####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS022_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS022_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 85 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 14 118 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 6 97 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 57 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 91 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 99 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 45 91 117 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 115 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 41 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 86 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 80 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 86 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 86 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 86 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 89 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 80 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 57 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 11 118 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 105 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 11 68 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 25 118 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 38 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 79 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 99 122 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 71 102 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 92 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 68.15 88.15 93.33 97.78 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.43 0.52 0.65 0.65 0.72 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 GDT RMS_ALL_AT 0.85 0.85 0.85 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.429 0 0.030 0.030 0.429 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.289 0 0.027 0.126 0.867 100.000 95.960 0.867 LGA W 167 W 167 0.249 0 0.230 0.239 0.569 95.455 98.701 0.369 LGA I 168 I 168 0.751 0 0.000 0.767 1.613 81.818 73.864 1.398 LGA S 169 S 169 1.108 0 0.513 0.516 2.104 70.000 61.515 2.104 LGA G 170 G 170 1.563 0 0.143 0.143 1.833 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.942 0 0.051 1.387 5.457 77.727 52.727 2.662 LGA A 172 A 172 0.498 0 0.000 0.020 0.695 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.239 0 0.007 0.230 0.679 100.000 97.403 0.679 LGA Y 174 Y 174 0.454 0 0.031 0.216 1.382 95.455 85.152 1.382 LGA G 175 G 175 0.320 0 0.064 0.064 0.357 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.336 0 0.003 0.166 0.554 100.000 96.970 0.301 LGA Q 177 Q 177 0.534 0 0.062 0.255 1.028 90.909 84.040 0.596 LGA L 178 L 178 0.330 0 0.130 0.206 1.799 90.909 82.500 1.799 LGA N 179 N 179 1.336 0 0.167 0.646 4.876 59.091 35.909 4.876 LGA K 180 K 180 4.066 0 0.286 0.967 13.558 19.091 8.485 13.558 LGA K 181 K 181 1.714 0 0.459 0.960 10.164 65.909 30.707 10.164 LGA T 182 T 182 0.975 0 0.030 1.115 3.496 73.636 63.636 3.496 LGA S 183 S 183 0.645 0 0.116 0.103 1.024 86.364 82.121 0.919 LGA K 184 K 184 0.744 0 0.069 0.854 2.821 81.818 72.121 2.821 LGA L 185 L 185 0.395 0 0.070 0.080 0.671 95.455 97.727 0.427 LGA D 186 D 186 0.207 0 0.043 0.144 0.793 100.000 97.727 0.341 LGA P 187 P 187 0.514 0 0.024 0.370 1.246 82.273 84.675 0.644 LGA V 188 V 188 0.755 0 0.017 0.027 0.861 81.818 81.818 0.861 LGA E 189 E 189 0.720 0 0.041 0.201 0.767 81.818 81.818 0.661 LGA D 190 D 190 0.648 0 0.033 0.045 1.004 86.364 82.045 1.004 LGA E 191 E 191 0.455 0 0.017 0.025 0.682 95.455 87.879 0.682 LGA A 192 A 192 0.313 0 0.028 0.023 0.379 