####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS023_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS023_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.92 1.11 LCS_AVERAGE: 67.58 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 79 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 64 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 47 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 47 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 12 93 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 17 83 114 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 3 93 114 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 15 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 66 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 66 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 78 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 78 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 75 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 57 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 32 108 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 31 107 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 19 107 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 8 107 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 3 90 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 8 96 125 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 5 11 83 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 49 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 72 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 80 110 123 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281 A 281 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 83 135 135 38 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 83 135 135 77 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 83 135 135 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 83 135 135 78 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 83 135 135 60 108 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 83 135 135 75 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 70 135 135 6 72 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 68 135 135 12 60 106 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 89.19 ( 67.58 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 110 123 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 81.48 91.11 94.81 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.51 0.69 0.83 0.98 1.03 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 GDT RMS_ALL_AT 1.39 1.24 1.15 1.10 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.679 0 0.028 0.028 0.765 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.690 0 0.012 0.048 1.442 81.818 76.364 1.442 LGA W 167 W 167 0.497 0 0.206 0.168 0.611 90.909 84.416 0.579 LGA I 168 I 168 1.115 0 0.136 1.563 3.005 73.636 57.045 2.861 LGA S 169 S 169 0.999 0 0.087 0.142 1.306 69.545 70.909 1.209 LGA G 170 G 170 0.947 0 0.018 0.018 0.977 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.987 0 0.085 1.381 6.265 81.818 51.818 3.765 LGA A 172 A 172 0.809 0 0.007 0.024 0.883 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.594 0 0.000 0.108 0.670 81.818 84.416 0.592 LGA Y 174 Y 174 0.566 0 0.000 0.186 1.396 81.818 77.727 1.396 LGA G 175 G 175 0.650 0 0.072 0.072 0.650 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.745 0 0.030 0.114 0.896 81.818 87.879 0.309 LGA Q 177 Q 177 1.128 0 0.052 0.449 1.740 73.636 67.475 1.378 LGA L 178 L 178 0.877 0 0.134 0.211 1.429 73.636 71.591 1.429 LGA N 179 N 179 1.304 0 0.176 0.719 4.921 69.545 41.136 4.921 LGA K 180 K 180 3.017 0 0.295 0.966 12.769 38.182 17.172 12.769 LGA K 181 K 181 2.366 0 0.431 0.943 11.087 59.091 26.869 11.087 LGA T 182 T 182 0.931 0 0.041 1.126 3.411 82.273 68.571 3.411 LGA S 183 S 183 0.998 0 0.114 