485 3.693 LGA Y 237 Y 237 0.484 0 0.075 0.157 0.787 90.909 90.909 0.745 LGA T 238 T 238 0.362 0 0.000 0.038 0.423 100.000 100.000 0.374 LGA I 239 I 239 0.368 0 0.036 0.116 0.434 100.000 100.000 0.434 LGA K 240 K 240 0.659 0 0.041 0.257 3.659 86.364 61.616 3.659 LGA A 241 A 241 0.536 0 0.075 0.079 0.614 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.140 0 0.043 0.066 0.228 100.000 100.000 0.115 LGA L 243 L 243 0.099 0 0.034 0.053 0.351 100.000 100.000 0.221 LGA Q 244 Q 244 0.128 0 0.027 0.247 1.002 100.000 92.121 0.620 LGA N 245 N 245 0.135 0 0.021 0.089 0.418 100.000 100.000 0.418 LGA E 246 E 246 0.062 0 0.030 0.476 1.474 100.000 90.303 1.041 LGA V 247 V 247 0.126 0 0.010 0.036 0.312 100.000 100.000 0.235 LGA Y 248 Y 248 0.208 0 0.033 0.114 1.052 100.000 91.061 1.052 LGA I 249 I 249 0.105 0 0.017 0.031 0.214 100.000 100.000 0.178 LGA G 250 G 250 0.124 0 0.056 0.056 0.279 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.125 0 0.034 0.042 0.292 100.000 100.000 0.107 LGA V 252 V 252 0.268 0 0.048 0.120 0.637 100.000 97.403 0.637 LGA K 253 K 253 0.525 0 0.057 0.145 0.839 95.455 87.879 0.688 LGA Y 254 Y 254 0.573 0 0.026 0.244 2.205 95.455 72.121 2.205 LGA K 255 K 255 0.511 0 0.000 0.164 1.520 90.909 82.424 1.520 LGA V 256 V 256 0.647 0 0.055 0.061 0.772 81.818 81.818 0.626 LGA R 257 R 257 0.814 0 0.104 1.037 5.528 77.727 52.893 3.386 LGA E 258 E 258 0.703 0 0.047 0.268 1.363 81.818 78.182 1.363 LGA K 259 K 259 1.092 0 0.045 0.186 1.572 73.636 67.475 1.476 LGA T 260 T 260 1.001 0 0.011 0.088 1.332 69.545 74.805 0.921 LGA K 261 K 261 1.727 0 0.017 0.165 2.349 54.545 48.283 2.293 LGA D 262 D 262 1.385 0 0.027 0.791 2.481 65.455 56.818 2.357 LGA G 263 G 263 1.291 0 0.022 0.022 1.328 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 0.834 0 0.097 0.473 2.241 81.818 71.717 2.241 LGA R 265 R 265 0.875 0 0.087 0.941 4.626 77.727 58.017 4.626 LGA T 266 T 266 0.654 0 0.045 0.073 0.780 86.364 87.013 0.502 LGA I 267 I 267 0.370 0 0.017 0.060 0.587 100.000 97.727 0.587 LGA R 268 R 268 0.134 0 0.022 0.954 2.244 100.000 88.760 2.214 LGA P 269 P 269 0.571 0 0.000 0.022 0.638 86.364 87.013 0.531 LGA E 270 E 270 0.761 0 0.000 0.235 1.058 81.818 78.182 1.003 LGA K 271 K 271 0.935 0 0.059 0.746 5.620 81.818 47.677 5.620 LGA E 272 E 272 0.625 0 0.051 0.110 1.058 90.909 84.040 1.058 LGA Q 273 Q 273 0.297 0 0.036 0.089 0.518 100.000 97.980 0.518 LGA I 274 I 274 0.248 0 0.032 0.101 0.658 100.000 97.727 0.658 LGA V 275 V 275 0.355 0 0.000 0.034 0.603 95.455 97.403 0.499 LGA V 276 V 276 0.262 0 0.064 0.074 0.560 100.000 97.403 0.353 LGA Q 277 Q 277 0.188 0 0.042 0.581 2.728 100.000 79.596 2.728 LGA D 278 D 278 0.157 0 0.038 0.246 0.691 100.000 95.455 0.591 LGA A 279 A 279 0.217 0 0.008 0.024 0.251 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.272 0 0.026 0.226 0.560 100.000 98.182 0.395 LGA A 281 A 281 0.333 0 0.035 0.032 0.422 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.162 0 0.045 0.054 0.237 100.000 100.000 0.224 LGA I 283 I 283 0.325 0 0.051 0.064 0.595 95.455 95.455 0.409 LGA I 284 I 284 0.210 0 0.000 0.069 0.219 100.000 100.000 0.219 LGA D 285 D 285 0.313 0 0.025 0.719 1.597 100.000 87.727 1.502 LGA K 286 K 286 0.367 0 0.000 0.236 1.364 100.000 92.121 1.364 LGA E 287 E 287 0.492 0 0.021 0.284 2.013 100.000 81.414 1.380 LGA Q 288 Q 288 0.393 0 0.021 0.545 1.734 100.000 81.010 1.495 LGA F 289 F 289 0.139 0 0.016 0.119 0.323 100.000 100.000 0.234 LGA Q 290 Q 290 0.294 0 0.018 1.214 3.582 100.000 68.687 3.582 LGA Q 291 Q 291 0.224 0 0.032 0.126 0.549 100.000 97.980 0.453 LGA S 292 S 292 0.131 0 0.046 0.052 0.339 100.000 100.000 0.116 LGA Q 293 Q 293 0.323 0 0.000 0.209 0.750 100.000 97.980 0.750 LGA V 294 V 294 0.466 0 0.039 0.048 0.641 100.000 92.208 0.634 LGA K 295 K 295 0.243 0 0.074 0.192 0.630 95.455 97.980 0.154 LGA I 296 I 296 0.398 0 0.029 0.076 0.678 90.909 93.182 0.468 LGA A 297 A 297 0.771 0 0.109 0.126 1.260 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.399 0 0.000 0.229 1.366 86.818 78.182 1.366 LGA K 299 K 299 1.941 0 0.386 0.453 12.479 66.818 30.303 12.479 LGA V 300 V 300 3.098 0 0.057 0.066 6.328 26.364 15.325 