####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS028_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS028_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 86 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 108 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 8 108 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 67 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 26 106 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 24 91 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 98 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 65 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 84 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 82 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 85 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 86 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 67 111 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 34 110 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 11 110 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 11 110 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 54 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 5 19 37 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 24 121 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 46 110 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 83 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 65 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 16 52 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 69 120 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 83.70 91.85 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.44 0.59 0.70 0.75 0.84 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.415 0 0.034 0.034 0.415 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.226 0 0.025 0.135 0.874 100.000 97.980 0.874 LGA W 167 W 167 0.233 0 0.209 0.229 0.642 95.455 98.701 0.346 LGA I 168 I 168 0.608 0 0.071 0.812 2.130 81.818 70.227 1.361 LGA S 169 S 169 1.233 0 0.569 0.739 2.780 60.000 54.848 2.312 LGA G 170 G 170 1.367 0 0.058 0.058 1.633 65.909 65.909 - LGA L 171 L 171 0.792 0 0.040 1.405 5.739 77.727 53.636 3.079 LGA A 172 A 172 0.397 0 0.012 0.023 0.572 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.213 0 0.000 0.098 0.306 100.000 100.000 0.306 LGA Y 174 Y 174 0.387 0 0.025 0.220 1.237 100.000 88.030 1.237 LGA G 175 G 175 0.204 0 0.066 0.066 0.291 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.257 0 0.012 0.166 0.476 100.000 100.000 0.212 LGA Q 177 Q 177 0.439 0 0.060 0.276 1.059 100.000 94.141 0.556 LGA L 178 L 178 0.242 0 0.131 0.200 1.720 86.818 80.455 1.720 LGA N 179 N 179 1.399 0 0.179 0.636 4.854 62.273 37.500 4.854 LGA K 180 K 180 4.033 0 0.286 0.967 13.525 19.091 8.485 13.525 LGA K 181 K 181 1.839 0 0.438 0.948 10.143 65.909 30.707 10.143 LGA T 182 T 182 1.028 0 0.000 1.109 3.532 73.636 62.597 3.532 LGA S 183 S 183 0.566 0 0.118 0.104 0.909 86.364 84.848 0.798 LGA K 184 K 184 0.704 0 0.069 0.873 2.971 81.818 72.121 2.971 LGA L 185 L 185 0.387 0 0.069 0.081 0.710 95.455 95.455 0.515 LGA D 186 D 186 0.241 0 0.034 0.144 0.831 100.000 97.727 0.366 LGA P 187 P 187 0.475 0 0.043 0.082 1.058 86.818 87.273 0.623 LGA V 188 V 188 0.577 0 0.013 0.023 0.641 81.818 81.818 0.641 LGA E 189 E 189 0.523 0 0.026 0.204 0.732 86.364 89.899 0.484 LGA D 190 D 190 0.437 0 0.028 0.047 0.785 100.000 90.909 0.785 LGA E 191 E 191 0.282 0 0.000 0.000 0.612 100.000 95.960 0.612 LGA A 192 A 192 0.152 0 0.022 0.015 0.218 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.150 0 0.048 0.099 0.312 100.000 100.000 0.256 LGA V 194 V 194 0.145 0 0.000 0.043 0.296 100.000 100.000 0.296 LGA V 195 V 195 0.082 0 0.000 0.012 0.200 100.000 100.000 0.087 LGA Q 196 Q 196 0.044 0 0.033 0.259 1.098 100.000 92.121 0.900 LGA L 197 L 197 0.166 0 0.000 0.054 0.343 100.000 100.000 0.343 LGA I 198 I 198 0.171 0 0.036 0.069 0.350 100.000 100.000 0.294 LGA F 199 F 199 0.144 0 0.000 0.036 0.178 100.000 100.000 