####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS022_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS022_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 51 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 69 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 70 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 63 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 65 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 29 108 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 126 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 80 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 55 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 45 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 61 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 53 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 65 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 69 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 79 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 65 116 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 76 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 81 125 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 98 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 117 128 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 86.67 94.81 96.30 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.51 0.66 0.71 0.78 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 1.04 0.96 0.91 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.840 0 0.049 0.049 0.909 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.574 0 0.000 0.129 1.763 90.909 78.788 1.763 LGA W 167 W 167 0.381 0 0.185 0.156 0.610 90.909 92.208 0.394 LGA I 168 I 168 0.911 0 0.127 1.330 3.089 81.818 64.318 2.404 LGA S 169 S 169 0.684 0 0.075 0.094 1.165 77.727 79.091 0.811 LGA G 170 G 170 0.698 0 0.045 0.045 0.698 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.533 0 0.083 1.419 5.986 86.364 54.091 3.501 LGA A 172 A 172 0.575 0 0.032 0.042 0.711 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.447 0 0.023 0.118 0.631 95.455 92.208 0.631 LGA Y 174 Y 174 0.288 0 0.045 0.238 1.296 95.455 88.030 1.296 LGA G 175 G 175 0.462 0 0.070 0.070 0.506 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.651 0 0.030 0.173 0.968 81.818 84.848 0.581 LGA Q 177 Q 177 1.042 0 0.056 0.473 1.680 73.636 71.111 1.319 LGA L 178 L 178 0.859 0 0.068 0.263 1.719 73.636 69.773 1.719 LGA N 179 N 179 1.288 0 0.159 0.652 4.714 69.545 41.136 4.714 LGA K 180 K 180 3.126 0 0.294 0.967 12.785 31.364 14.141 12.785 LGA K 181 K 181 2.268 0 0.420 0.938 10.959 59.091 26.869 10.959 LGA T 182 T 182 0.874 0 0.000 1.135 3.419 82.273 70.649 3.419 LGA S 183 S 183 1.089 0 0.139 0.123 1.375 69.545 68.182 1.375 LGA K 184 K 184 0.795 0 0.060 0.810 2.363 77.727 73.535 2.363 LGA L 185 L 185 0.464 0 0.046 0.060 0.650 90.909 95.455 0.307 LGA D 186 D 186 0.408 0 0.066 0.105 0.818 90.909 95.455 0.331 LGA P 187 P 187 0.635 0 0.000 0.110 1.574 70.000 75.065 0.687 LGA V 188 V 188 1.170 0 0.040 0.033 1.397 69.545 67.792 1.397 LGA E 189 E 189 1.084 0 0.055 0.384 1.631 73.636 71.111 1.631 LGA D 190 D 190 0.996 0 0.000 0.046 1.451 81.818 73.636 1.451 LGA E 191 E 191 0.795 0 0.000 0.061 1.439 81.818 74.545 1.439 LGA A 192 A 192 0.313 0 0.038 0.045 0.440 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.381 0 0.065 0.145 1.428 100.000 84.444 1.428 LGA V 194 V 194 0.375 0 0.000 0.043 0.474 100.000 100.000 0.451 LGA V 195 V 195 0.170 0 0.017 0.043 0.376 100.000 100.000 0.189 LGA Q 196 Q 196 0.279 0 0.039 0.271 1.333 100.000 90.303 1.333 LGA L 197 L 197 0.263 0 0.000 0.052 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA I 198 I 198 0.193 0 0.037 0.096 0.375 100.000 100.000 0.260 LGA F 199 F 199 0.243 0 0.005 0.047 0.308 100.000 100.000 0.167 LGA N 200 N 200 0.313 0 0.029 1.074 3.614 100.000 