####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS028_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS028_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 75 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 113 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 6 59 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 53 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 102 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 30 84 114 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 81 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 60 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 86 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 74 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 88 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 88 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 88 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 74 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 74 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 14 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 109 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 21 40 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 13 121 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 32 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 75 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 101 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 57 93 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 90 119 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 66.67 88.15 93.33 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.46 0.57 0.67 0.70 0.74 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.91 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.496 0 0.032 0.032 0.496 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.392 0 0.029 0.133 0.861 100.000 95.960 0.861 LGA W 167 W 167 0.202 0 0.215 0.237 0.705 95.455 98.701 0.349 LGA I 168 I 168 0.883 0 0.125 1.205 3.153 81.818 67.955 1.741 LGA S 169 S 169 1.362 0 0.573 0.610 2.819 55.909 52.121 2.163 LGA G 170 G 170 1.654 0 0.059 0.059 1.832 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.996 0 0.045 1.399 5.790 73.636 49.545 3.040 LGA A 172 A 172 0.495 0 0.018 0.025 0.692 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.149 0 0.016 0.230 0.689 100.000 97.403 0.689 LGA Y 174 Y 174 0.387 0 0.030 0.220 1.372 100.000 86.667 1.372 LGA G 175 G 175 0.367 0 0.071 0.071 0.367 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.391 0 0.000 0.163 0.556 100.000 96.970 0.331 LGA Q 177 Q 177 0.573 0 0.058 0.262 1.249 90.909 84.040 0.572 LGA L 178 L 178 0.306 0 0.126 0.212 1.668 82.273 78.182 1.668 LGA N 179 N 179 1.416 0 0.160 0.664 5.077 59.091 35.000 5.077 LGA K 180 K 180 3.994 0 0.292 0.968 13.389 20.455 9.091 13.389 LGA K 181 K 181 1.767 0 0.454 0.967 10.433 61.818 28.889 10.433 LGA T 182 T 182 0.930 0 0.023 1.118 3.360 77.727 65.974 3.360 LGA S 183 S 183 0.689 0 0.111 0.099 1.053 86.364 82.121 0.944 LGA K 184 K 184 0.750 0 0.071 0.866 2.721 81.818 72.121 2.721 LGA L 185 L 185 0.237 0 0.069 0.078 0.511 95.455 97.727 0.389 LGA D 186 D 186 0.211 0 0.035 0.146 0.834 100.000 97.727 0.365 LGA P 187 P 187 0.483 0 0.033 0.369 1.198 86.818 87.273 0.740 LGA V 188 V 188 0.745 0 0.017 0.026 0.859 81.818 81.818 0.859 LGA E 189 E 189 0.730 0 0.036 0.209 0.765 81.818 81.818 0.702 LGA D 190 D 190 0.666 0 0.028 0.043 1.060 81.818 79.773 1.060 LGA E 191 E 191 0.464 0 0.000 0.020 0.786 95.455 87.879 0.786 LGA A 192 A 192 0.271 0 0.024 0.021 0.334 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.269 0 0.047 0.097 0.531 100.000 95.960 0.485 LGA V 194 V 194 0.241 