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.294 0 0.047 0.086 0.571 100.000 95.960 0.491 LGA V 194 V 194 0.261 0 0.000 0.033 0.384 100.000 100.000 0.384 LGA V 195 V 195 0.155 0 0.000 0.010 0.289 100.000 100.000 0.169 LGA Q 196 Q 196 0.121 0 0.031 0.253 1.220 100.000 92.121 0.996 LGA L 197 L 197 0.238 0 0.006 0.060 0.386 100.000 100.000 0.386 LGA I 198 I 198 0.211 0 0.044 0.071 0.381 100.000 100.000 0.326 LGA F 199 F 199 0.174 0 0.000 0.034 0.220 100.000 100.000 0.140 LGA N 200 N 200 0.198 0 0.018 0.693 1.921 100.000 89.318 1.921 LGA I 201 I 201 0.125 0 0.000 0.038 0.194 100.000 100.000 0.115 LGA F 202 F 202 0.132 0 0.000 0.018 0.306 100.000 100.000 0.306 LGA L 203 L 203 0.220 0 0.012 0.064 0.512 100.000 97.727 0.429 LGA N 204 N 204 0.216 0 0.010 0.112 1.084 100.000 91.136 0.726 LGA G 205 G 205 0.389 0 0.042 0.042 0.439 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.363 0 0.032 0.166 0.926 95.455 95.455 0.457 LGA N 207 N 207 0.646 0 0.019 0.173 1.227 81.818 79.773 0.719 LGA G 208 G 208 0.880 0 0.088 0.088 1.387 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.017 0 0.043 0.169 2.162 77.727 66.263 2.162 LGA D 210 D 210 1.081 0 0.106 0.762 1.700 69.545 65.909 1.700 LGA Y 211 Y 211 1.748 0 0.112 0.629 2.042 54.545 52.273 1.652 LGA S 212 S 212 2.191 0 0.643 0.786 5.783 36.364 26.061 5.783 LGA Y 213 Y 213 3.162 0 0.157 1.120 14.625 39.545 13.333 14.625 LGA A 215 A 215 1.001 0 0.196 0.213 2.020 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.363 0 0.000 0.149 0.462 100.000 100.000 0.462 LGA A 217 A 217 0.230 0 0.054 0.066 0.330 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.432 0 0.000 0.125 1.268 100.000 91.212 1.268 LGA H 219 H 219 0.214 0 0.000 0.074 0.667 100.000 94.545 0.667 LGA L 220 L 220 0.206 0 0.000 0.076 0.357 100.000 100.000 0.357 LGA T 221 T 221 0.225 0 0.007 0.039 0.417 100.000 100.000 0.184 LGA N 222 N 222 0.412 0 0.035 0.060 0.680 90.909 95.455 0.426 LGA L 223 L 223 0.577 0 0.039 0.059 0.822 86.364 84.091 0.657 LGA Q 224 Q 224 0.503 0 0.040 0.210 1.225 86.364 82.222 1.225 LGA I 225 I 225 0.445 0 0.042 0.098 0.484 100.000 100.000 0.236 LGA P 226 P 226 0.381 0 0.036 0.066 0.618 100.000 94.805 0.610 LGA T 227 T 227 0.327 0 0.042 0.082 0.445 100.000 100.000 0.445 LGA P 228 P 228 0.444 0 0.081 0.085 0.453 100.000 100.000 0.402 LGA S 229 S 229 0.437 0 0.151 0.159 0.624 90.909 93.939 0.268 LGA G 230 G 230 0.674 0 0.031 0.031 1.124 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.412 0 0.041 0.455 1.107 100.000 88.283 1.107 LGA K 232 K 232 0.444 0 0.124 0.256 0.762 95.455 93.939 0.668 LGA R 233 R 233 0.345 0 0.023 0.961 4.932 100.000 51.736 4.300 LGA W 234 W 234 0.316 0 0.043 0.131 0.466 100.000 100.000 0.455 LGA N 235 N 235 0.496 0 0.025 0.576 2.269 95.455 81.136 2.269 LGA Q 236 Q 236 0.480 0 0.000 0.891 3.390 100.000 73.131 3.390 LGA Y 237 Y 237 0.444 0 0.066 0.147 0.704 95.455 92.424 0.572 LGA T 238 T 238 0.307 0 0.016 0.035 0.356 100.000 100.000 0.326 LGA I 239 I 239 0.246 0 0.029 0.107 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA K 240 K 240 0.511 0 0.023 0.213 2.984 95.455 71.717 2.984 LGA A 241 A 241 0.419 0 0.074 0.078 0.517 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.100 0 0.039 0.068 0.176 100.000 100.000 0.176 LGA L 243 L 243 0.124 0 0.040 0.065 0.448 100.000 100.000 0.192 LGA Q 244 Q 244 0.050 0 0.031 0.245 0.991 100.000 93.939 0.676 LGA N 245 N 245 0.070 0 0.025 0.102 0.406 100.000 100.000 0.406 LGA E 246 E 246 0.129 0 0.027 0.487 1.464 100.000 94.141 0.952 LGA V 247 V 247 0.151 0 0.000 0.033 0.307 100.000 100.000 0.252 LGA Y 248 Y 248 0.233 0 0.032 0.124 1.131 100.000 91.061 1.131 LGA I 249 I 249 0.169 0 0.008 0.026 0.228 100.000 100.000 0.175 LGA G 250 G 250 0.210 0 0.050 0.050 0.210 