0.100 1.362 78.182 73.939 1.355 LGA K 184 K 184 0.797 0 0.068 0.918 3.418 81.818 69.495 3.418 LGA L 185 L 185 0.651 0 0.071 0.076 0.843 81.818 90.909 0.174 LGA D 186 D 186 0.573 0 0.042 0.178 0.946 81.818 88.636 0.359 LGA P 187 P 187 0.760 0 0.026 0.060 1.506 70.000 75.065 0.695 LGA V 188 V 188 1.103 0 0.028 0.046 1.240 73.636 70.130 1.228 LGA E 189 E 189 1.171 0 0.047 0.853 3.192 65.455 52.929 2.652 LGA D 190 D 190 1.195 0 0.029 0.041 1.800 69.545 62.045 1.800 LGA E 191 E 191 0.839 0 0.000 0.065 1.389 86.364 76.566 1.389 LGA A 192 A 192 0.441 0 0.034 0.031 0.560 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.640 0 0.057 0.140 1.415 81.818 74.545 1.406 LGA V 194 V 194 0.470 0 0.000 0.020 0.716 95.455 89.610 0.539 LGA V 195 V 195 0.160 0 0.000 0.000 0.319 100.000 100.000 0.096 LGA Q 196 Q 196 0.368 0 0.033 0.231 1.316 100.000 88.485 1.316 LGA L 197 L 197 0.450 0 0.018 0.041 0.613 100.000 93.182 0.613 LGA I 198 I 198 0.186 0 0.044 0.073 0.422 100.000 100.000 0.211 LGA F 199 F 199 0.312 0 0.034 0.043 0.476 100.000 100.000 0.132 LGA N 200 N 200 0.501 0 0.000 0.858 2.203 90.909 77.045 1.663 LGA I 201 I 201 0.363 0 0.026 0.050 0.524 95.455 97.727 0.241 LGA F 202 F 202 0.377 0 0.000 0.038 0.606 95.455 91.736 0.606 LGA L 203 L 203 0.653 0 0.021 0.112 1.303 81.818 77.727 1.016 LGA N 204 N 204 0.627 0 0.042 0.053 1.515 90.909 78.409 1.389 LGA G 205 G 205 0.154 0 0.045 0.045 0.400 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.494 0 0.024 1.333 2.869 90.909 72.045 2.315 LGA N 207 N 207 0.983 0 0.033 0.107 1.186 77.727 71.591 1.186 LGA G 208 G 208 1.144 0 0.112 0.112 1.706 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.142 0 0.065 0.200 3.039 69.545 53.131 3.039 LGA D 210 D 210 1.046 0 0.056 0.349 1.108 69.545 78.182 0.640 LGA Y 211 Y 211 1.636 0 0.111 0.633 2.004 58.182 53.485 1.604 LGA S 212 S 212 2.187 0 0.630 0.795 6.210 38.636 27.576 6.210 LGA Y 213 Y 213 2.938 0 0.179 1.063 14.169 41.818 14.091 14.169 LGA A 215 A 215 0.961 0 0.217 0.231 1.956 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.454 0 0.025 0.166 0.614 100.000 97.727 0.614 LGA A 217 A 217 0.391 0 0.051 0.059 0.420 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.386 0 0.012 0.138 1.061 100.000 91.212 1.061 LGA H 219 H 219 0.413 0 0.019 0.120 0.650 100.000 92.727 0.650 LGA L 220 L 220 0.433 0 0.000 0.081 0.503 100.000 95.455 0.502 LGA T 221 T 221 0.377 0 0.000 0.027 0.410 100.000 100.000 0.328 LGA N 222 N 222 0.384 0 0.043 0.058 0.499 100.000 100.000 0.460 LGA L 223 L 223 0.622 0 0.036 0.101 0.892 81.818 81.818 0.876 LGA Q 224 Q 224 0.665 0 0.041 0.114 1.080 81.818 80.000 0.859 LGA I 225 I 225 0.639 0 0.050 0.066 0.759 81.818 81.818 0.551 LGA P 226 P 226 0.761 0 0.025 0.060 1.034 81.818 79.481 1.034 LGA T 227 T 227 0.834 0 0.037 0.149 1.101 81.818 79.481 1.101 LGA P 228 P 228 0.952 0 0.137 0.162 0.955 81.818 81.818 0.802 LGA S 229 S 229 1.151 0 0.126 0.118 1.264 65.455 68.182 0.975 LGA G 230 G 230 1.233 0 0.000 0.000 1.314 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.706 0 0.073 0.522 1.063 86.364 82.020 0.774 LGA K 232 K 232 0.720 0 0.166 0.278 1.822 77.727 72.929 1.822 LGA R 233 R 233 0.642 0 0.036 1.101 6.110 81.818 43.306 4.246 LGA W 234 W 234 0.148 0 0.030 0.152 0.772 100.000 92.208 0.772 LGA N 235 N 235 0.399 0 0.020 0.600 2.375 100.000 83.409 2.375 LGA Q 236 Q 236 0.480 0 0.000 0.758 2.805 90.909 68.485 2.805 LGA Y 237 Y 237 0.855 0 0.069 0.178 1.167 77.727 73.636 1.167 LGA T 238 T 238 0.486 0 0.000 0.070 0.526 90.909 94.805 0.495 LGA I 239 I 239 0.407 0 0.025 0.077 0.470 100.000 100.000 0.315 LGA K 240 K 240 0.875 0 0.022 0.187 3.245 81.818 58.586 3.245 LGA A 241 A 241 0.807 0 0.104 0.112 1.021 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.213 0 0.041 0.057 0.357 100.000 100.000 0.237 LGA L 243 L 243 0.319 0 0.042 0.052 0.544 95.455 97.727 0.358 LGA Q 244 Q 244 0.522 0 0.062 