0 0.000 0.046 0.400 100.000 100.000 0.400 LGA V 195 V 195 0.106 0 0.000 0.010 0.272 100.000 100.000 0.109 LGA Q 196 Q 196 0.121 0 0.021 0.249 1.152 100.000 90.303 1.063 LGA L 197 L 197 0.215 0 0.000 0.048 0.332 100.000 100.000 0.332 LGA I 198 I 198 0.139 0 0.040 0.071 0.359 100.000 100.000 0.296 LGA F 199 F 199 0.156 0 0.003 0.037 0.244 100.000 100.000 0.107 LGA N 200 N 200 0.247 0 0.028 0.693 1.865 100.000 91.591 1.865 LGA I 201 I 201 0.127 0 0.018 0.039 0.214 100.000 100.000 0.031 LGA F 202 F 202 0.163 0 0.006 0.022 0.365 100.000 100.000 0.365 LGA L 203 L 203 0.343 0 0.022 0.052 0.714 100.000 93.182 0.677 LGA N 204 N 204 0.318 0 0.000 0.104 1.149 100.000 88.864 0.935 LGA G 205 G 205 0.289 0 0.034 0.034 0.397 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.410 0 0.029 0.158 0.693 90.909 93.182 0.347 LGA N 207 N 207 0.894 0 0.035 0.220 1.918 81.818 71.818 1.272 LGA G 208 G 208 0.885 0 0.087 0.087 1.177 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 1.006 0 0.038 0.176 1.777 77.727 69.293 1.777 LGA D 210 D 210 0.971 0 0.087 0.778 1.998 81.818 72.045 1.993 LGA Y 211 Y 211 1.616 0 0.121 0.599 1.928 58.182 55.758 1.585 LGA S 212 S 212 2.185 0 0.643 0.785 5.845 41.818 29.697 5.845 LGA Y 213 Y 213 3.009 0 0.156 1.111 14.477 39.545 13.333 14.477 LGA A 215 A 215 1.003 0 0.202 0.219 2.042 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.338 0 0.000 0.148 0.562 100.000 95.455 0.562 LGA A 217 A 217 0.201 0 0.056 0.069 0.309 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.519 0 0.021 0.128 1.309 95.455 88.182 1.309 LGA H 219 H 219 0.353 0 0.015 0.085 0.713 100.000 92.727 0.713 LGA L 220 L 220 0.315 0 0.008 0.084 0.460 100.000 100.000 0.460 LGA T 221 T 221 0.313 0 0.000 0.024 0.421 100.000 100.000 0.236 LGA N 222 N 222 0.423 0 0.048 0.053 0.562 95.455 95.455 0.546 LGA L 223 L 223 0.565 0 0.040 0.062 0.780 86.364 84.091 0.635 LGA Q 224 Q 224 0.597 0 0.055 0.491 1.818 86.364 78.586 1.818 LGA I 225 I 225 0.512 0 0.049 0.103 0.530 86.364 90.909 0.187 LGA P 226 P 226 0.515 0 0.038 0.067 0.766 86.364 84.416 0.766 LGA T 227 T 227 0.403 0 0.032 0.063 0.504 100.000 97.403 0.504 LGA P 228 P 228 0.556 0 0.082 0.088 0.556 86.364 89.610 0.483 LGA S 229 S 229 0.668 0 0.157 0.165 0.832 81.818 84.848 0.359 LGA G 230 G 230 0.778 0 0.036 0.036 1.017 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.255 0 0.039 0.449 1.078 100.000 90.303 1.078 LGA K 232 K 232 0.301 0 0.103 0.248 0.858 95.455 93.939 0.858 LGA R 233 R 233 0.212 0 0.036 1.066 5.037 100.000 53.388 3.713 LGA W 234 W 234 0.278 0 0.041 0.141 0.569 100.000 96.104 0.517 LGA N 235 N 235 0.555 0 0.024 0.584 2.312 86.364 76.591 2.312 LGA Q 236 Q 236 0.605 0 0.000 0.930 3.710 86.364 64.444 3.710 LGA Y 237 Y 237 0.647 0 0.061 0.155 0.853 81.818 81.818 0.809 LGA T 238 T 238 0.437 0 0.016 0.038 0.473 100.000 100.000 0.440 LGA I 239 I 239 0.349 0 0.034 0.118 0.378 100.000 100.000 0.278 LGA K 240 K 240 0.645 0 0.026 0.205 3.002 86.364 65.455 3.002 LGA A 241 A 241 0.514 0 0.080 0.085 0.652 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.098 0 0.036 0.067 0.189 100.000 100.000 0.107 LGA L 243 L 243 0.186 0 0.026 0.055 0.396 100.000 100.000 0.289 LGA Q 244 Q 244 0.204 0 0.033 0.243 0.978 100.000 95.960 0.612 LGA N 245 N 245 0.165 0 0.013 0.091 0.384 100.000 100.000 0.384 LGA E 246 E 246 0.081 0 0.031 0.514 1.513 100.000 88.687 1.045 LGA V 247 V 247 0.094 0 0.000 0.037 0.298 100.000 100.000 0.204 LGA Y 248 Y 248 0.161 0 0.030 0.128 1.084 100.000 91.061 1.084 LGA I 249 I 249 0.107 0 0.024 0.032 0.247 100.000 100.000 0.182 LGA G 250 G 250 0.173 0 0.057 0.057 0.235 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.063 0 0.033 0.041 0.228 100.000 100.000 