0.091 LGA N 200 N 200 0.147 0 0.000 0.729 1.885 100.000 89.545 1.885 LGA I 201 I 201 0.145 0 0.006 0.039 0.206 100.000 100.000 0.156 LGA F 202 F 202 0.193 0 0.000 0.029 0.308 100.000 100.000 0.308 LGA L 203 L 203 0.198 0 0.000 0.073 0.491 100.000 100.000 0.395 LGA N 204 N 204 0.270 0 0.007 0.098 1.087 100.000 88.864 0.698 LGA G 205 G 205 0.628 0 0.035 0.035 0.684 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.720 0 0.031 0.393 1.585 77.727 80.455 0.343 LGA N 207 N 207 1.296 0 0.041 0.198 1.884 65.455 61.818 1.431 LGA G 208 G 208 1.472 0 0.093 0.093 1.801 58.182 58.182 - LGA K 209 K 209 1.557 0 0.039 0.581 1.801 61.818 71.515 0.599 LGA D 210 D 210 1.471 0 0.093 0.641 1.564 65.455 67.727 1.338 LGA Y 211 Y 211 1.987 0 0.119 0.590 2.090 50.909 48.788 1.733 LGA S 212 S 212 2.391 0 0.642 0.785 5.872 33.182 23.939 5.872 LGA Y 213 Y 213 3.129 0 0.153 1.090 14.683 39.545 13.333 14.683 LGA A 215 A 215 1.143 0 0.192 0.209 2.119 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.403 0 0.000 0.145 0.509 95.455 97.727 0.453 LGA A 217 A 217 0.298 0 0.049 0.063 0.379 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.590 0 0.007 0.125 1.434 90.909 85.152 1.434 LGA H 219 H 219 0.312 0 0.011 0.083 0.649 100.000 94.545 0.649 LGA L 220 L 220 0.280 0 0.012 0.084 0.448 100.000 100.000 0.448 LGA T 221 T 221 0.356 0 0.000 0.027 0.520 95.455 97.403 0.333 LGA N 222 N 222 0.489 0 0.030 0.058 0.711 90.909 93.182 0.570 LGA L 223 L 223 0.617 0 0.043 0.067 0.836 81.818 81.818 0.648 LGA Q 224 Q 224 0.572 0 0.042 0.148 0.856 81.818 83.838 0.838 LGA I 225 I 225 0.529 0 0.045 0.099 0.531 86.364 88.636 0.234 LGA P 226 P 226 0.461 0 0.033 0.064 0.729 90.909 87.013 0.712 LGA T 227 T 227 0.251 0 0.037 0.078 0.370 100.000 100.000 0.370 LGA P 228 P 228 0.423 0 0.083 0.088 0.431 100.000 100.000 0.371 LGA S 229 S 229 0.502 0 0.155 0.163 0.932 81.818 87.879 0.222 LGA G 230 G 230 0.708 0 0.038 0.038 1.132 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.383 0 0.055 0.459 1.449 100.000 92.121 1.449 LGA K 232 K 232 0.379 0 0.114 0.248 0.759 95.455 97.980 0.467 LGA R 233 R 233 0.250 0 0.020 1.070 5.724 100.000 53.884 4.082 LGA W 234 W 234 0.520 0 0.052 0.146 0.658 81.818 87.013 0.504 LGA N 235 N 235 0.670 0 0.019 0.587 2.454 81.818 74.318 2.454 LGA Q 236 Q 236 0.565 0 0.000 0.863 3.257 90.909 70.505 3.257 LGA Y 237 Y 237 0.420 0 0.068 0.146 0.803 95.455 89.394 0.803 LGA T 238 T 238 0.385 0 0.000 0.027 0.476 100.000 100.000 0.476 LGA I 239 I 239 0.222 0 0.033 0.103 0.326 100.000 100.000 0.326 LGA K 240 K 240 0.424 0 0.031 0.230 2.989 100.000 73.737 2.989 LGA A 241 A 241 0.260 0 0.073 0.078 0.363 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.125 0 0.031 0.065 0.202 100.000 100.000 0.180 LGA L 243 L 243 0.195 0 0.042 0.064 0.533 95.455 97.727 0.198 LGA Q 244 Q 244 0.090 0 0.042 0.242 1.080 100.000 92.121 0.798 LGA N 245 N 245 0.085 0 0.031 0.102 0.454 100.000 100.000 0.454 LGA E 246 E 246 0.178 0 0.024 0.451 1.429 100.000 92.121 0.888 LGA V 247 V 247 0.194 0 0.000 0.028 0.263 100.000 100.000 0.247 LGA Y 248 Y 248 0.268 0 0.035 0.121 1.083 100.000 91.061 1.083 LGA I 249 I 249 0.181 0 0.006 0.025 0.267 100.000 100.000 0.146 LGA G 250 G 250 0.205 0 0.052 0.052 0.205 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.109 0 0.039 0.045 0.259 100.000 100.000 0.140 LGA V 252 V 252 0.247 0 0.041 0.098 0.543 100.000 97.403 0.543 LGA K 253 K 253 0.448 0 0.058 0.134 0.846 100.000 89.899 0.784 LGA Y 254 Y 254 0.659 0 0.028 0.235 2.540 90.909 64.848 2.540 LGA K 255 K 255 0.746 0 0.017 0.179 1.466 81.818 80.000 1.466 LGA V 256 V 256 0.935 0 0.066 0.072 1.003 77.727 79.481 0.932 LGA R 257 R 257 1.127 0 0.090 1.054 5.405 65.455 45.455 3.018 LGA E 258 E 258 1.191 0 0.053 0.254 1.980 65.455 60.606 1.980 LGA K 259 K 259 1.557 0 0.039 0.240 1.867 61.818 58.990 1.472 LGA T 260 T 260 1.306 0 0.016 0.074 1.736 58.182 61.299 1.191 LGA K 261 K 261 1.856 0 0.017 0.349 3.020 47.727 43.030 3.020 LGA D 262 D 262 1.654 0 0.029 0.887 3.272 50.909 