76.591 3.614 LGA I 201 I 201 0.114 0 0.005 0.057 0.193 100.000 100.000 0.055 LGA F 202 F 202 0.226 0 0.000 0.073 0.400 100.000 100.000 0.400 LGA L 203 L 203 0.420 0 0.074 0.127 1.006 100.000 88.864 0.818 LGA N 204 N 204 0.199 0 0.000 0.066 0.738 100.000 93.182 0.738 LGA G 205 G 205 0.172 0 0.034 0.034 0.287 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.233 0 0.029 0.360 1.762 100.000 85.000 1.145 LGA N 207 N 207 0.511 0 0.049 0.165 0.818 86.364 88.636 0.497 LGA G 208 G 208 0.823 0 0.100 0.100 1.332 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.940 0 0.095 0.254 2.638 81.818 63.838 2.638 LGA D 210 D 210 0.826 0 0.073 0.222 0.897 81.818 84.091 0.553 LGA Y 211 Y 211 1.618 0 0.069 0.606 2.048 58.182 53.485 1.777 LGA S 212 S 212 2.104 0 0.636 0.797 5.788 41.818 29.697 5.788 LGA Y 213 Y 213 3.018 0 0.133 1.066 14.441 39.545 13.333 14.441 LGA A 215 A 215 0.967 0 0.155 0.165 1.994 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.329 0 0.000 0.147 0.530 100.000 97.727 0.486 LGA A 217 A 217 0.376 0 0.037 0.058 0.407 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.439 0 0.000 0.052 0.934 95.455 90.909 0.934 LGA H 219 H 219 0.324 0 0.038 0.121 0.787 100.000 94.545 0.787 LGA L 220 L 220 0.324 0 0.000 0.145 0.519 100.000 97.727 0.519 LGA T 221 T 221 0.238 0 0.000 0.021 0.293 100.000 100.000 0.214 LGA N 222 N 222 0.159 0 0.026 0.113 0.375 100.000 100.000 0.349 LGA L 223 L 223 0.557 0 0.034 0.057 0.884 86.364 84.091 0.838 LGA Q 224 Q 224 0.434 0 0.040 0.143 1.198 95.455 86.061 0.950 LGA I 225 I 225 0.416 0 0.056 0.094 0.564 100.000 97.727 0.384 LGA P 226 P 226 0.503 0 0.047 0.099 0.952 81.818 81.818 0.952 LGA T 227 T 227 0.540 0 0.033 0.069 0.758 81.818 81.818 0.758 LGA P 228 P 228 0.777 0 0.043 0.085 0.848 81.818 81.818 0.624 LGA S 229 S 229 0.897 0 0.058 0.122 1.014 77.727 79.091 0.780 LGA G 230 G 230 0.898 0 0.021 0.021 0.921 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.369 0 0.014 0.504 0.975 95.455 91.919 0.971 LGA K 232 K 232 0.286 0 0.071 0.215 1.101 100.000 92.121 1.101 LGA R 233 R 233 0.388 0 0.075 1.126 5.816 95.455 51.570 3.627 LGA W 234 W 234 0.142 0 0.042 0.169 0.745 100.000 94.805 0.745 LGA N 235 N 235 0.510 0 0.097 0.648 1.946 95.455 80.682 1.031 LGA Q 236 Q 236 0.653 0 0.000 0.976 3.406 81.818 61.414 3.406 LGA Y 237 Y 237 0.782 0 0.035 0.139 1.412 81.818 75.000 1.412 LGA T 238 T 238 0.477 0 0.033 0.083 0.510 95.455 97.403 0.496 LGA I 239 I 239 0.482 0 0.044 0.152 0.514 100.000 97.727 0.364 LGA K 240 K 240 0.862 0 0.020 0.158 3.551 81.818 57.778 3.551 LGA A 241 A 241 0.639 0 0.074 0.082 0.738 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.181 0 0.026 0.088 0.234 100.000 100.000 0.170 LGA L 243 L 243 0.273 0 0.024 0.060 0.430 100.000 100.000 0.430 LGA Q 244 Q 244 0.402 0 0.047 0.172 0.673 90.909 93.939 0.441 LGA N 245 N 245 0.502 0 0.038 0.071 0.554 95.455 90.909 0.530 LGA E 246 E 246 0.435 0 0.049 0.658 1.645 100.000 84.646 1.406 LGA V 247 V 247 0.268 0 0.016 0.052 0.288 100.000 100.000 0.235 LGA Y 248 Y 248 0.319 0 0.068 0.193 1.329 95.455 89.545 1.329 LGA I 249 I 249 0.326 0 0.019 0.055 0.707 100.000 93.182 0.707 LGA G 250 G 250 0.214 0 0.010 0.010 0.339 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.453 0 0.099 0.117 0.699 95.455 89.610 0.522 LGA V 252 V 252 0.430 0 0.017 0.098 0.661 90.909 94.805 0.461 LGA K 253 K 253 0.359 0 0.037 0.074 0.819 95.455 91.919 0.819 LGA Y 254 Y 254 0.596 0 0.069 0.194 2.293 86.364 69.091 2.293 LGA K 255 K 255 0.696 0 0.099 0.542 3.456 86.364 61.414 3.116 LGA V 256 V 256 0.876 0 0.056 0.110 1.114 81.818 79.481 0.800 LGA R 257 R 257 0.759 0 0.038 1.035 3.909 81.818 62.645 2.834 LGA E 258 E 258 0.956 0 0.023 0.620 3.365 73.636 50.909 3.365 LGA K 259 K 259 1.336 0 0.021 0.685 1.748 61.818 64.242 1.417 LGA T 260 T 260 1.781 0 0.012 0.186 2.085 44.545 43.636 2.085 LGA K 261 K 261 2.607 0 0.027 0.328 4.166 30.000 24.040 