0.056 LGA V 252 V 252 0.206 0 0.056 0.121 0.575 100.000 97.403 0.575 LGA K 253 K 253 0.551 0 0.065 0.164 0.829 95.455 87.879 0.662 LGA Y 254 Y 254 0.597 0 0.024 0.230 2.171 95.455 72.121 2.171 LGA K 255 K 255 0.467 0 0.000 0.174 1.541 95.455 86.465 1.541 LGA V 256 V 256 0.572 0 0.055 0.058 0.731 81.818 81.818 0.577 LGA R 257 R 257 0.765 0 0.097 1.040 5.441 77.727 54.215 3.397 LGA E 258 E 258 0.624 0 0.055 0.243 1.160 81.818 78.182 1.160 LGA K 259 K 259 1.038 0 0.049 0.246 1.392 69.545 69.091 1.175 LGA T 260 T 260 1.327 0 0.000 0.123 1.698 58.182 61.299 1.337 LGA K 261 K 261 2.237 0 0.023 0.169 2.860 38.636 34.747 2.780 LGA D 262 D 262 2.046 0 0.026 0.586 2.718 44.545 38.636 2.707 LGA G 263 G 263 1.676 0 0.000 0.000 1.676 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 0.902 0 0.087 0.452 1.763 77.727 74.747 1.763 LGA R 265 R 265 0.869 0 0.100 0.829 2.351 77.727 67.603 2.351 LGA T 266 T 266 0.634 0 0.050 0.078 0.748 86.364 92.208 0.462 LGA I 267 I 267 0.354 0 0.024 0.067 0.595 100.000 97.727 0.595 LGA R 268 R 268 0.194 0 0.021 0.965 2.533 100.000 88.926 2.533 LGA P 269 P 269 0.576 0 0.000 0.025 0.656 86.364 87.013 0.523 LGA E 270 E 270 0.794 0 0.000 0.234 1.013 81.818 80.000 0.851 LGA K 271 K 271 1.014 0 0.056 0.724 5.569 77.727 45.859 5.569 LGA E 272 E 272 0.670 0 0.040 0.080 0.995 90.909 85.859 0.995 LGA Q 273 Q 273 0.290 0 0.036 0.088 0.542 100.000 97.980 0.542 LGA I 274 I 274 0.233 0 0.033 0.101 0.675 100.000 97.727 0.675 LGA V 275 V 275 0.287 0 0.020 0.041 0.549 95.455 97.403 0.432 LGA V 276 V 276 0.163 0 0.056 0.062 0.464 100.000 100.000 0.261 LGA Q 277 Q 277 0.165 0 0.045 0.574 2.780 100.000 79.596 2.780 LGA D 278 D 278 0.220 0 0.033 0.211 0.574 100.000 95.455 0.574 LGA A 279 A 279 0.202 0 0.000 0.018 0.252 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.249 0 0.025 0.220 0.547 100.000 98.182 0.445 LGA A 281 A 281 0.330 0 0.024 0.023 0.411 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.228 0 0.040 0.052 0.318 100.000 100.000 0.281 LGA I 283 I 283 0.382 0 0.044 0.063 0.639 95.455 95.455 0.379 LGA I 284 I 284 0.237 0 0.000 0.063 0.237 100.000 100.000 0.205 LGA D 285 D 285 0.323 0 0.021 0.546 1.529 100.000 91.591 1.529 LGA K 286 K 286 0.346 0 0.000 0.247 1.305 100.000 92.121 1.305 LGA E 287 E 287 0.477 0 0.013 0.301 1.889 100.000 86.667 0.960 LGA Q 288 Q 288 0.339 0 0.024 0.545 1.626 100.000 81.010 1.395 LGA F 289 F 289 0.116 0 0.029 0.110 0.328 100.000 100.000 0.264 LGA Q 290 Q 290 0.333 0 0.026 0.911 3.141 100.000 76.566 3.141 LGA Q 291 Q 291 0.292 0 0.038 0.139 0.582 100.000 95.960 0.582 LGA S 292 S 292 0.129 0 0.049 0.055 0.364 100.000 100.000 0.060 LGA Q 293 Q 293 0.399 0 0.000 0.204 0.757 90.909 89.899 0.757 LGA V 294 V 294 0.599 0 0.037 0.053 0.766 86.364 84.416 0.766 LGA K 295 K 295 0.291 0 0.075 0.186 0.741 95.455 97.980 0.323 LGA I 296 I 296 0.564 0 0.015 0.069 0.915 86.364 86.364 0.537 LGA A 297 A 297 1.032 0 0.096 0.111 1.543 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.528 0 0.000 0.232 1.192 77.727 77.727 1.192 LGA K 299 K 299 1.805 0 0.384 0.397 12.945 66.818 30.303 12.945 LGA V 300 V 300 3.702 0 0.075 0.074 7.104 17.727 10.130 7.104 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.876 0.834 1.751 88.377 82.910 69.672 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 96.296 98.122 13.838 LGA_LOCAL RMSD: 0.876 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.876 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.876 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.934643 * X + -0.343755 * Y + 0.090965 * Z + 155.107590 Y_new = 0.287905 * X + 0.881701 * Y + 0.373783 * Z + 147.807404 Z_new = -0.208693 * X + -0.323164 * Y + 0.923045 * Z + 147.366272 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.298814 0.210239 -0.336770 [DEG: 17.1208 12.0458 -19.2955 ] ZXZ: 2.902871 0.394874 -2.568189 [DEG: 166.3222 22.6246 -147.1464 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS028_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS028_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 98.122 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS028_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.966 185.036 153.274 1.00 88.40 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.368 185.796 154.380 1.00 88.58 C ATOM 1347 C GLY 165 151.847 185.676 154.489 1.00 89.87 C ATOM 1348 O GLY 165 151.217 186.465 155.195 1.00 87.61 O ATOM 1349 N LYS 166 151.226 184.702 153.810 1.00 89.45 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.787 184.444 153.890 1.00 89.42 C ATOM 1351 C LYS 166 149.461 183.660 155.168 1.00 90.27 C ATOM 1352 O LYS 166 150.199 182.762 155.565 1.00 88.50 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.280 183.724 152.618 1.00 87.91 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.454 184.564 151.329 1.00 84.95 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.921 183.871 150.062 1.00 81.37 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.109 184.779 148.832 1.00 76.43 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.644 184.197 147.542 1.00 69.23 N ATOM 1358 N TRP 167 148.328 183.977 155.806 1.00 90.21 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.833 183.254 156.980 1.00 91.02 C ATOM 1360 C TRP 167 146.983 182.059 156.549 1.00 90.77 C ATOM 1361 O TRP 167 145.942 182.226 155.917 1.00 88.02 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.054 184.201 157.882 1.00 90.35 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.668 183.587 159.189 1.00 90.63 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.518 182.933 159.450 1.00 88.05 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.457 183.535 160.418 1.00 89.34 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.533 182.485 160.766 1.00 87.73 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.702 182.833 161.388 1.00 88.85 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.726 184.016 160.786 1.00 88.84 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.195 182.608 162.694 1.00 88.38 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.215 183.793 162.082 1.00 87.07 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.455 183.092 163.022 1.00 86.48 C ATOM 1372 N ILE 168 147.410 180.860 156.913 1.00 88.03 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.826 179.600 156.449 1.00 86.47 C ATOM 1374 C ILE 168 146.391 178.676 157.597 1.00 85.64 C ATOM 1375 O ILE 168 145.895 177.575 157.368 1.00 79.74 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.775 178.844 155.501 1.00 83.10 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.205 179.436 155.424 1.00 78.38 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.158 178.749 154.112 1.00 75.53 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.175 178.496 154.729 1.00 71.85 C ATOM 1380 N SER 169 146.569 179.115 158.825 1.00 84.61 N ATOM 1381 CA SER 169 146.151 178.398 160.027 1.00 83.26 C ATOM 1382 C SER 169 144.703 178.730 160.405 1.00 82.45 C ATOM 1383 O SER 169 144.004 179.402 159.650 1.00 76.58 O ATOM 1384 CB SER 169 147.146 178.674 161.151 1.00 80.04 C ATOM 1385 OG SER 169 148.378 178.066 160.850 1.00 75.17 O ATOM 1386 N GLY 170 144.228 178.231 161.549 1.00 80.08 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.840 178.369 161.989 1.00 79.62 C ATOM 1388 C GLY 170 142.393 179.811 162.267 1.00 82.19 C ATOM 1389 O GLY 170 142.439 