42.955 3.039 LGA G 263 G 263 1.918 0 0.025 0.025 1.974 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.471 0 0.091 0.487 2.285 61.818 56.162 2.207 LGA R 265 R 265 1.397 0 0.070 0.868 3.897 65.455 54.215 3.897 LGA T 266 T 266 1.198 0 0.045 0.076 1.316 69.545 67.792 1.113 LGA I 267 I 267 0.852 0 0.022 0.063 1.079 73.636 75.682 1.018 LGA R 268 R 268 0.541 0 0.022 0.957 2.812 86.364 77.355 2.812 LGA P 269 P 269 0.399 0 0.000 0.025 0.563 100.000 94.805 0.563 LGA E 270 E 270 0.659 0 0.000 0.623 1.554 86.364 80.606 0.578 LGA K 271 K 271 0.737 0 0.061 0.715 5.052 81.818 51.717 5.052 LGA E 272 E 272 0.438 0 0.057 0.166 1.591 100.000 84.848 1.591 LGA Q 273 Q 273 0.181 0 0.036 0.091 0.621 100.000 97.980 0.621 LGA I 274 I 274 0.233 0 0.032 0.105 0.881 100.000 97.727 0.881 LGA V 275 V 275 0.294 0 0.011 0.037 0.617 95.455 97.403 0.495 LGA V 276 V 276 0.221 0 0.060 0.068 0.458 100.000 100.000 0.276 LGA Q 277 Q 277 0.118 0 0.044 0.580 2.730 100.000 79.596 2.730 LGA D 278 D 278 0.077 0 0.028 0.233 0.632 100.000 95.455 0.632 LGA A 279 A 279 0.114 0 0.000 0.015 0.168 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.185 0 0.027 0.225 0.645 100.000 96.364 0.530 LGA A 281 A 281 0.293 0 0.031 0.026 0.374 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.202 0 0.043 0.052 0.301 100.000 100.000 0.301 LGA I 283 I 283 0.325 0 0.045 0.060 0.557 95.455 97.727 0.372 LGA I 284 I 284 0.209 0 0.000 0.059 0.212 100.000 100.000 0.188 LGA D 285 D 285 0.227 0 0.031 0.105 0.473 100.000 100.000 0.473 LGA K 286 K 286 0.164 0 0.000 0.244 1.401 100.000 92.121 1.401 LGA E 287 E 287 0.196 0 0.019 0.616 3.335 100.000 71.717 3.335 LGA Q 288 Q 288 0.183 0 0.025 0.214 1.465 100.000 88.485 1.411 LGA F 289 F 289 0.113 0 0.024 0.110 0.426 100.000 100.000 0.376 LGA Q 290 Q 290 0.170 0 0.033 1.224 3.807 100.000 70.303 3.807 LGA Q 291 Q 291 0.031 0 0.043 0.099 0.427 100.000 100.000 0.427 LGA S 292 S 292 0.152 0 0.045 0.686 2.216 100.000 89.697 2.216 LGA Q 293 Q 293 0.255 0 0.000 0.221 0.612 100.000 95.960 0.612 LGA V 294 V 294 0.305 0 0.036 0.049 0.416 100.000 100.000 0.309 LGA K 295 K 295 0.330 0 0.079 0.153 0.878 90.909 89.899 0.570 LGA I 296 I 296 0.566 0 0.000 0.069 0.913 86.364 90.909 0.336 LGA A 297 A 297 0.844 0 0.097 0.111 1.435 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.701 0 0.000 0.207 1.551 70.000 75.909 0.737 LGA K 299 K 299 2.172 0 0.377 0.309 12.646 67.273 30.505 12.646 LGA V 300 V 300 3.258 0 0.071 0.068 6.590 26.364 15.065 6.590 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.906 0.864 1.774 87.545 82.544 69.977 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.000 97.654 13.418 LGA_LOCAL RMSD: 0.906 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.906 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.906 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.332775 * X + 0.038989 * Y + 0.942200 * Z + 151.958862 Y_new = -0.709378 * X + -0.668663 * Y + -0.222875 * Z + 146.083084 Z_new = 0.621325 * X + -0.742543 * Y + 0.250172 * Z + 136.948517 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.009426 -0.670432 -1.245828 [DEG: -115.1317 -38.4129 -71.3807 ] ZXZ: 1.338519 1.317938 2.444840 [DEG: 76.6915 75.5123 140.0790 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS028_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS028_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.654 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS028_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 154.097 185.143 153.328 1.00 86.13 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.501 185.867 154.460 1.00 86.17 C ATOM 1347 C GLY 165 151.979 185.748 154.561 1.00 87.56 C ATOM 1348 O GLY 165 151.347 186.527 155.277 1.00 84.80 O ATOM 1349 N LYS 166 151.367 184.787 153.862 1.00 87.99 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.928 184.516 153.949 1.00 87.81 C ATOM 1351 C LYS 166 149.618 183.707 155.214 1.00 88.59 C ATOM 1352 O LYS 166 150.371 182.816 155.601 1.00 86.82 