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.103 0 0.034 0.047 0.269 100.000 100.000 0.149 LGA V 252 V 252 0.272 0 0.053 0.115 0.635 100.000 97.403 0.635 LGA K 253 K 253 0.500 0 0.061 0.141 0.841 95.455 87.879 0.726 LGA Y 254 Y 254 0.538 0 0.031 0.241 2.363 95.455 70.909 2.363 LGA K 255 K 255 0.617 0 0.000 0.162 1.073 81.818 80.000 1.073 LGA V 256 V 256 0.777 0 0.062 0.071 0.846 81.818 81.818 0.693 LGA R 257 R 257 0.904 0 0.099 1.044 5.133 73.636 55.207 2.929 LGA E 258 E 258 0.925 0 0.054 0.262 1.847 73.636 65.859 1.847 LGA K 259 K 259 1.131 0 0.047 0.232 1.441 73.636 70.909 1.123 LGA T 260 T 260 1.024 0 0.010 0.112 1.357 69.545 67.792 1.027 LGA K 261 K 261 1.751 0 0.027 0.498 4.714 54.545 38.990 4.714 LGA D 262 D 262 1.490 0 0.026 0.898 2.848 61.818 50.682 2.691 LGA G 263 G 263 1.414 0 0.019 0.019 1.435 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 0.924 0 0.084 0.464 2.187 81.818 69.899 2.187 LGA R 265 R 265 0.944 0 0.070 0.898 4.036 81.818 60.826 4.036 LGA T 266 T 266 0.871 0 0.040 0.067 0.953 81.818 81.818 0.817 LGA I 267 I 267 0.600 0 0.028 0.065 0.849 81.818 84.091 0.740 LGA R 268 R 268 0.379 0 0.028 0.961 2.884 100.000 85.620 2.884 LGA P 269 P 269 0.224 0 0.000 0.026 0.361 100.000 100.000 0.361 LGA E 270 E 270 0.301 0 0.000 0.224 0.896 100.000 93.939 0.739 LGA K 271 K 271 0.371 0 0.057 0.725 4.516 100.000 64.848 4.516 LGA E 272 E 272 0.180 0 0.038 0.094 0.880 100.000 93.939 0.880 LGA Q 273 Q 273 0.161 0 0.029 0.092 0.390 100.000 100.000 0.390 LGA I 274 I 274 0.154 0 0.033 0.104 0.658 100.000 97.727 0.658 LGA V 275 V 275 0.267 0 0.007 0.037 0.522 95.455 97.403 0.469 LGA V 276 V 276 0.209 0 0.067 0.075 0.493 100.000 100.000 0.292 LGA Q 277 Q 277 0.060 0 0.041 0.579 2.804 100.000 79.596 2.804 LGA D 278 D 278 0.077 0 0.039 0.207 0.593 100.000 97.727 0.593 LGA A 279 A 279 0.133 0 0.017 0.026 0.200 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.248 0 0.028 0.222 0.582 100.000 98.182 0.451 LGA A 281 A 281 0.347 0 0.024 0.021 0.433 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.208 0 0.047 0.059 0.295 100.000 100.000 0.295 LGA I 283 I 283 0.372 0 0.047 0.057 0.633 95.455 95.455 0.394 LGA I 284 I 284 0.212 0 0.000 0.060 0.216 100.000 100.000 0.211 LGA D 285 D 285 0.236 0 0.026 0.753 2.116 100.000 85.682 2.116 LGA K 286 K 286 0.231 0 0.000 0.244 1.338 100.000 92.121 1.338 LGA E 287 E 287 0.298 0 0.000 0.301 1.722 100.000 90.505 0.806 LGA Q 288 Q 288 0.221 0 0.025 0.257 1.702 100.000 86.869 1.431 LGA F 289 F 289 0.127 0 0.029 0.100 0.358 100.000 100.000 0.288 LGA Q 290 Q 290 0.231 0 0.033 1.178 3.708 100.000 71.313 3.708 LGA Q 291 Q 291 0.094 0 0.034 0.123 0.488 100.000 100.000 0.488 LGA S 292 S 292 0.070 0 0.044 0.054 0.262 100.000 100.000 0.083 LGA Q 293 Q 293 0.271 0 0.000 0.197 0.595 100.000 97.980 0.595 LGA V 294 V 294 0.338 0 0.035 0.045 0.502 100.000 97.403 0.429 LGA K 295 K 295 0.207 0 0.072 0.182 0.729 95.455 97.980 0.288 LGA I 296 I 296 0.484 0 0.028 0.066 0.793 90.909 93.182 0.407 LGA A 297 A 297 0.764 0 0.101 0.116 1.250 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.492 0 0.000 0.221 1.273 82.727 80.227 1.066 LGA K 299 K 299 2.051 0 0.350 0.284 12.955 63.636 28.889 12.955 LGA V 300 V 300 3.612 0 0.072 0.068 7.147 22.727 12.987 7.147 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.840 0.790 1.745 90.067 84.358 71.108 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.84 96.481 98.174 14.357 LGA_LOCAL RMSD: 0.840 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.840 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.840 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.366219 * X + -0.574195 * Y + -0.732246 * Z + 146.796082 Y_new = -0.900069 * X + -0.418273 * Y + -0.122161 * Z + 145.425415 Z_new = -0.236134 * X + 0.703809 * Y + -0.669995 * Z + 140.180573 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.184374 0.238386 2.331585 [DEG: -67.8596 13.6585 133.5900 ] ZXZ: -1.405488 2.304998 -0.323707 [DEG: -80.5285 132.0667 -18.5471 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS022_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS022_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.84 98.174 0.84 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS022_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 154.012 185.085 153.410 1.00 87.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.435 185.827 154.539 1.00 87.75 C ATOM 1347 C GLY 165 151.911 185.725 154.656 1.00 89.17 C ATOM 1348 O GLY 165 151.296 186.506 155.380 1.00 86.69 O ATOM 1349 N LYS 166 151.279 184.776 153.953 1.00 88.88 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.839 184.526 154.050 1.00 88.82 C ATOM 1351 C LYS 166 149.527 183.732 155.325 1.00 89.56 C ATOM 1352 O LYS 166 150.275 182.836 155.714 1.00 87.72 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.315 183.827 152.777 1.00 87.36 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.479 184.691 151.503 1.00 84.37 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.959 184.025 150.218 1.00 81.06 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.146 184.982 149.023 1.00 76.14 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.729 184.434 147.699 1.00 69.06 N ATOM 1358 N TRP 167 148.407 184.048 155.974 1.00 89.61 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.940 183.320 157.157 1.00 90.32 C ATOM 1360 C TRP 167 147.131 182.095 156.742 1.00 89.75 C ATOM 1361 O TRP 167 146.116 182.218 156.061 1.00 87.02 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.131 184.250 158.047 1.00 89.59 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.784 183.643 159.368 1.00 89.69 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.654 182.966 159.659 1.00 87.19 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.605 183.623 160.579 1.00 88.43 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.707 182.534 160.979 1.00 86.88 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.885 182.913 161.571 1.00 87.90 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.874 184.137 160.912 1.00 87.77 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.417 182.712 162.865 1.00 87.42 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.397 183.941 162.198 1.00 86.19 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.674 183.231 163.162 1.00 85.62 C ATOM 1372 N ILE 168 147.575 180.924 157.159 1.00 87.83 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.021 179.632 156.725 1.00 86.16 C ATOM 1374 C ILE 168 146.467 178.821 157.905 1.00 85.24 C ATOM 1375 O ILE 168 145.609 177.958 157.735 1.00 79.57 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.105 178.837 155.966 1.00 82.75 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.743 179.682 154.837 1.00 78.09 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.525 177.545 155.362 1.00 75.24 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.039 179.062 154.326 1.00 71.39 C ATOM 1380 N SER 169 146.946 179.096 159.104 1.00 84.81 N ATOM 1381 CA SER 169 146.471 178.454 160.326 1.00 83.25 C ATOM 1382 C SER 169 145.092 178.973 160.735 1.00 81.97 C ATOM 1383 O SER 169 144.676 180.034 160.296 1.00 75.63 O ATOM 1384 CB SER 169 147.493 178.642 161.438 1.00 79.95 C ATOM 1385 OG SER 169 148.708 178.027 161.083 1.00 74.66 O ATOM 1386 N GLY 170 144.394 178.209 161.586 1.00 79.95 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.982 178.370 161.938 1.00 79.42 C ATOM 1388 C GLY 170 142.488 179.787 162.255 1.00 81.98 C ATOM 1389 O GLY 170 142.295 