180.669 161.395 1.00 78.77 O ATOM 1390 N LEU 171 141.953 180.075 163.501 1.00 83.95 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.527 181.416 163.910 1.00 83.88 C ATOM 1392 C LEU 171 142.689 182.411 163.789 1.00 85.12 C ATOM 1393 O LEU 171 143.815 182.109 164.191 1.00 82.97 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.993 181.376 165.353 1.00 80.77 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.626 180.676 165.485 1.00 76.80 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.369 180.283 166.934 1.00 70.04 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.478 181.588 165.022 1.00 69.17 C ATOM 1398 N ALA 172 142.383 183.595 163.273 1.00 87.03 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.318 184.707 163.304 1.00 87.41 C ATOM 1400 C ALA 172 143.683 185.054 164.763 1.00 88.58 C ATOM 1401 O ALA 172 142.839 184.902 165.654 1.00 86.57 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.695 185.897 162.567 1.00 85.37 C ATOM 1403 N PRO 173 144.907 185.505 165.040 1.00 89.65 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.290 185.948 166.373 1.00 89.81 C ATOM 1405 C PRO 173 144.466 187.174 166.787 1.00 90.34 C ATOM 1406 O PRO 173 144.023 187.953 165.941 1.00 88.80 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.785 186.243 166.286 1.00 88.24 C ATOM 1408 CG PRO 173 146.991 186.608 164.818 1.00 84.96 C ATOM 1409 CD PRO 173 145.983 185.727 164.085 1.00 87.78 C ATOM 1410 N TYR 174 144.267 187.343 168.087 1.00 91.59 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.542 188.490 168.631 1.00 91.90 C ATOM 1412 C TYR 174 144.184 189.807 168.181 1.00 92.00 C ATOM 1413 O TYR 174 145.403 189.923 168.197 1.00 90.07 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.510 188.372 170.153 1.00 91.60 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.648 189.414 170.824 1.00 92.44 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.227 190.457 171.565 1.00 86.75 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.244 189.350 170.696 1.00 87.08 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.417 191.424 172.181 1.00 86.34 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.425 190.314 171.305 1.00 86.49 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.017 191.349 172.048 1.00 90.34 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.217 192.292 172.639 1.00 89.26 O ATOM 1422 N GLY 175 143.376 190.753 167.752 1.00 90.38 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.835 192.006 167.145 1.00 90.24 C ATOM 1424 C GLY 175 143.901 191.991 165.620 1.00 91.65 C ATOM 1425 O GLY 175 144.053 193.047 165.010 1.00 89.11 O ATOM 1426 N TYR 176 143.769 190.820 164.994 1.00 92.36 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.778 190.673 163.543 1.00 92.72 C ATOM 1428 C TYR 176 142.550 189.918 163.025 1.00 92.63 C ATOM 1429 O TYR 176 142.004 189.031 163.680 1.00 91.00 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.057 189.963 163.095 1.00 92.68 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.326 190.759 163.282 1.00 93.30 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.691 191.744 162.347 1.00 88.41 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.174 190.507 164.374 1.00 88.49 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.884 192.460 162.487 1.00 87.56 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.374 191.218 164.525 1.00 87.91 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.729 192.193 163.576 1.00 91.76 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.904 192.885 163.710 1.00 90.83 O ATOM 1438 N GLN 177 142.158 190.221 161.784 1.00 92.11 N ATOM 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