4.166 LGA D 262 D 262 2.470 0 0.033 0.977 3.304 41.818 32.273 3.206 LGA G 263 G 263 1.606 0 0.044 0.044 1.803 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.048 0 0.064 0.459 3.140 65.455 63.838 3.140 LGA R 265 R 265 1.104 0 0.048 0.912 4.118 65.455 56.198 4.118 LGA T 266 T 266 1.130 0 0.047 0.056 1.331 65.455 65.455 1.167 LGA I 267 I 267 0.736 0 0.000 0.097 1.280 81.818 79.773 1.280 LGA R 268 R 268 0.563 0 0.028 0.967 2.755 81.818 79.008 2.755 LGA P 269 P 269 0.741 0 0.026 0.057 0.994 81.818 81.818 0.994 LGA E 270 E 270 0.575 0 0.000 0.284 1.120 81.818 78.182 1.120 LGA K 271 K 271 0.697 0 0.061 0.761 3.637 81.818 62.424 3.637 LGA E 272 E 272 0.515 0 0.076 0.145 1.578 86.364 76.768 1.578 LGA Q 273 Q 273 0.659 0 0.042 0.078 0.853 81.818 81.818 0.688 LGA I 274 I 274 0.426 0 0.044 0.091 0.846 95.455 95.455 0.846 LGA V 275 V 275 0.278 0 0.042 0.093 0.500 100.000 97.403 0.411 LGA V 276 V 276 0.312 0 0.053 0.048 0.482 100.000 100.000 0.387 LGA Q 277 Q 277 0.328 0 0.049 0.631 3.127 100.000 75.960 3.127 LGA D 278 D 278 0.292 0 0.097 0.207 0.853 100.000 95.455 0.853 LGA A 279 A 279 0.338 0 0.023 0.041 0.445 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.290 0 0.033 0.170 0.521 100.000 96.364 0.186 LGA A 281 A 281 0.373 0 0.035 0.036 0.616 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.253 0 0.055 0.079 0.570 100.000 97.403 0.570 LGA I 283 I 283 0.345 0 0.048 0.082 0.631 95.455 93.182 0.631 LGA I 284 I 284 0.317 0 0.013 0.053 0.434 100.000 100.000 0.247 LGA D 285 D 285 0.543 0 0.019 0.073 0.816 90.909 86.364 0.739 LGA K 286 K 286 0.647 0 0.000 0.239 1.388 81.818 78.182 1.388 LGA E 287 E 287 0.745 0 0.036 0.290 1.971 81.818 74.747 1.274 LGA Q 288 Q 288 0.498 0 0.019 0.296 1.621 95.455 79.192 1.547 LGA F 289 F 289 0.471 0 0.033 0.133 0.736 86.364 83.471 0.655 LGA Q 290 Q 290 0.808 0 0.058 0.095 0.903 81.818 81.818 0.862 LGA Q 291 Q 291 0.690 0 0.033 0.098 0.956 81.818 81.818 0.698 LGA S 292 S 292 0.393 0 0.060 0.684 2.616 95.455 84.848 2.616 LGA Q 293 Q 293 0.676 0 0.000 0.206 0.958 81.818 81.818 0.958 LGA V 294 V 294 0.950 0 0.046 0.065 1.147 81.818 77.143 1.147 LGA K 295 K 295 0.488 0 0.049 0.192 0.743 86.364 89.899 0.743 LGA I 296 I 296 0.731 0 0.028 0.094 1.151 73.636 80.000 0.624 LGA A 297 A 297 1.369 0 0.066 0.067 1.776 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.693 0 0.081 0.190 2.048 65.909 60.682 2.048 LGA K 299 K 299 2.930 0 0.425 0.563 12.848 48.636 21.818 12.848 LGA V 300 V 300 1.205 0 0.136 0.139 3.423 69.545 48.831 3.395 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.898 0.846 1.778 85.444 79.571 65.027 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 95.741 98.155 13.524 LGA_LOCAL RMSD: 0.898 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.898 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.898 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.825216 * X + 0.476265 * Y + 0.303627 * Z + 151.115936 Y_new = -0.562132 * X + -0.640177 * Y + -0.523624 * Z + 151.019531 Z_new = -0.055009 * X + -0.602781 * Y + 0.796008 * Z + 140.936981 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.543601 0.055037 -0.648128 [DEG: -145.7376 3.1534 -37.1350 ] ZXZ: 0.525477 0.650125 -3.050586 [DEG: 30.1076 37.2494 -174.7857 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS022_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS022_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 98.155 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS022_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.530 185.183 153.109 1.00 89.16 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.123 186.000 154.241 1.00 89.16 C ATOM 1347 C GLY 165 151.638 185.913 154.539 1.00 89.16 C ATOM 1348 O GLY 165 151.114 186.688 155.342 1.00 89.16 O ATOM 1349 N LYS 166 150.970 185.004 153.872 1.00 88.92 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.544 184.812 