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.419 183.816 152.672 1.00 86.31 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.571 184.670 151.394 1.00 83.10 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.012 183.973 150.146 1.00 80.07 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.147 184.866 148.902 1.00 74.72 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.622 184.245 147.651 1.00 68.04 N ATOM 1358 N TRP 167 148.478 183.992 155.847 1.00 88.10 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.999 183.240 157.012 1.00 88.60 C ATOM 1360 C TRP 167 147.183 182.031 156.562 1.00 88.06 C ATOM 1361 O TRP 167 146.124 182.182 155.957 1.00 85.39 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.193 184.162 157.917 1.00 87.84 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.835 183.539 159.224 1.00 87.90 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.698 182.868 159.501 1.00 85.01 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.649 183.495 160.441 1.00 86.51 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.745 182.411 160.812 1.00 84.78 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.920 182.769 161.418 1.00 85.82 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.916 183.995 160.795 1.00 85.61 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.444 182.533 162.707 1.00 85.32 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.432 183.769 162.082 1.00 83.88 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.700 183.040 163.022 1.00 83.29 C ATOM 1372 N ILE 168 147.659 180.836 156.869 1.00 87.24 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.107 179.565 156.371 1.00 85.77 C ATOM 1374 C ILE 168 146.606 178.670 157.514 1.00 84.82 C ATOM 1375 O ILE 168 145.959 177.649 157.292 1.00 79.67 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.163 178.842 155.498 1.00 82.68 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.852 179.814 154.506 1.00 77.79 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.533 177.692 154.696 1.00 75.07 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.096 179.204 153.868 1.00 71.26 C ATOM 1380 N SER 169 146.895 179.037 158.751 1.00 83.90 N ATOM 1381 CA SER 169 146.394 178.343 159.934 1.00 82.59 C ATOM 1382 C SER 169 144.948 178.747 160.261 1.00 81.46 C ATOM 1383 O SER 169 144.308 179.463 159.491 1.00 75.30 O ATOM 1384 CB SER 169 147.370 178.548 161.093 1.00 79.09 C ATOM 1385 OG SER 169 147.518 179.898 161.425 1.00 73.51 O ATOM 1386 N GLY 170 144.411 178.257 161.384 1.00 79.67 N ATOM 1387 CA 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185.962 166.373 1.00 88.41 C ATOM 1405 C PRO 173 144.538 187.114 166.824 1.00 89.00 C ATOM 1406 O PRO 173 144.047 187.891 166.000 1.00 87.49 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.894 186.416 166.265 1.00 86.77 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.401 185.752 164.991 1.00 83.44 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.164 185.647 164.117 1.00 86.34 C ATOM 1410 N TYR 174 144.342 187.249 168.133 1.00 89.66 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.616 188.383 168.695 1.00 89.90 C ATOM 1412 C TYR 174 144.267 189.704 168.274 1.00 89.81 C ATOM 1413 O TYR 174 145.487 189.814 168.295 1.00 87.67 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.574 188.238 170.214 1.00 89.61 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.712 189.277 170.889 1.00 90.44 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.290 190.303 171.655 1.00 84.31 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.312 189.224 170.742 1.00 84.66 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.475 191.260 172.282 1.00 83.63 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.493 190.180 171.360 1.00 83.76 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.079 191.195 172.131 1.00 88.10 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.274 192.126 172.734 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