0.304 1.068 86.364 84.040 0.613 LGA N 245 N 245 0.518 0 0.025 0.078 0.660 86.364 84.091 0.660 LGA E 246 E 246 0.354 0 0.031 0.574 1.507 100.000 88.687 1.306 LGA V 247 V 247 0.314 0 0.000 0.044 0.372 100.000 100.000 0.314 LGA Y 248 Y 248 0.381 0 0.033 0.123 1.081 100.000 91.061 1.081 LGA I 249 I 249 0.342 0 0.000 0.039 0.667 100.000 95.455 0.615 LGA G 250 G 250 0.182 0 0.026 0.026 0.411 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.528 0 0.043 0.060 0.612 86.364 84.416 0.521 LGA V 252 V 252 0.592 0 0.041 0.097 0.902 81.818 81.818 0.902 LGA K 253 K 253 0.409 0 0.070 0.111 0.701 95.455 91.919 0.465 LGA Y 254 Y 254 0.700 0 0.058 0.347 2.618 86.364 64.848 2.618 LGA K 255 K 255 0.634 0 0.051 0.534 2.995 77.727 63.838 2.471 LGA V 256 V 256 0.683 0 0.104 0.119 0.855 86.364 84.416 0.560 LGA R 257 R 257 0.738 0 0.070 1.122 4.875 81.818 59.008 3.349 LGA E 258 E 258 0.880 0 0.073 0.293 1.736 77.727 71.111 1.736 LGA K 259 K 259 1.833 0 0.038 0.747 2.402 48.182 53.131 1.048 LGA T 260 T 260 2.662 0 0.000 0.053 3.061 25.455 27.792 2.707 LGA K 261 K 261 3.942 0 0.021 0.192 6.123 11.364 6.465 6.123 LGA D 262 D 262 3.484 0 0.034 1.040 4.252 20.909 15.455 4.244 LGA G 263 G 263 2.610 0 0.000 0.000 2.821 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.673 0 0.073 0.425 2.774 50.909 53.131 2.774 LGA R 265 R 265 1.249 0 0.085 0.943 4.943 61.818 43.471 4.943 LGA T 266 T 266 1.110 0 0.040 0.132 1.442 73.636 70.130 1.040 LGA I 267 I 267 0.835 0 0.042 0.078 1.474 81.818 73.636 1.474 LGA R 268 R 268 0.742 0 0.027 0.969 2.588 81.818 73.058 2.588 LGA P 269 P 269 1.015 0 0.000 0.030 1.221 77.727 72.468 1.221 LGA E 270 E 270 0.849 0 0.000 0.244 0.939 81.818 81.818 0.807 LGA K 271 K 271 1.153 0 0.064 0.769 4.265 65.455 51.111 4.265 LGA E 272 E 272 0.826 0 0.094 0.179 1.546 81.818 71.313 1.542 LGA Q 273 Q 273 0.779 0 0.031 0.114 0.856 81.818 81.818 0.777 LGA I 274 I 274 0.641 0 0.036 0.120 1.310 86.364 82.045 1.310 LGA V 275 V 275 0.340 0 0.063 0.095 0.539 100.000 94.805 0.518 LGA V 276 V 276 0.492 0 0.050 0.041 0.582 90.909 87.013 0.560 LGA Q 277 Q 277 0.443 0 0.054 0.589 2.511 95.455 75.556 2.511 LGA D 278 D 278 0.263 0 0.048 0.168 1.001 100.000 95.682 1.001 LGA A 279 A 279 0.435 0 0.017 0.023 0.569 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.248 0 0.026 0.095 0.418 100.000 100.000 0.229 LGA A 281 A 281 0.294 0 0.021 0.020 0.439 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.191 0 0.038 0.044 0.363 100.000 100.000 0.363 LGA I 283 I 283 0.353 0 0.030 0.043 0.574 95.455 93.182 0.574 LGA I 284 I 284 0.391 0 0.020 0.096 0.570 90.909 95.455 0.309 LGA D 285 D 285 1.064 0 0.101 0.856 3.019 69.545 57.955 1.977 LGA K 286 K 286 1.142 0 0.012 0.246 1.316 65.455 69.091 0.996 LGA E 287 E 287 1.207 0 0.034 0.416 2.200 65.455 62.424 1.065 LGA Q 288 Q 288 0.874 0 0.027 0.330 1.991 77.727 69.697 1.991 LGA F 289 F 289 0.871 0 0.031 0.123 1.070 81.818 77.355 1.028 LGA Q 290 Q 290 1.185 0 0.023 1.289 3.117 65.455 52.727 2.919 LGA Q 291 Q 291 0.970 0 0.035 0.076 1.058 77.727 80.000 0.931 LGA S 292 S 292 0.832 0 0.034 0.676 2.938 81.818 72.727 2.938 LGA Q 293 Q 293 1.121 0 0.000 0.245 1.599 65.455 63.838 1.599 LGA V 294 V 294 1.244 0 0.034 0.047 1.473 65.455 65.455 1.329 LGA K 295 K 295 0.759 0 0.040 0.121 0.904 81.818 89.899 0.414 LGA I 296 I 296 0.982 0 0.028 0.094 1.284 73.636 71.591 1.082 LGA A 297 A 297 1.499 0 0.117 0.132 1.963 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.602 0 0.023 0.132 1.306 81.818 80.000 1.306 LGA K 299 K 299 1.725 0 0.040 0.173 5.751 48.636 28.485 5.751 LGA V 300 V 300 2.281 0 0.118 0.121 3.047 38.636 37.403 3.047 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.079 1.045 1.806 80.357 74.833 61.375 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.08 94.074 97.320 11.453 LGA_LOCAL RMSD: 1.079 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.079 