154.116 1.00 88.92 C ATOM 1351 C LYS 166 149.307 184.043 155.413 1.00 88.92 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.893 184.076 152.944 1.00 88.92 C ATOM 1353 O LYS 166 150.168 183.280 155.855 1.00 88.92 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.993 184.813 151.617 1.00 88.92 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.303 184.046 150.498 1.00 88.92 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.400 184.784 149.170 1.00 88.92 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.690 184.055 148.077 1.00 88.92 N ATOM 1358 N TRP 167 148.179 184.302 156.059 1.00 91.13 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.822 183.591 157.283 1.00 91.13 C ATOM 1360 C TRP 167 147.009 182.340 156.968 1.00 91.13 C ATOM 1361 CB TRP 167 147.032 184.504 158.225 1.00 91.13 C ATOM 1362 O TRP 167 145.861 182.432 156.527 1.00 91.13 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.730 183.888 159.558 1.00 91.13 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.561 183.297 159.947 1.00 91.13 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.614 183.809 160.682 1.00 91.13 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.912 183.155 161.718 1.00 91.13 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.931 184.228 160.912 1.00 91.13 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.663 182.855 161.245 1.00 91.13 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.775 183.328 163.167 1.00 91.13 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.485 182.909 162.968 1.00 91.13 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.500 183.981 162.155 1.00 91.13 C ATOM 1372 N ILE 168 147.614 181.192 157.249 1.00 86.20 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.979 179.927 156.893 1.00 86.20 C ATOM 1374 C ILE 168 146.775 179.081 158.148 1.00 86.20 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.815 179.149 155.851 1.00 86.20 C ATOM 1376 O ILE 168 146.274 177.957 158.071 1.00 86.20 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.186 179.808 155.667 1.00 86.20 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.067 179.058 154.519 1.00 86.20 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.340 178.819 155.572 1.00 86.20 C ATOM 1380 N SER 169 147.146 179.480 159.282 1.00 78.89 N ATOM 1381 CA SER 169 147.179 178.707 160.520 1.00 78.89 C ATOM 1382 C SER 169 145.835 178.758 161.240 1.00 78.89 C ATOM 1383 CB SER 169 148.282 179.222 161.445 1.00 78.89 C ATOM 1384 O SER 169 145.781 178.693 162.470 1.00 78.89 O ATOM 1385 OG SER 169 149.548 179.135 160.814 1.00 78.89 O ATOM 1386 N GLY 170 144.714 178.929 160.584 1.00 78.38 N ATOM 1387 CA GLY 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CA GLN 177 141.100 189.944 161.069 1.00 93.18 C ATOM 1440 C GLN 177 141.733 189.511 159.750 1.00 93.18 C ATOM 1441 CB GLN 177 139.886 190.835 160.800 1.00 93.18 C ATOM 1442 O GLN 177 142.666 190.153 159.262 1.00 93.18 O ATOM 1443 CG GLN 177 140.204 192.075 159.976 1.00 93.18 C ATOM 1444 CD GLN 177 138.975 192.914 159.680 1.00 93.18 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 139.076 193.783 158.680 1.00 93.18 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 137.941 192.781 160.343 1.00 93.18 O ATOM 1447 N LEU 178 141.250 188.400 159.253 1.00 90.99 N ATOM 1448 CA LEU 178 141.765 187.889 157.988 1.00 90.99 C ATOM 1449 C LEU 178 141.126 188.612 156.808 1.00 90.99 C ATOM 1450 CB LEU 178 141.512 186.382 157.876 1.00 90.99 C ATOM 1451 O LEU 178 139.898 188.684 156.710 1.00 90.99 O ATOM 1452 CG LEU 178 142.146 185.676 156.677 1.00 90.99 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.657 185.579 156.857 1.00 90.99 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.534 184.292 156.488 1.00 90.99 C ATOM 1455 N ASN 179 141.894 189.234 156.002 1.00 88.68 N ATOM 1456 CA ASN 179 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