6.328 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.822 0.779 1.747 89.714 83.641 69.901 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.82 96.667 98.343 14.645 LGA_LOCAL RMSD: 0.822 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.822 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.822 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.264718 * X + 0.791391 * Y + -0.551022 * Z + 153.336334 Y_new = -0.651828 * X + -0.274255 * Y + -0.707039 * Z + 152.341766 Z_new = -0.710665 * X + 0.546337 * Y + 0.443251 * Z + 144.223892 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.185028 0.790443 0.889195 [DEG: -67.8971 45.2890 50.9471 ] ZXZ: -0.662014 1.111575 -0.915391 [DEG: -37.9306 63.6885 -52.4480 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS028_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS028_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.82 98.343 0.82 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS028_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.987 185.130 153.473 1.00 87.83 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.371 185.867 154.584 1.00 87.95 C ATOM 1347 C GLY 165 151.851 185.722 154.684 1.00 89.25 C ATOM 1348 O GLY 165 151.210 186.468 155.424 1.00 86.85 O ATOM 1349 N LYS 166 151.247 184.776 153.963 1.00 88.57 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.810 184.498 154.037 1.00 88.41 C ATOM 1351 C LYS 166 149.488 183.702 155.307 1.00 89.17 C ATOM 1352 O LYS 166 150.233 182.805 155.703 1.00 87.22 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.317 183.789 152.755 1.00 86.97 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.482 184.653 151.483 1.00 84.06 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.990 183.975 150.191 1.00 80.95 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.183 184.922 148.995 1.00 75.93 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.766 184.377 147.672 1.00 68.87 N ATOM 1358 N TRP 167 148.358 184.008 155.931 1.00 90.50 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.872 183.278 157.106 1.00 91.20 C ATOM 1360 C TRP 167 147.038 182.073 156.677 1.00 90.86 C ATOM 1361 O TRP 167 145.980 182.224 156.066 1.00 87.99 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.079 184.216 158.007 1.00 90.48 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.711 183.594 159.314 1.00 90.67 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.564 182.934 159.583 1.00 87.59 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.515 183.534 160.537 1.00 89.27 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.593 182.476 160.895 1.00 87.35 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.774 182.822 161.508 1.00 88.49 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.789 184.021 160.894 1.00 88.23 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.284 182.589 162.805 1.00 87.91 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.291 183.789 162.183 1.00 86.21 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.547 183.077 163.129 1.00 85.84 C ATOM 1372 N ILE 168 147.501 180.885 157.011 1.00 87.34 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.925 179.610 156.551 1.00 85.66 C ATOM 1374 C ILE 168 146.442 178.749 157.726 1.00 84.42 C ATOM 1375 O ILE 168 145.839 177.693 157.547 1.00 78.20 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.957 178.862 155.675 1.00 82.43 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.633 179.813 154.654 1.00 77.28 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.297 177.709 154.899 1.00 74.61 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.901 179.210 154.061 1.00 71.16 C ATOM 1380 N SER 169 146.692 179.196 158.935 1.00 85.70 N ATOM 1381 CA SER 169 146.231 178.546 160.162 1.00 84.19 C ATOM 1382 C SER 169 144.731 178.791 160.395 1.00 83.47 C ATOM 1383 O SER 169 144.061 179.412 159.574 1.00 76.84 O ATOM 1384 CB SER 169 147.094 179.013 161.332 1.00 80.59 C ATOM 1385 OG SER 169 148.440 178.664 161.110 1.00 75.50 O ATOM 1386 N GLY 170 144.197 178.274 161.493 1.00 81.19 N ATOM 1387 CA 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