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.079 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.828859 * X + 0.408298 * Y + 0.382474 * Z + 174.838394 Y_new = -0.475523 * X + -0.874323 * Y + -0.097150 * Z + 183.191284 Z_new = 0.294739 * X + -0.262399 * Y + 0.918845 * Z + 148.453705 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.620730 -0.299183 -0.278171 [DEG: -150.1568 -17.1419 -15.9380 ] ZXZ: 1.322052 0.405654 2.298212 [DEG: 75.7480 23.2422 131.6779 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS023_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS023_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.08 97.320 1.08 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS023_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.592 185.094 153.327 1.00 92.60 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.133 185.786 154.534 1.00 92.60 C ATOM 1347 C GLY 165 151.610 185.772 154.717 1.00 92.60 C ATOM 1348 O GLY 165 151.068 186.589 155.455 1.00 92.60 O ATOM 1349 N LYS 166 150.885 184.876 154.034 1.00 93.73 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.432 184.730 154.210 1.00 93.73 C ATOM 1351 C LYS 166 149.122 183.908 155.460 1.00 93.73 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.769 184.123 152.970 1.00 93.73 C ATOM 1353 O LYS 166 149.833 182.962 155.802 1.00 93.73 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.893 185.037 151.746 1.00 93.73 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.392 184.309 150.498 1.00 93.73 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.308 185.271 149.316 1.00 93.73 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.142 184.526 148.050 1.00 93.73 N ATOM 1358 N TRP 167 148.015 184.231 156.113 1.00 94.11 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.579 183.527 157.310 1.00 94.11 C ATOM 1360 C TRP 167 146.848 182.231 156.954 1.00 94.11 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.711 184.442 158.163 1.00 94.11 C ATOM 1362 O TRP 167 145.798 182.242 156.316 1.00 94.11 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.335 183.842 159.480 1.00 94.11 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.143 183.288 159.805 1.00 94.11 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.172 183.717 160.664 1.00 94.11 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.414 183.078 161.687 1.00 94.11 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.498 184.090 160.973 1.00 94.11 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.186 182.842 161.112 1.00 94.11 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.263 183.213 163.240 1.00 94.11 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 146.942 182.822 162.959 1.00 94.11 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.037 183.847 162.252 1.00 94.11 C ATOM 1372 N ILE 168 147.400 181.097 157.393 1.00 88.83 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.850 179.756 157.123 1.00 88.83 C ATOM 1374 C ILE 168 146.515 178.962 158.394 1.00 88.83 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.788 178.971 156.187 1.00 88.83 C ATOM 1376 O ILE 168 146.096 177.805 158.318 1.00 88.83 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.181 178.772 156.820 1.00 88.83 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.893 179.667 154.816 1.00 88.83 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.941 177.678 156.078 1.00 88.83 C ATOM 1380 N SER 169 146.697 179.567 159.570 1.00 79.14 N ATOM 1381 CA SER 169 146.679 178.888 160.874 1.00 79.14 C ATOM 1382 C SER 169 145.305 178.891 161.563 1.00 79.14 C ATOM 1383 CB SER 169 147.803 179.435 161.762 1.00 79.14 C ATOM 1384 O SER 169 145.219 178.865 162.787 1.00 79.14 O ATOM 1385 OG SER 169 149.059 179.096 161.195 1.00 79.14 O ATOM 1386 N GLY 170 144.218 178.862 160.783 1.00 84.78 N ATOM 1387 CA GLY 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