180.606 161.372 1.00 78.50 O ATOM 1390 N LEU 171 142.230 180.060 163.549 1.00 83.45 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.764 181.375 163.981 1.00 83.19 C ATOM 1392 C LEU 171 142.887 182.404 163.840 1.00 84.42 C ATOM 1393 O LEU 171 144.029 182.131 164.210 1.00 82.30 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.261 181.296 165.431 1.00 80.17 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.957 180.494 165.591 1.00 76.22 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.755 180.094 167.047 1.00 69.96 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.735 181.300 165.142 1.00 68.80 C ATOM 1398 N ALA 172 142.528 183.582 163.349 1.00 86.53 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.429 184.724 163.390 1.00 86.91 C ATOM 1400 C ALA 172 143.785 185.065 164.852 1.00 87.98 C ATOM 1401 O ALA 172 142.945 184.887 165.741 1.00 86.05 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.766 185.903 162.672 1.00 84.89 C ATOM 1403 N PRO 173 145.001 185.530 165.130 1.00 88.78 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.368 185.978 166.466 1.00 89.01 C ATOM 1405 C PRO 173 144.528 187.192 166.873 1.00 89.64 C ATOM 1406 O PRO 173 144.072 187.961 166.026 1.00 88.09 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.860 186.295 166.391 1.00 87.50 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.070 186.665 164.928 1.00 84.26 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.079 185.771 164.186 1.00 87.10 C ATOM 1410 N TYR 174 144.326 187.369 168.168 1.00 90.67 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.594 188.514 168.703 1.00 90.90 C ATOM 1412 C TYR 174 144.247 189.827 168.262 1.00 90.80 C ATOM 1413 O TYR 174 145.468 189.934 168.272 1.00 88.91 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.534 188.395 170.223 1.00 90.54 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.659 189.438 170.874 1.00 91.23 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.227 190.485 171.619 1.00 85.29 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.260 189.372 170.721 1.00 85.66 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.403 191.454 172.222 1.00 84.53 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.433 190.336 171.315 1.00 84.72 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.009 191.376 172.066 1.00 88.92 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.197 192.318 172.643 1.00 87.91 O ATOM 1422 N GLY 175 143.439 190.780 167.849 1.00 89.96 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.907 192.029 167.250 1.00 89.94 C ATOM 1424 C GLY 175 143.977 192.014 165.730 1.00 91.28 C ATOM 1425 O GLY 175 144.115 193.072 165.120 1.00 88.64 O ATOM 1426 N TYR 176 143.855 190.842 165.106 1.00 91.67 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.862 190.689 163.658 1.00 92.12 C ATOM 1428 C TYR 176 142.636 189.935 163.151 1.00 91.93 C ATOM 1429 O TYR 176 142.088 189.060 163.817 1.00 90.25 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.137 189.982 163.207 1.00 92.11 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.406 190.779 163.383 1.00 92.75 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.763 191.756 162.439 1.00 87.88 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.256 190.540 164.478 1.00 88.06 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.955 192.478 162.571 1.00 86.83 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.452 191.257 164.623 1.00 87.23 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.803 192.223 163.662 1.00 91.02 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.975 192.920 163.790 1.00 90.10 O ATOM 1438 N GLN 177 142.241 190.234 161.916 1.00 91.51 N ATOM 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